4CJKA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjkA00
3OJUA 1RDDA 2FBVA 2Z1GA 3LP1A 1K6YA 4ICLA 4IFYA 4O5BA 4DSIA 3AVLA 2Z1HA 3AVBA 1BL3A 1VSLA 4LSLA 2ZE2A 4CIGA 1B9FA 4FJGA 4FJHA 2KZMA 4FVMA 1A5WA 2RKIA 3KKSA 4Y1DA 3KLEA 2KW4A 4JRPA 3ZT2A 3VA0A 5J2MA 3TAEA 3MEEA 2OYQA 4KREA 1WSEA 3SZ2A 1S5JA 3SUQA 3TAQA 1TK0A 3U3YA 1NKEA 2G8VA 2YNGA 4ZTFA 4R5PA 4E7IA 1RDBA 3AO1A 3NE6A 4E7KA 2F8TA 1HNIA 1RTJA 1HQEA 4PWDA 1TK5A 4CJQA 1BQMA 4KHQA 4C8NA 3VQ4A 4DTMA 4M3WA 2FBYA 5EU7A 4EZ6A 1ZBIA 1EETA 4CJTA 1SV5A 4OPKA 2PZSA 2P5GA 4B9VA 4HVJA 3RWUA 3B6OA 4FJNA 3HJFA 3K5LA 3K57A 1U45A 3QINA 4DU3A 4OJRA 4Z4IA 1C0UA 4G1QA 4LH4A 3ZCMA 5JS1A 3NFAA 1KTQA 1R0AA 1RTHA 1EX4A 1X1PA 3P1GA 4CJLA 1RDAA 1ZBHA 3MEDA 2YNHA 3QETA 4CESA 3EZ5A 3VQDA 1U49A 4F2SA 1RBRA 3RR8A 2ZD1A 1WNSA 4NCGA 4DFJA 2QKKA 4IBNA 3SQ0A 2JGUA 4CF9A 2DFFA 4MQ3A 3DLGA 3SJJA 3K58A 3OYDA 4DTJA 3HPHA 3ZT1A 4W5QA 2VG6A 1U48A 2D0BA 2EHGA 2HNDA 2YNFA 3MXJA 1I3AA 1L3VA 2G8WA 2QK9A 3ZSWA 5HRSA 1JL2A 2RN2A 4E7HA 3DI6A 3NH1A 4CERA 4M42A 1KCFA 3IAYA 1FXXA 4J2EA 4N56A 2ETJA 4L8RB 3AVMA 4FJKA 1TKZA 3OJSA 4FJ5A 3OYHA 2QXFA 1LWCA 3DOKA 4BE1A 3MECA 3NHGA 4WE1A 3AA4A 4BDZA 1WSJA 2E4LA 3TWHA 3KJVA 4FJLA 3V1QA 1T8EA 3DLHA 1C1BA 1LWFA 2Q3SA 4Z4GA 1TKDA 3O3GA 5FRMA 1KLNA 1S9GA 4YFUA 4XIUA 4AHCA 1BIUA 2D5RA 3DLRA 4CJFA 1HYSA 1NK5A 4EP4A 3KTQA 4KKOA 4I2PA 1RT2A 4JLHA 4CEOA 1RBUA 2OPPA 3NGIA 1NK9A 1RTDA 4FLYA 4Z4FA 4IFVA 3QO9A 2OPSA 3AVFA 1JLCA 1HPZA 3OY9A 2IOCA 2F8SA 5KI6A 1IH7A 4CFAA 3SUOA 4I2QA 1S1TA 3HYFA 4FZYA 4CCHA 4CF0A 3ULDA 3AO4A 4HCCA 2XY8A 3CFPA 4RW4A 4E1MA 4FJXA 1LAVA 3M8QA 1BGXT 2HW3A 2O4IA 4CJWA 2YNIA 5SZTA 3NBPA 3QESA 3AA5X 1NKCA 4RG8A 3HVTA 3M8PA 3NGYA 3KLFA 5JS2A 1ITGA 4O4GA 4CGDA 5J2QA 4OVLA 1NJYA 4B9TA 4CJRA 5FRNA 4CEBA 1JLBA 4DQPA 1FK9A 2OPRA 4IG0A 3OS1A 1RT3A 3NDKA 2OA8A 3S3NA 1JLGA 4CGFA 3K5NA 4CE9A 1Q9YA 4F2RA 4CJ3A 2E6LA 1D5AA 4CJSA 4KTQA 4K8ZA 4CFDA 3ZSOA 3G0ZA 3H08A 3V81A 3OYJA 4BE0A 3OS2A 4CF2A 4B3OA 4BE2A 4KI6A 4OKJA 3QIPA 3S9HA 1CXQA 1NJXA 1BI4B 3WNFA 4DTSA 4ELVA 3PX0A 4AHTA 