4CJUA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjuA00
1ASUA 3LZJA 3VQAA 1EP4A 4DQIA 1RT7A 4PUOA 3AVJA 1JLGA 4O0JA 2BANA 4AHUA 4OKEA 3DI6A 4W5OA 3MEEA 1TL3A 3NCIA 1C0TA 1KLNA 2OZMA 3RWUA 3DM2A 2VG7A 4CIGA 1WSFA 5KI6A 4CGFA 3LDSA 1S9EA 3ISNC 2IDOA 4FJLA 3I0RA 1T7PA 3D0PA 1TVRA 4QAGA 1QQCA 4LSNA 1BQMA 4DFPA 5HLFA 4PWDA 4B9VA 2VWKA 4CGHA 3TAGA 1CZ9A 1S1UA 3PY8A 1VSLA 3RR8A 3NGIA 3DRRA 3L2QA 1C0MA 1EKEA 4CJVA 1I3AA 4HCBA 1W0HA 5J2PA 1UWBA 1Q9XA 2FC0A 3SPYA 1CZBA 4IFVA 1K6YA 1KTQA 4CECA 5E41A 3OYGA 1YVUA 2Y1IA 3MXIA 3ULDA 4ELVA 3K59A 1LW0A 3S9HA 1BISA 2ZD1A 4LSLA 2LSNA 4Z4IA 1LV5A 3LPUA 4OGCA 3VQ4A 2FBVA 2ITGA 3HPHA 2YV0X 2G8UA 4B9SA 2BGGA 2QK9A 3HL8A 1NK7A 5HRSA 1KRPA 1UOCA 3TWHA 3TAEA 3LP3A 4WE1A 1UA0A 3M8PA 3RMCA 4Z0UA 3HT3A 2G8VA 2YKNA 2YNFA 1SKSA 2PYLA 5DK5A 2HHWA 3RMAA 5T7BA 3OYAA 4PQUA 4TSXA 3O3GA 1O1WA 2HB5A 1KFSA 1L5UA 3L3UA 3G10A 3ZCMA 4HVJA 3KLEA 1GOCA 1Y97A 3HPOA 3ZT1A 2GBZA 5HP1A 4OLBA 3VQDA 2B4JA 4CERA 4DSIA 2DY4A 4E3SA 4NYFA 3LZIA 1TK0A 4E1NA 3LAKA 3K58A 3QEIA 4B8CA 3S3MA 1NK4A 3TAMA 1TV6A 4O5BA 4DTPA 1C6VA 4CEBA 4KRFA 1HYSA 3SJJA 1U4BA 1VK0A 3HYFA 1ASVA 5CYMA 3OJUA 4HTUA 4H4OA 1NK8A 3CFRA 4FJNA 1RBVA 4R5PA 1S5JA 3LP0A 4W5RA 1NKBA 4JS4A 2XRIA 3S3OA 4M3YA 2FBXA 1N6QA 1YTUA 4AHTA 1T8EA 1J53A 1L3VA 5CZ2A 4FXDA 2OPSA 4CEAA 1RDAA 1BI4A 2IGIA 2P5OA 1NK0A 2OPRA 3DLBA 4FK4A 4F3TA 3AA3A 2HNZA 3VQBA 3MECA 4FLYA 3OYDA 1U04A 3B6PA 3RR7A 4BDZA 4FJXA 4CHPA 1B92A 3L8BA 1QHTA 3QETA 4ELUA 1NOZA 1BCOA 1FKPA 5J2MA 1X1PA 1DTTA 3PX6A 3ZT4A 3K5OA 4RW9A 1RDDA 3KLGA 4RW4A 4CEQA 1S6QA 4OGEA 1U47A 1YT3A 4CFAA 3TI0A 4DTJA 3QNOA 4KHUA 4CF9A 3P83D 3K5NA 2R7YA 1JLCA 4DTSA 4DTOA 3NFAA 3OYLA 4CESA 4FLUA 1IKVA 4LD0A 2GUIA 2O4GA 4RW7A 4CHNA 1XC9A 5J1EA 3AVKA 3H08A 1HPZA 4DQSA 3QEVA 5SWMA 3SQ0A 4FJ7A 2RPIA 2OPPA 3TAFA 2BDPA 3DOLA 1HQUA 3M8RA 4CJUA 1B9FA 5HROA 3AVLA 3QO9A 4ZHRA 1SUQA 3CM5A 5CZ1A 3T3FA 3L2WA 4I9QA 4FCYA 3MXJA 1HRHA 3TABA 4IG3A 3DRSA 3AO4A 3KK1A 3V81A 2D5RA 4FM2A 4M41A 4AHVA 3OYNA 4DLGA 4E7IA 1ZBLA 2KFZA 3ZSWA 1DLOA 1LAWA 1J5OA 