4CK3A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ck3A00
3SQ2A 4E7LA 1TKDA 3KK2A 3NH0A 3O3GA 1K6YA 4ID1A 3VQDA 3VQ7A 4RG8A 4CERA 4KB1A 4KPYA 4CGIA 4HUGA 1RT2A 4CJFA 4QAGA 1S9GA 4FJHA 1WLJA 4O5BA 4W5TA 1BI4A 4TSXA 1SL1A 3TWHA 4QOZB 4GMJB 4KTZA 4WE1A 2ITGA 4CGDA 4Z0UA 3KLEA 2YNGA 2W42A 2OPSA 2EX3A 1RILA 1S9EA 3UIQA 3HXMA 4O55A 4CGFA 3LWLA 3F9KA 4DQSA 2X6SA 4I2PA 3TARA 1RT7A 1T7PA 4FZYA 3SPZA 1CXQA 4K8ZA 1WSGA 4LSLA 4UQGA 4IFVA 4DS4A 1TV6A 1XWLA 4M3WA 1KCFA 1X9MA 3NHGA 3DYAA 3AO1A 2RF2A 4KFBA 3OYFA 4OKJA 4AILC 4QCLA 2Z1GA 3HPOA 4FW1A 1WSHA 4IG0A 3WNHA 5HRRA 4IFYA 3EZ5A 4FJ7A 2I5JA 3NF8A 2PY5A 2OYQA 4IBNA 4DTSA 3D0PA 1SKSA 3WNFA 3G0ZA 1U4BA 1WSEA 4E19A 2RPIA 3QEPA 4ID5A 2G8WA 1ZBIA 1RTJA 4CEEA 1DTTA 1HYVA 2HHWA 4YNQA 2YHBA 3KLHA 3ITHA 4M41A 4M3RA 4CIEA 4RW7A 3L3UA 5J2MA 3SUOA 3VQPA 1IKWA 1Q8IA 3K5OA 4CJ4A 1L3UA 2JGUA 2WONA 4KO0A 4FLYA 2D0AA 2QKKA 1ZBHA 2XY6A 5HP1A 2YHAA 3KJVA 2IAJA 4ELVA 1GOAA 1IO2A 1NK7A 3L8BA 1BCOA 3QO9A 4ELTA 3CM5A 1S1VA 3LP3A 3OYMA 4B9VA 4F3OA 2X6NA 4KAZA 1J5OA 4NCBA 3SZ2A 5HROA 4C8LA 3QNOA 3OYBA 1ZBUA 3NGIA 3AA5X 3NF9A 4F2SA 4JS5A 3O3HA 1BIZA 2XRIA 3T3FA 2DTUA 4E1MA 1TKXA 1A5VA 1TL3A 3L2WA 4PWDA 3DLEA 3DM2A 2A1RA 2HNZA 4KKOA 4KTQA 3HVTA 3MXIA 2YNIA 2P5OA 1VSIA 5SZTA 3B6OA 1VSKA 3P5JA 1ITGA 1RBSA 3VQ6A 3KKSA 1HMVA 1VSFA 4CESA 4KV8A 3S9HA 4OLAA 4N5SA 2YKNA 4Z4CA 1L3SA 4CJVA 3I0RA 1GOCA 3CG7A 1RCHA 3L2VA 4HUEA 3QIPA 2NUBA 4B9TA 1O1WA 1BI4B 3DRRA 4DTJA 4CK2A 4DTUA 4FK4A 5HBMA 1RT3A 5KTQA 3PX4A 3S3MA 1Q9XA 4I2QA 1KLMA 3ZT3A 3ZSZA 4CJ3A 3OYHA 1RBRA 1SV5A 3KK1A 3ZSWA 1S1WA 2E6LA 4CHNA 2RN2A 4BE0A 4DTPA 3RMAA 1NJWA 4CF9A 2ETJA 2XY5A 1WN7A 3WNGA 3V1QA 3RWUA 3VA0A 1Y97A 4E7JA 4KHQA 3DRSA 4O44A 3TI0A 4CFCA 3DLRA 3AO3A 5CZ2A 2KTQA 2B5JA 1U04A 1EETA 1QHTA 2Y1JA 3LANA 3V9SA 1WSJA 4H8KA 4CK1A 4DG1A 4CJRA 1J53A 4JRQA 1X9WA 1HPZA 4F2RA 2HVIA 