4D6EA

Crystal structure of a family 98 glycoside hydrolase catalytic module (sp3gh98) in complex with the blood group a-trisaccharide (x01 mutant)
Total Genus 219
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
219
sequence length
586
structure length
578
Chain Sequence
EVDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYYTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTESYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNVGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKEKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTDKLIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHFLEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords GLYCOSIDE HYDROLASE
publication title Towards Efficient Enzymes for the Generation of Universal Blood Through Structure-Guided Directed Evolution.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 219
structure length 578
sequence length 586
ec nomenclature ec 3.2.1.102: Blood-group-substance endo-1,4-beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-11-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 4d6eA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d6eA01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 4d6eA02
2F8QA 2JIWA 4EE9A 2E24A 4PBGA 4P7QA 1P6WA 3CUFA 2ZX6A 3WSUA 1RP8A 3AS1A 1B30A 2CIPA 2QMKA 1FHLA 2CXGA 4CU8A 1HX0A 1EH9A 3BCFA 3RIKA 2W63A 3VGBA 2YIHA 1V3JA 1NWRA 3VO0A 1KBBA 2WHMA 1MFUA 3WBEA 3ZSSA 5A95A 2FGLA 1HNYA 2VO5A 4DM2A 3AIVA 2YKKA 2VZSA 2BRWA 3SCVA 2WHLA 5JIWA 2WVVA 2E0PA 1ZJBA 2J7BA 2NSXA 3DECA 1LL7A 1OGGA 3AXXA 2MANA 5A8QA 3F5LA 2OWWA 5KZ6A 1B0IA 2QLYA 1J10A 1NOWA 3NJ3A 4BF7A 1E6RA 1UKPA 2XM2A 3FAXA 4EANA 3EDJA 1C8YA 5GNZA 4CN4A 3W81A 2UY3A 4PMYA 4X0NA 1HXJA 4NF7A 3TTSA 2XIBA 5A8OA 1E43A 3RILA 3WNOA 4MJ2A 1HKIA 4WKHA 1WZKA 1R85A 3PBGA 2NW0A 4PMXA 4M24A 2WZHA 3POHA 1TZ7A 4FLRA 3U7VA 3UR8A 4B9YA 1EHNA 3B9EA 2EEXA 2BVDA 2VR4A 2J77A 3ARTA 2X0HA 3ZT7A 3BLPX 3WY1A 2E9BA 4GINA 2EO7A 4H2CA 2J7GA 3AHZA 3GXIA 3BC9A 1E6PA 3IANA 2X09A 4GZJA 3UR7A 3VIJA 3EMZA 1GQJA 3LPFA 3CZEA 1EDQA 3SUVA 1B3XA 1HIZA 3AQUA 4KRTA 2Y8VA 4EKJA 1JZ2A 1SMAA 1Q6EA 