The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
33
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YZB A; 3SDL A; 1XNR O; 4LF4 O; 4B3R O; 4X65 O; 4DV3 O; 4LF9 O; 2ZKO A; 3J80 N; 4LFB O; 2UUC O; 5BXZ A; 4B3S O; 5H5N A; 5LL6 Y; 1G1X B; 3O65 A; 1A32 A; 4LF5 O; 2AGA A; 4B3M O; 4JI1 O; 4DR7 O; 1AB3 A; 5IWA O; 2Z0A A; 1FKA O; 4DR1 O; 2UUA O; 1FJG O; 2UXD O; 3RT3 C; 4X64 O; 4DR5 O; 4LFC O; 2F4V O; 5LMN O; 4GKK O; 4K0K O; 4DV7 O; 4DV0 O; 4DR6 O; 4YHH O; 4NXM O; 1XMQ O; 4JI3 O; 5FLX N; 4JI6 O; 4JV5 O; 1XMO O; 4GKJ O; 4NXN O; 1FYJ A; 2HHH O; 1N33 O; 4KHP O; 1D2D A; 2DJV A; 4DV2 O; 1IBL O; 2VQE O; 2FKX A; 4LF8 O; 4JI5 O; 1N36 O; 4YY3 O; 4JI7 O; 5LMU O; 5A2Q N; 2UXB O; 4DR4 O; 4DV1 O; 3M8A A; 4JI8 O; 3J7A U; 1N32 O; 5BY1 A; 1IBM O; 4B3T O; 2JRI A; 3J81 N; 1R1B A; 1NS1 A; 1DK1 A; 5BR8 O; 1XEQ A; 2UUB O; 4DV4 O; 4LF6 O; 3JAM N; 4DUY O; 1AIL A; 4DV6 O; 1R6T A; 1HNX O; 4A5U B; 4LF7 O; 4OPH A; 5IT9 N; 2UU9 O; 4LFA O; 4OX9 O; 1N34 O; 1I94 O; 3F5T A; 2VQF O; 4X66 O; 1HNW O; 2DOS A; 1KUQ A; 4X62 O; 1F7Y A; 2ZM6 O; 1XNQ O; 4JYA O; 2UXC O; 2LW7 A; 4JI4 O; 4AQY O; 1HR0 O; 1J5E O; 3T1H O; 4DR2 O; 1HNZ O; 3T1Y O; 4JI0 O; 4DUZ O; 4DV5 O; 3OTO O; 4DR3 O; 1X59 A; 3R66 A; 2E5L O; 4OPA A; 2N74 A; 1IBK O; 4JI2 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 5HFM A; 2NLJ C; 4LH6 A; 5C93 A; 2LQT A; 1XMQ B; 5CA3 A; 3DXR B; 1XNR O; 4MVZ A; 1XDC A; 5B1O A; 3ZMU A; 1PP9 H; 5E1A C; 4MVU A; 2PI4 A; 1MG1 A; 4LCU C; 5FNV B; 3FFQ A; 4B7E A; 2N04 A; 4LFC O; 5KUM A; 3RFR A; 3A0H Z; 1EZV H; 2HLD G; 4TV8 A; 2LW1 A; 4NXM O; 2HR3 A; 4PA3 A; 2RCV A; 2IW5 A; 3CWB H; 1IBM B; 5CB4 A; 1QLE B; 4MTO A; 4NTY A; 3APQ A; 3D3I A; 2RJZ A; 1ZTE A; 1IXM A; 2HVK C; 2IM9 A; 2ZE8 A; 3RWR D; 5CMU A; 1GM7 A; 4JI5 O; 1Q43 A; 2UU9 B; 1MA1 A; 3OW2 U; 3SPC A; 1OCC B; 1HW7 A; 4NTX A; 1UPG A; 4HZ3 A; 4YIP A; 5IY5 C; 1K92 A; 3WB0 A; 1N32 O; 1WA8 B; 2JRI