4D6IA

Crystal structure of a family 98 glycoside hydrolase catalytic module (sp3gh98) in complex with the type 1 blood group a-tetrasaccharide (e558a l19 mutant)
Total Genus 218
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
218
sequence length
587
structure length
587
Chain Sequence
EVDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYHTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTASYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNSGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKEKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTDKLKESVSSSRIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHFLEHT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords GLYCOSIDE HYDROLASE
publication title Towards Efficient Enzymes for the Generation of Universal Blood Through Structure-Guided Directed Evolution.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 218
structure length 587
sequence length 587
ec nomenclature ec 3.2.1.102: Blood-group-substance endo-1,4-beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-11-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 4d6iA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d6iA01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 4d6iA02
5DO8A 3ARUA 1LOHA 3GZAA 4D71A 3APGA 3OG2A 3VM7A 1OGGA 3IJ9A 1R7AA 4XZWA 5EFFA 1LL7A 5GQBA 2XG9A 3AMCA 3AS0A 2X8RA 2GJPA 2CETA 2ESCA 1QW9A 3GDBA 1UR1A 5FKYA 2HVMA 1XD1A 2FGLA 4J3UA 3AISA 1X1IA 1QI0A 2W91A 1UWSA 2XFYA 3GH4A 3AROA 1G1YA 1L0PA 1GPFA 5DT7A 3POCA 1NP2A 3ARPA 5A95A 1NWTA 2GK1B 3L4ZA 1MFVA 2TAAA 5HBFA 1JZ3A 1MW0A 1QNOA 3EMQA 4AXNA 1JAKA 3AHYA 1GORA 2WK2A 5JBEA 3PTKA 1HJVA 3SCNA 4J3XA 4H8HA 1TA3B 2BHYA 1W32A 4UFMA 1VFMA 4X0NA 4PMVA 2Y8KA 1UD2A 1PZ2A 5I6SA 2CESA 1EHNA 3B8SA 2C0HA 1UQZA 2QF8A 5A69A 1BG4A 4V27A 3CHCA 4BZYA 3D5HA 4PMDA 1EO7A 4QCEA 1CLVA 1R87A 1WKYA 3EDDA 1UWTA 1JYWA 3PZNA 2BV9A 2BHUA 1SR0A 3CZJA 