4CJWA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjwA00
3AO5A 3JSMA 1JL2A 3OYNA 4CJLA 4E89A 4FJJA 3CQ8A 1EXQA 4CFDA 2HNZA 4YFUA 4DFPA 4O55A 3QNOA 1JXBA 2XY7A 3L2VA 1NJXA 3G0ZA 1EP4A 1YTAA 3E01A 2VG6A 3AA5X 3HP9A 3NE6A 1CXQA 4J2BA 1LAVA 4FK4A 5CZ1A 1RT3A 1HPZA 4FVMA 3P1GA 1ZYQA 3M8QA 3SQ2A 4JRPA 3KLHA 2A1SA 1Z25A 3QESA 1DTQA 2IOCA 1WSGA 3ZT0A 3K57A 3ZSRA 2HB5A 3QEVA 4FLVA 4ICLA 4E3SA 4FJ8A 4PWDA 4AILC 1CZBA 4KTZA 4FM2A 1GOCA 4DTOA 2ZQBA 1NKCA 4FZXC 1C0TA 3VQ5A 4F4KA 2HVIA 4CHNA 3OS0A 4E7IA 4OPKA 2E4LA 2B6AA 3AA2A 1JLFA 1RT4A 2D0CA 2RN2A 4CEZA 1NOZA 1L3TA 3SCXA 3DOKA 1C1CA 1HJRA 2VG5A 5HRNA 1KLMA 3K5MA 1RILA 3F73A 4RW9A 3KK2A 4I9LA 4M3ZA 1A5WA 4W5RA 2DFHA 3QEPA 1KVAA 3T19A 4DTXA 5KTQA 4AHUA 3A2FA 2F96A 3DLRA 1CXUA 1TKXA 4FJXA 2GUIA 3QEIA 1X9WA 2HVHA 1W0HA 3WNEA 3SJJA 4LH5A 3SQ1A 1TV6A 1HQEA 4FCYA 1A5XA 4Q5VA 3CFOA 1C0UA 3LZIA 1NK0A 2DTUA 3I0RA 4JRQA 2G8IA 2Z1JA 2ITGA 4NYFA 3RWUA 3V1RA 4CF2A 1WSJA 1NKEA 1D9FA 2ZE2A 3PX6A 1ASWA 2Q3SA 3MAQA 1L5UA 1BQMA 1UOCA 4PY5A 1J53A 4KHNA 4EZ6A 1WN7A 4CERA 4ZTJA 2P5OA 4PQUA 2X6NA 2HHVA 3O3GA 2HHSA 3AVLA 4Y1DA 4AHSA 1U47A 3FFIA 1A5VA 3LAKA 3V6DA 2QK9A 1O1WA 4CEOA 1B9DA 4C8KA 4M3WA 1EKEA 2DFEA 4F2RA 4FLZA 2XRIA 1F21A 3DLBA 1Q9XA 3WNHA 2QKKA 3NGYA 1L3UA 4ZTFA 2FC0A 3V1OA 4MFBA 1SUQA 4CJWA 3PY8A 2KZMA 1D8YA 1VSKA 1NKBA 5SWMA 1RTDA 3MEDA 3OYDA 3OYEA 3EYZA 4FLXA 1HNIA 1KLNA 3MXIA 3QIPA 2ETJA 3OYKA 3BGRA 4CJRA 4CJTA 1YTUA 4FW2A 3PX4A 3VQ6A 1JKHA 1TAUA 4LSLA 3OYCA 3WNGA 2RKIA 3CYMA 3P5JA 2P5GA 4I7FA 1S1VA 1VSIA 2OPPA 3NF7A 4OKEA 3DYAA 1XI1A 4BDZA 1NK8A 4H4MA 3V1QA 4O4GA 2I5JA 4AHTA 3MECA 4CFBA 4BE2A 1KFSA 4FJKA 4KKOA 3NCIA 4FJNA 1MU2A 4OPJA 5J2MA 3I8DA 3ZT4A 4CF0A 1VSLA 3ZSYA 1S6PA 3ASMA 5DMRA 2Y1IA 5I3UA 1JLGA 1LW0A 2FBTA 1IKWA 1LWEA 3AA3A 1T05A 4CJVA 3IAYA 1WSIA 1BCMA 4CHZA 4M45A 1T7PA 4K8ZA 3THVA 1NK4A 1REVA 4CJ4A 3NGIA 3PX0A 5SZTA 4FLYA 3SUNA 1NOYA 5J1EA 4LY7A 1I3AA 2OPSA 4CFCA 3IS9A 3VQ9A 3K5OA 4AH9A 2YHBA 2VG7A 3AVGA 4IDKA 4CHYA 5KGXA 4B9NA 3NH2A 4RW7A 4CJFA 5KRSA 4FK2A 3DOLA 3LP0A 1TVRA 