4B9UA 3SJJA 1B92A 1B9FA 3V1RA 2VG6A 3K5LA 3K5MA 1KTQA 4BE2A 1W0HA 3HJFA 3NDKA 2X78A 1C0UA 3LAKA 1TVRA 1I39A 2OPPA 5SWMA 4DTNA 3VQBA 5DMRA 4CIGA 3TAMA 3OYLA 2XHBA 4DSKA 3PX6A 2DFEA 3C95A 3F73A 5K14A 4FZXC 1CZBA 2FBYA 1S1UA 4LSNA 5FRNA 4DTOA 3AVKA 3HP9A 1B9DA 3MECA 3VQ9A 5JS2A 4KHWA 3KKRA 1G15A 4B8CA 4CEBA 1TK8A 1KSPA 4RW4A 3AVNA 1XHXA 1KVCA 3DLGA 4E3SA 3NF6A 3VQQA 3HYFA 3OYCA 1NK0A 1EKEA 1SL0A 4M3YA 2F8TA 1RDCA 5KRTA 2X74A 4KRFA 1ASWA 1HRHA 1FKOA 1S5JA 1JLCA 1LWEA 2HNDA 3NH2A 1BQMA 3QERA 3SQ4A 4CJWA 4B08A 4AHCA 1D5AA 4CGHA 5KRSA 1VRUA 3LWMA 2HB5A 3JYTA 2KW4A 1XI1A 2IDOA 4KHUA 2KFZA 4DSJA 2ZE2A 3SPYA 3TR8A 1UOCA 2DFHA 3NFAA 5FROA 3HSTB 5HRPA 4FLZA 5FDLA 3CQ8A 4FJNA 1QQCA 3K57A 4KI4A 4J2EA 4OJRA 3NH1A 4Z4FA 1JL1A 1L3VA 2G8HA 4I7FA 5C42A 3NAEA 1BGXT 3KLIA 1NK8A 2PYLA 2KQ2A 1SL2A 3OYJA 3HPGA 1YT3A 4DU3A 4PY5A 1ZBLA 2F96A 3OYKA 1NJXA 2BE2A 1C1AA 3DOLA 2XY7A 4EZ6A 1VSHA 3SUNA 3RMDA 2HHVA 3TAEA 3OYNA 3LDSA 3OYAA 4BWJA 4B3OA 2VWJA 3SUQA 4AHTA 4E0DA 2KZZA 4I9QA 3WNEA 4DSLA 2LSNA 4OKKA 3OYDA 3C6TA 4NCAA 1I3AA 1VSJA 5HRSA 3V81A 1NJZA 3E01A 4PQUA 1QE1A 4C8MA 3CFPA 3V9UA 4FJ5A 4CJSA 2VWKA 3NCIA 4BWMA 5I3UA 4FJJA 1VRTA 4FJIA 4NYFA 3O3FA 3QEWA 4F4KA 3DRPA 1XC9A 4FJLA 4HCBA 2QKBA 3HT3A 4NCGA 1SKWA 2FBXA 1RT4A 3DOKA 4DFKA 5J2NA 2HHUA 4DQIA 1C0TA 3O4NA 5CY4A 4HHTA 3EYZA 4EZ9A 1S1XA 4CJTA 1NK6A 4E7KA 4ZHRA 1IG9A 3FFIA 3I8DA 4Y1DA 1RNHA 4CE9A 3V4IA 1BHLA 3VQAA 4FJGA 4OGEA 2D5RA 1TKTA 4M45A 1NK5A 3LP1A 2HVHA 4FW2A 1BL3A 4GW6A 5J2PA 1REVA 4M3TA 1RTHA 2Q3SA 3VQ8A 4DSIA 1WAJA 5EU7A 3QNNA 2P5GA 2XY8A 3PV8A 3LP0A 1NK9A 1JL2A 2IC3A 5JS1A 3BGRA 4LD0A 3TAQA 1T8EA 3PY8A 1BQNA 3NBPA 3U3GA 3AVHA 4CEDA 2D0CA 4DWIA 4PUOA 1JLAA 1HJRA 3AA3A 3KLFA 4EP4A 4CJKA 1S1TA 1S6QA 4N47A 4CGJA 3L2RA 4DSFA 3VN5A 4DFPA 4FYDA 4KHSA 4H4MA 1QSSA 3ZT1A 1FKPA 4Z4GA 2XO7A 1KLNA 4OPJA 2P1JA 4EP5A 3V6DA 