1JF6A 2VQTA 4EAMA 2W92A 4K68A 1J0YA 1EGUA 3PZIA 4W8LA 3RIKA 4AZ7A 1ZBCA 3TOPA 4EE9A 2A3EA 1O7AA 3WD1A 1JXKA 1UKPA 2J79A 1H4PA 1M7XA 2BRWA 2D2OA 4B16A 1GJWA 3I3EA 3FNDA 1I1WA 3AHTA 4OBRA 2J77A 2WW5A 5A2CA 5TD4A 2WPGA 4HU0A 3VX0A 2Y2WA 4M8UA 3DHPA 1WNOA 2CNCA 4IM4A 4LGXA 3AIQA 2VVSA 1VJSA 2PWDA 1CLXA 1LWHA 4E4PA 4N0RA 4MDOA 3WNPA 4W89A 2O9PA 4UQCA 4KRTA 3WDHA 2FDMA 2VL4A 5JIWA 1GHRA 4AIEA 4H8VA 4LYPA 2G3IA 4PTMA 2WKLA 4QLJA 3ZT5A 3FXYA 1P6WA 4D6GA 1VFOA 2DSZA 1UZ4A 3AIEA 3K8KA 1MVYA 2X03A 3OZOA 5D8ZA 1E3ZA 1ZB5A 3BSHA 4JHZA 3W28A 5CXPA 1GCYA 1KXVA 5HPCA 4JZ5A 3AZTA 3WBAA 3WNOA 2A3BA 2OWXA 1E6ZA 2ZXQA 2FH8A 1Z32X 2VO5A 1V6YA 4J7RA 1UA3A 3T08A 1OJOA 1V02A 2EPLX 5IHRA 1E1EA 2ZX6A 1GJUA 3GBDA 1MQQA 2X05A 3W82A 4BCEA 3N12A 2J62A 4KMQA 1W91A 3NIYA 5JBFA 3CZ8A 3GXDA 3PZUA 3WD2A 4ATDA 2WBKA 1JD7A 1OIFA 3N17A 1BHGA 4F9DA 4UQDA 2WCOA 1UR9A 1VAHA 1WAWA 1HP4A 1RP8A 2GSJA 1W1PA 1US2A 3PZQA 1VBRA 1J0IA 4OJYA 1XH1A 3W0KA 2J7DA 1BAGA 1C8YA 1J18A 3MANA 1HL9A 1D7FA 4PRWA 3RM8A 1E0WA 3WF2A 4CKQA 4EANA 3MS8A 3ARZA 1JGIA 3GXIA 4WK9A 1PAMA 1WZMA 5M3WA 1UWUA 4BQ5A 4DM2A 5LA1A 3SIMA 1W9UA 1GQIA 1W1TA 4AIOA 2DDXA 5FL1A 2J25A 5CJ5A 1JFXA 4F66A 3TTYA 3KE0A 5EB8A 4B3KA 2QPUA 1V6UA 4MDPA 5ABGA 4PMYA 3VOCA 3WUEA 1HKKA 1Q6CA 4BA0A 4AZHA 2E8ZA 3VO0A 3LMYA 2OYLA 2PF0A 1K9FA 1NOFA 4LX4A 1B9ZA 1DWJM 3EBVA 4PYSA 1X6NA 5DT5A 1E4MM 2YKKA 1HIZA 3WH5A 1VF8A 5LA0A 1J10A 2VCAA 2IUZA 4GI8A 1EDGA 1XSJA 4JFSA 3AZSA 4GI6A 4HOXA 3VGFA 5A6JA 2ZXDA 1JYNA 4D6HA 1WO2A 2XSAA 3PN8A 4S3KA 3AXHA 1CGUA 1JL8A 3ZM8A 3THCA 3ZJKA 1KQZA 4UOZA 3U5UA 1HVXA 3ZT7A 3WNNA 2YA0A 4MB5A 4M24A 1NQ6A 4AZGA 4JL2A 2A3AA 2XVNA 5I23A 1V3HA 2DQXA 2WVUA 4BS0A 4J3VA 3L4XA 3A4XA 4GZEA 2QLYA 4ZXLA 2ZX9A 1HJWA 3SCUA 4GPNA 1BSIA 2VCBA 1MYRA 2YLLA 3N15A 1W9VA 1MWOA 5IXEA 4M29A 4ZE4A 2XVPA 1X1HA 3EMCA 3NCOA 1JDCA 2EXOA 2ZIDA 1TUXA 5BROA 3WH6A 4ZXOA 2FH6A 3W81A 3WL1A 1CYGA 1E9LA 2WZHA 3PZMA 1GOQA 1YHTA 4PSPA 2QV4A 2XWEA 5E6ZA 4UQAA 