4DWSD

Crystal structure of a chitinase from the yersinia entomophaga toxin complex
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
539
structure length
532
Chain Sequence
PTENIPSPILVEDKYTEETYSRPDVNFKEDGSQGNLSYTATRVCAPMYNHYVGDKTKPKLSAYITDWCQYDARLDGGGSKEEERGRGFDLATLMQNPATYDRLIFSFLGICGDIGNSKKVQEVWDGWNAQAPSLGLPQIGGHIVPLDPYGDLGTARNVGLPPESADTSIESGTFLPYYQQNRAAGLLGGLRELQKKAHAMGHKLDLAFSIGGWSLSSYFSALAENPDERRVFVASVVDFFVRFPMFSCVDIDWEYPGGGGDEGNISSDKDGENYVLLIKELRSALDSRFGYSNREISIACSGVALKKSNIDQLVANGLDNIYLMSYDFFGTIWADYIGHHTNLYSPKDPGEQELFDLSAEAAIDYLHNELGIPMEIHLGYANYGRSAVGGDLTTRQYTNGPALGTMENGAPEFFDIVKNYMDAEHSLSMGKNGFVLMTDTNADADFLFSEAKGHFISLDTPRTVKQKGEYAAKNKLGGVFSWSGDQDCGLLANAAREGLGYVADSNQETIDMGPLYNPGKEIYLKSISEIKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords Chi2
publication title The BC component of ABC toxins is an RHS-repeat-containing protein encapsulation device.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia entomophaga
total genus 191
structure length 532
sequence length 539
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2012-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4dwsD01
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4dwsD02
5E0CA 4J3SA 5HPOA 3VIMA 1U30A 4HA4A 4MPKA 3MKKA 1M53A 2Y8VA 3BLPX 3RM4A 2JE8A 5DMYA 1Q6DA 4RE3A 4ATLA 1BLIA 2PBOA 2GUYA 2AMGA 3WF0A 3WNLA 3KWXA 1CTNA 2DIJA 1NOUA 3WKZA 3APGA 1C8XA 2VZTA 1CYGA 3AI0A 3W27A 1UD4A 1KBKA 4C7DA 4XB3A 4H7VA 3SCVA 2J47A 3AYSA 4TXEA 2X2YA 2WWCA 4B3KA 4TVUA 1J0IA 5TD4A 3MO4A 1W1YA 1W9XA 3QHOA 1C90A 1JFXA 4AD1A 4H8HA 1UR4A 4LYRA 1R7AA 4JHOA 2QHAA 1GUVA 1LWHA 3VDHA 1XC6A 5KZ6A 1HNYA 2G3JA 2YDQA 4ZENA 1UD2A 2EJ1A 1V0KA 2V3GA 3UCQA 4MB4A 1TUXA 2WSPA 4Z2GA 5FOOA 1JDAA 3MMDA 5A2BA 4MJ4A 4ATDA 3SCUA 4AC1X 1VIWA 3EDJA 3MANA 2D20A 1JDDA 4V2XA 1OWQA 1NWSA 3K8LA 1UD5A 1H2JA 1R85A 1H41A 1UD6A 7CGTA 5JBFA 3AIEA 1HVXA 3A6OA 4U3CA 1ECEA 2XWEA 1JYWA 1NWRA 3OGRA 1XD0A 4U5KA 1CECA 1HX0A 3UG5A 3OLGA 2WMIA 2JIWA 1FH9A 3W4RA 1B3ZA 1JZ5A 