4DPPA

The structure of dihydrodipicolinate synthase 2 from arabidopsis thaliana
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
307
structure length
307
Chain Sequence
NTDDIKALRVITAIKTPYLPDGRFDLEAYDDLVNIQIQNGAEGVIVGGTTGEGQLMSWDEHIMLIGHTVNCFGGSIKVIGNTGSNSTREAIHATEQGFAVGMHAALHINPYYGKTSIEGLIAHFQSVLHMGPTIIYNVPGRTGQDIPPRAIFKLSQNPNLAGVKECVGNKRVEEYTENGVVVWSGNDDECHDSRWDYGATGVISVTSNLVPGLMRKLMFEGRNSSLNSKLLPLMAWLFHEPNPIGINTALAQLGVSRPVFRLPYVPLPLSKRLEFVKLVKEIGREHFVGEKDVQALDDDDFILIGRY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase 2, chloroplastic
publication title Characterisation of the first enzymes committed to lysine biosynthesis in Arabidopsis thaliana
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 125
structure length 307
sequence length 307
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2012-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4dppA00
5LSMA 5AB3A 1TPH1 5CZJA 3L9CA 4RZ4A 3GAYA 4JIQA 1I45A 4IOTA 4I7VA 3UNDA 1AL7A 4OV9A 1WBHA 2QDHA 3W22A 2OX1A 2J27A 2EKCA 1DOSA 1XBYA 3R2GA 2A0NA 2ZTKA 3Q58A 3IVSA 4N9BA 3T4CA 2X30A 3NL6A 1PIIA 3GDKA 1F73A 2ALDA 3VFLA 4DO6A 3W1TA 3QJAA 3PY2A 3QPZA 1VYSX 2ZZ4A 1KA9F 2ZTJA 2Y7FA 3NPWA 3NM1A 1I2OA 1SZEA 3GXNA 2D73A 2R8WA 3W7MA 3QH2A 1TPUA 7TIMA 4IMCA 2ISVA 1LM1A 4RLIA 3TQKA 4XZ9A 3W72A 4DPQA 3O15A 4FNUA 2B7PA 1D3GA 4N4QA 1XM3A 4IXXA 3LI1A 4Z1AA 1IIGA 2DP3A 1VYPX 3NXFA 4PODA 3DFPA 3L5LA 2VFHA 3JR2A 3UWWA 4N6EA 2CZ5A 3LXBA 3C2EA 4QAIA 1IIHA 4HIBA 3HG4A 5KZMA 3ABOA 5KZDA 1YPFA 5IM51 3GK0A 1ME8A 3CIXA 4XTDA 1P0KA 2V5LA 5DY2A 3QEZA 1GVQA 2E09A 1TPB1 1L2UA 3LCXA 3M9YA 5F2MA 3T78A 2P10A 5G2WA 3N34A 5FF7A 1S5VA 4FEZA 4K7YA 3BG9A 3HIJA 5LHEA 3LRMA 3S0CA 3A5VA 4FIRA 3IVTA 4KFNA 3O06A 2WQPA 1W1ZA 2TSYA 3SZ8A 1QO5A 1XUUA 5KINA 4Y8FA 4JTUA 4N02A 4GE8A 3LV6A 2B7QA 2ZQ0A 4BWLA 1G7VA 4AB4A 3CLMA 3DH7A 4UTMA 3SGUA 4O10A 4MPQA 3I7QA 1RZMA 3HJZA 2DORA 3TIMA 2X1SA 5FF4A 1H63A 3UQNA 3RU6A 3GZ3A 3TSDA 1W3TA 1GYNA 2BTMA 3SFKA 1G69A 5HJLA 3KVMA 1K8YA 4GUFA 4O0KA 1TPEA 1OFDA 4C1KA 4UMAA 5G4WA 4N9CA 3OVQA 1GOXA 1S5WA 