5GNYA 5GNXA 4C7FA 3KL5A 3SCWA 3W27A 3VGGA 3SUVA 1CXKA 2CBUA 4Z2KA 5ABHA 1V08A 3AZRA 2G41A 4DUXA 4WKHA 4TTGA 1E3XA 1UA7A 2XGIA 1UD3A 2F61A 4PMQA 1BLIA 4AYSA 1FOBA 1WDRA 4JCLA 4Z2HA 4W84A 3TONA 1XCWA 4CU8A 3UCQA 1E70M 3CZEA 4CD4A 2VZSA 4HPGA 2ZICA 2VQUA 1LWJA 3WEMA 4CCCA 4PMZA 3MUAA 3VM5A 1AVAA 1R86A 2DSKA 1HKIA 1TVNA 4W88A 3VGHA 4ACYA 5BWFA 5A6BD 1EO5A 2VT0A 2WMKA 4NRSA 1MW1A 1ITCA 1Q4NX 2WHLA 2EPMX 1FP9A 2YL6A 5BRPA 3UR8A 1R85A 2WC4A 1VFUA 5AC4A 5A8NA 1GQKA 1XV8A 3DC0A 2VVNA 4JHOA 5M03A 2FHBA 3VD3A 4AWEA 2PWFA 2NSXA 4ML4A 3EYPA 1AMYA 1E5JA 1G5AA 3CUGA 5IHSA 2AMGA 1HJXA 4XB3A 3CTTA 3W4RA 4PCTA 4ZE5A 1OT2A 5I78A 1RWAA 1B30A 5A6LA 2J47A 4EKJA 4QLLA 3T2OA 5I24A 2WMJA 3UG5A 4ACZA 2WYSA 3ZR6A 1CGWA 1C7TA 1VEOA 4LPCA 2QMKA 2E24A 5I0DA 4EK7A 1W9DM 1E6NA 2YBUA 7CGTA 1F9GA 2BXYA 1QPKA 4F8XA 2OYKA 4D6CA 1V3MA 3UEQA 1BQCA 1UWQA 3WMCA 4H7VA 4JIEA 2EQDA 4CVWA 2D3NA 1KWKA 4KGLA 3VDHA 2OWCA 3QHNA 1RD6A 1FP8A 2CERA 5ABFA 2DT0A 2GDVA 3AFBA 3PZGA 2XGBA 4E2OA 4WSKA 1UHVA 1X1NA 4JAWA 1B90A 3G6MA 4RE2A 1J0KA 2WWDA 3AMLA 1WDPA 2VZOA 3VMOA 2A3HA 3DECA 4HA1A 3W24A 2VURA 3WD3A 4AW7A 3BLPX 4GZJA 3BGAA 2ZWZA 1JZ4A 5EBAA 9CGTA 2EPNA 3OB8A 4Z2IA 3SCQA 2BFGA 2RGLA 3VIJA 3WSUA 1AQ0A 2EBNA 1OSEA 2D0FA 1C90A 2DT1A 2DIJA 5LYRA 2OSXA 2PWEA 1TCMA 1CXHA 3BAKA 1JZ7A 3N04A 3GXMA 2W5FA 5D9PA 5E09A 3MSGA 1UWRA 2DSVA 2DPEA 3CZGA 1H11A 4MJ4A 2D0GA 4J27A 3MUZ1 4B15A 1PBGA 3UG4A 1G94A 1UQYA 3EMZA 1KWGA 1ODUA 4UOJA 4TX8A 3VVGA 2JEPA 1N82A 1E55A 2D23A 3VD5A 3A4WA 1KBKA 1KQYA 5F7UA 2ZOXA 4PMUA 2DT3A 2ZX5A 4PBGA 3OA5A 3ZJ7A 1C8XA 5HNNA 3ZSSA 3M46A 2XFRA 5AYBA 1QHZA 2G3MA 3PHAA 6TAAA 2VX5A 3L4WA 1CGTA 1WZLA 2WVSA 4U2YA 4U3AA 3NSXA 1HNYA 4RE4A 2VI0A 3AMGA 4FLOA 1J0JA 4Z2JA 2Z1KA 1QNPA 5A6SA 1UR4A 5E70A 1GOMA 5CSUA 3VGDA 4OIFA 3KL0A 2CCRA 2WVVB 3PZVA 4LXFA 3VMPA 5A94A 4GXPA 2ZE0A 4UFKA 3RILA 4JFWA 3ZOAA 4AZCA 3PTQA 4WLCA 3B9EA 2VRQA 1OB0A 1HM2A 4M82A 1M03A 1QNSA 4TUFA 3M07A 4UZUA 1XYFA 3T0AA 3RO8A 