4DBD | Genus

Total Genus 77

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
sequence length	210
structure length	210
Chain Sequence	KSRVILAMDKPLSYQVLKEMENELYGIKVGLPLVLDLGVDKTRELLIGLDVEEIIVDFKLADIGYIMKSIVERLSFANSFIAHSFIGVKGSLDELKRYLDANSKNLYLVAVMSHEGWSTLFADYIKNVIREISPKGIVVGGTKLDHITQYRRDFEKMTIVSPGMGSQGGSYGDAVCAGADYEIIGRSIYNAGNPLTALRTINKIIEDKVM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Sulfolobus solfataricus rcsb
source organism	Sulfolobus solfataricus
total genus	77
structure length	210
sequence length	210
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2012-01-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4dbdA00

4FO4A 3PS7A 2NV1A 1PHWA 2WNQA 1SQ7A 3WJWA 3NPXA 3A5VA 4R33A 4JX4A 4OE7A 1AMKA 4MYAA 2ZZ1A 3DI0A 3LBCA 3NPUA 3LXCA 3W7KA 5K7JA 2OT1A 5BNKA 3LRKA 2QJIA 1MEIA 1WA3A 2H3DA 1K7EA 2J27A 4WY0F 3C2FA 2YFOA 3KRZA 4HKPA 2OX1A 4P61A 1EX5A 5I3KA 1Z48A 3UPBA 3FEMA 2HSAA 3DAQA 4TMBA 3TQ0A 3NOEA 2TRSA 4UNKA 4CQ9A 1SZNA 3MUXA 3WK2A 4YCPA 4FNPA 1J5TA 1O60A 2OMAA 1Q6OA 1TPEA 2G97A 3LHTA 3G0UA 1PS9A 2H3BA 2JK2A 3B05A 3UXAA 3CC1A 3N9SA 1GVFA 4JTSA 3G3MA 1F7BA 4FNSA 4NJGA 5BMWA 1QPRA 5EL1A 3W1LA 5K3VA 2JKPA 5K9DA 2WJZA 3PUEA 2Z2UA 3M1ZA 3E49A 5I3HA 1W8SA 5FEXA 2A1YA 1G6CA 3W71A 3W3OA 3UZJA 3GR7A 5D03A 4NXSA 3EKLA 1H62A 4NZJA 3UQNA 4RR4A 5D05A 3FS2A 3TMLA 4ICNA 1YDVA 3F4WA 4ALDA 1FUYA 4LOCA 2V5LA 3HMJG 1YXCA 3LXBA 1W56A 2CZDA 4HNUA 1TO3A 3QSTA 3CM4A 3C2VA 3SI9A 4AAJA 3NQCA 5CSSA 4HIBA 3A24A 1RZMA 2DP3A 3W7QA 2J9XA 1L6SA 1WAUA 2VXNA 3LDVA 4A2RA 1FXPA 2C14A 3TCEA 5D32A 3NQEA 5D38A 3R13A 5LNVA 3TNOA 1J4EA 3B8DA 1VHNA 2BWGA 2NX9A 4GUHA 1B4KA 3STGA 5HQEA 3HJZA 5FF0A 5J5RA 1B9BA 1TIMA 3F03K 4XBSA 2V5BA 5F2IA 4B5NA 3H54A 3TXZA 4H3DA 2YYTA 4UFMA 3W1QA 1WOAA 1DQXA 1P1XA 3N2MA 4JD4A 5AC8A 3WJYA 1NEYA 1EEPA 3G1AA 5G2HA 5AHEA 4MY1A 2E6FA 3IV3A 2GVLA 1KW1A 1H7PA 2B4GA 3EX2A 4GFSA 4S1FA 4K37A 3NR0A 3W6YA 1XDMA 4LU0A 1VH7A 4RZ6A 3EWXA 3SIZA 4O8RA 1QOQA 4UR8A 5G5IA 5G2IA 4WXZA 5CG7A 1KM0A 1SO3A 2C16A 