4EE0A

Crystal structure of hh-pgds with water displacing inhibitor
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
198
structure length
194
Chain Sequence
PNYKLTYFNMRGRAEIIRYIFAYLDIQYEDHRIEPEIKSTLPFGKIPILEVDGLTLHQSLAIARYLTKNTDLAGNTEMEQCHVDAIVDTLDDFMSCFPWAEKKQDVKEQMFNELLTYNAPHLMQDLDTYLGGREWLIGNSVTWADFYWEICSTTLLVFKPDLLDNHPRLVTLRKKVQAIPAVANWIKRRPQTKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Isomerase/isomerase inhibitor
molecule keywords Hematopoietic prostaglandin D synthase
publication title Investigation of the binding pocket of human hematopoietic prostaglandin (PG) D2 synthase (hH-PGDS): a tale of two waters.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 71
structure length 194
sequence length 198
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date 2012-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02798 GST_N Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A PF14497 GST_C_3 Glutathione S-transferase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1050.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 4ee0A02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ee0A01
1GH2A 3KMNA 1K0AA 5KN0A 12GSA 2HI7A 4KGIA 2PVQA 3D5JA 3C73A 2FWEA 3GMFA 4GSTA 2H66A 2O85A 1F3BA 2B7KA 5C00A 1BX9A 4YH2A 4KNDA 4GSSA 3F3QA 4N0VA 4EVMA 3DWVA 3LG6A 3GFKA 2DBCA 3UAPA 1UC7A 6GSYA 1TP9A 4EC0A 1EP8A 2IN3A 1C72A 4K9ZA 4IN0A 4QL7A 1M2DA 10GSA 3GKNA 4TR0A 2KOKA 5ECSA 3DXBA 3CSJA 2MMAA 1X0RA 3EU3A 4NMUA 2CX4A 1GTBA 2AV4A 2J23A 2NVLA 4KDXA 3GA4A 3UEMA 1K0CA 5DAKA 3PGTA 2B7JA 3A2XA 3DRNA 3G7IA 2LNSA 4KCEA 1T7PB 2PGTA 2GSSA 1JHBA 4POLA 1A0RP 1BYEA 2C0DA 1PN9A 4PTSA 3F4TA 3A5WA 2RIIA 4X1UA 5AISA 2DSAA 2JSYA 2V6OA 3ZMKA 2GQKA 2TRXA 11GSA 3RHBA 5H5QA 1Z7PA 