4DMNA

Hiv-1 integrase catalytical core domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
145
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/inhibitor
molecule keywords HIV-1 Integrase
publication title Multimode, cooperative mechanism of action of allosteric HIV-1 integrase inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 49
structure length 145
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dmnA00
1GOBA 1FXXA 2X78A 3L2UA 3JSMA 3V9UA 1U48A 3DI6A 3SI6A 4EZ9A 4KAZA 3S3OA 4FZYA 3NFAA 1KFSA 1YTAA 1D9DA 2KZZA 1WN7A 1VSIA 1XWLA 2QXFA 3NBPA 4CJWA 4HUEA 2OA8A 4PWDA 3OY9A 3OYHA 4CF2A 4FM0A 4DWIA 2XHBA 3IAYA 2P1JA 1WSFA 2DFFA 2G8KA 3F9KA 3AVBA 1S6PA 3K2PA 3V9WA 4E0DA 3OYEA 1RT4A 4IFYA 4O4GA 3QERA 3PX0A 1LWFA 4BACA 1BIZA 5CYMA 3O3HA 4W5NA 3OJSA 2PZSA 4I9QA 1WSHA 4FM1A 4EP5A 4CEFA 3QEXA 2VG5A 4DFMA 1L3TA 3O4NA 4IBNA 1HQUA 4AILC 1N6QA 2IAJA 1ASVA 2HHUA 1NOYA 1NJYA 3SUNA 4FJ5A 4E19A 3L2RA 1RTJA 1LAWA 4AHRA 5HLFA 3AVKA 4QOZB 2XY5A 1C1AA 2BE2A 1VSKA 3OYDA 3ZSXA 3KLIA 5KGWA 1RBUA 2DY4A 4FZZA 2RKIA 4EP4A 2I5JA 1HRHA 1Z26A 3VQQA 3C94A 1DLOA 3NF7A 4DSEA 4LSLA 1ZBLA 5JS1A 3THVA 1VRUA 3QNOA 4JRPA 1SL0A 3K5NA 3RMAA 2X6SA 4DTXA 3C6TA 3LWMA 4IKFA 3ITHA 4I9LA 2HB5A 3PX4A 3DRSA 1YT3A 1RBRA 3AV9A 1S1VA 3NH1A 1YTUA 4FJ9A 3DLHA 4N41A 3NGIA 3AO3A 4GW6A 1NK9A 3AVGA 4RW7A 4CFBA 5J1EA 4C8OA 1U04A 1SL2A 4YFUA 1QS4A 1EP4A 1T8EA 2G8IA 4CHZA 1TKDA 1S6QA 3SQ0A 3QEPA 5CYQA 3LANA 1LWEA 2DFEA 3O3FA 4FLWA 1S1TA 2HHWA 4B9SA 1R0AA 1JLBA 3NGYA 1XC9A 3KD5E 1KVCA 4RW8A 4CJ5A 4E89A 4DTPA 4DFJA 4B9MA 4F4KA 4IFVA 5KTQA 3KLHA 1SUQA 5HROA 1BISA 3DRPA 3A2FA 5HRNA 4ELTA 5DK5A 3OYLA 4NCAA 1NK0A 1WSEA 2YNGA 2FC0A 4M3UA 3M8RA 1JXEA 1C6VA 1JL2A 