2HHUA 3T19A 4CIFA 4YFUA 3EY1A 1NKEA 3HP9A 3SUOA 3PO4A 2X78A 1BL3A 4I2PA 2ZE2A 4KHYA 1RTHA 3HK2A 4CIEA 1JL1A 2O4IA 1J9AA 4B3OA 1VSFA 3I8DA 3PO5A 4KI4A 4KO0A 4JRPA 1TL1A 3L3VA 4B9LA 4Z4EA 3C95A 1RT1A 3VQ8A 4FLVA 5I42A 4NCBA 2XY6A 4FJIA 2XHBA 2QXFA 4W5QA 4JRQA 4B9MA 2KQ2A 1G15A 3JSMA 3TANA 2Z1IA 4C8MA 3NH2A 1X9WA 4KTQA 1S1WA 3MEGA 5HRRA 3G0ZA 3K57A 2EX3A 3OS1A 4BDYA 3DOKA 3ZSZA 3ZSOA 3V1RA 4N47A 1JXEA 3K5LA 3ZSYA 2ATQA 2E6MA 2YNHA 4NYNA 3ZSXA 4KHNA 2F8SA 1MU2A 4CK3A 4KTWA 1JXBA 2Z1HA 2VG6A 3AO1A 3SYZA 3AVAA 2F8TA 4DFKA 1HYZA 4CJ3A 3OYKA 1U45A 3DRPA 5JS1A 2Y1JA 2YHAA 1A5XA 2HW3A 3DLKA 4ELTA 3KTQA 1S6PA 4DSKA 3U6FA 1T03A 4KPYA 4DSEA 3NH0A 2FBTA 3IG1A 3NAEA 3LP2A 4DU4A 1TK8A 4N76A 4AHCA 2VG5A 3AVBA 4E7LA 1IG9A 2DFHA 2HNYA 3O4NA 3O4QA 3KLFA 4DFMA 4DF4A 3ITHA 2YHBA 3OY9A 4DTMA 2D0CA 3OVNA 3SUNA 5KRSA 4YNQA 3OYIA 2XY7A 1WSGA 4DQPA 3QLHA 3OJSA 3U3GA 1Z25A 3K2PA 3VQPA 4CF2A 4CJTA 2W42A 3WNEA 3NF7A 3CQ8A 4DQQA 3VQ6A 1TAUA 4ID1A 2WONA 3AVFA 5KGXA 1LWCA 2B5JA 3OYEA 4BE2A 3QESA 4MQ3A 4KTZA 1ZYQA 4CEFA 1RTJA 3WNHA 3SNNA 3IAYA 4FLZA 4Y1DA 1IO2A 3ZT3A 4DMNA 1CXQA 3HSTB 3VQCA 3ZSVA 5CY4A 4GMJB 2D0AA 1DTQA 3SZ2A 2VWJA 3NF9A 1NKCA 4FZYA 1BIUA 4H8KA 4CEEA 3AVHA 4OVLA 3HPGA 2QKBA 4RW8A 4FM0A 3MXMA 3AA2A 4BWJA 3KD1E 4DWIA 5J2QA 3AA5X 3A2FA 1JL2A 2PZSA 2B6AA 1IKYA 3NGZA 4GVMA 1LAVA 3SCXA 3KLIA 2OA8A 2KTQA 4IFYA 5C24A 1D8YA 2RF2A 1LWEA 3AVIA 3QIPA 1R0AA 3KK2A 1LW2A 1IKXA 1WLJA 2D0BA 3AO5A 3AVCA 4B8AB 4DU1A 5J2NA 4ZTJA 1X9MA 1QTMA 2G8IA 1WSIA 3P5JA 2QKKA 3V1QA 2PY5A 4F2RA 1U48A 2AJQA 3KKSA 4Z4HA 4IKFA 1JKHA 5SZTA 4FYDA 3NBPA 4FLXA 4DTUA 3SI6A 3RRHA 1W9HA 3PV8A 1RTDA 3ASMA 1C0UA 3RTVA 2YKMA 1D9DA 1XWLA 4CHYA 3OYCA 1QSYA 3U3YA 3KK3A 4CGJA 1RBRA 3NE6A 4E7HA 2HHTA 1QE1A 3AO3A 5FDLA 1RBUA 4KHSA 2HHXA 4FM1A 3SV4A 3RRGA 2IOCA 3CFPA 2ETJA 1KSPA 4KHQA 1NK9A 1SKRA 1VSDA 4CEZA 4FZZA 1UAXA 3NDKA 1RT2A 1BQNA 4KV8A 3IS9A 4O4GA 2YNIA 4OKJA 3LP1A 4G1QA 3VQ7A 3EYZA 2F96A 3OS0A 1RT6A 3RMDA 1IKWA 1A5VA 3LAMA 4OKKA 4EP5A 3O3FA 4AILC 3AVNA 1VSIA 3NF6A 2HNDA 4DSFA 4FK2A 