4D6FA

Crystal structure of a family 98 glycoside hydrolase catalytic module (sp3gh98) in complex with the type 1 blood group a-tetrasaccharide (e558a, x01 mutant)
Total Genus 215
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
215
sequence length
586
structure length
586
Chain Sequence
EVDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYYTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTASYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNVGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKEKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTDKLKESVSSSRIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHFLEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords GLYCOSIDE HYDROLASE
publication title Towards Efficient Enzymes for the Generation of Universal Blood Through Structure-Guided Directed Evolution.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 215
structure length 586
sequence length 586
ec nomenclature ec 3.2.1.102: Blood-group-substance endo-1,4-beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-11-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 4d6fA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d6fA01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 4d6fA02
2J75A 5AC4A 2X0YA 3SCWA 3W4RA 2WMFA 4DM1A 4P8XA 1NOUA 3RIKA 3MUY1 2VRKA 5D8WA 4AW7A 2OWCA 2WCSA 2BRVX 4U5KA 1QI2A 4XZWA 4PTXA 4MPKA 1VJSA 5C70A 1E55A 3T08A 1UR1A 1TUXA 1CLVA 2W92A 1DWIM 1E9LA 1W1PA 1U33A 4PMOA 1XSJA 1CENA 3AZSA 3RPMA 4HMDA 3K4AA 3VIGA 3KL0A 3GH5A 2BVTA 3ARXA 1M03A 1SMAA 1Q6GA 3OBAA 4LYPA 3MUIA 4PMUA 4LXFA 1S46A 5BRPA 2VVSA 1J9YA 2ZWZA 3BSGA 1YHTA 4AEFA 4JCMA 1J0HA 5GNZA 1JYNA 1LXKA 3VIFA 1E72M 3VD7A 2ZX9A 2CBVA 4EANA 1CECA 1QNRA 4MB4A 3VNYA 2EPKX 2EJ1A 1UH3A 2BY0A 4BA0A 1OJOA 3WF0A 1W3YA 3DHPA 5KEZA 4BQ4A 3ARZA 4S3JA 3ZSSA 1WNOA 3QGVA 1E6SM 1CXFA 4PMDA 1JD7A 3AHXA 1EGUA 2QHAA 3RM9A 2VRQA 1HJVA 1HJWA 1J18A 