4CK2A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ck2A00
3JYTA 4HCCA 4CGDA 4K8ZA 3QETA 4KHYA 3QO9A 1RT3A 5KGWA 2VWJA 4I9LA 1RBUA 1S1TA 5I3UA 1RT1A 3HPGA 4JRPA 1NK8A 1IKXA 3AA3A 3KTQA 1BHLA 3QIPA 4KFBA 4BDZA 5SZTA 4DLEA 3DRRA 3CYMA 3FFIA 4W5TA 3MXMA 4Z4GA 1JKHA 4YNQA 4R5PA 4FZXC 2XY5A 2XY8A 3OYGA 1NJWA 4Q0BA 4CFAA 2QKBA 1S1XA 3AO3A 3VQ7A 3ZSOA 2Y1JA 4CF2A 1B92A 4J2BA 5CZ1A 1UOCA 3AVMA 1HYVA 1W9HA 3HJFA 4QAGA 4F2SA 2G8VA 1EX4A 2HNZA 4LSNA 2DTUA 3M8PA 4KHNA 1CXQA 2E6MA 3AVLA 2EHGA 2FC0A 3V1QA 3ZT1A 3BGRA 5CYMA 3HK2A 4F3TA 3SZ2A 1ASUA 3OYFA 4FJ9A 3VQ6A 4CJQA 1SL2A 4FJNA 4AH9A 1SKWA 3LAMA 1ZBFA 1KFDA 4O44A 4NYNA 4CEAA 4KAZA 4Z4EA 3VQPA 2HHVA 3AVCA 2QKKA 4KB1A 4NCGA 4C8NA 2ATQA 1NOYA 1NKCA 4FZZA 2F8TA 3PX0A 4DU3A 3THVA 4W5OA 1CXUA 1JLGA 1TAUA 4KREA 4C8OA 4ZTJA 1U45A 2G8HA 2R7YA 2D0CA 1ASWA 3KK2A 3PUFA 4GMJB 4CK2A 4DQSA 4M41A 5T7BA 3O4NA 4ZHRA 1IO2A 4FM2A 4CESA 1DTQA 2O4IA 4BE0A 3TABA 3SI6A 1T8EA 4NCAA 4B8AB 4Z4HA 1MU2A 2B6AA 5HRPA 4BDPA 3K5LA 3DLRA 3AO1A 1TGOA 3AVNA 1QS4A 2A1SA 1QQCA 3U6FA 3PO5A 3QEWA 1HQEA 4EP4A 3TAPA 4FJJA 3AVAA 5HBMA 4DLGA 2Z1IA 4FLUA 2RF2A 4FJHA 3C6UA 3WNEA 4LSLA 2E4LA 4CIEA 2X6NA 3OYEA 3SUQA 1L3VA 4KTQA 4Z4FA 1TKTA 4CGFA 4IG3A 3VQCA 1C1CA 4C8MA 5DK5A 1TK8A 1L3UA 1K6YA 3K5NA 1UA0A 1IH7A 4BE2A 1L3TA 1VSDA 1LAWA 4DU1A 4OPKA 4DTJA 3KIOA 4Y1DA 1TKZA 4CGJA 3KLFA 1BI4B 3E01A 2HHSA 3OYLA 2HMIA 5FROA 1U4BA 1W0HA 1VSMA 2OPQA 4CGHA 1S6QA 4W5NA 3O3HA 2YNGA 1EP4A 3ZT3A 1HNVA 4IFVA 3LZJA 1LW0A 4FLYA 1KRPA 2KW4A 1RDAA 2HVHA 4FM0A 3SYZA 4PWDA 4CJTA 2EX3A 4N56A 4O5BA 3K57A 1BIUA 2DFEA 4DTRA 3LPTA 3LWLA 3F73A 3KK1A 3P5JA 3RRGA 2OZSA 2O4GA 4LH5A 3L2WA 2PYLA 3LP0A 1HMVA 4CHZA 2HHQA 3T3FA 3HVRA 1LWFA 4LD0A 3V1RA 1TKDA 1KVBA 3K5MA 3CM5A 5E41A 2IDOA 3MEEA 4CEBA 4CJEA 4CERA 4DSFA 1DTTA 3L2VA 4DU4A 3QESA 3IAYA 4KI4A 5HLFA 1BQMA 3L3VA 2AJQA 3DMJA 