4FJIA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp/dc
Total Genus 321
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 321
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjiA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjiA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjiA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjiA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjiA03
3RMBA 3K58A 5HRNA 1RT7A 1Q9XA 2P51A 4G1QA 3CQ8A 3VQ6A 3PO5A 4I9LA 3DI6A 3AVCA 4JRPA 5J2PA 4CFCA 4O5BA 1BQNA 4BDZA 4AH9A 4CHQA 3CFRA 1I3AA 2ZD1A 3VQ4A 2VG5A 4CK2A 3SV4A 4DTPA 4ICLA 3LPTA 3QETA 1VSFA 4GW6A 2XRIA 1JLQA 4F2RA 3C6TA 3OYFA 2PY5A 3LALA 3NFAA 2YHBA 3VQBA 4JRQA 2F8TA 1U48A 1HYVA 5T7BA 4M3RA 3ZT1A 4CHOA 3AO1A 1RT4A 1NJZA 2G8HA 5FDLA 1RTJA 4DU4A 3V9XA 2HW3A 4Z4FA 3HPHA 2A1SA 3DRSA 2IOCA 5I3UA 4I7FA 2KW4A 4B8CA 1U49A 1U04A 4DF8A 3HP6A 3JSMA 2KTQA 2GV9A 1S9EA 4KV8A 1SKSA 3LWMA 1KVAA 2RKIA 4CE9A 4FJ8A 3OYMA 2XY7A 3KKSA 1HNIA 2OPRA 4E7IA 1QTMA 4KTQA 1YT3A 2PYJA 2HHQA 3OYCA 1Y97A 1TAQA 4CIFA 3ZT0A 4GVMA 4F3TA 2JLEA 4FJNA 4OKJA 3CFPA 1WSEA 4RG8A 1GOBA 1R0AA 4CIEA 4E0DA 3TABA 4FXDA 3AVMA 2Y1JA 3WNGA 4CF2A 1VSJA 4KB1A 4W5RA 3HVRA 3RRGA 1A5WA 4DS4A 3CM6A 3SV3A 4KKOA 3MXIA 2FBTA 3LDSA 1S6QA 3OYHA 4LH5A 4LSNA 4CEOA 1CXUA 3KLHA 2A1RA 3RR7A 4FJLA 4FJ9A 2RPIA 4DTMA 3VQDA 3EY1A 3TARA 3LP2A 1NJWA 3AO4A 1C1BA 3DLGA 4CEDA 2F8SA 3L3UA 1RNHA 3SJJA 3QEIA 1S5JA 1RT2A 3CM5A 3OYBA 5I42A 1SV5A 4NYFA 1DLOA 1FK9A 1RDAA 3KK3A 4DSFA 3L2WA 5EU7A 4CJEA 4KPYA 2HHTA 4AHRA 4CEFA 1ZBHA 3HVTA 5JS1A 1RBVA 1F21A 4RW8A 4KFBA 3AO2A 3PUFA 1U4BA 3QNOA 4CJFA 1VSLA 1SUQA 1NK8A 3V9UA 1NK4A 3VN5A 3SZ2A 4E7JA 1WSJA 3SUQA 4CHZA 4KHYA 1B92A 4OLAA 3NH1A 4E1NA 1DTQA 1IKWA 1C1CA 1J53A 4DU3A 1BQMA 1KLNA 4CJVA 3P5JA 1YVUA 3ALYA 3ZSZA 3K5MA 3VQEA 5FROA 3QESA 4ID1A 4O0JA 4DTJA 5SZTA 1T7PA 5CY4A 4FK4A 3BDPA 1BL3A 2KZMA 4C8LA 4DSEA 2HVIA 3NHGA 1HQEA 3BGRA 4NCGA 3ZCMA 3ZSVA 1BCMA 5KRTA 3IG1A 2OZSA 4LD0A 1JLBA 1QSYA 3MEGA 4CCHA 4PQUA 1WNSA 2ETJA 2Z1HA 3NF8A 1EP4A 4FK0A 4DLGA 2B6AA 4KRFA 4F2SA 4DFPA 3V9ZA 2OYQA 4FM2A 2XY8A 2QK9A 3HPGA 4FLYA 1VRUA 1ASVA 