4E1NA

Crystal structure of hiv-1 integrase with a non-catayltic site inhibitor
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
152
structure length
144
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSATVKAAWWAGIKQEFGIPNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords HIV-1 integrase
publication title New Class of HIV-1 Integrase (IN) Inhibitors with a Dual Mode of Action.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 46
structure length 144
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e1nA00
1JLQA 1B9FA 3CYMA 3VQ9A 3HXMA 4FJ5A 1LWFA 3HPOA 2YHAA 1CZ9A 5HBMA 1SKRA 3A2FA 4ID5A 1VRTA 4UQGA 3I0RA 3OS2A 4CF1A 4N76A 3DMJA 3AVIA 3VQ4A 3VQ8A 1NOZA 4FLWA 3PX6A 1U48A 1X9WA 2E4LA 4Z0UA 4FXDA 1RILA 1L5UA 1RT4A 1HNVA 3V1OA 4DU3A 2ETJA 1VSMA 1D5AA 2A1RA 2G8KA 3M8RA 1ZBFA 3CG7A 5SZTA 1G15A 4KAZA 4J2BA 1YT3A 2EHGA 1KVCA 1T05A 2JLEA 4DSKA 4PUOA 2XRIA 1RDCA 1TAQA 3D45A 2JGUA 1S9GA 4E3SA 3QNOA 1KVAA 2HHQA 3QERA 4DFMA 4CGHA 4GVMA 4O0IA 1JLAA 1LAWA 2D0BA 4DTJA 4IBNA 4E0DA 4PQUA 4CJQA 1F21A 3KTQA 4CJEA 1RTDA 3U6FA 2XY6A 1SV5A 2PY5A 2OPSA 4KB0A 3CM6A 4CHYA 1RNHA 4NCAA 3OJUA 4JRPA 3RMBA 1R0AA 2HMIA 1BI4B 3QESA 4M3RA 4CHPA 4DTSA 5FRMA 5K14A 1KTQA 2Z1IA 4CGJA 2DFHA 1VSLA 4CGFA 1KLNA 2YHBA 1QE1A 4NYNA 4CEZA 2FC0A 5CZ1A 3TABA 4KHYA 1A5WA 1ASWA 1D8YA 2KFNA 3NDKA 3RRGA 3QIOA 4DSJA 4I9QA 5HRSA 1BISA 3F9KA 4JS5A 1S6QA 1JLFA 4FLVA 3HPHA 3PO4A 5HROA 2KZMA 3AA2A 4FM0A 4AILC 1S1UA 2DFFA 3KK1A 1NJWA 2QKKA 4ELTA 3M8PA 3OS0A 4FCYA 3OYCA 4KREA 5KTQA 1FK9A 4EP4A 3T3FA 3MXIA 4E7LA 1TVRA 1KLMA 2KW4A 2QXFA 2GBZA 3LP2A 3NF9A 4LH5A 3VQQA 4DLEA 3QEWA 4I2PA 4DTUA 4Z4IA 4AHCA 2XY7A 2X6SA 5DMRA 4B3OA 1WAJA 3AO3A 4B9MA 2Z1GA 3ISNC 3QNNA 4O0JA 4KHUA 