2HB5A 1B9DA 4AHRA 4CE9A 3TAQA 4E7IA 4PUOA 5DMRA 3L2UA 1G15A 4HUFA 3LAKA 4K8XA 2YNIA 4B3OA 3DOLA 1KVCA 4FW1A 1TL3A 4RW4A 4CJRA 5SWMA 4BE1A 4FZYA 2GUIA 3ZSQA 4CEDA 5J1EA 3DM2A 3DRSA 4OKEA 3IS9A 3VQBA 1KLMA 1TV6A 4LH4A 2X74A 1ZBUA 4N5SA 1VRUA 1SKSA 1X1PA 2XO7A 3DLBA 1TKXA 4OKKA 3TAFA 4TSXA 5FDLA 4OJRA 3V9XA 4KB0A 3C94A 3VA3A 3AVGA 2RN2A 5FRNA 1D8YA 3WNHA 3LZIA 3D0PA 2VG7A 3SV3A 1VSKA 2XY6A 3S3NA 4B9MA 2QK9A 1CZ9A 1WAJA 3NDKA 1IKWA 3NHGA 4B9LA 4IKFA 4GVMA 3RTVA 4EZ9A 1QE1A 4CHPA 1L3SA 1T03A 3BDPA 4JS5A 3ZCMA 3OVNA 3VQ4A 4FJKA 1SUQA 1JLAA 2BDPA 2OYQA 5KGXA 2KFZA 1FKPA 1JLCA 1QTMA 1VSEA 4HVJA 3VQ5A 3AVHA 1RT7A 2OPRA 1UWBA 1ASVA 4DF8A 3RR8A 3KLHA 1O1WA 2G8FA 4JRQA 2G8UA 3OYBA 1T7PA 3WNGA 4CEQA 1VSJA 3DRPA 3LDSA 3SV4A 1F21A 3LALA 4DSLA 4EP5A 3QLHA 4PA1A 3V9ZA 3SJJA 1XHXA 1NKEA 3ASMA 3CFOA 2HHWA 1KTQA 3AA4A 1YTAA 3G10A 4L8RB 2Y1IA 1EXQA 3EY1A 2HW3A 3F9KA 3RMAA 2PY5A 3NGYA 3AA2A 1HPZA 3QNOA 4OGEA 3ZT4A 1JLQA 4CJUA 2HHTA 1WLJA 1JL2A 1IKYA 4B8CA 4KTWA 4Q5VA 2XY7A 1J5OA 3KLIA 3P83D 1SL0A 3L2RA 3K59A 3VQAA 2GBZA 4Z0UA 3ZSWA 3U3YA 3AA5X 1X9SA 3L8BA 4FJLA 3TAGA 1WSJA 2FBVA 1NJXA 3NH1A 2PZSA 2G8IA 1S5JA 1IG9A 3ZSYA 1LAVA 3QNNA 4FCYA 1WSIA 4M3XA 2IGIA 3DLEA 4O0IA 3OYDA 4OVLA 3QEPA 2DY4A 3V4IA 1LWCA 2OPPA 3HSTB 3A2FA 4N47A 3CFRA 2GV9A 1HRHA 4I2QA 4CFBA 4DFJA 4ELTA 2QXFA 1HJRA 2ETJA 3HYFA 1FKOA 4O4GA 3K58A 3KJVA 2Z1HA 5EU7A 3ZSZA 1LWEA 4H4MA 4E3SA 4KKOA 4H4OA 3OYNA 3V9WA 2IC3A 4ELVA 4RG8A 3PV8A 5JS2A 4DTPA 1BL3A 1DLOA 4ID5A 4KV8A 4CJ4A 3MEDA 2A1RA 2OZMA 4PQUA 2YHBA 5CYQA 2HNDA 1UAXA 3HT3A 1XHZA 1YVUA 3AO5A 2G8KA 1I3AA 4CIFA 3KLEA 4FLXA 3OY9A 3KD5E 4UQGA 1A5VA 1TVRA 2ZE2A 4CJSA 3PX6A 3EZ5A 2KZZA 3ZSXA 1GOCA 3TI0A 4C8KA 3QEVA 3AV9A 3QINA 2RKIA 5K14A 4CJFA 3HPOA 4OLAA 1A5WA 1RT5A 4OKJA 1L5UA 1Q9XA 4KRFA 2Z1JA 3OS1A 1NK5A 3HVTA 1KLNA 4M45A 4B9UA 1SKRA 1BQNA 3SCXA 4I2PA 2ZD1A 