4ES4A

Crystal structure of ydiv and flhd complex
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
223
structure length
206
Chain Sequence
SDCYFLPIRDNQQVLVGVELITHQLTEEQHWQLFSEQLELLKSCQHFFIQHKLFAWLNLTPQVATLLLERDNYAGELLKYPFIELLINENYPHLNEGKDNRGLLSLSQVYPLVLGNLGAGNSTMKAVFDGLFTRVMLDKSFIQQQITHRSFEPFIRAIQAQISPCCNCIIAGGIDTAEILAQITPFDFHALQGCLWPAVPINQITT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
molecule keywords Putative cyclic di-GMP regulator CdgR
publication title Structural insight of a concentration-dependent mechanism by which YdiV inhibits Escherichia coli flagellum biogenesis and motility
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 67
structure length 206
sequence length 223
chains with identical sequence C, E, G
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00563 EAL EAL domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.450 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel EAL domain 4es4A00
2W27A 3N3TA 4FOKA 4HJFA 3GFZA 3HV8A 4HU3A 4Q6JA 4LYKA 4Y9OA 4F3HA 4Y8EA 2R6OA 4FOUA 4AG0A 4RNHA 5MKGA 3PJWA 4ES4A 4RNJA 4F48A 4AFYA 3GG1A 5MF5A 3TLQA 4J40A 3SY8A 4HU4A 3GG0A 3GFXA 3KZPA 4FOJA 4RNFA 5MKGB 3U2EA 5M1TA 2BASA 4Y9PA 4RNIA 3HV9A 4Y9MA 4LJ3A 3S83A 3PJUA 3PJXA 3PFMA 3PJTA 3GFYA 4Y9NA 4KIEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A9IA 1W6TA 4GGBA 1KM4A 4DNHA 4JTJA 3LCFA 4H2HA 3CUJA 2J13A 4PSPA 1A4LA 2H3DA 4JTHA 2B81A 3CL6A 2CZVA 3VDAA 1KCZA 1TA3B 5D9PA 4QDWA 3T0AA 4IMCA 2ZWZA 2E3ZA 2ISWA 3H8AA 3BWWA 4DJDC 2WANA 4HK5A 4PMNA 1Y7VA 1AQMA 1W8SA 1H7XA 7REQB 4QRNA 1KO0A 4ALDA 3E9AA 4G8TA 1XKYA 3MB9A 3TMLA 1QXLA 1MZHA 1PKLA 1TPFA 2BVWA 3LTYA 3CMFA 3ZFHA 4RDVA 1FH9A 1SQ7A 3PF3A 3D0CA 1OX5A 4HKPA 3CYJA 3FEQA 1JZ4A 3GXPA 4AYSA 4BJHA 3HPXA 2ISSA 2VWTA 1VLWA 1FP8A 1CGYA 4TVCA 4GXPA 1GPFA 1FWRA 5GQBA 3BAJA 3UP8A 3PWGA 2FTYA 1QTWA 4J3TA 4UCFA 4WGXA 2C19A 3Q45A 1E9IA 1POJA 1SYTA 4R27A 1ODUA 3TW6A 1JCNA 1WP6A 1TTJA 3ARQA 5DEZA 3QMTA 5BRBA 2WBGA 2CITA 1P6CA 3L21A 3EAUA 3M0LA 1QW9A 4XZ9A 3U57A 1T8XA 4H4IA 2HDJA 4GACA 1NWTA 3WJZA 1Q65A 5DO8A 2QVHA 1NU5A 2F6UA 4AXKA 1OBAA 3UZWA 4ICMA 3P2VA 5A6KA 4I90A 3I4EA 2ZVRA 1SO5A 2OYKA 