4DKLA

Crystal structure of the mu-opioid receptor bound to a morphinan antagonist
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
442
structure length
442
Chain Sequence
MVTAITIMALYSIVCVVGLFGNFLVMYVIVRYTKMKTATNIYIFNLALADALATSTLPFQSVNYLMGTWPFGNILCKIVISIDYYNMFTSIFTLCTMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPRNAKIVNVCNWILSSAIGLPVMFMATTKYRQGSIDCTLTFSHPTWYWENLLKICVFIFAFIMPVLIITVCYGLMILRLKSVRNIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYEKDRNLRRITRMVLVVVAVFIVCWTPIHIYVIIKALITIPETTFQTVSWHFCIALGYTNSCLNPVLYAFLDENFKRCFREFCI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein/antagonist
molecule keywords Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera
publication title Crystal structure of the {mu}-opioid receptor bound to a morphinan antagonist.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 160
structure length 442
sequence length 442
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dklA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4dklA01
3GULA 129LA 1L42A 1L50A 1K28A 1KY1A 4J4QA 152LA 108LA 3PDSA 1P2RA 1NHBA 1L28A 3S3DB 1L48A 1JTMA 2OE4X 1CV6A 1L0MA 1LI6A 4HYJA 5H2IA 4EIYA 169LA 3CDVA 1QT3A 3COCA 1L66A 1QTCA 1UCQA 1L80A 3C7ZA 2M3GA 3RUNA 1L34A 1L20A 1U19A 2Y04A 4GBRA 1LYIA 3HT6A 5B6XA 3HAQA 2O79A 3FA0A 3CAPA 1L24A 3HUAA 3NY9A 1JFPA 251LA 1B6IA 4ARPA 5B34A 123LA 261LA 148LE 1L31A 219LA 3A7KA 164LA 5G54A 170LA 1OVJA 5H2LA 1GU8A 3DN4A 4W57A 3C9MA 126LA 4BV0A 3JR6A 1CX7A 144LA 1ZYTA 1C64A 2B6WA 4IB4A 2B6YA 4NC3A 3C8SA 1UAZA 3RZEA 250LA 1L87A 254LA 4ZPUA 4X1HA 4AQNA 1QKOA 1L44A 176LA 149LA 2B6TA 1C6JA 2F47A 3HU9A 209LA 4YX7C 1L94A 5KKHA 3GUKA 183LA 256LA 5C1MA 3GUNA 4N6HA 4WW3A 4W51A 2ANVA 2NTUA 2RBSA 1CV4A 5G28A 1L55A 1JV6A 1LN6A 1D3FA 5H2MA 4GPOA 2RBOA 1C6HA 4I7JA 1P3NA 3UTYA 3SBBC 2JAGA 5B35A 1QUGA 2I1XA 3BVDB 1L47A 2RB0X 1BRDA 3NS0A 5J7AA 1X0K1 1BRRA 1QKPA 3RFMA 4UHRA 1PQMA 5B2NA 1JV7A 2Q9DA 155LA 4DJHA 2Y02A 3PBLA 4PJZA 195LA 1L89A 156LA 1L32A 1LGUA 1T97A 