1S1VA 3LP2A 3NF8A 5C42A 3SQ4A 4DSKA 4ELUA 4QOZB 3DOKA 4DFKA 4HTUA 1Z25A 4E7KA 1RCHA 4CJ5A 3P1GA 3KK3A 4M3TA 1JLEA 4LY7A 3AVBA 1KCFA 2DFFA 4BACA 4DFMA 4FJIA 3OS2A 4FLVA 4YFUA 4N41A 4M3ZA 1QHTA 4ICLA 1KVAA 1WSHA 2VWKA 1C1BA 3UIQA 1FK9A 2W42A 1YTUA 2KTQA 4CEOA 3TAEA 3SQ0A 3HXMA 1B9FA 2FBXA 3DI6A 3ZT0A 3NH2A 4CFDA 2D5RA 1WSGA 4FK0A 3VQQA 3SUOA 4M3RA 3TAMA 1IKVA 4NYFA 5KI6A 4B9NA 3KKSA 4FLZA 3PX4A 2HVIA 4CF0A 3OYMA 4HUEA 3V81A 3LP1A 2BANA 4MFBA 3OJUA 2G8WA 1VSIA 4ID1A 3NF7A 2JGUA 3LPUA 4CHQA 3OYJA 3TR8A 3B6OA 4DTSA 1WNSA 2NUBA 1TK5A 4IG0A 1A5XA 3K2PA 4BDYA 3KD1E 1S1WA 2PYJA 2XHBA 1C0TA 1SV5A 4AHCA 1RDBA 3C6TA 1HNIA 2ITGA 2P1JA 4Z4CA 4FJMA 3L3UA 4CHOA 1U04A 3NGIA 5JS1A 2B4JA 4KHUA 1WAFA 4DS5A 3SUPA 1JXEA 3S3MA 4AHSA 1LW2A 4CJVA 1NK0A 1BCMA 3ULDA 3M8SA 1WSEA 3HL8A 3T19A 3HM9A 3MXIA 3NGZA 3VQEA 1RBTA 4I7FA 5D3GA 2D0BA 3MXJA 1Y97A 4XIUA 3VN5A 1J53A 4CHNA 4FK4A 3I8DA 4IDKA 3NCIA 2BGGA 5KTQA 5HRNA 3QEXA 1LV5A 1VSFA 5C25A 1RT4A 1REVA 4EZ6A 4DQQA 3TARA 4FLTA 1C1AA 2HNYA 1VSLA 1D9FA 1RBRA 1KSPA 4CEZA 1S9EA 4CHYA 4KHQA 3VQ9A 4IBNA 5CZ2A 3QERA 3V9UA 4M3YA 3SPYA 2X78A 3I0SA 2B5JA 1RT6A 1NJYA 1GOAA 4HHTA 5HP1A 4RW9A 4DQIA 4CJ3A 4M3UA 1RDCA 3DLGA 5C24A 1FXXA 3C95A 3S9HA 4RW7A 4OPJA 4MQ3A 4W5QA 1WSFA 3KLGA 4Z4IA 1C0UA 1NKBA 3AVJA 2WOMA 1RT2A 3HP9A 4FXDA 3SPZA 3ZT2A 1QSLA 3CQ8A 3G0ZA 4OLBA 1SL1A 3CFPA 3LP3A 2VG6A 1S6PA 3DLHA 1NJZA 2HHXA 3IRXA 3U3GA 3NE6A 2P5GA 1I39A 3WNFA 3B6PA 2IAJA 3M8QA 3AVIA 3OYCA 4HUGA 4DTUA 4FK2A 3EYZA 4DFPA 3SNNA 4GW6A 1ZBLA 1ZYQA 3V6DA 2OA8A 3AVKA 4HCBA 2IOCA 4M3WA 1S9GA 1D9DA 4CGIA 3HP6A 3O4QA 3VA0A 4DMNA 1RTIA 3MAQA 3AVFA 1NK4A 3OYAA 1N5YA 1RDDA 5J2QA 1GOBA 4ZTFA 3NAEA 2KQ2A 4AHVA 3M8RA 1Q9YA 1QSSA 2JLEA 2VG5A 3KKRA 1U47A 2HHUA 3T1AA 1J9AA 1EKEA 2YHAA 2LSNA 4FJ5A 2IS3A 1U48A 4DWIA 1YT3A 3RMBA 4E1NA 1R0AA 2XRIA 4AILC 1NK6A 4RW6A 4DF4A 4FW2A 