2ATSA 1QAPA 1K8XA 4RCXA 4RV8A 2E1DA 2CZEA 3LCLA 3MP5A 3TJLA 1PV8A 1NF7A 1TPC1 1JUEA 3EKZA 1F6KA 1KM5A 4Y90A 4E2DA 1VR6A 3PBUA 1H1ZA 1KV8A 3O16A 2QDGA 5I3GA 3ZWSA 1OYAA 2B7PA 1FCQA 3I7SA 4UTHA 4UCGA 3G3DA 3B04A 5A5WA 1G4TA 3DU0A 3NL6A 1KBIA 4FXSA 4XWUA 2C15A 3L5MA 1ONRA 1YXYA 1ZY9A 5AB3A 1ZAHA 3BPWA 5E1QA 3UD6A 4QM1A 3I68A 5D30A 1HO4A 4GNJA 2QCNA 3THQA 2VFFA 2VFEA 1RQHA 5HWNA 1G67A 2ALDA 4O53A 4E0CA 5MHBA 1W0MA 1RVGA 1VCVA 3P61A 3I6RA 3NPVA 3TXVA 3PAJA 4O0KA 3GXPA 1LCOA 2QAPA 4FX7A 3WJZA 4WX2A 4AVFA 5F4XA 1JCYA 2XN2A 4GRSA 1QFEA 1TCDA 1N8FA 1I8JA 3NQFA 1FDYA 1H50A 4BK9A 4AWUA 4L4MA 5AC7A 1GQNA 3LHYA 1OK4A 4O54A 1K03A 4GBUA 4WY0B 3CLMA 3M9YA 4M6QA 3WJXA 2NWRA 6TIMA 3O63A 1O5KA 3HGSA 3G1HA 3GLCA 3LLDA 2O7SA 1EWEA 1DORA 3STFA 4CNOA 2BSLA 5H2ZA 3T55A 2VOMA 4TU1A 4DELA 3OBKA 2H8XA 1OFDA 4K7YA 1FWRA 4ZQPA 2WNZA 4CCEA 5AOUA 1LBFA 1FXQA 2QUVA 3CEPA 3O8AA 3EXSA 1XUZA 3W2JA 3Q94A 3PC0A 1JVNA 4MZ8A 3FJLA 2A4AA 1ZCOA 2ISVA 2PRLA 3LCXA 3TSMA 1ZNNA 3G22A 1XDLA 1SO5A 2G95A 4NXKA 3W84A 5LGXA 5KMYA 4QQ3A 3M5XA 1F6PA 3TC7A 1A5SA 1X1OA 1QOPA 5HINA 4ZQCA 4OU1A 4ORMA 3GDMA 2J6XA 1YXDA 4PEKA 1XKYA 3E02A 1OFEA 3T44A 2PRHA 4LVDA 1Q6QA 4YMZA 1Z44A 3TMQA 1THFD 4UMCA 3NQ2A 3PG8A 4X2RA 2C0AA 1KM3A 3C56A 1IXOA 4M7TA 3PSWA 1SW7A 3DFPA 3W2LA 1FX6A 3M47A 4IMCA 1GTEA 2ISWA 5F1UA 4EVZA 2EGZA 3W76A 3C2EA 1YPFA 2Z6IA 3KVLA 3U6WA 1MXSA 2ZA2A 1G69A 4N9CA 4LY8A 4AHOA 1QO2A 3GVGA 1XBYA 2BXVA 3I65A 1JUBA 1IIGA 2E5DA 5K4ZA 5GVJA 4RLIA 4N6EA 2ZRUA 4WOZA 3R2GA 2ZYFA 1TPDA 1FCVA 5F1VA 5LNSA 2D73A 4ML9A 1SW0A 4CNPA 1H63A 1I4NA 5I3IA 4KFPA 4UTUA 3VFLA 3N9RA 2Y89A 3C4UA 3W7IA 3LRMA 2JBMA 1NAL1 1YTDA 3IVUA 1QR7A 1OK6A 2QEZA 3M0ZA 5LNWA 1DJNA 1MZHA 4OWGA 1XBVA 3TROA 4O0ZA 3PM6A 2WKJA 3DENA 3UWWA 3PUOA 3OVRA 3G0SA 5F4WA 3TSBA 5IBXC 4DPQA 3BLEA 2NXGA 3L67A 1VLWA 2B7OA 3EWBX 1QPOA 2X30A 1E51A 3NA8A 1LRNA 1YADA 1G7UA 1LRTA 3TAKA 3GR8A 3T7VA 5LZLA 4JTIA 4JX5A 1W3IA 5LKYA 5D37A 2GVGA 2CW6A 1A5CA 5L6UA 1VZWA 2O7QA 2KZHA 4JYDA 3KVKA 3QRHA 5U7SA 1LRQA 4AF0A 