3AVBA 3AVLA 3NGIA 4CJPA 5E41A 1S1UA 1T03A 4F4KA 4IFVA 2VG7A 4J2DA 4JS4A 2X6NA 3V1OA 4UQGA 4FJ7A 3O4NA 4O44A 3VQ5A 1Q8IA 2DTUA 3LANA 3D0PA 4FZZA 4J2BA 1EX4A 2PYLA 1FKPA 4M3XA 2HHWA 3KK2A 3NE6A 3D45A 5JS2A 3S3MA 2ZE2A 1HNVA 4M3TA 4KHQA 1NKCA 1S1VA 2IC3A 2KQ2A 2HB5A 1X9WA 3PX4A 2G8FA 3OYNA 1HYSA 2FBVA 1EKEA 4CFDA 4OPKA 3LPUA 4M3WA 4CJ4A 1BHLA 2E6LA 4HCCA 3L3VA 3RMDA 1S9GA 2P1JA 3I0RA 4HVJA 4BDYA 3OYGA 2DFFA 4EP4A 1LWFA 4BACA 4KO0A 3OY9A 1JKHA 2G8WA 2OPPA 4RW6A 4N76A 5C24A 1UA1A 1KFSA 3SYZA 1L3UA 1RT1A 5CZ2A 3I8DA 2HNYA 3RRHA 4DSKA 3OYKA 4KHSA 4KB0A 3S9HA 4CK1A 3C6UA 4MFBA 1NJYA 4Q5VA 4CJRA 1QSSA 2IS3A 1T05A 4DSLA 2BANA 3M8PA 4FJMA 1TKZA 1D9DA 3OVNA 1X1PA 1LAWA 4BE1A 3DOKA 3KTQA 4B9VA 4ELUA 3MXMA 3ISNC 3V6DA 1RT5A 4IBNA 4BE2A 4PA1A 4CJSA 4F8RA 4J2AA 3V9SA 4CJ3A 5DMRA 1SL2A 2YNGA 1JL2A 3QEVA 3DRRA 1RDBA 1VK0A 2WOMA 1KFDA 3L2RA 1IKXA 4FLVA 1LW0A 2OPSA 5HBMA 1J54A 3ZT4A 3O3GA 4CF1A 1VSKA 4W5QA 4DFKA 2YKNA 4FLUA 4L8RB 4IG3A 5KGWA 3AA3A 1TKTA 1L3SA 3QO9A 3HO1A 4K8ZA 2E6MA 2B5JA 3DLRA 3LAMA 4KI4A 1HPZA 3AA4A 1IKVA 3MXJA 3L2UA 1D9FA 1KRPA 3NAEA 1BCOA 1KLMA 4FJ5A 4FLXA 2D5RA 4PWDA 3ZSXA 4W5TA 1K6YA 1BIUA 3THVA 3HJFA 4M45A 4DS5A 1RCHA 4HUGA 4O4GA 3L2QA 3PX6A 4CEBA 1RBSA 3SI6A 1TL1A 4FM0A 1N5YA 1IG9A 3AVAA 4M42A 3VQQA 1JLAA 4B3OA 3M8QA 4NYNA 3NH0A 1XWLA 4DFMA 4FW2A 2XY5A 1A5XA 4CFAA 3KD5E 2LSNA 4CEAA 1VRTA 1SKRA 2G8UA 4W5OA 4EZ9A 4EP5A 4B08A 4DF4A 4B9MA 1HQUA 3QIPA 1JLCA 4OJRA 1C1AA 3OS0A 3L2VA 4B8AB 4KHNA 5CYQA 3VQ9A 3SUNA 4I2PA 1JLEA 3SUPA 4DTRA 4M3YA 2YHAA 3HXMA 4DU1A 4FJHA 3CFOA 3DOLA 4B9LA 4FJGA 1TGOA 2RN2A 3NF9A 4O0IA 4AILC 4BWJA 2FBYA 3NGZA 1G15A 1JXBA 4ZTFA 2Q3SA 4FYDA 1QS4A 1BI4A 5J2QA 2KFZA 3HSTB 4DG1A 3RMAA 5KGXA 2I5JA 4CJWA 1TVRA 1B9FA 3LP3A 1QQCA 3DM2A 4KHWA 1JLGA 1WLJA 1UAXA 1Z25A 4IFYA 3MAQA 3MEDA 1J5OA 4ZTJA 4CJUA 1LAVA 5FRNA 4M41A 4M3UA 3S3NA 3HP9A 4KREA 1L3VA 4OLBA 4I2QA 5HROA 4DWIA 3K5OA 4CK3A 4FVMA 3DLEA 4KTWA 2OA8A 4E7HA 4FJJA 4Z4CA 3AO5A 4HUEA 4H4MA 3G10A 5DK5A 3I0SA 4RW4A 4ELTA 3U3YA 1LWCA 2NUBA 1HJRA 1KTQA 1REVA 4Y1CA 1WAJA 3NDKA 3SQ2A 1UOCA 4JLHA 3PV8A 1VSEA 2ITGA 3QIOA 4CEQA 4CGJA 2D0BA 1RILA 3V4IA 3NF6A 