3G8RA 4M6VA 3W7KA 3HG5A 3GVGA 1XBVA 3LLDA 4NZFA 2WSYA 4M6PA 2HS8A 1SFLA 1RV8A 2E5CA 2QJHA 4QQ3A 1LRNA 4N4PA 1U5JA 4UFKA 2WNZA 1WQ5A 3LTPA 4UNKA 2Y85A 3G24A 4RZ6A 1F05A 1TCDA 5AC7A 1VLIA 1XUZA 3MBFA 3NR0A 5U4NA 5HWNA 4JTIA 3GKFA 1WAUA 1UUMA 5BW6A 4UUIA 3S5NA 3NGJA 3T55A 4O13A 3KRUA 1H7XA 5IBXA 3TNOA 2VXNA 2YYTA 2QKFA 1Q6LA 4FXRA 4JDYA 3P5YA 1KM3A 3RLVA 3FS2A 3UY8A 4PTNA 5LHFA 1K3UA 3NDOA 1OABA 3W2KA 3SGZA 3W7QA 5FEXA 2YYUA 3G0XA 1LCOA 2BSLA 2PRHA 3NQ2A 4LRTA 3M44A 4CCCA 1AMKA 4IXHA 4FHAA 4A2RA 1R2TA 4ALDA 3LI0A 4LVDA 3LHYA 1LP6A 3G1XA 3ANYA 4TU1A 2NV2A 4AF0A 2E6DA 2ZRVA 3IGSA 1GPWA 1FXQA 2VC6A 1K7FA 2JK2A 3L5MA 5KTLA 1X7FA 2WSRA 4HPXA 4LC6A 3QC3A 2ZA2A 1FBAA 1FDYA 1TV8A 1G4SA 2YPIA 2E6FA 4QM1A 2V9DA 3NVTA 4IPIA 4CLMA 3RF9A 4I9AA 4N9EA 3P7YA 3CQ0A 4UCGA 2YR1A 3P8IA 4LS1A 3D0CA 3OA3A 5E1QA 5D37A 3PBVA 1K8XA 3FEMA 4H4IA 2DZTA 4AHQA 1TJPA 3W1NA 4O4VA 4U28A 1HG3A 1QPQA 4K39A 3TQ0A 3PWAA 2V82A 3LHUA 2Q3RA 3TJXA 4O53A 2C13A 2Y89A 5D2XA 5K9CA 1CI1A 3QPYA 4MKNA 5KITA 3E02A 3EX2A 5H2ZA 3P67A 1I2RA 3GKAA 4WXZA 1YDNA 4FO4A 1A50A 1WA3A 3ZS4A 3UZJA 3STEA 1OVDA 3TXVA 4K37A 2C14A 2ZZ5A 3E96A 3TX9A 3B05A 3M16A 3NQGA 4NJKA 4AF0B 4RXFA 2ATMA 2PC4A 2P0OA 1VQTA 4NX0A 3SSJA 3VCRA 2X1UA 5FESA 2Q8LA 3KX6A 3W75A 2CLOA 3VE9A 4YLWA 2ZA3A 4UTTA 1ZAHA 2ATSA 4RR4A 1KLYA 4O17A 1NF0A 4OWGA 1KM1A 3W7EA 1X1ZA 5TQLA 3QZEA 3P82A 3GR8A 2FB2A 2RH9A 1OFQA 3O6DA 3LHVA 3SR7A 3W70A 3ABQA 3LHTA 2RDUA 1ONRA 2YDAA 3W7DA 4ADSA 5G1YA 1KTCA 1H7NA 5I3HA 1A5CA 4N9DA 4O18A 2A7PA 2NXGA 4GXMA 4JY8A 3SIZA 4XKYA 5C6MA 3G3MA 1QCWA 3QW4B 1DQXA 2PURA 4JYFA 2QCNA 3TKFA 3WFAA 3I65A 3UWYA 1SO5A 5LGXA 4JXCA 1DV7A 2Y88A 3TFXA 1OYCA 2A4AA 3S5YA 4FNSA 3HB9A 2WOQA 3CIWA 2CLKA 4LV4A 5BOOA 3R5EA 3UWZA 1M5WA 3B04A 1DORA 5AHEA 5KMYA 1IXPA 5LNVA 2CZFA 5D2TA 2VOMA 1JUBA 1J2WA 3PUOA 3PUEA 4WZHA 5FF3A 4Q4KA 2Y7GA 4JICA 4A2SA 1KFJA 1SW3A 1VGAA 4MOZA 1O5KA 2H3DA 3BLFA 4Z1BA 3EX1A 2FPVA 1DJQA 3S42A 3AJXA 1BWKA 2G96A 1MZHA 2YSWA 1OX6A 5C54A 1Z42A 1XCFA 3DKLA 4LT9A 1YTEA 1ZHAA 2QAFA 3KRSA 4ZZ9A 4HPJA 1JCMP 3G1YA 2QF7A 3KHJA 4UMCA 4XKYB 