4FJLA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp/da
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjlA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjlA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjlA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjlA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjlA03
2XY7A 3NH2A 2F8TA 5JS2A 4BDZA 3NE6A 3SCXA 3LAMA 4CEFA 2E6MA 4W5TA 2XO7A 4KHSA 4MFBA 4M3RA 4KKOA 4OGEA 1N6QA 5KGWA 4CJPA 2G8WA 4CF9A 2VG6A 1LWFA 4CJRA 2G8KA 4ELUA 4CJTA 3HVRA 3M8PA 3T1AA 2I5JA 1KSPA 3AVLA 1U49A 2FBYA 2HNZA 4CHOA 4M3XA 4FJ5A 4OKEA 2YKNA 4IG0A 4FLVA 3L2RA 4KHYA 3SPYA 3IRXA 1QHTA 1ZBIA 2HHQA 4LH4A 2P1JA 1RT5A 3M8SA 4DFPA 4B9SA 1UA0A 4FK2A 2YNFA 5HRRA 1T7PA 3MXMA 2OA8A 4DF8A 3HYFA 4BE0A 2BE2A 1C0TA 3SUPA 1HYVA 4ICLA 3V9UA 2DY4A 3OYMA 2IDOA 3OYJA 4KI4A 3D0PA 1SKWA 5KRSA 3C94A 4NYNA 1RBTA 1RTHA 4ELTA 2DFHA 1S1VA 1IH7A 1JLBA 3DLBA 4DTNA 4FJ7A 5C25A 1O1WA 3MAQA 3ASMA 5HRNA 3ISNC 1A5XA 3V9XA 3CM6A 1BQMA 1KTQA 1VK0A 3S3NA 4CJVA 4FM2A 2P5OA 1JLFA 4LH5A 1C1AA 1TVRA 4RW8A 1QE1A 3H08A 3TANA 3OYKA 1L3TA 2PZSA 1RDBA 3I0RA 3VQ5A 4B3OA 1NJXA 1TL3A 1NOYA 3CG7A 3KLIA 5HRPA 3LZIA 2NUBA 3NGYA 1TKXA 5T7BA 1Q8IA 2XY8A 1X9SA 3AVHA 1I39A 3TABA 1JL1A 3DYAA 3LP0A 3U6FA 4FK0A 3AO2A 1NJZA 1N5YA 4BDPA 2KFNA 3AVMA 4E1NA 3SYZA 3VQ6A 1XC9A 5CYMA 3CFOA 3UIQA 2Z1HA 3G10A 1HYZA 5KRTA 2G8IA 4CGHA 3V1QA 3HO1A 1RT7A 1S1UA 3OVNA 3ULDA 4I9LA 1RCHA 1QTMA 4OPKA 4KTZA 1NKBA 1NK8A 4OGCA 4AHTA 3OS2A 2PYJA 4FZYA 5KI6A 3AO3A 3CFPA 1NJWA 2KZZA 3V9WA 1ASUA 2VWKA 4FM0A 2R7YA 1IG9A 1ASVA 3IS9A 4IKFA 1RBSA 3QEXA 1SV5A 4C8OA 4KV8A 4FK4A 1RDDA 4F8RA 1TK5A 3ZCMA 3MEDA 4KHQA 4JRQA 4CGIA 4FJJA 1KFDA 4E1MA 4CJLA 4DMNA 4E7LA 1T05A 4ZTFA 1WSIA 3NHGA 4RW6A 3QESA 4HUFA 3VQ7A 3RMAA 3KD1E 1T03A 3ZSQA 4CK3A 2GUIA 2VWJA 1C6VA 2Z1JA 3NDKA 1X1PA 3WNHA 4HUGA 3SV4A 3M8RA 3WNFA 1TV6A 4J2AA 1RILA 4FJ9A 4LY7A 1F21A 4GVMA 3HSTB 4CF2A 1S9GA 4YNQA 1NJYA 4FJ8A 4B8CA 5SZTA 2XY5A 4KRFA 