4E89A

Crystal structure of rnaseh from gammaretrovirus
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
PDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords RNase H
publication title Crystal structure of xenotropic murine leukaemia virus-related virus (XMRV) ribonuclease H
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus
total genus 43
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e89A00
3QO9A 3CG7A 3HK2A 4CFDA 1JL2A 4ID1A 4FLUA 3QETA 1TV6A 1BQMA 3EYZA 2OPSA 4M3YA 5FRNA 3TAQA 3LZIA 3TANA 4G1QA 4FJXA 3L2UA 4DTSA 2DTUA 3C95A 4E19A 4DTPA 3AVGA 3DOLA 4YFUA 4EZ6A 2BDPA 4E7IA 4W5TA 3I8DA 3ULDA 3CQ8A 4CF2A 3UIQA 3OYDA 3AVKA 1XHZA 1VSDA 4HUFA 4Z4FA 1JLQA 1VSIA 2HVHA 1TKXA 3WNFA 3DRRA 3WNHA 1W9HA 4E0DA 3KLGA 4DFMA 3K5MA 3DLEA 2G8UA 4ELVA 3RR8A 4CGHA 4HHTA 3QEXA 1XI1A 3AVAA 2XY7A 1NK0A 3ZSXA 4MQ3A 4BE0A 3SCXA 4K8ZA 1VRTA 4ELUA 1WSJA 4NCGA 3NGYA 4FLXA 3DRPA 4E3SA 4M3WA 4E1MA 1HYVA 3B6PA 3NF7A 4GW6A 4TSXA 5I3UA 1JL1A 1S1VA 2YHAA 3KLIA 4OKJA 3S3MA 4DS5A 3SQ2A 1D9DA 1WLJA 4DF4A 4L8RB 4FJ9A 5C42A 1RT4A 1ZYQA 3QNNA 2QKKA 4FZXC 2X78A 3AVJA 3LPTA 4XIUA 3NCIA 1WSIA 2OPQA 4Z0UA 4CJQA 5CZ2A 4C8LA 3ZT0A 1HYSA 4DTXA 2PZSA 4M3TA 3IS9A 4IFVA 4KRFA 2D0BA 4KFBA 4CIGA 3O4NA 3C6TA 3E01A 4DWIA 1EETA 4KV8A 4ZTFA 4M41A 3TAPA 5FRMA 3V9UA 4JLHA 3NF8A 2ZD1A 3K5NA 4IDKA 4E7LA 3KJVA 4Z4EA 1RDCA 3V1QA 4HCBA 3AVIA 4CJEA 2XHBA 3MAQA 3H08A 2O4IA 2XRIA 1JLFA 4EP4A 4FLWA 1RBUA 3RMCA 5SZTA 4I2PA 2HHXA 5KRSA 1T8EA 3VQDA 2A1RA 1ASVA 1ZBFA 4B8AB 3NF9A 2W42A 3VQ9A 4QAGA 1BCOA 3AO1A 4EZ9A 1BQNA 1IKVA 3LWLA 3AV9A 4E7JA 4NYNA 2YHBA 3TAEA 4CFBA 1BL3A 3MEGA 4BACA 4E7KA 2DFHA 2FC0A 2RKIA 2DY4A 2OPRA 3LDSA 3KK3A 1SV5A 1KTQA 3EZ5A 3LP1A 