4HA3A 1UD8A 3MV11 1B3ZA 3KL3A 4AD5A 3WQ4A 2CHOA 3CO4A 4PSRA 5A8OA 3A3HA 1VENA 1CDGA 8A3HA 4AEEA 1F1SA 4IISA 2OLHA 1CBGA 4AZIA 1JI2A 1JYVA 2JALA 1LL4A 1M53A 3VIHA 3QOKA 1KCKA 1IZJA 2J75A 5A6MA 5FCZA 3GH7A 4HZ8A 3M6DA 1U33A 1LXKA 4HMDA 2EJ1A 3UETA 3AQUA 2E3ZA 2V5DA 5D4YA 2WWCA 1K9TA 3VINA 1CXFA 1WPCA 1RP9A 3UR7A 3VD9A 4NSBA 2BNJA 2WC7A 1H41A 3ZQ9A 2CIPA 3T2QA 2WCSA 6A3HA 1V0MA 4MJ2A 2WKGA 5KEZA 3WEZA 4P8VA 2X0HA 1C93A 4PMNA 2GVYA 3BXWA 3GNRA 5CPTA 3AS3A 3E1F1 3VUPA 1M04A 3AJ7A 5JUVA 3UG3A 1Y7VA 3AIVA 2V5CA 5AY7A 4HZ7A 4UOQA 1NP0A 2V38A 4JKLA 5I2UA 2AAAA 3BAWA 1C82A 3CIVA 3F4VA 1JDDA 3WMSA 1FA2A 1HKJA 4XX6A 4UQBA 4U2ZA 5CPQA 1HP5A 2DGAA 1BYAA 5CPSA 4LYQA 4FF5A 2CBIA 2V3EA 5I5RA 1ZBVA 1IV8A 1EDTA 4W8BA 1XHGA 4P7LA 1UKTA 2VUYA 1QBAA 4BQ4A 2YOCA 4RL3A 2BHZA 1E0XA 3B9DA 2D0HA 2XHYA 5BYWA 3TTSA 2ZUSA 3CHFA 3KZSA 2WC3A 3RMEA 5GNZA 4HMCA 1E43A 2WB5A 3BAXA 4HOWA 4IPLA 3W6LA 1WB0A 1A3HA 4UFJA 1A47A 3A6OA 4PTVA 2Y5EA 5JBDA 3K1DA 2WZIA 2YL5A 6CGTA 2Z1SA 1V6VA 5DEZA 1PJ9A 1B2YA 3PZTA 1OD0A 2WLZA 2V3FA 1V6XA 1VJZA 3OZPA 3A4AA 2J8FA 3RJXA 5D8WA 2VCCA 4D1IA 1KXQA 1V3IA 3W37A 3AI0A 2V3DA 4KGJA 1MW2A 3SCPA 4UFHA 2OSYA 1V03A 1RWCA 1XD0A 3JUGA 4PMOA 3VIIA 1TMQA 3VGBA 3J7HA 1J01A 3CUHA 4JFUA 2QPSA 3ZT6A 2WM0A 2VNCA 1BG9A 3QHMA 2NT1A 2NW0A 1O6IA 2G4FA 4DWSA 2O9OA 1GVIA 5DFAA 1LL6A 2J8GA 1DEDA 2E40A 1H09A 3AS2A 3I3DA 3VPLA 2FHCA 1FFRA 5A8QA 1B3YA 3CUIA 3FAXA 2BY2A 3ALFA 5CZKA 5A8MA 2J4GA 3MV01 3LPOA 4TOQA 2RGMA 3SEPA 3D3AA 3AICA 3WL0A 2MANA 1OGBA 3KEHA 2PWHA 1NWSA 1HJQA 3CUJA 4QCFA 1QVBA 1JZ6A 3DYOA 1C92A 2QMJA 3AHXA 1J0HA 4LQ1A 3MUY1 1LQ0A 4QDMA 5FIPA 1WE5A 1V02E 3WKZA 3MU7A 4X0VA 1KGXA 4TVDA 3WELA 1HT6A 1BYDA 4U5KA 1N7PA 2WLYA 4S3JA 4HOZA 4YHEA 1N7QA 2WMIA 4P7QA 1DTUA 1E6PA 1PX8A 3ZJ6A 1E6SM 2WMFA 4AD1A 4MNJA 1Q6EA 1JZ5A 2QHAA 1WP6A 2XFFA 1CZ1A 3CZLA 4ATLA 1PPIA 1V3JA 3AYSA 4J3SA 1RWGA 3ECQA 3WUFA 2YA1A 4B3LA 2VZVA 2XTKA 1EOKA 3AYRA 1CNVA 2ZUUA 1ZBWA 2ZUVA 2Q1FA 