3G1SA 4KWVA 5AYZA 3JS3A 3KFTA 4C1LA 1KM1A 1OX5A 4HN4A 4UFHA 1MEWA 1BTMA 1FCBA 1QPNA 3M16A 4GE8A 3S5YA 3ABSA 4MLRA 1CI1A 4MYXA 1P4CA 1TTIA 5AN7A 1C8VA 2AGKA 5HWMA 3W7CA 1TV8A 3SSJA 1FWTA 3GXTA 4O19A 2X2GA 2QAFA 2FDSA 4FHAA 1P0NA 3PUDA 5A8GA 1D3HA 1TPVA 4DXVA 3PVFA 4CQAA 2Z6JA 4LUJA 4PL1A 2X16A 2X1RA 3FJ6A 3LX9A 8TIMA 4IQLA 1M5WA 5DBUA 1GOXA 1WV2A 3BG3A 5J5DA 1GVRA 3PSVA 2ABBA 1KFBA 2V2CA 3HIJA 4JIPA 1L2UA 4N9EA 4HHPA 4RXGA 3BGGA 1FY6A 4AHPA 2PRMA 1Z41A 2JKAA 2DZXA 1ZAIA 4BF9A 1PHQA 1M7OA 3M6YA 1FBAA 3MO7A 4MUZA 2ZRXA 3WK0A 1DJQA 5KZDA 2ZZ7A 5C55A 3O6CA 3DHFA 2NWSA 3LCFA 3V1PA 4AXKA 1OF6A 2V9DA 3G1XA 3W23A 1L6WA 2X1UA 4DO5A 3IEBA 1G7VA 1RQBA 2DZWA 5HUOA 3UWVA 3W72A 4A21A 5DCDA 2EKCA 5LGZA 1TB3A 2I9EA 3W7LA 3DGRA 3DFQA 4ADSA 1RQEA 3QMRA 2PURA 3QSRA 3EX1A 3NL5A 3GKAA 4HT3A 4RK8A 1GVQA 5CZ0A 3W7OA 1H7XA 1QCWA 1DVJA 1VYSX 4Z0SA 1AW2A 3HPXA 2GOUA 4Q32A 3TA6A 1EIXA 2E5CA 1EA0A 5G4WA 4AMAA 3LRLA 3FA5A 4BFAA 1ML1A 3SR7A 1I2QA 2OJPA 3IVTA 3ZS4A 3S9YA 1BKSA 4JTTA 4QISA 2QR6A 1V5XA 3RLUA 1EP2A 1YLVA 1ME8A 4UTJA 1VQTA 3EX6A 1LP6A 2CU0A 1JRCA 4MY9A 2CLLA 4ZQNA 4JTEA 3QEZA 3PF3A 2YX0A 2GVJA 2P10A 1RPXA 3H53A 1ME7A 1VRDA 4O17A 2ZQ0A 1GYNA 3KRSA 2ZZ2A 3W70A 3NL2A 1SFLA 2QCDA 1VHCA 2YW4A 4QNEA 3NQAA 1O94A 4ADUA 4O18A 1VYRA 2DZPA 4M7SA 3GKFA 2FQIA 3D0CA 1UASA 4NZFA 3C2RA 2ZA3A 1WXJA 4EIVA 3S8HA 3B06A 4D2JA 1XL9A 3DH7A 1T0OA 4Z1DA 1WBJA 2WSQA 2VEPA 4MFDA 1LM1A 5DBTA 4JX6A 3UWQA 3MI2A 3NM1A 1CX9A 4I7WA 4O1AA 5CZTA 5LNRA 3QPYA 1AW1A 4NUWA 2A2IA 4MJMA 1QDSA 3JR2A 1TPFA 2CWNA 4UMBA 3W22A 1OX4A 3GAYA 1W5NA 2NUWA 4PL2A 5AHFA 3M43A 1F74A 4L4LA 1DQWA 2QCHA 1HL2A 3CB8A 3GDRA 2RH9A 1M7PA 3BARA 4O4VA 1SR9A 2FJKA 4TO8A 3W7NA 1S5WA 3B0UX 2VEIA 5HULA 3V75A 3R8RA 1TRIA 1UB3A 3DFOA 1Q6RA 4KKXA 4QNWA 1NSJA 4JIQA 3N34A 4LUIA 1PIIA 3RMJA 2R8WA 4ZMGA 3PG9A 4HNTA 4X9SA 2FTPA 3WK1A 1GWJA 2NX3A 4IGHA 3S6DA 5E0KA 2J9ZA 3VKJA 3W1AA 2QUUA 5TIMA 2WOQA 4O12A 3W07A 1YDNA 1P0KA 1U5JA 4JTUA 3O6YX 4PCFA 2PE4A 1H7RA 4NT0A 4RX0A 5K2ZA 2IQTA 2YSWA 2QKFA 