3EINA 1GWCA 4JEDA 1U6TA 4EKZA 4MF7A 5L71A 5HFKA 2GGTA 2HSNB 4E8EA 4EXJA 5AGYA 3RAZA 3TJBA 5B8BA 1MDJA 4XRDA 1RK4A 2R3XA 1K3LA 3KTBA 3F6DA 2KP1A 3OR5A 5ECIB 3PPUA 1SL1B 2P5QA 2YN1A 1O8WA 1AC1A 3NOFA 4H86A 2IMDA 4HJMA 1QXHA 2M46A 1EGRA 4ZL7A 14GSA 1JZOA 3K8NA 1GTUA 2OE3A 3GX8A 3GL5A 1M0UA 3TJKA 4OD7A 20GSA 3QMXA 1JZDA 3I9V2 1SL0B 1K0OA 2HSMA 4LA1A 2CVBA 4WBJA 3W8SA 5ECNB 1BEDA 5GSSA 5ID2B 2VM1A 2R2JA 4L0WA 5ECRB 2LSTA 1E6BA 3D4TA 2CZ2A 3KIJA 5FHIA 4FYBA 4Q5NA 5DAKB 1XVQA 5CP1A 1EOGA 3U5RE 2VCXA 5DDLA 2N5AA 2HE3A 4EL1A 2M80A 3TUEA 4OFMA 3VWVA 1AQXA 3PR8A 4PX1A 3R2QA 3C8EA 3PINA 2JSZA 3P8WA 1OYJA 4BPYA 2Z9SA 7GSSA 1ON4A 5JCWA 3WT2A 2C0FA 3VWUA 4QL9A 3R3EA 3FZ9A 1QUWA 1XVWA 3IDVA 2H75A 4PUAA 4PNGA 1O85A 2V2GA 2L4QA 3HVXA 2IMKA 2FCHA 3FK8A 2DJ1A 3DYRA 2DJ2A 6GSWA 4ZXGA 1RW1A 4XS4B 6GSVA 1I9DA 4MZCA 1S3DA 1PKWA 5EL8A 3E9JB 4IELA 4CW9A 3WT1A 4MDCA 1WPIA 3FR3A 4ZL8A 2GSRA 1H75A 5LNKe 1GUHA 2BMXA 4YQUA 1ACVA 3IE3A 3TKSA 5CREA 1FVJA 1CQGA 3VI5A 3L78A 2EIOA 1XWBA 4F0CA 3L4NA 4KDYA 2GQLA 2LJKA 2OE0A 2YJHA 1Z9HA 1NHYA 4OWYA 3C1SA 4PUFC 5HR1A 1WE0A 2H76A 3HA9A 4WF5A 1EGOA 3HZ4A 4DSQA 2GZYA 5GSTA 3CBUA 2H6YA 1JLWA 4I2TA 1SKWB 4BVXA 2V32A 3A2WA 4KX4A 2DJKA 1SD8A 4IBPA 3ZFBA 2GS3A 2IIYA 3ZIVA 3Q6OA 4DSRA 1DE1A 4O7HA 1A24A 3EC3A 4ZB8A 1GSQA 3ME7A 5ENUA 5ECHB 2DIYA 2C4JA 1TK5B 1ABAA 1I5GA 2E0QA 1T1VA 5IMCA 4RQXA 4DSSA 3ME8A 1A2LA 2L5OA 3BJ5A 2WRTA 2C0GA 3I6AA 5G2ZA 3KP9A 3QFBC 2HNLA 1J0FA 3KM6A 1B9YC 2DMLA 5HFGA 2OE1A 5HR0A 5G1KA 4K8MA 3QDNA 4WBRD 3IBHA 2OKAA 1N2AA 2XC2A 2P5RA 3QD9A 2X99A 2C3TA 4I5QA 4XCSA 4ML6A 1NM3A 3N9JA 1K0BA 1TJDA 1Q4JA 1SK1A 3DVWA 2VD0A 3HHVA 2RUFA 2K18A 3H93A 1FHEA 4NHWA 4WEYA 3QPMA 4POMA 2HQTA 1GRXA 4PGTA 3IK7A 2VM2A 1GSUA 1SKRB 2TIRA 4HS1A 4CHSA 2E2GA 2HZEA 3GRXA 1V57A 