4DAJA

Structure of the m3 muscarinic acetylcholine receptor
Total Genus 159
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
159
sequence length
432
structure length
429
Chain Sequence
IWQVVFIAFLTGFLALVTIIGNILVIVAFKVNKQLKTVNNYFLLSLACADLIIGVISMNLFTTYIIMNRWALGNLACDLWLSIDYVASNASVMNLLVISFDRYFSITRPLTYRAKRTTKRAGVMIGLAWVISFVLWAPAILFWQYFVGKRTVPPGECFIQFLSEPTITFGTAIAAFYMPVTIMTILYWRIYKETEKMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYLIKEAQTLSAILLAFIITWTPYNIMVLVNTFCDSCIPKTYWNLGYWLCYINSTVNPVCYALCNKTFRTTFKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein, hydrolase
molecule keywords Muscarinic acetylcholine receptor M3, Lysozyme
publication title Structure and dynamics of the M3 muscarinic acetylcholine receptor.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 159
structure length 429
sequence length 432
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dajA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4dajA01
3C82A 1L29A 3L64A 128LA 1PXRA 5F8UA 1PQMA 1PQIA 2Z73A 1S53A 1JTMA 3C8QA 3HU8A 2B6XA 1P5CA 3QJQB 4W53A 1L64A 4LDLA 1DYEA 3S3CB 5H2HA 4I7PA 3DN8A 5H2MA 4XT1A 211LA 4I7NA 2QB0B 1L23A 3GUOA 1P3NA 2PEDA 1CV3A 3PBLA 1L94A 111LA 1C68A 1L01A 3ABWA 4HWLA 243LA 1CTWA 2HPYA 257LA 1C6LA 2RB1X 5B35A 4AMIA 1TN5A 1L22A 261LA 5DYSA 122LA 249LA 1QUHA 1QT7A 1S54A 3X3CA 1C6EA 1L74A 1U19A 254LA 4UG2A 1DYFA 198LA 4XT3A 3VVKA 3ZEVA 2A4TA 1QSBA 1P8IA 1S8LA 4PXFA 2X72A 2B6TA 3EMLA 4QIDA 246LA 1C6AA 3EH5B 5ITCA 3HANA 155LA 1L93A 1Q5IA 186LA 1C6NA 1TN0A 1LYHA 3DKEX 195LA 3HH6A 3RUNA 1R84A 2OU9A 2NTHA 4YXAC 1L09A 1L08A 4FPDA 1LYGA 4AMJA 1D2YA 5ETZA 5H2KA 3C8SA 2F47A 4X1HA 1CWQA 1TLAA 1QKPA 1G0GA 4HYXA 3GULA 3FA0A 3UTXA 3X3BA 3UTYA 1CU2A 2RB0X 1NHBA 5G2CA 3QBGA 1C6CA 4ARQB 4N4WA 4ARMB 3HT8A 4EKRA 1CX6A 232LA 3HT9A 1JV6A 2LZMA 1L16A 1KW7A 4DAJA 201LA 5G54A 184LA 1F4ZA 1SX7A 3OE9A 1I6SA 4WAVA 1PQDA 1L67A 1L9HA 1OVHA 225LA 3SB8A 1CV5A 1L00A 4I7JA 5LZMA 2Y04A 4L35A 3UZAA 3SB9A 1C63A 1QS5A 1L48A 3NY8A 2R4SA 2ZZLA 4YXCA 3DN1A 1OV5A 192LA 139LA 2HULA 1UCQA 218LA 4W57A 1CU3A 2B6WA 5B6WA 1QTBA 1L58A 2I21A 