4D8KA

Crystal structure of a sh3-sh2 domains of a lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (lck) from homo sapiens at 2.36 a resolution
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
NLVIALHSYEPSHDGDLGFEKGEQLRILEQSGEWWKAQSLTTGQEGFIPFNFVAKANSLEPEPWFFKNLSRKDAERQLLAPGNTHGSFLIRESESTAGSFSLSVRDFDQNQGEVVKHYKIRNLDNGGFYISPRITFPGLHELVRHYTNASDGLCTRLSRPCQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Tyrosine-protein kinase Lck
publication title Crystal structure of a SH3-SH2 domains of a lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (LCK) from Homo sapiens at 2.36 A resolution
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 32
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00017 SH2 SH2 domain
A PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 4d8kA01
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 4d8kA02
3JV3A 1TG0A 2KYBA 2K6DA 2IIMA 2W0ZA 1JWOA 1AEYA 1R1QA 1IJRA 1NG2A 3H0FA 1Y0MA 5I11A 4P9VA 2DL5A 3QWXX 4OMQA 4OHHA 1BLKA 4AG1C 2IUHA 3CXLA 1KIKA 2MRJA 1PRMC 1T0JA 1IS0A 4E68A 1G2BA 1UHFA 2CREA 2FPDA 4CC4B 1TUDA 2KNOA 2EYZA 2CS0A 1M30A 2DLZA 4CC3A 1JYRA 2F2VA 1NYGA 2DF6A 2RNAA 2LNXA 2G6FX 4JJDA 2EYXA 2LX7A 1YWOA 1JQQA 2DLPA 1T3SA 3IN7A 4A4BA 2DJQA 1QLYA 3T04A 1QADA 1SSHA 2A36A 2GGRA 1UFFA 2V1RA 3S8NA 4K11A 1H3HA 5GJHA 1RLQC 2W10A 1I07A 2KEAA 2LJ0A 3PVQA 1G83A 3EG0A 2ENMA 5EHPA 1O4JA 4EIHA 1OOTA 3REBB 1VA7A 1WXTA 4R0KA 1AWWA 1CJ1A 1RJAA 1X0NA 1CSYA 2JTEA 1LUMA 5FW9A 3H41A 3M0QA 2KRSA 3BUOB 4IIMA 1ZBJA 2FO0A 3C0CA 1P13A 2EO3A 4XZ0A 4RTUA 5BO4A 2O9VA 5FWBA 4Z88A 2KT1A 3MXCA 2L3TA 1ZUYA 2J06A 1ARKA 2QMSA 2B86A 2FPEA 2KNBB 4J9CA 2JYQA 3PFVA 1E7OA 4J9FA 1O44A 1F1WA 1BF5A 1V1CA 2KXDA 1OPLA 1X27A 4Y92A 1D4TA 2RQTA 1MV0B 4D8DA 1YN8A 3VS3A 4JPBW 4JZ4A 1UECA 1WI7A 1R1SA 2GBQA 2DX1A 2J6FA 2CT3A 4ZNXA 1HJDA 4JJCA 3RNJA 3HHMB 2OI3A 2F2XA 2BZXA 1O4FA 1X6GA 1O4BA 1LKKA 1BFIA 3K2MA 1NZVA 4H34A 1O4DA 2Y3AB 4E6RA 1YCSB 5HKWA 2BTTA 3M0PA 3EHQA 1A09A 2XP1A 4FBNA 5HCKA 3QWYA 1AWXA 2YU7A 5GJWB 4U1PA 2LQNA 1QWEA 2YUNA 5IBMA 2SRCA 5IHNA 1NZLA 4H1OA 2GQIA 2A28A 1SPSA 2JMCA 1UUSA 4F5BA 1BM2A 1LUNA 2K79B 2ABLA 2ED0A 1OO4A 