4DJHA

Structure of the human kappa opioid receptor in complex with jdtic
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
452
structure length
447
Chain Sequence
SPAIPVIITAVYSVVFVVGLVGNSLVMFVIIRYTKMKTATNIYIFNLALADALVTTTMPFQSTVYLMNSWPFGDVLCKIVLSIDYYNMFTSIFTLTMMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPLKAKIINICIWLLSSSVGISAIVLGGTKVREDVDVIECSLQFPDDDYSWWDLFMKICVFIFAFVIPVLIIIVCYTLMILRLKSVRLLSGNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYREKDRNLRRITRLVLVVVAVFVVCWTPIHIFILVEALGSAALSSYYFCIALGYTNSSLNPILYAFLDENFKRCFRDFCFP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hormone receptor/antagonist
molecule keywords Kappa-type opioid receptor, Lysozyme
publication title tructure of the human kappa-opioid receptor in complex with JDTic
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 161
structure length 447
sequence length 452
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4djhA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4djhA01
197LA 4G72B 1QT7A 4JQ6A 4IAQA 259LA 1S53A 1L29A 1L97A 1L91A 1L07A 256LA 2I35A 1FBKA 3QBKA 1L21A 4E97A 4JKVA 1L84A 242LA 1L9HA 4FPDA 1C62A 5BR5A 4I7NA 174LA 1F88A 4LDEA 2ZIYA 184LA 1CV6A 1C64A 4EPFA 5H2OA 4W52A 3RFMA 118LA 1KGBA 2RAYX 1L03A 138LA 2F95A 1CX7A 3VW7A 1CUQA 5B2NA 5BR2A 160LA 247LA 1F4ZA 3HDEA 1XIOA 1CVKA 2I1XA 3HANA 4XTLA 1JTNA 4W51A 3UONA 5I14A 2AT9A 4EKRA 4GYCA 3S3DB 4N4YB 163LA 3C81A 2A4TA 2RB1X 128LA 3ZPQA 171LA 1G07A 1L47A 5B0WA 1L74A 2WJKA 4KLYA 3C80A 1KG9A 2JAGA 2L6XA 1VJMA 1QM8A 1BRRA 2LZMA 4AMJA 205LA 4ARQB 186LA 3ZPRA 2HUMA 172LA 3C83A 3HH5A 1KY1A 1L40A 1QT8A 1L0MA 1L96A 1G1WA 125LA 1LYEA 1QT6A 213LA 5F8UA 1OV7A 206LA 2F47A 1L62A 3K2RA 1L14A 4BVNA 111LA 1L16A 189LA 1LYHA 137LA 4ARJA 1OYUA 3RZEA 4I7SA 2QARC 2Q9DA 5A8EA 3G3WA 239LA 1D3NA 1S54A 3DN1A 4EPIA 3DN8A 1KY0A 246LA 1X0K1 1QUOA 1L79A 4MD1A 1S51A 3DQBA 4EXMA 1L33A 230LA 1L66A 2RAZX 240LA 4W56A 2RBSA 3QJSB 1L02A 3HT7A 2X72A 228LA 4X1HA 5H2LA 168LA 1QHJA 1P7SA 3OE6A 