The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| total genus |
31
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR4 O; 2HHH O; 3J80 N; 1G1X B; 4JI4 O; 5FLX N; 1N34 O; 4OX9 O; 4GKJ O; 4LFC O; 4LF8 O; 2UXB O; 1XNR O; 2F4V O; 1HNZ O; 1I94 O; 1AIL A; 4NXN O; 4B3M O; 4K0K O; 4LFA O; 5LL6 Y; 5BR8 O; 4DV4 O; 4JI2 O; 1XNQ O; 4JI5 O; 1IBM O; 4OPA A; 4A5U B; 1A32 A; 2UUC O; 1X59 A; 1HNX O; 4LF9 O; 1D2D A; 2FKX A; 4X65 O; 5IT9 N; 5LMN O; 1IBL O; 5H5N A; 1N33 O; 4DV0 O; 4KHP O; 4DUZ O; 2DJV A; 1DK1 A; 5A2Q N; 4JI0 O; 2DOS A; 2UXD O; 2JRI A; 1AB3 A; 1FKA O; 1HNW O; 1FJG O; 4DV7 O; 2E5L O; 4JI6 O; 2ZKO A; 4DR2 O; 2VQF O; 4DR5 O; 1F7Y A; 4JI7 O; 5LMU O; 3R66 A; 4B3S O; 1YZB A; 4DV2 O; 1N32 O; 3SDL A; 4DUY O; 4DV6 O; 4DV5 O; 2AGA A; 2LW7 A; 1KUQ A; 3T1H O; 4NXM O; 1FYJ A; 4DR7 O; 1NS1 A; 4DR1 O; 4JI1 O; 2VQE O; 4X62 O; 4LF4 O; 3F5T A; 1XMO O; 4JV5 O; 4DR3 O; 4JI8 O; 3O65 A; 3J81 N; 5BY1 A; 2UXC O; 3OTO O; 2UUA O; 1R6T A; 1J5E O; 3M8A A; 1R1B A; 4YHH O; 2ZM6 O; 4DV1 O; 4DV3 O; 5BXZ A; 3T1Y O; 1HR0 O; 4LF5 O; 4LFB O; 2UU9 O; 4DR6 O; 4OPH A; 4X64 O; 4B3T O; 2Z0A A; 4YY3 O; 3RT3 C; 4B3R O; 4LF6 O; 4JYA O; 4LF7 O; 1XEQ A; 4X66 O; 1N36 O; 1IBK O; 5IWA O; 3J7A U; 1XMQ O; 4GKK O; 3JAM N; 2N74 A; 2UUB O; 4JI3 O; 4AQY O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YID A; 4DR4 O; 1R6N A; 4BWA A; 2BOC C; 2UXC B; 5F2V O; 4LFC O; 1AP6 A; 4JZG A; 1M56 B; 2ZDI A; 4MVS A; 1M90 W; 2UXB O; 2OIE A; 2ZXW B; 4QJF B; 5CN0 A; 4LNU A; 5IJ0 A; 1S5J A; 1OCC B; 1GM8 A; 1YTF D; 4CH4 A; 4JPR A; 1SS3 A; 3RYH B; 2QKS A; 5D5P A; 4HBN A; 3K0G A; 4LF9 O; 4UCT A; 1GKF A; 2PZS A; 3P3P A; 1BHB A; 1XDC A; 3X2Q B; 1HW7 A; 1V55 C; 4X1Y A; 3ML0 A; 1N34 B; 4NTY A; 4AHC A; 4LF5 B; 4LC1 A; 3JYC A; 4O2A A; 1BQZ A; 2AHZ A; 4NXN B; 3K5M A; 2AZ0 A; 5LOV B; 4DV7 O; 3CCU V; 3W7T A; 3RFR A; 1IBK B; 3PJS K; 3G71 V; 3JAL B; 5CA0 A; 5JH7 A; 2P6J A; 4TQD