4CJTA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 58
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjtA00
3DOKA 4DTSA 2BGGA 2HHVA 5DK5A 5HRSA 2JGUA 2IGIA 4E89A 4BDZA 5HP1A 3NFAA 4CFDA 3NAEA 4DSIA 3ZSQA 3VQBA 4CJQA 5C42A 1RTDA 2A1SA 4L8RB 3L2UA 1A5VA 1CXUA 3VQPA 4OVLA 3KD1E 4ZHRA 2OPQA 1KVBA 1QS4A 2HMIA 2Z1JA 2B6AA 1SL1A 1QSSA 4FJMA 2F96A 2R7YA 1NK8A 4CK3A 3QEVA 1QSYA 3ALYA 1QSLA 1U49A 4CHNA 4K8ZA 2FBXA 3E01A 3IG1A 1NK4A 1NKCA 1RDBA 2RPIA 3BDPA 3WNHA 5HROA 1RDAA 3LP3A 2RN2A 4ICLA 5FDLA 4GMJB 4FLXA 3MXJA 5FRNA 4AHUA 1WSJA 1BIZA 5DMRA 3MXMA 2D0AA 4LSLA 3QNNA 3T3FA 1U4BA 3U3GA 1YTAA 3C6TA 4Z4CA 4FK0A 3SUPA 3EY1A 2P5OA 1NK6A 4I9QA 4B9UA 1SV5A 1U47A 3K58A 4JRQA 3WNEA 4FJIA 2HHWA 3DLBA 4CHPA 4W5OA 1S1WA 1G15A 1RBUA 3AVGA 3C6UA 4DSFA 4EP5A 3SPZA 3NF6A 2DY4A 4FJ7A 1ZBHA 3K57A 2ITGA 4RW8A 1JLQA 1RTIA 1NK0A 3AVBA 3HSTB 3RRHA 1TV6A 2HNZA 3SZ2A 4KPYA 1X1PA 4BE0A 4TSXA 4W5NA 3TR8A 2YHAA 3L2RA 4HHTA 4FK4A 1NJZA 1X9SA 1RT5A 3TAPA 4O4GA 3AVNA 3ZT3A 2D5RA 2HHXA 3LWLA 4E3SA 4B8AB 4RG8A 5EU7A 1IKVA 4CF1A 2G8UA 3G0ZA 4KI6A 1ASUA 2WONA 1IH7A 4F3TA 3LAMA 3SUQA 1W9HA 4CFBA 4F8RA 4N5SA 4B9NA 1BISA 3IRXA 4CGDA 1VSDA 3QINA 4H8KA 3L2QA 2BDPA 3NDKA 4DU1A 5CYQA 1HQUA 4EP4A 2HHSA 3VQ7A 4CIGA 3KKRA 2E4LA 3LZJA 3KK3A 1WNSA 4CJLA 4CJWA 2YNHA 4DTJA 1C0MA 3O3HA 1D9FA 3F73A 4HCBA 1B9DA 3ZT1A 4FJNA 4OKKA 1NK5A 1BIUA 4KHNA 3AO1A 3AO2A 3OYEA 4M3TA 3H08A 1RT7A 3TWHA 4ZTFA 1KLMA 3AVJA 3LZIA 4FJJA 1BCMA 2HB5A 3AO4A 1J5OA 3VA0A 4DF4A 4JRPA 3O4NA 3HPHA 3QIOA 4OGEA 1J54A 3SQ0A 1NOYA 2HVIA 4OKJA 2IS3A 4DSJA 1KSPA 3AA5X 4NYNA 2XHBA 4HUEA 3SV4A 4CF9A 4FYDA 4O55A 4FLWA 3MEGA 1LWEA 3PUFA 3SUOA 3L3UA 5J2MA 2PY5A 3PO5A 4FJLA 4B8CA 3OJSA 4OPKA 4AILC 3BGRA 3OYNA 4AHCA 4MFBA 1TK5A 3DI6A 3I8DA 1W0HA 4FJ8A 3WNFA 2G8IA 4IKFA 1QHTA 1VSIA 1NK9A 3TAMA 4GVMA 5CYMA 3SI6A 4I2PA 1U45A 1KFDA 4M3WA 4QOZB 3VQ8A 3AV9A 4CF2A 2W42A 1BGXT 1Q8IA 2WOMA 4FCYA 2QKKA 2OPPA 1HPZA 2FC0A 3PX6A 3DLRA 3NCIA 4KHWA 4Z4FA 1HYZA 1WSGA 3KLEA 3L2VA 3OS0A 3OVNA 1A5WA 3VQ5A 3DLEA 3ZT0A 3CFPA 3RMDA 5I42A 1TL3A 3OS1A 