4E96A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with the inhibitor pfi-1
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
124
structure length
124
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Protein binding/inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Identification of a chemical probe for bromo and extra C-terminal bromodomain inhibition through optimization of a fragment-derived hit.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 43
structure length 124
sequence length 124
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4e96A01
5CQ4A 5E9VA 5FBXA 5G4RA 4UIWA 5C87A 4CUTA 4NR6A 4NUCA 5D3JA 5LKTA 4HXKA 4O74A 4LZRA 4A9NA 4YYNA 5AMEA 5I86A 4MEPA 3U5MA 3U5PA 4O7AA 5D7XA 4NRAA 4N4FA 4UYDA 4YYMA 4XYAA 4HBWA 5LJ2A 5ENJA 5C7NA 2R0SA 4UYEA 4O7FA 5I7XA 2D9EA 4NUDA 5DX4A 4Z6IA 3I3JA 2R0YA 5E3DA 2YQDA 5FE8A 4MR6A 4QUTA 3JVKA 3G0LA 2DKWA 5E74A 2MJVB 4E96A 4ALGA 2E3KA 3LJWA 2KTBB 3RCWA 5CQAA 5IGKA 4TZ8A 4TT2A 4NQMA 5IG6A 5LVQA 5FFYA 5COIA 5EISA 5FE9A 4YH4A 4YATA 4O77A 3MB4A 4YYKA 2RNYA 5F1HA 3G0JA 3MQMA 5DFDA 5A81A 5ENEA 5F3AA 5CY9A 5LKZA 4LZ2A 4QZSA 3O37A 4IR5A 5D3LA 4QSSA 5L96A 5CZGA 5DYXA 4QNSA 2RO1A 3GG3A 4NYWA 4O75A 4YYDA 5D26A 4O70A 4QSXA 4QC1A 5LJ1A 3UVYA 5A85A 5FH8A 4UYGA 5D3TA 5E73A 3O33A 5G4SA 5A5OA 4LZSA 4O76A 5FB1A 4Z6HA 4NR7A 5FE5A 4NR8A 4BW2A 5D3NA 4HXNA 4HBYA 1WUMA 5E9LA 5EI4A 5FFVA 3QZTA 5EP7A 5F63A 3Q2EA 4Q0NA 4OGIA 5D3PA 5IGLA 2I8NA 3LQJA 5FE7A 4UIUA 5CFWA 4C67A 2RS9B 4O78A 5FG6A 5HRXA 3SVHA 3UV2A 5JI8A 5KU3A 4NRBA 5CP5A 4HXRA 5CU8A 3UVWA 4YABA 5A5RA 5DW1A 3D7CA 4ALHA 3P5OA 5A5NA 4CFLA 5C85A 3LQHA 4LYWA 3FKMX 4ZW1A 5I7YA 5E9MA 3UVXA 2L85A 4YH3A 5HEMA 4NQNA 5DYUA 5CS8A 4BJXA 5F60A 5ENBA 5E9YA 4YBMA 3HMFA 4CFKA 4YBTA 3MUKA 4NS5A 5IGMA 5L97A 5ENHA 5CQ5A 2WP1A 5LVRA 5ENCA 5DYAA 4A9KA 4RVRA 4A9FA 5I40A 4UIVA 5DFBA 3JVLA 3AQAA 4J1PA 5FH7A 3HMEA 5HFQA 4X2IA 5IGNA 4NRCA 5TCMA 4F3IA 5AD2A 5CQTA 3SVGA 5I88A 4TZ2A 3U5JA 5L99A 2FSAA 5A5SA 2E7OA 4FLPA 3DWYA 3U5OA 5FE0A 4UYHA 4QEWA 5ENGA 4QBMA 4BW1A 4TTEA 3DAIA 5HELA 4J3IA 3K2JA 3SVFA 5DLXA 5FH6A 2R10A 4CUPA 5D25A 5A83A 5CTLA 5DLZA 5DFCA 2OSSA 4O7EA 