4CK1A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ck1A00
4KB0A 3HYFA 4DTUA 4CJKA 3K57A 4FLXA 3DRSA 1RDDA 4KFBA 1DTTA 2NUBA 4O4GA 3EY1A 4DSKA 2IDOA 4Z4IA 1VSLA 4NYNA 1EX4A 4KRFA 3HM9A 1Q8IA 1BHLA 3SUPA 3HK2A 4OLAA 2F8SA 5K14A 4GMJB 5J2NA 1EXQA 2HB5A 4Y1CA 5FROA 4DQQA 3SJJA 3NF7A 3U3GA 2HMIA 4PWDA 4DQRA 3L2QA 1WSFA 3OYDA 1O1WA 3OYHA 3S9HA 4OGEA 4QCLA 4JLHA 4CJLA 3DLGA 2X74A 1KFSA 3NH1A 4CIEA 4YFUA 3OYNA 1NK9A 4DSFA 2EHGA 3OYBA 3A2FA 3NAEA 4O55A 1CXQA 4RW8A 4I9LA 3ZT0A 2F96A 3AO3A 3K58A 4DLGA 4FZXC 1JLBA 4Z4CA 2G8HA 3MECA 1TGOA 1U04A 3SUNA 2P1JA 2HVIA 1C1AA 3LDSA 1C1BA 4OLBA 4FYDA 2HHXA 4B9UA 2G8WA 1JXEA 2FBXA 4CGGA 1TL3A 3THVA 1U4BA 4RW4A 4E7JA 3MEDA 3PV8A 2ZE2A 3L2UA 4CCHA 1QQCA 1ZBLA 5HP1A 4O44A 3RTVA 5CY4A 4O0IA 1RT1A 3PX4A 4OKJA 3L2VA 1TKDA 4CEBA 4CGFA 3QEWA 1RBRA 2G8VA 4KHYA 1RBUA 1U49A 4C8MA 4CJVA 4E1MA 5JS1A 3OYFA 3P1GA 1Z26A 3CM6A 3O3FA 5C25A 1B92A 1VSEA 2ZD1A 2YHAA 4AHVA 2IAJA 2Q3SA 1TKXA 3TAQA 1IO2A 4CJFA 3G0ZA 5HBMA 4EZ6A 3AVCA 4KHWA 1HYZA 4IKFA 3V9SA 1L3SA 1C0TA 3AVNA 5I3UA 3ZT1A 4JS4A 4F2SA 3BGRA 4C8KA 3E01A 3TANA 3OVNA 2KW4A 1JLAA 1WSIA 3KLEA 1UWBA 4F4KA 4LSNA 4C8NA 4AILC 4FLZA 4O0JA 4O5BA 1D9FA 3BDPA 3ZSZA 3WNHA 5J2QA 3D45A 4NYFA 1VSFA 3LPUA 4AHRA 2YNIA 1Y97A 3ZSYA 1RTHA 3NHGA 1U45A 4FLWA 4I2PA 1SKWA 3KIOA 1D9DA 3VN5A 1L5UA 4KO0A 3KLFA 3LALA 3OY9A 3OYJA 2VG5A 3V9UA 1T7PA 3M8SA 2E4LA 1NK4A 4DFMA 3K5OA 2KTQA 5HRRA 4EZ9A 2HHUA 3TWHA 1RILA 2JGUA 3LANA 3VA3A 5EU7A 2XY7A 4KHQA 3ZT2A 4FM2A 2A1SA 1BQNA 3KK2A 3O3HA 2YKNA 3SQ4A 2A1RA 4F3OA 4BDYA 4I7FA 5J2PA 4FJ7A 3QNNA 4B8AB 3S3OA 4QAGA 1B9FA 1U48A 1Q9XA 1S1TA 4CFDA 1RTDA 3VQBA 4B9SA 4Z4HA 1LWEA 1WSHA 3KTQA 4BE0A 3M8QA 3KLIA 1RBSA 4JRQA 3QNOA 1TK0A 3KLGA 3JSMA 1T8EA 3AA3A 3NGZA 2QKBA 1FKOA 1HNVA 3QEPA 1WLJA 1HNIA 4B9VA 1KVAA 2ETJA 1KCFA 3AO1A 4CGJA 3CFRA 3KKRA 4BE1A 4DTSA 3RWUA 3AO5A 1YTAA 3V9XA 3DLHA 3ZSQA 3OYMA 3K5NA 3WNEA 1RT2A 4CJ5A 1S9GA 4KTWA 4DLEA 4BDZA 1NJWA 4DSIA 1UOCA 4Z4FA 4CHZA 1NK8A 3WNGA 4DU3A 2QXFA 2X6SA 3HP6A 1QTMA 1BL3A 3NGIA 5HRNA 2FC0A 3CYMA 4DQIA 