4P7NA 2O9RA 2CHNA 4HZ6A 1RH9A 3AIWA 4PMRA 3IJ7A 1PEZA 2NT0A 4B9ZA 2JE8A 1CGVA 1EQCA 2PBGA 3OIHA 1KGWA 4U33A 4D6DA 3MO4A 1UKQA 4H2CA 3IAPA 4HMEA 1KXTA 3UERA 2C8NA 4DWSB 1HMWA 1EDQA 3VIGA 3CHEA 3WQ8A 1NARA 3U57A 3VIFA 4CU6A 5C71A 2AOSA 2WSPA 1OT1A 1JYXA 3SUSA 1E0VA 3N18A 3TTOA 4W86A 3L4TA 3AHVA 2X2YA 1UWIA 4WKAA 3VIMA 2DH2A 2D20A 3WDQA 4CD8A 1GOWA 2ZWYA 3GTNA 4OKDA 3VILA 4WF7A 5BXSA 1ZS2A 2F8QA 1HF6A 4D6IA 2FGZA 2XIIA 5KZ6A 3WQ5A 4WIWA 2BY0A 1GZJA 3BCFA 4BQ3A 2JIWA 4UNIA 3WF0A 1JXJA 1MFUA 1E4NA 1Q6FA 4DUWA 1TFVA 5HOSA 3MMDA 5C8BB 1RWHA 4UQEA 3ARQA 3ARYA 4JFTA 4YN5A 4CD6A 3OLEA 2J78A 4MPKA 3WD4A 3WNMA 3HN3A 4CN1A 5I77A 1W9PA 1PIFA 1ZJBA 1C8QA 1WDSA 2YDQA 3WNKA 2VR5A 3WEOA 4GI9A 2EPOA 5BXRA 1ODZA 4AD4A 3SCRA 1UUQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DO8 A;  3ARU A;  1LOH A;  3GZA A;  4D71 A;  3APG A;  3OG2 A;  3VM7 A;  1OGG A;  3IJ9 A;  1R7A A;  4XZW A;  5EFF A;  1LL7 A;  5GQB A;  2XG9 A;  3AMC A;  3AS0 A;  2X8R A;  2GJP A;  2CET A;  2ESC A;  1QW9 A;  3GDB A;  1UR1 A;  5FKY A;  2HVM A;  1XD1 A;  2FGL A;  4J3U A;  3AIS A;  1X1I A;  1QI0 A;  2W91 A;  1UWS A;  2XFY A;  3GH4 A;  3ARO A;  1G1Y A;  1L0P A;  1GPF A;  5DT7 A;  3POC A;  1NP2 A;  3ARP A;  5A95 A;  1NWT A;  2GK1 B;  3L4Z A;  1MFV A;  2TAA A;  5HBF A;  1JZ3 A;  1MW0 A;  1QNO A;  3EMQ A;  4AXN A;  1JAK A;  3AHY A;  1GOR A;  2WK2 A;  5JBE A;  3PTK A;  1HJV A;  3SCN A;  4J3X A;  4H8H A;  1TA3 B;  2BHY A;  1W32 A;  4UFM A;  1VFM A;  4X0N A;  4PMV A;  2Y8K A;  1UD2 A;  1PZ2 A;  5I6S A;  2CES A;  1EHN A;  3B8S A;  2C0H A;  1UQZ A;  2QF8 A;  5A69 A;  1BG4 A;  4V27 A;  3CHC A;  4BZY A;  3D5H A;  4PMD A;  1EO7 A;  4QCE A;  1CLV A;  1R87 A;  1WKY A;  3EDD A;  1UWT A;  1JYW A;  3PZN A;  2BV9 A;  2BHU A;  1SR0 A;  3CZJ A;  1JF6 A;  2VQT A;  4EAM A;  2W92 A;  4K68 A;  1J0Y A;  1EGU A;  3PZI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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