4F9AA

Human cdc7 kinase in complex with dbf4 and nucleotide
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
356
structure length
315
Chain Sequence
GVKKDIEKLYEAVPQLSNVFKIEDKIGEGTFSSVYLATAQLQVGPEEKIALKHLIPTSHPIRIAAELQCLTVAGGQDNVMGVKYCFRKNDHVVIAMPYLEHESFLDILNSLSFQEVREYMLNLFKALKRIHQFGIVHRDVKPSNFLYNRRLKKYALVDFGLAQGTHDTKIELLKFVQSEAQQRAGTPGFRAPEVLTKCPNQTTAIDMWSAGVIFLSLLSGRYPFYKASDDLTALAQIMTIRGSRETIQAAKTFGKSILCSKEVPAQDLRKLCERLRGWNEVPDEAYDLLDKLLDLNPASRITAEEALLHPFFKDM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Cell division cycle 7-related protein kinase
publication title Crystal structure of human CDC7 kinase in complex with its activator DBF4.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 315
sequence length 356
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2012-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4f9aA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4f9aA01
1OKVA 3QALE 4WG5A 5AP5A 3DBDA 3SQQA 4C8BA 4O7RA 4GG5A 3VBVA 4JDIA 3QCYA 3VN9A 1JVPP 3CR0A 2Q0BA 3EQPA 4BKYA 5M44A 4IB0A 4BIEA 5M4CA 4DEDA 1Q8WA 2F4JA 4IADA 4EOIA 2PUPA 3UG1A 1UU9A 3UYTA 2UZVA 4CGAA 4LGDA 4E6AA 1J7UA 1XHAA 2C5XA 3D2IA 4NM7A 4TWNA 4DGLC 5AADA 2XUUA 1VR2A 3R7EA 2O64A 3ORNA 4MBIA 3M11A 4FUYA 5J5SA 2P2HA 3SHEA 4IMYA 4IM2A 3HA6A 4X2JA 3FZPA 3OCGA 5EG3A 5DFPA 5HE0A 4JIKA 2OJJA 4D1XA 1PRYA 4O82A 5HCYA 4FTAA 4LMNA 2AYPA 3OT3A 1YXTA 3MW1A 4FT3A 5J87A 5C26A 4IXPA 1KE5A 3DJ5A 5A4LA 2OK1A 2XBJA 4BHZA 4C62A 4EOPA 3WYYA 3S1HA 3TKIA 3U4UA 1YOJA 2PZPA 1ZZ2A 3F5GA 4MXAA 4DLIA 2C3IB 3AD4A 3QKLA 5C8NA 1KE8A 5L2TA 4DCAA 4BDGA 1Y57A 3B2WA 3NUNA 4BDIA 5EHLA 2OJGA 2QO2A 3GOPA 3SXSA 3BKBA 2WOTA 4DITA 3AC2A 5C01A 2W5HA 2PVKA 4L7SA 5IA3A 4M84A 3ZRLA 3QHRA 4L01A 2PE0A 2R7BA 4Q5EA 4FV4A 4BGHA 5K9IA 2C6TA 4DFBA 5E4HA 4AQCA 1PF8A 1PW2A 5FLFA 2VWZA 4AGUA 3RALA 4DFNA 4EHGA 3FYJX 4U9AA 3A7HA 4AOIA 2FVDA 5FGKA 4FNZA 4I6FA 1ZMVA 1LPUA 4CSVA 3UODA 1Q8TA 1XKKA 5HCZA 4ZJJA 2DQ7X 4F1OA 4APPA 3LMIA 4Y5HA 3DA6A 4G3GA 5DIAA 1YHWA 4FTTA 2ITZA 4BZDA 2CKOA 2BKKA 2DUVA 3HRBA 4LGHA 4YBKA 5CNNA 