4AX7A 4PBFA 1E43A 3SM0A 3CEPA 1XYZA 1A53A 1JYWA 3SI9A 1EF2A 2C16A 3TYUA 4DBWA 4O13A 2PLCA 1BVNP 1C93A 4TU1A 1R5YA 2XH7A 4R3UA 4GJJA 3A4WA 1QPQA 3W70A 1TZ7A 3S1XA 1E4MM 3KL5A 3EOOA 3ONBA 3IGUA 5D8ZA 2WCGA 3DKJA 5HJLA 1BSIA 3CZLA 2DSUA 1E1CA 3PZIA 4RZ4A 3S1GA 3LZ3A 1EUNA 4CD7A 3EKZA 3UXAA 5KTLA 3AS2A 1GJWA 3GXMA 2XJ7A 3D5HA 2EXOA 1LQ2A 5C54A 1M7PA 3E38A 4JFSA 2Q6ZA 1A5CA 2DW7A 4TXEA 4YWIA 1DJQA 4FP1A 3H70A 4LQ1A 1ZZMA 4UR8A 4QS5A 2V2DA 3KVKA 1E0TA 1GK8A 1NOUA 2GUUA 3L2LA 2R14A 4QEHA 4PTMA 4QJ3B 4CQCA 1R46A 3P80A 3LV5A 2R82A 5CSUA 3GFZA 3RM8A 2WVVB 1LRNA 4MUPA 4LF1A 3E2SA 3NZQA 3NA8A 3VO0A 4N9EA 3TXVA 4KEUA 3QFWA 3WH7A 4Q8UA 4ZMGA 2WMIA 3PJXA 1D3GA 3EKLA 1UD2A 2WSQA 1L2UA 2PRLA 1FH7A 2GWGA 3EOLA 4CN6A 2D20A 5LSMA 4ZQOA 1HL2A 3GBEA 2EAWA 5F2GA 3VZYA 4GZ7A 4UQ9A 1O66A 2R1NA 4P8UA 2VFFA 2ACSA 5AZ1A 1CXFA 1R2RA 2VVSA 2EO7A 3P82A 2IKGA 4PTXA 4UC5A 3T2QA 3CUFA 4S3DA 3LI0A 2ZICA 2EF9A 3FLUA 4RZ6A 5CCZA 4L61A 2JEQA 3VK5A 4FNUA 3IARA 2C1GA 2CLEA 4W8BA 2D2JA 1XBXA 3HOJA 4WVXA 3C0JA 3MCNA 4F2TA 1V6TA 1TRIA 1YNYA 3PK7A 3KUMA 1PV8A 4IPNB 1FHLA 5HXMA 5LHFA 2J75A 4MUZA 5T26A 1EJ7L 4PCTA 1Q63A 2ZVIA 4JQAA 4DBEA 3W7NA 1QDSA 1VRXA 2NUWA 4D72A 4RDWA 3WLRA 3TN6A 3B8TA 4MFEA 4IMEA 1CTNA 4GYFA 4H9ZA 4PCSA 3DG3A 3NPUA 4NXKA 3S6TA 3HV8A 5EFFA 2V5JA 2YFOA 4U2ZA 4GH1A 4NAEA 5FJOA 3O6YX 2EPMX 1X1OA 2FPVA 3BK0A 4UTFA 3V5FA 3WQVA 5KZDA 3U2EA 1W1VA 4NJGA 2Z6IA 1JVNA 4OQVA 4WHBA 4EPBC 1GYNA 3SCOA 4XUYA 1UH2A 2EJ1A 3MC5A 2DZTA 4ZB0A 1X6UA 4XSLA 5AHFA 4QQ3A 2WZHA 3LLDA 4Q4MA 4QR6A 2CLOA 2XGBA 1V7YA 5GJNA 2J9XA 5DY2A 2B31A 1VEMA 4C6OA 1CXKA 1GHSA 4CCCA 4CEXC 1PB0A 1XV8A 4Y9AA 3T2OA 4CQ8A 4GUIA 5A6JA 4P7LA 1BG4A 2XHYA 5BRQA 5BROA 1OCQA 3O9NA 3WNPA 3L2MA 4OIFA 3HFYA 1FXPA 4YTUA 1FWSA 4L1GA 4Q4OA 2DP3A 1DTNA 3WQFA 4MAVA 4XTIA 1MI3A 4WRHA 1ALDA 1GWJA 2WMKA 5XINA 3QW4B 5K2ZA 3UNTA 2GGGA 4H9YA 1EHNA 1XH0A 1TJPA 3BZJA 3G22A 3VOCA 4JNMA 4Y9PA 1NIUA 3LSBA 5A94A 2GQAA 3GXFA 3NEHA 3IUDA 4CVWA 3FYYA 4R9OA 1GW1A 4QCFA 1MUMA 1EJRC 3TW9A 2QPUA 3GTNA 3SCWA 3M9YA 3LQLA 4NXSA 4DIAA 2G96A 1F61A 2JE8A 3TKFA 3LBOA 1W9XA 4Q8OA 3QV7A 5LNWA 4IPJA 4WJEA 5G1MA 3TE9A 1WDQA 4GH3A 4F4RA 3W6LA 3GC2A 1P1XA 4XV0A 2QR6A 2D73A 