4CJRA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjrA00
1GOCA 1BI4B 4KO0A 5FROA 2FC0A 3M8SA 1RBSA 1S9GA 4CEDA 1ITGA 3VN5A 1VSEA 2E4LA 4BDZA 3TR8A 4FLTA 5EU7A 3CFOA 1LAWA 3PV8A 3LWLA 4DTPA 4FK2A 3NGIA 3VQ9A 2Y1JA 4JS4A 3VQQA 5HROA 3DLKA 1BL3A 3NGZA 3CM5A 3P1GA 3OJSA 3VA3A 1RT6A 1UWBA 1X9MA 2IC3A 3DLHA 4B9UA 4M3XA 4I2PA 3MEEA 1RTHA 1IG9A 3AVFA 1NK8A 4DG1A 4KHNA 3FFIA 1NOZA 4NYFA 1G15A 3AA3A 2HHWA 4B8CA 1QHTA 4CF0A 3TARA 3SV3A 4FJJA 1Q8IA 2Z1JA 3VQEA 3MXJA 4CESA 2VWJA 1KVAA 4OKEA 1TAQA 4DTRA 1XHXA 1BISA 1VSHA 3P5JA 2Z1HA 4RW9A 4E7IA 4K8XA 3B6OA 3C6TA 5FRNA 3RMCA 3AV9A 3TI0A 1DLOA 3LP1A 4FYDA 2ETJA 2YV0X 1HNVA 2D0BA 3CG7A 3RMAA 4CEOA 4EP4A 4GVMA 1ZBIA 5J2PA 4KHWA 2G8UA 5SWMA 4DSKA 4CFDA 3HVTA 1RBTA 3OYKA 3HSTB 1YVUA 1BIUA 2ZE2A 3DRRA 4KTWA 4CGDA 5J2QA 4CIFA 2ATQA 3V1QA 4CEEA 4XIUA 2I5JA 3QNNA 2HB5A 3OYEA 3U3YA 3OVNA 1RT4A 4KI4A 1KVBA 3NH0A 4CFBA 5DMRA 4N47A 3KLFA 3H08A 2ZQBA 2XO7A 3L2RA 1RDDA 1CXQA 2RPIA 3NDKA 4DF8A 2BGGA 4KHSA 3AO2A 1WSFA 2VG5A 3SQ2A 3S3NA 1C0UA 1FKOA 3DLRA 4F4KA 3NF6A 2HNYA 1B92A 3QEXA 4FJLA 4CF2A 3M8PA 5HRNA 4FJGA 1NK7A 3O4QA 4HVJA 2XY5A 1KLMA 4CGGA 3ZT1A 4L8RB 3RRHA 1RT1A 3V1RA 3KLEA 1IKYA 3T1AA 1TKXA 3NFAA 4CEQA 1IO2A 2XY6A 3NF8A 3OYDA 1Q9XA 3C95A 4CHZA 4E19A 3LPUA 3OYNA 3LZIA 3RRGA 3AA2A 3KD1E 4CGIA 3ZSYA 3QEPA 1ZBHA 2F96A 4CJLA 3SCXA 3IG1A 4W5OA 3DOLA 4AHRA 2FBTA 1JLCA 4H8KA 1WSEA 3NE6A 3V81A 4CJ5A 5KTQA 2HHQA 1KFDA 1U04A 1VSKA 2HW3A 1T03A 1ASUA 2A1SA 5DK5A 3HPOA 3TWHA 3TAQA 4BE1A 3DYAA 5HBMA 3OYCA 4FM0A 4FZYA 4AHVA 4I9QA 1SL0A 1NJXA 2OPQA 3KK3A 3EY1A 1VSIA 4B8AB 1BHLA 1JL2A 3L8BA 4N41A 1X9WA 4E3SA 5HRSA 4B9MA 1RDCA 3K2PA 4CGHA 3OYLA 4NCBA 4CHQA 1REVA 2Z1GA 4CCHA 2DFEA 4DTOA 4FJ7A 1L3SA 4YNQA 3HP9A 2BANA 3QO9A 3ALYA 1S1TA 4EZ9A 1BCMA 4FJIA 4W5NA 4RW7A 3MEDA 3CQ8A 2D0AA 3TAGA 1TK8A 5I3UA 4M3RA 3OYBA 1B9FA 1JL1A 3NHGA 1TKZA 