5A2CA 2DSWA 3WY1A 1ZB5A 5A1AA 1UR2A 1QI0A 1HVXA 1OSEA 4PCTA 1C7SA 4CUCA 2YJQA 2ZUWA 1UZ4A 4U3AA 5CPTA 3AYSA 4W8BA 2ZX5A 1NARA 1C8XA 2BRPA 4HA4A 1ZL1A 3VKKA 3AZTA 3FY1A 5BXTA 2ESCA 4GI6A 2QF8A 2BHYA 6TAAA 4PTWA 4OOUA 2BVYA 2VJXA 1RP8A 1QNQA 4BQ5A 2J78A 1UKTA 5ABFB 3QHNA 1US2A 5LYRA 1CGTA 2WWCA 2UY5A 3CO4A 1GOMA 4UOJA 1QW9A 4AZCA 1CWYA 4H2CA 3F5JA 1I75A 3GXMA 2GFTA 3SCRA 2V38A 2JALA 2MANA 1GOWA 2PF0A 3WQVA 4CU6A 5ECUA 3N12A 4UQAA 6CGTA 3SUSA 4BS0A 2G3NA 2E3ZA 4UFJA 1A47A 1XH2A 4E8CA 1J0YA 4J3SA 5DT7A 1V0LA 2G41A 5IHRA 3UG5A 2EPNA 3UR8A 1J0JA 1TVPA 5AY7A 3AIRA 2E8YA 3VM7A 4GKLA 1UUQA 1KBBA 1H11A 2EPOA 1VBRA 3UEQA 3VMNA 2VX5A 2NT1A 2DT1A 1KCLA 4AZHA 2DSZA 2VUYA 4OOZA 4D6JA 3AIBA 4P7LA 4ATWA 3WH6A 3AHVA 3PZ9A 4HMCA 3AROA 2O9OA 1PBGA 2DT0A 1B1YA 4TTUA 2X1IA 5I77A 1E56A 4V2XA 3WD3A 2YKKA 4PBGA 1AQHA 4XZBA 5A8OA 1ZS2A 1LQ0A 2BXZA 4PSRA 2UY2A 2VR5A 1B2YA 3PZMA 4D1IA 2IUZA 2ZX6A 4GQRA 3DYMA 1ZJBA 2WCAA 1UD4A 4Z2GA 1EA9C 3SURA 2WLYA 2C7FA 4QLLA 1XCXA 3AHYA 1WE5A 4LPCA 1J0NA 1VAHA 1PAMA 4JKLA 3VIOA 2WM0A 1GQKA 5BWFA 2CEQA 1VEPA 1V08A 2GSJA 2XSAA 3AS0A 1WDPA 1JZ8A 1DTUA 3I3DA 1V3IA 3TP4A 3N18A 3FN9A 2XIBA 4AXNA 1QNOA 3GBEA 3IJ7A 1V6XA 2VQTA 5CPSA 3FXYA 2FHFA 1J0KA 5TD4A 1WDRA 4W8LA 3AFBA 2WWDA 5DT5A 4TOQA 3ZT7A 4GZJA 1E70M 1E4LA 3BAXA 2XJ7A 3SCSA 1V02E 3IAPA 1ODZA 3KWXA 1WO2A 1PEZA 2ZXDA 1OGGA 2EPMX 4U33A 3L2LA 5A8MA 3OGRA 5DO8A 3TA9A 4AIEA 4Z2HA 2FGLA 3DC0A 1J11A 2GK1A 3DECA 4PTMA 4DWSB 2WK2A 5F7UA 5GQBA 4AZIA 4WIWA 2E0PA 2E24A 1HJSA 1BFNA 3MV01 4HU0A 1QOXA 3B9AA 1KQYA 4FLOA 2XIIA 1QHPA 1CNVA 4W5UA 5I5RA 1BYAA 4P7QA 3SCNA 3ZJ7A 5HOSA 2VT0A 5A6BD 1VBUA 2WMIB 1VF8A 3K4DA 5FL1A 1OCQA 1OM0A 2ZIDA 1E6ZA 1ZBWA 1Q4NX 4RE3A 1DP0A 1H5VA 1LG1A 1SFSA 1M04A 3ZIZA 3F5LA 5KZ6A 3S2CA 4CCDA 1BSIA 5DEZA 1GHRA 1GORA 4QAWA 1HKKA 1G9HA 1E0WA 1FP8A 1UD3A 5CSYA 1CGVA 1GOOA 4D6GA 1XD0A 5I6SA 2Y5EA 3G6LA 2RGMA 5FIPA 2D24A 4UFIA 5A2AA 3SEPA 2XHYA 1MYRA 1V6YA 5ABFA 3AICA 1UWQA 