The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| total genus |
31
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1R1B A; 1XNQ O; 1HR0 O; 1XMQ O; 4DR4 O; 4JI6 O; 2Z0A A; 4OPH A; 5IT9 N; 4NXM O; 1YZB A; 2UU9 O; 4DV1 O; 2DOS A; 1FJG O; 4DV3 O; 2UUA O; 4DR5 O; 2UXB O; 1N36 O; 4OPA A; 1J5E O; 3J81 N; 1IBM O; 1N33 O; 4JI8 O; 2DJV A; 1KUQ A; 4JI3 O; 1FYJ A; 4X66 O; 4DR3 O; 1FKA O; 2FKX A; 4DUY O; 4YY3 O; 4LF6 O; 5LL6 Y; 4LF9 O; 4LF4 O; 1DK1 A; 3F5T A; 1R6T A; 4X62 O; 4LFB O; 2UUB O; 4DV4 O; 1IBK O; 2ZKO A; 1XEQ A; 3RT3 C; 4DUZ O; 2UXD O; 4AQY O; 2E5L O; 3OTO O; 1N34 O; 1HNX O; 3JAM N; 4B3R O; 4LF7 O; 4JI1 O; 4DV5 O; 4DR1 O; 4X64 O; 4YHH O; 4LF5 O; 1D2D A; 2VQE O; 5A2Q N; 4DR7 O; 5FLX N; 4DR6 O; 4X65 O; 1XMO O; 1XNR O; 4B3T O; 4DV2 O; 2HHH O; 5BR8 O; 4LFA O; 1HNZ O; 4B3S O; 5LMN O; 4NXN O; 4JI5 O; 2LW7 A; 2VQF O; 4DR2 O; 1N32 O; 4JYA O; 2N74 A; 3J7A U; 4JI7 O; 4LFC O; 4JV5 O; 4DV6 O; 4K0K O; 5BY1 A; 3J80 N; 5LMU O; 1AIL A; 5H5N A; 3T1H O; 4JI2 O; 4KHP O; 1HNW O; 1G1X B; 4JI0 O; 1I94 O; 4A5U B; 2ZM6 O; 2UUC O; 4DV0 O; 4GKJ O; 4DV7 O; 3SDL A; 1AB3 A; 1A32 A; 1IBL O; 4LF8 O; 4JI4 O; 2F4V O; 4GKK O; 1F7Y A; 2AGA A; 3R66 A; 5IWA O; 2JRI A; 1X59 A; 3T1Y O; 5BXZ A; 1NS1 A; 2UXC O; 4B3M O; 4OX9 O; 3M8A A; 3O65 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3O9O A; 2ZCE A; 1RSO B; 1WP7 A; 1GK9 A; 1FXK A; 2V4D A; 3ZIA G; 2OCC C; 2JGD A; 1SQB H; 3U11 A; 1N4C A; 4EEQ A; 1MAB G; 2FB5 A; 1UPG A; 5JVD A; 2EIM B; 5KHG A; 2EX3 A; 2VRZ A; 1XRE A; 1RPR A; 4JTD B; 4MT8 A; 4HAM A; 1R3J C; 1DF5 A; 5IE9 A; 4LFB O; 1EM1 A; 2OT5 A; 3D3Q A; 1YJW V; 3QG5 A; 2WLI A; 4DUZ O; 4BIU A; 2Y4U A; 4AQY O; 2E5L O; 3OTO O; 1JX9 A; 4B3R O; 2YSU B; 2Y69 B; 1MZF A; 1FS0 G; 4H33 A; 1D2D A; 1JJO A; 2VQE O; 1NJI W; 1Q43 A; 1QR8 A; 4ZBM A; 3AG1 C; 1PL4 A; 5LYJ A; 1E79 G; 4PHZ A; 3OGC C; 1XNR O; 4NTW A; 1FXK C; 4IT5 A; 2WA3 A; 1O9G A; 