A; 1KP2 A; 4J42 A; 2PZS A; 5HFL A; 2VWJ A; 3T1Y B; 2PTM A; 2EIL B; 4FFB A; 5CBH A; 1KP3 A; 1ROP A; 3E8H A; 3M99 B; 4OX9 O; 1N34 O; 4WF9 V; 1F51 A; 2YIB D; 1P84 F; 2XAH A; 1SF9 A; 1LUV A; 4CH3 A; 3CCM V; 3RYI B; 3VQV A; 3T2M A; 1SS3 A; 3HKB B; 2WSS G; 4O4J B; 2P90 A; 2FL4 A; 5LP6 B; 2Y4U A; 1SA0 A; 2IU0 A; 1JOY A; 4R6Z A; 1NU1 H; 4UV8 A; 4B3M B; 3OFN G; 3QO8 A; 2WLI A; 4IYI A; 2N74 A; 4X64 B; 2BE3 A; 1QHT A; 3LSU A; 2YEV B; 1UJW B; 1VP7 A; 3E22 A; 4DR6 B; 2YI8 A; 4JV5 B; 4XDL A; 2P06 A; 3D36 C; 3EHB B; 2P4V A; 3P3N A; 1VQN V; 1A32 A; 3JAW A; 5LA6 B; 1AB3 A; 4CH6 A; 5IJ9 B; 4JTC B; 1FJG O; 3HPL C; 4ZI7 A; 2A3Q A; 2Q0O C; 4H44 B; 2F43 G; 1S72 V; 1VEW A; 2QM4 A; 2E75 B; 2V1D A; 4DV2 O; 4DV4 B; 1KBH A; 2XHB A; 3OEE G; 5B1B B; 1R73 A; 3CCQ V; 4DUY B; 5KA5 A; 3G4S V; 1BZK A; 5EC2 C; 5LMU O; 3ZBH A; 4O4L B; 4X66 B; 1YEW A; 2Y4T A; 2QWO B; 3HB3 B; 3EXA A; 4DK1 A; 4MTG A; 3SGI A; 5B1N A; 5EZY B; 4F6R A; 1XHX A; 1VF6 A; 1AR5 A; 1AJQ A; 3B77 A; 3L75 H; 3SPI A; 4JAA A; 2IBZ H; 4LFA O; 1OHH G; 1E1Q G; 3DSQ A; 5L3C A; 3ICX A; 3E35 A; 1HWY A; 3IJ4 A; 3HKE B; 4UCT A; 2UXC O; 3ABU A; 2P6J A; 4X1Y A; 1BHA A; 4DV3 B; 4UVC A; 1SQF A; 2QM7 A; 2YXL A; 1KU9 A; 2QGN A; 4WBN B; 3RVY A; 3BA8 A; 1IBK O; 1MNG A; 2AXT Z; 2JJ2 G; 4DV7 B; 2LGW A; 2WLJ A; 4YHH B; 1YF2 A; 3AG3 C; 4JI3 B; 2A0L A; 1RSO B; 4GCZ A; 1BQZ A; 2ZIM A; 5IY5 B; 2UUC O; 5B1A C; 4X89 A; 2YXY A; 2LFR A; 3LDD A; 1G1X B; 2NN4 A; 4GX0 A; 4IHJ B; 2AGA A; 2KG7 B; 5KA6 A; 3JAL B; 1H2M A; 3FAV A; 4CC5 A; 4HYO A; 1GTO A; 2GUZ B; 3OUS A; 2HHH O; 2Q6A A; 4RAI A; 5IJ0 B; 3B8M A; 3JAS A; 1NH2 D; 1ZX3 A; 4YY3 O; 4UFZ A; 2MK3 A; 4JAV A; 1VQO V; 5H9C A; 5KMG A; 3QVN A; 4UXN A; 4UUJ C; 3TXS A; 4JI4 B; 4B3T O; 1FFX A; 1J5E B; 5BR8 O; 2EIJ C; 2UUB O; 4JZ2 A; 2CGO A; 4LF6 O; 3OMN B; 3HR0 A; 4DV5 B; 2OT5 A; 2LO1 A; 1HNX O; 2AZ0 A; 2YIA A; 2CE4 A; 1Y4M A; 3TJT A; 1Q5O A; 2XAQ A; 3K5N A; 