3K5OA 1YTAA 2D0AA 2ZD1A 3LZJA 2KTQA 1VK0A 1EETA 2HNDA 4CK1A 1LW0A 3PX0A 4CFDA 2XHBA 3SPZA 1TGOA 2VG5A 3PUFA 3NH2A 1GOAA 3KJVA 4KO0A 1Q9YA 3V6DA 4BWJA 4CK2A 1WLJA 1QQCA 4JLHA 4DQIA 3QLHA 1VRUA 2BANA 4O44A 4H4MA 3VQPA 3OJSA 3SQ2A 4DTRA 2HNYA 4HCCA 4M3ZA 1RDDA 5FRNA 3IRXA 4BWMA 4Z4HA 4FYDA 3ALYA 4DLGA 4FM1A 4CJ3A 4FJKA 4MQ3A 1ZBUA 1LW2A 4CEAA 1XC9A 2PYJA 4BE0A 4F2RA 1UA0A 4BDZA 3L2VA 3UIQA 3SQ4A 3C6UA 3TAGA 4QCLA 4M3UA 4DF4A 3L2WA 3THVA 5C24A 1SKWA 2IOCA 3K5MA 2OPQA 3VQ7A 4OGCA 4FW1A 3TR8A 3SPYA 4FJ7A 3AO5A 1ITGA 4NYFA 3JYTA 4FLYA 3H08A 3HYFA 3SNNA 3DLBA 3ZSZA 3NCIA 4RW8A 2YKMA 2G8IA 4W5NA 5E41A 3T1AA 1NOYA 3LAMA 4KV8A 3SUOA 5JS1A 4FLUA 4YFUA 4B9TA 3VN5A 3DOLA 2X78A 4I9LA 3S3OA 1RTJA 4W5TA 4FM2A 1JLCA 1X1PA 4FJJA 3DYAA 4DS4A 3NGYA 1UA1A 2G8UA 2PZSA 4OPJA 5C25A 3DI6A 2FBTA 3DM2A 4CHNA 4CJRA 4OLBA 4DFKA 4W5OA 4FJLA 4FLXA 4CEEA 3OYFA 4M3YA 4DQQA 3DRPA 1B9DA 1JL1A 1UOCA 2B6AA 1FKOA 2YNGA 3TANA 1QSYA 2BGGA 4IG3A 5T7BA 1DTTA 3AVKA 3CFOA 1NK8A 1S1WA 1L3VA 4M3WA 3NGIA 4M3TA 1ZBIA 3KK2A 2HVIA 4M41A 3PV8A 1RDBA 3MAQA 1ZBLA 4AHTA 3O3HA 5J2QA 4OGEA 2KQ2A 3WNGA 1NKCA 4KKOA 2KFZA 1WSFA 5J2PA 3O4NA 1TL1A 5HLFA 3U3GA 5EU7A 3U3YA 4DSLA 1I3AA 4Z4GA 4CCHA 4FJ8A 2VWJA 1U4BA 4NCBA 1HQUA 1B92A 4LSLA 3F73A 1NK4A 3V4IA 3O3GA 2W42A 2IC3A 1LWEA 2RN2A 4KI6A 3WNHA 3LPTA 2OYQA 2KZZA 1RT3A 3C95A 3MXJA 1SUQA 3SZ2A 3TI0A 3LANA 2R7YA 1QSSA 3AV9A 4FJGA 4FJHA 4GW6A 4QAGA 4K8ZA 1W0HA 3L2QA 4IKFA 2OZSA 4XIUA 1LV5A 3LWLA 4AHVA 4KI4A 2IDOA 3AA5X 4C8KA 4ICLA 3KKSA 1NKBA 3I0SA 3EY1A 3IG1A 3QO9A 3V9WA 4FW2A 2B5JA 3HVTA 5KGWA 2OPRA 1QSLA 4CEQA 2I5JA 1J9AA 3K2PA 1SL2A 2GV9A 4PA1A 1W9HA 3NAEA 4RG8A 4IG0A 3ZSRA 5KGXA 1Z26A 4KHWA 3E01A 3MEDA 5J2MA 1T03A 1WNSA 3NBPA 2HHUA 3V9UA 2G8FA 