3LP2A 4I2QA 4Z4HA 4ICLA 3KJVA 4FLYA 2F96A 1Z25A 1N5YA 3BGRA 3OYNA 4DTRA 4DFKA 3ZT4A 4B8AB 5CZ2A 2HW3A 4OLBA 1Q8IA 4FW1A 3CFRA 4PUOA 1K6YA 2A1RA 4KHQA 1JKHA 1B9DA 1HMVA 4GMJB 3OJUA 2KQ2A 1EKEA 1JL1A 1KCFA 4RW9A 2HNYA 3KIOA 3VQ4A 3OYAA 4N5SA 3C6UA 1B92A 4CEZA 3ZT2A 4CECA 4HUGA 1RT3A 4B9NA 1J9AA 4MFBA 5SZTA 3HO1A 3RRGA 3I0SA 2GV9A 3VQPA 4OGCA 4BDPA 1XHZA 4DLEA 1WSJA 4FJMA 4M42A 2ZQBA 4OKEA 3TWHA 4DLGA 1TKTA 1S5JA 3SUOA 4CHQA 4CEEA 1VRTA 4KKOA 3S3MA 3RMCA 2RF2A 2P51A 4NYFA 4KHWA 1J53A 3V4IA 1XHXA 3KK2A 3SQ1A 3E01A 1CXUA 2HHVA 4J2BA 1CZBA 3SYZA 4CE9A 4FJIA 2G8UA 3HPHA 3DLRA 1S9EA 4Y1CA 3K57A 1TKZA 3LAKA 3L2WA 1QE1A 3ZSQA 4Z4CA 3S3NA 4CF0A 5K14A 2P5GA 2EX3A 1O1WA 4W5TA 4DF8A 4M3XA 2KFZA 1JLCA 1QSYA 4Q0BA 2GUIA 3ZSYA 5JS2A 4FJXA 1BHLA 4OKJA 2X6NA 3AVLA 3AO2A 4CK2A 4N47A 2OPPA 4F2SA 3ALYA 1HYSA 1KTQA 2NUBA 1SV5A 2YV0X 3OS0A 4OKKA 3MEGA 2BANA 4FLVA 1RILA 1TVRA 3AA4A 3I0RA 4DSFA 3U3YA 3V6DA 4CCHA 1XI1A 4C8NA 4ZHRA 1SKWA 2ATQA 2P5OA 1GOCA 4O44A 4CJEA 1RT6A 4Y1DA 2KW4A 3ZT0A 1JLEA 4NCGA 1BGXT 4DSKA 3HT3A 4KTWA 1NK8A 2QKKA 2B4JA 1VSMA 2YNFA 4B9TA 3HK2A 3OS2A 1IH7A 1U4BA 4E1MA 3ZSRA 1X1PA 3LALA 1IKWA 4KV8A 3K59A 1NKCA 1G15A 2FBVA 3AVMA 4I7FA 3UIQA 4KHSA 3KKSA 2E4LA 4YNQA 4DTJA 3P1GA 1WLJA 3VQEA 1EX4A 1VSLA 2A1SA 2ZD1A 3V1RA 3JYTA 4E7IA 3RR7A 4KHNA 1ITGA 3HL8A 3NF9A 4RG8A 4B08A 3NAEA 3OYJA 2PYLA 4CEAA 1HNIA 4CEOA 4JS4A 4FJGA 1UOCA 4FZXC 4AHCA 4CJ4A 3OYMA 3SZ2A 1WSIA 2YHAA 1KLNA 4KREA 3TAMA 4CHPA 3PO5A 3HPGA 4KI6A 2IC3A 4H4MA 4GVMA 3QLHA 4W5RA 4DQQA 1T03A 1NJWA 3ASMA 4C8LA 4WE1A 2YNHA 1SKRA 4Z4FA 4B8CA 4FJJA 3EYZA 3K58A 4KHYA 3L3UA 3AO5A 4IG3A 4CGDA 1RT5A 1ASUA 1BQNA 1FKPA 4KO0A 4F3TA 1ZBFA 3LZJA 3AVNA 1I39A 2VG7A 4DQSA 1TK8A 