1HKMA 1B3VA 4PSPA 1EGZA 1GJUA 4UFMA 1H1NA 3W29A 1JZ2A 4W5ZA 4GI8A 3CUFA 3MV11 4IPNB 3AMKA 3WSUA 2VTFA 1JI2A 1E6QM 3WEOA 4WLCA 2W61A 2PBGA 2XSBA 4CD5A 2BY3A 2PC8A 1BF2A 1C8YA 1CBGA 2CXGA 1V02A 5A8NA 3AYRA 3E1F1 1H2JA 4AC1X 4HOZA 2WZEA 3VGDA 2YL8A 1H41A 3TTOA 2BXYA 1PX4A 1V3HA 3AMDA 2FGZA 1UD5A 1WB0A 1XHGA 2J7FA 4IISA 4UTFA 2PB1A 4UNIA 2HISA 2D23A 1GNXA 2VNCA 1W9UA 1DWJM 2NW0A 2O9TA 2QMJA 1ISWA 4XX6A 1R87A 1KXQA 1MXGA 3L4ZA 4OJYA 3VU2A 3TONA 4HOWA 3RDKA 4AISA 5CZKA 5BXPA 1C82A 1GOKA 2OWXA 2UY3A 4W88A 1GCYA 1QPKA 3WELA 4W7UA 5A69A 1EXPA 1JZ7A 1L8NA 1NH6A 1JAEA 5I0DA 1FH7A 4JIEA 3ZM8A 3AMCA 1KWKA 4N42A 3VVGA 2AOSA 3FAWA 4UOQA 1DEDA 3CHFA 4P7OA 3ZJ6A 2JF7A 1EO7A 4MJ4A 2E9LA 1B0IA 2BHZA 1BAGA 1UG6A 2V5DA 5IXEA 3W6LA 2D0GA 1JDDA 3SCQA 2CYGA 1ISZA 3ZO9A 2QPUA 1GHSA 1H0GA 3AIUA 2O92A 1DWAM 4A3YA 5A6AA 4CD4A 1X6LA 3OGVA 1V0MA 2VOTA 2WZIA 1NOWA 1BPLB 2A3CA 3T0BA 4MAVA 1W3KA 1UKOA 3CZEA 4M80A 4GZEA 1LG2A 3VO0A 1MQPA 1Z32X 4JFUA 3AMLA 2PWDA 2DSUA 2AMGA 1LJYA 4Z2JA 1PZ2A 1AQ0A 4Z2KA 1HXJA 3VGEA 1R86A 4DWSA 3AS1A 2PWHA 4B9YA 4DM2A 3ZMRA 2EO7A 3AS2A 1LL7A 1V0NA 7CGTA 2J7DA 3CTTA 4X0VA 2YL5A 3SCTA 3U57A 4AZCB 2Y24A 3MMWA 2OSYA 3OGSA 1UWTA 2WZHA 2Y4SA 5I24A 3WNPA 3AQUA 3AXXA 4AD0A 1G01A 4PEEA 5HBFA 5JBDA 1WKYA 3MS8A 1HN1A 3UETA 2WMIA 4TVDA 1EOMA 3VDBA 3OLDA 1RWCA 1OD0A 4B16A 5A94A 2W5FA 4WSJA 5JBFA 3PTQA 5A8PA 1GOIA 3W53A 2X09A 2WMHA 1HL9A 1HF6A 3AS3A 4NRRA 1GVIA 1UWRA 3WUFA 4D1JA 4KMQA 1YQ2A 2XWDA 5ABGA 3BAJA 5IDIA 3PTKA 1W3HA 4DUWA 3PZUA 1LL6A 2VCCA 1XGZA 3LPPA 1MVYA 2WMGA 1N7PA 3VNZA 1V3LA 2FH8A 2XFRA 3L4XA 2OYLA 4D71A 4TXEA 1MFUA 5E0FA 1JNDA 3WF3A 1N82A 3PZIA 1W2VA 1JXKA 3K1DA 1P6WA 2F2HA 1W9XA 3ARYA 1RH9A 4UOZA 1AVAA 2A3EA 2J4GA 2WKGA 3AISA 1TE1A 2D3NA 4PUEA 1JZ3A 2WC7A 4YHEA 1HN0A 3EDDA 3BMVA 3QHMA 4KWUA 3L2MA 1KB3A 7TAAA 4JFTA 2PWEA 3F5KA 3CIVA 3WDHA 4MADA 2DPEA 5LA0A 4FMVA 3IJ9A 2J7GA 2CPUA 3CZLA 4M81A 4B15A 2WC4A 5BRQA 2BY1A 1X1JA 4RE2A 5BROA 2XTKA 4WSKA 