3SV3A 1J5OA 1YVUA 2P1JA 1GOBA 3S3NA 4FK4A 2X74A 1QHTA 4HVJA 1EP4A 4CJTA 3HT3A 4E7HA 3S3MA 3WNEA 3S9HA 1KRPA 3HO1A 3AVMA 1RT7A 3LAKA 3M8QA 1VSJA 4RW4A 5DK5A 3ZSYA 4JS4A 4DFJA 4F4KA 1QTMA 3DLRA 3BDPA 1S9EA 2OPPA 4CHZA 1KFDA 1TK0A 4DMNA 3AVJA 5HRNA 4FJMA 3SJJA 1BQMA 3DOKA 3MECA 4Y1DA 1WAFA 2RKIA 4G1QA 1A5XA 1NK9A 1ASVA 4OVLA 4CJFA 4CJPA 2YNFA 4CIFA 3OS1A 3KLEA 3TAQA 2P5GA 1L3UA 4CJWA 3AVGA 3MEGA 4B9SA 4DQSA 3LP3A 2Q3SA 3CFPA 4N41A 3AA3A 2Y1IA 2NUBA 3K59A 3TAFA 1VSIA 3P1GA 4FZYA 3VQCA 4CJ5A 1K6YA 3RWUA 3HK2A 2HHWA 4B9UA 2HHTA 3VQ5A 1Q9XA 4FVMA 2ITGA 4OKEA 5CY4A 3HPGA 2HHVA 4O55A 3DLHA 1KCFA 3HP6A 2G8VA 1UAXA 4CJSA 1Q8IA 1ASUA 3MEEA 1C1CA 1C0UA 3SCXA 4CEBA 4CJVA 4E7KA 3SQ1A 1JLBA 1TKDA 4ZTJA 1YTUA 4DQPA 4FLZA 4KTZA 3NGZA 2DTUA 4KRFA 3KK3A 1HRHA 1NJYA 1L3TA 1EKEA 1RT1A 2D5RA 4J2DA 1IO2A 3ZT2A 3TAEA 1RBSA 1TL3A 4IFYA 5D3GA 4M42A 4DTPA 4DU1A 4CF9A 4DTXA 3AVHA 4KPYA 3AA4A 3P5JA 3ZSVA 1BQNA 3OYKA 1CZBA 3SV4A 4O4GA 1HYZA 4E1MA 3M8SA 3HM9A 1WSHA 3QINA 4HUEA 4HTUA 2P5OA 4CF2A 4CGDA 4DSIA 2YKNA 1Y97A 1SKSA 4B8AB 1HMVA 1VSKA 4AH9A 3NH0A 3OYIA 3K5NA 2Y1JA 3EYZA 1RCHA 1JL2A 4PWDA 4CF0A 3AO4A 2YNHA 3AVNA 4KTWA 4OKJA 3DRRA 3T19A 1TV6A 5J2NA 2ATQA 4RW6A 4R5PA 4F3TA 5C42A 4CGGA 1SL1A 4CIEA 2XY8A 1TKTA 4E19A 2O4GA 2O4IA 4NCGA 4Y1CA 4DFPA 1D9FA 4BDPA 4LD0A 3G0ZA 4MFBA 1RBRA 4DQRA 1MU2A 4DG1A 4H8KA 3OYAA 1JKHA 3AVLA 5CYQA 1BIUA 1U47A 3HL8A 3NFAA 4C8NA 2IGIA 4CE9A 3QEPA 1C0TA 4B8CA 3L2RA 1N5YA 1C1AA 4B9NA 1VSFA 1IH7A 3VQ6A 3ZSOA 4CIGA 5I42A 4FJ9A 3V9ZA 1REVA 1VSEA 4LY7A 1BL3A 1TKZA 4O5BA 3LP1A 1L3SA 3AVBA 1JXBA 4KHNA 3HP9A 1TKXA 3RMDA 2WONA 2FBXA 1JLGA 2XO7A 1S5JA 1IKWA 3OYBA 3AVAA 4N47A 4ELUA 1NJXA 4CERA 3B6PA 3LWMA 4B9LA 2YV0X 4HUGA 4DU4A 4N56A 4ELVA 4J2AA 