A; 3K0D A; 5IJ9 B; 2HVK C; 4PA3 A; 3E8H A; 1RPR A; 1FYJ A; 4CC5 A; 2EIL C; 4HYO A; 3ZMU A; 2IM9 A; 2YI8 A; 3MAQ A; 3J81 N; 1FFX B; 1IVS A; 2UXC O; 1H2L A; 3K03 A; 2RJZ A; 3AG7 A; 3ETG A; 2L6L A; 3MHS C; 3OEH G; 1Z5W A; 1SQV H; 4NTW A; 4XDK A; 3T1Y O; 4JI6 B; 3CRC A; 1N0N A; 4OPH A; 1SET A; 4ZHQ A; 1IX9 A; 4B3T O; 3U11 A; 1M57 C; 3BCC H; 4H33 A; 4QE7 A; 3CRQ A; 4FLV A; 5E1A C; 3RYF A; 3J7A U; 3U10 A; 1YSC A; 1QQC A; 2X7R B; 1GK9 A; 3FYE B; 2EIK B; 2YIB A; 1GN3 A; 2EIJ C; 3WU2 Z; 1D5A A; 4ICG A; 1N34 O; 3BAB A; 1OCO C; 2CUG A; 2B1G A; 4FM0 A; 4DR5 B; 4NXN O; 4O4I A; 2OYQ A; 3CCL V; 1Y6X A; 1MA1 A; 3AK2 A; 1E79 G; 4PDL A; 5J2U B; 4NXM B; 1AR1 B; 2XTA A; 2ZE7 A; 1E1R G; 3HKE B; 4JV5 B; 3ABK B; 2R72 A; 2HJD A; 4X65 O; 1W0J G; 4RWU A; 4PA7 A; 2RCV A; 2BSK B; 3IC7 A; 3AG4 B; 2HVJ C; 1LUV A; 3OR6 C; 1I0H A; 1VQ9 V; 1FJG O; 4IIJ B; 2E5L O; 5BMV A; 5J9P C; 4JI6 O; 5DEC A; 1I7F A; 2CK3 G; 1RM1 B; 1PV0 A; 4NR1 A; 5B3S C; 1YDX A; 4UFZ A; 3D3I A; 5KX5 A; 2RDC A; 5L3G A; 1TA8 A; 3EVK A; 4XBF A; 4Q6G A; 4B3M B; 2LJ2 A; 3OGC C; 2DMX A; 2CTW A; 4JI0 B; 2UUA O; 1SKV A; 1LR1 A; 2ZQM A; 1J5E O; 4ZOL B; 1AP5 A; 1LUW A; 3CRM A; 4TWK A; 3K06 A; 4GX2 A; 2E76 B; 3RYI B; 2CTR A; 1ROP A; 4PD4 F; 4YY3 O; 3EXA A; 4U3J A; 2NN4 A; 1M93 A; 3H9V A; 2UXD B; 1S5H C; 1BHA A; 2JGD A; 1US6 A; 3G4S V; 3TET A; 3OFN G; 3K79 A; 2Q0A A; 1OCZ C; 1XUQ A; 2YI9 A; 4MW8 A; 1J95 A; 4J41 A; 4DV4 O; 4UB8 Z; 1FS0 G; 3E8B A; 4I7Z B; 3CPW U; 4H44 B; 4DV6 B; 3JCU Z; 5GTH Z; 4LF6 B; 4DRX B; 1QNM A; 2DN9 A; 3LSU A; 2C2A A; 1X59 A; 4O4J A; 4LCU C; 2OTL V; 2HR3 A; 5KLV H; 1NTM H; 3ZMZ A; 2P7T C; 4JI4 B; 2ITD C; 2Y0P A; 3L9D A; 1CPY A; 1FXK C; 2PYL A; 3HKD B; 3FD9 A; 3KZI Z; 4JI0 O; 1Y66 A; 1ZAU A; 4WBN B; 3JAK B; 3JAW B; 2V4D A; 4B3R B; 1I5Y A; 3OUF A; 3TXQ A; 4EB6 A; 1YVW A; 4X20 A; 3WG7 B; 3ZHV A; 3C3T A; 4P9O A; 1NTZ H; 2ZD9 A; 3DXR B; 2KKW A; 4MVM A; 3S3X A; 