3NYAA 4I7RA 1S52A 1L25A 109LA 160LA 3OE6A 4EXMA 1L56A 1OVKA 2RBQA 4YXAC 2Y03A 1L01A 1E0PA 1C6BA 222LA 3DDLA 3HTDA 1CTWA 1CX6A 1P2LA 3HTFA 3AYNA 3GUPA 2QB0B 174LA 130LA 113LA 1P56A 145LA 3UTXA 1L98A 1LGWA 3DKEX 205LA 4LDOA 2I35A 161LA 3DN1A 3CDOA 2KSYA 4G70B 200LA 5B6ZA 3L64A 7LZMA 1IW9A 3UZCA 2LC9A 1M0KA 3OE8A 221LA 3C7YA 3ZPQA 3T45A 1L22A 1L69A 3QBGA 1LW9A 1C6IA 2B75A 2G87A 4G7QB 3ZPRA 4W52A 4DAJA 1L81A 2KSBA 1C6TA 166LA 1L09A 1L19A 3GUOA 1KGBA 4JKVA 1L77A 1L83A 262LA 3HDEA 2BRDA 1LGXA 223LA 1L86A 159LA 4XT3A 3SB7A 5EN0A 1L07A 3QDCA 1L70A 245LA 2QARC 1L29A 1IXFA 4W53A 158LA 1QS5A 1XJIA 128LA 1D3JA 1F4ZA 1OWZA 218LA 227LA 4XTOA 5AHYA 240LA 4G7SB 2F32A 3QAKA 1C61A 1L14A 3GUMA 2IGCA 1P64A 255LA 1PQKA 3SN6R 3C82A 3REYA 1L15A 1L33A 1T8GA 2Y01A 2B6ZA 4X32A 3EMLA 4HWLA 1L53A 187LA 2LNLA 151LA 1L99A 1CV5A 1L06A 1LYHA 1L08A 2J4YA 5H2NA 1ZURA 2NTHA 233LA 2O4WA 1L84A 1OV5A 4IAQA 2RAYX 4ARQB 2R4RA 1CU5A 214LA 3DMZA 2L78A 1G06A 1L67A 235LA 1Q5JA 5BR2A 253LA 2F95A 1G0JA 4XXJA 1S54A 1DYAA 1P5CA 232LA 2Q9EA 3DN6A 3C8QA 213LA 1L90A 1PQJA 1FBBA 1L23A 2ZFEA 1CVKA 4N4YB 5F8UA 3VI0A 1X0SA 1QHJA 1L76A 107LA 3QAPA 1L60A 2RBPA 3X3CA 3PQRA 157LA 1DYGA 1DYEA 2OEAX 139LA 2KSAA 1KY0A 3HT7A 1AT9A 1QSQA 1S8LA 1KNIA 2CUUA 1DYCA 3G3VA 4HYXA 131LA 4IAPA 1CU0A 5G2CA 1L11A 1L9HA 2EI4A 4PXFA 1GUEA 1L79A 1E12A 5FJGA 1DYDA 1L41A 3QBKA 5G53A 5B0WA 241LA 1GZMA 178LA 4GP8B 3X3BA 1QT5A 2YDVA 4GP4B 5G2DA 5JJNA 2RB1X 1IW6A 3QJVB 122LA 125LA 2B73A 3LZMA 228LA 4Y9HA 3F8VA 1C6NA 3CDQA 1P8UA 4MD1A 3V2WA 3S8GB 1L71A 5DHHA 163LA 258LA 1P6YA 3HWLA 3ZEVA 5A8EA 1L12A 1CV0A 197LA 4QRYA 1SWZA 104LA 1L59A 4EPFA 4QI1A 2B72A 1C8RA 1L74A 1QUDA 1L91A 5A45A 1L00A 4BEZA 3HASA 252LA 1C6DA 3KJ6A 1L46A 2OTZX 1ZWNA 1QT4A 4I7SA 4AMJA 4LDLA 5ITCA 3CODA 1L92A 198LA 1C60A 4ARQA 1SX2A 186LA 231LA 1G1WA 220LA 3D4SA 4K5YA 1H2SA 3ABWA 4PK0A 1D9WA 6LZMA 4XT1A 3CDTA 1L21A 4L35A 1L38A 1KS3A 1PXRA 4G71B 4EPIA 3AYMA 5I14A 1C6QA 3ODUA 3QJSB 2I20A 2RAZX 247LA 1G0MA 1L37A 3VW7A 3GUIA 1C6KA 