107LA 4MQTA 1LWKA 2QPDB 5AHYA 1G0MA 3ODUA 2RBQA 2O79A 1H2SA 4EPIA 1QTCA 130LA 176LA 2O4WA 250LA 4EA3A 1CU5A 1T6HA 115LA 262LA 2YCZA 4JQ6A 4TL3A 1M0MA 4I7QA 159LA 166LA 3G3VA 3AM6A 1G06A 1C6DA 1L20A 1QUDA 235LA 112LA 3G3WA 3NSBA 1L30A 5BR2A 1LYFA 5H2NA 1C65A 2YCXA 4FBZA 5EN0A 255LA 3C8RA 1P36A 158LA 1CUQA 3FADA 7LZMA 3NYAA 2ZIYA 227LA 3SB6A 4BWBA 3FI5A 182LA 1C64A 1L31A 3VHZA 1C6PA 3QBKA 1L66A 2IGCA 248LA 241LA 1LN6A 5B6XA 3DN3A 1QTVA 3DN2A 1L02A 1PQJA 3HU9A 4I7RA 1G0PA 3CDTA 3UTVA 5B6VA 1L35A 4A4MA 3LZMA 2QPEB 1G0KA 1C8SA 109LA 2OTYX 3GUJA 3NY9A 1C6BA 1QHJA 123LA 4BEZA 1T8GA 180LA 245LA 234LA 4I7LA 196LA 1JFPA 3UONA 3QBLA 5G2DA 3KJ6A 2OEAX 3HDFA 1L88A 5AX1A 4EIYA 4PXKA 3ZPRA 4KLYA 174LA 1QUGA 2B70A 251LA 3V2WA 2Y03A 4IARA 3C7YA 3HH5A 175LA 1XJTA 3CAPA 3QBIA 2R4RA 3PXOA 1SWZA 3QAPA 3NS0A 1OV7A 1L73A 1H68A 3T45A 1L0MA 2RH1A 1C66A 1D3MA 1L17A 3SB5A 5J7AA 188LA 3REYA 1L42A 187LA 1DYGA 1L83A 2I35A 4NC3A 1L77A 1S52A 4AQNA 4W54A 4FA7B 1CVKA 2F93A 219LA 1L56A 1L21A 103LA 247LA 3VW7A 1FBKA 3MBVA 3GUMA 1QT8A 2B72A 4W59A 4LZMA 191LA 119LA 167LA 1L71A 1L90A 3HT7A 205LA 3HTGA 4W52A 1X0K1 3PQRA 1C69A 1T8AA 1L85A 1L07A 4ARPA 4X31A 1X0I1 2NTGA 3QJUB 3UZCA 1AP9A 2Q9DA 2I20A 1OWZA 4N6HA 4LDOA 1LW9A 1ZWNA 3RZEA 1QTDA 1L14A 2RB2X 4DKLA 1F50A 5JJEA 190LA 224LA 2OTZX 2RAYX 3QJTB 3UTWA 5B2NA 3HUQA 3CDVA 1L10A 2I1XA 3K2RA 3EH3B 2RAZX 2ANVA 4XTLA 5ITEA 2J4YA 165LA 1L75A 4WW3A 3OE8A 5DHGA 1LI2A 220LA 1C8RA 142LA 1L46A 1C6HA 3GUKA 3QJRB 169LA 181LA 5A8EA 4BEYA 1L89A 1L0KA 223LA 172LA 1L81A 4EJ4A 4IB4A 1D3NA 1QT4A 138LA 3DN6A 1G1VA 1KS3A 2L6XA 239LA 2QARC 2B6ZA 110LA 1LYJA 170LA 4G7SB 2B74A 163LA 2OE4X 214LA 4EXMA 1KG8A 4BV0A 1LWGA 5FJGA 259LA 1IXFA 3CDOA 147LA 1L96A 260LA 1XJUA 3DMVA 1LGUA 183LA 1AT9A 4ARLA 3A7KA 1C6JA 4GP5B 1QT5A 3RFMA 1D9WA 1OVKA 131LA 1SWYA 1L63A 1OYUA 3PDSA 2VT4A 1L05A 1L84A 149LA 1HZXA 148LE 1KMEA 2NTUA 1DYBA 3WQJA 4S0WA 177LA 1XIOA 4I7MA 1L53A 4BVNA 2HUMA 161LA 240LA 1O0AA 4QI1A 1QKOA 3HAQA 1L60A 253LA 2RBOA 1C3WA 244LA 102LA 2YCYA 1T8FA 2KSBA 4G7RB 1L26A 4PK0A 1KW5A 2Y02A 3F8VA 3C80A 1L80A 108LA 