1IQ8A 2HMCA 4ZL1A 5D32A 2XM1A 1NJJA 3U9IA 2YW3A 1ZBWA 1EA0A 1JXJA 5D33A 4W88A 2QAPA 1E5JA 2ZC1A 2QJNA 3ARTA 4MLJA 4GJ1A 2ICSA 3UCQA 1EA9C 3PUEA 4JAWA 1ZALA 3G0UA 2FZBA 3R58A 4S39A 1K6WA 3CPGA 4MIMA 3WLTA 3GTFA 4QISA 2JGQA 1R7AA 3WMSA 1E0WA 2EGZA 2INFA 1TVLA 3NQ6A 1RY8A 3KX6A 4UQBA 2GGIA 4NF7A 3CK5A 1BVZA 4HJWA 1HFBA 2ZA1A 1ZBKA 4JTKA 1ITXA 2CHRA 4C1NB 3QYQA 3PZGA 2BHZA 4FMVA 1ZJAA 3LCWA 4M3PA 2AKZA 1R3QA 2P0OA 4O1AA 2VHLA 4UMAA 1NQ6A 2J9ZA 1PZ2A 2PLMA 3H21A 2D24A 2ZRXA 3ANUA 1S2WA 1SZFA 1A49A 3GDBA 2NSXA 1W9UA 1RVKA 3T0TA 2FB3A 1CXIA 3VNKA 3R13A 1JULA 2GGHA 1ITUA 3M16A 1UWQA 4PCNA 4MWAA 3USZA 3CPRA 1UUMA 4RKAA 4H9TA 4K68A 3M5XA 3BV7A 1HGWA 2WNZA 2FMOA 1V3HA 1AD4A 4PB5A 2DY3A 2OYMA 1UR8A 4PUJA 1CEOA 1HVXA 4PUDA 4IPIA 3PVFA 3DGRA 3CZ8A 2H9AB 3PZOA 2WZTA 4L6HA 4MKSA 4DVOA 5K4XA 5HULA 2BXYA 2Z0IA 3WFAA 2GSJA 1Q6RA 3W81A 2KX9A 3C6CA 1BQCA 1GNXA 4W8AA 1DJNA 2C0HA 4JPGA 4I7WA 3UPMA 3AHVA 4REQA 1RLDA 3TTSA 2EG6A 4WD0A 3RX4A 3ITVA 3OB8A 4TTGA 5DELA 1E1EA 2I56A 3B97A 1EP2A 2A1YA 3GLCA 4HMCA 5A1AA 3EWYA 5MKGA 5D2XA 1E73M 2QCMA 2OX1A 1JNDA 1HKVA 1VCGA 2PRHA 3NQ8A 3G1RA 3LENA 1EHAA 2E9LA 3R0DA 4NX5A 3M0MA 4HPXA 4BEUA 3BSGA 3WMCA 3W0KA 1CXEA 2Y1HA 1M03A 2TRSA 3FVMA 4I3GA 3NQAA 4PMYA 3MV11 1UD4A 3S47A 1Q6GA 1TA3A 3BICA 5A8NA 3FJ6A 4QCEA 3VCCA 3QV8A 1CB7B 4AHPA 2QNEA 7REQA 1QK0A 4UNKA 2W3ZA 3AS0A 1I9CB 4I9JA 1OCJA 4HNNA 1YTDA 4QE4A 4L4MA 5IBXA 1R3SA 2P5NA 4N7QA 3EEZA 1FWBC 3NAVA 3C5QA 2VEMA 3PPHA 2G0WA 3SUUA 3W74A 4JICA 4DPQA 3RYSA 1F6PA 1S1PA 3UG4A 4JD4A 5CAHA 1UZDA 2WSKA 4LS0A 2A6NA 4EANA 3MY9A 2Z28A 3WMLA 1UKSA 2VELA 3W7RA 3ZVHB 2D0FA 5AYBA 3VGHA 3L5MA 1FWCC 1MRAA 3P8JA 1DJGA 2HNHA 3BPWA 1XRSA 4AUBA 2Y88A 4TX9A 2ZZ3A 1SW3A 1J4EA 3KRSA 3VKKA 2DSVA 3QR0A 3W7PA 3F2BA 4PUKA 1CBGA 3ALGA 5EPDA 4H9UA 3WJXA 4I9AA 3NQEA 3GC4A 3CT7A 1VBGA 4UFLA 2PB1A 1E6PA 2BFGA 5LNSA 3WIJA 2DFAA 3JU2A 4MB3A 4BQ5A 1QK2A 2CLIA 3MKCA 4CCZA 2GSHA 1EPXA 3ARYA 1VYPX 1LDCA 1EXPA 1A50A 4GI8A 3AUJA 4GUHA 4MJZA 2IQTA 2G3JA 4HA4A 3UR8A 5J8LA 4NZ5A 3WQ8A 3AS3A 4ES4A 3S3GA 2VOTA 2I57A 1AJZA 4QAWA 4AB4A 3STEA 1F4AA 2GFTA 4HMDA 4DF2A 3DYOA 2F2KA 1WDWA 4P2VA 5AHMA 1U22A 1PO9A 2GVYA 4DM1A 3CTLA 4M19A 4IPPA 2GDVA 