4B08A 1UAXA 2HNZA 3O3FA 3OYKA 3TI0A 1C1CA 1Q9XA 4B9NA 4F3OA 3MAQA 1CXUA 3QEXA 5CZ2A 4KV8A 2BE2A 3VQAA 2WONA 4K8XA 1ASVA 4DG1A 1T03A 3AVIA 5J2PA 1NK4A 3KLGA 1TL3A 3KK3A 1BCOA 1NJZA 1HMVA 4OPJA 2HHTA 1B9DA 1G15A 3RMCA 3RRHA 3RMBA 2IDOA 2RPIA 2G8KA 4Y1CA 4QAGA 4ZHRA 4DSLA 2Y1JA 4HUGA 1I39A 3ZT4A 3QEVA 2D0AA 2PY5A 4ELTA 3E01A 4NCBA 3ZT3A 4CJPA 3SV4A 3C6UA 4LH5A 4OGEA 4B8CA 1RCHA 4BACA 3AVCA 1CZBA 3MXMA 3HO1A 2VG5A 2B4JA 3PX4A 3SPZA 2Z1IA 5T7BA 1S1UA 1NOYA 3PY8A 4KHUA 3OYGA 2G8FA 3V1RA 3AVNA 1IG9A 1HNVA 2P51A 3EYZA 3KD1E 4QCLA 4DMNA 3LP0A 1IKVA 1YTAA 3AA2A 4CEQA 3NH0A 3OS0A 2X74A 4HUEA 3LWMA 4DFMA 3DLKA 3SUPA 3SQ4A 4CEZA 1BHLA 5HLFA 4PQUA 1D8YA 4CK2A 1F21A 5FDLA 4AHVA 4C8KA 3KK2A 4FM0A 1RT4A 1TL1A 4DTOA 4CF1A 3HM9A 1NK0A 3ZSXA 4FJ7A 4FK0A 4O0IA 3LWLA 1RNHA 2R7YA 3V9ZA 4DQSA 4J2BA 4FXDA 4H4OA 2FBTA 4FW2A 4Z4EA 2DY4A 4PA1A 1N5YA 1NOZA 2GV9A 4B9UA 3SUNA 1TVRA 5HRNA 1JXEA 2OZSA 3AA3A 1C0TA 2YKMA 3LPUA 1JXBA 2E6MA 4TSXA 4CJEA 1RTIA 1TAUA 1IKXA 1VRTA 5HRRA 1KFDA 4DLGA 3OYMA 3A2FA 4AHUA 1TKTA 1YVUA 3NF7A 1NKBA 4N41A 3G10A 4DU1A 1GOBA 5HP1A 4FJJA 3CYMA 3OVNA 4CECA 4YNQA 1QSSA 3EY1A 4CGGA 4M3XA 1C6VA 2PYLA 2RF2A 4AILC 4J2DA 3P83D 3F9KA 1SKWA 1RBVA 4C8OA 3LZJA 4CGIA 3DM2A 2ITGA 2BDPA 4MFBA 3OYLA 4ID5A 3HP6A 2A1SA 1HYZA 4M3ZA 3NCIA 1HYVA 4N47A 2W42A 2B6AA 3VQBA 3LALA 1HJRA 3VQEA 4E7JA 1VK0A 4RW7A 4HHTA 3DRSA 1VSIA 4OGCA 4HUFA 3LAKA 2A1RA 3V4IA 1W9HA 3RTVA 2ATQA 4CHQA 4Q5VA 2F96A 1VSFA 3L8BA 3TAGA 1C1AA 3TAPA 4CEFA 5HROA 4GW6A 2YKNA 3L2UA 5KGXA 4LY7A 4JRQA 3L2QA 4FLZA 3V6DA 3TANA 1KSPA 4CEAA 5C42A 4B9MA 2VWKA 4EP5A 2KFNA 1QS4A 3AVGA 2KZZA 3DYAA 4KFBA 4N5SA 1WSIA 1TK8A 1S1VA 2VG7A 3CM6A 5I42A 3RRGA 4FZXC 3HPOA 4NCAA 4I7FA 5DK5A 3L3UA 2YV0X 3HK2A 4E1NA 4CK1A 1L3TA 3QLHA 4O44A 5KRTA 3NF6A 4IG3A 2DTUA 1ASWA 4CHYA 3HXMA 4BDYA 3P5JA 4ZTJA 1WAJA 4DFPA 2IC3A 2HMIA 4KO0A 1Z26A 4IDKA 3I0RA 4N76A 2FBXA 2OPQA 4CEEA 4M3UA 3NF9A 4DFKA 4O0JA 3NGZA 4I9LA 4KTZA 1LW0A 5C24A 3HT3A 5CYQA 1RILA 1RT7A 3ZSVA 3I8DA 2Y1IA 1S6PA 1JLEA 1TV6A 5CZ1A 1KLMA 1ZBLA 4KPYA 