4MD2A 2KSAA 4KNFA 1L99A 5I14A 3HAPA 2Z55A 3VI0A 4XTNA 252LA 178LA 2B7XA 1XJIA 4GP8B 143LA 1L40A 2WJLA 3HH4A 4FAAB 1P56A 209LA 5LWEA 1G1WA 1L33A 3HUAA 3V2YA 4YX7C 4OV0A 4JKVA 4GBRA 4G70B 2B75A 4W56A 3DMXA 1L37A 1L82A 1T97A 6LZMA 1XMEB 146LA 258LA 4J4QA 1L65A 4I7SA 1R2NA 1OVJA 1OWYA 1PXSA 113LA 2YCWA 1L70A 4DJHA 1P2LA 127LA 1LYDA 3F9LA 1LI6A 1L18A 233LA 4GP4B 2LC9A 1IW6A 1L79A 229LA 1C67A 1QSQA 1JQUA 3VG9A 3QAKA 2OE9X 1L43A 3QJSB 3GUNA 1KGBA 1L39A 4EKSA 1PY6A 185LA 1SSWA 4I7KA 2OE7X 1L03A 2OU8A 237LA 1CV4A 3SBBC 151LA 3AYNA 1ZURA 1KG9A 4MD1A 5G2AA 1SSYA 1L61A 2AT9A 4UHRA 5H2PA 1MGYA 2O7AA 1KY1A 3AYMA 1S51A 4GPOA 1QTHA 1M0KA 2BRDA 1KNIA 1QTZA 200LA 3ZPQA 3C7WA 1LYIA 1P64A 1C6QA 1L11A 1PQKA 4K5YA 2RBSA 3D4SA 1P8UA 1BRXA 1D3JA 5G53A 1L59A 1QT6A 2F2QA 2F95A 4L6RA 1DYCA 206LA 1P46A 2KS9A 236LA 3C81A 1L12A 3SB7A 1L15A 5A44A 2F32A 5A45A 4X32A 242LA 1D3FA 120LA 2RBNA 1L27A 5AHZA 3GUPA 1L87A 156LA 3C83A 4EKQA 2M3GA 1GZMA 1L92A 1EHKB 1L95A 5JJJA 5AX0A 144LA 4LDEA 1L28A 3HH3A 137LA 3OAXA 104LA 3DQBA 3P0GA 1C6IA 1B6IA 5JJNA 2KSYA 5G28A 1PQOA 157LA 1E0PA 1L91A 4JR8A 4W55A 3GUIA 1F88A 2Y00A 5G36A 222LA 1L57A 1GUEA 4XXJA 1L62A 2JAFA 168LA 2YDVA 1P37A 1L76A 1L0JA 1DYDA 4W58A 2Y01A 1L51A 2WJKA 4QRYA 1QS9A 4E97A 1QT3A 1L55A 5BR5A 3HT6A 1L32A 1BM1A 126LA 173LA 4GBRB 3EH4B 1G07A 1L38A 3HASA 1CV0A 5H2JA 3C9MA 2LCBA 1L52A 3HTFA 3OE6A 4HYJA 5AZDA 3HTBA 5C1MA 2JAGA 1L68A 5B6ZA 1C6FA 1CX7A 3S8GB 1LGWA 3HWLA 4G71B 152LA 1L24A 1LGXA 3COCA 1Q5JA 1DYAA 189LA 4EKPA 129LA 4PJZA 1JTNA 2L78A 1FBBA 3S8FB 1KY0A 4IAPA 3SN6R 2HUKA 1IW9A 3DDLA 1L49A 1L47A 1XEPA 4Y9HA 230LA 2B6YA 1CU6A 2YDOA 231LA 1GU8A 1C6TA 1G0JA 3HDEA 3DN0A 3QJVB 3PWHA 1CUPA 1VGOA 1P7SA 3SBAA 4G72B 1QUOA 1SX2A 145LA 3L2XA 2OU0X 3CODA 1L44A 5B0WA 4I7TA 1WTHA 4N4YB 4BUOA 3UG9A 4GRVA 5DHHA 1VJMA 4XTOA 1L19A 3S3DB 1LLHA 140LA 2LNLA 1C6MA 1DZEA 216LA 213LA 238LA 4W51A 164LA 1G0LA 228LA 2RBPA 1P8HA 3DNAA 1X0SA 1L97A 3G3XA 1CV6A 5AWZA 5B34A 1C62A 199LA 3CDRA 4MBSA 1L06A 1BRDA 1P2RA 2ZFEA 2B73A 150LA 4GYCA 217LA 1L86A 2NTWA 4IAQA 5H2IA 1ZYTA 1L13A 1LI3A 226LA 215LA 1UAZA 210LA 