3ZMU A; 3OTF A; 2P06 A; 4X20 B; 4IHJ B; 3ZCC A; 2HFE C; 1QU7 A; 2F4V B; 4TOI A; 1BS3 A; 5EIB C; 1I94 O; 3TGU H; 4MW3 A; 3CXC U; 1SER A; 1EN5 A; 1H2N A; 3ZRS A; 4GKJ O; 1YVW A; 1NH2 D; 2F43 G; 1XI1 A; 1GN3 A; 3QTC A; 4LFB B; 5IYB O; 1BT8 A; 2F93 B; 3QO7 A; 2KQX A; 2AHY A; 5LXT B; 4DUZ B; 1GKF A; 1S5J A; 4AQY B; 3M8A A; 2XAS A; 2E5L B; 3OTO B; 4BIO A; 1R1B A; 4TQF A; 1CEZ A; 4MVR A; 4B3R B; 2BSK A; 3LSS A; 4FLZ A; 2DWE C; 2YIB D; 1K8A W; 2P4V A; 2VQE B; 2IW5 A; 4DV1 O; 1WB8 A; 5JJN B; 1K33 A; 2UUA O; 1R3K C; 1XNR B; 2ZNI A; 1IXB A; 2XND G; 2OIG A; 1M56 C; 4JF3 A; 2XTA A; 1SC5 B; 4FLV A; 1TAE A; 2BCC H; 1PP9 H; 2ZDI A; 4EKW A; 2W6J G; 1OZ0 A; 4ZIB A; 3WB1 A; 5LGN A; 3H1H H; 3QVN A; 2AHZ A; 4B08 A; 2YDE A; 3K5N A; 1Q81 W; 1CXZ B; 1I94 B; 3ZN1 A; 4FFB B; 1CP9 A; 3ETD A; 4DV2 B; 3WB2 A; 4GKJ B; 5L3B A; 4JI5 B; 5E1A C; 3N2K A; 4WFE A; 4JI1 O; 3OFN G; 4LF5 O; 2Q7E A; 4IYH A; 3DC5 A; 3ZRW A; 3H1I H; 3D8C A; 5GON A; 3C90 A; 3X2Q B; 5EYP A; 3T1H B; 1K4C C; 5KHH A; 4IIJ B; 1H2M A; 1SQV H; 4UCT A; 1R3I C; 1N32 O; 4DV1 B; 3P3N A; 1VQM V; 4P30 A; 3P32 A; 1TUB B; 4ABM A; 2UUA B; 3A0R A; 1P7B A; 3RFR A; 4CZZ A; 3JAK B; 3CC2 V; 3C3T A; 3OD4 A; 2ZDI C; 1SKV A; 4J9Z B; 4KXR A; 3K04 A; 1ZLZ A; 1H2L A; 3RN4 A; 1KD1 W; 2EIN C; 5B3S C; 4DV7 O; 2RJZ A; 3MHS C; 2RCV A; 4CS2 A; 5CBH A; 1XBL A; 3SJA C; 4LP8 A; 3E83 A; 3K06 A; 2UXC O; 2DQ3 A; 3RYC A; 3BAB A; 3K79 A; 3T4Z A; 1AR5 A; 4JI1 B; 1Z5W A; 4LF5 B; 1TGO A; 2QKA A; 1YHQ V; 3T4D A; 1JQ0 A; 5B1B C; 4O4J B; 4JI8 O; 4H44 B; 3CCE V; 1N32 B; 3ZHQ A; 1KUQ A; 2F23 A; 4CH5 A; 5LGT A; 1XHX A; 2FKX A; 3IJ4 A; 1Y67 A; 4MTX A; 3VOU A; 4WFB V; 3CME V; 1SZX A; 2JEU A; 1GM9 A; 3CCM V; 5LP6 B; 3FYI B; 5CB4 A; 2NNU A; 3HKB A; 4EB6 B; 3JAM N; 4DV7 B; 3P3P A; 4NB5 A; 3D36 A; 2V7Q G; 2QKC A; 4DR7 O; 5CA3 A; 3CRQ A; 4JAS A; 2UXC B; 3L73 H; 1U96 A; 1Q90 D; 2CH7 A; 3AG4 B; 4NVP A; 4UV9 A; 2JS5 A; 2DYS