3VQCA 3LP2A 3PUFA 3HT3A 5KGXA 4PUOA 2F8TA 4DU4A 3O4QA 1TAUA 1HQEA 3KKSA 4HHTA 4DSEA 3U6FA 1IKXA 3SYZA 1NK6A 3PY8A 4F2RA 4CJ3A 1JKHA 1VK0A 4NCBA 3SV3A 2P5OA 4GW6A 4LH4A 3AA2A 2XY6A 1WSEA 4E89A 3NH0A 1YTUA 2IOCA 3MXJA 3VQDA 1T03A 3IG1A 2GBZA 5KRSA 4FJNA 1TKZA 1KVCA 3LZJA 3RR7A 4OVLA 3T3FA 4FW2A 3HVTA 3MAQA 4ELVA 3TAMA 5CYQA 2XO7A 1SL2A 4FJLA 3CFOA 4EP4A 3PO4A 4PA1A 3OYGA 1HYVA 2RKIA 4CF0A 4CIGA 1BI4A 1BGXT 3NF9A 2G8KA 4CJ4A 4CHPA 4M42A 1MU2A 3AVGA 4CHQA 3F9KA 5KGWA 4RW7A 4OKEA 4CJTA 3TI0A 2DY4A 2IC3A 1RDBA 2QK9A 4KHNA 4FZYA 3SZ2A 3OYAA 1ZBUA 3LAMA 4DMNA 3DI6A 2G8IA 1LW2A 2I5JA 4KPYA 3KD5E 4M41A 5FDLA 1L3VA 4H4OA 2DFEA 1BIZA 2KQ2A 2BGGA 3CFPA 4E7HA 5C42A 4FJ5A 1A5VA 3DRPA 4DS5A 4FK2A 1FXXA 4K8ZA 1RDAA 4N41A 4HVJA 1J53A 2BDPA 1RCHA 3DLEA 4AH9A 4M3TA 1LAWA 4RG8A 1F21A 3L3VA 3AA5X 4EP5A 4CGDA 4PY5A 1HPZA 3SI6A 4CHNA 3MXMA 1NKBA 3DLBA 1ZBIA 3VQEA 3VQ6A 4Z0UA 3V9ZA 2YNGA 5KI6A 4B3OA 1BCMA 3VQ7A 3ZSVA 3TABA 4CE9A 4CJQA 3DLKA 4DTJA 3L3UA 3ZCMA 4F3TA 4CK1A 4OGCA 1TAQA 1RT3A 2Z1JA 2HHTA 3V9WA 4B08A 2LSNA 3C94A 4C8OA 2ATQA 5DK5A 4RW6A 3QIPA 1YT3A 3QEIA 1X9MA 4FVMA 2XRIA 4CEZA 3SUOA 1BCOA 1VSHA 2HHVA 3OS0A 1JLQA 3KLHA 4CK3A 4LD0A 4CJUA 5J1EA 4KKOA 3M8RA 1QSSA 3C6TA 4IBNA 2G8FA 1ZBHA 3RRHA 1VSMA 4Q0BA 1S5JA 4J2DA 2P5GA 4FJKA 1S1WA 1VRUA 4DSJA 1R0AA 1IH7A 1L3UA 1QSLA 3HVRA 4MFBA 4CJPA 3DM2A 4RW9A 4CJWA 1WSJA 1CZBA 2VG6A 3AVFA 1KVBA 2B6AA 2FBYA 3DMJA 4YNQA 3SQ2A 4FK4A 1JL2A 2GUIA 4E1NA 3K5LA 4DQSA 4WE1A 1TL1A 2OPRA 2XY8A 3ZSRA 4CJEA 4IFVA 3SCXA 3KK1A 1NKEA 3LZIA 4DFJA 4FLYA 1W0HA 3ZT3A 3IS9A 3TAEA 1ZBFA 4DTOA 4KAZA 4E0DA 4FXDA 2Z1GA 1TK5A 3AVLA 5CZ1A 3QEXA 1UAXA 2ZQBA 3AVBA 4XIUA 1SUQA 1U47A 4JRPA 3DOKA 4CEQA 3AA4A 4AHSA 4H8KA 5SZTA 3VQ9A 3I0RA 4KREA 5E41A 2HHSA 1LV5A 3QINA 3AVMA 2GV9A 2Z1HA 3L8BA 1A5WA 4HCCA 4ZTFA 4B8CA 1X9SA 2KZZA 3OYCA 4M3RA 5HRSA 3I0SA 3ZSXA 4KTZA 4CF2A 4HCBA 3TAPA 2Y1IA 2YV0X 2KFNA 3P5JA 4DTRA 1QHTA 4FJGA 4NCAA 4FCYA 2HHQA 5FRMA 3V4IA 2YNHA 3RMDA 1SKRA 4DU1A 1WAJA 4DTXA 4KHUA 3SV4A 4E7KA 4AHUA 3KJVA 3MXIA 1WN7A 3EYZA 