4F9JA

Structure of escherichia coli pgab 42-655 in complex with iron
Total Genus 219
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
219
sequence length
607
structure length
599
Chain Sequence
PWPHNGFVAISWHNVEDEQRFMSVRTSALREQFAWLRENGYQPVSIAQIREAHRGGKPLPEKAVVLTFDDGYQSFYTRVFPILQAFQWPAVWAPVGSWVDTPADKQVKFGDELVDREYFATWQQVREVARSRLVELASHTWNSHYGIQANATGSLLPVYVNRAYFTDHARYETAAEYRERIRLDAVKMTEYLRTKVEVNPHVFVWPYGEANGIAIEELKKLGYDMFFTLESGLANASQLDSIPRVLIANNPSLKEFAQQIITVQEKSPQRIMHIDLDYVYDENLQQMDRNIDVLIQRVKDMQISTVYLQAFADPDGDGLVKEVWFPNRLLPMKADIFSRVAWQLRTRSGVNIYAWMPVLSWDLDPTLTRVKYLPTGEKKAQIHPEQYHRLSPFDDRVRAQVGMLYEDLAGHAAFDGILFHDDALLSDYEDASAPAITAYQQAGFSGSLSEIRQNPEQFKQWARFKSRALTDFTLELSARVKAIRGPHIKTARNIFALPVIQPESEAWFAQNYADFLKSYDWTAIMAMPYLEGVAEKSADQWLIQLTNQIKNIPQAKDKSILELQAQGQHQAISSQQLAHWMSLLQLNGVKNYGYYPDNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
publication title The Structure and Metal Dependent Activity of Escherichia coli PgaB Provides Insight into the Partial De-N-acetylation of Poly-b-1,6-N-acetyl-D-glucosamine
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 219
structure length 599
sequence length 607
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.5.1.-:
pdb deposition date 2012-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01522 Polysacc_deac_1 Polysaccharide deacetylase
A PF14883 GHL13 Hypothetical glycosyl hydrolase family 13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4f9jA02
3.20.20.370 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycoside hydrolase/deacetylase 4f9jA01