1W9BM 2QV4A 3VNZA 2J25A 3PZNA 1E70M 2WPGA 3VPLA 1E4LA 4X0VA 3W4RA 5I78A 3WNMA 1K9DA 2VX7A 5BCAA 2O9OA 4ZXLA 2W67A 1TVNA 1FH8A 4BCEA 1G01A 2GJPA 4ZXOA 2DPEA 5I2UA 3BAWA 4D6EA 3IAQA 3WD3A 4ZE4A 1QW9A 3K8KA 4UFIA 4QLLA 4ATDA 4CU6A 4UOZA 4CCDA 4D6JA 2GJRA 4PUEA 4AY1A 5CLWA 1AQHA 4UCFA 4D6DA 1XSKA 4F9JA 2ZE0A 4DUWA 1DHKA 3OLIA 3OGSA 4NRSA 1DWJM 1J0JA 2G4FA 1LWHA 1N7NA 5FL1A 1W91A 4DM1A 3VIIA 3GBEA 5BRPA 1C3FA 1PX8A 2VCBA 2V3FA 1EOKA 4JL2A 1FP8A 2XPKA 3NCOA 3SCWA 1OIMA 1B9ZA 1SMDA 2D0HA 1TR1A 1XCXA 1B2YA 1DTUA 4AIUA 2JIEA 5D8WA 3AOFA 1LJYA 1C82A 1QI0A 2VVSA 1R8LA 3GNOA 3N9KA 3OZPA 2X05A 2X1IA 3U7BA 4PTVA 4H8VA 1QNOA 2BHZA 4U31A 3WFZA 1ZS2A 1W3LA 1LF1A 2EPMX 5FD0A 1VEPA 1S46A 1UR8A 1XGZA 4PTXA 3CZLA 4FLSA 3RJYA 3UERA 4LX4A 1WAWA 3GXDA 1VBUA 3AMCA 5BWFA 4JFVA 4PEEA 1H11A 4UQCA 2G3NA 1WZAA 2XHYA 3IJ7A 4JFUA 5ECUA 1CEOA 3WF1A 1ITCA 3EMQA 4D1IA 1JDAA 1OJPA 3AJ7A 3WMCA 1EO5A 3WD4A 1UUQA 4BA0A 4HOWA 1J18A 1UA7A 2DSWA 3QHOA 2OYLA 3ZSTA 1HVQA 4GIAA 1UD3A 4AD2A 3CZJA 1CGTA 4AD1A 2EJ1A 2D2OA 4F66A 2J47A 1GVYA 1UWIA 3N11A 2JEPA 3L4TA 1UWQA 1V02A 1UA3A 2HVMA 5ABFA 3PHAA 1E1FA 5CG0A 2PBGA 2Z1KA 1TE1A 1ISYA 2DEPA 2WBKA 4M81A 4AIEA 2W66A 2PWGA 5HOSA 4HZ6A 1I1WA 4HZ8A 3AROA 3TP4A 4M80A 3VX1A 3WL1A 4JHOA 2YLLA 1E3XA 1L0PA 3GBDA 1VFMA 2EXOA 5A8NA 3O2LA 4C7FA 1ISWA 1QNQA 2XGBA 2WMIB 1QBBA 1TA3A 4LYQA 4TVUA 1OINA 1OT1A 2YBUA 4UQEA 3VILA 5I0DA 5D4YA 7TAAA 4ATLA 1H1NA 3TONA 1CENA 2D1ZA 3RM9A 3MUAA 5A8PA 5AY7A 2WMFA 3NSMA 5TD4A 1RWCA 4KRUA 1OBAA 1CB8A 2YDRA 4ACZB 1HMWA 4QLKA 2EPKX 3T0BA 2CHOA 5I6SA 3UG3A 1MVYA 2BVYA 1DWGM 5JBDA 5D9NA 1TG7A 1C91A 2ZICA 1KR0A 2V3GA 2BHYA 1G0CA 1KGWA 1ZBKA 4UZSA 4GI9A 1CECA 1XHGA 1UD2A 3BSHA 1DP0A 3CLWA 1E15A 1WPCA 5CJ5A 2J7FA 4W84A 1JNEA 2VQUA 5IHRA 1EA9C 1E6SM 3T2PA 1Y7VA 3UG5A 2XWDA 1DWFM 4MNKA 5DT7A 4D6HA 2G3IA 2JEQA 1QI3A 1TUXA 3BMVA 4QCEA 2YLAA 3MMWA 1JFXA 2WZEA 1DWHM 3OBAA 1JYXA 3BLKA 4LYRA 2V5DA 3B8SA 2FGZA 5M17A 4PSRA 3GH4A 2GK1B 2V3DA 2J7EA 1W2VA 3BMWA 2WCSA 4UTFA 3EYPA 2WCOA 4F8XA 1H0GA 1H4PA 2CKRA 4UFJA 3MO4A 2YL9A 2J4GA 1LXKA 1V0KA 2C0HA 3DHUA 4PTWA 3MS8A 4RE3A 1MW2A 3LPGA 1AVAA 3AS0A 4FMVA 5AYBA 4CD8A 3SIMA 4DWSC 1XYZA 