2Y24A 1UH2A 4P7LA 1JAEA 2QPSA 2DDXA 3FN9A 3S2CA 1RP9A 4WKFA 3CIVA 3E1F1 1MW3A 4FLRA 1FP8A 2VX7A 1GPFA 4BCEA 2HISA 1NP0A 3VIGA 2WVTA 8A3HA 4B3LA 1EO5A 4OIFA 1V0LA 2WB5A 3QHNA 2WLZA 2PWEA 4D6CA 5CQ1A 1KR1A 5CSUA 4OZOA 1WPCA 1XD1A 2ZX6A 4GZIA 5BCAA 4GZJA 4D6EA 4MNJA 3VIPA 1QW8A 1C3FA 2XVGA 1BGAA 2CETA 5A8MA 3ARZA 5GNZA 3VILA 1DWFM 2E9MA 1FA2A 5CPSA 1E3XA 3VVGA 3BCDA 3SURA 3J7HA 1E40A 2XSAA 2OWWA 2Y5EA 4M24A 3WFLA 3NIYA 4A4AA 4LGXA 3BC9A 1VFMA 3FAXA 3CUIA 2WYSA 3AICA 3MMWA 1BFNA 4M80A 4HA1A 5CXPA 5A6SA 3CUHA 2D0GA 3N17A 4PBGA 5HNNA 4ZXLA 1EIBA 3W28A 1OM0A 2W67A 3WELA 3VIHA 2DH3A 1V6XA 1LG1A 2BHYA 4B16A 3EDDA 3CHDA 1DWGM 5A6MA 3OLDA 1JZ4A 2OLHA 4ZXOA 1B3VA 1WE5A 3B8SA 5GPRA 2VQUA 4W5UA 4M81A 2IXVA 3PTQA 2VR5A 3ZJ7A 4CD4A 4CN1A 2DSZA 2J8GA 3WNNA 4AEEA 4QP0A 3ALGA 3L4VA 1E6RA 1WDPA 2DSUA 1H0IA 1XH0A 1BTCA 1VEPA 1G5AA 3T08A 4OOZA 1JF5A 3G6MA 1QHZA 4U5IA 4DUVA 1CGTA 2G8ZA 1E73M 1JD9A 2CHOA 4P7OA 2D23A 2XUCA 1OGBA 3AHVA 1OGSA 1L8NA 1OCQA 3VU2A 5A6KA 5DFAA 1UWTA 2QF8A 1EHAA 4U33A 3VGDA 1GORA 3GBEA 1JYXA 2D3LA 4UNIA 4TX8A 3BAWA 3M46A 3WF3A 4PN2A 3L4UA 4Z2LA 4CVWA 2BXZA 3WSUA 3AMGA 2WSKA 2XFFA 2Q8XA 4K68A 4UFIA 1OD8A 2WMIB 5HXMA 3EMZA 4GKLA 4HU0A 5C70A 3NUKA 1QI3A 1WDSA 2WMFA 3WDQA 1J12A 1UQYA 3OLIA 3AMDA 3T2OA 2O9TA 1KGWA 1KCLA 2PWHA 2E0PA 1VF8A 5AC4A 5HBFA 1V3KA 4DWSC 2J75A 3PTKA 1IZKA 3TTOA 6TAAA 5M17A 1HL9A 1J11A 1C8QA 3WMCA 3KEHA 2CESA 2XVNA 4F9JA 1EDTA 4BQ4A 2XM2A 2CIPA 1G9HA 4F66A 1S46A 3CMJA 1BYAA 1VENA 2WZIA 3VGHA 1KXQA 3IAQA 4ZE5A 1J10A 2VO5A 2PC8A 5AYIA 1BVNP 2DSWA 2VZOA 2ZE0A 3I3DA 3MUIA 4F9DA 3M07A 4QDMA 3ZSTA 4EAMA 2IXUA 5EFDA 2DGAA 1EXPA 5IHSA 3UESA 2CCRA 1TR1A 4D6DA 4OUEA 3BSGA 2X09A 5C71A 2UY5A 2XWDA 4WF7A 1C7SA 3CUFA 1MFVA 2C0HA 4S3JA 3VO0A 1ZBKA 1Z32X 1Q6FA 1VFOA 1BYDA 3VGGA 1UD8A 1LG2A 2FHFA 3ECQA 4W87A 2BHUA 5D9MA 3CHFA 1E3ZA 4WJXA 3I3EA 4J28A 3PZIA 5KEZA 1B2YA 4W7VA 3ARXA 1F4HA 1ZJAA 5BRQA 3ZT6A 1V0MA 4BZYA 3CZKA 4NRSA 5ABFA 1RP8A 1DWAM 3F5LA 2CERA 3AIBA 1E15A 3L4WA 4PMRA 4ATWA 4AZ7A 3BAJA 4C7GA 