1O4PA 4F5AA 1O4AA 2AKLA 2EQIA 2HDAA 1O45A 1GL5A 1IO6A 5IBSA 1CKBA 2A08A 1RI9A 4RTTA 2NUZA 4LE9A 1NRVA 3GXWA 1X2QA 1UG1A 5I6VA 4J9IA 1WQUA 2LZ6B 4EIKA 3BUMB 2EYYA 1JXMA 1VYUA 1SHBA 3VS2A 2CUDA 1VYVA 2EPDA 4E93A 1B47A 1SRMA 4Z8AA 4U17A 1BBZA 1AZEA 1AOJA 4F16A 2ETZA 3SEMA 2ESWA 4WWQA 2PLEA 4QT7A 1K76A 1NEGA 5EC7A 2YSXA 5IHIA 2KGTA 1GBQA 1GFCA 3VS1A 4WCIA 5GJVB 1BHFA 1LUIA 2JMAA 2VKNA 1MW4A 2L3PA 5I22A 2MOXA 3UA7A 2JS2A 3OB2B 3EG1A 4J9EA 2RORA 2MQIA 4X6SA 3VRNA 3I5RA 3M0TA 1ZSGA 1M8MA 1JYQA 1HCSB 2VWFA 1A07A 1O46A 1SHGA 1K0SA 3BUWB 5AXIA 2KROA 2KE9A 2D1XA 2C0OA 3TKZA 3IMJA 1AYBA 4AG2C 2F2WA 1O4IA 4F17A 1SPKA 4JEGA 2PZ1A 1GBRA 1JU5C 2DL4A 1FMKA 1SHFA 3PSJA 1CKAA 3IMDA 1TUCA 3HCKA 2EW3A 2LQWA 1QCFA 4OMOA 1YVHA 3ZNIA 3M0UA 3R6NA 5IHKA 1CWDL 1JU5A 3WA4A 2RN8A 1ZX6A 2DVJA 3H0IA 3UATA 2OZOA 1WLPB 2EL8A 3VRZA 3PVLA 1D1ZA 1U3OA 2JM8A 1A1AA 1O47A 4OMPA 1SHAA 1PWTA 2O88A 1N5ZA 4GPLB 1LUKA 3S8LA 2OJ2A 2CH4W 1BB9A 3M7FA 2L6KA 2EKXA 3BUNB 2RQRA 1O42A 4OHIA 1WX6A 1PICA 3H0HA 3MAZA 5ECAA 3ZL7C 1AZGB 2LMJA 1HCTB 5CDWA 1WFWA 3EAZA 4OHLA 5L23A 1BKMA 1TCEA 5HKYA 1E6HA 4X1VA 1H92A 2PNIA 3VRRA 1SHDA 2RF0A 2RQUA 1O4NA 4AFUC 4FL3A 3TSZA 1FU6A 3EACA 2L2PA 2CIAA 2H8HA 4JJBA 4F14A 2DILA 4RUGA 5J3XA 1RQQC 1AWJA 2JS0A 4TZIA 1X43A 2EYVA 2K9GA 3KFJA 1BHHA 2MCNA 1MILA 1O4MA 2GTOA 3VRYA 2EYWA 1AYAA 4CC7A 2GE9A 2KBTA 2CSIA 1UE9A 1A1CA 1AYDA 3OB1B 4P9ZA 3SHWA 2L3SA 4DEYA 2HCKA 2RMXA 2X3XD 4IIOA 1F2FA 2PNAA 4K2RA 3THKA 2C9WA 2GSBA 1I0CA 2CH4A 1JO8A 2RPNA 3U23A 1X6CA 5IXFA 2KR3A 2BZYA 1CSKA 2LNHB 1SRLA 5KAZA 1U06A 1OO3A 2EBPA 1QKXA 2FPFA 1UHCA 1U5SA 2DNUA 5GJIA 1KSWA 4OMNA 3S8OA 1WA7A 2DX0A 2B3OA 4GBQA 1QKWA 2H46E 3VS0A 3OVEA 1LCKA 3CBLA 3ULRB 1AD5A 4OHEA 2KK6A 2K3BA 2RMOA 1M61A 1Z3KA 5EHRA 1UTIA 2ECZA 2DMOA 1MUZA 1K1ZA 3BUXB 1O49A 4K45A 2D0NA 1NLOC 1ZUUA 2K7AA 2FRYA 2YUPA 2RVFA 1O43A 4RTXA 4F59A 3NGPA 2LCSA 1YP5A 1S1NA 3VS5A 1ABQA 1O4CA 1FHSA 4NWGA 1SPRA 3VS7A 1ZUKA 1FYNA 3VS4A 2CI9A 4A63B 1BU1A 2HDVA 5DC0B 1UGVA 2FRWA 4DGXA 4LUEA 3O5ZA 2EOBA 5HKZA 3A98A 2YUOA 1M27C 1R1PA 1M3AA 1UDLA 4KRTA 4LUDA 5DC9A 4CC2A 2I0NA 1PNJA 3RBBB 1GHUA 2KYMA 2ROTA 1OV3A 3IQLA 3TVTA 1M27A 3VGOA 1X2KA 