2BRVX 1W32A 2GJXB 3GYCA 2ZXDA 4MNJA 4AD0A 3RJXA 1IZKA 3EDDA 1G5AA 4KWUA 3AYSA 4HTYA 2VR5A 3FHQA 3WN6A 1AMYA 5A2AA 4WF7A 1N7RA 1OGSA 4OBRA 2CBVA 4MB3A 3T08A 5CLTA 4FK9A 1XSIA 3K8MA 3PZVA 3TA9A 2J8GA 1E72M 5IFPA 2WC3A 4BQ3A 4PMQA 4CGTA 3LPPA 1W1PA 3ARRA 2D3NA 3UCQA 2WBGA 1E55A 4YHGA 2WKGA 1L8NA 2WWCA 1V6YA 2VRJA 1HMUA 2YBTA 2VQTA 1UWSA 4AZ5A 1CWYA 1JF6A 3WBAA 2XUCA 2G41A 3WNKA 3ZR5A 3DC0A 1RP9A 4UFLA 1JFHA 4TUFA 3THDA 3AHVA 1VRXA 3WH7A 1GOMA 2VX6A 5A8MA 1O6IA 2YA2A 2XGIA 2EPOA 1ZBVA 4KMQA 3WEMA 2IXVA 5CQ1A 5FKYA 1B3VA 3ARSA 1VFOA 4KGLA 2E4TA 1LWJA 3O6AA 4J3VA 3MMUA 3AIRA 1CLXA 1UYQA 3MUY1 4QCFA 1CZ1A 1E0VA 2XFRA 1V03A 4HP5A 1EGUA 3SCRA 2XM1A 1UR2A 2EQDA 2AAAA 4WLCA 4Q22A 1ECEA 3WD2A 4GQRA 5C71A 4AWEA 2WMIA 3HMCA 3CPUA 1N7PA 1XYFA 1UH4A 1EOMA 4UZUA 2DIJA 3WMBA 1R7OA 5KEZA 4NRRA 1V6UA 1PX3A 2ESCA 3VGGA 5CSUA 2J78A 1HM3A 2J8FA 4OOZA 5HDRA 1WDPA 1ZBWA 1GJUA 3F5KA 1PJ9A 2WMHA 5FCZA 1Q6GA 2BY0A 4PMUA 5D9OA 2XG9A 4P7RA 1OJOA 1LL4A 1JF5A 3K4AA 4LPCA 4QLJA 1US3A 1MFVA 2WC7A 7CGTA 3ALFA 3SURA 3VNYA 3ZQ9A 3WUFA 1E4IA 3EDFA 1IV8A 3A4XA 3NIYA 4AEFA 4A4AA 3VDCA 4AMCA 4PMNA 3SEPA 1JXJA 2ZUWA 4W86A 4AZ7A 3OA5A 4C7GA 1H5VA 3PZOA 1GJWA 1K9EA 1W9VA 2CNCA 3VINA 4W7UA 1UZ4A 2C7FA 4CU7A 1WDQA 1OJNA 3ZR6A 2DH2A 4OBSA 5IXEA 2GK1A 2WLYA 3SUWA 1BVZA 1G1YA 5BRQA 3UETA 1EO7A 1HKJA 2BVTA 3BSGA 2VURA 2WDAA 2VX4A 3AIBA 3FNDA 3NYDA 4ZE5A 3ZM8A 1J01A 1E5NA 3SCTA 2E22A 6CGTA 1J11A 2CHNA 3GH7A 4Z2GA 5I3DA 4P8VA 1HJVA 1NP2A 1U2YA 3CBWA 2VUYA 1V0NA 1ZL1A 4B3KA 1PEZA 3PTKA 1WDSA 4UOJA 2G3MA 1M04A 3OB8A 4PTMA 1GUVA 4HU8A 2XIIA 2AOSA 3GTNA 3OLGA 2DT2A 5CXPA 1DEDA 1JYVA 5DT5A 4TXEA 1UKTA 3WQ4A 1W3KA 3UG4A 1KGXA 3ARYA 2OYKA 3K4DA 3VIFA 2G3JA 2FH6A 4UNIA 6TAAA 1HP4A 1NP0A 4UFKA 3MUIA 1N7OA 2D22A 1BGAA 4JHZA 4BQ4A 1HJXA 3LMYA 4DUVA 3WD0A 1MQPA 3ZJ6A 4CD6A 2O92A 5C8BB 5A6AA 1MQRA 3WMSA 2VNCA 2GDUA 2PB1A 2ZIDA 1KQYA 1ZJAA 3SUSA 1CGYA 3VTRA 1UH2A 4UQAA 3FN9A 3VIKA 2A3EA 3PZUA 3AISA 1W3YA 1TVPA 1UKQA 2WMGA 1G94A 2CERA 4TVCA 5I23A 3AIEA 4JFTA 3MANA 4HMCA 3WF0A 1FHDA 1H0IA 2DSKA 2A3CA 5M3WA 3CHCA 1NWUA 2XWEA 3KWXA 2WZIA 1K9TA 2GFTA 3KEHA 2DSZA 3D5HA 1CDGA 3GNRA 4M56A 1J0YA 1CGVA 1QHOA 4A3YA 