4CJUA 4FJKA 1BCMA 2ATQA 3QESA 2BDPA 4O0IA 5KI6A 3HL8A 1HYSA 2DY4A 3K58A 3RMCA 3M8SA 1EX4A 1KVBA 1UAXA 1EP4A 3AVAA 4DSEA 4RW6A 1HQEA 3MEEA 4Q5VA 4FVMA 2EHGA 1DTQA 1TK0A 2HW3A 1RTIA 3H08A 4BDPA 1MU2A 3AVGA 4CEFA 3ZSYA 3ZSVA 4OPKA 2YV0X 4CJLA 5CYQA 1JLFA 4CEOA 5E41A 3B6PA 4AHSA 3ASMA 3PO5A 3QLHA 4NYNA 4JRPA 1NKEA 2OZMA 5T7BA 2HHTA 3MEDA 4OKEA 2G8FA 1NK4A 4CF1A 3RR8A 3ZT2A 2GUIA 3LALA 4HTUA 4CHZA 3OS0A 1YVUA 3D45A 3EY1A 1R0AA 4ELUA 4DQQA 2AJQA 4IKFA 3VQ4A 1CLQA 4DU4A 4DQRA 3AO4A 4KREA 2IGIA 3TAGA 4O4GA 1SKRA 4B9MA 3LPTA 4MQ3A 4CECA 4JS4A 2Z1IA 3OYGA 3ZSQA 1SUQA 3KIOA 1HNVA 4LH4A 1GOBA 4CGGA 5KGXA 3CYMA 1C1CA 5KGWA 4CJQA 4W5OA 4PA1A 3SV4A 1QSLA 5D3GA 3OJUA 4GVMA 1LWCA 3U3YA 4W5RA 3SNNA 1RDAA 4CF8A 2YNHA 5HRNA 1Q9YA 4Z4HA 4OLBA 4CF0A 2A1SA 3NGZA 4ZTFA 3KD5E 4W5NA 1YTAA 1NJYA 4KHNA 4JLHA 1BISA 3NGYA 4E7IA 4IG3A 1UA0A 3HPHA 1ASVA 2E4LA 5J1EA 3KLGA 2B6AA 3K5NA 4DTXA 4FJMA 1RBVA 2D0BA 4FK0A 1RT1A 1JLEA 1LAVA 1RBUA 3OS1A 1A5XA 1N5YA 3G10A 4J2AA 3HP6A 1KFSA 1LAWA 3AVFA 4C8NA 4HVJA 5FRMA 3ZSOA 3DI6A 4OVLA 1KFDA 3RRGA 4FJXA 3CM6A 4B9LA 2HNYA 1IKYA 4E89A 2VG5A 2HHXA 3P83D 1F21A 1TL1A 1ASUA 4Z4IA 3C6UA 1VSLA 5I42A 2F8SA 3RR7A 1JXBA 1HQUA 1QS4A 4CF2A 3KD1E 4Z4EA 1KVAA 4DTRA 3LPUA 3ZT4A 2KFNA 4KHYA 3RTVA 3SUPA 4DLGA 2HHSA 1RDDA 4B8AB 4BDYA 2O4GA 1TAQA 4CCHA 4KTWA 2HMIA 2IOCA 3MXMA 4I9LA 3HM9A 3OS2A 3OYEA 1JLBA 3V9XA 4CHYA 1EXQA 1TAUA 1VSMA 2FBTA 3IG1A 4BDZA 3U6FA 3A2FA 4DU1A 4HUFA 4DMNA 4XIUA 3IRXA 4FLWA 4DF8A 4N41A 2RKIA 2WOMA 3M8PA 3MEGA 4B9NA 3K2PA 1CXUA 1JXEA 4L8RB 4J2DA 4M3XA 3QINA 4LH5A 3CFRA 2Z1HA 1VSDA 4CFBA 4FCYA 2QK9A 1IKVA 1BIUA 3HK2A 4K8XA 3M8QA 3RMBA 4FZZA 3ZSRA 4MFBA 1C6VA 1NKBA 4DFJA 3SV3A 4FK2A 3AVIA 3KK3A 4CEAA 3LZJA 3L3VA 3O4QA 4LY7A 1N6QA 1IH7A 4Q0BA 1S6PA 2HHQA 2KZMA 3AVJA 1HYZA 3AV9A 2GBZA 3S3NA 3AA4A 4BE1A 1TK5A 1NKCA 4J2BA 1RTDA 4F3TA 4E1NA 2P51A 