4E0C | Genus

Total Genus 136

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	136
sequence length	321
structure length	313
Chain Sequence	MQKSVLEQLKQVTMVVADTGDFELIKKYKPVDATTNPSLILKAVKEQKYSNLVAETISKVKANNPDLNSDDLVKEIAIEILVSFGIKILDVIEGKVSSEVDARVSFNSATTIDYAKRIIARYESNGIPKDRVLIKIAATWEGIKAAKLLQKEGINCNLTLIFDKAQAKACAEAGVYLVSPFVGRITDWQMQQNNLKTFPAIADDDGVNSVKAIYKLYKSHGFKTIVMGASFRNVEQVIALAGCDALTISPVLLEELKNRDEHLEVKLTKPQISEADFRWLMNENAMATHKLAEGIRLFTKDTIELENIIKQNL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
molecule keywords	Transaldolase
publication title	Adherence to Burgi-Dunitz stereochemical principles requires significant structural rearrangements in Schiff-base formation: insights from transaldolase complexes. pubmed doi rcsb
source organism	Francisella tularensis subsp. tularensis
total genus	136
structure length	313
sequence length	321
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date	2012-03-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00923	TAL_FSA	Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4e0cA00

3BW3A 4O14A 1YXDA 2ZCGA 2ZZ3A 3GXNA 4O0ZA 2J9YA 5BOOA 4HNTA 1XM3A 3GZ3A 3MUXA 4H3DA 5KZDA 4LRSA 4IGHA 2AGKA 3WK2A 3KRZA 4JX6A 1OFAA 2XFWA 4HSNA 4I7UA 3VE9A 5FESA 4I7WA 1PVNA 4S2CA 5AFDA 1DV7A 1I2OA 1G7VA 4Y9AA 1F6PA 1IIGA 1KFKA 1NEYA 1GT8A 3VI2A 5BNKA 5I3KA 4K36A 4JTKA 4AB4A 1K8XA 4OBTA 3LDVA 4RJEA 3NQCA 1HUVA 3HOJA 3M5VA 1CX9A 4TX9A 1HTIA 5L6UA 4KFNA 1B3OA 3TKFA 3STCA 3GXPA 1L9WA 1G4PA 1O5KA 2O7SA 1W3IA 3ZWSA 2EPHA 5LKYA 1XUZA 4K6AA 4Z0SA 2TSYA 1JCLA 4N6FA 2X1RA 3QRHA 4UMCA 4RCXA 3T44A 1SZNA 2FJKA 4KFPA 1FBAA 3W85A 3ABRA 1I2PA 3TJLA 3W70A 4IJBA 4JDYA 3KVJA 4DO6A 3BGGA 1MEWA 4IUOA 1E51A 2A85A 4GJ1A 4N9BA 4NXSA 1DKWA 1R46A 4JTHA 2CZDA 5MHBA 2B7OA 1WX0A 5FF3A 3UXAA 5D04C 1NSJA 3EX4A 1TV8A 2ATSA 3VNDA 4FXRA 4YWIA 2QCNA 5CPLA 1ZFJA 4M6VA 2DZTA 3NQFA 1DJNA 2PRMA 4A2RA 3CQ0A 3W7DA 1LLWA 5G5IA 1OF8A 2FLIA 3QMSA 4DBDA 1SFLA 3NPXA 4WOZA 2WOQA 1VCFA 5TQLA 5G4WA 1ZAHA 2QCLA 5FEZA 1TTJA 1S5TA 1OX4B 3MHFA 1ZCOA 3NVTA 3KRSA 3LCIA 2Q3RA 5C54A 1W31A 5LGXA 2AQWA 2VFIA 2P1FA 2JGQA 1W3TA 