2XFYA 4M8UA 2VC9A 3K4DA 3CZ8A 5TD4A 1EO5A 2ESCA 3W82A 1LG1A 3AROA 1QHZA 3MU7A 1UR1A 2CBVA 3AMDA 3AQUA 3WF3A 5IHSA 3AISA 1PBGA 1WDRA 5C71A 1US3A 4BA0A 2VT0A 4EAMA 1D2KA 1NP2A 1M53A 1XYFA 1KGUA 6A3HA 4NF7A 3W6MA 1A47A 1VRXA 4AWEA 1HKKA 2YL9A 2DH3A 3LPPA 4W85A 5A6BD 4AZGA 4CN4A 3PHAA 3QR3A 2V38A 3WBAA 4AD3A 2CERA 2UWFA 4X0NA 1C8XA 3CUHA 5E9AA 5ABHA 3S6OA 4B9ZA 1VAHA 1L8NA 3CPUA 2VURA 2ZWZA 3M7SA 4NZCA 2WC7A 1DTUA 3VGGA 3AZRA 3SCPA 1AQ0A 4DWSB 2DT2A 5DFAA 2O9PA 4PTMA 1JF6A 1GOMA 4D6JA 4D1IA 2C71A 1MW2A 3B8SA 2CETA 3K4AA 1H3GA 2V5DA 3N1AA 1NP0A 3ZQ9A 1JNDA 3WUGA 1V3LA 4UQAA 1J18A 5BXPA 7CGTA 3QHMA 2XVLA 3OB8A 3MSDA 2A3HA 2CBJA 1CLXA 2X8RA 1S46A 1TA3A 3K8LA 1JAKA 4HA4A 2WWDA 2IXUA 6CGTA 1VFUA 1ISYA 1TR1A 5FKYA 3GYCA 1V3KA 2W5FA 3AHZA 3UG3A 4ZXOA 1UKOA 4MTVA 1UD6A 1FHLA 1HVXA 1JZ8A 4FLSA 1TVPA 4MNJA 4DUVA 3QOMA 5FCZA 5CSYA 4QAWA 4A3HA 1XD1A 2VZSA 2GDVA 3FXYA 4U5KA 3ZT7A 3NYDA 3GM8A 1EIBA 1E15A 3W53A 2IXVA 1KQYA 2ZUSA 1Z7AA 5F7UA 3W24A 1YHTA 2QPUA 4W8AA 1DEDA 5DT7A 3A4AA 1E72M 3MSGA 3ZMRA 4Z2JA 3PZGA 4MJ2A 1I1WA 4B16A 5KEZA 1NWRA 3N13A 3NUKA 4V2XA 1EOMA 5ABFA 5GNZA 3RXZA 2CNCA 1QNOA 4EK7A 2WB5A 1BVNP 1UR9A 4UZUA 1CZ1A 1V02A 5E6YA 3MV01 4PMDA 1UWUA 1J10A 1GVYA 4AYSA 3UR7A 1Q6GA 3VIFA 3T2QA 1UHVA 3WNOA 1NM9A 4CN1A 4IUGA 3QOKA 4JHZA 1UA3A 3VIMA 1V6TA 4ZFMA 1HXJA 4LY4A 2V3GA 3CZLA 3ZR5A 2J7FA 3VD9A 1CENA 1CXIA 4M1BA 3TTOA 4F79A 1DWFM 2X0HA 2DSKA 4W84A 2GUYA 3OGRA 3W4RA 3AHXA 1B2YA 1Q4NX 4DM2A 3QHOA 3VD7A 4MB5A 3OZOA 1OSEA 3NCOA 3U5UA 2XM1A 4P8VA 5D9PA 2E3ZA 1N82A 1B1YA 4PMZA 2E8ZA 3WD2A 2DIEA 1QVBA 4AZ5A 1HJQA 1XD0A 2WVSA 4D6EA 2YDRA 4ATWA 1PJ9A 4AXNA 1SYTA 2O92A 1TA3B 5DF0A 3CZKA 4PEEA 4D6HA 3AMCA 3CZJA 3QGVA 3BC9A 4M1RA 1NY1A 2XIIA 1E71M 1V3MA 1R87A 1JFHA 1OIFA 1EDQA 3QHNA 1MFVA 4DWSD 1UZ4A 1W9VA 4HA3A 4GPNA 4E4PA 3GTNA 4W89A 4YN5A 4YHEA 1JYWA 4PUDA 3AXHA 1XC6A 1HT6A 4PRWA 3CUGA 2XG9A 4E2OA 2EPLX 2PWHA 2WZHA 3IANA 1B9ZA 1LLOA 3WH7A 1E40A 1UH4A 4LYPA 1V6XA 1NWUA 3ECQA 2BFGA 4U3CA 2D20A 2WBGA 2WWCA 1CXFA 3KWXA 2VI0A 4HZ7A 1J11A 2BV9A 1E4LA 1JDDA 1CEOA 5I2UA 5ABFB 1H09A 5LA2A 4GINA 1GQIA 3ARRA 5HBFA 4PMNA 