1BCOA 1C1BA 4H4OA 2FBYA 4RW9A 2Z1JA 2G8HA 4CECA 3NHGA 3CQ8A 3RTVA 2QKBA 3JSMA 4DTMA 4CJ4A 2X6NA 4IFVA 4FZXC 1C6VA 1NJZA 1HYSA 1TK8A 3QIPA 1BCMA 4TSXA 5CYMA 3LPUA 3OYJA 3DLEA 2RPIA 3KLIA 3VQEA 3RMAA 4PY5A 3DRSA 3HVRA 3C94A 3SUPA 1IKYA 3DLKA 3K5LA 4Z4FA 4F8RA 5HRRA 1D9DA 3KKRA 4ZHRA 1XWLA 4KHSA 4CFAA 1LAVA 3OYLA 1KFSA 3ZSQA 4FK2A 3O3FA 1RTHA 2HNZA 4C8MA 4M45A 4CF8A 1O1WA 2F8SA 4B9VA 1J53A 2F96A 3EZ5A 4RW7A 3QEVA 2E6LA 2LSNA 3KD5E 2OA8A 3OY9A 2ZE2A 1HPZA 3MXMA 1QS4A 3HSTB 3L8BA 3OVNA 3L3UA 1RT2A 4YNQA 2Z1HA 5I3UA 3ZCMA 2DY4A 1CXUA 2HHSA 4DTNA 1FKPA 4KB1A 2IS3A 1IKXA 1RTIA 1S1XA 1NK6A 3SQ0A 3ZT4A 4B08A 4M3XA 5HRPA 1Z25A 4L8RB 4E89A 2BE2A 1NK0A 4K8XA 1X9SA 5SWMA 5HP1A 1RBVA 1CLQA 1S6PA 3PY8A 2E6MA 3ZSWA 3VA3A 3QETA 3VQAA 4FK0A 4DF8A 4EP5A 4FJXA 3VQDA 1JLEA 3KIOA 4LSNA 3ZT3A 1XHXA 3SUQA 3RMCA 1KVBA 4BACA 3ASMA 3C6TA 4ID1A 4AHSA 4Q5VA 4FJNA 4W5RA 3OYMA 1RBTA 1HNIA 3AO1A 1KSPA 4F2SA 3ZSXA 3V1QA 3DLGA 3L3VA 1T8EA 3V9SA 4CFBA 4CEOA 4AHRA 5KI6A 1TK5A 3TWHA 1IKVA 1DLOA 3D0PA 2HW3A 3RRHA 3LDSA 1VSHA 1BHLA 3VQBA 4W5QA 4BE1A 4CJLA 4CGIA 4FJIA 2OZMA 2IAJA 4GMJB 1HJRA 1VSDA 2P51A 4OLAA 1WSJA 2HB5A 3VA0A 2EX3A 4IDKA 3PO5A 3ZT1A 4I2QA 2AJQA 1A5VA 4KHQA 1NK7A 1U49A 3KLGA 2XY5A 3ITHA 2VG7A 3AVCA 4KFBA 3KLHA 2B4JA 3RR8A 3AVFA 3OYEA 1SL0A 2F8TA 3FFIA 3V1RA 3SI6A 1HYVA 3TAMA 2WOMA 5J1EA 5CZ2A 4E7IA 3TARA 3LZIA 2G8WA 1WSGA 2ZQBA 3G10A 1T7PA 4CK3A 3HJFA 4FZZA 4LH4A 1GOCA 3TAPA 4F3OA 4N5SA 5KRSA 5FROA 4CJKA 4QOZB 4DSEA 4BDYA 3NF6A 1WN7A 4FLTA 3RR7A 3KD1E 1WSEA 1UWBA 4CESA 3PX4A 1BIZA 4CHQA 2HVHA 3CFRA 2D0CA 3ULDA 1NKEA 4HUFA 1J54A 4OJRA 3ZT0A 4DTOA 2HHXA 3QEXA 3NH1A 1WSIA 1S1VA 2BDPA 1CXQA 1IG9A 1X9MA 1C0MA 3NE6A 3K57A 1N6QA 1JXEA 5KRTA 4WE1A 1XHZA 4EZ9A 4Z4CA 