4XIUA 2EHGA 2FBXA 3EY1A 4AH9A 4E3SA 3BDPA 3V1QA 3TABA 1VSFA 5E41A 4JS5A 1BCOA 4FLTA 1TK5A 4M3YA 1VSHA 3DLGA 1IO2A 4CHNA 3PY8A 2HVHA 1TAQA 3ZT1A 2W42A 1CLQA 2JLEA 2BDPA 4M3WA 1Y97A 4M3TA 4CEDA 4CHYA 1LWCA 3O3GA 1NOZA 1ZBHA 3DOLA 3ZSOA 4B9VA 1NJZA 1A5VA 2Z1JA 2KTQA 1BCMA 3DLEA 2Q3SA 2XY6A 5FRMA 3VQBA 4AHVA 3VQ8A 3LAMA 3TI0A 1WNSA 4KFBA 1RCHA 2O4IA 4OLAA 4O0IA 3NH2A 3CG7A 3VA3A 2OPQA 4Z4GA 3AVJA 3M8PA 3NE6A 3K5OA 2YKNA 4LH5A 3TAEA 3KK3A 1T05A 4HUFA 3IRXA 2KFNA 1KVBA 4CF8A 3L2QA 1QQCA 1JLQA 4CJUA 3V81A 1LAVA 2YNIA 4ZTJA 5J2MA 5HP1A 5I3UA 3SUPA 1TL1A 3ISNC 3V1OA 4FLZA 1Q9YA 2AJQA 4LSNA 4Z4EA 4DS4A 4MQ3A 1D8YA 2PYJA 3VQAA 1KVAA 1L3SA 3RMDA 4CHOA 4DU3A 1BQMA 2Y1IA 3RRHA 4DSLA 3HVRA 4CEQA 3HM9A 2HHXA 3QIPA 4CJRA 4ID1A 3LDSA 4CEBA 4O55A 2D5RA 4DQIA 4ELUA 5FRNA 3OYIA 4W5QA 3WNFA 2RPIA 4O5BA 4N56A 4DFPA 4Z0UA 1LV5A 4CF9A 3TANA 2HHTA 1A5XA 1TGOA 3RTVA 3G10A 5FDLA 4CESA 4HVJA 1VSJA 3SNNA 4G1QA 3AVFA 3KKRA 4C8KA 4CGFA 4CGHA 3KD1E 4CFDA 3CFPA 4DTOA 3HP6A 3L3VA 3LP3A 2B5JA 3VQ5A 4OPJA 4DF4A 3ULDA 4E7HA 5D3GA 1B9FA 1BI4B 3IS9A 4HHTA 1NJXA 3PO4A 2QK9A 3AA5X 1SKSA 3I8DA 3TAQA 4NCBA 3SQ4A 1F21A 2DTUA 4DS5A 1NKEA 1J5OA 3L8BA 2IDOA 3OYGA 4K8ZA 4FJKA 4KRFA 4CK1A 3ZSWA 3OYBA 1U49A 4FXDA 4FK2A 1KSPA 1ZYQA 3ZSVA 4H4OA 3LP0A 1KRPA 3MXMA 3HYFA 2HNDA 3M8QA 1RDBA 3DLBA 5C42A 4FCYA 1YVUA 4CJQA 1WAJA 1S1WA 4KHUA 3D0PA 3MXJA 3KLGA 1BIUA 3TAPA 4M3RA 4AHSA 2HNZA 3HVTA 3FFIA 1ASWA 1J54A 1RBVA 3VQDA 1RT1A 3P5JA 4CIFA 2OYQA 4DQRA 3DMJA 3U3GA 2G8FA 1D9FA 3NF8A 4F8RA 4FK0A 3LPUA 3O4QA 3OYKA 4HCCA 2HHSA 4B9UA 1RT2A 3NCIA 3D45A 1QTMA 2D0BA 4BDYA 3V9XA 4I2PA 4HCBA 4FK4A 4B3OA 4K8XA 4CIEA 1D5AA 4W5OA 5KRSA 3AO1A 3ZT3A 1RTIA 3EZ5A 4CJPA 2E6MA 3QEIA 3KTQA 3TR8A 