4D6DA 3ALFA 4S3KA 3WH7A 3QR3A 1QHOA 3VGHA 3A6OA 2WVVB 1KXTA 4MNLA 4U2ZA 5HDRA 3WQ5A 1V3MA 2V3FA 3G6MA 3HN3A 4GQQA 3AXHA 3BC9A 3WMBA 2CNCA 5A6KA 4AD1A 5I79A 3CUIA 3SUUA 2OLHA 3SCOA 4PMZA 2GK1B 2JIEA 3BAYA 3OB8A 1WZAA 5D9OA 1R7AA 3CHDA 4TUFA 4A3HA 4IUGA 5M5DA 1JZ6A 1W9BM 2O9RA 4AD3A 3PN8A 2VX7A 4H8HA 1UQYA 3WDJA 1BQCA 3UG4A 3WD0A 1W9DM 3WN6A 5LA1A 1OWQA 3SCPA 2QV4A 4AD4A 4F8XA 3M7SA 1V6VA 3ARTA 3PZQA 2X0HA 2WBKA 1XSKA 1E1FA 1E71M 4ZXLA 1ODUA 4Z2IA 3A4WA 4NI3A 1MQQA 1EDQA 4J3WA 1CTNA 1QNPA 2J79A 1WZKA 2WVSA 1MW3A 3ARQA 2Q8XA 1X1HA 1HJXA 3EDKA 3VD3A 1LF1A 2YBTA 1HMUA 4OIFA 4BF7A 1SYTA 2YDSA 1HJQA 2W67A 1E1EA 1EOKA 1J01A 3T09A 4CCCA 2YIHA 3T2OA 3A4XA 2YLLA 2CKSA 1V6UA 4AD5A 3BAKA 1IZKA 2YLAA 4XV0A 5D9NA 1HMWA 3VGGA 3ALGA 3I3BA 2G3IA 1UH4A 1TR1A 5D9PA 4OZOA 4CU7A 1U30A 3RMEA 4UFKA 2WHJA 3N1AA 4OKDA 5FL0A 1EO5A 4L4OA 3POCA 1CXIA 4TX8A 1KFWA 3ARPA 1ZBCA 1BLIA 1CGXA 1JI1A 3BLKA 3MUZ1 4JFWA 5CLWA 5EFFA 3T0AA 1FH9A 2CBUA 2YA0A 1QI3A 2FHCA 3WDPP 1PIFA 1CXLA 1BGGA 4PMXA 4OUEA 4KGJA 3WNLA 4PMQA 3O9NA 4Z2LA 2ZUMA 3B9DA 3HU7A 2DH2A 3MO4A 4YPJA 3AMGA 2VZVA 4ATDA 4P8UA 1I1WA 3CHEA 4EK7A 3BCFA 1OIMA 1WPCA 3CLWA 5FD0A 3S6TA 3VDAA 2Z1SA 4MB1A 4TVUA 3ZOAA 3ZJKA 4E4PA 1EIBA 1CB8A 4H04A 1UR4A 2XVNA 1ITXA 4CD7A 3VIMA 2JFEX 1JAKA 4QP0A 3MMDA 3AOFA 4CVWA 2XPKA 3IANA 3FW6A 3WH8A 4C7FA 1KCKA 4PMRA 4MNKA 4D6CA 1UD6A 3AJ7A 2UY4A 3D5HA 3CBWA 4TTGA 1W91A 1WP6A 4CD6A 3GNRA 3A3HA 3EYPA 1US3A 4AZBA 3A4AA 4GINA 1BG4A 2WCGA 5M03A 1V03A 3KL3A 2V5CA 2ZXQA 1N7OA 4J3VA 3LPFA 5EB8A 1D2KA 1JFXA 2XWEA 2VZUA 3WL0A 3CZ8A 2XYLA 3W81A 4XUYA 1I1XA 1MW2A 3GH7A 1QI4A 4U5IA 3POHA 4J3TA 1N7RA 2J7HA 1BTCA 2PI6A 4M1RA 5IHSA 2W62A 4HPHA 3T0DA 1M53A 3WF4A 2X2YA 5AYIA 1OINA 4AY1A 4AZ7A 2CHOA 1UOKA 2WVVA 3MSGA 1ISVA 1BYDA 5BCAA 2ZOXA 2VZTA 1QVBA 3BAWA 3MSDA 3UESA 2D0FA 2GJRA 1JIBA 4HMEA 5CLTA 3J7HA 2VL4A 1E73M 4DUXA 5E6ZA 3AIVA 3RCNA 1FH8A 1Y7VA 4QLKA 4ZE4A 5A6JA 2WHLA 2CKRA 3L4WA 1JDAA 5HNNA 2J7CA 4JKMA 