1S1UA 2IAJA 3HK2A 1Y97A 3K58A 3LWMA 3TABA 2G8KA 3QERA 3CFRA 4DFKA 1JLQA 4OLBA 4ELVA 5CYMA 4CJPA 1ZBLA 1TGOA 1ZBFA 1GOAA 3AVJA 1SV5A 4E7JA 3O4NA 4FJHA 2FBXA 1WLJA 4HUGA 4B9SA 5K14A 4ELUA 1VRUA 3CM5A 3SUPA 1U48A 1TK0A 2G8HA 3TAGA 1L3SA 4H8KA 4CJ5A 2XY8A 3HPGA 2KZZA 1CLQA 1JXEA 3TARA 1B92A 3HL8A 1ZBIA 3DLKA 3AVFA 1JLCA 4FW1A 3TAPA 4Z4CA 3MXMA 1QTMA 3SQ4A 4Z4FA 1VRTA 4QOZB 4FLWA 4M3TA 3S3MA 3DRRA 1ZBUA 2OPQA 2EX3A 3ALYA 3RMCA 1BIZA 3LZJA 2X78A 3ZSOA 4F2SA 4LSNA 1HMVA 4WE1A 3JYTA 2AJQA 1IO2A 3SQ0A 3SZ2A 1SKSA 3OYJA 3OS2A 3HPOA 3MEGA 3V4IA 3KKSA 4MQ3A 1C1BA 4CGJA 4E19A 3VQCA 5J2PA 1X1PA 4CJEA 1TAQA 2XY6A 1NJWA 3OYIA 1SL1A 1BQNA 3AVHA 3HSTB 5FDLA 4E7LA 1WSFA 2F8SA 1ASUA 4KREA 4CJKA 1RT1A 3AVCA 2Z1IA 4W5OA 4E7HA 3VQQA 3LAMA 4IG0A 3ZCMA 3K5NA 2LSNA 3QINA 1XWLA 4KV8A 1HYSA 4GW6A 4Q0BA 4L8RB 4CIGA 3ZSXA 1IH7A 4KHUA 4FYDA 1UAXA 3NFAA 3WNFA 2YV0X 4CE9A 4W5QA 4BE0A 1RBVA 3DI6A 3S3OA 4KHQA 1VK0A 4BE1A 1NJZA 4CHOA 4XIUA 4HCBA 2G8FA 3DM2A 3K5LA 1VSEA 1U45A 4KTWA 1LV5A 1WAJA 3MEEA 3AVIA 4RW6A 4E1NA 4CF9A 4FLUA 4FJGA 3KK1A 4CJQA 1QSSA 4ID1A 2KW4A 2O4GA 3CG7A 1BGXT 1RTJA 2YKNA 5HRPA 1XHXA 1B9FA 4CK3A 4M3UA 1S5JA 4CGDA 1TK8A 4KO0A 4UQGA 3RMBA 1SL0A 2PYLA 1RT6A 2HMIA 4DU1A 1Q8IA 4J2EA 2IC3A 4FZYA 1IKXA 2YNHA 4CHPA 4DTPA 4DWIA 3SUQA 2G8UA 4EZ9A 5C24A 3VQBA 1WSHA 1NK7A 1Z26A 3KLGA 2BE2A 4CIFA 4IKFA 4GMJB 4FJLA 3L2WA 4Y1CA 3QEXA 3O3FA 3P83D 2P51A 3V9SA 4R5PA 2FBYA 4CGFA 3NGZA 4C8MA 4DTUA 3KIOA 4JS5A 2DFFA 5T7BA 4HUFA 2JGUA 1S9EA 3ITHA 5KGWA 3B6OA 3EZ5A 3S3NA 4E1MA 3RR8A 4DLGA 3AV9A 3AVBA 4OLAA 3HM9A 2OZSA 4CCHA 4DTRA 3ZT1A 3O3HA 4F3OA 1J54A 3HO1A 3KLIA 1TK5A 4ELTA 3AO4A 1UA1A 1TKDA 3CM6A 4CGGA 4DG1A 3OYMA 4DTMA 4QAGA 1K6YA 4NCBA 5HROA 1TL1A 1LW2A 3NHGA 4DTJA 1ZBHA 3H08A 1J9AA 3TAMA 4N5SA 3D0PA 4CEBA 1RBSA 4B8CA 1BI4B 4W5NA 4HHTA 3ZSWA 1TKTA 4C8LA 2JLEA 4KI6A 1S1WA 3HVTA 3VQPA 4N76A 3L2QA 3V9ZA 3NH1A 1ITGA 4B9VA 3ZT2A 1C1AA 2YHAA 1N6QA 2D5RA 1U04A 3VQ8A 3HP6A 3HXMA 3QETA 3QEWA 2KFNA 3TAEA 4OGEA 1QS4A 1HQUA 3TWHA 2BANA 2HNYA 4HUEA 4DQPA 3DMJA 3KD1E 3U3GA 