5SZTA 3QEIA 3TABA 4C8MA 1QQCA 2G8HA 3L3UA 3MEGA 3I0SA 1HQEA 1TV6A 4NYNA 5CZ1A 5CZ2A 3OS0A 4E7KA 1NK6A 3V9UA 1QTMA 4PY5A 1O1WA 4CEBA 2KFZA 3CYMA 2W42A 1KSPA 4CE9A 3AVLA 3WNEA 4M3YA 1WN7A 1SKRA 2G8VA 2HHTA 3VQ6A 3O4NA 4O0JA 4ZTJA 3K5MA 2BE2A 1T7PA 2B4JA 4DFKA 4CJSA 1J53A 1IKWA 3V1OA 1RILA 3QEWA 2G8KA 2PYJA 1L3UA 4KKOA 4F2RA 2HNZA 1EP4A 4ID1A 3DLGA 2X6NA 3QEVA 1SKSA 2LSNA 3C94A 1RT2A 1I39A 4E1MA 3AVCA 3NBPA 3K59A 3ZSQA 4ELUA 1J54A 3HO1A 2QXFA 4KFBA 1ASVA 1WAJA 1BIZA 1D9DA 1SV5A 3SPYA 1XHZA 4E0DA 2OPRA 5KRSA 2OZMA 1VSLA 1C1AA 3CFPA 4J2BA 3U3GA 3AVKA 4KV8A 4Y1DA 1HPZA 4FZZA 4FK4A 2F8SA 2O4GA 3PUFA 4AHUA 5CYMA 1UA1A 4W5RA 4KAZA 3V6DA 2OPPA 3KLGA 2HHXA 1A5XA 1KVCA 3C6UA 3NAEA 4BDYA 1RBRA 3SUQA 3THVA 4RW8A 1NKCA 4IKFA 2RN2A 4O55A 4DFPA 1JKHA 3PO5A 2QK9A 1K6YA 1KTQA 3SQ4A 4UQGA 3VQ8A 3AVHA 1VRTA 2GBZA 2R7YA 3K57A 4DSJA 1QSYA 1YT3A 3ZSRA 4CHNA 2DFHA 4C8LA 3VQDA 4RW6A 3SPZA 3KIOA 1GOAA 2HVHA 4CGFA 1TK0A 1QE1A 1XWLA 3LAKA 4LSLA 5KGWA 3LZJA 4CJTA 3QESA 4B9NA 5JS2A 3AO4A 2HNDA 1HYSA 3UIQA 5JS1A 1GOBA 3PX0A 1EX4A 4DS5A 3OYHA 4AH9A 3HK2A 1CZBA 1ZYQA 3SQ0A 4CJKA 4ZHRA 1RT5A 2XY8A 3V9SA 2D5RA 3OJUA 4E89A 3OYJA 1RTIA 1LV5A 2HVIA 2YNFA 3DI6A 1ZBLA 5HRPA 3LALA 3AVMA 4FJMA 4KHQA 3V9XA 3NGYA 3E01A 4J2DA 3PX4A 5D3GA 3TANA 3G0ZA 3I0RA 2PZSA 2EX3A 3P83D 4DSEA 3OYIA 3ZT0A 3LAMA 3TAFA 4QOZB 2VG7A 3CFRA 3KLIA 4M3ZA 4FJNA 1SKWA 4LY7A 3BGRA 5T7BA 3L3VA 1FKPA 2IS3A 5C25A 3TAPA 4CJVA 3KKRA 4B9SA 4FLWA 5KI6A 3EZ5A 2XHBA 4ICLA 4TSXA 3QERA 2QKKA 1EKEA 4OLAA 4FJHA 4CJ4A 3S3MA 3SUNA 3SJJA 2VG6A 1J9AA 4IBNA 3KK2A 1BQNA 2YHAA 1DTTA 3SQ1A 1VSFA 2KW4A 1HNIA 1X1PA 4MQ3A 1U4BA 3O3GA 4DFMA 4W5QA 2G8WA 3M8RA 2DTUA 3LP3A 1KCFA 4KB0A 1RT7A 4N56A 4Z4EA 3QIPA 3VQ7A 2NUBA 1L5UA 1NJWA 1T8EA 4ELTA 4GMJB 3U6FA 4Q5VA 3KTQA 1HJRA 4DU4A 3HJFA 4M3TA 4NCAA 3L2QA 1UOCA 4LSNA 4FLXA 1L3TA 3ZCMA 4W5TA 4OPKA 