The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| total genus |
30
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LFA K; 3J7Y P; 4DV3 K; 4B3S K; 4DR3 K; 4DV7 K; 4DR2 K; 4JI8 K; 1J5E K; 4OX9 K; 4JI4 K; 2UUA K; 1N32 K; 1HNX K; 4V19 S; 2UUC K; 2UU9 K; 3OTO K; 1N36 K; 5IT9 O; 4LF7 K; 4K0K K; 4JI1 K; 1IBK K; 2UXC K; 1IBM K; 4B3T K; 2VQF K; 2F4V K; 1IBL K; 5AJ3 K; 4LF6 K; 4LF4 K; 4DV4 K; 4YY3 K; 4DUZ K; 1HR0 K; 4DR4 K; 4X64 K; 4LF9 K; 1HNW K; 2UXB K; 4DV5 K; 2ZM6 K; 1N33 K; 4LFC K; 4DV0 K; 3T1Y K; 3J7A P; 5BR8 K; 4DUY K; 4DV1 K; 4DR1 K; 1XNR K; 4X65 K; 4AQY K; 4DR7 K; 4B3M K; 4JI6 K; 4NXM K; 3J81 O; 4GKK K; 2UXD K; 1XNQ K; 3JAM O; 5LL6 Z; 2UUB K; 4GKJ K; 2HHH K; 4JI3 K; 4DV2 K; 4DV6 K; 4DR5 K; 4B3R K; 4DR6 K; 1HNZ K; 4YHH K; 1XMQ K; 4NXN K; 5LMU K; 2E5L K; 4JI0 K; 1I94 K; 1XMO K; 4LFB K; 4JI2 K; 4X62 K; 4X66 K; 5FLX O; 5LMN K; 4LF8 K; 1FJG K; 4JYA K; 4JI5 K; 4CW7 B; 3J80 O; 2VQE K; 4CVN E; 3T1H K; 1N34 K; 4KHP K; 4JV5 K; 5IWA K; 4JI7 K; 4LF5 K; 5A2Q O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4M3X A; 3EKU A; 3CFO A; 4FPB A; 1ILY A; 3SMP A; 2F96 A; 4FW2 A; 2HVI A; 4CK1 A; 1OH7 A; 2O4G A; 1Q7Y O; 1J5E K; 3ENO A; 4F3T A; 4FWN A; 4DTX A; 3JXU A; 2HBJ A; 1VQL N; 5EOY A; 3DLE A; 3CC2 N; 3QEW A; 1VSI A; 2PYJ A; 3TTD A; 2FF3 B; 2GWK A; 2AA4 A; 1IBK K; 3EE9 A; 2VWK A; 3AY9 A; 5HBM A; 3TAN A; 3SQ2 A; 3V9Z A; 1N8R O; 4OO1 J; 4KH4 A; 1SKS A; 1GLD G; 4B9S A; 1HPM A; 3QLH A; 1TV6 A; 3CER A; 4CGF A; 1S9G A; 3CJ9 A; 3UIQ A; 2HW3 A; 4N41 A; 2X6N A; 3TR8 A; 4CEE A; 2A1R A; 3TAR A; 3V6D A; 1QHT A; 2ZM6 K; 5AQS A; 4BR5 A; 3TAQ A; 4WF9 L; 5I42 A; 3WNF A; 3OYB A; 1KAX A; 3ATV A; 3OYL A; 3G0Z A; 3AA3 A; 1TKT A; 3WNE A; 4NXM K; 4AF1 A; 1NBW A; 4IO9 L; 4B08 A; 4E7L A; 3TAE A; 4BG9 A; 4PHT X; 4PL7 A; 4A61 A; 1KRP A; 4H5W A; 3VQA A; 1KVC A; 4DTP A; 2GUP A; 4J8F A; 2FC0 A; 4EAH D; 4N56 A; 1GOA A; 3CPE A; 2ZJQ L; 