1S1TA 3K5LA 3FFIA 4FK2A 1UWBA 3SPYA 3OYIA 3V81A 1VSDA 1X9SA 2BDPA 3LAKA 3OJUA 3VQ7A 3OS1A 3U6FA 3HYFA 3QEXA 3VQAA 1EXQA 3F9KA 1T8EA 1ZBLA 4FJKA 3LZIA 2D0AA 3AVIA 5HLFA 5HP1A 3DLKA 3VQ8A 3RTVA 3SQ4A 1WN7A 1BIZA 3LP1A 4HUFA 2P5GA 2IDOA 5CZ1A 4B9TA 4C8NA 4H4OA 3TAMA 4FW1A 3HK2A 2GUIA 2WONA 3VQPA 4KI6A 2FC0A 4HHTA 4OKKA 3DLBA 3KD1E 4FLZA 4FLWA 4CJTA 2KZZA 4J2EA 5SWMA 2QXFA 2HHUA 4I9QA 1JL1A 3ZSWA 3L8BA 3WNFA 4E1MA 2HNDA 4CGHA 3HPOA 1L5UA 3DYAA 1TAUA 4DQIA 2FBXA 4N5SA 1U45A 4CECA 1N6QA 4FCYA 4O55A 4NCAA 4DTOA 3ASMA 4KAZA 3U3GA 4OVLA 1KSPA 4LY7A 4CGGA 3B6OA 5HRSA 5C25A 2YNIA 4JS5A 3V9WA 1W0HA 1TK5A 1CLQA 2BE2A 1RTIA 1MU2A 3QLHA 5HRPA 4BDPA 1ASWA 3OJSA 3LWLA 2HHSA 1RBTA 3PO4A 1NK9A 5J2MA 3K5NA 3LP0A 1S1XA 1VSIA 3NCIA 2O4GA 3CG7A 3VA0A 3ZSOA 1HRHA 4DQQA 2BGGA 3A2FA 3SUOA 2DY4A 1ASUA 1NOYA 1C0TA 2Z1JA 3QEPA 3ITHA 4H8KA 3CYMA 4ZHRA 3C95A 3O3HA 2G8KA 1RBUA 4CF9A 1WSFA 4CJLA 4CJ5A 4Z4HA 4IKFA 3KLIA 4N41A 4CGDA 4RW9A 4CGFA 1GOCA 1RT6A 3KLFA 1TK0A 1RDCA 3IRXA 1WSGA 3K2PA 4LH4A 3IS9A 2HHXA 5KTQA 3AVGA 4CGIA 2RF2A 2VG6A 4DFJA 3TAQA 1RTDA 4CHYA 4HCBA 3AO3A 1C0UA 3T3FA 3TI0A 1ZBIA 1KCFA 4AHUA 1VSHA 3H08A 4N56A 1VSMA 2X74A 5D3GA 3TAEA 1EETA 3KK1A 3IAYA 3AVFA 3VA3A 4DSIA 2QKBA 4CESA 3QNNA 1HMVA 3NH2A 4FZYA 4E7LA 1Z26A 3RWUA 4PUOA 2YV0X 4MQ3A 3OS2A 2B4JA 3O4QA 2QKKA 1DTTA 1UA0A 3B6PA 2YNFA 3OYJA 3PY8A 4M3ZA 3TAFA 4YNQA 2Z1GA 1SKWA 3TWHA 3DRPA 2VWJA 3SNNA 2EX3A 3QINA 4AHVA 1TKXA 4CF8A 4FJXA 2OPQA 3K57A 4CEZA 1HYZA 1TL3A 3KLGA 1C0MA 4E89A 4C8OA 3KIOA 1O1WA 4AHCA 4KTZA 1SL0A 1XHZA 3AVKA 4QCLA 3KJVA 3ZSYA 2GBZA 1I39A 1B9DA 3NF7A 4QAGA 4DTSA 1KVBA 4CFBA 3KLEA 1NK5A 4F3OA 3QERA 1NJXA 3SCXA 1BISA 3V1RA 4KHUA 4B9UA 4PY5A 4CJKA 4GMJB 4HTUA 4NCBA 2Y1IA 4ELVA 1SL1A 1RT3A 4OKEA 1XC9A 4Z0UA 2OZMA 4E3SA 3KKRA 4CHPA 4C8KA 3O3FA 4DQSA 3PX0A 3S3OA 1D5AA 4E7KA 2AJQA 1J9AA 4XIUA 3DLHA 1CZBA 1NOZA 5CYMA 4DTXA 1RTHA 1BGXT 4Y1DA 1IO2A 1RBRA 1WAFA 2ATQA 2F96A 2YKMA 3TR8A 4CF0A 3F73A 3NBPA 3ZT3A 4CHNA 2X78A 1NKEA 4FM1A 2HVHA 5HRRA 1YTAA 4RW7A 3M8RA 3JYTA 3TAGA 2HNZA 3QEWA 3AVJA 4R5PA 1QHTA 3C94A 1TV6A 2IAJA 4E19A 3HT3A 1ZBFA 3AVHA 3NGYA 2X6SA 4OPJA 1QE1A 