1DLOA 1CZ9A 1KSPA 3LALA 3VQ4A 2G8WA 2Z1HA 4B9TA 2WONA 3QNNA 3ZSVA 2Z1GA 4DSFA 2PY5A 1BISA 1C0MA 4DS5A 3V9XA 2Y1JA 4FZZA 4CEEA 3V9WA 1XC9A 4F3TA 3ZT3A 2BDPA 1IKYA 3BDPA 5CYQA 4IBNA 4AHRA 4M3XA 3C6TA 1GOBA 5EU7A 3QLHA 4N56A 4CFAA 2BGGA 2D0AA 3HJFA 4DF8A 4KAZA 4IG3A 4HCCA 4Z4HA 2B4JA 3ZSQA 4N41A 1TKZA 2IDOA 4NYNA 4C8NA 4CEFA 4IFYA 1HYZA 1RT5A 3V81A 4CJUA 4O44A 3T1AA 2FBVA 2YNFA 4M3RA 1WSEA 4OKKA 2XHBA 4CEAA 3EY1A 2W42A 3AVNA 1KCFA 3NF8A 3RRHA 3TR8A 2KTQA 1N5YA 3LP1A 3OYLA 1JL1A 5C42A 2PYJA 3B6PA 3DLGA 5E41A 3NH0A 4E7KA 2P1JA 1Q9YA 3M8RA 1RBRA 4FXDA 3AA4A 3PO4A 1BI4A 4O0IA 3KKRA 1KTQA 4YNQA 2YKMA 1DTTA 3QO9A 4DTNA 4K8XA 3SPYA 1I39A 1YT3A 1RTHA 2X6SA 5JS2A 1RBTA 1NK9A 4LH4A 1RDDA 4RG8A 4HVJA 2IS3A 1UWBA 1IG9A 1FK9A 4FJ7A 4Z4IA 4OJRA 3KLFA 4E0DA 4DQQA 4B3OA 5HRRA 3OYHA 2RF2A 1RT7A 2YNGA 3C94A 4RW8A 1D9DA 4CF1A 4DSJA 4PUOA 3M8SA 1VSFA 1QSYA 3V9UA 3KK3A 4M42A 4FJ9A 4C8OA 4JLHA 2E6LA 3AVMA 3NBPA 4G1QA 4Z4EA 1LWCA 3LANA 4BDYA 2PZSA 1KVBA 4LD0A 4J2DA 4QCLA 5JS1A 1RT2A 1T03A 4IFVA 1FKPA 1YVUA 4B9UA 4KB1A 1TL3A 4I2PA 3VN5A 3OYAA 4FM0A 3SI6A 4KHYA 3KD5E 1LAWA 3L3UA 2GV9A 3VQEA 4CEQA 1KRPA 2IGIA 4EP5A 3K59A 4BACA 4DS4A 3U6FA 3PO5A 4CGHA 2HHTA 2VWJA 1RBUA 1QE1A 4O5BA 4CHQA 3OY9A 3NDKA 1S9GA 1IKVA 1RDBA 3TI0A 1VSHA 4CJ3A 2B5JA 3LPUA 5HP1A 4BDPA 1QSLA 1VSJA 4O0JA 4CIEA 1SKWA 3OJSA 1S6QA 4M41A 2A1RA 1C6VA 1LWFA 2NUBA 3KJVA 2ATQA 3F9KA 3VA3A 3RRGA 5HBMA 4CK2A 4NCGA 3VA0A 2G8VA 4FJMA 2D0BA 3VQDA 4N47A 4DMNA 1FKOA 4CECA 4FLTA 1U4BA 1RDCA 1L3VA 4AHCA 4DF4A 5FRNA 2QKBA 4KRFA 3DRSA 3PUFA 2RPIA 3AO2A 2HHWA 4ID5A 1ASVA 4DSEA 3UIQA 4TSXA 4B08A 4FM1A 3LPTA 4AHVA 1HRHA 1RDAA 3VQAA 2HHUA 2HW3A 3RMDA 1G15A 4KHSA 1J5OA 3SNNA 3AVKA 1QHTA 3DLEA 3M8PA 4JS4A 3AO1A 2YNIA 2XY5A 1BHLA 3NF9A 1RNHA 1X9SA 2X74A 1EETA 3AO3A 3RMAA 5HLFA 4F8RA 2KFZA 3OJUA 1QQCA 3O4QA 3ZSZA 4DU3A 4DQRA 4Z4GA 1RTIA 3NAEA 4FK0A 4DSKA 3TAFA 4FJIA 4GVMA 3KLEA 1X9MA 3IG1A 1BIUA 2E6MA 1EX4A 3LP3A 5DK5A 3VQ7A 2OYQA 3HT3A 1NK6A 4DLEA 5KRTA 3DLHA 5HRSA 4KTQA 4KI4A 3MXJA 1S1TA 4FJ5A 3PV8A 2KQ2A 