4W55A 2WJLA 3OE0A 1C6CA 1XJTA 4W56A 189LA 215LA 2JAFA 1VGOA 2B70A 4UG2A 1XJUA 4GP5B 1L68A 4KLYA 1HZXA 2I21A 4JR8A 4E97A 147LA 1C6FA 1L03A 4W58A 3S8FB 3S3CB 1JQUA 1L88A 3C9LA 1MGYA 4FA7B 2ZZLA 1LLHA 1QUOA 1LWKA 2OE9X 3L2XA 4S0WA 5H2KA 3DN2A 3HAPA 5AHZA 5ITEA 2HPYA 1QTBA 2YCYA 225LA 1L85A 3K2RA 182LA 5G2AA 4A4MA 1L75A 239LA 1P46A 243LA 1LYFA 1QM8A 184LA 1L61A 4DKLA 4MQSA 4QIDA 1S51A 1PQOA 1P7SA 2OTYX 4ARJA 1L04A 1C6GA 3F9LA 234LA 1KG9A 1T8FA 3UTWA 1SSWA 2Z55A 146LA 4TL3A 5A44A 167LA 1C63A 2HUKA 1WTHA 1SX7A 1G0QA 1QT6A 3DN0A 3VVKA 230LA 119LA 1C6PA 3HTGA 1TLAA 1C62A 112LA 3V2YA 3HH6A 1M0MA 3DQBA 140LA 1LYJA 180LA 1QSBA 2OE7X 1L58A 1D2WA 2X72A 2LZMA 1BM1A 2ZIYA 3QBIA 1L13A 1T6HA 102LA 1QTZA 3PWHA 4I7TA 1PQIA 3SBAA 2L6XA 2RBNA 1XEPA 3HH3A 177LA 1QTHA 5TGZA 3SB6A 1L64A 1QS9A 4WAVA 4GRVA 206LA 3UG9A 260LA 4G72B 4AMIA 2WJKA 1BRXA 162LA 1L82A 1G1VA 1DZEA 1L26A 2YCXA 1L95A 3SB8A 1C69A 3OAXA 1FBKA 1L16A 1L52A 1DYFA 1L54A 3HH4A 2RBRA 5JJEA 1KW7A 5DYSA 1CU2A 4LDEA 1F50A 2OU8A 3WQJA 1PXSA 1OWYA 1TN0A 3VHZA 1M0LA 1H68A 1L45A 1CUPA 3DNAA 1L35A 1P8HA 3HT8A 5B6VA 4EKQA 1C6LA 2B6XA 237LA 1D3MA 5H2JA 1PY6A 2YCWA 1L40A 110LA 1T8AA 172LA 1CV1A 1TN5A 4JQ6A 1QUHA 1EPYA 127LA 1SWYA 5H2HA 4BWBA 4I7MA 1D3NA 3P0GA 1PQDA 1L49A 2QPDB 2R4SA 5AWZA 4KNFA 143LA 1L62A 5H2OA 4FAAB 216LA 4W54A 120LA 1SSYA 4XTLA 3S3BB 2NTGA 3HDFA 2AT9A 4OO9A 2Z73A 1CWQA 1KG8A 5ETZA 1L30A 1L05A 1AP9A 210LA 1L63A 1QT8A 3VGAA 5LWEA 1R84A 3HAOA 192LA 4I7NA 1S8JA 4L6RA 2O7AA 1L27A 4I7QA 1C3WA 1DYBA 1C67A 4MD2A 4N4WA 2YDOA 118LA 4W59A 1CV3A 5B6WA 1X0I1 4FPDA 2A4TA 3G3XA 2KS9A 5LZMA 3GUJA 2PEDA 1L51A 3HARA 1P36A 181LA 3SB9A 2RB2X 3HUKA 3HANA 1QTVA 2LCBA 1LYEA 1LI2A 5AX0A 2B7XA 1QT7A 3FI5A 4IARA 1F88A 1OVHA 1C66A 2RH1A 4ARMA 3AM6A 2ANXA 3CDRA 142LA 2HUMA 257LA 191LA 1C6EA 1L97A 3DMXA 5DHGA 171LA 5JJJA 1CUQA 211LA 4I7PA 4EKPA 3UTVA 4FBZA 1L96A 3MBVA 249LA 1JGJA 4YXCA 2YCZA 199LA 244LA 4BUOA 259LA 1C65A 3QJRB 2B74A 1JTNA 3DN8A 246LA 212LA 3G3WA 4X31A 3C81A 1L73A 4ARLA 3SB5A 