2YUQA 2EGEA 1UUEA 4EY0A 3EG2A 2LJ1A 4ORZA 4RTYA 1PKSA 2LNWA 3S9KA 1PKTA 2L3QA 2KXCA 2MIOA 2P4RA 5DF6A 2M51A 1BFJA 2MC1A 1A1BA 1OPKA 2AOBA 3TL0A 2ROLA 1M3CA 3UA6A 1O4HA 2IZVA 5EEQA 1NYFA 1ZLMA 2LP5A 3CWGA 1Z9ZA 1VYTA 4RTVA 1AOUF 1B3QA 2CBLA 3EGUA 2VVKA 1ABOA 4AFQC 3VRQA 1PRLC 2OQ1A 3PLFB 2DYBA 2HSPA 2M0YA 1BHHB 4HXJA 3GBQA 1BMBA 1KC2A 2KT8A 2V1QA 1AYCA 2EKHA 4M4ZA 2DRMA 1XA6A 2J05A 2O2OA 1J3TA 1A0NB 2FG0A 3I9QA 1O4RA 1O4KA 1D4WA 3N84A 2DE0X 1GFDA 1FYRA 3M0RA 2RQVA 4RTWA 2ECDA 1A1EA 2YDLA 4D8KA 3HIZB 2GTJA 4OHDA 1NLPC 4NWFA 1CWEA 1O4GA 1A81A 2O9SA 2BZ8A 4J9BA 1KFZA 5AULA 4AFZC 2CUBA 1JEGA 2CR4A 4JE4A 4JZ3A 4AFSC 1NEBA 2C0TA 4K44A 2OAWA 3NPFA 1W6XA 3NHNA 1K0XA 5D0JA 2IUGA 3PQZA 1XOVA 1LKLA 1PHTA 1T3LA 2JT4A 2CSQA 2FCIA 1FBVA 3CD3A 2HEQA 1O4EA 1H9OA 1JYUA 1I1JA 2YT6A 3UYOA 1K4US 2EGAA 4GLMA 3N7YA 1M3BA 1I3ZA 2DA9A 3I35A 1JXOA 3BKBA 1WXUA 1GRIA 2AK5A 2C0IA 2K7AB 2JM9A 1Y57A 3VROA 3FJ5A 1Z9QA 4JGHA 2CRHA 4ROJA 2NWMA 5EELA 1X6BA 3OV1A 2MK2A 3MXYA 2L0AA 1SKJA 3US4A 2DL3A 3N8MA 2CDTA 3KFVA 2DL7A 2HBWA 3C7IA 2EVRA 2EU0A 3PS5A 1K9AA 2PNBA 2JW4A 1QWFA 2RQWA 1O41A 4J9DA 1KA7A 1AB2A 1BG1A 1FU5A 1AVZC 2LCTA 1Y1UA 5DC4A 4A4CA 1SEMA 3IN8A 3CQTA 4OMMA 1RPYA 2D8HA 2HUWA 3PSKA 1RUWA 2X3WD 2Y1MA 2CI8A 5EG3B 1O4LA 2IUIA 4GWFA 3TSWA 1O4OA 1E6GA 1O48A 1OEBA 2DBMA 2AZVA 2EGCA 1H8KA 2DL8A 3OP0A 1UURA 4FL2A 5IXBA 1RLPC 2J6KA 2DRKA 4GL9E 1UJYA 2QDLA 4LN2A 4OMLA 2SEMA 3EG3A 2A37A 2XMFA 4L1BB 2JXBA 4HVVA 3NMZC 4HVUA 4DEXA 5IH2A 2K2MA 2HMHA 1WDXA 1AWOA 1KA6A 4FSSA 2AOAA 2L4KA 2LJ3A 1A08A 4Z89A 2PLDA 4ESRA 3PJPA 2VIFA 1GCPA 2DM1A 1EFNA 1YWPA 1KJWA 2E5KA 3GXXA 3VRPA 1ZFPE 2HDXA 1UJ0A 2AZSA 2KRMA 3I5SA 1X69A 1BK2A 1GCQC 1CSZA 1B07A 2YSQA 3PE0A 2AUGA 2ED1A 2Y1NA 1WYXA 2AKKA 3VS6A 2DBKA 2J7IA 4RTZA 2FEIA 1O4QA 2DCRA 1GCQA 1WIEA 3UF4A 2BBUA 2RSYA 4DGPA 2PTKA 1AOTF 4J9GA 2GNCA 2J6OA 5FWCA 4HCKA 1MV3A 3LH5A 2DM0A 1W70A 2EO6A 2DLYA 1QG1E 1WXBA 1LCJA 2MRKA 1BLJA 4J9HA 2D8JA 1FBZA 1TZEE 2K79A 2H5KA 1YVLA 3GQIB 1W1FA 1HSQA 2SHPA 4QSYA 2KRNA 3EHRA 3M0SA 4XZ1A 1BKLA 1HD3A 1YNZA 2CT4A 3REAB 4LNPA 2O31A 1T0HA 4HVWA 1NM7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KYBA 5KH6A 2HL5C 