4O4H B; 5LXT A; 4BR6 A; 2Q8V A; 2QDO A; 2QA4 V; 4K35 A; 4K8X A; 4E4E A; 3AG1 B; 3CX5 F; 2HG5 C; 5L3C A; 3F7V C; 5CA3 A; 3LSS A; 3ABL B; 3VBB A; 2WLJ A; 1QHT A; 2UUC B; 1T5E A; 4KFM A; 4FLT A; 3MDS A; 1YXB A; 2ZCE A; 4F6R A; 2RQ6 A; 4DXW A; 4LF6 O; 3CC4 V; 5JQG B; 2DQ3 A; 5B1A B; 1ZWI C; 3ZMS A; 1FXK A; 3E22 B; 2YDE A; 4EEQ A; 4PDR A; 4O4L A; 1E1Q G; 2IBZ H; 4JI4 O; 2A7W A; 2DYS C; 2QE7 G; 2R70 A; 4WFG A; 3JD4 A; 3AG3 B; 2RNB A; 1DTO A; 4JI2 O; 2XAF A; 2AXT Z; 3QTC A; 3FB7 C; 4A5U B; 3KCX A; 1A32 A; 2EJ7 A; 1XOU A; 4F6E A; 4X66 B; 3JAR B; 3SR2 C; 3GB7 C; 2LO1 A; 4W4K A; 4GKK B; 3T2M A; 1Y76 B; 2DYR B; 1IBL O; 1H2K A; 5C8Y A; 2WSS G; 4YJ3 A; 5EYP B; 1SA0 A; 4DV3 B; 5DED A; 2DJV A; 3HKC A; 3LNN A; 2YUA A; 4X64 B; 1R73 A; 4YJ2 A; 3FB6 C; 2EX3 A; 3FAV A; 1OCR B; 1S5L Z; 2IJK A; 1MG1 A; 3N27 A; 3JD3 A; 2VQF O; 4I5S A; 5IYZ A; 1H2N A; 3CCM V; 4QPJ A; 5IYC O; 1BE3 H; 2QJ1 A; 1RP3 B; 4TV9 B; 2AGA A; 4GKJ B; 1Z5V A; 1XHX A; 2YEV B; 2P67 A; 1B6Q A; 4N23 A; 2ZR3 A; 3A8T A; 1ZLZ A; 3RVY A; 1VAR A; 5IYD O; 4Z2W A; 1HR0 O; 1GN6 A; 3OMA B; 1WPB A; 5EIB D; 4RQF A; 1YJN V; 2BE3 A; 2FYU H; 1ZX3 A; 4X1K B; 2CAZ C; 4DW0 A; 3M7M X; 4RQE A; 5KUM A; 4FK5 C; 1Q90 D; 1S77 D; 2QSA A; 4X66 O; 4GKK O; 3H1I H; 4I50 A; 3SJA C; 1O9G A; 4J7J A; 4X89 A; 3J80 N; 1YF2 A; 4OGQ B; 4TSF G; 4CZZ A; 4HNA A; 4MVQ A; 1PNM A; 2CTQ A; 2W0X A; 4B3S B; 1YEW A; 4FFB B; 5B1B C; 3NR7 A; 1KBH A; 3ZRV A; 3QO8 A; 1IBM O; 1V54 C; 4DUY B; 2GDS A; 2KG7 A; 2XAS A; 4FPP A; 2Y48 A; 4FMT A; 4UVC A; 4WFA V; 2ADQ B; 4LF4 B; 2WLH A; 3LDD A; 2RMK B; 2GUZ B; 3AG2 C; 4YHH B; 5KA5 A; 2ZM6 B; 3I5D A; 1PL0 A; 1QR9 A; 1AI7 A; 5EC2 C; 1XL4 A; 2EIM B; 4I4T B; 4FLU A; 3AEI A; 3D36 C; 5B1O A; 1GO3 F; 1AB3 A; 4K0K B; 2ZT9 B; 3STZ C; 2LW1 A; 3CMA V; 4TUY A; 5IYB O; 3N2K A; 3ZMT A; 4X1I B; 3ZMV A; 3Q4H A; 1G6U A; 3BA9 A; 4H37 A; 3R66 A; 3STL C; 1YI2 V; 5DM6 V; 1NH2 B; 1DGS A; 4GX1 