3RWUA 3V9SA 4M42A 4CECA 4E89A 4I9QA 4J2AA 4CIGA 1UA1A 1X9WA 4O55A 4RW8A 3NF6A 1S1UA 1VRTA 3RR7A 2DFHA 3ALYA 4WE1A 4F2RA 4N76A 3HO1A 2Q3SA 4B08A 4E1MA 3RMDA 4FJ8A 4FLWA 1J54A 3D45A 1EETA 1JLFA 4DQPA 2BE2A 1ZBIA 2D0AA 3IG1A 2P5OA 3TANA 4DTOA 3O3FA 2RPIA 3H08A 4F3OA 5FRMA 3K5OA 4H8KA 4CGGA 4CEFA 4CJKA 3HPHA 3L2QA 1HYZA 3PO4A 5KRSA 5J2MA 4FJ7A 3QIOA 2YNHA 4G1QA 4FYDA 3V1OA 1RTDA 1RILA 1TAQA 2FBYA 5J2PA 4B9SA 3MECA 3ZSVA 2KFNA 1CZBA 4CK1A 1JLBA 3OYIA 1JXBA 3RMCA 1ITGA 2ZQBA 3OJSA 3VQDA 3CG7A 4KI6A 1C6VA 2I5JA 4CJPA 1U49A 1KFSA 4DG1A 1RBSA 1BI4A 1Z26A 4CJWA 4DTNA 3DYAA 4IFYA 4DQRA 4BWJA 4CF1A 3SQ1A 3OS0A 1BCOA 3AO4A 1BIZA 4CEEA 5HROA 4CF9A 3O3GA 1RTHA 4DS4A 4DTMA 4O0JA 2FBTA 2P51A 2YKMA 4C8LA 1X9MA 1RNHA 3OYHA 4CF8A 3RRHA 4E7JA 4CFCA 3JSMA 4E7HA 1BISA 3ISNC 4DSEA 4KHWA 3TWHA 4KPYA 1HQUA 2KZMA 5HRRA 4CK3A 4F8RA 4CCHA 4J2DA 1XI1A 3AO2A 1NK9A 4B9VA 2YKNA 4KTZA 1JL1A 3VQ8A 3S3OA 4Y1CA 4DSJA 1ZBHA 1RTJA 1WN7A 3ZSRA 4FJXA 2YV0X 4DSIA 3MEGA 4FJGA 3I0RA 4AHTA 5HRSA 4OGCA 3ITHA 2Z1GA 1BGXT 1RBVA 4E7LA 2F96A 4BWMA 1Q8IA 4E19A 3CM6A 1T05A 4PY5A 4QCLA 1XWLA 4AHUA 3DLKA 2F8SA 1HYSA 1CLQA 3OYKA 1NOZA 3NBPA 4FVMA 4DTXA 1D5AA 4W5RA 3PY8A 1VSHA 4KHSA 4E0DA 2WONA 2YNFA 4CJLA 3QEIA 4JS4A 2X6SA 4JLHA 5J2NA 5I42A 4J2EA 3LANA 4F4KA 1C0MA 4NCBA 3SUNA 3SQ2A 2E6LA 3NF9A 1VK0A 3NFAA 3LWMA 1XC9A 5KRTA 1QSYA 1TK0A 4FM1A 1NK7A 3NH0A 1TL1A 1N6QA 4B9TA 5CY4A 4KO0A 2OPSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3JYTA 4HCCA 4CGDA 4A5AA 1RT3A 2VWJA 2QW9A 4LF9K 1K73O 3C65A 1VQ4N 5I3UA 3HPGA 2CGJA 4JK7A 4JRPA 4MO5A 2UXBK 3QIPA 4KFBA 4DLEA 3DRRA 3CYMA 4W5TA 4YNQA 2P9UB 3OYGA 4Q0BA 4LFCK 1S1XA 4CF2A 1B92A 1UOCA 1MWMA 2G8VA 1EX4A 4KHNA 1CXQA 5AQSA 2EHGA 5KPRA 3BGRA 4K43A 3AGKA 4CJ7A 1ASUA 4FJ9A 1NGBA 1SL2A 1U6ZA 3I33A 2HHVA 3D2FB 4CEAA 3VQPA 2YHWA 4BR0A 4IDHA 4WQ4A 4C8NA 4W5OA 4JI5K 