4FV8A 4QRCA 1U59A 1OZ1A 1UU7A 3KRJA 2UZDA 3QRKA 4EOSA 4KSPA 1QPDA 3QRTA 4O0RA 5TKDA 4Z3VA 2FSTX 5IMXA 2W06A 5CSXA 3ITZA 3DLSA 2WQOA 3HDNA 1ZYCA 4RMZA 5GZ8A 3QU0A 3SDJA 5KMIA 4AACA 2VU3A 5TE0A 3L8PA 2BRNA 2Q83A 4C3PA 5CT7A 3O96A 3LQ3A 2VWBA 2YAKA 4D0XA 1F0QA 2X39A 3PPJA 4D9UA 4E3CA 4G34A 1BL6A 1SNUA 1F3MC 4JI9A 3ZSGA 3FMJA 2VUWA 1OPJA 3R01A 1Q61A 3PXYA 5EOLA 1VZOA 3KMUA 3S00A 3WF7A 4C34A 4EK4A 2HY81 4FICA 4I6QA 4L67A 4ZS0A 3ZFYA 2CGXA 4O22A 3MESA 4CYIA 3TEIA 4ACGA 3CKWA 3FLNC 5CYIA 3Q9ZA 1R1WA 3OOMA 4ZEGA 3R9DA 5CEKA 3JPVA 5HO6A 3DS6A 5I9XA 2X6DA 2GSFA 4GSBA 5E1SA 4O7NA 4EWHA 4DC2A 4BWXA 3H9RA 5DGZA 4ACDA 3LFFA 3R28A 3PSCA 5I9YA 4P5QA 1OUYA 3PZHA 1ZLTA 4QPAA 3RI1A 5IEVA 2ZM3A 2ZJWA 4F0GA 2F7ZE 1G8SA 5CF6A 1PKDA 2ZAZA 3AMAA 1TVOA 5M07A 4FBXA 5DBXA 2ITTA 3EN6A 2H8HA 4GK2A 4NJDA 2ZVAA 5EQYA 4QP4A 4X2GA 4RJ8A 4CVAA 4AOJA 2YERA 3FLYA 3MB7A 2F49A 5F9EA 5C8KA 5HX8A 1DI9A 2HZNA 4OTDA 3E88A 5EI2A 2BUJA 4TW9A 3VS3A 4RX5A 5CI7A 1JAMA 3K3IA 3WOWA 4D4SA 1QPCA 3HKOA 4AF3A 4WUNA 3BX5A 4IVDA 4QT1A 1J91A 2E9UA 2RL5A 4DAWA 2PUUA 3JY9A 4YZBA 2P2IA 3NUPA 5CVGA 3SC1A 4E5BA 5HESA 4CLIA 3UQCA 3UQFA 1MRVA 2W5BA 3CTHA 3KXGA 5JQ8A 4AGWA 4BCKA 4AZFA 4FVQA 2J0KA 3WF8A 4L52A 4W9XA 3TZMA 3OEZA 1E9HA 4RWJA 5C1QB 2QOIA 2V22A 1HCLA 4EBVA 2QOFA 5E90A 3DNDA 3FLQA 2WFYA 4EH7A 3BYSA 3KA0A 1UNLA 4FYNA 3AC1A 2FB8A 3RPYA 3F5UA 4L8MA 2C1BA 4A4XA 4BF2A 3D7ZA 4LOOA 4B4LA 3FMHA 2UZBA 3BV3A 3Q4UA 3RKBA 5CASA 5C4LA 1T46A 2QR8A 2XJ2A 3MYGA 2YJRA 3NYXA 4XV1A 5FP6A 4N70A 1PXPA 4WNMA 4O86A 2XK7A 3EJ1A 5DVRA 2B1PA 5F95A 3TNQB 2WQMA 2BALA 4X2FA 4IDVA 5JFSA 4BDAA 4AG8A 3HMNA 3OTVA 2XA4A 3I1AA 4MNEB 3ZYAA 4EHZA 5AUXA 4FKJA 4PPAA 3GB2A 3EWHA 4XP2A 4GFMA 2UZWE 4RC2A 5EDPA 4F4PA 4YNOA 2PWLA 1XBAA 5CXHA 4MH7A 5K0KA 4BKZA 4FKPA 3FZSA 3DKOA 3GI3A 4A9SA 4FSYA 3FQEA 4TYIA 4Z55A 3C4WA 4CFUA 3N4VA 4M0ZA 2X6EA 3LQ5A 5HBJA 4HCVA 5ANIA 4GKHA 4YJTA 1H4LA 3HV3A 2J90A 5DR2A 3V5PA 4B8LA 4OLIA 5IKWA 5AR4A 4F0FA 3OWJA 3WE8A 3NMUF 3QYZA 4H05A 4BBMA 4CFMA 2QOKA 5TO8A 4E8AA 5AAFA 2CNVA 3AC8A 2C5YA 4FYOA 4V0GA 3RJCA 4BCOA 1H25A 1SYKA 4JQ8A 