4X20 A; 1SQG A; 3E86 A; 4JYA O; 3MHH C; 4TSF G; 5ITZ A; 4J80 A; 3H1I H; 3VQX A; 4TT3 G; 2JGU A; 4AHC A; 3JD2 A; 5C8Y A; 4FFK A; 1FD9 A; 3ABL B; 4CH4 A; 4O2B B; 1MOF A; 4DRX A; 1P49 A; 3F7V C; 1YVW A; 4PI0 A; 2F4V B; 4TUY A; 4DV0 B; 4ZOL B; 4C7U A; 2DE0 X; 5CA0 B; 4I9W A; 2QEX V; 2KB1 A; 3A0B Z; 1XHZ A; 1CPY A; 1O9H A; 3F7Y C; 5H5N A; 1TUB A; 1FXK C; 4FZ0 A; 1M4U A; 1K5Q A; 4DR1 O; 2XND G; 1PL0 A; 1ZWI C; 3K5M A; 3CX5 F; 4QIW F; 1WP8 A; 2M6Y A; 2W6J G; 4LBE C; 1GK9 A; 1Y76 A; 5IDJ A; 4UCV A; 2ITC C; 4O2A A; 1MSD A; 4TV8 B; 5GTH Z; 1IBL O; 1PPJ H; 4GT1 A; 5GON A; 3FD9 A; 2JGD A; 5CB4 B; 4P2Z A; 1NH2 B; 1N36 O; 2BSK A; 3N27 A; 1M90 W; 2VQF B; 3GWK C; 4WFG A; 4FZ1 A; 1RPR A; 2YXH A; 2UXN A; 4BIU A; 1Q7Y W; 1R3L C; 1NS1 A; 1NT2 B; 2Y69 C; 3U0Z A; 3W7X A; 5LGT A; 1VQ4 V; 1SKV A; 3AG3 B; 4K8X A; 3ABK C; 1YIJ V; 5LGU A; 2E5L B; 1V55 C; 3C3T A; 5IT9 N; 1KKD A; 4QE9 A; 4PA4 A; 4JI2 B; 1K3E A; 4FFB B; 1G8M A; 4FM2 A; 1U97 A; 3BRC A; 1XNQ O; 2BTQ B; 5L3B A; 1HR0 O; 5EBW C; 3N2G A; 2JK5 C; 3SYQ A; 2ARH A; 3I5D A; 2QKC A; 4LP8 A; 4DR2 O; 4MVR A; 3K06 A; 1M93 A; 1AI6 A; 4Q6G A; 5LHI A; 4XDK A; 2R72 A; 3C90 A; 2LP7 A; 3JYC A; 2UUA B; 1VQ6 V; 1QBZ A; 2HJD A; 4I0X A; 4GKK B; 4K0K B; 2ZE5 A; 4LWS B; 1LUW A; 3UCS C; 5JJJ B; 1B06 A; 3LSQ A; 4YJ3 A; 1HP8 A; 4G27 B; 1BCC H; 2EX3 A; 3AG2 C; 2DW4 A; 4X9Q A; 1N33 B; 1VQ8 V; 1Z5V A; 5BMV B; 1Q3E A; 2HKO A; 4LF5 O; 1H2G A; 2EIJ B; 4JTA B; 3UT5 A; 1S77 D; 1FKA O; 4I50 A; 1WNS A; 4DR5 O; 3JD0 A; 1BL8 A; 3E8B A; 1BT8 A; 1SER A; 1THZ A; 3CE2 A; 3K0D A; 2B5U A; 1NJI W; 1KC8 W; 1KMI Z; 4IT5 A; 4UVB A; 1CXZ B; 4ZI7 B; 4MTX A; 4QGP A; 5LYJ A; 3DTU B; 5LOV A; 2QE7 G; 4PDL A; 4JI7 O; 1WPB A; 3KKY A; 2P22 C; 2CH7 A; 1EZJ A; 3M8A A; 4IL6 Z; 4DV1 O; 1HNW B; 1KKC A; 3I56 V; 5EBL C; 4IGG A; 5LP6 C; 1PM9 A; 3SR2 C; 1XBL A; 3H1L H; 3AG7 A; 4R50 A; 1WB8 A; 3IAY A; 4DO2 A; 4HBN A; 3SPH A; 1YTF D; 