1HT6A 2FHBA 3K1DA 2WMJA 1ESWA 4V28A 2D24A 4H8HA 2YOCA 1ISVA 4OIFA 1J0MA 2DT3A 5GPRA 3CGTA 1V0LA 1CXHA 4A3HA 1KQZA 1H2JA 1J12A 1VBRA 4AEEA 3QOMA 4IPNB 1ODUA 5CGMA 3LPOA 1MW3A 5BXTA 2Y2WA 1N82A 3WUGA 3MSDA 4N42A 1IT0A 1E6XM 3PZTA 4W7VA 2FH8A 3ARVA 4W88A 4R5EA 4UQDA 4KH2A 4AD5A 2XVLA 2DH3A 1E0WA 1WNOA 2VCCA 2W92A 5A3HA 1ISXA 1G9HA 5HXMA 4Z2JA 2FHFA 4E4PA 4XUYA 1MW1A 3BXWA 4TX8A 4XZBA 3BH4A 5HNNA 2CBIA 5BYWA 4GI8A 1CXLA 2XJ7A 1ZU8A 1RWHA 2ZUMA 4U3AA 3VDHA 3T2QA 5E6ZA 3DYOA 2FDMA 1HKMA 1KCLA 3ZJ7A 1YHTA 1Q6DA 2BV9A 1UR0A 3ARWA 1GHRA 1M01A 2D3LA 4H41A 3AHYA 2W4XA 4PRWA 3VD5A 4RE2A 2WHKA 3WDHA 3IJ8A 2WVTA 3RM4A 1QBAA 1JZ7A 4CN1A 3VGFA 4NI3A 3AMGA 1UD5A 4HA4A 2BXYA 4DUXA 2CCRA 3WUEA 1M53A 1QPKA 4NZCA 1LG2A 4U5IA 1U30A 1BYCA 4HPGA 4HA1A 2JF7A 2OSXA 4GZEA 1LXMA 1E4MM 3IAPA 1KWKA 2PWEA 1W1YA 3TTYA 4GO9A 1NQ6A 1V6XA 1EDTA 3L4UA 1N7QA 4C7DA 3WL0A 1V3MA 4PCSA 1W3JA 4FLOA 1BYAA 2WLZA 4YPJA 4URIA 2ZWYA 1GPFA 4KGJA 2BNJA 2F61A 1RD6A 4P8XA 4GKLA 3SCSA 3CH9A 1D7FA 2ZUUA 4JIEA 5EBAA 1E6QM 2PWHA 4J3WA 2RGLA 1EXPA 3WF2A 1JXKA 3W82A 4PMRA 4QAWA 2YA1A 1B3ZA 2VTFA 3VGDA 2VZUA 1BTCA 1HKKA 1OT2A 3QOKA 3RDKA 4RE4A 4E2OA 1QHZA 3A4AA 1W1TA 2VRQA 5FIPA 4J7RA 4MADA 5E0FA 4OOUA 2CBJA 1H41A 1JGIA 4S3JA 3GXMA 1OSEA 5A6JA 1W9XA 1CGXA 4UFMA 3B9AA 3THCA 2VZOA 2OYMA 2YDQA 2GSJA 4D6IA 1V0MA 2CBUA 1UD4A 4WIWA 2X0YA 4DWSB 4AZGA 1F4AA 1EGZA 1AQ0A 1RWAA 3IJ9A 3K46A 5BROA 1GOKA 3APGA 4MB4A 3ZO9A 4M1RA 1KXTA 1UH3A 3AS2A 4WSJA 1CXKA 4AZCB 1C8QA 2E8ZA 1OM0A 5A6SA 4N0RA 1JAKA 1OD0A 4WSKA 4ML4A 1Q6FA 1JAEA 4MPKA 4MB5A 4AIOA 1RWFA 3ARPA 5LA0A 2DIEA 4IPLA 3L2MA 1CGUA 5A6BD 1XH0A 1PIGA 2NT1A 1GCYA 3UEQA 3ZJKA 1GQLA 4GXPA 4LYPA 4E8DA 3N15A 1X1IA 4AZ6A 3MUZ1 3CHEA 3CZ8A 1OIFA 4Q7NA 2A3HA 4J3XA 4XX6A 4IISA 3VOCA 1UG6A 1M03A 3E1F1 2ZUVA 3VGEA 4MB1A 3A47A 3HU7A 1GOOA 4YN5A 4JAWA 3GXFA 4Z2KA 5CSYA 3DHPA 2XSAA 2WHJA 2XVKA 1JDCA 3MMDA 7A3HA 2TAAA 5IDIA 1FA2A 1B31A 3AICA 3L2LA 3KL0A 1UD8A 2XVNA 3WH8A 3OZOA 4S3KA 2QF8A 4W8LA 5A6KA 1E6NA 3PZ9A 2O9PA 2CKSA 1CIUA 3AMKA 1E73M 4W89A 2WSPA 2RGMA 3NUKA 5AC5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2F8Q A;  2JIW A;  4EE9 A;  2E24 A;  4PBG A;  