C; 4DYL A; 3RVY A; 2ODM A; 2DQ0 A; 2WLL B; 3J80 N; 4PI0 A; 3ZX6 A; 4U3F H; 3BA8 A; 2KKW A; 5J2T B; 1H8H G; 2KG7 B; 4FJC C; 4AHC A; 3U10 A; 4DO2 A; 4JTC B; 4JI0 O; 4JI8 B; 3BCC H; 4UB6 Z; 1XUQ A; 4ZHQ B; 4JTA B; 3E86 A; 3JAT B; 1QQC A; 3SJB C; 3HKE A; 1SQP H; 1F4N A; 3FFQ A; 1JJ2 U; 1WP8 A; 2ZR3 A; 3KG2 A; 2JRI A; 1HWY A; 1NS1 A; 4OX9 O; 1K7D A; 3K08 A; 3D36 C; 2QGN A; 4NTY A; 5D5Q A; 4KFM A; 3ABL B; 3H1J H; 3G4S V; 2K1E A; 1OV9 A; 3NR7 A; 1V54 B; 1YZB A; 4DR7 B; 3Q4H A; 2B1G A; 2IJJ A; 2QE7 G; 4O4H A; 2EIJ B; 4I55 B; 3KZI Z; 4OPA A; 1Q86 W; 3FB8 C; 1I0H A; 3ZHT A; 4XDL A; 2WLN A; 1YIT V; 1Y74 A; 4X66 O; 2IH3 C; 4LR3 A; 4LF9 O; 4KUM A; 1WA8 A; 1D5N A; 2EIK B; 4JI0 B; 4LC1 A; 2OIE A; 2XOK G; 1GRJ A; 2PGG A; 3OUS A; 4X65 B; 3H1K H; 2ZKO A; 4E4E A; 2VWJ A; 1NU1 H; 5CA0 B; 3JAW B; 4UUJ C; 3VBB A; 5IYZ B; 4CS4 A; 3N2G A; 3T1C A; 5B1O A; 3LSQ A; 5FLX N; 1URF A; 3CB2 A; 1KKC A; 1I08 A; 1K5S A; 2ZXW C; 4K8Z A; 5BR8 O; 2P7T C; 4KP4 A; 3WG7 C; 2LFR A; 4O4L A; 3RYH B; 5IYD O; 3ABT A; 2ZE5 A; 3SYO A; 3PJS K; 5EBM C; 1JPX A; 2ADQ B; 1OCZ B; 3G80 A; 4GYC B; 1R6K A; 4BW5 A; 4MTG A; 4FFK A; 2XT9 A; 4JI2 O; 4CH6 A; 3UO2 A; 1H2G A; 3NXS A; 3G71 V; 2QM8 A; 4N21 A; 5JQG A; 2LGQ A; 1FXV A; 4X66 B; 4X1Y A; 4HNA A; 2X6B A; 5FPO A; 5KHK A; 4QNH B; 4TV8 A; 2BTO A; 1AI6 A; 3JD4 A; 4LF9 B; 4J10 A; 4O2B B; 4ZI7 B; 2CTR A; 4YIP A; 1VEW A; 1RP3 B; 1KYO F; 3SGI A; 2JS3 A; 1HR0 O; 3ASN C; 4D7T A; 5IT9 N; 2R9I A; 3JAS B; 4I0X A; 2JJ2 G; 2YI8 A; 4DV3 O; 5BR8 B; 1JFF A; 5DN6 G; 4JAU A; 2OWO A; 4DXW A; 2ZIM A; 4J7J A; 5L3C A; 1FYJ A; 4HZ3 A; 1SS3 A; 4JI2 B; 2OCC B; 1L8D A; 4I9W A; 1ZWI C; 5CA1 B; 4WFF A; 1V9P A; 3B09 A; 3W7T A; 4O2A A; 3W7S A; 3RT3 C; 1KKD A; 4YIO A; 4YHH O; 3E22 A; 1EBO A; 2XAG A; 1S72 V; 3FB7 C; 4O4I B; 1Q6U A; 1GM7 A; 1AR1 B; 4F4L A; 4B3T O; 4I50 B; 4DRX B; 3DGE A; 1HR0 B; 4HYO A; 5IJ9 A; 4FVM A; 3EFF K; 4LFC O; 3ABU A; 