5M17A 3AS3A 1PX4A 5DEZA 3MUAA 4AIEA 3PZTA 1FHDA 2YBUA 5CSUA 1E5JA 3ARSA 2JIWA 1VEMA 2UY4A 1G1YA 1Z32X 3VILA 3VGEA 4UR9A 2QLYA 1F4HA 1W3KA 1LL6A 3CHEA 4QP0A 4Z2HA 2X1IA 4PSPA 1UD2A 2WNWA 3IAPA 5D9MA 1W1PA 2EPKX 3ARTA 1B3YA 1UUQA 2VQUA 1W9XA 2CKRA 1MXDA 2JEPA 4TXEA 1V3IA 1KWKA 4LPCA 1MW1A 3D5HA 5A6BA 1KXTA 1J0HA 1KCKA 1C3FA 3TA9A 1GORA 4NRSA 2Z1KA 4NY2A 1EHNA 2BVYA 2PB1A 4TVUA 5IDIA 2WHMA 5I6SA 1OT1A 3WDHA 2W92A 2VR5A 3ARVA 3N15A 5EFDA 4M80A 2YLLA 1G01A 3NDYA 3VDHA 2XTKA 1R86A 5CGMA 1Q6FA 2DSVA 3WL1A 4GZIA 1X1NA 3FAWA 1KWGA 1CGYA 4OOZA 3WQWA 1C8QA 4LQ1A 1QHOA 1ISVA 1GONA 1JG9A 1DWHM 4PCSA 1TCMA 1QNQA 4BCEA 4JKKA 1KCLA 8CGTA 1OBAA 3DHPA 4D6CA 4PSRA 1J0KA 1P6WA 3S2CA 1BLIA 1HJSA 1V0KA 2DFAA 2PC8A 2OYMA 2UY5A 4PTWA 4LXFA 4ACZA 3VGDA 4U2ZA 1W2VA 1AVAA 4V27A 4W8BA 2ZXDA 2D22A 3WF2A 8A3HA 1QPKA 5I5RA 1HJUA 3OA5A 4A4AA 1C92A 4GZEA 1AQHA 1DP0A 5GQBA 1PX8A 1PZ3A 4MPKA 1GW1A 2ZXBA 2J7BA 1BPLB 5AYBA 2W91A 3AHTA 3MMUA 1ZBKA 1JZ4A 5LA1A 1TMQA 3W37A 2J47A 1SR0A 2WXDM 1UWRA 5I23A 3UG5A 4JIEA 3IAQA 1W2PA 3GXIA 3BCDA 2FH8A 2ZIDA 4ZE5A 1NOWA 2WMHA 4M29A 4HOXA 4FK9A 4UQBA 1K6AA 2CBUA 4J3SA 3CMJA 3BAYA 5HDRA 1O7AA 5EFFA 2VZVA 4JL1A 1V3HA 3MMWA 1JZ6A 2ZX8A 5D8ZA 4UZSA 4CU6A 3G6LA 4FLOA 5A8MA 3DECA 2VZUA 4TVCA 4GO8A 1DWIM 2RGLA 4ML4A 1VJZA 4P8XA 2VL4A 1B3VA 2ZWYA 1W1B1 4H41A 1MQPA 3OBAA 1CYGA 4HOZA 4J28A 4D71A 3A6OA 2WVUA 3ZJ8A 2Q8XA 1XHGA 1CTNA 1BGAA 1OGSA 3UETA 4PYSA 2FH6A 3N18A 1GOOA 4AZ7A 1HKJA 2ZUMA 2XSAA 1OT2A 1VFFA 1V02E 1CXHA 4ZXLA 2CKSA 1UWIA 4UTFA 3L2MA 3AMKA 4PUEA 3AIBA 4WSJA 2XVPA 3HN3A 2YIHA 2ZUVA 4D6IA 2XVKA 4XUYA 2W4XA 2VRJA 3CL8A 1PX3A 3ARQA 2QV5A 3WF0A 2WMFA 4KGJA 2C79A 1US2A 3T0BA 1LWJA 1VFOA 1DWJM 1JDAA 4ACZB 4OUIA 2Y8VA 3PN8A 4QDMA 4JL2A 5GPRA 4HMCA 1G94A 4W88A 1F4AA 4LX4A 4ACYA 2DSUA 4P7QA 3BAXA 4CU7A 2YL5A 2OSYA 1UKQA 4WCJA 1FFQA 3CL6A 3CUJA 1UR4A 