4DM1A

Contribution of disulfide bond toward thermostability in hyperthermostable endocellulase
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
377
structure length
377
Chain Sequence
QTPTGIYYEVRGDTIYMINVTSGEETPIHLFGVNWFGFETPNHVVHGLWKRNWEDMLLQIKSLGFNAIRLPFCTESVKPGTQPIGIDYSKNPDLRGLDSLQIMEKIIKKAGDLGIFVLLDYHRIGCTHIEPLWYTEDFSEEDFINTWIEVAKRFGKYWNVIGADLKNEPHSVTSPPAAYTDGTGATWGMGNPATDWNLAAERIGKAILKVAPHWLIFVEGTQFTNPKTDSSYKWGYNAWWGGNLMAVKDYPVNLPKNKLVYSPHVYGPDVYNQPYFGPAKGFPDNLPDIWYHHFGYVKLELGYSVVIGEFGGKYGHGGDPRDVIWQNKLVDWMIENKFCDFFYWSWNPDSGDTGGILQDDWTTIWEDKYNNLKRLMD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords 458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase
publication title Contribution of disulfide bond toward thermostability in hyperthermostable endocellulase
rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
total genus 144
structure length 377
sequence length 377
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date 2012-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4dm1A00
1VF8A 4PMYA 4CU6A 3ZR6A 4WK9A 3VVGA 2GJXB 2XSBA 3PZTA 2G8ZA 3M7SA 3OZPA 4MTVA 2JEQA 3ARZA 1EDQA 1ISZA 3DECA 1SR0A 3B8SA 1CENA 4NSBA 3W25A 4AD1A 2V3DA 3EMQA 3RDKA 3CO4A 2PWHA 4OJYA 4AIEA 1XCWA 3W28A 1ISWA 4LYRA 1NWRA 1B30A 1H2JA 4M8UA 1JDDA 2CCRA 1B90A 4U31A 1CGTA 1M03A 3VDAA 4FLSA 3VMNA 4LQ1A 4DUWA 1BAGA 4UFIA 1CNVA 3FHAA 1MWOA 4PMVA 5CLTA 3ARPA 2W92A 4W5ZA 1KBKA 2WMJA 3MMWA 2Y4SA 4Z2KA 4HOXA 1UR8A 4C7DA 1WZKA 1H0IA 1X1NA 1DWJM 3AJ7A 4B3KA 1QI0A 2GJRA 4WKFA 1OGGA 4HPGA 3TTOA 4NZCA 4D6EA 3GDBA 1LG2A 4QP0A 4MAZA 1GVYA 1HVXA 2CKRA 1LQ0A 2OLHA 1E6PA 2ZUWA 3PZIA 4LPCA 3WH7A 3ARXA 5CXPA 1PEZA 2YL6A 4J3UA 1YQ2A 3PZGA 3RJYA 1V6WA 2J7FA 5I0DA 4EANA 2QPUA 3CUHA 4W86A 3QHNA 2BNJA 5A8MA 3CZ8A 3VILA 3BGAA 3UG5A 1GOKA 1TZ7A 1X6NA 1W3JA 2X0HA 1XSJA 2QHAA 3UCQA 4WSJA 2Z1KA 3SURA 1RP8A 2OYMA 1A3HA 2RGMA 4PMOA 