3JAL B; 2KSD A; 5IJ0 B; 3W7W A; 5DEC A; 1NKD A; 1MZE A; 1XOU A; 2WWW A; 4I4T B; 4DV3 B; 3HR0 A; 1ROP A; 5F2V O; 2ZE7 A; 1YTF D; 4FZ1 A; 5A9G A; 1HNW O; 1B04 A; 2W6I G; 2DYR C; 3AG1 B; 1HDJ A; 2Q0O C; 5HFL A; 5J2U B; 5C8Y A; 2OTL V; 1UFI A; 1YJ9 V; 3ABM C; 4DW0 A; 2ZE8 A; 3H01 A; 3M99 B; 2WPD G; 4CBC A; 3HKD A; 1KU9 A; 4ZOL A; 2YXH A; 3BHP A; 2AGA A; 1I7F A; 2HJF C; 4WFH A; 1BCC H; 1YI2 V; 1PL0 A; 3QO8 A; 2V1D A; 1S77 D; 2QDO A; 3IAY A; 1SA0 A; 1W0K G; 3TJT A; 2Q69 A; 3RW0 A; 4YHH B; 1L1F A; 1OHH G; 1P4R A; 3OGI B; 5KHI A; 1VIB A; 2CDY A; 1DF4 A; 4R6Z A; 5FNV B; 4B3T B; 3ETG A; 2UXB O; 4I5S A; 1PV0 A; 5JH7 B; 2ITC C; 3T2M A; 4LFC B; 3ZHR A; 1RM1 C; 2OTJ V; 3DXR A; 1HW7 A; 5LL6 Y; 2PF4 E; 1HNW B; 4G27 B; 3TXS A; 2IU0 A; 1ZL8 A; 1BE3 H; 4IYI A; 2ARH A; 3I56 V; 1T5E A; 1M56 B; 1S0V A; 1OCC B; 4YJ3 A; 1K97 A; 1W0J G; 1MG1 A; 2BOB C; 3B8N A; 3A2F A; 1PD3 A; 4QGP A; 5BMV A; 4NR1 A; 3K9S A; 2AZ2 A; 1VQ8 V; 3CE2 A; 4GCZ A; 3LNN A; 2E76 B; 4JV5 O; 4E2L A; 2FML A; 1Q5O A; 3UT5 A; 2Z5U A; 3CCQ V; 4X1K A; 2YS8 A; 1GN4 A; 4U3J A; 2Q67 A; 3OE7 G; 3L71 H; 1QVF U; 4G2K A; 4BR6 A; 1Q3E A; 4ZKI A; 3OM3 B; 4LBE C; 5HFM A; 3LDC A; 1K34 A; 3W7U A; 3RYI A; 3BAA A; 4JI4 O; 4GKK O; 1BQZ A; 5ITZ A; 4CC5 A; 1LR1 A; 2IM9 A; 1YXB A; 3GWK C; 2M6Y A; 3JD2 A; 4KL1 A; 2PY5 A; 3CCV V; 3AG3 B; 3ZHS A; 1NZ6 A; 4TSF G; 1RSO A; 2EIN B; 3SYA A; 2Q9L A; 3MHH C; 3P30 A; 3ZBH A; 2GBO A; 1LNQ A; 2HG5 C; 2W0F C; 1XQ8 A; 1XL4 A; 3WU2 Z; 3SPC A; 1SQG A; 1QNM A; 2DWD C; 2F95 B; 3CS5 A; 4J41 A; 2CAZ C; 4LF4 O; 4B7E A; 2Z3Y A; 3H9V A; 1M57 C; 3HB3 B; 4DV4 O; 1OCO C; 2Y48 A; 1N34 O; 3K58 A; 1AP5 A; 4DK0 A; 3ABK C; 4J42 A; 5K1X A; 3BEH A; 4PA9 A; 4JI4 B; 2JDI G; 4GKK B; 3OEH G; 4LNU B; 4DR6 O; 3L70 H; 1ARO P; 3OUF A; 4Z1V A; 4TT3 G; 4GX0 A; 3HKC B; 4WBN A; 1SQQ H; 4IHJ A; 1O9H A; 2EIM C; 5JJE B; 4K3A A; 1YF2 A; 1KP2 A; 1GMG A; 4TQD A; 3ASO B; 5L3E A; 3B77 