4W57A 1PXRA 158LA 2O79A 1JV7A 1L86A 3V2WA 1QTHA 3EMLA 145LA 1X0SA 5H2NA 235LA 2R4RA 2B73A 159LA 1E12A 4ARPA 3JR6A 1L26A 1D9WA 4IAPA 2OU0X 4KNFA 1L12A 249LA 107LA 4ARMB 1L44A 3QJVB 4MQTA 1CV3A 5ITCA 1OWYA 1UCQA 3HAOA 4A4MA 3GULA 1L67A 3UG9A 1CV4A 1L68A 1PQMA 2EI4A 5LWEA 2Y04A 3EH5B 148LE 4EA3A 1L31A 252LA 1L82A 200LA 1L51A 149LA 255LA 1UAZA 126LA 1I6SA 1L37A 1L76A 1R84A 1C3WA 1OWZA 3WQJA 1HZXA 161LA 2PEDA 4G71B 1L46A 4YX7C 3HAQA 3NYAA 4GP5B 4BWBA 1XMEB 3ZEVA 1F50A 3DDLA 1P8UA 4HYJA 243LA 5AZDA 2RB2X 1L53A 2B72A 2NTGA 1CU2A 1ZYTA 3SN6R 4L6RA 1C69A 2Z73A 1G06A 1L20A 1P46A 1CV5A 1C6HA 211LA 3DN4A 4I7MA 1C6QA 5B6ZA 5G2CA 1PQJA 2OTYX 1C6AA 166LA 3PWHA 1L92A 2Q9EA 1P36A 3HUQA 4X32A 3UZCA 3AM6A 3CAPA 1OVHA 1L41A 2RB0X 2I20A 1CU5A 1E0PA 1AP9A 1DYAA 1QTZA 1KS3A 3UZAA 1PQOA 4OO9A 1L42A 4ARLA 3HT9A 5EN0A 3AYMA 4HWLA 3CDTA 3DKEX 4I7KA 1JTMA 5H2PA 114LA 3VGAA 1QUHA 1T6HA 1O0AA 3QDCA 1XJTA 1C6TA 120LA 1LPYA 1QTVA 3QJRB 1CU6A 1P37A 1P64A 1QT5A 1DYGA 181LA 1L17A 1OVJA 1VGOA 2L78A 5B6YA 1L48A 1C65A 4XXJA 5H2MA 1LYJA 131LA 3HTFA 3PDSA 1OVKA 4IARA 1D3MA 164LA 226LA 1C66A 4W54A 1QS9A 115LA 3CDVA 156LA 187LA 4PK0A 1SSWA 201LA 2OEAX 1L90A 1L71A 3QAKA 5ITEA 3OE9A 5H2IA 1L69A 1LGUA 4YXAC 170LA 3QBLA 4EKPA 1PQIA 233LA 219LA 4DAJA 199LA 1SWYA 224LA 3HH6A 3NSBA 182LA 2KSYA 4OV0A 1JGJA 1C6IA 1QS5A 1XJIA 2I21A 5AX1A 5H2HA 3S3BB 1L81A 2Z55A 1C60A 3ODUA 1L23A 3EH3B 4HYXA 1KW7A 232LA 2QPEB 3P0GA 4W55A 4XT1A 1QTCA 215LA 4XTOA 3VVKA 1L00A 1QSQA 1L58A 3HTBA 3QJQB 3HASA 103LA 2ANXA 1C6PA 3S3CB 113LA 262LA 3GUMA 1LYDA 257LA 1P56A 1IXFA 4FBZA 260LA 3HU9A 1D3JA 1C63A 2JAFA 1DYEA 2RBQA 1P2LA 1L11A 3BVDB 4WAVA 1L25A 1SWZA 1BRDA 1L0KA 144LA 2R4SA 4W59A 2WJLA 212LA 5G2AA 3L2XA 3S8FB 1S8JA 1L09A 3RUNA 4X31A 1P8IA 3X3BA 1LLHA 4BEYA 1BM1A 1KMEA 4N4WA 192LA 3NY8A 108LA 1L94A 1GUEA 102LA 4GP4B 3COCA 220LA 1G0KA 1L75A 1M0MA 1C6DA 1L60A 3GUOA 1P8HA 5DHHA 1L22A 3QBGA 2CUUA 5AX0A 3DN3A 4I7PA 3SBBC 3C7WA 1C67A 1IW6A 1KW5A 2F2QA 1K28A 2NTWA 1G0JA 195LA 1GZMA 