1C1CA 5HBMA 5HRSA 4FJLA 4KTQA 3DLKA 2WOMA 2X74A 3T19A 3HXMA 1NK5A 4BE1A 1LW2A 4KPYA 1C0MA 3AVHA 4CGIA 1I3AA 4FJHA 4CJ3A 1TKXA 1NK7A 3WNHA 1BL3A 1LW0A 1IKXA 2FBTA 4JLHA 2HVIA 4ID5A 4FLXA 4CGJA 3MAQA 4FW2A 1ZBUA 3PX6A 1HYVA 2QKBA 3B6PA 4CFAA 4OJRA 2VG6A 4OPKA 3AVAA 4ELVA 3RWUA 2O4GA 2D0AA 4KI4A 2WONA 5J2PA 3U6FA 2G8WA 5C25A 3IG1A 1UAXA 3B6OA 1S1UA 4FLUA 3MECA 4CK3A 2XO7A 1S9GA 3K5MA 1Q9XA 4BWMA 3QINA 3VN5A 4JRQA 3QESA 3T1AA 5DMRA 4F2RA 4KB0A 3CM5A 2Z1IA 4R5PA 4DU4A 4L8RB 1JLFA 1W0HA 1JLAA 1RDDA 3DM2A 4J2EA 1FKOA 1IKYA 1HJRA 4FJ7A 3HJFA 3AVCA 5CY4A 1QHTA 3OYCA 3KLFA 3QEVA 3KK1A 4ZTFA 1X9SA 1L3VA 1DTTA 4CFCA 1HQEA 2ETJA 4CJTA 1KLMA 2KZMA 4E7KA 3MXIA 3TARA 1TV6A 2BGGA 3T3FA 4DQPA 2D0CA 2IS3A 5KI6A 1RDAA 4E1NA 4Q5VA 1JXBA 3HPOA 1FK9A 4BDZA 4J2DA 4H8KA 1IKVA 3VQ6A 2G8VA 4EZ6A 4M3ZA 4Z4IA 3DYAA 2G8HA 3SCXA 1VK0A 3QO9A 3CQ8A 4LD0A 3V9SA 4KTZA 3QETA 1CXQA 4C8MA 4CIGA 4OGEA 4DTSA 4AHTA 1HPZA 4CJKA 3QNNA 3AA3A 1L5UA 1TL3A 3PUFA 1A5WA 5FROA 1JLGA 1W9HA 4QAGA 2FBYA 5CZ1A 4DSIA 2XRIA 1RBSA 2DFHA 2OPSA 4M41A 1WAFA 5J2QA 2OZSA 2HHQA 3M8SA 3LPTA 5HRRA 4IDKA 3PV8A 5EU7A 1U45A 2F8TA 3CM6A 4FYDA 1DTQA 2LSNA 1CZ9A 3HSTB 1EETA 5KGXA 3AVIA 4N76A 2XY7A 4E7JA 3KLEA 3ZCMA 2Y1JA 3LP1A 2R7YA 4RW4A 3TAFA 4PA1A 1GOAA 4BE2A 4FM2A 4E7LA 5I42A 4CGGA 4FJ8A 1C1BA 3NGZA 3SV4A 4DU1A 4PQUA 1T7PA 3VQCA 1QSSA 4BWJA 1VSEA 3QIOA 2VWJA 1C0UA 1BI4A 1EXQA 2Z1GA 1IG9A 1X9MA 2OZMA 4FJNA 3OS1A 4CJLA 2YHBA 3RMBA 4O0JA 3QEWA 1RDCA 2YKMA 4KB1A 4FVMA 2HMIA 4CJVA 4DTUA 3WNEA 4CF1A 3WNGA 3NDKA 2Z1HA 4DMNA 3AA2A 2GBZA 3MEDA 3MEEA 4B9LA 4QCLA 3LZIA 3F73A 2PY5A 1C0TA 3DOKA 2ZE2A 3HP9A 3NF6A 1X9WA 4DTNA 3P83D 4OVLA 1U47A 1RTDA 3L2VA 1S1XA 1NKBA 4LH4A 5HRPA 2E6LA 4DTMA 