A; 2Q68 A; 2LW7 A; 4LH7 A; 3LDE A; 4IYI A; 4LFC B; 3P30 A; 2UXB B; 1XMO O; 3ABU A; 3CP1 A; 4JI8 O; 1K4D C; 1L8D A; 2KSD A; 3N2G B; 4DYL A; 3CRR A; 3ZRW A; 1Q81 W; 4UVA A; 5GTI Z; 3K57 A; 3VOU A; 4LF9 B; 1TUE B; 3L71 H; 3CJH A; 3B8M A; 4I9W A; 3G6E V; 3IAY A; 2QGN A; 4GZR B; 4DV5 B; 2CDY A; 4PA6 A; 1XHZ A; 2VQE B; 1B04 A; 2WLI B; 1KU9 A; 1VQ7 V; 3D36 A; 4D7S A; 3A0H Z; 3ICX A; 3OTO B; 4I0X A; 2CH7 A; 5CA1 B; 3CD6 V; 4J7Z A; 1K3E A; 4K0K O; 4FFK A; 4LNU B; 5IJ0 B; 4MSW C; 3APO A; 4YIP A; 2GTS A; 4NTX A; 2P06 A; 5IT9 N; 4AQY B; 3IC9 A; 3F5W C; 2E75 B; 3A0R A; 4XDL A; 2EUL A; 5EBM C; 1TVK A; 2JS5 A; 4RUE A; 3R65 A; 4X1Y B; 3T1Y B; 5KUK A; 4LF8 B; 4ZI7 A; 5KHI A; 4J11 A; 3I56 V; 1EZJ A; 2Y69 C; 4FLY A; 1IXB A; 2WLL A; 4O2A B; 4B3T B; 1FKA O; 3CSX A; 4P2Z A; 2QM7 A; 2XT9 A; 4QNH B; 3LNM B; 1Q3E A; 2GBO A; 4IHJ B; 5EIB C; 5CA0 B; 3OUS A; 1BT8 A; 1WA8 A; 1HNX B; 2F95 B; 5JH7 B; 1G8M A; 4YXW G; 1N32 O; 3K5L A; 4DV5 O; 2JJ1 G; 1VF7 A; 2B1I A; 3B40 A; 1N0J A; 2VQE O; 1ZSP A; 3OTO O; 1NVP D; 1GTO A; 1HNW B; 3SJB C; 3G80 A; 3TXS A; 2Y0I A; 1KQS U; 1AI5 A; 5H6R A; 1I08 A; 1W2B U; 1L0N H; 1KKC A; 3LSQ A; 3BRC A; 1ZTE A; 4X65 B; 4AIL C; 1PM9 A; 2Z0A A; 3CCJ V; 4ZHQ B; 2ADP A; 4OXS A; 3ABT A; 5LGU A; 4JGS A; 1NT2 B; 5IWA O; 2XUM A; 1V55 B; 3CCQ V; 3GWK C; 1WP8 A; 4AQY O; 2Y4T A; 2Q6A A; 1XRE A; 2OCH A; 1K92 A; 1FJG B; 4J10 A; 2E5L B; 2A79 B; 4LF8 O; 2FML A; 4MTF A; 4IL6 Z; 4LWS A; 1XNR O; 2PYJ A; 2P4V A; 4X9Q A; 1NR7 A; 2XND G; 2JEU A; 1YJW V; 4O4I B; 2YS8 A; 5C93 A; 2OT5 A; 4Q20 A; 1VP7 A; 2ILM A; 4H0L B; 5K1X A; 3SPH A; 1P7B A; 3CCR V; 2HJF C; 2HKO A; 1HNX O; 4L87 A; 1NTK H; 2QKA A; 3ETD A; 5J2T A; 5EC1 C; 3QF7 A; 2EIL B; 2UUA B; 1J5E B; 1K97 A; 2JJ2 G; 1WB7 A; 5B66 Z; 2PF4 E; 3FB8 C; 4KL1 A; 3L75 H; 2IU0 A; 2JGU A; 3QO7 A; 1HNW O; 3T4D A; 2IH3 C; 4LFA B; 4YY3 B; 4U7O A; 1AR5 A; 2FB5 A; 3CME V; 3MD0 A; 5BMV B; 1OV9 