3V9ZA 3T3FA 4J2AA 2HHSA 3OYGA 3QNOA 1C0TA 1RBVA 2YKMA 4E7JA 5I42A 1T05A 1HMVA 4FM1A 1HRHA 4Z4IA 4OKJA 3KK1A 3HL8A 3HP6A 1I3AA 3AO1A 3PY8A 4RG8A 5CYQA 3JYTA 4CJ3A 3IAYA 4LH5A 1RTJA 2GV9A 4B08A 3OS1A 4Z0UA 2JLEA 4MFBA 3OS2A 4BE0A 3JSMA 3KLHA 4JRQA 3AVJA 2YNIA 4B9LA 5C24A 4PWDA 4OGCA 3ZT3A 4JS5A 4DSFA 3AA5X 3MXMA 3V9WA 3IRXA 2Y1IA 4Z4HA 4OLBA 2PYLA 4KTZA 1WSGA 1FK9A 4DU3A 3OYFA 1F21A 4QAGA 3PX6A 1UA0A 2DY4A 2ITGA 2JGUA 1WAFA 4C8NA 1NJZA 4YFUA 3S3OA 1JXBA 4FM2A 1XC9A 1L3VA 5J1EA 3TAEA 3BDPA 3AVGA 5KRTA 2RF2A 1JLGA 3VQCA 5C42A 4BWJA 1D8YA 4FJ8A 1MU2A 5KGXA 3LWMA 1U48A 1EXQA 4DQSA 3QIOA 4LH4A 3TAMA 1N5YA 2KZZA 1IH7A 1NJYA 4FXDA 4O5BA 4M3UA 1TL3A 4CHPA 4F3TA 1S1XA 1RDAA 2X6SA 4FK0A 2HHUA 5K14A 2AJQA 1B9DA 1D9FA 4DQPA 5FRMA 1CXUA 4CF1A 1TAUA 1WSIA 1LWFA 2GUIA 3LP2A 1VSJA 2P51A 5CY4A 1ASWA 2Q3SA 3VQAA 4ELVA 2BDPA 4DLEA 2OYQA 3D0PA 4B9TA 1S6QA 4OPJA 4CFCA 1NKBA 3V4IA 4R5PA 3SZ2A 4M42A 4F8RA 3NH2A 4KB1A 4Z4CA 2HHVA 4FJXA 4FLYA 4Z4FA 4PA1A 3ZSWA 1DTQA 3LP0A 3D45A 2P5GA 4CFAA 3WNGA 2VWKA 2P1JA 2X78A 4B9VA 2XRIA 4I7FA 3I8DA 4JRPA 4K8ZA 2RKIA 3S9HA 1S6PA 1YTAA 2G8IA 4B3OA 4HUFA 1Z26A 3L2WA 3RR7A 4CIEA 1D5AA 4CK1A 2OZSA 4F2SA 3HXMA 1CZ9A 2D0CA 1EETA 3DOKA 1A5VA 3LANA 4BWMA 5J2NA 4DSLA 1S1WA 3KKSA 4IG3A 4DU1A 1Z25A 3SI6A 1SL2A 4FJ5A 4RW4A 4O0IA 4DTMA 1KRPA 4EP5A 4IDKA 3SUOA 1RT3A 3QINA 4FW2A 3HPGA 4DS4A 4OGEA 1JLAA 3O3FA 3QETA 1HYVA 3AO3A 1QS4A 1UAXA 4CJRA 3MAQA 1A5WA 1S1UA 3HPHA 4AHCA 4DTSA 1TK5A 2IDOA 4GW6A 4CHOA 3OYAA 4DTUA 2YKNA 4CF9A 2X74A 2G8FA 2YHBA 2ZD1A 4FLUA 2F8TA 4I9LA 2O4IA 3MECA 2XY7A 5J2MA 1KFSA 4FZXC 4CJFA 4OJRA 4AHTA 2IAJA 1BI4A 3KJVA 3SNNA 4CK3A 3K58A 4DQRA 2A1RA 5E41A 4HHTA 4BE2A 1CLQA 5HLFA 1NK4A 3RR8A 4H4MA 1XI1A 4QCLA 4N76A 1TKDA 2FBYA 3K5LA 1TGOA 4HTUA 4M45A 3SV4A 1WNSA 4HCCA 1RDBA 3ASMA 3AVNA 4CJWA 4CJQA 3SUPA 2KFNA 2OPSA 3O3HA 4HCBA 2KZMA 4H4OA 