2XGBA 1R7AA 4PTVA 4HZ7A 1MQPA 3U57A 2YIHA 2VCCA 2F61A 4LXFA 3N11A 4P8XA 1E4IA 1CDGA 1QNSA 5EBAA 4LYPA 2W5FA 5HPOA 1UQYA 3EMCA 1EQPA 4AXNA 4GO8A 1OIFA 2YLLA 3QHOA 6TAAA 3CHFA 1WAWA 3N12A 3LPPA 1W1VA 1O6IA 2PWFA 3AS1A 3BAXA 3BAKA 1JL8A 1CEOA 1US3A 1GOOA 3KWXA 5FL1A 4OUEA 1V6VA 2JE8A 3DHUA 4GZIA 3WQ8A 1JYXA 4LX4A 4AYSA 1VENA 5KZ6A 5D8ZA 1UR2A 2WVVA 4CCCA 1GQIA 2YLAA 1QHZA 4X0VA 2ZXBA 1UD6A 2WWDA 1W9VA 1J11A 1WZLA 1W9XA 3VD7A 2ZUVA 4ZXLA 1V02E 4D1IA 5M5DA 3TONA 4W8AA 2YBUA 3WQWA 1HVQA 1C7SA 1J0JA 1V0NA 3EMZA 3VDBA 1U30A 3K46A 3IJ7A 3WFLA 2V38A 2GUYA 1PZ3A 4UFLA 2GJXA 1E0WA 1XCXA 5ABGA 3BH4A 1EDTA 1G5AA 2O9RA 2X09A 1FHLA 1FP8A 3OLEA 1QI3A 3OGSA 1GQJA 4XV0A 4E8CA 2J62A 4M56A 3BC9A 1QHPA 1J18A 3GBDA 3W6LA 1GPFA 1R8LA 5I2UA 4PMRA 3L2MA 2PF0A 5D8WA 1LWJA 1JF5A 1NP2A 4U3AA 1PAMA 4JL1A 3WUEA 2WMFA 2W61A 1EDGA 4H41A 4JKLA 4KGLA 4ACYA 3BSHA 1TE1A 3CLWA 5DO8A 2D1ZA 1V3KA 3BMVA 2JF6A 3OG2A 2W63A 1KCLA 5A6SA 1OD0A 1QI5A 4UQBA 5LYRA 1E3ZA 4HMCA 4BQ4A 3VGGA 5BRQA 4AY1A 3MANA 1DTUA 5JBFA 5DMYA 4TVCA 3VIPA 4QCFA 2C0HA 1BQCA 3RPMA 1CIUA 1B3YA 1C91A 4W7WA 2YDRA 1V3LA 4U5IA 3VNYA 1CXIA 2WAGA 2UY5A 1B3XA 1XRVA 1JXKA 3CZJA 2IXUA 4JHZA 1TMQA 1E5JA 2CBIA 3GNPA 1SFSA 3HMCA 3A4AA 1NWUA 4NI3A 4XB3A 1M01A 5HBFA 3L4ZA 5EFDA 1VFFA 1CXLA 4XUYA 2J75A 4JCLA 1ITCA 3I3DA 2EQDA 3EDEA 1VEOA 2CEQA 2XFFA 4IPLA 4V28A 1EOKA 4C7FA 1E6QM 3ZM8A 1JZ7A 2BY0A 1LG1A 2WNWA 3VDHA 1V3IA 4HA3A 9CGTA 4YHGA 3WMSA 3J7HA 1RH9A 2FHCA 3GM8A 1OT1A 3PZUA 4M24A 3HN3A 1G1YA 1L8NA 4UFHA 3DYMA 4IISA 3T2PA 3QOMA 3U7BA 1BPLB 3MS8A 5A6AA 3AI0A 3NCOA 2XM1A 3MSGA 1W3KA 4W7VA 2YJQA 5M03A 1EH9A 3NSNA 4W5UA 3K4DA 1WZMA 1HKMA 3N9KA 3N18A 1VEMA 2J8GA 2YDQA 2D3LA 2ESCA 5JBDA 2DT1A 1F4HA 4P7LA 4HU0A 1UWSA 3K1DA 3WIJA 4JIEA 3WSUA 4CD6A 3CHEA 1HP5A 2XIBA 1KXTA 4KRTA 1TG7A 4M81A 3PZQA 3I3EA 2QMKA 4HA1A 5ECUA 2D0HA 1UA3A 3FY1A 4BQ5A 2UY2A 1BVZA 4UTFA 2WC7A 4CD5A 1WPCA 3WDPP 1PX8A 