4MB5A 4RE2A 1LL7A 1OGGA 2VX6A 3W0KA 2GDVA 4OBRA 1CXEA 1HJWA 3WQVA 4UZUA 1ZS2A 4JKMA 2V5CA 2XGIA 2DH2A 3WUGA 3RJXA 1QNSA 1AQ0A 3BH4A 4CU8A 2PB1A 3CUGA 2WVSA 1VEMA 4GZEA 4AZCA 2QPUA 3ARQA 3K8KA 2WMKA 3PBGA 1E0WA 4IPNB 2QLYA 4CN6A 1UWQA 4B9ZA 2Y2WA 4CGTA 1PBGA 3N04A 1BYBA 3GXMA 3VIKA 1J0JA 2CKRA 3CO4A 1GZJA 3D3AA 3ZO9A 1CLVA 1PAMA 3ZR6A 4PTMA 3ARWA 4PSRA 4BF7A 1SMAA 3WL1A 1VFFA 2WXDM 4CD7A 2DSKA 1BGGA 1OT2A 1QOXA 4KMQA 2J7FA 3AHYA 2VX5A 2ZX7A 1W32A 2A3EA 1JL8A 4PMOA 4TX6A 1B90A 1QHPA 3RPMA 3WQ8A 1HJUA 3CZ8A 4IPLA 1UZ1A 5D8ZA 3TP4A 1A3HA 1CDGA 1WZLA 3WDJA 3TTYA 3T2QA 2WM0A 4JCMA 4UR9A 3N9KA 3RM8A 5BXSA 2EXOA 1TMQA 1I1WA 3L2LA 1B31A 3N18A 3RJYA 1ZJBA 4IM4A 3RO8A 4AYSA 1WKYA 3SUWA 2D24A 2QV4A 2GVYA 3JUGA 2ZUTA 3I3BA 3NSXA 1K9EA 3U5UA 3T0AA 3GZAA 4YN5A 1CXHA 1MFUA 2FH8A 1J9YA 2OYMA 4UFLA 2WK2A 1JZ8A 3WH7A 1PJ9A 1J0HA 3ARPA 1BAGA 2ZUNA 2VURA 3PZVA 1NQ6A 4FK9A 3AZRA 3AXIA 2E4TA 4YHEA 3AROA 1HL8A 1TG7A 1GOMA 4UOJA 3CPUA 2YBUA 2YIHA 3WNOA 4WLCA 3WY1A 4QFUA 3CBWA 3MU7A 3AS2A 2OSYA 3MV01 3PZOA 1MW0A 1KB3A 3VIOA 1QNQA 3A47A 2E8ZA 1H09A 4Y7EA 1Q6GA 2CHNA 4Q7NA 3EBVA 3HJEA 5I2UA 3GM8A 5A1AA 1JAKA 3AS1A 4HPHA 4UQEA 1LLOA 1LQ0A 2WAGA 2W62A 3UERA 4JL1A 3W6LA 3N15A 5ABFB 1M03A 1W91A 4XZWA 3VKKA 4PMUA 1GQLA 2MANA 4OJYA 1SR0A 1W3KA 5D4YA 4AD3A 3U57A 1UH3A 1VBRA 4F79A 3HN3A 4QLKA 3F4VA 3SUVA 4PMNA 1FH7A 1PIGA 5CGTA 4CVUA 3OBAA 1H0GA 4HMCA 4EK7A 3LPGA 5CLWA 5I0DA 5IFTA 2YKKA 1TVNA 3T0BA 4AZCB 2WLYA 3GDBA 3PZMA 2WMGA 4ACZA 4J7RA 5ABGA 4PTVA 1BHGA 4KH2A 4HPGA 1WDRA 1E6ZA 2UY3A 1KWKA 1HVQA 1XSKA 4JFTA 3T2PA 3WMSA 1V03A 1R86A 2BY2A 5CLTA 3BXWA 2D3NA 3RDKA 2VCBA 2EBNA 3O2LA 2WZEA 1CGWA 5I3DA 4TUFA 4PUDA 3D5HA 4E8CA 1GOWA 3OZOA 1NP2A 1EGZA 2J79A 1J0YA 4YPJA 1KXTA 5LYRA 1UOKA 5DT7A 1ZU8A 1DWJM 1UR8A 5IFPA 2O9OA 2ZXBA 5M5DA 3EMCA 4UQCA 4M56A 3CMGA 1Y7VA 4E8DA 1MVYA 4UQAA 4ZE4A 5M03A 5AY7A 2BY1A 5D9NA 1V3JA 2DEPA 2ZUMA 5A3HA 4NI3A 4FLQA 2GJRA 3OIHA 4N0RA 1JI1A 1JYNA 4XZBA 1NARA 1W1PA 1JG9A 4GXPA 1QNOA 2FHCA 3IAPA 3ARSA 1OSEA 2G3NA 2VI0A 