3U3GA 2AJQA 1RBSA 2WOMA 3ITHA 1DLOA 3VQQA 3KK1A 1NJWA 4FM2A 4GVMA 4FW1A 1KVCA 3RMAA 3PO4A 2XY5A 2KFZA 3DOLA 4KHYA 3HPGA 2BGGA 1B92A 4DTRA 3TARA 1SKRA 4DQIA 1S6QA 2HHWA 1Z25A 2HHUA 2HVIA 3DRPA 1QE1A 5E41A 4CGJA 4DSKA 1YTUA 3NAEA 4BWMA 1SUQA 4GMJB 3O4NA 1A5VA 5I3UA 4CHZA 2KTQA 2HHSA 3LPTA 1W0HA 1QSLA 4E19A 1EKEA 3VQ7A 4HCBA 2HVHA 3LP3A 1TAQA 2BANA 4CFCA 1NK7A 2G8HA 4M3YA 4DS5A 1A5XA 1RT5A 1T05A 2OZMA 4FLUA 4DF4A 4RW6A 4M41A 3VQ5A 3VQCA 3L2RA 4QOZB 1X9SA 4B8AB 1WSFA 4KI4A 1UWBA 4KB1A 3ISNC 4CGHA 3KD5E 1X9WA 1Y97A 1WN7A 3K2PA 3KKRA 4KTWA 3K5OA 3QEWA 1ZYQA 3AO5A 2FC0A 4DWIA 1TGOA 3AVAA 2HHQA 1C0MA 4AHSA 5SWMA 1KVAA 2IGIA 5KTQA 2X78A 3DLEA 3QNNA 1L3SA 4B9SA 1REVA 1YT3A 4DTXA 4FLTA 2XY6A 2VWJA 4FK2A 3SYZA 3SNNA 4UQGA 4B9LA 2G8IA 4NYFA 4KHWA 3K5MA 4KHNA 2HB5A 1IO2A 3OYIA 4DQRA 1U47A 3C6TA 4EZ9A 4OKKA 3OYBA 3LANA 4FLVA 4CHNA 1VSDA 1J5OA 3LDSA 3S3OA 3U6FA 4CHOA 1RBTA 4CJVA 1T7PA 2QKBA 2PYJA 3CFRA 1D9FA 1KFSA 2DFHA 4DF8A 3NF8A 3OYCA 3KIOA 1LW2A 1SL2A 3T3FA 3V1OA 1NK6A 1JLQA 3QEPA 4PY5A 1D9DA 4CJ4A 3DLBA 3VA3A 1XHXA 2XRIA 3KLHA 3IG1A 3I0SA 2HHVA 1GOAA 4E7LA 2P1JA 5J1EA 4FK4A 1U04A 3DMJA 3AVJA 3M8RA 4F3TA 4ELUA 1UOCA 4C8MA 1SKSA 1QTMA 2XHBA 1X9MA 2KQ2A 4Z4HA 5C25A 3CM5A 4F4KA 1FKPA 4OLBA 2X6SA 4M45A 3S3MA 3UIQA 3OYAA 4DQQA 3BDPA 1WSHA 4BDPA 1S1XA 4KRFA 3ZSZA 5D3GA 3OYNA 3MXIA 1UA1A 3CG7A 4FZZA 1O1WA 1CZ9A 3T19A 3TAMA 4ID1A 3AVHA 2LSNA 1GOCA 2O4GA 1EP4A 1XHZA 3VQPA 1J54A 1QQCA 2ZQBA 3DRRA 2IS3A 3LAMA 4FLWA 3V9SA 1JKHA 3SCXA 3HL8A 4H4MA 1U4BA 3WNHA 3CFOA 2D0CA 4E3SA 1VSEA 3RMDA 4IKFA 4PUOA 2HHXA 3C95A 3PX6A 3B6PA 1NK8A 2G8UA 1VRUA 2DFEA 2YHAA 3O4QA 5CYMA 4E0DA 3QIOA 1J9AA 1S1WA 4H8KA 5HRPA 1LAWA 1BISA 1TKXA 1HQUA 2HNYA 3M8SA 4CIEA 1VSMA 1ZBUA 3ZSYA 5HBMA 4CFBA 3AV9A 1QHTA 4Z0UA 1EXQA 3FFIA 4DSFA 3QERA 4M3TA 3QEIA 4HTUA 1ASUA 1SL1A 1DTQA 1XC9A 4F8RA 3VN5A 4KB0A 4Q0BA 1VSHA 1CLQA 4BWJA 4J2AA 1ZBFA 2NUBA 4CJUA 4AH9A 3T1AA 4FJ8A 4I9QA 3VQ9A 4KHSA 4DTNA 1HRHA 1DTTA 3ZT0A 5J2NA 3HVRA 3WNEA 2XY7A 1WLJA 4W5TA 3TR8A 3SI6A 1VSKA 4CEDA 5CY4A 3QNOA 1S9EA 