1B0IA 1UA7A 2J74A 3AHXA 1W9UA 1HX0A 1UWRA 2HISA 4AISA 2VTFA 3PBGA 3VPLA 4A3HA 4AZ7A 3ARSA 4RE2A 5A8OA 1WDPA 2WC4A 1XH2A 3VIMA 1AQ0A 2VQTA 3S6TA 3EBVA 5GNXA 4MJ2A 4HP5A 4MADA 1V0KA 3VINA 1QBAA 3WKZA 3PTKA 5A6BA 4H2CA 4L4OA 1NOFA 3AIQA 3TA9A 3W29A 1WDQA 4W93A 3WD2A 3ZJ7A 4NRSA 1W1TA 2B31A 2WWCA 2BHZA 2VX7A 1WZAA 4MPKA 1UKQA 3BLPX 2FH8A 5BROA 3SCWA 1NOWA 2E9MA 4JFWA 2Y8KA 7A3HA 3GYCA 1VJZA 2EPNA 2ZX7A 1HJWA 1MW0A 1E1FA 4M29A 4GZEA 4N0RA 1FFRA 4PN2A 2XGIA 1E71M 2DH3A 2XFYA 3T2OA 2WVUA 3QOKA 1CGUA 1E0VA 1OT2A 2ZX5A 3WMBA 2E0PA 4MJ4A 2EPLX 3G6MA 4M82A 2XTKA 1XC6A 1EIBA 1EGZA 3VGFA 2E3ZA 4DUXA 1M7XA 4E8DA 1ZB5A 2BVTA 1EO7A 2VNCA 4F9DA 3POCA 1ZJBA 2AAAA 1HJVA 2V3GA 1DWGM 2O92A 4H04A 1C93A 1CYGA 5E9AA 4EKJA 2IUZA 5EFFA 4PRWA 2E8YA 4R27A 4UOJA 4AD4A 1H5VA 1KCKA 2WMGA 2XWEA 5E0FA 3RCNA 3WUGA 5BXTA 1UR4A 2A3HA 2DT3A 3WH6A 5I78A 3AHZA 1KWKA 3GBEA 1WDRA 1KFWA 1QPKA 4HMEA 4LGXA 2CBUA 1X6LA 1KB3A 3CZLA 4AZ6A 5BXSA 4TOQA 3NJ3A 1PIGA 4CN4A 3FAWA 4P7RA 1B2YA 1J0HA 4GI6A 3VUPA 3AMGA 5FKYA 2BHYA 2XSAA 3VIIA 2V3EA 1PPIA 2CKSA 4CN1A 3BCDA 1UR1A 3GNRA 5CQ1A 1HXJA 3WENA 4J3XA 1J10A 3WUFA 1OB0A 4HZ8A 1JYNA 1KQZA 3ZJ8A 3KL5A 3A6OA 1HKKA 1Q6GA 2JEPA 3VGHA 4Z2LA 4PMUA 4DWSC 1D7FA 1BF2A 1HT6A 2BXYA 2WVVB 3PN8A 4WLCA 3L2LA 5DT7A 2FH6A 4UOQA 2VZVA 5FCZA 3HJEA 2BS9A 4J7RA 3SCTA 4U5KA 1JFXA 3DHPA 3VKKA 4JFTA 3PHAA 1E55A 1E4MM 2UY4A 3QGVA 1CLXA 3W24A 4WIWA 2QLYA 2XHYA 1UWUA 3CZGA 1UOKA 3PZ9A 3MUAA 4CU8A 2FGLA 1NM9A 1NQ6A 1WKYA 4GPNA 3W26A 5ABHA 4CGTA 2FHFA 5M17A 2Y2WA 4FMVA 2BFGA 1C8YA 3SCPA 1PZ2A 3M46A 4RE4A 3ALGA 5CPSA 3VGBA 3VTRA 3VX0A 4TTGA 4YHEA 5DT5A 1UR9A 5CGMA 3WDHA 5D9NA 1ZU8A 5JUVA 7CGTA 4V2XA 1GHRA 1VBRA 2EXOA 4WKHA 2D0FA 4CKQA 3K8MA 1DWFM 1EQCA 1JIBA 2X0YA 2VZUA 1DWAM 2XVGA 3O9NA 4D6GA 2J7BA 5A2BA 4H8HA 5E70A 1QNQA 1Q6DA 2D22A 2C8NA 2J4GA 3ECQA 4PMZA 5I5RA 2EPMX 3FW6A 1JI1A 5A6KA 1VFMA 3BLKA 1GORA 1OIMA 1GONA 5FD0A 1XGZA 1ODZA 