4JI0 B; 3ZMT A; 4ZHQ B; 1VF7 A; 3RN4 A; 5JVD A; 3ABM C; 1SZT A; 2CK3 G; 1NTM H; 1ENV A; 4FPP A; 1H38 A; 2EZP A; 2B1I A; 4UB6 Z; 1FXK B; 2DOS A; 3CRR A; 3STL C; 1JA8 A; 4X65 B; 3OR6 C; 5H6Q A; 1K34 A; 3SYO A; 2XOK G; 4CBC A; 1Y74 A; 1URF A; 2QWP B; 3HKC B; 1MAB G; 3ZX6 A; 5KLV H; 4TWK A; 4LF4 O; 1XMO B; 3AK3 A; 1PNK A; 2ZKO A; 1AJN A; 4W4K A; 2QTO A; 3ETE A; 1LR1 A; 4MS2 A; 2VQE B; 2X6C A; 2DMX A; 2Y69 B; 4FMT A; 4PDR A; 4JI1 O; 3TGU H; 4PV1 B; 3CCS V; 1BQ0 A; 2UXB B; 3O9O A; 5LMN O; 1F4N A; 1BSM A; 4QJF B; 3TCU A; 1V55 B; 3K0G A; 3SPJ A; 4JAU A; 2ZR2 A; 1XIL A; 3CS5 A; 4UVA A; 3B09 A; 4ASU G; 1L0N H; 4P9P A; 4KHP O; 5KX5 A; 2VRZ A; 4KL1 A; 4YJ2 A; 2X6A A; 2YDE A; 3QO7 A; 1VAR A; 3L70 H; 4I55 B; 4J9Y B; 2K1E A; 4RUE A; 1HDJ A; 3E83 A; 4UCU A; 4J7K A; 3W7W A; 4FK5 C; 2Q73 A; 5KAI Z; 3ZMZ A; 2H8P C; 1VMG A; 4KXR A; 1Q81 W; 3KCX A; 1VQK V; 4BAY A; 4CC6 A; 2F95 B; 4LNU A; 5KAF Z; 3RW0 A; 3CCE V; 1YTF B; 1PV0 A; 1GM8 A; 2JIZ G; 3AG2 B; 1G6U A; 4LF7 O; 3S3W A; 2Y48 A; 1NBM G; 2F1M A; 4UCR A; 4H33 A; 4X62 O; 3BHP A; 2ZT9 B; 2HJF C; 1RM1 B; 1XNR B; 5FPO A; 4I7Z B; 2QWR B; 2EIM C; 1TGO A; 4I5S A; 4QPJ A; 3CPW U; 5ITZ B; 2PI5 A; 4DUZ O; 3OTO O; 3SYA A; 5KHJ A; 1K33 A; 1L8D A; 1GKF A; 4LFC B; 4RUF A; 3G71 V; 2R70 A; 1IVS A; 4NXM B; 4JAS A; 3W7S A; 3ZRW B; 4RO2 A; 1NKD A; 4DYL A; 1GRJ A; 4TUY B; 3N2K A; 4KFM A; 3QG5 A; 2Z5U A; 3E8F A; 4HNA B; 2XAJ A; 4F4L A; 4JI5 B; 5L3F A; 4G2K A; 5IYZ A; 2V4D A; 3ABM B; 4I9Q A; 1WP7 A; 1N32 B; 4JI6 O; 2QA4 V; 3H9V A; 1M9N A; 4B7K A; 3T4D A; 4EB6 A; 4GKJ O; 2ZDI A; 5H2F Z; 4NXN O; 1ZAU A; 1K5S A; 1YHQ V; 3G6E V; 3CCJ V; 3U11 A; 4ICG A; 3JAK A; 1Y76 B; 5DEC A; 4IIJ A; 2ILM A; 1NI8 A; 4O2A B; 1JQ0 A; 4OX9 B; 1N34 B; 1NZ6 A; 3UKM A; 3RYH A; 3CJH B; 1ZUQ A; 5GON B; 4JI8 O; 2JGD B; 2W0F C; 3I55 V; 2BSK B; 4WFE A; 3J81 N; 2QSA A; 3OR7 C; 1YDX A; 3WG7 C; 1QR8 A; 3EVK A; 4O4I A; 2QM8 A; 