3LAMA 2HNDA 3HPOA 3OYJA 2KW4A 3OY9A 4KB0A 3QIPA 4NCBA 2HHSA 1JLCA 1EKEA 3VQPA 1T05A 3T19A 3OJUA 3PY8A 1LAVA 5HP1A 2KFNA 1BGXT 1N5YA 1U4BA 4DSKA 5DMRA 3VQBA 4KHQA 2RPIA 3AVNA 3BDPA 3M8SA 5EU7A 4M3ZA 4FJMA 1SKWA 3P1GA 1VSJA 1BI4A 2YKNA 4KTWA 3DLKA 1RDAA 4CJVA 4DTOA 3IG1A 1VRUA 1QHTA 1KFSA 4J2BA 1U04A 4OJRA 3O3HA 3QINA 1A5WA 1WSGA 1HYZA 4CK2A 3HP6A 4DSJA 2GBZA 1S1UA 3DMJA 4AHSA 3B6OA 4CJSA 3D0PA 4FLYA 3VA0A 3SUQA 2HMIA 4Q0BA 3KTQA 1CZ9A 4DG1A 2DFFA 1S1WA 1WAJA 1QSYA 1RT1A 2X6NA 3A2FA 4CEEA 2B6AA 4C8NA 1KCFA 4B08A 2A1SA 2EX3A 4CF8A 1RTHA 4CHYA 4CGIA 3AVMA 3VA3A 1CXQA 3HT3A 4HUGA 1LW2A 4DSEA 1RTDA 3KD1E 4CK1A 4F2SA 4HUEA 3V1OA 2ZQBA 4DSLA 1S6PA 1JLEA 5JS1A 3AA4A 3DLRA 5FDLA 4AH9A 1DTTA 2OZSA 3K59A 1RDBA 2G8IA 4E1NA 1RBVA 4IKFA 3TAFA 5KGWA 3U6FA 1B9DA 3NH2A 1J53A 1VSEA 4N47A 1D5AA 4O4GA 1XWLA 1RBTA 4DQQA 2VG7A 2FBYA 4B8CA 1U45A 3P83D 4PWDA 2IC3A 4DTUA 5J2QA 4CJRA 4C8KA 3KK1A 1TGOA 3NGZA 1HQEA 5KGXA 3MXJA 4FJHA 3ZSRA 4E89A 1IG9A 4IG3A 4JS4A 4FJNA 1TK0A 4B9TA 2X74A 3AO3A 4FW2A 3ZSZA 2Y1JA 4N41A 1WSFA 1TKDA 1YTUA 3ZT1A 3PO4A 1I39A 2YNIA 4GVMA 3RWUA 1BCMA 3DM2A 1BISA 3P5JA 3OYHA 1CXUA 3SV4A 4DTJA 1L3UA 4KTQA 4PA1A 1N6QA 4CJPA 1Y97A 2YNHA 3V9ZA 2B5JA 1D8YA 3V81A 4KO0A 4AHRA 4J2EA 4DTNA 1DLOA 2ZE2A 4DMNA 3TABA 2AJQA 4RW8A 2HB5A 4C8MA 4O44A 3SUOA 4FXDA 4CESA 1BI4B 1HQUA 3VQCA 4R5PA 3KLFA 4KAZA 2R7YA 3ZSYA 4CEZA 1KVAA 1Q9XA 4DQIA 3ZCMA 2B4JA 4BDZA 1ZBLA 4CEFA 2HVIA 4DFKA 1MU2A 1HRHA 3RMAA 2XY5A 4BE2A 1NK8A 1GOBA 3AVCA 4KHNA 1NJYA 1B9FA 4IG0A 5J2NA 1FK9A 1WSEA 4DFJA 1SL1A 1XHXA 4AHVA 1UWBA 4LSLA 1RCHA 3HPHA 3LAKA 4UQGA 2P5OA 1JLBA 3HP9A 4CGGA 3OYNA 3LWMA 3CFRA 3RRHA 4F3OA 1YVUA 3TWHA 4CJWA 3HM9A 3TR8A 3QEWA 4KI6A 1VSFA 4I9QA 4KHUA 