1JLQA 2BANA 3L2QA 4KI6A 1RBVA 4CK2A 3E01A 1TAQA 3AVBA 5J2MA 1SL0A 1RT4A 3OYCA 3HM9A 3NF6A 1SL2A 4RW4A 4CEZA 3EZ5A 4RW9A 4Z4HA 3LALA 2GV9A 3MEEA 1A5VA 2RN2A 4E7HA 4DTOA 1W9HA 4MQ3A 4Q5VA 1J54A 3QEWA 1UAXA 1CLQA 4OKKA 4JS5A 3S9HA 2YV0X 1RT6A 3OYFA 3TI0A 4ID1A 4YFUA 3VN5A 4Z4CA 1HRHA 2KTQA 4F4KA 1S1XA 2OPPA 4CGDA 3QEPA 3VQBA 3MXJA 4M3ZA 1R0AA 3DRRA 4W5QA 2KQ2A 3ZSOA 1EKEA 3HPHA 4PUOA 3MEGA 4J2EA 3NBPA 1DLOA 4FJLA 5E41A 4JS4A 4BACA 4IDKA 3V6DA 4Z4FA 4EP5A 2YHAA 3KK2A 3T19A 2F8SA 2IC3A 4FLWA 3P83D 2G8UA 1L3UA 3CM5A 3VQEA 4DU3A 3QNNA 5CYQA 3L2WA 3NCIA 1BIZA 3AVAA 3HVTA 3MECA 2JGUA 3IAYA 3WNGA 1U04A 1S1TA 1NK5A 4FXDA 4O4GA 5HP1A 3PV8A 1J9AA 1WSGA 4CJEA 4HTUA 3QO9A 2Z1IA 1MU2A 5C24A 1KCFA 4KHWA 2D0BA 4FLTA 1W0HA 4FJKA 2X74A 2YHBA 4RG8A 4AHUA 4CJKA 1FXXA 1ZBLA 4DTXA 4Y1DA 1KVBA 1NK7A 4QAGA 3O3FA 2ZE2A 4AHVA 1NK6A 1WSEA 3AO5A 1BQNA 4CFBA 2FBXA 3KD5E 4GMJB 3OYEA 4EZ9A 3IG1A 4DSJA 4E3SA 2FC0A 1BGXT 3SI6A 3SQ4A 2XY6A 4N5SA 2HHWA 4FW1A 1LV5A 3JSMA 4F2RA 3OY9A 2DFFA 3SUNA 3RMDA 3L2UA 3F73A 1FKPA 1REVA 4CESA 2HHVA 3G0ZA 4DF4A 3DLGA 3AV9A 4KTWA 4GW6A 3JYTA 5I3UA 2G8VA 4M3WA 4DTRA 3KLHA 3CYMA 3RMBA 5DK5A 2D5RA 1TK8A 3NGIA 4L8RB 2IOCA 4DS4A 3I8DA 4B9NA 1QSYA 2QKBA 4DG1A 4KREA 2KW4A 4FYDA 2OZSA 3OYNA 3LDSA 3DOKA 4FM1A 4TSXA 3SV3A 3ZSVA 3OYHA 1RNHA 1WSJA 3OYBA 3OYGA 3SZ2A 3DMJA 1RTJA 4DFMA 2ZQBA 4HUEA 4BDYA 1RT1A 2VG5A 4W5OA 3KLEA 4KB1A 3L3UA 4DQSA 1YVUA 1WAFA 3K57A 1WSHA 5HLFA 1VSMA 2XRIA 4CHYA 3NFAA 4DTJA 1RDAA 4DQRA 3QIOA 4DSEA 1VSFA 1LAWA 4M42A 4I7FA 3S3OA 3PY8A 1GOBA 3HL8A 4RW7A 1B92A 4E19A 4CF0A 4KHUA 1BISA 1JLGA 2EHGA 5J2NA 4M3YA 2B6AA 5EU7A 3L2VA 4I2QA 3HT3A 3TAGA 2B4JA 4CJSA 4N41A 3RR8A 4J2BA 3VQ9A 3HK2A 5HRSA 3V9SA 2HHXA 1ZBFA 1KRPA 1TKZA 3HJFA 4KB0A 3RRHA 1YTUA 3MXIA 1VSJA 3AVIA 3QINA 3VA0A 3DLRA 2DTUA 1C0UA 4AHSA 4OVLA 4OJRA 5J1EA 1C1BA 2B5JA 1HQUA 4F2SA 1WAJA 3K2PA 2ZD1A 3EY1A 3QERA 1S6QA 3QIPA 2EX3A 3LAKA 1A5WA 4PA1A 1KLNA 4FLYA 1CZBA 5CZ2A 4CECA 2HHTA 2QK9A 4E7IA 