3P39 A; 4YHH K; 4LD0 A; 1XMQ K; 4BC4 A; 3WT0 A; 4CF0 A; 3H3O B; 5AFU A; 4FCY A; 3VF2 A; 1I94 K; 3SJJ A; 3ZSR A; 3K5O A; 5HL7 L; 3QEX A; 3DAW A; 1KSP A; 1TK5 A; 4BRH A; 3CCV N; 4FSV A; 4PL8 A; 2OYQ A; 4AHR A; 3SV3 A; 2EX3 A; 3EZW A; 1NGF A; 3BF3 A; 4M41 A; 4CZL A; 4K8X A; 3KVG A; 4CES A; 3WNG A; 2Q1N A; 4Z4I A; 2D1K A; 1NJI O; 3ZET B; 4BRP A; 3MN5 A; 2X6S A; 4YOW A; 3G6E N; 1L3S A; 3TTF A; 3AO2 A; 3L0Q A; 4V19 S; 3DLR A; 3VEW A; 2UUC K; 1NK5 A; 1ATR A; 1EWQ A; 3M8Q A; 3V9W A; 3NVM A; 3OHR A; 2OZS A; 5M1K A; 2DPN A; 1BU6 O; 4OKE A; 4DWI A; 2E6L A; 2NRT A; 2YCH A; 1WBB A; 3BGR A; 3NE6 A; 3AO5 A; 3GBT A; 5FRM A; 2WFB A; 3SUN A; 4MO5 A; 3SAF A; 1NMN A; 3SUP A; 4LF4 K; 4DSF A; 1S1V A; 3L2U A; 3ZSX A; 1BOT O; 4M7X A; 4WQ5 A; 4R79 A; 3VQP A; 2O8F B; 4Y1D A; 2IVO A; 3R6M A; 1Q9Y A; 4FVU A; 4X65 K; 1C0G A; 3M6G A; 2D4W A; 5HRN A; 2GV9 A; 1RTH A; 2W6L A; 1EKE A; 3TI0 A; 2IOC A; 4FM1 A; 3PX4 A; 4FJ8 A; 1RTJ A; 3CCU N; 5K14 A; 2QEX N; 5CZ1 A; 3HJF A; 2WUS A; 3RVC A; 1ZBU A; 5J2M A; 3WXM B; 2IDO A; 3UKU A; 3Q7B A; 2R7Y A; 3W0L A; 1J6Z A; 2HHT A; 2QI2 A; 1CXU A; 3QEI A; 1RTD A; 3LDS A; 2B5J A; 4ZTF A; 5LMU K; 4I6M A; 1S3X A; 1YTA A; 2WON A; 2ATQ A; 3AA4 A; 2QWM A; 3FFI A; 4FLV A; 4FWL A; 3VQB A; 4DU3 A; 3CYM A; 3CG7 A; 3MMV A; 1X9W A; 3I55 N; 1Q18 A; 4E3S A; 1TYQ B; 4H4O A; 4M45 A; 1C0U A; 1LCU A; 3NCI A; 1QE1 A; 3AVA A; 4DS4 A; 1RTI A; 1B9D A; 3AO3 A; 4JI7 K; 1NM1 A; 1TKD A; 3IMX A; 4DSJ A; 5JVH L; 3MXI A; 2YI1 A; 5JLH A; 4FW1 A; 4DV7 K; 4O8U A; 1YVN A; 3F5T A; 4TSX A; 3NGI A; 4W5T A; 4UY8 O; 2PYL A; 4IG3 A; 1SKW A; 3CXC M; 1MA9 B; 3MK6 A; 1BG3 A; 4DLE A; 4FOI A; 2CGJ A; 3CJA A; 3OTO K; 3LZI A; 2HOE A; 4IOX A; 5AQF A; 3AVN A; 1I39 A; 3AO1 A; 5C42 A; 1H1V A; 5HRS A; 4RW8 A; 4NLC A; 4DTJ A; 4B3T K; 3VEX A; 1JLA A; 3PSI A; 4JK9 A; 3OBY A; 5AR0 A; 5BPN A; 4HHT A; 3ZSY A; 4M42 A; 1GOB A; 2IS3 A; 4CD1 A; 1HNV A; 2FBX A; 2P9P