2ZZ1A 1QAPA 3B06A 1PL9A 3ABRA 1LTDA 5C5YA 3TXZA 3IIXA 1YYAA 1SSDA 4O57A 2G97A 5LNRA 2EF9A 2A7NA 2FIQA 1F6KA 3KVLA 4MLJA 3GB6A 3G1FA 2DJLA 2FLIA 5G1TA 4YXGA 2GOUA 2VEIA 3QQ1A 4BK9A 1ME9A 1FY6A 2E6AA 4JY9A 3GXTA 4DF2A 1M7OA 2O7SA 3EX4A 5LKYA 3GAKA 4D2JA 3L2IA 2YGYA 4FX8A 3LBMA 1FWWA 2C3ZA 3KOFA 2C0AA 1EUAA 2JBMA 3HGRA 1AW5A 4RK8A 3YPIA 1GQNA 3GDLA 3A24A 3F03K 3PC0A 1H7PA 1OX5A 1ICPA 1MEIA 5BMXA 3HO8A 2IQTA 5DLCA 1L9WA 3OEXA 3G22A 5HINA 4ORMA 1RQEA 3DHDA 1Z44A 2V2DA 1QWGA 3IGXA 4WOQA 4IGHA 3NZ1A 2E68A 1RQBA 3FKRA 4FIQA 3HG2A 3HQ1A 4ONVA 1H60A 3EX3A 2OT1A 3PSVA 1W3IA 1XBXA 2GVLA 4H6KA 3N2XA 4HHPA 2WNQA 1TTIA 2QCDA 4O0ZA 3TMQA 4ZQCA 3N9SA 1OYBA 5LNWA 3BK0A 4JTTA 1KTNA 5MHBA 3ZR4A 2G95A 4IPJA 3N9RA 4Z1DA 3GX9A 3CWOX 3Q37A 3TAOA 2TMDA 4LVBA 4I7WA 5J5DA 3LTSA 2WSQA 3N73A 4HKPA 4LU0A 5C2XA 1LBFA 3P8JA 1O94A 4JTJA 2Z6IA 5D09A 1W5PA 1Z41A 5LGZA 4XBKA 1C8VA 1FCVA 5HQEA 5FEPA 4O4WA 2Y7EA 4W9TA 1VZWA 1LLWA 1JCJA 1LROA 1SO4A 1TQXA 5E0KA 3WK1A 3O8AA 5G2IA 1O5XA 2ZCGA 4BR1A 4S2CA 1EWDA 1H7RA 2BXVA 3LTYA 1F6PA 1P0NA 3TH6A 3W88A 5CSRA 3W1UA 2GUUA 4NNCA 1Y0EA 4M6QA 3WJSA 4FB7A 1RPXA 3OBKA 2Y70A 4PL1A 4HNTA 4ML9A 1KLZA 1GG1A 3NL2A 1YDOA 3PSWA 1EPXA 4FX7A 4NJHA 4WJEA 3W86A 5J5RA 1EWEA 5AHMA 3NG3A 5HWJA 4IMGA 4WUIA 3S6DA 1H62A 2QCDB 4MFEA 3DKJA 4RKAA 5TIMA 1TB3A 1TV5A 1THFD 1UUOA 1LOQA 3F4NA 1I2QA 1GVFA 3EKLA 1SFJA 1RVGA 1XXXA 3BARA 2H8XA 4OT7A 3CEUA 3CB8A 3N2MA 1ZNNA 4ZQMA 1M6JA 4ICNA 1T0OA 5KSWA 1JULA 4LWWA 1S5TA 1QNVA 2WJZA 1JCXA 1PCWA 1ZAIA 3U8GA 2CWNA 1TMHA 2JKEA 3BW3A 2OT0A 1R47A 1SR9A 4P61A 3DFOA 1R30A 3HPSA 3CM4A 3IEBA 2Y7DA 3QYQA 4JX5A 3EX6A 3WJYA 4YWIA 3S1VA 1N7KA 3STFA 4NJIA 1W31A 4CQ8A 5CPOA 3FIGA 2XN2A 4S2BA 4PL2A 4RCXA 3BV4A 1C29A 3BVJA 4BI7A 4O1BA 4Z08A 1TTPA 4Q32A 3EKZA 4DPPA 1B9BA 1D9EA 4HSNA 3PAJA 3O6YX 3QMTA 4AXKA 2RHGA 3QMSA 4JTFA 3TSMA 1PV8A 5CKSA 5DY3A 2QEZA 3NM3A 3KRZA 4HT3A 3P5ZA 3G18A 4LS2A 3E12A 2Z1BA 3KXQA 1K02A 1UASA 2W0UA 3VKJA 3L0NA 4IJBA 3GNDA 5D38A 4FNPA 4QJ1A 4MY9A 1EP2A 5F1VA 3PBWA 4UFLA 2FTPA 4O19A 4TR9A 5AOUA 2HSAA 2FPYA 5F4SA 3QQ0A 4DQWA 4NU7A 