4Y1CA 3DLKA 2DFHA 3HL8A 4Z4HA 3RMAA 2X74A 5FRMA 4CJUA 4N56A 3M8RA 4E7KA 1UAXA 3L2WA 3NF7A 4KTQA 2DTUA 4Z4GA 4BACA 3L3VA 4AH9A 1IG9A 3DM2A 4H4MA 4Z4IA 2KZMA 4Z4EA 4LH4A 1L3VA 1IKYA 4DQQA 1WLJA 4DMNA 2GV9A 4F4KA 4E7IA 2IOCA 4HVJA 1RBVA 1MU2A 3K5OA 3JYTA 1S1VA 4DTPA 4B9MA 3OYCA 4ID1A 4M3ZA 2B4JA 4KHUA 3V9XA 1VRTA 4HTUA 1CXQA 4B9VA 4OLAA 3HPGA 2ZQBA 4PA1A 4FM0A 3IS9A 3V9WA 4DS4A 3SCXA 3HT3A 1TK8A 4KB0A 1RTJA 4CESA 1I39A 3DLHA 3MAQA 3RMCA 3O3GA 2B5JA 4CGHA 1XHXA 1YVUA 2YV0X 4O0JA 2O4IA 1TAUA 4DU4A 3LPUA 2KQ2A 2HHUA 3V1RA 2P5GA 1FKPA 4CHYA 3P83D 4CJFA 4FK2A 3SYZA 4CGJA 4OJRA 3OJUA 5JS1A 3WNGA 4CEAA 2X6NA 4CEFA 3KLGA 1S1TA 1IKWA 2G8WA 1B92A 1DLOA 1JLGA 1U48A 4CE9A 3VN5A 3CM6A 3OY9A 3NBPA 5HRRA 1RBTA 1YT3A 1RDCA 3RR8A 4KFBA 3V1OA 3O4QA 4LSNA 4M3UA 3P1GA 1LW2A 4CECA 1Q9YA 3MEDA 3K5NA 4Q5VA 1VSLA 1C0TA 4RW6A 3KK2A 4DTOA 1RBSA 4DFPA 3KTQA 4ELUA 1GOCA 1EETA 4B9TA 5HBMA 5J2QA 3QERA 4CIFA 4PY5A 3AA3A 3NH1A 1LAWA 4CJRA 3DRRA 4FJHA 1HMVA 5T7BA 1RTHA 2E6MA 1B9FA 4B08A 1VSMA 1KRPA 2KFZA 4QAGA 4OPJA 1UA0A 3LDSA 3TAQA 1JLEA 3RRGA 4KHSA 3ISNC 3QEIA 1FKOA 1RT4A 3VQDA 4MQ3A 4R5PA 1QQCA 3V81A 3V9SA 4FW2A 4JS4A 5KRTA 1WSFA 4KTWA 4NCBA 3ZT4A 1TKXA 3OYJA 1JXEA 2Z1IA 1TKZA 1FXXA 5K14A 4CJ5A 3KJVA 1UWBA 4IFVA 5CZ2A 3THVA 1LAVA 4QCLA 4CJ4A 4O0IA 1KVCA 5I3UA 3K5MA 3OYBA 2F8TA 2Y1JA 1S6PA 1EXQA 4G1QA 4KI4A 3QESA 3QEXA 2PYJA 4LH5A 3CQ8A 3KK1A 4FZXC 3VA3A 3U6FA 4LD0A 2NUBA 1BQNA 1WSHA 4I2QA 3AVIA 4CJ3A 3JSMA 2IC3A 5FROA 2D0BA 4KKOA 4DQIA 2HHTA 1C1CA 3MECA 1RT3A 4CGFA 2EX3A 4J2AA 1VRUA 2OPRA 2Z1HA 1DTTA 3RR7A 1BQMA 2BE2A 2ETJA 3LALA 1HNIA 3QETA 4E19A 4B9LA 3RWUA 2JLEA 4CEDA 4DFJA 1T8EA 2PZSA 1A5XA 1S1XA 3ZSOA 2G8KA 3IAYA 1YTUA 4KV8A 1C6VA 1HYSA 1D9DA 3PO4A 4OLBA 4DSEA 1Z25A 3EYZA 1IO2A 2G8FA 4HCCA 2KW4A 2XRIA 3HPOA 2KZZA 1S6QA 3NH2A 4M3RA 2OA8A 3SJJA 2VG7A 4E7JA 4M41A 4YFUA 1CLQA 2LSNA 3AO3A 4F3OA 2OPSA 4CJTA 5HRPA 2QK9A 3AO5A 3L8BA 3S3MA 4E1MA 1L3TA 1SL0A 1WSEA 5J2NA 1KCFA 3MEEA 3DRPA 1TGOA 4FJXA 4O44A 3AVCA 2VWKA 3NF8A 4KTZA 3T19A 4CIEA 3OYLA 4FLVA 3S9HA 1L3SA 4DSKA 3DMJA 