5ECQB 1Z7RA 2LV3A 2QGVA 2N5BA 3KEBA 1K0DA 4G9HA 4IVFA 3EVIA 3LFLA 4QQ7A 2VLTA 2DJJA 1DUGA 3LJRA 1Z5YE 3J7Yk 2LRNA 3KD0A 1ERWA 4ML1A 2G2QA 5FT3A 3FKFA 5G1LA 4LL4B 3QOUA 5E59A 4V2NA 3ZIJA 4XIHA 5JWOB 4GQCA 4MJAA 2X64A 1PA3A 3GSTA 4TR1A 3HCZA 5HR3A 2XBQA 2KUCA 2KP2A 3IAS2 5IPHA 3RBTA 5ECOB 1PL1A 1PQNA 2IWTA 5CO3A 3E0UA 2LNTA 5J9CA 1EWXA 4K7IA 3BD2A 5G30A 1GTAA 1K0NA 3A2VA 1HNCA 2DLXA 4IJIA 2XPEA 3UJ1A 1O8XA 1WMJA 2V1MA 1XOAA 1Z6NA 4Q5RA 1EV4A 3F0IA 1OC9B 1TRUA 2I9HA 1AAZA 3HJMA 5AN1A 4AF2A 4PQIA 4ZBAA 5IOXA 1YF1A 3LORA 5A4VA 5D9TA 4IP6A 3C7MA 5IMAA 2FA4A 2HZEB 2NDOA 2J9HA 3RPNA 3N5OA 1SD9A 1Q98A 3H8QA 3D0ZA 2OA7A 3ZVJD 3F63A 4K7NA 3KH7A 5A5KA 5F0GA 3IC4A 5F07A 3LYKA 2MMZA 4FIWA 5DCHA 1YY7A 1TK8B 3CSIA 2H0HA 9GSSA 2LRCA 1PL2A 1WP0A 2VO4A 3EYTA 1A2MA 4GRFA 2FWFA 4GSNA 3LSZA 4EUYA 2K6VA 1EEMA 1GLQA 1YZXA 2RUEA 3IOSA 1RQMA 17GSA 3HKRA 3GHAA 2V6KA 2YV7A 2ZUPA 1FO5A 1W89A 1ZGNA 4NHZA 1WOUA 3HYPA 4X0XA 3BBYA 2B5EA 4Z7XA 4PURA 4G0KA 2H1GA 2CQ9A 6GSTA 3ZREA 2PWJA 2H70A 4HU9A 3ZITA 4TR3A 2FA8A 3RPPA 5H5RA 1DSBA 5D9VA 3M9KA 2JU5A 4OO5A 3DVXA 2LQOA 2PUKC 1SJZA 3J7Yb 3GKKA 1EZKA 3NZNA 5AIVA 2YWMA 2F3MA 4F82A 1TXXA 4AJ7A 1XOBA 1TRSA 1F9MA 2CT6A 2YOIA 1YF0A 1U87A 1M7TA 4YQMA 2VL3A 2YPMA 4MJCA 4IHUA 4OFTA 2K8VA 2V41A 4HQZA 3HD5A 1YKAA 1OE7A 2N5FA 2B5XA 4RUVA 3ERWA 1XW5A 2L57A 3VWXA 4BVYB 4O5RA 1X5EA 4MK3A 2B1KA 4E8HA 5B8AA 2EIQA 1XFLA 2CX3A 3HDCA 4MCUA 1EOHA 3P2AA 3MSZA 4WF4A 2JACA 5GAND 2ON5A 4HOJA 3KH9A 2IMEA 4JR6A 3EMXA 5DBQA 5ECKB 2GDRA 4V1Ap 1O7UA 3QAVA 2B6MA 4MPGA 4RI7A 4LMVA 4ZIJA 4O32A 2CAQA 1XWGA 2HLSA 5CAXA 1BJXA 1M9AA 1G6WA 2WGRA 1B4QA 4WR4A 1GUMA 5D9XA 3UVTA 1NW2A 2JZSA 1V58A 5LCZA 2AYTA 1DE2A 1JFUA 4MMMA 3L9UA 1YKCA 2IPAA 1XWKA 2PVOC 1HNBA 4USSA 3GTUA 1TU8A 1TU7A 4J57E 4YAPA 