3HYFA 3S9HA 1JLEA 2QXFA 4CEDA 2VWKA 1VSDA 3L8BA 1D5AA 4BWMA 5FRMA 5CZ2A 4CF8A 1R0AA 1W9HA 3D45A 4I2QA 3C95A 1KVCA 3NF6A 4OKJA 4HTUA 1HNVA 4Z0UA 3T3FA 3L2RA 1FXXA 3SV4A 1S1XA 3TAQA 1NK5A 1SL2A 4DSIA 3C6UA 3LP2A 3SPZA 3QIOA 4B9MA 1UA0A 2HHQA 2GBZA 4PA1A 3ISNC 3CFPA 4KB0A 3OYBA 2R7YA 1KFDA 4H4OA 4DU4A 4BWJA 5C25A 4I9QA 5KI6A 4M3YA 2HHXA 3K2PA 2DY4A 3OS1A 3SV3A 1JLAA 2OZMA 5D3GA 2EHGA 3IRXA 4RW4A 3OYGA 2XO7A 3ULDA 3SUOA 1SKRA 1BCOA 1JLBA 3L3VA 1XHZA 1BL3A 2WOMA 4CJSA 2OPRA 1T8EA 3SYZA 4ZHRA 3L2UA 3I0SA 3RTVA 4DQIA 1HYVA 3AVAA 3OYFA 1RCHA 3U3YA 5CY4A 3DRPA 2O4IA 4OVLA 4KHWA 1NJYA 3TANA 4CK1A 4B9LA 3G10A 5I42A 3HPHA 4CESA 3LDSA 4DSLA 1WAFA 2ZD1A 4B8AB 4W5TA 3LWLA 1VSMA 4J2AA 4KPYA 3HVRA 4DQSA 2OA8A 3KTQA 4OGCA 4DFJA 4NCAA 1U49A 4EP4A 4KFBA 2F8TA 3OVNA 5J2QA 2HNDA 3RR7A 5FROA 5J2NA 1WNSA 4DFMA 4CGIA 4DTSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GLEG 3AO5A 2A41A 1EXQA 1TUYA 2HNZA 4ILJA 1EP4A 3O1WA 3HP9A 1NG9A 4FK4A 4B1UB 2P9IB 3QESA 3ZT0A 3K57A 5AZJB 2P9NB 4E3SA 4FJ8A 1D4XA 4KTZA 4UY8O 2HVIA 2VYPA 4E7IA 4BC4A 2F7TA 2VG5A 3A5NC 4M3ZA 4I9LA 2A40A 3R8EA 4JI8K 3K9JA 2UYTA 1KVAA 3T19A 4AHUA 3A2FA 2F96A 4JEPA 1TKXA 3D2FB 4CD1A 1VHXA 2GUIA 3WNEA 4EAHD 4LH5A 1HUXA 3SQ1A 3VENA 1A5XA 4QS7A 3LZIA 1QZ6A 1GLFO 3C7NA 4BRGA 2DTUA 3MDQA 4FSVA 4GNIA 1E4FT 3BF1A 4JAXA 4JRQA 2ITGA 4CF2A 4YOVA 3VETA 3MAQA 2JWLA 1J53A 4KHNA 2E2QA 2O8FA 2P5OA 4PQUA 3O3GA 4Y1DA 1U47A 4H5RA 5HL7L 3MWPA 4FLZA 1Q9XA 1GLBG 4ZTFA 2FC0A 3V1OA 4MFBA 3EKUA 2HF3A 3THXA 1D8YA 5AQJA 4LF8K 1NKBA 1RTDA 3QIPA 3BGRA 4CJRA 4C23A 4LF7K 4LSLA 3WNGA 2RKIA 3THYB 3CCLN 3OHRA 3V1QA 1XUPO 3CJBA 2ZGZA 3NCIA 1E3MA 3ZSYA 5DMRA 2IVOA 1IKWA 1LWEA 3AA3A 3CERA 4M45A 1WBBA 3THVA 3ENOA 4CJ4A 5BRFA 3SUNA 5J1EA 4CHYA 3GOIA 4IDKA 4FWPA 4BC2A 5AQGA 5C10A 1SAZA 4CJFA 5KRSA 1GLCG 4MDBA 5M1QA 2G8KA 3QERA 1JLQA 1NGGA 1TGOA 3HBTA 3AVJA 4E7JA 3VGKA 4B9SA 2CGLA 5K14A 3SUPA 4DR6K 5AQWA 1L3SA 3HPGA 1JXEA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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