2IIMA 2W0ZA 2C06A 3JCMQ 3G6EA 1IJRA 3H0FA 4C92D 2V26A 1K9MU 4OMQA 3CD6A 2D9TA 1BLKA 4N0AA 5KYUA 4BB7A 2E3HA 1O75A 4E68A 4A4GA 3RESA 3CXCS 2EYZA 2CS0A 4F04B 4FYWB 3L2VA 2DLZA 4A54A 3BW1A 2F2VA 1NYGA 2LNXA 4XU2A 1VQ9Q 4JJDA 2EYXA 4XU1A 1JJ2A 2I2LA 4L5GA 2A36A 2KSSA 1UFFA 2EJ9A 9ATCB 4HT8A 3QG1A 4FT2A 1H3HA 1RLQC 1C6VX 1G83A 2OAUA 2ENMA 3EG0A 1O4JA 1VA7A 1CJ1A 1M2VA 3A8GB 4XTYA 5FW9A 1DJ7B 3MP1A 4M77B 2O9VA 4Z88A 3GF5A 3VU3C 3MXCA 3EGXA 2L3TA 2J06A 3SWNB 1Q86R 2JYQA 1E7OA 2MK5A 1O44A 3V7SA 1VQ5T 1BF5A 2X4WA 1YI2Q 1D4TA 2RHZA 2QYZA 2HQXA 5KE2A 1VQPT 1UECA 4C5EA 4XU0A 3HHMB 1PM3A 1LKKA 1BFIA 1QMCA 2ZPHB 1C1AA 3L1AA 4C5HA 3RKXA 3EHQA 4A4KA 3OYBA 1AWXA 2LQNA 2QQSA 2YUNA 5GMKj 2SRCA 4H1OA 2GQIA 3GNFB 2JMCA 4F5BA 2ABLA 3Q1JA 2AKLA 2EQIA 3QUIA 3WXMB 5IBSA 1ZHIA 2A08A 1RI9A 2COYA 1IREB 5KCOA 1NRVA 1X01A 1X2QA 3I56Q 1M90U 3CC7T 3CBOA 3JB9I 4EIKA 1Q81R 4M75E 5EG2A 3INZA 1B47A 4U17A 4A4HA 1TOVA 3SB2A 3SEMA 4DBFA 2BKDN 2PLEA 3OS0A 5EC7A 1NEGA 5IN1A 2KGTA 1GBQA 3RKYA 2MI6A 1M1KC 1WPYA 1JB0E 1VQ4Q 3QYGB 5CKHA 2JMAA 4M7DD 3WVEB 4QW2A 2RORA 4X6SA 3K2TA 3JCMg 5DY9A 1JYQA 1KC8C 4O6JA 4FT4A 4PJLA 2CP6A 4MMLA 3TKZA 3UWNA 1O4IA 3JCMf 2PVOB 4R56A 1JU5C 3PSJA 2V8IA 3CCEA 3VJPA 2EJFA 2LQWA 1QCFA 2R57A 1I5OB 4OB1B 3WA4A 2DVJA 2OZOA 3QJ6A 1U3OA 1SHAA 1PWTA 2HSEB 2O88A 3MEWA 1R0BG 3G71A 1BB9A 3M7FA 1WGSA 1Q7YC 1PICA 1HCTB 2PUKB 4RCBA 2YWWA 5FROA 1D0XA 2YRCA 1WFWA 3M9QA 1NBEB 4OHLA 1WNLA 4PLIA 4E7IA 2FHDA 3RR6A 4X1VA 4R55A 1VQLT 2QQRA 1SHDA 3VRRA 2HZYA 3VKIA 4AFUC 5GMKe 5FU6B 3EACA 2OTLQ 5J3XA 4HCZA 4B9XA 1RQQC 4ZN1A 1M9SA 2CKKA 2K9GA 4JLGA 2RJFA 4LD9K 2GTOA 1O4MA 3CCVA 2EYWA 3L2RA 2RK1A 5GMKl 4C92C 2EQJA 1VQKT 2XICA 3RKWA 3TCJA 5LJ5h 1KC8R 2L3SA 5D6YA 1D09B 3H9NA 4IIOA 4PJMA 4DBQA 4IUPA 3CC4T 3DB4A 5DLQE 4M75A 4M77F 2COWA 1X6CA 2VYTA 2DD5A 3PNWC 1CSKA 1H641 1SRLA 1U06A 2QQ9A 4ZTJA 5D6WA 2DYIA 2FPFA 4BI3A 1YJNT 5GJIA 1SG5A 3EFRA 3OYCA 3JCMe 2DX0A 2H46E 3VS0A 1K8AU 1I4K1 1WJRA 4OHEA 4J6WA 2WSCE 4CRIA 4E7JA 1UTIA 4FYVB 4MMKA 2FB7A 2DMOA 3OY9A 1O49A 1Q7YR 2D0NA 4C92E 2FRYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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