3UIWA 3TOUA 4EE0A 5IMFA 4LL1B 2PU9C 3MAKA 3FZ5A 4JBBA 2FD3A 4TR4A 3ZYWA 5ABRA 2F8AA 2LRTA 2MBTA 2O7KA 4NPBA 3IHQA 1NSWA 1QGVA 3IAM2 4MP4A 2BTOT 4MA9A 1J9BA 1R4WA 1MDKA 2WDUA 3EURA 4F2IA 4K7OA 1QK8A 5G5FA 1N8JA 4G19A 3IXRA 2P0GA 2GZZA 2VCZA 5E4WA 2FLSA 5EY6A 2MZCA 3HVVA 2LTKA 1UN2A 5CRGA 2WFCA 2HRKA 1KEBA 4MLYA 2YWOA 5ECLB 2H71A 3IV4A 2FNOA 1ZL9A 1ZCPA 5FWGA 4WETA 4TW5A 2DIZA 1QFNA 3ZTLA 1TDIA 3I43A 1TRWA 5CRWA 4MABA 4ILFA 2QKEA 2I4AA 2NTOA 5GAPD 1FB6A 1FW1A 4TOPA 2VUPA 3CXGA 3GTUB 5D73A 4G2EA 2X8CA 2WJUA 2HSMB 1O73A 2IJYA 1BG5A 1TI3A 3ISOA 2R4VA 1ERTA 5CNWA 3D6IA 2O87A 4BWQA 1R5PA 2FGXA 4WR5A 1M2AA 5IO2A 4NWYA 3ZL5A 2OBIA 4HU7A 2HSHA 4EF0A 4HI7A 3LQ7A 4IJ3A 4HJ2A 2ZCTA 1O6JA 2HRNA 4KH7A 4IP1A 2LEGA 2H0IA 4FO5A 5J5NA 4XS1A 2RM5A 1W4VA 3VPTA 1BQ7A 3A3TA 1PX7A 3F4SA 3GURA 4GF0A 1WJKA 3GIXA 1VF1A 2H1BA 2L5LA 2HFDA 2FHEA 3G7JA 3V1WA 3M0FA 3M9JA 3DKSA 5F8BA 3GH6A 3TRQA 3EWLA 5ECMB 4F9ZA 2FWHA 1A8YA 1B4PA 1THOA 5B6NA 3UMAA 1G6YA 5D9WA 2WULA 3IC8A 1Y6EA 2M72A 1SENA 2VLUA 3CRTA 1SL2B 4F0BA 3DMLA 3GKMA 2HYXA 2A2RA 3TRPA 2LUSA 13GSA 4GLTA 1X9WB 1A2JA 1A0FA 2X8HA 2VAFA 3DEXA 2B1LA 3GYKA 1V2AA 4KSOA 4XRAA 3DGQA 1BAYA 1OC8A 1KBNA 2MBSA 3VLNA 1NHOA 3VWWA 3UBKA 2NPBA 1T00A 3CYNA 5HQPA 2HSYA 5F05A 1GTIA 4WXTA 2C1YA 1GSSA 2BJXA 3QFAC 4V2LA 1XBSA 1GSEA 3EU4A 1AW9A 2A4VA 3D22A 2XHFA 16GSA 4ZBBA 5IOWA 2GTUA 1FOVA 1V40A 2L6CA 2F9SA 4O92A 1GNWA 1YDKA 3UL3A 3PH9A 3MWHA 4FYCA 4IGJA 4CDOA 1ST9A 3FEUA 5JCUA 2OADA 4J2FA 3GKXA 3US3A 5DQSA 1Z3EA 1U3IA 4WKWA 3TKPA 4BVXB 1MTCA 1R26A 1M99A 4KW6A 1GSFA 2VCQA 2GZPA 3TB2A 1PSQA 4PNFA 1HYUA 2VCVA 4G10A 5J41A 3IRAA 2HT9A 4KDUA 5KN1A 5JCGA 5CRHA 3GNJA 4ID0A 1URMA 4IKHA 2MYGA 4DSSB 5ELGA 3WD6A 3EMPA 2OJLA 2IL3A 4GTUA 4NV5A 5J4UA 2I81A 3GUSA 2R37A 5JWRB 1USBA 2VIMA 