3L4TA 4MB3A 3W27A 2QPSA 1SMDA 1TFVA 1MFVA 5FOOA 2E9MA 2G8ZA 3CPUA 4GO9A 1GQLA 3WBEA 2YOCA 1TA3B 1RW9A 3WL1A 5GPRA 3THCA 1R8LA 2WSPA 3VMOA 3GBDA 2D0HA 1ZJAA 1L0PA 1GPFA 3WMCA 5C8BB 2PBOA 2ZUVA 3RM4A 4TX6A 1CZ1A 1V0KA 3GNPA 1XYZA 3OZOA 3GZAA 5M3WA 1J10A 1UWUA 1UWIA 2J8GA 9CGTA 4AZ5A 3WF2A 1CLXA 4W84A 1FA2A 4GO8A 4PRWA 2DSVA 3SUVA 3VD5A 3SUTA 2D22A 1O6IA 1EH9A 4X0NA 1WZLA 1JG9A 2OYKA 3FHAA 4JKKA 4AIOA 2YDQA 3BGAA 3OLIA 4BQ2A 3NDZA 1TVNA 1EDTA 1W1VA 2DDXA 3O6AA 4MJ2A 4K68A 1M7XA 2Q1FA 3CH9A 4M82A 1JDCA 1CGWA 1LL4A 1FOBA 3TTYA 5FKYA 3WD4A 3VUPA 1HNYA 3WH5A 3CMGA 3UERA 4EKJA 3W82A 3MMUA 1NWUA 1GQIA 1HM2A 2BNJA 3CUJA 3OZPA 3ZJ8A 1CPUA 3OA5A 3ZR6A 5A6SA 1UQZA 1X1IA 2J7EA 2WMKA 2CHNA 1K9DA 2ZUSA 3MU7A 1HL8A 3ZSTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2J75 A;  5AC4 A;  2X0Y A;  3SCW A;  3W4R A;  2WMF A;  4DM1 A;  4P8X A;  1NOU A;  3RIK A;  3MUY 1;  2VRK A;  5D8W A;  4AW7 A;  2OWC A;  2WCS A;  2BRV X;  4U5K A;  1QI2 A;  4XZW A;  4PTX A;  4MPK A;  1VJS A;  5C70 A;  1E55 A;  3T08 A;  1UR1 A;  1TUX A;  1CLV A;  2W92 A;  1DWI M;  1E9L A;  1W1P A;  1U33 A;  4PMO A;  1XSJ A;  1CEN A;  3AZS A;  3RPM A;  4HMD A;  3K4A A;  3VIG A;  3KL0 A;  3GH5 A;  2BVT A;  3ARX A;  1M03 A;  1SMA A;  1Q6G A;  3OBA A;  4LYP A;  3MUI A;  4PMU A;  4LXF A;  1S46 A;  5BRP A;  2VVS A;  1J9Y A;  2ZWZ A;  3BSG A;  1YHT A;  4AEF A;  4JCM A;  1J0H A;  5GNZ A;  1JYN A;  1LXK A;  3VIF A;  1E72 M;  3VD7 A;  2ZX9 A;  2CBV A;  4EAN A;  1CEC A;  1QNR A;  4MB4 A;  3VNY A;  2EPK X;  2EJ1 A;  1UH3 A;  2BY0 A;  4BA0 A;  1OJO A;  3WF0 A;  1W3Y A;  3DHP A;  5KEZ A;  4BQ4 A;  3ARZ A;  4S3J A;  3ZSS A;  1WNO A;  3QGV A;  1E6S M;  1CXF A;  4PMD A;  1JD7 A;  3AHX A;  1EGU A;  2QHA A;  3RM9 A;  2VRQ A;  1HJV A;  1HJW A;  1J18 A;  5A2C A;  2DSW A;  3WY1 A;  1ZB5 A;  5A1A A;  1UR2 A;  1QI0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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