1AMYA 2A3CA 2GK1A 2ZX8A 4LYQA 3VIFA 4CD8A 1EH9A 2WKLA 4W88A 1YQ2A 1W9DM 2A3BA 4AD0A 3VD3A 1H5VA 2WBGA 1G0CA 2X8RA 5A8PA 4KGJA 2JF7A 4UFHA 1O7AA 3DC0A 3QR3A 2OYLA 1CGVA 2XTKA 3SCRA 3W82A 3DYMA 1LL4A 3EDEA 5GNXA 3W81A 3DHPA 1KCKA 2XPKA 1WZKA 1QVBA 2VC9A 1H49A 4CU6A 1VAHA 5JIPA 1BVZA 1ODUA 3AHTA 3B9EA 4BQ2A 3LPPA 1MQQA 2F2HA 3BAIA 3WDHA 1J0KA 3AXHA 4R5EA 3FHAA 5EMYA 1W9BM 4TTUA 4LYPA 3UR8A 1KBBA 4MNKA 2J7BA 3CZGA 3GXFA 5A69A 4ML4A 3AMCA 1XGZA 2OSWA 1QI2A 1KXVA 5I77A 3T0DA 2OWCA 3CGTA 2BVYA 3RM9A 1V6YA 4ACZB 1GOIA 3GNPA 2X1IA 3EMQA 3DYPA 1R8LA 4UOZA 5I23A 4KRUA 3MUZ1 3AXXA 5FL0A 4LXFA 3PHAA 2CBVA 3BMVA 1JZ3A 3AIUA 1B3YA 3OGSA 4IISA 4A3HA 3ARRA 1MQPA 1E43A 3WF2A 2E8YA 3WD3A 2EEXA 2WC3A 5A6JA 2ZX5A 5FCZA 2ZICA 3II1A 4CU7A 5ECUA 3FNDA 1O6IA 1GW1A 5I6SA 1DWIM 1HJQA 3AZTA 3UG4A 4EE9A 4TTGA 2WVUA 5FL1A 2G3IA 3CLWA 3MUY1 3OZPA 3VDAA 3GH7A 2ESCA 3A4WA 1JIBA 3CHCA 2DT2A 1H3GA 2WKGA 4HOWA 3MS8A 1JZ2A 3BSHA 4QLLA 3TA9A 2XHYA 1JF6A 4AMCA 4D71A 1TE1A 4H41A 4BQ3A 4JAWA 1PX3A 4JCLA 1HKKA 1E5JA 3EDFA 3ZMRA 2V3FA 3THCA 4MB1A 4W93A 5CPQA 2BY0A 1ITXA 2BHZA 5FKYA 3WF1A 2J7CA 2FGLA 2GK1B 4PMZA 4PMXA 2A3AA 4BS0A 1CXLA 2W91A 5ABHA 3WQWA 4HTYA 1WZMA 1AVAA 1UWUA 1N82A 2EPLX 4AD5A 2GSJA 2EPNA 1HJVA 6CGTA 3M7SA 1QI4A 1LL6A 1XV8A 4HZ6A 4Q22A 3EDKA 5A2AA 2ZUWA 3WNMA 1SYTA 3VDCA 2W92A 1JI2A 1XH1A 1P6WA 4D72A 3QOMA 2WMHA 4CUCA 1OD0A 4S3KA 1TA3B 2E3ZA 3WN6A 3SCWA 5DEZA 1C91A 1J0ZA 1NOWA 1CBGA 1EQPA 3WBAA 3F5KA 3HMCA 2D0FA 2WW5A 4Z2HA 3AMLA 3KE0A 3ARVA 1KQZA 4JKKA 1VFUA 4DWSD 3VMNA 3SCOA 5E9AA 1KGUA 3VDBA 3RCNA 1CIUA 4PEEA 1HIZA 1SMDA 1G1YA 2D0HA 3K4DA 3CZJA 1W3JA 2JFEX 1FFQA 1W9PA 3WUEA 1WDQA 3T09A 1WP6A 4HOXA 4U2ZA 5IHRA 3F5JA 4KGLA 3FAWA 4IUGA 2WANA 4DM2A 3AHZA 3W26A 4AZHA 2DIEA 3A4AA 2VZVA 2YL8A 1W9UA 2FHBA 4AZ6A 1GOQA 1H11A 1QBAA 3CZEA 2CBUA 3IJ8A 3VM7A 1PZ3A 3PZ9A 3GNRA 3G6LA 4WKHA 4FLSA 1W9VA 4U2YA 2VRQA 1XYZA 1BG4A 2F8QA 4W8AA 1CLXA 1CXIA 4W8BA 2VCAA 2YJQA 3MV11 4AZGA 1JDCA 2VL4A 1WO2A 5D8WA 4X0VA 1QI5A 2CYGA 5I5RA 3UR7A 4AZ5A 