4GPJA 4TS8A 4TU4A 5LKXA 5HQ5A 5IBNA 3UV5A 4Q0OA 5FG5A 4OUFA 1ZS5A 4MEOA 4IORA 3TLPA 5E3GA 4MR5A 4YYJA 4KV4A 5DBMA 4QR3A 5FFWA 5II1A 2YDWA 5I83A 4QR5A 4YYHA 5CUCA 4O72A 4QYDA 4IOQA 3LQIA 5AD3A 4LR6A 5CUBA 5I80A 4QEUA 2RI7A 4N3WA 4IR3A 4LYIA 3QZSA 4UYFB 4KV1A 5ENFA 4AKNA 5E0RA 5EQ1A 4HXLA 5L8UA 1WUGA 4TU6A 4QUUA 4NXJA 4Y03A 4PKLA 5ACYA 3O36A 1EQFA 5EWDA 3U5KA 4YC9A 2G4AA 4ZC9A 4QSTA 5D3RA 2OO1A 5F62A 5KO4A 5HRWA 4NR5A 4WHUA 5FE4A 5IIDA 4XUAA 5CUEA 2DVQA 5LJ0A 4YAXA 4YK0A 5EA1A 4QSUA 5HQ6A 5A5QA 5FB0A 5TB6A 5LKUA 4IR4A 4N4GA 4QY4A 4N4HA 3S92A 4CL9A 4QSQA 5EPBA 1JSPB 4PCIA 5FE1A 4O71A 4XUBA 2YEKA 4UIXA 4UYFA 4TYLA 4ZQLA 4C66A 2DVVA 4XY8A 4HBVA 3MB3A 5CQ6A 4YADA 4MEQA 5EVAA 4NR4A 4LYSA 5HENA 5A82A 4J0SA 3IU6A 5ETBA 5D3SA 1X0JA 4QC3A 2OUOA 5EV9A 1F68A 3P1DA 5L8TA 5F61A 3U5LA 5HCLA 4UIZA 3JVMA 5CRMA 4TT4A 5EU1A 2H60A 2DVSA 4BW3A 4PY6A 5HQ7A 4QSVA 3AADA 4O7CA 4QSPA 5ETDA 4A9IA 5F5ZA 5FE2A 3NXBA 5CQ3A 4DONA 5F1LA 3O34A 3HMHA 5FE6A 5EWHA 5D24A 5HM0A 4LDFA 5J0DA 2NXBA 4YYIA 4CLBA 5EM3A 3S91A 1JM4B 4HXOA 4KCXA 5DYCA 5KHMA 3ZYUA 2RFJA 5EWWA 4MR4A 2YYNA 2DWWA 5KTWA 4CURA 3UV4A 5EPSA 4QSRA 4Z1SA 5DKDA 4A9JA 2F6NA 5DY7A 4UITA 5LUUA 5E7DA 5C8GA 4NUEA 4QSWA 5ENIA 5H1UA 5CQ8A 5EWCA 5EK9A 4Z93A 5K29A 4PCEA 5EPRA 3O35A 4OGJA 4HXMA 4QYLA 4UIYA 4CUQA 2R0VA 3MXFA 5AMFA 1N72A 2L84A 4NYVA 4PS5A 4LRGA 5HLSA 5H85A 3LXJA 5H1TA 5CUDA 5II2A 2N9GA 4LC2A 3P1FA 4BW4A 5D0CA 2E7NA 3JVJA 4MR3A 5F36A 5CUAA 5A7CA 5F25A 4HXSA 5F2PA 5HRVA 3MULA 5EWVA 5E9IA 4A9EA 4PTBA 5I89A 3P1EA 4BHWA 4J0RA 5D3HA 5HFRA 5FG4A 2GRCA 4QB3A 4CUSA 4XY9A 5C89A 4YY4A 4A9LA 4CUUA 5DW2A 5CQ7A 5H1VA 5I1QA 1E6IA 2YEMA 5L98A 4NYXA 5KTUA 4TQNA 5CUGA 2LSPB 4O7BA 3UVDA 5E9KA 3ONIA 4HXPA 4WIVA 2D82A 2RNXA 2YW5A 2RNWA 5HJCA 4YYGA 2YELA 4TT6A 5CRZA 2WP2A 4YBSA 2DATA 5I29A 3U5NA 3UW9A 5CGPA 3Q2FA 5EGUA 5A5PA 4MENA 5DKHA 4YY6A 4HBXA 5KTXA 5DKCA 3P1CA 5C4QA 5BT5A 2L5EA 4A9HA 2F6JA 5JWMA 4QR4A 5BT3A 5CPEA 5FE3A 4IOOA 4QEVA 4WHWA 4A9MA 2I7KA 4N4IA 5EICA 4IR6A 2DVRA 3IU5A 5FDZA 4NR9A 5BT4A 4A9OA 3QZVA 4Z1QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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