2YFNA 3W2NA 3QPZA 3W1PA 5DELA 1FDJA 2OT1A 2KZHA 3M5XA 3P80A 1FY6A 5CPMA 4BK9A 2YXGA 2FDSA 1TPB1 3E9AA 3W7CA 4X2RA 5LSMA 4ZQMA 3N3MA 1KM1A 3ATZA 4GBUA 3E0IA 2VXNA 1KLYA 2W79A 1C9DA 1H7OA 1B57A 2V30A 5AC8A 1H7XA 2OX1A 3BK0A 3GK0A 2ZZ6A 1PCKA 1GJPA 1EP2A 2DJXA 1WV2A 3G1AA 4N9EA 5K4ZA 2WSYA 2A7PA 4HSOA 3M41A 4MFEA 2DP3A 1H62A 5K7JA 3W84A 1H7PA 1VYPX 2BSLA 3G3DA 4N9DA 4JX4A 4JN6A 2DZXA 1I2NA 2Y7EA 3F03K 2OZ0A 2H8XA 1T0OA 1ZNNA 3O8AA 2YSWA 2RKXA 4HHPA 1Q3NA 4MKNA 1LROA 3N9SA 4LC6A 4QISA 3NPUA 3L21A 3LXBA 2QCDA 2JKEA 1OABA 4PL1A 4B5NA 3Q94A 4UUIA 5C6MA 2VENA 1GVOA 3Q2DA 3MI3A 1L6SA 1JQXA 2DU2A 5L9FA 2R8WA 3LM7A 1ME9A 3NQEA 1YPFA 4UNKA 2B7QA 2QCCA 2ZTJA 1W8SA 4NJKA 1TIMA 1ME8A 3NA8A 3W86A 1QPQA 1FWWA 2J9XA 1ALDA 2TRSA 2JKPA 3GDRA 2GVGA 4O12A 2J9ZA 4O13A 3M5YA 3NL2A 2O7QA 2C15A 2W0UA 3EWZA 3SSJA 1A53A 3KVKA 2QUVA 3W72A 3IIPA 4N9CA 1R30A 1LDCA 4PA8A 2QCFA 3NGJA 1QR7A 2B7PA 4IOTA 1SZEA 4XKYB 5FEXA 3R12A 2X16A 1QFEA 3MWAA 1DBTA 3H53A 1QWGA 4P2VA 3W74A 2FFCA 2TMDA 1T96A 2NWSA 1YDOA 3G1XA 2WV8A 3EX3A 2NLIA 4R7JA 4AHPA 3MHUA 2ZDRA 3IGUA 3BG9A 4JTUA 2CZEA 2V9DA 2PURA 3L0GA 1TMHA 1YDVA 3NL6A 3HG3A 5DN1A 1PS9A 3B0VC 3S9YA 2XN0A 4Z1BA 2QDHA 1FWSA 1AMKA 4AF0A 3GDLA 1Q45A 3BGJA 3NXFA 5GVJA 1XDMA 1Q6QA 4M5PA 3TDFA 4JNMA 3NR0A 3HGRA 2Q8ZA 2VFEA 1XFBA 4IMFA 3K30A 1WQ5A 4IPIA 4JX5A 4KFOA 3W2MA 1LZOA 2QCHA 4IXXA 1KBJA 4LC8A 4DF0A 4UC5A 1ZY9A 3PR2A 4O15A 4Y6GA 4BI6A 2F84A 4HN4A 3GYEA 4O53A 3EX6A 1X1ZA 2Y63A 1SO5A 2DZSA 5F4SA 1O95A 4ZQOA 1ZENA 1A5SA 1ZAIA 3L66A 1MEHA 5A5WA 3T4CA 2XN1A 3LI0A 4O18A 2VFFA 1TQJA 3WJYA 5AC7A 1GPWA 5EA9A 1DL3A 4NZJA 4UTTC 1LBMA 1GZGA 5F2IA 3W7JA 3W07A 3FS2A 4HPXA 5D33A 3U2OA 1H63A 3O63A 4ZQNA 2VEPA 3MYPA 5HQEA 3EWUA 3U6WA 3FJLA 3LHZA 3NG3A 3THQA 3W1NA 1JCMP 1G4SA 1M5WA 2Z6JA 3BVJA 1H1YA 4PTNA 3JS3A 2V81A 4R34A 5EYWA 1FCVA 4FX6M 3DFSA 5LGZA 3NZ1A 3DI1A 1QMLA 2V0TA 3WFAA 1F2JA 3LRMA 1M6JA 5LNRA 4JTEA 5AYXA 4GUJA 2A2IA 2H90A 1DQXA 4LNYA 4JICA 3QFEA 3NQ8A 4ZMGA 5F1UA 1FWTA 3BW2A 1VYRA 2HMCA 3G1VA 3KX6A 4JY8A 3PUEA 3PB0A 3QQ0A 4NT0A 5FEPA 1KM2A 2C19A 4FX8A 3HO8A 4IMGA 1H1ZA 1GG0A 1J2WA 1IXPA 1T8XA 1KFJA 