A; 1R3I C; 1M57 B; 2KB1 A; 5BZB A; 4I9Q A; 2EIJ B; 3QO5 A; 4DR7 O; 4JI1 O; 5KX5 B; 2QM4 A; 1ORQ C; 2QR4 A; 1OCO B; 4KHP B; 2XOK G; 4K8Z A; 3ZS8 C; 1BZK A; 1FAF A; 4DV4 B; 3EHB B; 1VQ4 V; 5JWP A; 5LA6 B; 5AG2 A; 5GON B; 4DR6 O; 1JOY A; 3OW2 U; 2WLK A; 1BS3 A; 2W6I G; 2PGG A; 4KUM A; 1ZUQ A; 4U3J B; 1Q5O A; 3CCV V; 1MMM A; 1EFR G; 2N74 A; 5H6Q A; 1BL8 A; 3ZBH A; 3E86 A; 1GN4 A; 1Z2G A; 1EN4 A; 3T4Z A; 1TUB A; 2Q7G A; 2BSK A; 5KHH A; 2CTP A; 3PN1 A; 1HNZ O; 1I94 O; 1AIL A; 2QWR B; 4BAY A; 4JF3 A; 4PA9 A; 5CMU A; 4LFA O; 3ZHQ A; 1JQ0 A; 1THZ A; 1N8R W; 3SYC A; 5B3S B; 4JI5 O; 1SES A; 2ZE8 A; 4CH6 A; 5K1P A; 3HKB A; 4O4J B; 4CH3 A; 2Q7E A; 3WB1 A; 1H2G A; 4JI3 B; 3H1J H; 2WA4 A; 2Q67 A; 3P32 A; 1OHH G; 4LH6 A; 3ASN C; 4KHP O; 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1Q43 A; 3UT5 A; 1SQF A; 2YXY A; 3B77 A; 4IT5 A; 3WB0 A; 1AJP A; 1JFF A; 3TK1 A; 2K9P A; 1NKD A; 2DYS B; 4DR3 O; 2EJR A; 4Z1M G; 1EN5 A; 3CWB H; 5L3D A; 1RSO A; 2ATK C; 3UO2 A; 3JAS A; 4ZBM A; 1IBM B; 4GX5 A; 3HR0 A; 2UU9 O; 3VQX A; 4DR2 B; 2F93 B; 4J80 A; 4CS4 A; 4PJ0 Z; 2M6Y A; 4R8C A; 4IYH A; 3UQ8 A; 1SER A; 5LMU B; 3RT3 C; 2H3O A; 4JYA O; 4LF7 O; 1N36 O; 4I55 A; 3BY6 A; 4WCE V; 2XAG A; 3CHX A; 4I50 B; 2EZP A; 3KG2 A; 4GYC B; 4J9Z B; 3ZHU A; 4PI2 A; 5LHH A; 1GRJ A; 4UUJ C; 3B4S A; 1R3L C; 4MT8 A; 4LFB B; 5ITZ A; 5B5E Z; 4ZIB A; 3SPG A; 4EFE A; 1WJZ A; 4PV1 B; 4OPA A; 1I5X A; 1NI8 A; 3E35 A; 3B8N A; 1XMO B; 4JI8 B; 2FTK A; 4JAU A; 1F23 A; 1SQX H; 1URF A; 4HZ3 A; 4G2K A; 4G27 B; 1VQN V; 1GH6 A; 1Q6I A; 5A2Q N; 4P9P A; 3NXS A; 1CEZ A; 2F1M A; 1MZF A; 1FPO A; 1AJQ A; 2ZKO A; 3RYC A; 4DR2 O; 2BTQ A; 3N2K B; 4FIP C; 3RW0 A; 1S76 D; 4U3F H; 5LMU O; 2ZIN A; 1M9N A; 3Q4H B; 3HPL C; 4MS2 A; 4C7U A; 3SYQ A; 2E3C A; 3E8G A; 1YZB A; 4FZ1 A; 3EFF K; 5IY5 C; 5JJJ B; 2CGN A; 3UCS C; 5H2F Z; 3SDL A; 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