1O0AA 1LPYA 1G0PA 3EH5B 4BEYA 1I6SA 1LYDA 3DMVA 238LA 4EJ4A 1EHKB 1L65A 1G0KA 1C8SA 3HUQA 1QTDA 4EKSA 3NY8A 4LZMA 165LA 185LA 3FADA 5G36A 217LA 4I7KA 3UZAA 3QJTB 3VG9A 1LWGA 3HH5A 4OV0A 1L93A 2Y00A 4EKRA 4I7LA 3HTBA 2HULA 137LA 5AZDA 3OE9A 1XIOA 2VT4A 2Z6BA 242LA 1LI3A 138LA 1L36A 150LA 4GBRB 2F2QA 5H2PA 190LA 3DN3A 1CU3A 3NSBA 1L72A 1P37A 1D2YA 3QBLA 196LA 1KMEA 4MQTA 173LA 2QPEB 1XMEB 4EA3A 2OU0X 4MBSA 5BR5A 111LA 168LA 175LA 3EH3B 1L0JA 1R2NA 3HU8A 1C6MA 4GYCA 3HT9A 3QJUB 1L57A 1P8IA 4PXKA 1L17A 1KW5A 1L18A 5AX1A 114LA 226LA 103LA 4XTNA 1VJMA 224LA 229LA 1C68A 1G07A 141LA 1OYUA 2OU9A 1S53A 1L02A 3C7WA 3C83A 4I7OA 1Q5IA 1OV7A 188LA 1G0GA 236LA 201LA 5B6YA 4ARMB 3PXOA 1LYGA 2NTWA 1L43A 1G0LA 115LA 1L39A 1L10A 3QJQB 3UONA 3EH4B 1C6AA 1CU6A 4BVNA 1L0KA 3C8RA 2F93A 248LA 3C80A 4G7RB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z18A 1K28A 4J4QA 3IJUA 1GD6A 108LA 3K3TA 1FLUA 1NHBA 1DXJA 1L48A 1LCNA 4LT1A 2OE4X 1CV6A 5KY1A 2MEAA 4J1AA 4LYTA 1MLCE 1QT3A 3COCA 4II8A 3C7ZA 2M3GA 4J0LA 1UC0A 1U19A 2BQFA 1PS5A 4NG8A 1LYIA 5B6XA 3CAPA 3NY9A 251LA 3TXFA 148LE 1T6VL 3DN4A 4LYZA 1FLWA 1ZYTA 4NC3A 4IB4A 1YKXX 1C46A 1QIOA 1IP6A 3RZEA 1XGPC 1L87A 1KXXA 3CT5A 4HTNA 1IR7A 2B6TA 4NHSA 5ILFA 2G4QA 3GUKA 183LA 1LPIA 256LA 2NWDX 4WW3A 3ULRA 5C6IA 1CV4A 1UA6Y 1L55A 1LZCA 1JV6A 1LJHA 5H2MA 2RBOA 1MELL 3HBDA 2BQKA 2I1XA 1IR8A 1V7TA 1L47A 3BVDB 2RB0X 1GF0A 1BRDA 3NS0A 1CKHA 4UHRA 1PQMA 1JV7A 3D3DA 2ZQ4A 4PJZA 156LA 1L32A 1UACY 1S52A 4TTDA 2RBQA 1IP2A 2YSSC 1IP7A 3HTFA 1CX6A 4WM6A 1B9OA 1IY4A 5HMJA 1SLYA 2BLXA 113LA 3OJPA 1LGWA 4LDOA 3E3DA 3TXHA 1IR9A 3DN1A 4DD0A 2KSYA 3L64A 1IW9A 2DBTA 4H90A 1LZRA 3ZPQA 3T45A 5I4XA 1L22A 1L69A 1GBSA 1DPWA 4DAJA 2LYOA 2H5ZA 1C7PA 3TXDA 1L83A 4HTQA 3QNGA 2BRDA 1B5ZA 2QARC 1L29A 4H8XA 1J1XY 3WXTA 3LYMA 2B5ZA 4ETCA 1LZ8A 2MEGA 3AZ5A 1C61A 3QY4A 1L33A 2Y01A 1EL1A 4HWLA 3WPLA 4XYYA 1L99A 1CV5A 2ZYPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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