5CXPA 2O9RA 4DWSA 3MO4A 1H1NA 1KBBA 3SUVA 3HFTA 3ZIZA 5JBFA 4PBGA 5JBDA 2VQTA 1UG6A 4BQ4A 3GH4A 2J74A 2V5CA 3BH4A 3NSNA 2ZX5A 3AIQA 2PWEA 3PZVA 5M5DA 2W3ZA 3OLGA 4HTYA 2AOSA 3FHQA 2TAAA 3WDJA 1JGIA 3BAWA 3GZAA 2D1ZA 2D23A 1RD6A 5AYIA 4AZHA 5D9NA 1KR0A 5D4YA 4QCFA 3OGSA 1EDTA 1K9FA 1ZU8A 2GVYA 3L4UA 4UNIA 1W9BM 1TFVA 3VNYA 1PIFA 4GQQA 1V6YA 3K1DA 1GHSA 4UOJA 4WIWA 2PF0A 1EHAA 3FW6A 1ZBVA 4F9DA 1W91A 1UR0A 2WHLA 3UG4A 2J8GA 1KXHA 3OLIA 4AZ6A 1E1EA 2XVGA 3IK2A 3AIVA 4PTVA 3MV11 1ZL1A 2DDXA 2WVVA 2WSKA 3AS1A 2O9OA 5FL1A 3W38A 3DYOA 3NJ3A 5E0CA 1C91A 1BG9A 4Z2KA 2WANA 2J8FA 2PWDA 1UD8A 1B30A 4KH2A 5E09A 3VMPA 2FGZA 3WD1A 3W26A 4MADA 4U2YA 4C7DA 1QHPA 3FHAA 2XPKA 5FOOA 1I1XA 3RPMA 3BAIA 3WH6A 4LGXA 3ARYA 3PZMA 5ABGA 3L2LA 3WDQA 3WSUA 1H2JA 2E40A 2VCCA 3WBEA 4HOWA 3E1F1 4NYUA 1KB3A 3VPLA 2EQDA 3WDRA 2VX4A 4JAWA 3ARUA 4P7LA 3GXFA 2VX7A 3EBVA 3OZPA 1HP5A 1KGWA 3TTYA 2WCAA 1GJWA 4AD1A 2QF8A 2WC4A 1QNSA 4EE9A 2DSZA 3CIVA 3OLEA 3BAKA 4AZIA 4JFVA 2BHUA 2G3MA 1W3HA 3DC0A 4AIOA 1BF2A 1E3XA 1JIBA 5DO8A 4BQ5A 3I3EA 5A95A 3AS2A 2J7HA 4JFWA 3MANA 5EB8A 2VZTA 2J4GA 1JZ7A 3CUFA 4NZ1A 4QLLA 3VD3A 3N12A 3WD3A 2CCRA 3WQ5A 3ZM8A 4NZ4A 3BMVA 1FH7A 5E70A 3DYMA 1VFMA 3W27A 3LPGA 2NT0A 2VMFA 3CHFA 4UOZA 2GJPA 3WNMA 3RMEA 3VM5A 1E73M 2XGBA 3BCFA 1B3WA 3ZJKA 1ESWA 4GXPA 1JYNA 3WENA 1GQKA 4AEEA 3VTRA 2D2OA 4GI9A 4KMQA 2WVVB 1NQ6A 3SCSA 1QI0A 2YLAA 4PMRA 2DEPA 1BYCA 3SURA 1Q6DA 5A2BA 2WKGA 2WHKA 1BVZA 2BS9A 1XCXA 1NWTA 1UYQA 5JIPA 1MWOA 3CMGA 1WCGA 3ZT5A 3T0AA 2D0FA 2OWXA 3VIPA 2W63A 1JXJA 2ZUTA 5BRPA 3KEHA 3AI0A 1GOKA 4L4PA 4XZWA 3CL7A 4NI3A 3VIJA 1JD9A 1WKYA 3POHA 1HF6A 4ATLA 3RO8A 1CDGA 1M04A 1J12A 1M7XA 1RH9A 3SUTA 1KXVA 2DPEA 5C8BB 1W3LA 2BVDA 2VX5A 2DT0A 4XX6A 4CD4A 3M46A 5BXTA 2JF6A 4AZCA 1J0YA 5HPOA 1H11A 1UWSA 3O6AA 3UESA 2Y2WA 2DQXA 3U5YA 1ZS2A 1ODZA 1M03A 2PWFA 4CN6A 3SCOA 