1TKZA 2A1SA 1RILA 4GW6A 1D9FA 4K8ZA 3P1GA 3F73A 1S1XA 3K5MA 3PX4A 3E01A 1VRTA 4BWMA 4L8RB 3VQQA 1L3UA 4M3TA 4FW2A 4CJPA 1RT4A 4J2AA 1RCHA 1RT3A 3C6TA 4OLAA 3QINA 1SV5A 2XY8A 1TKTA 1Q9YA 3M8SA 1ASWA 4M3UA 4C8LA 3VN5A 1BI4B 4DQRA 4HHTA 2JGUA 1BIZA 4I2QA 1NJYA 2DFFA 3ZSQA 1NJXA 4M3WA 4AHSA 3TR8A 4BACA 4O0IA 4W5TA 4DLEA 3VQEA 2OYQA 4DTRA 4B08A 3QEPA 4J2EA 1UA1A 4RG8A 4CHZA 1XHZA 3C6UA 3KJVA 4JLHA 2DTUA 1YTAA 4ID5A 2HHSA 4CF0A 1EX4A 3IRXA 4E19A 1NJWA 3V9SA 3AVGA 3BDPA 1JLQA 3KKRA 5KRTA 4CJRA 4BDPA 2OZSA 4CJ4A 3OYFA 2WOMA 3HVRA 3WNGA 1VRUA 2XO7A 2JLEA 3DLRA 1S1VA 2Z1GA 2RN2A 1HMVA 4CCHA 1WSJA 1SL1A 1XI1A 2DFEA 4K8XA 4CJKA 1VSJA 2G8WA 1HNIA 4E1MA 4EZ9A 4Y1CA 5HBMA 4N5SA 3CM6A 4DF8A 5K14A 4DSJA 3QEXA 3V6DA 4KKOA 4J2BA 4CF8A 3OYMA 4H4MA 3AV9A 1T05A 3SUPA 1VSKA 3NF8A 4DU3A 4F2SA 1EETA 3RMBA 3L2UA 1FK9A 3HJFA 4FJ5A 1B9DA 4HUGA 2YNGA 3DMJA 3SQ1A 1NOYA 4PA1A 3T1AA 3PX0A 3LANA 4FJHA 2PYJA 3QEWA 5DMRA 2HVIA 4O44A 1C1CA 4EP4A 3HP6A 3I0SA 4CF1A 2ZQBA 2HVHA 1C1BA 1ZBIA 4FJ9A 2E6LA 3V4IA 4KAZA 3DLHA 2G8FA 3LWMA 4IDKA 3LWLA 4C8OA 3EZ5A 4XIUA 4FJGA 4J2DA 1GOAA 2X6SA 4CJFA 3V9ZA 1NK6A 1WAJA 3PUFA 2IC3A 4FVMA 4OJRA 3KD5E 1REVA 5HRPA 4HCCA 4CHOA 3ZSRA 2XY5A 4CJLA 4Q0BA 1S1TA 3O3HA 1SL0A 2KFNA 3V9WA 4QOZB 5C25A 4NCGA 2P5GA 4FW1A 3FFIA 2KZMA 1RNHA 1IH7A 3NHGA 3DLEA 4HUEA 1TAQA 4FZXC 1ZBFA 4DG1A 1I39A 1WAFA 1TK5A 1RDCA 4FJMA 1N5YA 1RBTA 3QERA 3D45A 2E4LA 4RW6A 4CJQA 2RKIA 4LY7A 4ZTFA 4F8RA 3S3NA 3TAPA 4Z4CA 4W5NA 3SQ2A 3NGYA 4CGIA 3F9KA 1RTIA 1JLEA 3DLGA 4I7FA 3LALA 4E7JA 4CJWA 5FROA 2A1RA 4FK0A 5I3UA 4MFBA 4C8KA 4KI6A 3SUQA 4BE1A 4I9LA 1WN7A 2P51A 3ZT0A 1BHLA 4M3RA 4DFJA 1QS4A 4NCAA 3HO1A 1KVCA 1ZBUA 1BGXT 3SPZA 4CFDA 3HM9A 4BE0A 4LH4A 1CLQA 4DSLA 1JLAA 4DTNA 3AO2A 1SKWA 4FLWA 3UIQA 1EXQA 1L3TA 3MEDA 4OPKA 5FRMA 3MAQA 4Z4GA 3OYBA 3THVA 1BCMA 3QIOA 3VQ5A 5KGWA 4CK1A 1NJZA 3V9XA 1VSMA 1JLBA 4KB1A 4N41A 1WSEA 1VSEA 4N56A 4E0DA 2NUBA 4CFCA 2KW4A 2KZZA 3VA0A 4C8NA 2GV9A 4CEOA 1JLFA 1RT5A 4CJSA 3M8QA 4E7KA 3JYTA 1CXUA 4E89A 2OPQA 1TGOA 4M45A 4CGDA 1KCFA 4Q5VA 