1XHZA 4KI6A 1ZYQA 4CK2A 4OJRA 3DLRA 3VQQA 3H08A 3HPGA 4HTUA 4LSLA 1N6QA 4N5SA 4CJRA 4J2BA 2R7YA 1S1XA 4CGHA 4CHYA 1LWFA 3NFAA 3AO2A 3QLHA 3FFIA 3HP9A 4E7LA 1XI1A 4CEEA 4J2EA 4CHOA 4M3UA 3QETA 2OZSA 4L8RB 2PZSA 1VSDA 2E6MA 4QOZB 4BWMA 4M45A 1I39A 2YKMA 4IDKA 1HMVA 3QERA 1S1VA 5C24A 2HNZA 3PX6A 1JL1A 4UQGA 3K2PA 4H4MA 3VQ5A 4FJJA 2D0AA 3HPHA 1EP4A 5I42A 4FJIA 3NBPA 1FKPA 4R5PA 3AVKA 4Z4GA 1SKSA 1RBTA 1TV6A 2B4JA 3HXMA 4IG0A 3V6DA 1GOAA 1S6PA 4BE2A 1YVUA 1TKTA 4ICLA 4HUFA 3SQ1A 2AJQA 2RPIA 3PO5A 3S3MA 1JXBA 4ZTJA 1NK5A 1CZ9A 3LWLA 1WSGA 1IKVA 4OPJA 3HPOA 2JLEA 1KLNA 4DF8A 1J5OA 3DYAA 3K5MA 3AVHA 1NOYA 1ASVA 1S1UA 4N47A 2QKKA 3AO4A 2OPSA 1VSKA 4OPKA 4ELTA 5CYMA 3OS1A 4E19A 3HSTB 4DTMA 3NDKA 4LH5A 3LP1A 3NCIA 4DS4A 1XC9A 3LP3A 3UIQA 1X9WA 1J9AA 3V1RA 3RMAA 4CEFA 2YNFA 4FJMA 3LP0A 3ZSOA 4N76A 1KSPA 1RTIA 2WOMA 3LAKA 1X1PA 3MEGA 4IG3A 4CF1A 4KI4A 3V1OA 4W5OA 4FK0A 4CEAA 5HRPA 1NK0A 5FRNA 1I3AA 3VQ8A 4FM0A 1SV5A 3T19A 3VQPA 4AHCA 4OKKA 4E7IA 1SL0A 4FJ9A 3V1QA 3TARA 2BANA 3IRXA 2D5RA 4PQUA 2PY5A 1VSJA 3C95A 4KB1A 1C1CA 1A5XA 2PYLA 4W5TA 2PYJA 4B9NA 2ITGA 2VG7A 3QO9A 2XY5A 2OYQA 4FZZA 2VWJA 2IS3A 2XHBA 3NE6A 1RDCA 3M8PA 3MEEA 4DWIA 4TSXA 1RT7A 3D0PA 2X78A 3DOLA 2KZMA 1RTJA 4FJXA 2O4GA 4B9LA 1WAFA 3VQ4A 2YHBA 3AVAA 4CJSA 3OYIA 3I8DA 5HROA 4FW1A 1BQMA 4F8RA 1B9DA 1HRHA 4J2AA 1LAVA 1QSYA 2BE2A 4B9MA 4M3XA 1Z25A 5KTQA 1ASWA 2HNYA 1RT4A 1IKYA 1RT5A 2OPPA 2FBVA 5T7BA 3LWMA 4DFPA 3QEVA 1N5YA 4CFCA 3HJFA 3QESA 3OYKA 4CIFA 1FK9A 4DFKA 2DFHA 3V81A 2HVHA 1G15A 4ID5A 3O3GA 4N56A 3CQ8A 1KFDA 1NJZA 3ZT4A 5KRTA 4Q5VA 3L2WA 1BISA 1CLQA 4G1QA 3OJSA 3G10A 5CZ2A 1S6QA 4IFYA 3KD1E 1HYSA 2RF2A 3EZ5A 3WNFA 3L2RA 4HUGA 1UA0A 4CEDA 4KV8A 1DLOA 3ALYA 3SUQA 3C6UA 1C0MA 4BDPA 4CFBA 1NJYA 2O4IA 2WONA 1TK8A 1W9HA 1WNSA 4CERA 3SPZA 1GOBA 3CG7A 3HO1A 4FLVA 2HW3A 4CESA 3ASMA 3NF6A 3P83D 1IKWA 1L3TA 1K6YA 1XHXA 1JLGA 3OYEA 2X6NA 4K8XA 4CGIA 3JYTA 2DTUA 2RN2A 1JLEA 4JS5A 4DTNA 4M3WA 1HQUA 4CEOA 4W5RA 1NJXA 1NKCA 4ZHRA 4KHSA 2HNDA 1Q9YA 3K59A 4NCGA 2D0BA 3NGYA 5DMRA 2KFZA 