4P7Q A;  1P6W A;  3CUF A;  2ZX6 A;  3WSU A;  1RP8 A;  3AS1 A;  1B30 A;  2CIP A;  2QMK A;  1FHL A;  2CXG A;  4CU8 A;  1HX0 A;  1EH9 A;  3BCF A;  3RIK A;  2W63 A;  3VGB A;  2YIH A;  1V3J A;  1NWR A;  3VO0 A;  1KBB A;  2WHM A;  1MFU A;  3WBE A;  3ZSS A;  5A95 A;  2FGL A;  1HNY A;  2VO5 A;  4DM2 A;  3AIV A;  2YKK A;  2VZS A;  2BRW A;  3SCV A;  2WHL A;  5JIW A;  2WVV A;  2E0P A;  1ZJB A;  2J7B A;  2NSX A;  3DEC A;  1LL7 A;  1OGG A;  3AXX A;  2MAN A;  5A8Q A;  3F5L A;  2OWW A;  5KZ6 A;  1B0I A;  2QLY A;  1J10 A;  1NOW A;  3NJ3 A;  4BF7 A;  1E6R A;  1UKP A;  2XM2 A;  3FAX A;  4EAN A;  3EDJ A;  1C8Y A;  5GNZ A;  4CN4 A;  3W81 A;  2UY3 A;  4PMY A;  4X0N A;  1HXJ A;  4NF7 A;  3TTS A;  2XIB A;  5A8O A;  1E43 A;  3RIL A;  3WNO A;  4MJ2 A;  1HKI A;  4WKH A;  1WZK A;  1R85 A;  3PBG A;  2NW0 A;  4PMX A;  4M24 A;  2WZH A;  3POH A;  1TZ7 A;  4FLR A;  3U7V A;  3UR8 A;  4B9Y A;  1EHN A;  3B9E A;  2EEX A;  2BVD A;  2VR4 A;  2J77 A;  3ART A;  2X0H A;  3ZT7 A;  3BLP X; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2F8Q A;  2JIW A;  4EE9 A;  2E24 A;  4PBG A;  4P7Q A;  1P6W A;  3CUF A;  2ZX6 A;  3WSU A;  1RP8 A;  3AS1 A;  1B30 A;  2CIP A;  2QMK A;  1FHL A;  2CXG A;  4CU8 A;  1HX0 A;  1EH9 A;  3BCF A;  3RIK A;  2W63 A;  3VGB A;  2YIH A;  1V3J A;  1NWR A;  3VO0 A;  1KBB A;  2WHM A;  1MFU A;  3WBE A;  3ZSS A;  5A95 A;  2FGL A;  1HNY A;  2VO5 A;  4DM2 A;  3AIV A;  2YKK A;  2VZS A;  2BRW A;  3SCV A;  2WHL A;  5JIW A;  2WVV A;  2E0P A;  1ZJB A;  2J7B A;  2NSX A;  3DEC A;  1LL7 A;  1OGG A;  3AXX A;  2MAN A;  5A8Q A;  3F5L A;  2OWW A;  5KZ6 A;  1B0I A;  2QLY A;  1J10 A;  1NOW A;  3NJ3 A;  4BF7 A;  1E6R A;  1UKP A;  2XM2 A;  3FAX A;  4EAN A;  3EDJ A;  1C8Y A;  5GNZ A;  4CN4 A;  3W81 A;  2UY3 A;  4PMY A;  4X0N A;  1HXJ A;  4NF7 A;  3TTS A;  2XIB A;  5A8O A;  1E43 A;  3RIL A;  3WNO A;  4MJ2 A;  1HKI A;  4WKH A;  1WZK A;  1R85 A;  3PBG A;  2NW0 A;  4PMX A;  4M24 A;  2WZH A;  3POH A;  1TZ7 A;  4FLR A;  3U7V A;  3UR8 A;  4B9Y A;  1EHN A;  3B9E A;  2EEX A;  2BVD A;  2VR4 A;  2J77 A;  3ART A;  2X0H A;  3ZT7 A;  3BLP X; 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