5ETCA 5CU3A 4W4XA 3UP7A 4CRLA 2W17A 4IIRA 1UVRA 2CLXA 4RBLA 3EQDA 3S95A 3ET7A 3Q2JA 4IB5A 2OJFE 3VUIA 3DK7A 3R7GA 3W16A 1R0PA 4L46A 2AUHA 2E9VA 2YCFA 3PUPA 4I41A 4I94A 3E3PA 1H01A 4KKEA 3MN3A 5IG1A 3OW4A 4EK8A 5AM7A 3L9NA 3ZH8A 3KRWA 4RX7A 4YLKA 1Z9XA 3DXPA 4FG9A 3SXFA 4UMRA 1SNXA 4IAKA 3RNYA 5T6KA 3HV5A 1ND4A 2CKQA 2QCSA 1LUFA 4JR7A 1QMZA 2EWAA 5DLSA 3TIZA 2BRGA 4ANSA 5I9WA 4U5JA 5LVOA 3PPZA 5A6NA 1URWA 4ANOA 1H28A 4IX4A 3D0EA 1YI3A 4P90A 5G6VA 5HZNA 2YAAA 3EQFA 4C35A 4GUBA 3HA8A 5LCKA 4DG3E 4NCTC 4BCNA 2UVXA 4PNKA 3GEQA 3NAXA 3IOKA 3JS2A 3Q5ZA 4AGCA 1RW8A 2OG8A 2GDOA 4IVCA 1Y6BA 3CTJA 4DE4A 2VTAA 3BYUA 3GCSA 1UA2A 3QQKA 3ENHA 3OXZA 2Y9QA 3PSDA 2XJ0A 3BLRA 4CMOA 3N4TA 4YHFA 3ACKA 3I79A 3G5DA 4Z9LA 5CANA 3KKVA 4K8AA 4FIJA 5KMMA 2QHMA 5AUVA 1TQMA 3D94A 5FXQA 4HCUA 4OTQA 4RT7A 1J7LA 1W82A 1ZWSA 3LJ1A 3ZHPC 4F6WA 3EFKA 4C36A 2QO7A 5ANGA 1H1SA 3OHTA 5HHWA 4TWCA 1M52A 1BX6A 1YOLA 2RF9A 3L8XA 4FC0A 1YHVA 1SVEA 3BV2A 3UO4A 3ZDUA 5L6PA 5AFVA 4ZAUA 1GZOA 3VVHA 3ERKA 4D2VA 3VUHA 4QMYA 3BHVA 2JDVA 3R0TA 4F6SA 4JRNA 4JRVA 5AP0A 5KBRA 2C6MA 1M2RA 4WNKA 2C5OA 4WA9A 5FM2A 4Q9ZA 3UNJA 3H3CA 3CS9A 2PMOX 3QTWA 3MPTA 5HCXA 2WELA 2OF2A 3RZFA 4FTKA 5B2LA 3RINA 4ZJVA 2ONLC 1XR1A 4DEEA 2A1AB 4F6UA 4MF1A 3FI8A 2C1AA 3BEGA 3TDVA 4P5ZA 2XIXA 3F82A 2FGIA 4G17A 3SV0A 5BVWA 2BAJA 1Y6AA 5E8YA 4O96A 1YKRA 1OPKA 2OH4A 3PY3A 3BLQA 2PVJA 1PY5A 3DAJA 3A7FA 5BNJA 5CAUA 4J52A 3EH9A 4YO6A 3F3WA 2IW9A 2QG7A 1GIIA 2H34A 2HXQA 5LMKC 3PY1A 5CENA 3BYMA 1IEPA 4OTPA 4EJNA 3Q5IA 4IZ5A 5M4IA 4N0SA 2C6KA 4FIHA 4PNIA 3ZLYA 4GUEA 2R3HA 4XOZA 2I0HA 2W4OA 2OJIA 3AXWA 5FDPA 4YJNA 1FMKA 1JSVA 2UZOA 2OIQA 2Z7SA 3GFEA 1ZYSA 2WU7A 4E26A 3ZU7A 5GJGA 4DEAA 2W9FB 4ITJA 3MTFA 5EYDA 1OIRA 2X1NA 3I6UA 2GPHA 2WMBA 4DGOA 4EHEA 3W33A 5EFQA 4FKLA 2WU6A 3UG2A 3ZBXA 2QO9A 3EL8A 3R9NA 4YPSA 5K0XA 2ZB0A 4KNBA 4U81A 5IDNA 4WBOA 2JEDA 5CU4A 2BRBA 2GNFA 2R3RA 3Q6UA 4NU1A 4AAAA 4C61A 5HGIA 4LMUA 4F9AA 2GHMA 2O65A 4MVFA 4FIGA 5FEDA 4BWKA 2R3FA 4EONA 3UIBA 4ASEA 3ORZA 4BR3A 3RAKA 4E4MA 5IEXA 3MFSA 3IGGA 4RRVA 3BGQA 2HWPA 4LL5A 3SAYA 3HRFA 