4W5NA 2JLEA 2X6NA 4CJ5A 3VQ6A 3TABA 3D45A 4CJKA 3C94A 4O55A 1FKOA 3IRXA 3V9WA 3O3HA 3F73A 3ZSQA 3PO5A 1MU2A 4JS5A 3THVA 1LV5A 4DTPA 1XWLA 1L5UA 3AO3A 4FJMA 3NH2A 3MEGA 3D0PA 4LD0A 3CQ8A 3OYEA 4FJ9A 5DMRA 3JYTA 3RR7A 3IS9A 1VSJA 4W5OA 4DSJA 1BCMA 3KLIA 5FROA 4CF8A 4RW8A 5KRSA 3V9XA 4DSEA 1JL1A 1JLAA 4W5RA 3K59A 2P5OA 1Q8IA 2EX3A 4RW9A 1UA0A 1BQNA 4OKEA 1RT1A 1LWEA 5KGWA 4CK3A 2XO7A 4JS4A 4FJIA 2GUIA 3AO2A 3ZSRA 3PV8A 3V9UA 4FCYA 3SPYA 1IKYA 1J53A 1BIZA 3OYFA 4DTUA 1XI1A 4DS4A 1BI4A 2YHBA 3PUFA 3JSMA 4CHPA 4Z4CA 4LSNA 1SL0A 4NYNA 1L3UA 4FYDA 2I5JA 4E89A 4CIFA 3ALYA 3LP2A 4FM1A 3SQ1A 4C8LA 4M3RA 3LZIA 1JLFA 1N6QA 3L3VA 3BGRA 3TAFA 1KRPA 3VQ8A 4DU4A 2GBZA 4KAZA 4DLEA 3SV3A 4AHRA 1QSYA 2IAJA 1RDCA 1WSGA 3HSTB 4FLXA 1RT6A 3L2VA 3SQ2A 3HP9A 1KVBA 3AVKA 3WNGA 5K14A 3ASMA 1WAFA 2B5JA 3L2WA 1IKWA 2Z1JA 4OLAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z1GA 4ICLA 4O5BA 3O8MA 1M90O 2O8BB 4FJHA 4F2SA 2RKIA 5J2MA 3VA0A 4IJNA 4KREA 1WSEA 4EFHA 3U3YA 3J81O 5CHIA 4E7KA 2GWKA 1NGAA 4PWDA 4KHQA 4IZ9A 3OTOK 4C8NA 3VQ4A 4DTMA 3THWA 2FBYA 4M3WA 5AR0A 1ZBIA 4BC3A 1EETA 4BR0A 1SV5A 4CZEA 2PZSA 3RWUA 3CD6N 3B6OA 3K5LA 3K57A 2P9KB 4OJRA 4Z4IA 4LH4A 1NWKA 4O8KA 1EWRA 1YF5L 1RDAA 3QETA 4CESA 4A5AA 4IFEA 3RR8A 3VEYA 2ZD1A 4K42A 1NU0A 4DFJA 4IBNA 1NGHA 1D4XA 1KD1O 1E3MA 2W40A 3HPHA 4W5QA 2VG6A 1L3VA 2QK9A 1I3AA 3T1HK 4GV3A 1KCFA 1KAZA 4L8RB 5GIPA 1QQOA 4KBOA 4JI7K 1LWCA 2YHXA 3DOKA 4WE1A 4IEIA 3TWHA 3D2FB 3V1QA 1T8EA 3DLHA 1C1BA 2OCEA 2Q3SA 1S9GA 3R3LA 4AHCA 5AQWA 4CJFA 2BH1A 2ZJPL 3VTIA 2RHKA 2I7NA 4JLHA 1RBUA 4IFVA 3QO9A 2OPSA 3OY9A 3LL3A 3WQTA 3SUOA 4JKBA 3HYFA 1VQPN 4CCHA 2P9NA 4FJXA 4NXMK 3H46O 4PKGA 2HW3A 2ZJQL 4AM6A 1HKCA 5ELZA 4CJWA 1XQSC 3VGKA 3NBPA 3GG4A 4RG8A 4CZIA 4BGBA 4BRPA 4O4GA 4CGDA 1S3XA 1NJYA 1GLCG 1ZXOA 4B9TA 4CJRA 1E4FT 4NLBA 3K5NA 4CJ3A 1D5AA 4DR1K 1YIJN 4KTQA 1JCGA 3ZSOA 4B3OA 1OKJA 4OKJA 3VERA 3MCAB 3WNFA 3OYKA 2VCPA 3TI0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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