3SUNA 4ELTA 3LP1A 4W5QA 1X9WA 3CFOA 4DLEA 3V9UA 3VQ4A 3V1QA 2KFNA 1HJRA 1VSJA 1ASVA 1JLBA 4FM1A 3DOLA 4C8NA 3OYIA 2OYQA 2DFFA 4W5TA 4DTMA 3TI0A 2ZD1A 3C94A 3SQ2A 5CY4A 4UQGA 3CYMA 1CZ9A 4FJ9A 3KLIA 4DTRA 3TABA 1NJWA 2FBTA 4DQPA 2AJQA 1RBRA 2O4GA 3M8SA 3C95A 4DQSA 4FXDA 1VSHA 4FJGA 4M3XA 1SL2A 4C8MA 1UA1A 4AHRA 1ZYQA 4E1NA 1T03A 1ZBUA 1EKEA 3OYDA 2XY8A 4OGCA 3KIOA 4BE2A 2Q3SA 3DRSA 4E7HA 3TAFA 4FJ5A 4JLHA 4KRFA 4RW4A 4KO0A 4DFMA 2YHBA 4IG3A 4M3YA 4C8LA 3I0RA 1BHLA 1QE1A 5D3GA 1T05A 3ZSRA 4CHOA 4DU3A 1HQEA 1NJXA 3HK2A 3UIQA 1WSIA 4CERA 4IDKA 4NCAA 3HO1A 4PWDA 1KFSA 1TK0A 2YNGA 4CHQA 1SKSA 4Q0BA 1BI4A 4IBNA 4DWIA 2HW3A 1NKBA 4DF8A 2G8VA 3LPTA 3AVAA 1ITGA 3K2PA 3M8PA 3VQQA 4BWMA 3M8QA 4CF0A 3K5LA 4DTUA 4CEEA 1LV5A 3AA2A 3AVMA 2DFEA 4WE1A 4E0DA 4FZYA 3A2FA 1LWCA 3AVFA 3VQAA 1EP4A 3HP6A 4I7FA 3SQ4A 2GBZA 4CEZA 3NGZA 1RILA 3PX4A 4CFAA 4FM2A 3AVHA 4Y1DA 1F21A 3CM5A 3ZSXA 4CJEA 5C25A 4CJPA 3ZSVA 3QEWA 3VQ9A 3KLHA 3NE6A 3HYFA 4FLUA 3AA4A 3CFRA 1XI1A 1VK0A 2YKMA 1D5AA 3OYMA 1S5JA 2P51A 4CGIA 3V6DA 5KRSA 2XY7A 3QEPA 1U04A 4F2SA 4DTNA 1TVRA 1SKWA 4CK2A 3K59A 1DTQA 1L5UA 4LY7A 4FW1A 4CCHA 1Z26A 3LP2A 3ZCMA 3KKSA 1TL1A 1CZBA 5KGWA 4J2BA 5HRNA 1K6YA 4AHTA 3OYAA 4M42A 1JLCA 2XO7A 4I9LA 1UOCA 4CEBA 1RT6A 4FVMA 3OYHA 3NGIA 1KTQA 2VG6A 3RMBA 3TANA 3KLFA 4M45A 4FLZA 4NCGA 2Z1GA 3B6PA 4CEQA 4DS5A 1WN7A 3LWMA 1SUQA 3ULDA 3D45A 2BANA 1EX4A 3VQCA 4CFCA 5J2PA 4CJVA 4W5RA 4B9SA 4KAZA 1S9GA 3KD5E 4H4OA 5KI6A 1TAQA 2YKNA 4K8XA 1C1BA 1RNHA 3NGYA 2GUIA 3LP0A 3G10A 2FBVA 4CGGA 2X6SA 2OZSA 1BCOA 1NJYA 4BDPA 4KHQA 2ZE2A 4FZZA 4DFKA 1GOAA 1L3UA 3QNOA 2IDOA 4Z0UA 4E7LA 1HRHA 3DLGA 1X9MA 1RCHA 4N76A 2HNYA 1REVA 1BI4B 2PYLA 1TKTA 3I0SA 5SZTA 1T7PA 4YNQA 4J2DA 4CEOA 3PX0A 1C0UA 2HVHA 4IFYA 1D8YA 3SNNA 3HVRA 3LANA 1XWLA 5J1EA 3SV3A 3DYAA 4DTXA 3VQ6A 2IAJA 2VWJA 3TAGA 1VSEA 4B3OA 1NK7A 1NKEA 2HHQA 3VQEA 3RTVA 1JKHA 3B6OA 1HNVA 5E41A 4JS5A 2FBYA 3OS2A 3TAEA 5C24A 1S1UA 2RF2A 3HJFA 5SWMA 3D0PA 3S3OA 3AVKA 1ZBFA 1ASWA 2G8HA 4GW6A 2QKBA 2QXFA 4ZTJA 4DSLA 3S3NA 5KGXA 2X78A 4OKEA 2YNFA 