4O4GA 4DLGA 3DM2A 1BCOA 4PQUA 1NK9A 1TKTA 2DFFA 3ZSOA 1QSLA 4I2QA 4DQIA 3ITHA 1HQUA 1Y97A 4DTNA 3MXIA 1QSSA 4KI6A 1RTDA 2YNHA 4KRFA 4ZTFA 2B6AA 3WNHA 4IFYA 2IOCA 4CEAA 4CECA 4DTXA 2KTQA 2OA8A 3DLBA 1S5JA 1SUQA 1X9SA 4HUEA 3HT3A 3ULDA 3NF9A 1NKEA 1NK5A 2FBXA 1JLEA 3F9KA 4AILC 3HYFA 3ZSXA 1FXXA 1IKVA 3RMDA 4DMNA 2P5OA 1YTUA 1LWEA 1VSMA 4NCGA 2HMIA 1RCHA 1VRUA 4EZ6A 4CF8A 3DMJA 3QLHA 4E7LA 1SL1A 4G1QA 4CJUA 4E1NA 2FBVA 3OY9A 4HUGA 4CEZA 3L2UA 2E6MA 4CEFA 3DLEA 1TVRA 3LDSA 4FCYA 1LAVA 4CJPA 1C1BA 4DWIA 1ZBUA 2YNGA 4ID5A 3DRSA 3RMBA 1W0HA 4Z4GA 3VA0A 1LW0A 3VQ4A 2B5JA 1Q9YA 1KLNA 3VQPA 4WE1A 1HYZA 1BGXT 4CJEA 3B6PA 3AO5A 1NOYA 2WOMA 3T19A 4CERA 4CK2A 4DQQA 3RWUA 1IKXA 4AHSA 4FLZA 4BACA 2IGIA 3KD5E 3RTVA 3LPTA 4M41A 1WLJA 1C1CA 1WSHA 1VSDA 5FDLA 3ZSVA 3SYZA 3G10A 4DF4A 2PY5A 4C8OA 4PUOA 3OYMA 5HP1A 4FJ9A 3AVIA 3NF7A 1ZBFA 1BQMA 1J5OA 1LW2A 3K5OA 3NH1A 1N6QA 4OKKA 3AA4A 1TL1A 3IS9A 4FVMA 4FW1A 4JLHA 5HRRA 3VQBA 3NCIA 3ISNC 3K5NA 3CM6A 4DTJA 1LWCA 1U45A 4BDPA 2KQ2A 1U49A 4E7HA 3A2FA 1WSJA 2Z1IA 3DRPA 2WONA 3WNFA 4IG0A 4Y1CA 1C6VA 1R0AA 3EYZA 3L2VA 4DSIA 2EHGA 4OVLA 4CGJA 4J2EA 4KTQA 4F3OA 4FLVA 4DFJA 4O44A 4KREA 4IFVA 3F73A 1JXEA 1VK0A 2E6LA 1C0MA 1S9EA 4FJKA 4M3WA 1RNHA 3ZT2A 4CHYA 1U47A 4N5SA 1W9HA 4KPYA 1JLQA 4Q0BA 3PO4A 3VQ5A 2QKBA 3ZSZA 1S1VA 3AVAA 1JLBA 3AVBA 1RBUA 4LD0A 4CIGA 3M8QA 3HM9A 1NK0A 4C8KA 3HVRA 1JLFA 4KHYA 4KHUA 3ZT4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ITGA 3VN5A 4DR2K 5KPRA 3CFOA 3CD6N 3WXJA 3CQYA 3CM5A 3P1GA 2CGJA 2IC3A 3AVFA 4OO1J 3FFIA 2NRRA 1JCGA 3QB0A 3TARA 3SV3A 2YX6A 4JKGB 2P9LB 4ISFA 1KVAA 4OKEA 1TAQA 1XHXA 3O9TA 3P5JA 5FRNA 4JNEA 3EEQA 3TI0A 1DLOA 3LP1A 2UUBK 1HNVA 2D0BA 4FO0A 4EP4A 4GVMA 5B8HA 4XH5A 3OBWA 5KPTA 4YOTA 4LFBK 4WF9L 3J80O 2NRWA 4FPBA 1DT9A 1T6DA 1BIUA 4CGDA 1SS6A 2ATQA 3V1QA 3CF5L 1N33K 1VQ6N 4IOAL 