3GX9A 1F05A 3C2VA 4FO4A 3UWZA 3HGJA 4C1LA 1TTIA 1AL8A 3M6YA 4NJGA 1LOLA 3F4WA 2RDTA 4MZYA 3DH7A 1OFEA 2A1YA 5HMSA 2NX3A 4LY8A 1D9EA 3EX2A 3P60A 4ONVA 1KFCA 1KV8A 1G67A 1GEQA 1ZHAA 2VFHA 1SO3A 4OWGA 3UZJA 3PBYA 4JIQA 5FEWA 1UUOA 2DZUA 1H5YA 1FUYA 3HPSA 3C52A 3B03A 2C3ZA 3N34A 4POCA 1OYBA 3CB8A 2C18A 3LCLA 1Q6LA 3HG5A 4LWWA 1ICSA 3EEGA 4DPPA 1OFBA 4MY9A 3PUOA 1QO2A 3Q37A 2R94A 5I3GA 1UUMA 3VE7A 1XBZA 4O28A 3TH6A 4GXMA 1HFBA 3HJZA 4JYDA 5AHNA 5LHFA 4QNEA 2CZFA 3T7VA 3OEXA 3FJ6A 2W6RA 2ZZ5A 2ZZ4A 5I3IA 2C13A 2NXGA 4E38A 2PC4A 2V5BA 2VOMA 2GJLA 4UMBA 3KAOA 2LLEA 1SSDA 3O05A 3TAOA 5C5YA 1Z48A 1YPIA 3W23A 3T40A 1TTPA 4O16A 4LUJA 4LVBA 4TO8A 2ZBTA 2C1HA 1HO1A 3G8RA 3STFA 1JCYA 1NF0A 2FQIA 2GUUA 4G1KA 3UYCA 3BPWA 3KXQA 4LVAA 4RZ5A 3GR8A 3W1QA 5CSRA 5H2ZA 5KINA 1FWNA 3NDOA 4FIRA 1QNVA 3VKJA 4LS1A 3RMJA 5AC6A 1Q6OA 1WOAA 4OV4A 1LBFA 3ZR4A 5KSWA 1YXYA 4TIMA 4A3UA 1C29A 5G2WA 1KTCA 3W1AA 3AO0A 3T78A 3S1VA 4ADSA 3EXTA 2HTMA 2Y6ZA 1X1OA 3KRUA 4NJJA 3E12A 3S1XA 3W7QA 3GVGA 3TXVA 4XTIA 3QW4B 4X9SA 3N14A 4QJ1A 2X1UA 1UJPA 1N55A 3TQKA 3G1HA 2YDAA 3QYQA 2B0MA 1TJRA 4OV9A 1DVJA 2P10A 3HPZA 4OHQA 5J5RA 1RZMA 1GTEA 1TPEA 3MP4A 2ZZ1A 2WPBA 1I2QA 5CKSA 3T55A 1LBLA 3L9CA 4M6PA 3QM3A 4R53A 3PBVA 3UQNA 3AJXA 1VLWA 1XBXA 1F74A 3KFTA 4XUGA 3QMTA 1KBIA 3HG4A 4K37A 1SSGA 3NQVA 3A23A 4RXFA 2E68A 2YGYA 3HGOA 3L68A 3QW3A 2ZRXA 2ZA2A 1NF7A 1TCDA 3EWXA 1A5AA 3UWUA 3W7IA 1ADOA 3UD6A 3IVSA 4JEQA 4QM1A 3C61A 3D0CA 2NZLA 4UFKA 3RLUA 1IXNA 1MSSA 3IVUA 3A22A 4UTUA 4OQVA 1XUUA 3LHTA 3LXCA 1SPQA 1G4TA 1H7NA 2CLOA 2CFFA 3PF3A 3TIMA 4WXYA 1JRCA 4A29A 3S6DA 4ADTA 4FNUA 4YCPA 1RPXA 3LBMA 4O50A 2CLFA 4LUIA 3NAVA 3TV8A 2CU0A 1KA9F 1U83A 5EKYA 1W0MA 4LV4A 4GUHA 3G0XA 1NFBA 1SQ7A 2J88A 2ZYFA 1G6CA 1O60A 4CCCA 1OF6A 3P67A 2RDWA 2GVLA 3EKLA 1OFQA 5E1QA 3G8EA 3DBPA 3TFXA 1M7PA 3NEVA 1JCJA 1H7WA 3W2KA 3WK1A 3GB6A 1VR6A 2B4GA 1Z44A 2Z1BA 4OT7A 1KW1A 1PV8A 1TV7A 4JIPA 4AHOA 4DEFA 2ZQ0A 4AAJA 2E5BA 3TSDA 4GE8A 4Q33A 4K38A 1O4UA 5EL1A 3CIWA 3PG9A 1PCWA 3O06A 5LHEA 4XBKA 2UV8G 5IBXA 2QKFA 1F6KA 3JR2A 5KZMA 1W5PA 2DZPA 3C6CA 5U4NA 2YZRA 3TXZA 1D3GA 1AG1O 1DORA 