3V9WA 3LZIA 1VK0A 4CJ5A 4H4OA 4CJPA 3DLHA 4G1QA 1DLOA 1WSIA 3AA2A 3T1AA 4CHPA 4F8RA 1TGOA 3AVMA 3M8RA 4DTMA 1Z26A 1D8YA 1CZ9A 1LWFA 1ZYQA 1L5UA 2OZSA 3QEXA 2OPRA 1UWBA 3QEIA 4DFMA 1RDBA 4RW8A 3V1OA 4FM1A 1UA1A 1U48A 3SI6A 3LAMA 3AO5A 3SQ1A 4BACA 1T03A 4CIFA 4IDKA 5J2QA 3TAFA 4N76A 2BANA 1WSFA 4OGCA 2IS3A 3DLKA 1JKHA 1FXXA 3L2UA 3MAQA 4ZTJA 2G8VA 3PO4A 1RBTA 4C8OA 2G8IA 2O4IA 2PYJA 3ZCMA 4CFDA 4AHUA 1WAFA 4CHQA 3AVLA 3VQ5A 4O0JA 2QXFA 1QSYA 4FM2A 1U49A 1VSEA 1KRPA 4R5PA 3PX0A 2DFFA 3QIOA 3PUFA 4E7HA 2JLEA 3IS9A 3QEVA 1RT5A 2VG7A 3THVA 4C8KA 3JSMA 3TANA 4AH9A 3MXJA 4KB0A 1X9SA 4KI6A 5DK5A 3SYZA 2GV9A 2FBVA 1HNIA 3K59A 3DLBA 2E6MA 4CHOA 1JLGA 5HLFA 3RRHA 4CK3A 4FLUA 3ALYA 3QETA 1U47A 1D9DA 1IKXA 1RT6A 1J9AA 4FJ9A 2B4JA 3LP2A 5CYMA 4W5QA 3VQCA 1XHZA 5CZ1A 2OPQA 1LW2A 4FLTA 4FJ8A 4HCCA 4FXDA 4CJEA 3OYIA 3AVCA 3CFOA 1LV5A 1T05A 3KTQA 3ISNC 3NF7A 1W9HA 4N56A 3V9ZA 1FK9A 3IAYA 1ZBFA 1NOYA 3P1GA 3AVBA 2G8KA 3HO1A 1Z25A 4Y1CA 2Z1JA 4DS5A 2Y1IA 1J54A 3HVRA 4YFUA 1X1PA 2YNFA 3AO2A 1NOZA 1C1BA 3C94A 3DMJA 4AHRA 3L2QA 3VA3A 3I0SA 2R7YA 3S3OA 4AHVA 3ULDA 4CEZA 5C25A 2G8UA 1YTUA 1LW0A 1C0MA 1TKZA 3TAPA 3BDPA 2ZD1A 1QTMA 1L3TA 3OVNA 4RW9A 1D9FA 4DLEA 4CEQA 2PZSA 4M3ZA 4M42A 1A5WA 3VQEA 1WNSA 2YKMA 4DQPA 2BGGA 4FLVA 3NE6A 4DF4A 4FLXA 2FC0A 2ZQBA 4CFAA 3OY9A 5C24A 4FM0A 3TABA 3SCXA 1U45A 3OJSA 2OA8A 3SQ0A 3T19A 1JLQA 4ICLA 4M3UA 3ZT0A 3ZSXA 4B9SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KK2A 3O3GA 1K6YA 3P38A 3CCVN 4TSXA 4QOZB 4KTZA 4JI6K 4WE1A 1S9EA 2O8DA 3LWLA 4DQ8A 2X6SA 3TARA 1RT7A 4YOXA 1MA9B 1T7PA 4UQGA 4G9ZA 4M3WA 1X9MA 2O8BB 4OKJA 3HPOA 4FW1A 3ZX2A 3DXKA 4YHHK 1WSHA 3HOTA 1MWKA 3EZ5A 2E1YA 2JWKA 2I5JA 5GADP 4DTSA 1IBKK 1U4BA 3KK7A 2RPIA 2G8WA 2Q0RA 1DTTA 5BRDA 3CQYA 4CIEA 4J8FA 4CJ4A 3K5OA 1Q8IA 1SQKA 3CHWA 2D0AA 2QKKA 3P31A 1GOAA 1S1VA 3SZ2A 3Q7BA 