3EWBX 2J79A 1YHTA 4MNKA 4LCRA 2QF7A 2AQWA 2DZXA 5A6AA 1XF0A 4GCAA 1CGUA 1VEPA 3GAYA 2CETA 3DHPA 1RP9A 3UJFA 1POKA 1EP3A 3ZWTA 1EB3A 4WDWA 4XG1A 3VKJA 4L1XA 1RBLA 2Y4SA 5A6MA 2AAAA 4N6FA 2PWUA 1GOIA 4KCWA 4F66A 2B7QA 1OYBA 2X2YA 1W9PA 3F2DA 4WSJA 3SSZA 2BHUA 1XYAA 3WK2A 2ZXAA 4Q4PA 1JUKA 1EC7A 1WXYA 2WVUA 2PD9A 4ADSA 4GY1A 5HDRA 3FXYA 3VU2A 2XFYA 1OZQA 3RLHA 3GIQA 4F48A 3PZVA 1EZ2A 3E3HA 4XVDA 2WVTA 4OOZA 4K1GA 4S3EA 3WQPA 5FL0A 1WO2A 3COTA 2DIKA 3LCIA 2F6XA 4S3KA 3POCA 4RW5A 3CUXA 4OOUA 3W27A 3GK0A 4G6CA 4LUYA 3T55A 1WYIA 5JH2A 1W9BM 1TCMA 1VJZA 3TLQA 2POZA 5CSYA 1J9YA 1VEOA 4OTKA 4A05A 1XQLA 3PFRA 5KZMA 3T4CA 3UW6A 2OGYA 1RR2A 3GNOA 1AW5A 4U3AA 4XBJA 3S5NA 3UR2A 3AZTA 4IX2A 1P6WA 3TAOA 1VYRA 6ENLA 1OFQA 4PSRA 4AXNA 4GZEA 4JHMA 2H8XA 2NLYA 1XYCA 1TG7A 3R8GA 4C6LA 1KR0A 1W91A 5LNRA 3AYSA 3PZQA 4JYFA 2CWXA 2Y62A 1T96A 3UWVA 2EPKX 2XINA 3LDVA 1W3IA 2VX6A 4RV3A 4XO6A 4AZIA 2ZUUA 3ITCA 1M7JA 1SZGA 4NU7A 4GUJA 3HM7A 2P8CA 5SWUA 4S38A 2G3NA 3RXZA 1C91A 3SGZA 3LSCA 2E9BA 2GYIA 2C1HA 2ODOA 2VI0A 3M6DA 3R7MA 3CIXA 2NT1A 2KZHA 4G7EB 4JFUA 3TYDA 2VUYA 1IT8A 4LU0A 1TPEA 4E2VA 4C6IA 2VC7A 2WVSA 1A5OC 3NZRA 1OK4A 4WY0F 5G1TA 4ZQCA 1GT8A 1A0CA 1OQFA 4HZMA 2A3CA 4ATWA 3W25A 1VAHA 3KCOA 1KBKA 3U5YA 1BTCA 3PHAA 1E55A 4K3ZA 2B7NA 3OIXA 5AN7A 1AUSL 3QOMA 3HMJG 2WMHA 2EHHA 3T09A 1OX4B 2PTYA 4K8EA 3WNNA 5FF4A 5LXXA 3MZ2A 1HO4A 2OSYA 1GZJA 1CI1A 1LOSA 2DV0A 4AG0A 1RSCA 3BLIA 1E9YB 2FZNA 5CPQA 5F4WA 1JZ5A 4LGXA 5BMWA 1QOPA 1MVYA 2OT0A 1TWZA 2PAJA 3W73A 1K9EA 3V0TA 3SUSA 3USBA 4C7GA 3GZAA 1GKPA 1W5QA 1GPWA 3Q67A 3P84A 1BF2A 1VCVA 3MP4A 3KZSA 1H0IA 3U2CA 1YQ2A 2O4MA 2ZX8A 3IVUA 3L65A 3MJYA 4B3LA 4HA3A 4C6EA 3B9OA 3W1NA 3MS8A 1W5MA 4JNYA 3B4UA 3ITLA 3NVTA 4HYWA 4LTSA 3UZZA 2E1WA 1MW0A 4ERAA 5IDZA 3KCLA 3V36A 4WSHA 3VILA 2DZSA 4QBXA 3EMZA 2AMXA 3QKEA 4HD5A 1PWMA 3T0BA 4MDPA 4NZ1A 1MQPA 3Q2DA 1CGVA 1K4GA 1E4IA 4Z1DA 3TFXA 1RUSA 1UASA 4LS1A 1LL4A 5H8MA 5I23A 2D3NA 4GCXA 3PR2A 3LHUA 5JBFA 3LG3A 4C6DA 2PMQA 1Q8AA 1D3CA 1WKFA 2FDMA 2QW5A 3LLFA 3SQMA 1JXKA 1R47A 3WDIA 3IJ6A 4HCDA 4YS1A 1LT8A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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