1ADOA 1VC4A 4M19A 2W79A 1T99A 1K7EA 3M43A 5G5IA 3S9YA 4GUJA 3C3NA 5F4WA 1OF6A 4K36A 3CU2A 3IIVA 1UB3A 4QIUA 6ALDA 1IXOA 1GT8A 2JKAA 3W87A 3NZRA 3EWZA 4OQVA 2ABBA 3IIPA 1QO2A 3NQMA 2C1HA 3P81A 4KWVA 3DENA 2Y62A 3GXPA 5F1UA 4QSHA 1KFBA 3CT7A 1AL8A 1QMLA 4K6AA 1HO4A 3NL5A 4QISA 5D33A 1OFEA 1JR1A 2GVJA 2V5BA 4O1DA 1WV2A 3HG3A 1VCFA 2DJXA 3ZFHA 1EP1A 2H6RA 3SI9A 1JJKA 4G1KA 4O52A 4ZL1A 1LDCA 2J24A 1W5NA 4POCA 3TR2A 1E51A 1TPFA 4BI5A 3EWUA 4CQAA 3B0UX 3OVRA 3LCIA 1YDVA 4JTKA 1H61A 5A8GA 2DU2A 3LX9A 5DXYA 1S3HA 1EB3A 2A7RA 4B5NA 1N8FA 2EGZA 3EXTA 1WYIA 3Q2DA 3LB0A 4AEOA 4UTLA 4NJGA 5EKYA 2ZBTA 1X1OA 2YFNA 4ZQPA 3PBYA 4QNEA 3TV8A 3CPRA 3QFEA 1FUYA 5CPMA 1R46A 3MW7A 4ZQOA 4Z0SA 2QUTA 3MHFA 2ZRXA 3GLCA 3C2OA 1TJRA 3SECA 1JQXA 1EA0A 4TIMA 4O1AA 4LRSA 4JYEA 5FEZA 2R91A 4UXDA 3W07A 4X2RA 1YTDA 3W7LA 1UCWA 1H7WA 2X16A 3TSBA 3FJ6A 3K30A 3W2LA 4NXKA 1IXQA 1G4EA 4P2VA 3BG3A 4O8RA 1R2SA 3DI1A 3FLUA 1XDMA 5EBUA 2FB3A 4ADUA 4OBTA 1QPRA 4AAJA 2J9XA 2CU0A 4IQLA 1LOSA 3HBLA 4ZMGA 3GYEA 3W9ZA 4UR7A 1GTHA 4JEQA 3MO7A 1Q6OA 2NLIA 3LM7A 4RXGA 4ADTA 3R8RA 2OCZA 3W1RA 3UWUA 3W74A 2ZZ2A 4O28A 3T44A 1YXDA 1EIXA 5AHNA 1KFLA 3UPBA 3PR2A 3M41A 5D2VA 1L6SA 4DXVA 3VE7A 4AHOA 1NF7A 2JKPA 1BKSA 3TMLA 3W1LA 5LNUA 1MEHA 3BLEA 4K8HA 1SZNA 1OG0A 1KFKA 1F74A 3FKKA 1I8JA 4FNQA 1T8XA 3WJWA 4UTUA 2E5BA 2B0MA 2J6XA 1KM6A 3O6CA 1BEUA 1NEYA 5I3FA 3C2RA 2RKXA 2YW3A 3R89A 5AHIA 3TJLA 3TAKA 4MJMA 5K3VA 3M47A 1I2PA 5EPDA 2VEMA 2C6QA 4FF7A 3EB2A 1W3NA 1UBSA 5CZTA 2OJPA 5SWUA 4C1LA 3EWXA 1T96A 2CLFA 2HS6A 3L68A 1EEPA 4YMZA 2B4GA 1FWTA 3TQVA 4DBDA 1ML1A 3THQA 3LCLA 1HL2A 1LOLA 2Z0IA 5FI8A 3W2JA 2GQ8A 2W6RA 2PRLA 4NZJA 4ZQRA 4PH6A 2EPHA 2GPTA 3CWNA 4JX6A 1TPC1 5D2WA 3TE9A 4N6FA 3T7VA 4PA8A 2QCEA 3PM6A 4KFOA 5D32A 3H55A 4JTEA 2YZRA 3DI0A 2HMCA 3NYZA 1BWLA 1OFRA 1RR2A 2GJNA 3THAA 3ZWTA 1G7UA 3NOEA 1SSGA 2DZUA 3C52A 4UFHA 2RDWA 4NX5A 2QCHA 4X9SA 2CLIA 2J9YA 4J9JA 4UC5A 5CGQA 5G2HA 3C8FA 5HNRA 4FX6M 4JN6A 4GWEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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