2XY6A 3KD5E 3QEIA 2BGGA 2QXFA 4CERA 3SZ2A 4NYFA 3AVFA 5C25A 1VSLA 1KLMA 3O3GA 3L8BA 4QOZB 4H8KA 2G8FA 3OYCA 1LV5A 1UA1A 1IKXA 1FXXA 4ZTJA 3DI6A 1SKRA 3K5LA 3S9HA 4LD0A 1C1BA 3MECA 1ZBUA 3VQ4A 3M8PA 2EHGA 4FVMA 4ID5A 3HJFA 4BWMA 1C6VA 1A5XA 1TK5A 1XC9A 2WOMA 1QTMA 3O4QA 4KI4A 1VSHA 4CF1A 4KKOA 4W5NA 3VN5A 4PY5A 3NHGA 4CEOA 2G8VA 1WN7A 3CFPA 4KHYA 4F3TA 2KTQA 4B9SA 3VQQA 2XY8A 4FLZA 1D9FA 1Q9YA 4DS4A 4I7FA 3HL8A 1SL0A 4O0IA 3ITHA 2P1JA 3HYFA 3SUNA 1RTJA 1EX4A 4CJ3A 3S3NA 1UA0A 2P5GA 4B9UA 3VQ6A 4PQUA 1TAUA 5T7BA 3QIOA 3L3VA 3LPUA 2IAJA 3HVTA 3OVNA 4N56A 4AILC 1JLGA 1QSSA 4KHSA 4CECA 3AO5A 3SPYA 3ISNC 4IBNA 4BDPA 2IOCA 3S3OA 3WNEA 4LH5A 1KFDA 5JS2A 2HHVA 4I9LA 1NKBA 4CHNA 4DSIA 4FJ7A 4DU4A 1QS4A 3ZT2A 1DTQA 1IKYA 2YKMA 1RT6A 2Z1GA 1TL1A 4HTUA 2F8SA 2HNYA 3PUFA 4RG8A 4FJGA 1Q8IA 2D0CA 4M45A 5CZ1A 4F4KA 1ASWA 5DK5A 3OYKA 4B9VA 2D0AA 3JYTA 1VK0A 2OPPA 1J54A 1G15A 4ELTA 3LP0A 1LWEA 4N5SA 4CEBA 3V1RA 4CIFA 3PX6A 4CCHA 5FROA 2X6SA 5HRNA 1NOZA 1O1WA 2JGUA 3KIOA 1NJWA 2ITGA 4Y1DA 4FCYA 1S5JA 4ICLA 1IO2A 3TI0A 5E41A 2IGIA 4LH4A 4RW6A 3TAMA 3L2WA 3RRGA 4CJ5A 5KTQA 4DQPA 1UOCA 4KTZA 3OYFA 2HHUA 1SKSA 3QEVA 4LY7A 5HRPA 4OPJA 1J5OA 4FK4A 3HPGA 1ITGA 5CYQA 4OLAA 3OYLA 3KLEA 5K14A 4Q5VA 1KRPA 5HROA 3SQ0A 4EP5A 3V9WA 1BIZA 3C6UA 4OKKA 3SI6A 3DLHA 4I2QA 4CF9A 1S9EA 1C1CA 3DOKA 1Z25A 4CGFA 4F8RA 4B9LA 4FK2A 2XO7A 4W5OA 2VWJA 4CEQA 3ALYA 3SUPA 2YNFA 4CJ4A 2BE2A 3EY1A 1RTIA 4QCLA 3K2PA 3L3UA 3T1AA 3NFAA 3L2RA 4FJJA 4M3UA 2Z1HA 3ZSOA 1U47A 3AVBA 3WNGA 4KB1A 2KZZA 1VSKA 3D45A 4CEDA 4JRPA 1NKEA 4OLBA 1JXEA 2JLEA 4DLEA 3VQ8A 1RBSA 3G10A 3AO4A 4FM0A 4CHPA 3K5OA 1GOAA 4CJKA 1TKZA 3OYBA 2G8KA 3DLBA 3DRSA 3CFOA 2FBXA 5J2PA 2OA8A 1X9WA 1LWFA 