3ABL C; 2JJ1 G; 4MW3 A; 4UCO A; 5KHK A; 5EK0 A; 2QTS A; 3IC7 A; 5B66 Z; 2NR5 A; 4MVS A; 2ZNI A; 2OYQ A; 4K3A A; 2V7Q G; 4MVO A; 5LXT B; 3AK1 A; 3K9A A; 2GV9 A; 5B5E Z; 3CXH F; 4GZR B; 4RWU A; 3M7M X; 1WB7 A; 4RQE A; 3L9D A; 1P7G A; 5K1P A; 1FJG B; 4PA7 A; 4PDV A; 3OD4 A; 2UXX A; 3DGE A; 1NTZ H; 5KHI A; 4U7N A; 4B3R O; 4FVM A; 2WLH A; 2X7R B; 2Q7E A; 4EFB A; 2OTL V; 3ZN1 A; 4DV2 B; 4JF3 A; 3W7T A; 2JDI G; 1SES A; 1IX9 A; 4DR7 O; 1PNM A; 3C3S A; 1GAX A; 5DN6 G; 5LMU B; 1K4C C; 1GN6 A; 3R65 A; 4X1K A; 1AI7 A; 4I50 B; 1GN4 A; 4EKW A; 1EBO A; 4DW1 A; 2RDC A; 2FKX A; 1OCR C; 2EIM B; 1KEC A; 1E79 G; 3GB7 C; 3RBZ A; 4X1I B; 4JYY A; 4LFA B; 2ZCE A; 3ABT A; 4DR4 O; 5LOV B; 4TV9 A; 1NVP D; 1S0V A; 5H6R A; 2UXC B; 1XQ8 A; 5BY1 A; 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3K57 A; 3D3Q A; 3K04 A; 1RPO A; 4WCE V; 2YC0 A; 3CC4 V; 1Y67 A; 5EYP A; 4D7T A; 3CCV V; 2YEV A; 4J41 A; 4R8C A; 4R7C A; 4U3F H; 1JMK C; 4EFE A; 1T5E A; 1R3I C; 2N05 A; 5L3G A; 1F7Y A; 4Z1M G; 3VQY A; 1DLB A; 2LW7 A; 3A0R A; 3PJS K; 2P5O A; 1HNZ O; 1EN5 A; 4XBF A; 3IC9 A; 3CYO A; 3H1J H; 4DR1 B; 1YCI A; 1EN6 A; 1OCR B; 2GSM B; 1I08 A; 2XTA A; 2UXD O; 1KB9 F; 2B9Z A; 2X6B A; 4MW8 A; 1DF4 A; 3TXQ A; 4FLU A; 3LSS A; 5GTI Z; 2HP8 A; 1WAZ A; 2JVD A; 4LF9 O; 2EJR A; 3MAQ A; 1EFR G; 4O4L A; 2WAM A; 1COW G; 5LL6 Y; 1IBL B; 3JSL A; 4IYH A; 3N2K B; 3ZHV A; 1N36 B; 3DC5 A; 1J95 A; 1SA0 B; 1Z2G A; 5EZY A; 2ZXW B; 4U3J A; 2B1G A; 2FB5 A; 2RNB A; 1W0J G; 5IYD O; 2WLI B; 4GX1 A; 2XT9 A; 5IYZ B; 5EC1 C; 3E22 B; 3CRQ A; 3HKE A; 5AG2 A; 1VIB A; 4LF8 O; 1MMM A; 5B3S C; 3BFR A; 5A2Q N; 1RM1 C; 3ASO B; 3JAK B; 1N0N A; 3JAW B; 4IIJ B; 1NTK H; 1GN2 A; 1XNQ B; 3MDS A; 1K7D A; 2AW9 A; 4WBN A; 4NB5 A; 3CCR V; 1HR0 B; 2PYL A; 4DR2 B; 3CCL V; 4PA9 A; 1US6 A; 1R6T A; 3CEI A; 1RSO A; 2XAS A; 2ZD9 A; 1BS3 A; 2ZM6 O; 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