3LAKA 4CHZA 3V4IA 5HLFA 3HP9A 4N41A 5CZ1A 1ZBLA 3ITHA 1N6QA 1Q9XA 4N47A 1RT1A 2ATQA 2EHGA 1JL1A 2RKIA 3QO9A 5KTQA 4C8OA 4EZ6A 3NH0A 5JS2A 3SQ1A 1N5YA 3V9ZA 4ID5A 1TKDA 2P1JA 1RDDA 4BE1A 4PQUA 1IKXA 3OYKA 1VSFA 3PY8A 4EZ9A 4F2RA 4FJKA 1Y97A 1O1WA 3HXMA 2I5JA 1R0AA 3PV8A 3SPYA 2KTQA 1BL3A 1NOZA 3AVLA 3HM9A 3MXIA 1FK9A 4HUFA 4PUOA 1JLFA 3QIPA 3F9KA 3ZSYA 2YNIA 2HNDA 1XC9A 1LWFA 2A1RA 1HYVA 1J9AA 4RW9A 2D0CA 3CG7A 4KB1A 4KREA 4CJSA 2Y1IA 4CK1A 4DG1A 4HUGA 4NYFA 2VG5A 1WAJA 3T1AA 4XIUA 3NHGA 4KHYA 2XY5A 1QTMA 1S9EA 1SKRA 1KLNA 2E6LA 4CF8A 3ASMA 3HVTA 1JLAA 3QLHA 4O5BA 4CJKA 3P5JA 4FLYA 3ZT2A 4C8KA 1JL2A 1ZBIA 4RW7A 1XHZA 1KVAA 3NF9A 3EZ5A 4BDYA 3FFIA 1GOBA 1I3AA 1JXBA 4IG0A 4ELVA 3OYFA 4DLGA 3OYGA 2OZMA 4AHSA 4BWJA 1VSKA 4AHVA 3O3FA 4J2EA 3ZSWA 4FLTA 3U3YA 3ZSZA 1RT2A 1WAFA 4DQRA 3TARA 2F8SA 1LW0A 1J53A 2XY6A 1C1AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O9RA 3ID6A 1Z05A 4CFDA 4L8RB 5C42A 3KD1E 1A5VA 3VQPA 4JI8K 1KVBA 2HMIA 2B6AA 1SL1A 2JWLA 1QSSA 1IV0A 1QSLA 1U49A 4G9ZA 3S41A 3IG1A 1NK4A 3BDPA 4DV1K 3LP3A 5FRNA 4AHUA 5DMRA 1T6DA 3O5BA 2D0AA 4LSLA 4IO9L 1U4BA 4Z4CA 2BUPA 4FK0A 2UXDK 4EHTA 1MWKA 4JNEA 3K58A 3MDQA 1NM1A 3WNEA 4CHPA 4FPAA 1RBUA 3C6UA 3M6GA 4FWQA 1RTIA 4XH5A 2HNZA 4PKGA 3C7NA 3CCJN 4KPYA 4FWKA 4BE0A 3TR8A 2YHAA 1HJOA 5I9EB 1X9SA 4O4GA 5KPZA 3LWLA 3ENOA 4RG8A 5EU7A 4CF1A 3AGRA 3LAMA 1XNRK 1W9HA 3H3OB 3IRXA 3J7YP 3L2QA 4H8KA 2BDPA 3KKRA 2E4LA 5F0XA 1WNSA 2O8CA 1D9FA 3F73A 3D7EO 3VTIA 4OKKA 3VOVA 4B9QA 4FJJA 4DF4A 2A40A 1K8AO 2F9WA 3O4NA 3QIOA 4FL9A 1VAZA 4NYNA 2XHBA 4O55A 4FLWA 3MEGA 1R59O 4JKEA 4BREA 3ZYYX 3SUOA 2PY5A 5F1XA 4OPKA 2UUAK 3I8DA 4IKFA 4WYBA 5CYMA 1KFDA 5KPTA 3VQ8A 2QKKA 4KHWA 1HPZA 2O8DB 2HBJA 3DLRA 3NCIA 3ZT0A 4U67L 5I42A 1NLVA 2GELA 4FO0A 4DHYA 5EX5A 4CJUA 4N56A 1UAXA 2DTUA 2O8EB 3L3VA 4AH9A 3KVGA 3WXIA 3HZ6A 3MN9A 3M1FA 2IOCA 3ZEUA 1MU2A 3FZLA 4B9MA 1P8ZA 2B4JA 4H5NA 2BTFA 4ISGA 2ZQBA 4FM0A 3IS9A 3MX5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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