1TAUA 4E7JA 3WNFA 3CM5A 4ZTFA 3B6OA 4DSFA 1U45A 4KTQA 2FBVA 4DWIA 1EXQA 2YNIA 1FXXA 4CHOA 2QK9A 3O4QA 3P83D 1ZYQA 3NF7A 1RDAA 3I8DA 4Q0BA 4OKKA 4C8OA 3OYDA 4CJUA 4I7FA 1NK5A 1RT5A 4BE2A 1DTQA 2RF2A 3K58A 4J2EA 4EZ6A 1RT6A 2GUIA 3LALA 4CEFA 3OYNA 1BGXT 3AO2A 4C8LA 1ZBHA 3OYGA 2VG6A 4OPKA 3OYHA 1BI4A 3SUNA 3IAYA 4HHTA 4CEDA 1LWCA 5FDLA 1I39A 4DS5A 3SYZA 1U04A 1S1TA 3IS9A 1EX4A 2A1SA 4E1NA 3KLFA 5JS2A 2DFEA 4CFCA 3L2UA 1XI1A 3V9XA 4Z4EA 3V81A 2PYLA 4JRQA 1HQEA 3BGRA 3LP0A 3NF8A 1RBUA 2VWKA 3QEIA 4HCBA 4AHUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DPNA 1P8ZA 3HXMA 1N33K 3HPOA 2PFUA 3FLCO 5HBMA 4DR5K 1ZBSA 3L4QA 4UQGA 4CF1A 3DMJA 1L5UA 1HNVA 4FWNA 3V1OA 4DU3A 5AQHA 3W3DA 2IIRA 5SZTA 5AQUA 4PUOA 2JLEA 1RDCA 2FF3B 4BRAA 1P90A 3ULEB 1K8KB 3QERA 4CGHA 3P38A 2UUBK 3O6WA 1JLAA 1GLFO 1HKBA 3KTQA 5BRDA 1JCGA 2PY5A 4CHYA 3OJUA 4JRPA 1R0AA 2HMIA 4DTSA 5K14A 2DFHA 2YHBA 1QE1A 3I33A 3N4PA 2FC0A 4NYNA 4KHYA 1A5WA 1ASWA 2RHKA 1NG9A 4AQYK 4DSJA 1BISA 3F9KA 4E1JA 3HPHA 4NB4A 1S1UA 4ELTA 3M8PA 4FCYA 3MK6A 4RWTA 4EP4A 1KLMA 3TAQA 4Z4IA 1GLCG 1GLLO 2CGJA 3KZBA 1WAJA 3AO3A 1N36K 3ISNC 3CF5L 4KHUA 1YTAA 3LZJA 2HNDA 3VOVA 2XHBA 1KAYA 4YDUC 1TGOA 3SPZA 3ENOA 3KJVA 4B3RK 3BUZB 5BN8A 1HLUA 3V6DA 2GWJA 4DQIA 1VRUA 2BANA 3C7NA 3GOIA 1QVFM 3I56N 2P9SB 3T1YK 4M3ZA 5FRNA 1HR0K 4FYDA 3ALYA 4FM1A 4CJ3A 4FJKA 4CEAA 1U2VB 1YI2N 3L2VA 2VYPA 3SQ4A 3TAGA 4CZEA 2O8DB 4BC5A 3SBGA 4FW1A 3TR8A 1GLAG 3VEZA 3SPYA 1ITGA 4FWRA 4NYFA 4EHTA 4FLYA 3SNNA 2YKMA 4FWPA 2G8IA 1NOYA 5AQIA 4KV8A 4YFUA 3VTHA 3VN5A 4W5TA 1X1PA 2HOEA 5GAHP 2G8UA 5I9EB 2FBTA 3CCSN 4M3YA 5AQGA 2WC9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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