5SWMA 3QNOA 3OYIA 2FBTA 4FJIA 1T03A 3LZJA 3K57A 1KLNA 1VSMA 3QERA 1FKPA 1JKHA 3PX0A 3IRXA 2Z1JA 4H4MA 1TL3A 4JS5A 1L3SA 3PO5A 4HCCA 4CHOA 3TARA 2IS3A 2BANA 4H4OA 3VQ5A 4FM1A 1RDDA 3HXMA 4E7HA 1U48A 3QESA 5CY4A 1C0UA 4HVJA 1NJXA 2NUBA 1TAQA 2WONA 3T3FA 1X9SA 3IAYA 2QK9A 3MEEA 4O55A 4Z4IA 1HPZA 1HJRA 3CYMA 5CYMA 1HNIA 4LSNA 4DSFA 1YTAA 1NKCA 4C8OA 3SYZA 3L2VA 3JSMA 1HMVA 1IKWA 1S9GA 1BIUA 2OZMA 2ATQA 1NK9A 4FJ8A 4Y1CA 4KHWA 1S1TA 2GUIA 4O5BA 5J2MA 1ZBIA 4FM2A 2I5JA 3ZSQA 3V6DA 1NJZA 4MFBA 3ZT3A 3SV3A 2P51A 3M8RA 3SQ4A 2RF2A 3I0RA 2D5RA 4OGCA 2Y1IA 3AO2A 2PYJA 1LWCA 4FJ5A 2PYLA 3MXMA 2KZMA 4JRQA 3BGRA 3VQ7A 3DLGA 3OYAA 5D3GA 3NGIA 3QLHA 2GV9A 4M42A 1WAFA 4AHCA 3AVLA 5C24A 4DLGA 2DFEA 3VQEA 1GOCA 3MXIA 3QEPA 4CF0A 1QE1A 1RNHA 3OS0A 4BDYA 3KK2A 3LP2A 1T7PA 1CLQA 1JLAA 2FBVA 1RT2A 1RT5A 4B9NA 4N76A 4FLVA 1X9MA 2RN2A 1A5VA 1EP4A 4OVLA 3SPZA 3O3FA 5J1EA 2Z1IA 1RILA 1NK7A 4K8XA 4J2AA 4YNQA 4Z4GA 4FJLA 1TVRA 4AHUA 1Z26A 1K6YA 3CM6A 3U3GA 3V9SA 3RMDA 1W0HA 3NF6A 4CJLA 3ASMA 1TK8A 4CFAA 3I0SA 4CGJA 3L2QA 2PY5A 3VQAA 3U3YA 1L3TA 4KREA 5HBMA 3KKRA 1WNSA 3NH1A 3KLHA 1KVBA 4CJFA 4DU3A 3LP3A 4BE1A 4CGDA 3NE6A 4CHZA 2IDOA 1S1XA 2E4LA 5KI6A 2F96A 3M8QA 4DQSA 2VG5A 2HHWA 3V9XA 2ETJA 2Q3SA 3AA2A 3AA5X 4CJTA 2E6LA 4IFYA 1C1AA 3ZSWA 3PV8A 3RMBA 4FYDA 1F21A 3NBPA 3NDKA 4FLTA 1YT3A 1RT7A 4B3OA 2QKBA 3CM5A 4DF8A 4BWJA 5HLFA 1NK5A 4RW4A 1SUQA 3NAEA 4AHTA 3TAGA 1HNVA 3RR7A 1SL2A 3AA3A 4FZZA 4OGEA 2G8HA 3THVA 3SQ1A 3K58A 2G8WA 4WE1A 1C0MA 1LAWA 2VWKA 5HRSA 4NCAA 4FZYA 3SNNA 3OS1A 3DYAA 2E6MA 3F9KA 4CK3A 3NH0A 4J2DA 4CIEA 4RW9A 3HVRA 1UAXA 4CE9A 4DU1A 1KSPA 1FKOA 2YNGA 1R0AA 4PUOA 4DQRA 2HW3A 1KVCA 4FK0A 2YV0X 3LANA 1REVA 4CEAA 4CFCA 2HHTA 