3FZAA 4KF9A 1VRSD 1HQOA 4MZBA 3FYGA 2VD1A 3TRXA 3UOMA 5DALA 3GX0A 2WS2A 1ZYQB 1ERUA 1GUKA 5DJLA 1X5CA 5INYA 4KE3A 2H72A 1HD2A 1XIYA 4JRRA 2GSQA 1MEKA 4MZWA 3WGEA 2CVDA 3H4KA 1B8XA 4DVCA 1PD21 2YZUA 1ERVA 3F3RA 4NXIA 1GSDA 2ES7A 2AB6A 1TI1A 3FHKA 1FAAA 2GQMA 3TKRA 4MF6A 3F6FA 4L0UA 2CAIA 1SK0A 2YNXA 2GLRA 2JZRA 4K1FA 4XTSA 1XW9A 1T3BA 1LJRA 3BOAA 2H30A 3TJJA 2H01A 3CTGA 4RI6A 5HR2A 1GNEA 4N0ZA 4IS0A 4OMVA 2HXKA 2FWGA 4OCFA 3GN3A 2FUG2 3P7XA 3FZ4A 1UA5A 1YEPA 3CMIA 3FR9A 2L4CA 4MH2A 3F8UA 1GP1A 1TRVA 3HY2A 1PGTA 4FYUA 2XPDA 4PQ1A 4GCIA 1K0MA 1M2BA 3Q18A 3SWLA 4HZ2A 4TVEA 4TR1B 1S3CA 3O6TA 3QR6A 4JZQA 1ML6A 3CTFA 5DALB 4EO3A 3L9SA 5DVBA 2X8GA 2TRCP 2RLIA 2KLXA 2VL2C 4V1Ag 2CA8A 4ULXA 1TTZA 5EPFA 1OKTA 4ECJA 5A4WA 2LQQA 3LWAA 2VOCA 4JE1A 4TKYA 5C04A 2OACA 3CRUA 4KUNA 4L8EA 4KB3A 2REMA 3ZZXA 5B6MA 3TCOA 3APOA 1TOFA 1SJ6A 4G0LA 2YJ7A 5KEJA 4IW9A 4D73A 3KXOA 2C8UA 4KSMA 1X5DA 1AIUA 5ID2A 3GV1A 2F8FA 1VGLA 3KGKA 1T4YA 1SK2A 1KTEA 4P3YB 2ON7A 1KNGA 1XZOA 1F6MC 2YANA 1VF2A 4PQHA 2XBIA 2YCDA 4ECBA 1V9WA 6GSXA 1YQ1A 1U88A 3APSA 4YQVA 5IIZA 1F37A 3RDWA 2VLVA 2LKUA 2D2ZA 5H5SA 2AJQB 4LLRA 1ZOFA 2L6DA 2H1DA 4N11A 2VL2A 3IA1A 4Q5FA 2RM6A 3KMOA 1T8EB 3SBCA 3H1NA 1JZRA 3ZRDA 3EE2A 3FR6A 3VI7A 4I6XA 3TKQA 3GSSA 3FRCA 4ECCA 5IMDA 4RQRA 4V2MA 5G31A 4NV2A 4OFNA 3LEFA 1TK0B 4MH3A 1B9XC 2LS5A 2H74A 1F3AA 3Q74A 3UBLA 1HNAA 1IYIA 2YWNA 2WB9A 6GSUA 1MDIA 2H8LA 4N10A 4XS4A 3HJOA 2EC4A 4L5LA 4ZBDA 4LMWA 4D73B 4ZB9A 4DEJA 5B7CA 3ZMLA 3O3TA 5IO0A 2JL4A 1B48A 4GXZA 3ZVJA 3D21A 2WCIA 3D4MA 1XXUA 1FB0A 4AJ8A 3HZ8A 3WGXA 3LXTA 3TKSC 3UARA 3DD3A 1K3YA 3RHCA 5D8IA 2GT6A 1THXA 2C3QA 2IFQA 2C3NA 1VF3A 2NBSA 5KN2A 4HUAA 2JZTA 3JCML 5IPGA 1DBYA 2C0EA 5ELAA 2A2SA 3I69A 2HRAA 5IQYA 3LYPA 3F9UA 3KTLA 3G7YA 1GULA 