A; 2D3O W; 2QR4 A; 2L35 A; 1Y66 A; 2CGN A; 4FLW A; 2QM4 A; 1IVS A; 4LF4 B; 1AB3 A; 3AG7 A; 1LUV A; 3SYP A; 4PA6 A; 2IJH A; 3APQ A; 3N27 A; 4DV4 B; 2CUG A; 1MA1 A; 3OW2 U; 3SPJ A; 5E79 Z; 1SQF A; 5DM6 V; 2Y69 C; 2YC0 A; 4MTO A; 1N34 B; 3CJH B; 1XMQ O; 4JI6 O; 3B40 A; 1K73 W; 4R7C A; 1Y76 B; 3BVO A; 1FJG O; 4XDJ A; 1Y4M A; 3K0D A; 1PPJ H; 3IFX A; 5CB4 B; 3F5W C; 1U97 A; 1RPO A; 2L6L A; 1JCH A; 1YTF B; 3CRA A; 4PV1 B; 5BZB A; 3SYC A; 4NYK A; 1ZX3 A; 3UO3 A; 2QWR B; 3CC7 V; 1FPO A; 2QWQ B; 4UCO A; 1S5L Z; 5D5P A; 1ZSP A; 1N0J A; 3F7Y C; 4FFB A; 2MW2 B; 3ZJZ A; 2R9R B; 2LJ2 A; 4I9Q A; 1VQ4 V; 2BTQ A; 4H13 B; 4YJ2 B; 1FFX A; 4LWS B; 3S3X A; 4BW9 A; 2EBO A; 5KA6 A; 2Q8V A; 4ASU G; 4QE7 A; 4UCS A; 1XMQ B; 4IIJ A; 4JI6 B; 3RYF B; 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2WA4 A; 3LNM B; 1MMM A; 3UM7 A; 5CBG A; 1AR4 A; 5J2T A; 2UXN A; 4MTF A; 4JYY A; 1YEW A; 4F6R B; 2EIL B; 2H3O A; 2PUS A; 4RQE A; 4OXS A; 1JA8 A; 2A79 B; 4OX9 B; 3JAT A; 5B66 Z; 4DUY B; 4DV0 O; 4LH6 A; 4QJF B; 4LF8 O; 3OR7 C; 1GO3 F; 1BHA A; 2Q6A A; 5LP6 C; 2PYJ A; 3JCU Z; 5IWA O; 1AP6 A; 5B5E Z; 5KUM A; 4B3M O; 3K5M A; 1S5H C; 1HNX B; 2AZ0 A; 2JEX A; 3TXQ A; 4JZG A; 1AJP A; 2RNB A; 1EFR G; 3OMI B; 1PM9 A; 5EZY A; 2YUA A; 1S76 D; 4DR5 O; 4I55 A; 4TUY B; 1PKX A; 3JD0 A; 1J5E O; 4RAI A; 4LFA B; 1IBM O; 3D3I A; 1OJH A; 1BL8 A; 1COW G; 4DV6 B; 3K57 A; 3I5D A; 5KUK A; 2GTS A; 2YEV B; 4UCR A; 4LF6 O; 4X9Q A; 2E74 B; 2P22 C; 5GTH Z; 3CMA V; 2Q4P A; 4FLU A; 4GLX A; 1IBK O; 1TUE B; 3E8G A; 2CTP A; 4DV0 B; 1Q6I A; 3B2E E; 4LF8 B; 3E2E A; 5CA0 A; 1B6Q A; 1M93 A; 1ZAU A; 3ZS8 C; 5IWA B; 2JGU A; 5C8Y B; 2YIB A; 4B3M B; 3AEI A; 4UV8 A; 2G38 A; 1V54 C; 3JAR A; 4DR2 O; 2EZO A; 3AK2 A; 3VQY A; 2EIJ C; 1KP3 A; 4DR5 B; 1X4T A; 4RWU A; 1AJQ A; 1J5E B; 1IBM B; 2GV9 A; 3EHB B; 2N05 A; 4A5U B; 1BHB A; 5L3G A; 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