1KVBA 5GADP 1HNXK 4XEIA 4DF8A 4KHSA 3LL3A 4FVUA 1NLVA 4F4KA 1S22A 4CF2A 3W3DA 3K0SA 1KLMA 4BVOA 4GKKK 1IKYA 3T1AA 4CVNE 3C0BA 1IO2A 3QBWA 2UUCK 1EWQA 3OYDA 4CHZA 4E19A 3OYNA 3ZSYA 4DR1K 1QQNA 1ZBHA 1GLJO 4CJLA 4CZEA 3SCXA 4W5OA 4BRHA 4AHRA 3M5RA 5KTQA 3CPWM 1T03A 2ZJQL 3TWHA 3TAQA 3DYAA 3OYCA 2E1ZA 4GV9A 4FZYA 1BWFO 5EOYA 3L8BA 1ATRA 4E3SA 4B9MA 1IBLK 3WT0A 1MA9B 4NCBA 1RDWX 1REVA 2Z1GA 4CCHA 4BRCA 4JKDA 4JI3K 2AA4A 4EZ9A 1BCMA 3UKUB 4JEPA 3OBYA 3TAGA 4C1NI 1HLUA 1YUWA 1B9FA 3TABA 4C8MA 1QQCA 1NM1A 3L3UA 3I0SA 2HHHK 4PY5A 2KFZA 5LJWA 1KSPA 4CE9A 1IG8A 1WN7A 2ZGYA 3G71N 2NRVA 1SKRA 2HHTA 4O0JA 4ZTJA 3K5MA 1T7PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1ITG A;  3VN5 A;  4DR2 K;  5KPR A;  3CFO A;  3CD6 N;  3WXJ A;  3CQY A;  3CM5 A;  3P1G A;  2CGJ A;  2IC3 A;  3AVF A;  4OO1 J;  3FFI A;  2NRR A;  1JCG A;  3QB0 A;  3TAR A;  3SV3 A;  2YX6 A;  4JKG B;  2P9L B;  4ISF A;  1KVA A;  4OKE A;  1TAQ A;  1XHX A;  3O9T A;  3P5J A;  5FRN A;  4JNE A;  3EEQ A;  3TI0 A;  1DLO A;  3LP1 A;  2UUB K;  1HNV A;  2D0B A;  4FO0 A;  4EP4 A;  4GVM A;  5B8H A;  4XH5 A;  3OBW A;  5KPT A;  4YOT A;  4LFB K;  4WF9 L;  3J80 O;  2NRW A;  4FPB A;  1DT9 A;  1T6D A;  1BIU A;  4CGD A;  1SS6 A;  2ATQ A;  3V1Q A;  3CF5 L;  1N33 K;  1VQ6 N;  4IOA L;  1KVB A;  5GAD P;  1HNX K;  4XEI A;  4DF8 A;  4KHS A;  3LL3 A;  4FVU A;  1NLV A;  4F4K A;  1S22 A;  4CF2 A;  3W3D A;  3K0S A;  1KLM A;  4BVO A;  4GKK K;  1IKY A;  3T1A A;  4CVN E;  3C0B A;  1IO2 A;  3QBW A;  2UUC K;  1EWQ A;  3OYD A;  4CHZ A;  4E19 A;  3OYN A;  3ZSY A;  4DR1 K;  1QQN A;  1ZBH A;  1GLJ O;  4CJL A;  4CZE A;  3SCX A;  4W5O A;  4BRH A;  4AHR A;  3M5R A;  5KTQ A;  3CPW M;  1T03 A;  2ZJQ L;  3TWH A;  3TAQ A;  3DYA A;  3OYC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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