4NJ3A 3U6IA 4KSQA 4F65A 3FMMA 4PPBA 1GIJA 2HW6A 3W10A 1KUTA 3NYOA 4GT3A 4BYJA 5LVNA 3EHAA 3QZGA 1PXIA 3PA4A 4IX6A 2E2BA 5E8ZA 2BZJA 3BGPA 3WIKA 3TM0A 3M2WA 2I0EA 4JBPA 3SX9A 5E8UA 2IVVA 1MRUA 4R6VA 3AMBA 3W8LA 4MTAA 2CSNA 2ERKA 2IO6A 2WTWA 5CI6A 3DDPA 3FDNA 3ROCA 2W1GA 3NW7A 1EH4A 4CKJA 3LLTA 3HP2A 3R2BA 4M7IA 3T9IA 3QTZA 1OBDA 1MRYA 5LCJA 4PMSA 1JKSA 3ZMMA 5EKNA 2CCIA 4GK4A 2XKFA 5DYJA 4K2RA 2YCRA 1PKGA 3DB8A 1R78A 2YIRA 5AMNA 4CFXA 3UOJA 4FL1A 4CCUA 3COHA 4NZWB 4C4GA 3QD0A 3PP1A 3PRFA 2WB8A 2XM9A 3QTRA 5KZIA 4Q5HA 5BVFA 1JKKA 2OFVA 2RFNA 4H3PA 3VAPA 4X0MA 4C59A 4LUEA 4BY9E 2XS0A 4S34A 3DJ6A 4KIKA 4XEYA 5ICPA 1U5QA 2HWOA 1FQ1B 3QQFA 2WMUA 4EYMA 4BCMA 4GK3A 2BVAA 3A4PA 3IONA 4WG3A 4I93A 2R3IA 3R8LA 3SW4A 3FV8A 2X2LA 5HO7A 3PIYA 1H00A 2B55A 2PMNX 2HK5A 4BCHA 1WAKA 1XH6A 1NVQA 4CMTA 4DGNA 3R9HA 1H27A 1YDRE 1OKZA 2B53A 2ITUA 2WMXA 1GJOA 1UU3A 4XV9A 4FEQA 3NNVA 2QODA 4CD0A 3HDMA 3R83A 3IS5A 4ZTQA 2YIWA 4TYHB 4NCTA 4UALA 4EOOA 4HW7A 3II5A 5AR8A 2YISA 1Y8YA 4MNFA 2RGPA 3S0OA 5K3YA 1JSTA 5A3XA 1LEWA 4DEIA 3ZUTA 3MPAA 2F9GA 4FT9A 4YLLA 1LP4A 5LWNA 2H6DA 3MVHA 2JITA 3JVSA 2H9VA 4P2KA 2WTKC 2VZ6A 3ZFMA 5GZ9A 3BQCA 4EZ5A 4WHZA 2G9XA 3R7IA 3TV6A 3C4XA 3FXWA 3PLAE 3P79A 3QQGA 2J9MA 3PRIA 4L7FA 3NCGA 5IZFA 3BPRA 5HVJA 3TKUA 3MV5A 3IK3A 1YXUA 2BAKA 4QQ5A 2J7TA 2PYWA 5JGDA 2QVSE 3NUYA 3O23A 3PE2A 4R7IA 3HUCA 4CTCA 2YM5A 1RDQE 4RJ6A 4P4CA 4RIYA 2ITNA 3V8WA 4KIKB 4C4FA 3ORXA 4UB7A 5BX0A 5HEZA 4L9IA 3MDYA 4X6QC 2NO3A 5CWZA 3FZOA 3GFWA 4QP8A 4QMQA 5EM5A 1W83A 3QX4A 4PMMA 4AS0A 3L8VA 4ZXTA 3KL8A 2VX0A 3F6XA 3ATTA 4QP7A 2O8YA 3QTQA 5EDQA 2GU8A 2XNGA 2Y8OA 3FAAA 4IQ6A 4MHAA 2YM6A 4DBNA 3KCFA 2UW9A 3BE9A 2OIBA 4YJSA 4AW0A 4CZUA 3DV3A 5EI8A 5EYMA 4M14A 2XYNA 2X7OA 3BHTA 3FMLA 1SZMA 1U4DA 1VYZA 2HIWA 2XK6A 4CFWA 5HBHA 1IA9A 3KRRA 4Y72A 3RM6A 2ONLA 2YM8A 3FI3A 4WIHA 4I5PA 1WFCA 4ITIA 4YTCA 2C3KA 3IDPA 3NIEA 1PJKA 3MY5A 3PY0A 4ASDA 3LCSA 3AC5A 5BVNA 4XNEA 3MB6A 1R3CA 4O2PA 3RNIA 3V51A 4AT4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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