3T1AA 1D8YA 3RMCA 2G8UA 3KK3A 2VWKA 1TVRA 4MQ3A 4BACA 3PX0A 4B9TA 1SL1A 4FLUA 5J2MA 4LY7A 1C0UA 3TR8A 3TAGA 3ITHA 1RBVA 2OA8A 1IG9A 1XWLA 2W42A 1QE1A 3DRRA 4FM1A 3SQ0A 4M3YA 1GOCA 2DFFA 1ITGA 4W5NA 3U3YA 2E6LA 5SWMA 1REVA 1NK7A 1LW0A 2P51A 1DTQA 1C6VA 3NF8A 2EX3A 3AVJA 3S3NA 4CECA 4AHTA 2D0CA 4FJ8A 1KTQA 1EKEA 1QS4A 1CXUA 4E3SA 4DF4A 4KTQA 3HL8A 1LWCA 3AV9A 3SPYA 4BWJA 2FBTA 4ID1A 3VQAA 4FJHA 3B6PA 3B6OA 1JLCA 4CFAA 1ASUA 3F73A 1J54A 1KRPA 3OYLA 3ULDA 3IAYA 4W5QA 4M3ZA 4ELUA 4DG1A 3ZSWA 1RT6A 1BI4B 4HUEA 3O4NA 1JLFA 3AVIA 3QIOA 4I9QA 5HLFA 2B5JA 3LPTA 4Z4EA 1T05A 4DTPA 1S9EA 4Y1DA 3OS2A 3CM5A 1HJRA 3RR8A 2Z1IA 4CF8A 1EETA 1RNHA 3SNNA 3VA0A 3RRGA 1UA1A 1VSIA 1BIUA 3RMBA 2Y1JA 5D3GA 3OJUA 3TAFA 4CF9A 4DQPA 4DSLA 3ISNC 2OZMA 3NH2A 4I2QA 1D5AA 4GVMA 4FLTA 2IGIA 1KLMA 5JS2A 1VRTA 2HHWA 4C8LA 1NOZA 2OPQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MCAB 2WTUA 3CJBA 4B1ZA 3MN9A 4O4GA 1DTTA 4BREA 3EY1A 3F9MA 1YXQA 3AY9A 3J7YP 5BR8K 3HM9A 1BHLA 5K14A 3CCLN 1EXQA 5KPZA 5FROA 4Y1CA 3K0SA 2UXCK 1N36K 3L2QA 2IIRA 5AQNA 4DR1K 4QCLA 4OGEA 4JLHA 4CIEA 2FF3B 4IXCA 1IV0A 2ZJPL 2VQEK 3AO3A 3K58A 3MCPA 4Z4CA 4DUYK 1TGOA 5AQTA 2QWPA 3MX5A 4FYDA 4OLBA 2HHXA 1X9JA 2G8WA 4CGGA 1TL3A 1U4BA 3MEDA 2D4WA 2FF6A 2ZE2A 3L2UA 1QQCA 5HP1A 3RTVA 5CY4A 4O0IA 1RT1A 1S72N 3PX4A 1Q18A 4GNIA 5CHIA 4IO9L 3QEWA 4KHYA 1U49A 4BRGA 4C8MA 3HOTA 4Z94A 4GV9A 1B92A 3ENBA 3TAQA 5JICA 1V4TA 3G0ZA 4JK9A 3AVCA 4IKFA 3V9SA 5LJVA 2HSTA 3AVNA 5I3UA 4JS4A 4KH4A 2ITMA 1HPMA 1WSIA 4C8NA 3VPZA 3O9RA 3WNHA 4NYFA 2QWMA 1RTHA 3TU5A 1U45A 4I2PA 3VN5A 4KO0A 4CZGA 3KLFA 3LALA 1T7PA 2KTQA 5HRRA 2VCPA 2HHUA 1RILA 2JGUA 2W41A 2XY7A 3NVKA 3ZT2A 2A1SA 5AQJA 4F3OA 1OH7A 3B8AX 3M3ZA 3MK6A 4Z4HA 4HTLA 3M8QA 4JRQA 3QNOA 3KLGA 3JSMA 2QKBA 3AA3A 4BRQA 4XH5A 3WT0A 3KWIA 3KZBA 2YHWA 3DLHA 3WNEA 1RT2A 1S9GA 4H0OA 4BDZA 3P38A 4H0XB 4DU3A 2QXFA 3HP6A 3C7NB 3LP2A 3PUFA 4FWMA 3TSPA 4XEIA 5HL7L 3HT3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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