1KGXA 4PCTA 5LA0A 5CGMA 3GXIA 5A6BD 1LF1A 3EYPA 2WPGA 4AW7A 4HP5A 3UG3A 1K9FA 1U33A 1UH4A 1JXKA 2V38A 4AD2A 4HZ7A 2BY3A 2ZXDA 1G01A 4AWEA 4P8UA 3WUBA 4NSBA 1BG9A 2XSBA 1IV8A 3ARTA 3AYRA 1V0NA 4LQ1A 2NSXA 3MUAA 3A4XA 5E70A 4MAVA 4QAWA 1DWHM 1UA7A 1V3MA 4DUXA 2W63A 1ISVA 4H2CA 5A6LA 1W2VA 4WIWA 4D6JA 3N12A 3VGEA 2YLLA 4JFVA 1HKIA 4MB3A 3GYCA 1WB0A 2YL9A 3A3HA 3BAYA 2OSXA 1ODZA 3NSNA 3VINA 2CPUA 2WC4A 2X05A 3HU7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1UKO A;  3T42 A;  1JRC A;  4HZM A;  1JZ6 A;  3FJN A;  2E68 A;  1E0U A;  1NWT A;  3N2O A;  4HIB A;  4V1Y A;  1KM5 A;  3NGF A;  3CZL A;  3O9N A;  4RDY A;  4B5N A;  1ZJH A;  5EPD A;  9XIM A;  2JF6 A;  3SCQ A;  3AIW A;  4A3Q A;  3QR1 A;  4B5S A;  3RRX A;  4PUN A;  3GU0 A;  4HA3 A;  3NDY A;  5HWJ A;  3LCG A;  1TTQ A;  4EPE C;  1QO2 A;  3NZQ A;  4OBS A;  5L6U A;  2J62 A;  3CT7 A;  4JYD A;  2W4X A;  4OWG A;  4UQB A;  2PDX A;  3UU0 A;  3KRZ A;  4J4O A;  4Q32 A;  2TMD A;  4LT9 A;  4S39 A;  2ZOX A;  1FP9 A;  4CQC A;  1W1V A;  1Q3N A;  1GHS A;  2YL5 A;  3GIQ A;  1ADO A;  1BRL A;  4TQT A;  3IVU A;  5BRP A;  1QNR A;  3U2E A;  4MUP A;  4DBU A;  3UEQ A;  3IIO A;  3GSM A;  4AVF A;  4QE1 A;  1KFB A;  4CN4 A;  2KX9 A;  4GYF A;  4GQ0 A;  3TIM A;  3E0L A;  2A1Y A;  1GQJ A;  2EPO A;  2FTY A;  1XYA A;  2OKT A;  3LXB A;  4A6G A;  1UWI A;  2F6K A;  4PTX A;  4O8R A;  2GWG A;  3NQB A;  5FJU A;  1K6A A;  1M5Y A;  1ROU A;  3BCF A;  2QCD B;  3GG1 A;  3LER A;  4K36 A;  2DT1 A;  3UXA A;  3EOO A;  3SN1 A;  4M29 A;  3OG2 A;  3EWZ A;  5FJP A;  2J8F A;  2YDR A;  1IR1 A;  1JUL A;  1MQR A;  3LEP A;  1D3H A;  3LCF A;  3PWI A;  1E0X A;  2VVN A;  3P60 A;  3WLO A;  3SRK A;  1EJW C;  1GQN A;  3CAK A;  2Z6J A;  3QV6 A;  3S1V A;  3W75 A;  4LOC A;  4M51 A;  3C6C A;  3NGJ A;  1RJQ A;  4PSP A;  3BV7 A;  1UPP A;  3S5Y A;  1P0D A;  2HVN A;  5FSD C;  3KHJ A;  1IGS A;  4QNW A;  3XIN A;  3GBD A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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