1JXBA 2HHQA 3FFIA 3G0ZA 3ZT4A 2HNZA 4Z4HA 3F73A 1QSLA 4M3XA 1ZBHA 1EXQA 1LW0A 4DFPA 4DTRA 1I3AA 5KRTA 3V4IA 3OYGA 1IH7A 3HSTB 3OJSA 2KFZA 4O0JA 1RBRA 1S6QA 2LSNA 4GMJB 1L5UA 3HO1A 4Z4CA 1QQCA 3KKSA 1WSHA 1TKTA 1NK4A 4KPYA 3OS2A 3RTVA 4RW7A 1NOYA 4CJUA 3OYEA 1X1PA 4CHQA 4ZHRA 1L3VA 4OPKA 1ASUA 3AVHA 3MEDA 3PX4A 4DTMA 5HRRA 4OKEA 3SJJA 4F2RA 4B9MA 2F8TA 1B92A 1CZBA 2OYQA 1NK6A 2KQ2A 4M3RA 1C0TA 3OYMA 1J9AA 1U49A 4FW1A 3ZSVA 3LALA 1BHLA 3C94A 4W5RA 5I42A 4FJKA 2O4GA 2VG6A 1RT3A 4W5QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FLUA 3QETA 3VERA 3TAQA 3O9TA 4ILHA 3L2UA 4DTSA 3I8DA 4BRKA 3OYDA 1S72N 1VSDA 2P9UB 4DV0K 3WNFA 1W9HA 1QHAA 1QQNA 3KLGA 4DFMA 3RR8A 4HHTA 1VQNN 1IBMK 4JI5K 4ELUA 4M3WA 5H1SQ 1JL1A 3F5TA 2QKKA 4XIUA 1WSIA 4Z0UA 3CQYA 1YXQA 1HYSA 4BQLA 1VQPN 3IS9A 4IFVA 3KWIA 4LF4K 4KRFA 4A61A 4CIGA 3E01A 4B1YB 1EETA 4M41A 3EE9A 3ENBA 3KHYA 3O9SA 3V9UA 3I33A 3NF8A 3OA9A 3K5NA 4IDKA 3KJVA 2HBKA 3LDQA 5F2RA 3MAQA 4Y0WA 3HM8A 4JKHA 4MO4A 1OVQA 5SZTA 4B8AB 2W42A 1BCOA 3LWLA 4WQ5A 4E7JA 4NYNA 3TAEA 1BL3A 3MEGA 4E7KA 2DFHA 2RKIA 4HTLA 4JKGB 2OPRA 1RFQA 1SV5A 3LDNA 3OYJA 3OY9A 3QIPA 4IZ9A 2FF6A 3VQPA 1T05A 4JKDA 1LAVA 5HP1A 2E1YA 1U4BA 2O8CA 3Q7BA 5AQOA 3SMPA 1X3MA 2RPIA 5AQTA 1G99A 5EU7A 1XC3A 1SKWA 5GINA 2DPNA 2YKNA 3DLKA 4CJVA 1U04A 3HBTA 3QINA 1VQ6N 4CZIA 1HYZA 1SQKA 3O9RA 3CETA 3H3OB 4FLYA 3VA0A 2P9SA 3O8MA 1CZ9A 3KTQA 4DG1A 2DFFA 1WAJA 5C0YA 1E4FT 4LF6K 1WBBA 3G4SN 2P9PB 5BR8K 1KCFA 1BWFO 2A1SA 3VGKA 1NGHA 4B08A 4C1NK 4CHYA 3VA3A 4DR4K 2O8FB 3B8AX 5BR9A 4HUEA 3V1OA 3EKUA 1JLEA 2OZSA 3MWPA 4E1NA 3CMEN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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