4UTIA 3INPA 4ADUA 3BG3A 4H6KA 4K39A 4WXZA 3R8RA 1EPXA 3C8FA 4NJHA 3UZ5A 5K9XA 1GQNA 3M0ZA 2YW3A 3TW6A 3B8DA 3P84A 3S0CA 5G1YA 3KHJA 2QJIA 4TMCA 1PE1A 5G2IA 2CLHA 4PC8A 3STGA 5F2GA 4K8EA 4ORMA 2FTPA 2P0OA 1P1XA 3W75A 4BWLC 3O6DA 1VH7A 2ZA1A 3QMRA 1R47A 3QJAA 2X1SA 3LOTA 2C14A 3DZ1A 3MMTA 3HB9A 2GOUA 4IMCA 4BI5A 4CQAA 2VC6A 5LNSA 3R5EA 2A6NA 1GVFA 1XBVA 2QUTA 1N7KA 2Z0IA 3L0NA 2A21A 3B0UX 5D2VA 4QITA 5K4XA 3QQ1A 1SW3A 1BWKA 1SZFA 1KM5A 3RFAA 1P4CA 2I9EA 3G1YA 4UFHA 3DXIA 4YXGA 2NUWA 4EOUA 1XL9A 1OYCA 5CG7A 1TPH1 5IM51 3BLFA 4GFSA 3FKKA 1H50A 3F4NA 4WY0B 1PHWA 3GLCA 1KV5A 1EP1A 4CQ8A 3SI9A 1LOSA 5G4EA 1X6UA 5AHIA 3FKRA 5DXYA 2EGZA 3QC3A 3DENA 3EWWA 5D2TA 4DO5A 4MYXA 3LGEA 4WX2A 2GPTA 2Y89A 3QSTA 1JJKA 2FIQA 1ICQA 1TPFA 1LYXA 2TYSA 4FNRA 5HWMA 5I3HA 3ABOA 3QZEA 3W7OA 3PSVA 1XC4A 3TQ0A 4UTHA 1LTDA 3KVLA 3UNDA 4HNVA 4Y96A 1ZALA 3MP5A 4N2YA 3P5YA 4PCFA 3I68A 3W87A 4NZFA 3MP3A 2ISSA 2A5HA 3I7SA 1C8VA 3PAJA 5CZJA 4CQ9A 6TIMA 3WK3A 1JQVA 1IXQA 2ATMA 2CLMA 3LHWA 3BLIA 2A6LA 4UMAA 1QOPA 3CLMA 1K02A 1NAL1 5U7SA 3TMLA 4UTKA 1QAPA 1YDNA 3SW6A 3GR7A 2WSRA 1VGAA 2BTMA 3EB2A 4JTFA 3S5NA 3IRDA 4PL2A 3TUUA 3W7MA 3MBFA 1OX4A 2NUYA 3TMQA 4BR1A 1WOBA 1TRDA 3C4UA 2QR6A 1W5NA 1RD5A 2ABAA 4E2BA 4BFAA 5BRBA 2YCEA 4ML9A 1XDLA 4RX0A 3G24A 4S1FA 3UY7A 4JTTA 4CNOA 2V2CA 8TIMA 4FNPA 3W7GA 3ABQA 3OHIA 3PUDA 4JYFA 1S5WA 5C55A 3S8HA 1OHLA 2GQAA 4WZHA 1HL2A 1FX6A 5F4XA 5AYZA 4HKPA 2ZA3A 5HUOA 1L2UA 3W1MA 3W7KA 3FYPA 2V2DA 3SGZA 2YW4A 3QEZA 1TSIA 4K7YA 3NQAA 2VKZG 5C2XA 5F2LA 4K7VA 2V5LA 1OG0A 3TW7A 4J9JA 1TRIA 1BTMA 2NV1A 2YYUA 3GKAA 3W83A 4FB7A 4JTJA 2QF7A 3I65A 2E6FA 3LRKA 2PRLA 2EKCA 5D03A 4AWTA 2QUUA 4M7TA 2ZRVA 1DJQA 4UTWA 4YLWA 1EX5A 1OFRA 1QCWA 4XTDA 2I1OA 1UB3A 3M44A 4IWWA 2H6RA 5DLCA 2Y61A 1R2SA 3RF9A 2C16A 1MZHA 1EWEA 2DZWA 4MLRA 6ALDA 5D2XA 4LW7A 5TBOA 1W54A 3MYOA 1TPDA 1GVSA 4XWUA 4NX5A 3EWYA 3BLEA 3FA5A 1SR9A 5I3JA 3KVMA 4EIVA 2CZ5A 3M47A 3QSRA 3NZRA 2A4AA 5FF0A 1EA0A 3DHDA 3GDKA 5LZLA 2R91A 1AK5A 3HQ1A 3CIXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4E0CA

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