2CESA 4BS0A 1Q4NX 4PTWA 1FP9A 1HJXA 4PYSA 4QDMA 6CGTA 1XHGA 3UG4A 3OZOA 3ZT7A 3UESA 3SEPA 4DM2A 4UR9A 2G3IA 1BVNP 1JDCA 1JZ6A 4OZOA 1GZJA 1I75A 3AHTA 2WVSA 3BXWA 1V6YA 2XPKA 1U2YA 4IUGA 2X2YA 4E4PA 3IANA 3CGTA 2WCSA 1TCMA 4A4AA 2VX6A 3W37A 4W87A 3OGRA 3RJXA 3WBAA 4HTYA 1XYZA 3GXMA 3PTMA 1R86A 1QHOA 1EO5A 3VMOA 1MXGA 1MQRA 5AC5A 1TVPA 1KXHA 2BXZA 2VO5A 4JFVA 3ZO9A 3GNOA 4U3CA 2AMGA 2DDXA 5ABFB 4ZE4A 4CN6A 1E4LA 1UHVA 3T09A 3ARTA 3CUFA 3SUWA 4W7UA 3CMJA 5CPTA 2YA1A 3IJ9A 4BZYA 1UKPA 3DYOA 1VAHA 4HOZA 3VX1A 4X9YA 3CUJA 4W84A 1GVIA 4UFMA 1CTNA 3VD3A 3UERA 4FK9A 1LL6A 2CBVA 4Z2JA 5GQBA 3ZSSA 1E5NA 1G9HA 1UWTA 3MV11 1JZ5A 3CTTA 3AMDA 3AYRA 3ZOAA 2XVNA 5CG0A 1KGXA 4J3TA 2NT0A 3F5LA 1DEDA 5E0CA 3T2QA 1UH3A 1GW1A 3ZJKA 5IDIA 4PSPA 2V5DA 3LPFA 3F4VA 1GUVA 1F4AA 5A6LA 1MFVA 4U2YA 3D5HA 1HIZA 2VZOA 3VIJA 2FDMA 4B16A 3OLGA 1OWQA 1M53A 3CZKA 5LA2A 4F79A 3SCSA 1OM0A 2WSKA 3WQVA 4BF7A 4HMDA 1AVAA 3EDFA 5EMYA 3MKKA 2WMIB 4ZXOA 1WE5A 4IPNB 1IV8A 4K68A 2V3FA 2CHNA 1JF6A 4WJXA 2NSXA 1JYVA 3APGA 1UD2A 3N17A 2VUYA 1ZBCA 4M80A 3OLIA 2ZXDA 5CSUA 3WF3A 3AIWA 4Y7EA 5D9OA 3OIHA 1C90A 4ACZB 3M6DA 1OCQA 4X0NA 2A3CA 1PX3A 3D3AA 3FNDA 1H4PA 4ZE5A 4PMXA 3AHVA 3SCQA 2WBKA 5E09A 4D6DA 4H8UA 3BMWA 4XZBA 2J8FA 2UWFA 4CU7A 2C7FA 3GH4A 4JL2A 2WZHA 2W67A 4GINA 1C8XA 1JZ8A 1MXDA 2CXGA 3WDRA 3VMPA 3W38A 1W9PA 3WNMA 4D6CA 1JD9A 3KE0A 1W32A 2XJ7A 5AYBA 4JZ5A 1BG4A 3T0BA 4AIOA 3VIOA 3AS2A 2ZIDA 4FLQA 4P7QA 1CXKA 2J7HA 1KR1A 4J3SA 6A3HA 2WVTA 3WMCA 3AISA 1V6UA 3WD4A 3VM7A 2WM0A 3K4AA 3SUTA 4UQDA 2DQXA 3AMKA 3BCFA 2DH2A 2O9OA 4P7OA 4F9JA 5JIPA 4LYQA 5DF0A 2FGZA 1V3MA 3AXHA 4TX8A 3ZQ9A 2J7CA 1Q6FA 1CZ1A 3PZVA 1VJSA 2VX5A 5I77A 1HN1A 3ZMRA 1HP4A 1GJUA 1ISYA 3ARRA 3WD1A 3AMCA 4HA4A 1BYCA 1EHNA 1VBUA 4AEFA 5ABFA 4F8XA 3PZOA 2XIIA 1HL8A 5DFAA 1NH6A 4FF5A 4D1JA 1E6RA 2O9PA 1EA9C 1B9ZA 1LL7A 3SUSA 2WANA 1KWGA 3AROA 4JKKA 1H0GA 5F7UA 5DEZA 5CLWA 1KXVA 