2ZJQL 4V19S 2J4RA 2VYPA 1ASWA 3SJHA 3G25A 3PUFA 3QICA 4CK2A 2VGMA 5T7BA 3T7ZA 3P4IA 3J7ZO 1DTQA 2O4IA 4BE0A 3SI6A 4M7YA 4BC4A 3TSUA 4B8AB 5AZJB 4BDPA 3AVNA 1QS4A 1QQCA 3CCMN 4DV4K 2RF2A 3WNEA 4LSLA 1LCUA 4CIEA 5H1SQ 4Z4FA 3H46O 3VQCA 3JAMO 3P39A 1JJ2M 1K6YA 1VSDA 4DR1K 4DU1A 3KIOA 5DM7L 2HMIA 1W0HA 4W5NA 3W0LA 5I9EB 3BUZB 3LZJA 4FLYA 1KRPA 2KW4A 4MLEA 3EN9A 2IVOA 2HVHA 4PWDA 3K57A 4DTRA 3L0QA 2Q97A 1BIUA 1XQSC 3F73A 4GKKK 3KK1A 1N32K 2OZSA 5LY3A 3L2WA 3KK7A 1LWFA 1NGHA 1ZBSA 3EZWA 4IOCL 3K5MA 4DV2K 4CJEA 3QESA 3L2VA 5HLFA 3UKUB 1V4SA 3DMJA 2HSTA 2P9NB 4FW1A 4RW4A 2ITMA 1LOTB 3CCUN 2ASOA 4CEDA 3OBYA 1KLMA 4LH4A 4CBXA 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1BCMA 3ULDA 3M8SA 3HL8A 3T19A 4DV0K 4LF6K 3MXIA 3VQEA 4JI7K 2E20A 3HRGA 4O8KA 5KQDA 4FK4A 3BZCA 2ZJRL 3I8DA 1C0GA 4YHHK 3G4SN 1REVA 4JI4K 3TARA 1D9FA 1RBRA 1KSPA 3CQXA 3K9KA 4KHQA 4H5NA 3VQ9A 4H0VB 3OBWA 4M63C 3V9UA 3SAGA 3I0SA 1BOTO 3PSIA 4RW9A 3HSCA 3R3LA 3I56N 3CCLN 2CGKA 2A6AA 4W5QA 4MQ3A 4U67L 1NKBA 5LMUK 3SPZA 1SL1A 3CFPA 3VF4A 3LP3A 3EKUA 1S6PA 2P5GA 1I39A 2GWJA 2QWPA 3M8QA 3AVIA 5AQTA 4HUGA 3EYZA 3V6DA 3H3NO 2O8BA 4OPHA 5AQJA 5C12A 3HP6A 3O4QA 3MAQA 3AVFA 1RDDA 2FLOA 1GOBA 3TPQA 3O9TA 3M8RA 1Q9YA 2VG5A 4BRQA 2ASMA 3THXA 4FJ5A 2LSNA 5DM6L 4BRNA 4M42A 3V9SA 5JLHA 3VGMA 3F2KA 4CECA 1UA1A 1X9WA 4O55A 3RR7A 3HO1A 5BPLA 4N76A 3RMDA 5E26A 2RHKA 1T6CA 4BREA 4B1UB 4XH1A 2ZGZA 5FRMA 4H8KA 2E88A 3PO4A 3M6GA 3QMLA 3V1OA 1VQKN 1RILA 4H0TB 2D0OA 4FWNA 2FBYA 3QFUA 4JK8A 5J2PA 1CZBA 1JXBA 3BY5A 2ZQBA 3MWPA 5M1NA 3CG7A 1XNQK 1ILYA 1QVGM 1BG3A 2NRHA 2NRRA 4DTNA 4CD1A 4A2AA 4CBUA 4DQRA 3SBGA 4CF1A 3CJ1A 1NNEA 2P9LB 1DKGD 1RNHA 2NLXA 4YORA 4WCEL 2PFUA 4DSEA 3CD6N 1QZ5A 3WXIA 4CCHA 3AO2A 5AQFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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