A; 3ZT1 A; 5DK5 A; 3CC4 N; 1YXQ A; 3CCJ N; 4EHT A; 4DUY K; 4I7F A; 4AQY K; 2PAV A; 4M63 C; 4F2S A; 1HYV A; 4CJ7 A; 4AIL C; 4ZHR A; 1ZBL A; 2G8W A; 4BE0 A; 5CYQ A; 3JAM O; 3V4I A; 1A5V A; 2DFE A; 5MLC Q; 2UUB K; 4KI4 A; 4KHW A; 2BAN A; 3PX6 A; 3LP1 A; 1U2V A; 3TPQ A; 4JD2 B; 5M1P A; 4E7H A; 2I7N A; 4RW4 A; 1P90 A; 2X78 A; 3CJC A; 4E7J A; 4CCH A; 4NXN K; 1OH5 A; 2CGK A; 2GEM A; 3SBG A; 1FK9 A; 4K43 A; 1T6C A; 1G99 A; 4YOV A; 4DHY A; 1UOC A; 3RRH A; 3KIO A; 1KQS M; 4JHD B; 3MCA B; 4DQQ A; 3P5J A; 4BC2 A; 3MXM A; 1IKW A; 4R5P A; 1KC8 O; 4DQ8 A; 1BO5 O; 1CZA N; 3RR8 A; 3THY B; 5BR9 A; 4YNQ A; 3E66 A; 5AQP A; 4IEI A; 4ICL A; 4BVO A; 5IWA K; 1HKB A; 3QML A; 5A2Q O; 5AZI B; 1CLQ A; 1A5W A; 3O9U A; 1QHA A; 1GLF O; 4WCE L; 2HNY A; 4JK8 A; 5LJW A; 1UA1 A; 3RR7 A; 4M7Y A; 3FZF A; 1FKP A; 3AVG A; 1NGA A; 3L3V A; 4RG8 A; 4W5O A; 3L4Q A; 3O3F A; 1ZC6 A; 3VQD A; 1RGI A; 2BH1 A; 3AAQ A; 1NGC A; 4KBO A; 1NKB A; 4DTO A; 2E8A A; 4G1Q A; 1Q8I A; 3E1Y A; 5J2N A; 3M5R A; 1DTT A; 2Q97 A; 4ZTJ A; 3K2P A; 3D2F B; 1YTU A; 4CER A; 1JLE A; 2P9N B; 1GLA G; 2RE2 A; 3KD5 E; 2HNZ A; 2ZD1 A; 4BQZ A; 4YOY A; 1J5O A; 2Q2R A; 3AAR A; 2AJQ A; 3PX0 A; 3LZJ A; 3VQ5 A; 4PY5 A; 3OS1 A; 3S3N A; 4J2D A; 1W7A A; 4CJP A; 1TUU A; 5I3U A; 1X9M A; 3DOL A; 3JSM A; 3D2E B; 2Q3S A; 4DV0 K; 2HB5 A; 1QQO A; 4CJE A; 5BR8 K; 1XHX A; 1NJX A; 3HPG A; 5BN9 A; 5J1E A; 5M1F A; 4FJL A; 4W5N A; 4MQ3 A; 2GBZ A; 4GW6 A; 3QFP A; 1RBR A; 4JI6 K; 5JS2 A; 3LM2 A; 4BRO A; 1TL3 A; 1VK0 A; 3ZCM A; 1VSF A; 4FJM A; 1GOC A; 4OPJ A; 1F21 A; 1XHZ A; 2P9K B; 4CJL A; 5BPL A; 4WFB L; 1WB9 A; 1Q86 O; 3C6U A; 1MWM A; 1Z05 A; 1WLJ A; 2RKI A; 2PZS A; 3DXM B; 2ZF5 O; 4FK0 A; 3M8S A; 4IDK A; 3G10 A; 1NK8 A; 4PUO A; 3D6R A; 5F2R A; 5AZJ B; 3K5N A; 3G25 A; 1WSH A; 4E89 A; 4K42 A; 4JI2 K; 1EX4 A; 4X62 K; 1KFD A; 2OAN A; 3BP8 A; 2HHW A; 1UA0 A; 2O8C A; 2JWL A; 1FJG K; 2X74 A; 4IOC L; 3LDQ A; 