3M44A 3G1VA 2E5BA 3MWAA 2ZFAA 4O14A 3UWUA 4AEOA 3W2UA 1LBLA 4E2BA 3QQ1A 3HPSA 1MSSA 1EPXA 1QNVA 1I2PA 1H7OA 5IBXA 1LOSA 3A9IA 3GNDA 2V8ZA 3NL3A 5I3JA 3T40A 2ABAA 1SZFA 4MZ1A 1S5TA 2H8ZA 1JRBA 3OG3A 1X1ZA 2BX7A 1R2TA 2GQAA 4N4PA 3UYCA 1VCFA 3SY5A 3G8EA 2ZTKA 1T8XA 1A5BA 2A5HA 3QMTA 4S2BA 3TIMA 2ZZ6A 4JY8A 2OZ0A 3FKKA 3ABQA 4TMCA 2VFIA 3W7HA 3HGJA 1I2RA 1KFCA 3FKRA 4KWWA 4LV4A 4UC5A 2X1TA 3BVJA 3ZR4A 4CNNA 2Y85A 3NQVA 3HOJA 3DHDA 5D02A 2A0NA 2NZLA 3SFKA 5CPLA 5DCEA 4N4QA 3VI2A 1MEHA 4BR1A 4DO4A 1WQ5A 1KTBA 1Z42A 4GUJA 4QIUA 1H60A 2J24A 1D3GA 6ALDA 3IVSA 2FB3A 5G1YA 3IRDA 4XUGA 1PL9A 2VEMA 5FF7A 3CU2A 3EWUA 3L0KA 3LI1A 1K8ZA 3DI1A 3S0CA 4MOZA 3BW2A 1EP3A 3LTPA 4NJIA 3CTLA 1DL3A 4K6AA 4IXHA 5G1TA 2TPSA 3NEVA 4JTGA 4UR7A 3THAA 2NXIA 2YW3A 4NJKA 3LXAA 3L2IA 1DV7A 1LZOA 4A3UA 2RKXA 5CPMA 1LLWA 1LORA 4WD0A 4HPJA 4LC6A 1CW2A 3UPWA 3S5ZA 2ZRYA 3HG3A 3IIPA 4IWWA 1W54A 1JR1A 1IXPA 1GG0A 3HQ1A 2J88A 4U4MA 3MBFA 3LB0A 1YDOA 5DCBA 1KM4A 4NNCA 3S42A 1Q45A 2E6DA 3RNDA 4ZZ9A 1DBTA 1YTKA 1GYLA 4LT9A 4S2CA 1T99A 3C52A 2FPYA 5EY5A 3O6DA 2RHGA 4GWEA 3QYQA 3W87A 1BEUA 2CLKA 3LTYA 2VKZG 3NQ6A 4LVFA 2EF9A 2HS6A 1C29A 4UTIA 3SW6A 1TMHA 5CKSA 1SUXA 1OF8A 4YCOA 2DZVA 4UTTC 1LROA 4LS0A 4BI7A 2B7NA 1TV7A 3Q2DA 4HPXA 1N55A 4RJEA 3MP3A 1YPIA 4ONVA 2Q3RA 4O10A 2DZSA 2PC4A 3MHFA 3KHJA 3BK0A 4PC8A 5BW6A 3SGUA 4JYEA 1FQ0A 2VFGA 4LRSA 4AF0B 2ZTJA 3UXDA 5EBUA 2C1HA 2ZA1A 4K38A 2E77A 2C3ZA 5CGQA 3E9AA 5AHMA 1TREA 1I2NA 3NQ8A 3S5OA 1SSGA 1KLZA 2CLEA 2Q3OA 3ATZA 2GPTA 1M6JA 1DHPA 3W7RA 4O1BA 3UY7A 1Q6LA 2W0UA 3HGRA 5EMUA 1GVOA 1F2JA 1UUMA 3N19B 5K4XA 1YTEA 3F1QA 5CPNA 4WQ6A 4M6VA 2PCQA 3EXTA 1W37A 2Q8ZA 4DBDA 4POCA 1FWWA 3SZ8A 1Y0EA 4C1KA 2J9YA 2AQWA 4YXGA 5F2MA 1K3UA 2C6QA 1EB3A 2GJNA 3GDTA 4JXCA 1HTIA 5D2YA 5AC6A 3HBLA 3NZ1A 3QH2A 5G4EA 2WV8A 4AHQA 2ZCGA 5HR7A 2EPHA 3A23A 1SO6A 5D09A 3BG9A 3Q58A 1OYCA 4E38A 5FI8A 3LLFA 1GG1A 4NQ1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4DBDA

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