5D9OA 4HU8A 2JE8A 1JXKA 1BYAA 3W0KA 1LL4A 4OOUA 3UERA 1HJVA 3VOCA 1JYVA 4R27A 1XH0A 3WFZA 4U10A 3THCA 2JIEA 3TP4A 4H8VA 3NDZA 4UQ9A 3G6MA 1QI4A 3BAJA 3T09A 4UQDA 1X6NA 5LYRA 3WD0A 1J01A 1QI5A 3GH5A 5BU6A 2G3NA 3PTKA 3U7VA 3RIKA 4ZEPA 1CXLA 2EXOA 4HU0A 3IJ7A 1SMAA 1XSJA 4CCCA 1W9DM 3KE0A 1QOXA 4RE4A 3PZ9A 4YPJA 4W8LA 1E6NA 7A3HA 1EXPA 3EDDA 1U33A 2WCGA 1V6UA 1EDGA 2DGAA 5CJ5A 1JD7A 1JDCA 4F66A 3CH9A 3WQ6A 1MW0A 3WELA 3WN6A 4H8UA 3U57A 3B9AA 2WLYA 4AC1X 5A6AA 1W1TA 4BQ3A 2J79A 4D1JA 1EO7A 2WSPA 1CPUA 4AD5A 2V3DA 3FN9A 5ABEA 5CLWA 3W81A 2GSJA 2GJXB 3BSHA 2EJ1A 4Z2LA 1ZJBA 1HL9A 1XRVA 3AXXA 2YA0A 1DWAM 3WL0A 3J7HA 1JF5A 3WNLA 1HVQA 3WF4A 4J27A 3MUIA 1KBKA 3WDIA 4UOQA 5IXEA 3SUSA 5CZKA 1JL8A 4N42A 3PZOA 1JAEA 1TUXA 3GNOA 1R7OA 4JFSA 1UKSA 4GQRA 4AZCB 1FH9A 4KWUA 3VKKA 2WVTA 1D7FA 3WQ8A 2ZE0A 3HU7A 1QI2A 4IM4A 1VBRA 2CHNA 1BGGA 1WZLA 5JIWA 2VX6A 2VRQA 3PBGA 1AMYA 1W32A 4W7VA 1FA2A 5BXRA 3VINA 2XGIA 2X2YA 2OLHA 4WF7A 1L0PA 4XB3A 1OGGA 5KZ6A 1SMDA 3MKKA 4AD0A 4B9YA 3W29A 2C8NA 3T2PA 1E6QM 2VNCA 2X05A 4X9YA 2ZOXA 1XSIA 3WUBA 3WQVA 4NYYA 3U7BA 3W6LA 4W7UA 1FP9A 2G41A 4M56A 1NARA 4X0VA 5A8NA 1OM0A 1TZ7A 1U30A 4RL3A 1KXQA 2WMKA 3CUIA 2J7GA 4MNMA 3WMBA 1MFUA 1PEZA 1WPCA 2XWEA 1EQCA 2E9MA 3KZSA 2UY2A 3O9NA 4CD5A 1XGZA 1WZAA 2OYKA 1TVNA 1HJXA 2D3LA 3BMWA 2FHBA 1K9DA 4OKDA 2G4FA 2YDSA 3RDKA 4MNKA 3A4WA 1R8LA 3S6TA 1U2YA 4J3UA 4MB1A 4L1GA 4W86A 1EGZA 3MUY1 4L4OA 3VIHA 2VOTA 2W66A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2XFY A;  4M8U A;  2VC9 A;  3K4D A;  3CZ8 A;  5TD4 A;  1EO5 A;  2ESC A;  3W82 A;  1LG1 A;  3ARO A;  1QHZ A;  3MU7 A;  1UR1 A;  2CBV A;  3AMD A;  3AQU A;  3WF3 A;  5IHS A;  3AIS A;  1PBG A;  1WDR A;  5C71 A;  1US3 A;  4BA0 A;  2VT0 A;  4EAM A;  1D2K A;  1NP2 A;  1M53 A;  1XYF A;  1KGU A;  6A3H A;  4NF7 A;  3W6M A;  1A47 A;  1VRX A;  4AWE A;  