3DRS A; 3AVH A; 3A5L C; 3O08 A; 2VWJ A; 3KK7 A; 3NF8 A; 4CVN E; 1TAQ A; 3T1H K; 4IWV A; 2QKB A; 2W42 A; 1JCE A; 3HK2 A; 2ZE2 A; 4CK3 A; 3MN7 A; 2A1S A; 4H0O A; 1X3N A; 3J7Y P; 4E0D A; 5EU7 A; 4CZG A; 1C1A A; 1VQO N; 2OPR A; 2KHO A; 2VGN A; 3THW B; 4H5R A; 3KLF A; 3J8A A; 1Z6R A; 1S1T A; 4C1N I; 1X1P A; 2KFN A; 5HRP A; 4B8A B; 4K0K K; 2KTQ A; 2UXC K; 3KK2 A; 3CCR N; 1EXQ A; 3L4I A; 3DLK A; 4O0I A; 4CF2 A; 3IAY A; 3AA5 X; 1W0H A; 1RT5 A; 1BIU A; 1BIS A; 3PUF A; 2QK9 A; 1GLC G; 4NYN A; 1T7P A; 2F8S A; 3EKS A; 3SBT A; 3JS6 A; 3HOS A; 2XY5 A; 2FBY A; 1VQK N; 4DR4 K; 3KLE A; 3MX2 A; 3B6P A; 4IFY A; 3VGL A; 3SAH A; 1XI1 A; 3DLB A; 4JLH A; 5C2F A; 1RDW X; 1RBS A; 4DR1 K; 3THX A; 4DSI A; 3DLH A; 3VOV A; 3ZSQ A; 1VSM A; 2O8B B; 4FLW A; 1S22 A; 3LAL A; 1SL2 A; 1K8K B; 3NVK A; 4J2E A; 4C8L A; 1Y97 A; 1T44 A; 1YF5 L; 4WYB A; 4E19 A; 1S5J A; 4L3Q A; 3AVM A; 3E9O A; 4YOR A; 2Z1J A; 3VQE A; 3IFR A; 4DV2 K; 1J53 A; 5JS1 A; 1C6V A; 4BDP A; 4B1Y B; 4DSE A; 1NKE A; 3QES A; 2E5L K; 1X9S A; 3RSE A; 1S72 N; 4K41 A; 2NRH A; 2P9U B; 1VSD A; 2DFH A; 3SMS A; 3EEQ A; 3ULE A; 4RW6 A; 3GE1 A; 1LAV A; 5GIO A; 5I9E B; 3WEE B; 2P9I B; 2XY6 A; 2HF4 A; 3K0S A; 4FLZ A; 1R0A A; 1BCM A; 3ENB A; 3O1B A; 4I2P A; 4BRF A; 3NF7 A; 1BI4 A; 4BC3 A; 2QWQ A; 3O4Q A; 2I5J A; 2YHY A; 4A2A A; 3SQ4 A; 4A57 A; 3I8B A; 5F1X A; 2O4I A; 3TAB A; 4PKH A; 2OTL N; 4YOX A; 4JI8 K; 1K73 O; 1RNH A; 4JI4 K; 3KD1 E; 3P31 A; 3RWU A; 3BF1 A; 4B1W B; 1MDU B; 3L6Q A; 1BGX T; 1D9D A; 4FWR A; 5CE3 A; 5IT9 O; 4FWP A; 3OS0 A; 3BDP A; 4FWK A; 3PO5 A; 1LWF A; 4AHS A; 3K59 A; 3VEZ A; 4FJJ A; 4RW9 A; 3VA0 A; 1NK4 A; 4YOT A; 1S1W A; 3ENH A; 5ADX H; 4KRF A; 2QWP A; 3QBW A; 1REV A; 3SUO A; 1JXB A; 2IAJ A; 3K5L A; 4I9Q A; 4FOE A; 4CJQ A; 4IEE A; 1N6Q A; 2D0O A; 2P1J A; 4AM7 A; 3RMD A; 4ID5 A; 3IKM A; 3HOT A; 4NO7 A; 2IGI A; 4MLH A; 4GNI A; 4CGI A; 3BY5 A; 4G9Z A; 4KTQ A; 2YV0 X; 5FRO