1LV5A 3AA5X 3SQ1A 4B9SA 1IKYA 2HHVA 3SQ0A 2HMIA 3UIQA 4N47A 3E01A 4LSLA 4OGCA 3VQCA 3OYAA 1YTUA 3OYLA 3K59A 1L3TA 5FRMA 3EZ5A 1C6VA 2VWKA 4TSXA 3WNHA 1XHXA 3M8SA 2KFNA 4AHSA 1U47A 1JXEA 1ZYQA 4YFUA 4Z4GA 2ZQBA 4EZ6A 1XI1A 3AVNA 1FXXA 3TAPA 4CEEA 1W9HA 3P1GA 3ZSRA 4FZXC 1Q9YA 3G0ZA 3RMCA 2G8IA 3P83D 4OGEA 4DQPA 5K14A 4FJIA 2XY6A 1WSIA 1FKOA 4DTUA 1X9MA 4DMNA 1WSHA 3LZJA 4Q0BA 2DFEA 3V1QA 1TKDA 2O4IA 3MECA 2IGIA 1D8YA 2XHBA 2PZSA 1CZ9A 3T1AA 3ZSQA 1NKBA 3T19A 2P5OA 3OYDA 1NK0A 4CERA 2Z1IA 1QSLA 1CXQA 4DSJA 1S1WA 3SPZA 4K8XA 4ID5A 4DQRA 3WNEA 3HM9A 1KVCA 1ZBUA 3RR8A 4DTNA 3ZT2A 2D0CA 4FLTA 3HL8A 5C42A 4QOZB 2G8VA 1LWEA 5KRSA 2DFHA 2JGUA 5J2NA 1IH7A 1NK6A 3EYZA 4AHTA 3OYEA 4Z4EA 4B9NA 1BI4B 2XO7A 5J1EA 4WE1A 1NK7A 3AV9A 4CJQA 4DLEA 3TANA 4BWMA 4CIGA 4BE0A 3ULDA 4Z4IA 1S6PA 2EHGA 3AA2A 1A5VA 3MEEA 1LW2A 2W42A 1RDDA 2YNHA 4W5NA 3DMJA 4IDKA 4IG0A 2E4LA 1JLFA 5KI6A 1GOAA 1TK8A 1ITGA 4C8MA 2R7YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4CJ4A 2E6LA 3A5MC 4EHUA 2VWBA 4HVJA 3DAWA 3I0RA 4BDYA 3C6OB 1VAZA 1HKCA 4KO0A 1YHQN 2O8DA 3L4IA 4JEPA 1KFSA 2HF3A 5CZ2A 2E31A 3RRHA 1Q82O 4DSKA 4KHSA 4CK1A 2CGJA 4Q5VA 4CJRA 3MN9A 1NGGA 2BANA 2CH6A 1LAWA 3O9TA 4BE1A 2OTLN 4B9VA 4YHHK 4ELUA 3MXMA 3ISNC 3V6DA 1RT5A 4IBNA 4BE2A 1GLLO 4PA1A 2A3ZA 4QCLA 3DRRA 2HHSA 2WOMA 1VK0A 1KFDA 1IKXA 2VGMA 3KWGA 2NRVA 4CZHA 3C6PB 3MDQA 1P8ZA 2Q36A 4L8RB 4BGAA 3UKRB 5FPDA 3AA3A 1OVQA 1KQSM 3H46O 5AQQA 3L1NA 3NAEA 2P9PA 4FJ5A 4FLXA 2D5RA 1QZ5A 3ZSXA 3IKMA 3ZLJA 3CCEN 4DR5K 2HBKA 4F9OA 3L2QA 5BR9A 3CI5A 3T1YK 3QICA 2E2OA 2ZGYA 4NXMK 4CEBA 4AKIA 4PHTX 3HSCA 3P31A 4EYWA 3VQQA 3CD6N 3THYA 2NRZA 2VQFK 4CFAA 3KD5E 3D2EB 4B08A 3KZBA 4B9MA 1HQUA 4OJRA 2OCEA 4B8AB 3S41A 3VQ9A 4JN4A 2YHAA 3DOLA 4O0IA 2YHWA 2DPNA 3L2OB 5MLCQ 2FBYA 3LDPA 4FYDA 1HPMA 3FZLA 1QS4A 4BVPA 2KFZA 3HSTB 3RMAA 1FW6A 3ULEB 3MAQA 2QWMA 4ZTJA 4IO9L 1LAVA 1TYQA 2D4WA 4KREA 4I2QA 4H03B 4FVMA 2OA8A 5DK5A 5AZJA 3QMLA 2NUBA 3SMPA 3SQ2A 4JLHA 1UOCA 3G25A 1Q86O 3W0LA 2ZF5O 4B1WB 1NGDA 4O8UA 3JXUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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