1E12A 1QM8A 4EPFA 2CUUA 1C61A 1CU0A 1M0LA 3DN4A 1C6GA 160LA 1G0QA 4ARJA 1C6KA 3CDQA 171LA 1LYEA 256LA 1L50A 4G7QB 3VGAA 212LA 114LA 1CV1A 4ARQA 1L36A 3OE0A 4OO9A 3HTDA 4ZPUA 4ARMA 1L98A 5TGZA 1C60A 141LA 125LA 3C7ZA 5B6YA 2G87A 1L25A 3S3BB 1S8JA 1LPYA 1BRRA 221LA 1K28A 2ANXA 1L34A 3HAOA 1L72A 3QDCA 1P6YA 1JGJA 3JR6A 1L41A 1L54A 2Q9EA 3DMZA 1L69A 1EPYA 162LA 2EI4A 3C9LA 1L04A 4MQSA 118LA 1D2WA 5H2LA 1L45A 2Z6BA 4I7OA 3BVDB 5H2OA 3HARA 5KKHA 3HUKA 2RBRA 1JV7A 197LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L29A 5F8UA 1PXRA 1PQIA 3WUNA 1GF0A 1SQ2L 1JTMA 3C8QA 1XEJA 1P5CA 5KXNA 4W53A 1L64A 3QJQB 4LDLA 3P64A 5H2MA 3DN8A 1OUJA 4I7NA 4Z3MA 1JSFA 1CV3A 1B2KA 1LZGA 3PBLA 111LA 4H90A 3ABWA 4HWLA 243LA 4Z41A 1B7LA 2HEBA 5IDDA 3LZTA 4AMIA 1NDGC 1RE2A 1F10A 1REYA 5DYSA 4OOTA 4UWVA 1L74A 1VDSA 254LA 1DYFA 3A90A 3WUAA 4QIDA 4ZIXA 1GB2A 2FYDA 1C6AA 3EH5B 5DM9A 1Q5IA 4IASA 1WVUA 2OU9A 4FPDA 4YXAC 1L09A 1QQYA 1DZBX 1IO5A 1LSBA 5H2KA 3C8SA 3TMVA 1JIYA 3FA0A 1GB9A 3UTYA 2MECA 2RB0X 1GXXA 5G2CA 4N4WA 4ARMB 1YAQA 5IHGA 1WVVA 184LA 1I6SA 3LZ2A 1B7PA 1HEQA 5KKJA 1L67A 4L35A 3SB8A 3UZAA 1L00A 1FBIX 4NGVA 1L48A 3DN1A 3KAMA 5L3HA 1OV5A 192LA 2HULA 1QUSA 2MEDA 4HTQA 2I21A 4HTNA 5AHYA 3WH1A 1G0MA 1LMOA 4II8A 1C10A 1QTCA 1G7HC 4EA3A 1T6HA 1IR7A 159LA 3NSBA 3G3WA 1VATA 5APFA 5KJ9A 1GE0A 2MEFA 5HNCA 1HELA 7LZMA 2D4JA 5C6LA 1JKAA 1IWZA 1AT5A 4B4EA 3VHZA 3WW6A 4DYGA 3N9EA 3DN3A 3BKHA 1G0PA 3UTVA 4NGKA 109LA 3GUJA 4RLMA 4NWHA 5T3FA 1DXJA 1BB4A 5B1GA 196LA 1JFPA 3UONA 4C3WA 1UICA 3HBEX 2OEAX 1L88A 2Q0MX 4PXKA 4KLYA 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 1L25 A;  3S3B B;  1S8J A;  1LPY A;  1BRR A;  221L A;  1K28 A;  2ANX A;  1L34 A;  3HAO A;  1L72 A;  3QDC A;  1P6Y A;  1JGJ A;  3JR6 A;  1L41 A;  1L54 A;  2Q9E A;  3DMZ A;  1L69 A;  1EPY A;  162L A;  2EI4 A;  3C9L A;  1L04 A;  4MQS A;  118L A;  1D2W A;  5H2L A;  1L45 A;  2Z6B A;  4I7O A;  3BVD B;  5H2O A;  3HAR A;  5KKH A;  3HUK A;  2RBR A;  1JV7 A;  197L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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