4DJHA 1QTBA 1G0PA 122LA 231LA 190LA 1L04A 1G0QA 3GUNA 1G0MA 1TN0A 2Y01A 4UHRA 1C6EA 1L52A 1L55A 1QKPA 1LGXA 4GBRA 173LA 1PY6A 4QI1A 1L80A 1PXSA 5LZMA 1MGYA 196LA 3DNAA 129LA 1L56A 1TN5A 5JJJA 2RBOA 1JQUA 1T8AA 140LA 3D4SA 2B75A 2Y03A 1L18A 4J4QA 1T8FA 258LA 1L35A 3UTXA 2O7AA 3FA0A 5B6XA 253LA 1L30A 4YXCA 155LA 1C61A 3DN0A 3VG9A 1QT4A 2F93A 1PQKA 3S8GB 4G7RB 5JJEA 130LA 3PQRA 3SBAA 3C7YA 3CDRA 4L35A 4GPOA 3SB7A 5B35A 2F32A 5JJNA 183LA 5AWZA 3REYA 2RH1A 2Z6BA 1Q5IA 3VI0A 4PJZA 1SX7A 2YDOA 1L88A 188LA 4ZPUA 1LN6A 4FA7B 5KKHA 6LZMA 1XJUA 141LA 7LZMA 191LA 1GU8A 3F9LA 1LYIA 237LA 176LA 5H2JA 1DYBA 4QIDA 1L87A 1QT3A 1EPYA 3UTYA 1L99A 2OU8A 1QSBA 3T45A 3QJUB 1TLAA 1L06A 1L85A 157LA 3FADA 1C8RA 241LA 1R2NA 3C9LA 216LA 1LW9A 1L39A 4W53A 112LA 3C7ZA 1ZURA 2IGCA 1L77A 3CODA 4NC3A 109LA 2Y00A 1C6FA 143LA 150LA 217LA 4I7JA 2LNLA 3ABWA 1G0LA 2B6YA 3UTWA 110LA 4I7TA 3DMVA 2KSBA 1H68A 127LA 236LA 4I7LA 4G7SB 1L98A 3V2YA 2ZFEA 251LA 4LDLA 3CDQA 5G54A 3OAXA 146LA 1G1VA 261LA 1FBBA 2YCYA 119LA 1L49A 1L19A 1L73A 3SB8A 1L50A 1C6KA 2B7XA 1L34A 2HULA 4JR8A 4EIYA 5B34A 1JFPA 1WTHA 5A44A 4AQNA 4N6HA 1L01A 1L13A 1QUGA 1C6MA 245LA 3HH4A 4EKQA 2YDVA 2LC9A 2B6ZA 5B6VA 3HDFA 4MBSA 2B6TA 3VHZA 3EH4B 2NTHA 3L64A 1LI3A 1LYGA 2KS9A 3C9MA 1NHBA 1L89A 2YCWA 3HUKA 3KJ6A 1QTDA 3QBIA 1CU0A 3CDOA 2G87A 4EKSA 1XEPA 165LA 4PXFA 175LA 3GUKA 1L57A 4MQSA 4TL3A 3QJTB 4UG2A 2HPYA 2B6XA 1L63A 1D3FA 4GP8B 4ARQA 3G3XA 4AMIA 2B70A 222LA 3UTVA 3HU8A 5G2DA 1L72A 244LA 2YCZA 3PXOA 178LA 3HH3A 4MD2A 1LWKA 2OU9A 3HTGA 3OE8A 2M3GA 1DYFA 1CTWA 1L45A 3G3VA 1SX2A 229LA 2YCXA 3SB6A 2QB0B 2HUKA 1P3NA 180LA 4GRVA 2OE9X 1L0JA 3DN2A 3C8RA 3HWLA 3C8SA 3HT6A 4XT3A 1LI6A 4I7RA 1L61A 3MBVA 1L27A 3PBLA 1CWQA 1DZEA 2QPDB 1M0LA 1LGWA 4BEZA 4K5YA 2OE4X 4G7QB 1B6IA 1C6LA 1L10A 3NY9A 1LYFA 3HT8A 5AHZA 1L64A 2Y02A 5H2KA 1L08A 5DHGA 1C6BA 3DMZA 3HUAA 1QUDA 4Y9HA 234LA 1T8GA 5AHYA 3X3CA 1KNIA 1L28A 238LA 1L83A 2OTZX 3SB9A 1Q5JA 4I7OA 2NTUA 210LA 4GBRB 3LZMA 4S0WA 2RBRA 5J7AA 1L15A 