1HKK A;  2YL9 A;  2DH3 A;  3LPP A;  4W85 A;  5A6B D;  4AZG A;  4CN4 A;  3PHA A;  3QR3 A;  2V38 A;  3WBA A;  4AD3 A;  2CER A;  2UWF A;  4X0N A;  1C8X A;  3CUH A;  5E9A A;  5ABH A;  3S6O A;  4B9Z A;  1VAH A;  1L8N A;  3CPU A;  2VUR A;  2ZWZ A;  3M7S A;  4NZC A;  2WC7 A;  1DTU A;  3VGG A;  3AZR A;  3SCP A;  1AQ0 A;  4DWS B;  2DT2 A;  5DFA A;  2O9P A;  4PTM A;  1JF6 A;  1GOM A;  4D6J A;  4D1I A;  2C71 A;  1MW2 A;  3B8S A;  2CET A;  3K4A A;  1H3G A;  2V5D A;  3N1A A;  1NP0 A;  3ZQ9 A;  1JND A;  3WUG A;  1V3L A;  4UQA A;  1J18 A;  5BXP A;  7CGT A;  3QHM A;  2XVL A;  3OB8 A;  3MSD A;  2A3H A;  2CBJ A;  1CLX A;  2X8R A;  1S46 A;  1TA3 A;  3K8L A;  1JAK A;  4HA4 A;  2WWD A;  2IXU A;  6CGT A;  1VFU A;  1ISY A;  1TR1 A;  5FKY A;  3GYC A;  1V3K A;  2W5F A;  3AHZ A;  3UG3 A;  4ZXO A;  1UKO A;  4MTV A;  1UD6 A;  1FHL A;  1HVX A;  1JZ8 A;  4FLS A;  1TVP A;  4MNJ A;  4DUV A;  3QOM A;  5FCZ A;  5CSY A;  4QAW A;  4A3H A;  1XD1 A;  2VZS A;  2GDV A;  3FXY A;  4U5K A;  3ZT7 A;  3NYD A;  3GM8 A;  1EIB A;  1E15 A;  3W53 A;  2IXV A;  1KQY A;  2ZUS A;  1Z7A A;  5F7U A;  3W24 A;  1YHT A;  2QPU A;  4W8A A;  1DED A;  5DT7 A;  3A4A A;  1E72 M;  3MSG A;  3ZMR A;  4Z2J A;  3PZG A;  4MJ2 A;  1I1W A;  4B16 A;  5KEZ A;  1NWR A;  3N13 A;  3NUK A;  4V2X A;  1EOM A;  5ABF A;  5GNZ A;  3RXZ A;  2CNC A;  1QNO A;  4EK7 A;  2WB5 A;  1BVN P;  1UR9 A;  4UZU A;  1CZ1 A;  1V02 A;  5E6Y A;  3MV0 1;  4PMD A;  1UWU A;  1J10 A;  1GVY A;  4AYS A;  3UR7 A;  1Q6G A;  3VIF A;  3T2Q A;  1UHV A;  3WNO A;  1NM9 A;  4CN1 A;  4IUG A;  3QOK A;  4JHZ A;  1UA3 A;  3VIM A;  1V6T A;  4ZFM A;  1HXJ A;  4LY4 A;  2V3G A;  3CZL A;  3ZR5 A;  2J7F A;  3VD9 A;  1CEN A;  1CXI A;  4M1B A;  3TTO A;  4F79 A;  1DWF M; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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