3V9UA 4JS5A 1C1AA 4M3ZA 1KLMA 1HJRA 4IG0A 4B9TA 4FJKA 1ITGA 1SL2A 1KVAA 2Z1JA 3BGRA 4ICLA 4DTXA 5C42A 1Q8IA 3WNFA 3TAQA 4UQGA 1TKDA 4O55A 2G8KA 2HMIA 2I5JA 1D5AA 1FXXA 2EHGA 5HRNA 1A5WA 4OPJA 4Z4FA 3QNNA 4QCLA 4F3OA 4IBNA 1QSSA 3L2RA 4HUFA 1J54A 3OYHA 5D3GA 4EZ6A 5JS2A 3SQ4A 2P1JA 3ZT2A 2IAJA 3KIOA 4M3XA 4FLTA 4CHQA 3DYAA 4F4KA 1GOBA 1QSLA 2FBYA 3CG7A 3LPTA 4PY5A 2IS3A 4M42A 3CFOA 3VA3A 4AHRA 4DS5A 4KREA 1F21A 4KFBA 4CGGA 4KB0A 4CFBA 1FKOA 1X9SA 4DS4A 1XHXA 3V1OA 1LWFA 4FJ8A 4LH5A 1WSHA 2X74A 1U49A 2G8HA 3ALYA 1WNSA 4CK2A 2BE2A 5CYQA 1HQEA 2X6NA 3TARA 4FJJA 1VSHA 1Z26A 5KTQA 4B9UA 3SV3A 4CJ5A 3AVMA 3OYJA 1HNVA 3NH1A 3OS2A 4B9NA 1TKXA 2Q3SA 5FRNA 5EU7A 1L3SA 3VQ9A 1ZBHA 1RDBA 3L2VA 4AH9A 4CEDA 4KHWA 3HXMA 2HHVA 3CYMA 4CJEA 3KLHA 3HVTA 3C94A 1HYVA 4CE9A 1RBSA 3B6OA 1KVBA 2HHQA 1KFDA 1NK5A 1S9GA 3AA4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQAA 1EP4A 1RT7A 3ENHA 3AVJA 1JLGA 2BANA 1FW6A 5D3GA 1KLNA 2VG7A 4CIGA 5GAHP 1WSFA 2ZGYA 1S9EA 3A5MC 3D0PA 1TVRA 4QAGA 4FO0A 3L4QA 4WCEL 4DFPA 3NMUA 4PWDA 4B9VA 3P31A 4CGHA 4X66K 1S1UA 1NMNA 1VSLA 3DRRA 5EOYA 5J2PA 4GY2B 1Q9XA 1K6YA 3MXIA 2HF4A 2ZD1A 3VQ4A 2HBLA 3HPHA 2YV0X 3CCVN 4B9SA 2QK9A 3HL8A 5AQHA 1JCGA 4YOWA 5HRSA 1GLBG 1UOCA 1VQ7N 1KRPA 3QFUA 2VGNA 3RMCA 3HT3A 2JWLA 1NWKA 3RMAA 5T7BA 4PQUA 4CZGA 3EL2A 1KAXA 4TSXA 4BRLA 3O3GA 3ZCMA 4FWKA 2GBZA 4HTLA 5HP1A 4CERA 5GAEP 1TK0A 4E1NA 3K58A 3NVMA 3CPEA 4KRFA 1TV6A 1C6VA 4A57A 1VK0A 3HYFA 5BR8K 3CFRA 4R5PA 1S5JA 4W5RA 1T44A 2XRIA 4M3YA 1N6QA 2HF3A 1L3VA 2OPSA 4CEAA 2P5OA 3ENBA 2E2NA 3M5RA 3H3NO 3MECA 3OYDA 4BROA 4CHPA 1B92A 5AJ3K 2Q2RA 3QICA 4ELUA 1MA9B 1ATNA 4CFAA 1EQYA 1HNXK 3NFAA 1N36K 3T1HK 2P9SB 2O4GA 4CHNA 4JI3K 1VQ6N 1HPZA 5SWMA 4FJ7A 3O1WA 2BDPA 1HQUA 3M8RA 3MXJA 4IG3A 3F5TA 3V81A 4AHVA 4DLGA 1NGHA 3LM2A 3ZSWA 3EY1A 3SUOA 3PO4A 1BL3A 2ZE2A 1J9AA 1VSFA 4BRNA 3I8DA 3PO5A 3L3VA 3VQ8A 5I42A 3FFKB 2XY6A 4JRQA 1M90O 3BF3A 2Z1IA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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