3TOTA 4HDEA 4HZ4A 2K8SA 1X9SB 4OCEA 1UVZA 2EIRA 2AHEA 1G0TA 2PERA 2MMOA 3HJPA 2GVPA 5IM9A 2DC5A 2YP6A 4I8BA 1GL8A 3VURA 4MF5A 1IYHA 2GSTA 3O76A 1OVNA 1AQVA 3MNGA 1T4ZA 2H19A 3HVSA 5ECPB 4AJ6A 2I3YA 5J3RA 3GH9A 3LGCA 5JWQB 1AXDA 1FVKA 1R7HA 4GQFA 4BWSA 1XPVA 1XCCA 1MD4A 1ZYEA 2B3SA 4F03A 3WYWA 1FG4A 3LXZA 4MJEA 5F06A 5DJMA 5DCGA 1U3AA 1ZMAA 1A23A 1OC3A 2WZ9A 3L0HA 1VF4A 5G5EA 4X43A 4JU5A 4HQSA 1OKDA 2QC7A 4K0GA 2QSIA 2AAWA 2IFQB 1GSYA 4HEA2 4EDZA 1AUCA 3QCPA 1QQ2A 2HRKB 3CSHA 2GT5A 4ZL9A 3C1RA 22GSA 4NAXA 2K9FA 3BCKA 2YZHA 4TN8A 1SYRA 4TXOA 2KHPA 4ZILA 3VK9A 4IQAA 4Q5QA 3HXSA 4FQUA 3U6VA 2H0GA 2JADA 5HFIA 1SJIA 1V98A 2YWIA 1ILOA 2ALBA 4YAVA 3P90A 2MMNA 1EP7A 4N30A 1EEJA 3ED3A 1G7EA 3DIEA 3KCMA 1M9BA 5J9BA 1PX6A 2E2MA 2IMFA 3IK9A 1MD3A 1PMTA 2FY6A 2F51A 3MDKA 1PKZA 3VFIA 1G7OA 2ZNMA 3IPZA 4POBA 4ACSA 2B5YA 18GSA 8GSSA 1WRYA 3GL3A 3FY7A 4ECIA 4JR4A 2PN8A 4J56E 2R5GA 3E3EA 1OAZA 5DQYA 1JLVA 1K3OA 2PBJA 2OBKA 1YEXA 5EVOA 4ZB6A 1OC9A 4XHMA 1ZZYA 3ZFLA 4BL7A 3ZLPA 1PRXA 3W8JA 1LU4A 4OO4A 4KCAA 2VCWA 2CZ3A 3W6GA 4I97A 4TXOB 4EDYA 3APQA 3IR4A 4BA7A 2PPTA 2VCTA 4KA0A 4G0IA 1XWCA 3Q19A 4AGSA 5D96A 4GWRA 1XW6A 2G0FA 3M3MA 2IMIA 1F2EA 4ISDA 1LBKA 1A8LA 3BCIA 5GZZB 2H1AA 5D93A 1R5AA 4TRXA 1E2YA 3TJFA 2L59A 5COHA 19GSA 3M8NA 3QAWA 4IQ1A 2E7PA 5IMZA 5BMUA 2LJRA 3ERGA 2AUVA 3L9VA 1J08A 1OE8A 2C80A 3G9BA 3KJYA 4MJBA 3H79A 2VL9A 1S3AA 2DMMA 2O89A 5KN3A 3WGDA 1SYXA 1H4OA 5CYYA 4K2DA 4K6XA 3TKSE 2P31A 2O8VB 3VPQA 4MPFA 5LD0A 1SU9A 3C71A 2H73A 1SKSB 4FH8A 1WIKA 3AY8A 5CRDA 1O81A 4PXOA 1X9MB 1WWJA 1CQHA 1JZWA 2CVKA 4BL7B 1Y25A 5AIXA 3KZQA 5IMVA 3ERFA 2H6ZA 1YJ6A 2LJAA 3KP8A 3S9FA 1TKDB 1TW9A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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