5HROA 3SBTA 3NF9A 1NMDA 3O3HA 3R3LA 1A5VA 3DLEA 4NO7A 3DM2A 5JVGL 4BRLA 3HVTA 1VQ6N 1WBBA 3P5JA 3VQ6A 4FWSA 5F0XA 1VSFA 4GV3A 4PL7A 1IG8A 1YHQN 2EWSA 4MO4A 3I0RA 4CJVA 1GOCA 1QQMA 4BRIA 4MLHA 3VPZA 1S72N 5AQNA 1Q9XA 4BC2A 3OYHA 1U2VA 3U9ZA 1YJNN 4DTPA 4DKWA 4CF9A 2ETJA 1WN7A 3WNGA 1Y97A 4KHQA 4JYAK 3TI0A 4NLCA 3WXKA 5CZ2A 4BVPA 2CH6A 2B5JA 4BRPA 4JI7K 4H8KA 4DG1A 4XH4A 4YOUA 1HPZA 4BRFA 1B9FA 3IUCA 4LF5K 1KTQA 4BE2A 1X9JA 2OPPA 4ILJA 3OYLA 2ZJPL 4NB4A 3F73A 2BH1A 3UB5A 5K14A 4B1WB 2FBYA 4PKIA 5KQDA 2RHKA 1YITN 4DR3K 2UUAK 3HZ6A 1V4TA 5JS2A 1G15A 4CEBA 4CBWA 1TK8A 3CETA 1NK0A 1EKEA 5AQWA 4BREA 2X74A 1ASWA 4WFAL 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3KK2 A;  3O3G A;  1K6Y A;  3P38 A;  3CCV N;  4TSX A;  4QOZ B;  4KTZ A;  4JI6 K;  4WE1 A;  1S9E A;  2O8D A;  3LWL A;  4DQ8 A;  2X6S A;  3TAR A;  1RT7 A;  4YOX A;  1MA9 B;  1T7P A;  4UQG A;  4G9Z A;  4M3W A;  1X9M A;  2O8B B;  4OKJ A;  3HPO A;  4FW1 A;  3ZX2 A;  3DXK A;  4YHH K;  1WSH A;  3HOT A;  1MWK A;  3EZ5 A;  2E1Y A;  2JWK A;  2I5J A;  5GAD P;  4DTS A;  1IBK K;  1U4B A;  3KK7 A;  2RPI A;  2G8W A;  2Q0R A;  1DTT A;  5BRD A;  3CQY A;  4CIE A;  4J8F A;  4CJ4 A;  3K5O A;  1Q8I A;  1SQK A;  3CHW A;  2D0A A;  2QKK A;  3P31 A;  1GOA A;  1S1V A;  3SZ2 A;  3Q7B A;  5HRO A;  3SBT A;  3NF9 A;  1NMD A;  3O3H A;  3R3L A;  1A5V A;  3DLE A;  4NO7 A;  3DM2 A;  5JVG L;  4BRL A;  3HVT A;  1VQ6 N;  1WBB A;  3P5J A;  3VQ6 A;  4FWS A;  5F0X A;  1VSF A;  4GV3 A;  4PL7 A;  1IG8 A;  1YHQ N;  2EWS A;  4MO4 A;  3I0R A;  4CJV A;  1GOC A;  1QQM A;  4BRI A;  4MLH A;  3VPZ A;  1S72 N;  5AQN A;  1Q9X A;  4BC2 A;  3OYH A;  1U2V A;  3U9Z A;  1YJN N;  4DTP A;  4DKW A;  4CF9 A;  2ETJ A;  1WN7 A;  3WNG A;  1Y97 A;  4KHQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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