A; 4DMN A; 4O55 A; 1IH7 A; 4BR0 A; 4WFA L; 3F73 A; 5C0Y A; 4DR5 K; 3B8A X; 4CEB A; 4FWM A; 4O5B A; 2D5R A; 1NJY A; 2V7Y A; 5KQ8 A; 3PIO L; 3G71 N; 2O8E A; 2A40 A; 2GUI A; 4E7I A; 2Q36 A; 4CJT A; 1YT3 A; 3HP6 A; 3CM6 A; 1JL2 A; 4M3Y A; 1NOZ A; 3DOK A; 4FM2 A; 3IS9 A; 1M90 O; 5E84 A; 3OYA A; 1OVY A; 3SUQ A; 1WOQ A; 1HKG A; 3O9R A; 4ISE A; 4H0X B; 4IBN A; 3VA3 A; 3UE5 A; 1VSK A; 4OLB A; 2G8I A; 2VG7 A; 4O8K A; 3AGK A; 5BRE A; 1EWR A; 1HYS A; 3I8D A; 4XH5 A; 2KQ2 A; 2VYP A; 2XY8 A; 1HNI A; 4MLE A; 5AQK A; 2O8D B; 3NH1 A; 4A5B A; 5GAG P; 5FPE A; 1NGH A; 2HND A; 3C95 A; 4UQG A; 2RHK A; 4JKG A; 4CZF A; 3QFU A; 1S9E A; 5DM6 L; 3M8P A; 1WSJ A; 1SUQ A; 4Z4F A; 2PFU A; 4CHO A; 1DT9 A; 4CEZ A; 4BE1 A; 4FJ9 A; 5CR4 A; 4J2A A; 2E2Q A; 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4JI1 K; 1U48 A; 2ETJ A; 3P38 A; 4JKE A; 5AQY A; 5FPN A; 4FYD A; 1OH8 A; 4IG0 A; 5C25 A; 3DLL L; 4KHN A; 3MWP A; 2OPS A; 2ZQB A; 2WTU A; 3KTQ A; 2HBK A; 3D45 A; 4KV8 A; 4H8K A; 2YKN A; 1EO1 A; 2YJF A; 4LFC K; 5EXW A; 1GLL O; 3KWI A; 4PWD A; 4E1J A; 4CEF A; 1HQU A; 4EP4 A; 4FJI A; 2H3G X; 3F9M A; 4M3R A; 3SYZ A; 5FPM A; 4JK7 A; 1RT1 A; 4Q5V A; 3CCL N; 5SZT A; 4KI6 A; 4DTR A; 4GKJ K; 4ISF A; 1YJW N; 3HVR A; 5HRO A; 1YAG A; 4IDH A; 4DLG A; 2DY4 A; 2KW4 A; 4DCH A; 4FLY A; 4B9N A; 1W2B M; 2V7Z A; 4FPA A; 4BRD A; 4JEP A; 3DXK A; 3CM5 A; 3M8R A; 3K58 A; 4LF8 K; 2P9P B; 3DWL A; 2IVP A; 4DB3 A; 1JLG A; 4N76 A; 1RIL A; 5SWM A; 2AP1 A; 2RN2 A; 5FDL A; 4KHP K; 3UKR B; 3S3M A; 1TL1 A; 3LDO A; 4CHY A; 4F9O A; 1SL1 A; 4BR2 A; 1KXP A; 3OJU A; 4WE1 A; 4LFA K; 4CEC A; 5GIN A; 3AA2 A; 2BGG A; 1BCO A; 4H5V A; 1O1W A; 4C8K A; 1U2V B; 3DM2 A; 1HJO A; 2E4L A; 4CZM A; 3HO1 A; 1HLU A; 3KK1 A; 3TAP A; 4DU1 A; 1M1K O; 3CC7 N; 3QIP A; 4PA1 A; 5JVG L; 1RDU A; 3VQ9 A; 5BRF A; 3CCQ N; 3LPU A; 2IC3 A; 4JKC A; 4BRN A; 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