4DSJA 1UWBA 3H08A 4DG1A 5J2NA 3C95A 1KFDA 4NYNA 1UA0A 3ZSZA 4TSXA 1NK6A 1TK0A 2ITGA 4RW6A 4BE0A 3SPZA 4IG0A 2IGIA 1NK4A 2VWKA 4HTUA 4CERA 1QSLA 3SV3A 4CJSA 1TAUA 3VA0A 3S9HA 4AHUA 5T7BA 3K5LA 4UQGA 1HNVA 3AO4A 3CYMA 2OPRA 3CFOA 3VQ9A 1L3UA 2IOCA 4J2AA 2F8SA 1ZBIA 4F3OA 1HYZA 4CJFA 4PY5A 3SJJA 2XY8A 3VQ7A 1WSGA 3LWLA 3NH0A 1RNHA 1UA1A 3RR8A 3SPYA 3OVNA 4LY7A 5KRTA 1MU2A 1REVA 4M45A 3SQ2A 5C24A 3V9ZA 3TAGA 1SL1A 3NHGA 3DRRA 2JGUA 3OYFA 3SUQA 5SWMA 2B6AA 3G0ZA 2RN2A 1RTHA 1RBTA 1RT7A 1VSDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2X78A 5M1FA 4YHHK 3L2UA 3JSMA 3LDPA 4FZYA 4YDUA 3NFAA 1KFSA 4IJAA 2KZZA 1WN7A 4JI2K 2QXFA 4CJWA 4HUEA 3OYHA 3AY9A 4CF2A 3UKUB 1W2BM 2UUCK 4DUYK 2DFFA 3AVBA 1OH7A 2IVOA 1GLLO 3K2PA 3PIPL 4E0DA 4BACA 5CR4A 4A59A 3WEEB 1ILYA 2PZSA 2BUPA 1WSHA 3QEXA 2VG5A 3O4NA 2D4WA 5BN8A 1N6QA 4AILC 1ASVA 2P9LB 4OO1J 1RTJA 1LAWA 4FOIA 4QOZB 1HNWK 4RWTA 3ZSXA 1QQNA 3ZLJA 1GLEG 1T6DA 3PIOL 4JI5K 2O8BB 1ZBLA 2ZJRL 4DR5K 1KC8O 4DTXA 4JHDA 4CZJA 3CMEN 2HB5A 3PX4A 2O8FB 3I8BA 4YOWA 5AQMA 1QS4A 1Q82O 4CHZA 1TKDA 3QEPA 5CYQA 4LF6K 2DFEA 3O3FA 1J6ZA 4B9SA 1WBBA 1XC9A 3F9MA 4B1YB 4E89A 4DFJA 4B9MA 4F4KA 4IFVA 1SUQA 1BISA 1YAGA 1JXEA 1JL2A 3JXUA 1N5YA 4ICLA 4DTRA 2NLXA 4OLBA 1K6YA 4GMJB 2VCPA 4RW9A 2HNYA 3OYAA 3B8AX 1B92A 2A3ZA 3ZT2A 3HO1A 4B9NA 3UE5A 1ESVA 3I0SA 4BREA 4H5WA 4NXMK 1S5JA 4IZ9A 3O80A 5BRHA 2OCEA 4O5FA 4KHWA 3LDOA 1ATRA 1CZBA 3G71N 4CE9A 4FJIA 2G8UA 1TKZA 4JI4K 3S3NA 4CF0A 5K14A 3T7ZA 1HUXA 5E84A 2EX3A 1NG9A 4E1JA 1JLCA 3MN9A 5JS2A 4R79A 3AO2A 4N47A 4F2SA 3ALYA 3CXCM 2NUBA 1X9SA 1SV5A 2BANA 1DT9A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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