221LA 4ARMA 3FI5A 167LA 4G70B 3C82A 177LA 2B6WA 5ETZA 1D2YA 3HAPA 1CV1A 1T97A 4BV0A 1LI2A 2RBPA 1M0KA 254LA 1CX6A 1L32A 1D2WA 152LA 1AT9A 1KG8A 1SSYA 3GUJA 3A7KA 3GUPA 4LDOA 3HTDA 2RBNA 3HARA 1G0GA 4W58A 1P6YA 4LZMA 218LA 250LA 3OE0A 1C6CA 3DN6A 1C8SA 209LA 5C1MA 4BUOA 1L24A 5G28A 227LA 2J4YA 5TGZA 1L38A 198LA 1QKOA 1L59A 4EJ4A 2O4WA 5B6WA 2B74A 4I7QA 1C68A 5A45A 1L05A 2LCBA 3QAPA 4IB4A 142LA 3F8VA 1S52A 1L54A 214LA 185LA 225LA 1X0I1 5G53A 1LWGA 1C6GA 1L43A 5G36A 1S8LA 1P5CA 139LA 104LA 4DKLA 5FJGA 1CV0A 1C6NA 4QRYA 1PQDA 223LA 1L95A 2VT4A 3AYNA 3C8QA 1L36A 147LA 1U19A 1L65A 1OV5A 1BRXA 1CUPA 3DMXA 3SB5A 4XTNA 1P2RA 2KSAA 2BRDA 1C6JA 123LA 248LA 1CU3A 1L70A 3NS0A 4FAAB 4WW3A 1ZWNA 1DYDA 2OE7X 5DYSA 1H2SA 1IW9A 2ZZLA 1EHKB 2ANVA 1DYCA 162LA 3GUIA 4PXKA 151LA 169LA 1JV6A 1L93A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
197LA 4G72B 1GBXA 2NWDX 5DL9A 1L29A 2BAAA 256LA 3QBKA 2W1XA 2Z2EA 174LA 1LSDA 1GFGA 1C64A 1IR8A 4W52A 118LA 1KGBA 1CUQA 1F6RA 4N0JA 4C3WA 3HDEA 1CVKA 3HANA 1JEFA 1JTNA 3UONA 5I14A 2AT9A 3TXBA 4EKRA 1C43A 3C81A 3ZPQA 128LA 171LA 1L47A 2D4KA 4KLYA 1B9OA 2LZMA 1UA6Y 2LYOA 4NSJA 2HUMA 3C83A 1JTTL 4WM1A 1L0MA 1LSYA 3A94A 2Z12A 2F47A 1L62A 4B49A 1L14A 4BVNA 111LA 1L16A 189LA 1LJKA 1IOQA 2MEEA 4ARJA 1JUGA 1OYUA 1FLQA 1VATA 3A96A 3AYQA 3EO5A 1BB3A 1XGUC 5F9XA 246LA 3DQBA 1B7QA 1L33A 1LHLA 1L66A 230LA 1FLUA 2RAZX 1NHEA 2RBSA 4U3XB 1BB4A 1L02A 4H9HA 2HEAA 1HEQA 1XGQC 3LZTA 4W57A 4DQ5A 1KIRC 1X0SA 1XGTC 1E12A 159LA 4ARPA 4LYCA 4IAPA 4KNFA 1CKHA 249LA 107LA 1DI4A 4XADA 1LZ6A 3QJVB 1HFXA 1I20A 4FJRA 1GB6A 3HFMY 208LA 4BAFA 5II3A 1UCQA 4A4MA 3GULA 3UG9A 2EQLA 1PQMA 2EI4A 4HSFA 2ZYCA 126LA 1CKDA 1I6SA 1L37A 1C3WA 2PEDA 5B07A 4G71B 4HP0A 3NYAA 4GP5B 4BWBA 1F50A 1P8UA 3QNGA 5AZDA 4L6RA 1C69A 1HNLA 1L20A 4ETDA 4N8ZA 4DQ7A 3DN4A 2BLYA 5G2CA 2CDSA 2OTYX 1C6AA 166LA 1P36A 4GCDA 4NGKA 1DYAA 1G7MC 1LJ4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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