2XVPA 2WMKA 5GNZA 4Q22A 1WCGA 3KEHA 3N04A 2VVNA 2OSXA 3U7VA 4DWSB 2E40A 5M3WA 4AZGA 1JDAA 3KZSA 3WY1A 2PI6A 2WKLA 2PWGA 3SCVA 1JI2A 3N15A 1L0PA 3BSGA 1AQHA 1JZ3A 3AS3A 3VIHA 1GOWA 3WUBA 1XSKA 3WEOA 1G01A 3TTYA 3WEMA 1FH9A 2VZSA 2V5CA 4PTXA 3VNZA 1EOMA 3MSDA 1ODUA 1SMDA 2WZIA 1HJSA 4BCEA 2JIWA 2G3JA 1GOMA 2QMJA 1CXEA 1ITXA 1HKJA 4YPJA 2E9LA 1GCYA 1MVYA 4Z2IA 5BRPA 2ZUUA 5IFPA 2WMIA 5E6YA 4RE3A 5BXPA 3GZAA 4PEEA 4AD5A 3W4RA 3MUZ1 1E0XA 4PMDA 1UH4A 3A4XA 4MB4A 4YN5A 1G0CA 4EE9A 2YL8A 3AIRA 4UZSA 3G6LA 3NDZA 4P7NA 3A47A 5AY7A 4ACZA 1UZ4A 1ZBKA 4HU8A 3ARYA 1W9BM 3ARWA 1UUQA 4GKLA 1BFNA 1KQYA 2W66A 2YA2A 3AICA 3OA5A 3EDJA 1KBBA 4JCMA 3AYSA 3PTQA 5CSYA 2DEPA 1OBAA 2WSPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VF8 A;  4PMY A;  4CU6 A;  3ZR6 A;  4WK9 A;  3VVG A;  2GJX B;  2XSB A;  3PZT A;  2G8Z A;  3M7S A;  3OZP A;  4MTV A;  2JEQ A;  3ARZ A;  1EDQ A;  1ISZ A;  3DEC A;  1SR0 A;  3B8S A;  1CEN A;  4NSB A;  3W25 A;  4AD1 A;  2V3D A;  3EMQ A;  3RDK A;  3CO4 A;  2PWH A;  4OJY A;  4AIE A;  1XCW A;  3W28 A;  1ISW A;  4LYR A;  1NWR A;  1B30 A;  1H2J A;  4M8U A;  1JDD A;  2CCR A;  1B90 A;  4U31 A;  1CGT A;  1M03 A;  3VDA A;  4FLS A;  3VMN A;  4LQ1 A;  4DUW A;  1BAG A;  4UFI A;  1CNV A;  3FHA A;  1MWO A;  4PMV A;  5CLT A;  3ARP A;  2W92 A;  4W5Z A;  1KBK A;  2WMJ A;  3MMW A;  2Y4S A;  4Z2K A;  4HOX A;  1UR8 A;  4C7D A;  1WZK A;  1H0I A;  1X1N A;  1DWJ M;  3AJ7 A;  4B3K A;  1QI0 A;  2GJR A;  4WKF A;  1OGG A;  4HPG A;  3TTO A;  4NZC A;  4D6E A;  3GDB A;  1LG2 A;  4QP0 A;  4MAZ A;  1GVY A;  1HVX A;  2CKR A;  1LQ0 A;  2OLH A;  1E6P A;  2ZUW A;  3PZI A;  4LPC A;  3WH7 A;  3ARX A;  5CXP A;  1PEZ A;  2YL6 A;  4J3U A;  1YQ2 A;  3PZG A;  3RJY A;  1V6W A;  2J7F A;  5I0D A;  4EAN A;  2QPU A;  3CUH A;  4W86 A;  3QHN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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