1SUQA 1B9FA 4K8XA 1HNIA 1QSLA 4EP4A 3NGZA 3LP1A 3TAPA 2BDPA 3CQ8A 1BI4B 4DSLA 3AA3A 3AO4A 4N56A 4XIUA 4CEOA 3SQ2A 1NKCA 1NK9A 1SKSA 3PX4A 3OYAA 4IG3A 3QEIA 3TARA 1IKWA 4NCGA 4DSKA 3TWHA 1HJRA 3I0SA 3SNNA 3C95A 1JLEA 4DU4A 4CE9A 1VSDA 1G15A 4CGJA 1JLAA 4DLGA 4CEDA 4OKJA 3ZSYA 1YT3A 4KAZA 1VSEA 1RTDA 2FBVA 3HXMA 4E89A 1BI4A 3NAEA 3K5OA 1U47A 1K6YA 4CFDA 1IO2A 3PO4A 4PWDA 2RF2A 2VG7A 2F96A 4AH9A 2HVHA 4DTMA 2O4GA 4N47A 3ZT3A 3NH0A 4IFVA 4HHTA 4FJGA 3K5MA 1U4BA 2HHUA 4AHCA 3KTQA 3AO1A 4CJ4A 3RTVA 2IS3A 3KLFA 2FBTA 2O4IA 4J2DA 4DLEA 3RMCA 4CHNA 4FW2A 1CZ9A 4CF8A 3S3MA 2HMIA 1Y97A 3P1GA 3P5JA 3TAMA 4CGGA 2IGIA 2XHBA 3HP9A 1HYSA 1NOZA 1U48A 1ITGA 4H4OA 4CJFA 4ZHRA 3AA5X 1LAVA 3ZT1A 3VQCA 4C8MA 4ZTJA 3LPTA 4OLAA 1SL1A 1NK4A 1L3SA 3ZSXA 1JKHA 1RTIA 2A1SA 1IKYA 4O44A 4LD0A 4CEQA 4O0IA 4O5BA 3ZSWA 4UQGA 3T3FA 4PY5A 4B9MA 3L8BA 1D9DA 4FZXC 2WOMA 2YKMA 3O3HA 4HCBA 3OJUA 3K58A 1ZBHA 4E7KA 3QETA 4CIGA 4FLXA 4M3UA 4CFAA 1JLCA 2WONA 3AVNA 3O4QA 4M41A 4BWMA 3V1OA 3VQ4A 1LW0A 1TK0A 2X6NA 1ZYQA 1U45A 3KKSA 2ITGA 4FZZA 1VRTA 3OS1A 1NKEA 1B9DA 1CXUA 3AVGA 4E7JA 4DWIA 2RKIA 3L3VA 3DRSA 1JL2A 5CZ1A 4W5NA 4B9TA 1L5UA 2HVIA 3DLHA 1JXBA 3AA2A 4CJUA 3HPGA 4JRPA 4FJHA 3OS0A 4LSNA 3K5NA 1RDCA 2JLEA 3DI6A 2P5GA 1IKXA 1YTAA 3SPZA 1EP4A 4FJNA 4IFYA 3SJJA 3C6TA 4DSFA 1XI1A 1JXEA 3NF9A 4Q0BA 1Q9YA 2G8FA 1BL3A 4Z4GA 3PUFA 2YNGA 3VA3A 1X9WA 4QOZB 1KVAA 4DTPA 1TAUA 3AVFA 3QNOA 4KFBA 4CFCA 3KIOA 4R5PA 2Y1IA 3TAQA 4ID5A 3AVJA 1X9MA 1J5OA 4EZ6A 1DTQA 1D9FA 3DOLA 1GOCA 4O55A 3PX6A 5JS1A 4HCCA 4OLBA 3KJVA 4CHPA 3F9KA 2HHSA 2QXFA 3K5LA 1HQEA 2RPIA 1I3AA 3V4IA 4CF1A 1RBUA 4NCAA 3V81A 4BWJA 4BE2A 1TKDA 4DQPA 4Z4IA 2OPRA 4BE1A 4CERA 2OZMA 2G8HA 4KPYA 4G1QA 2A1RA 3M8QA 2ATQA 3KK1A 4DTUA 3V1RA 3SQ1A 4CCHA 3LWLA 4B9LA 1ASWA 4CEAA 3ITHA 4B08A 1VSKA 1J53A 1WN7A 2D0AA 2ETJA 4CEBA 5J2PA 3QEVA 1ZBUA 3RWUA 4CHQA 1QQCA 1LW2A 3ZSZA 4K8ZA 4AHRA 1Q9XA 1C0MA 1EX4A 3VQAA 3V9ZA 1C1CA 1EXQA 4Z0UA 3U3GA 2W42A 4M3TA 1RBRA 5J2QA 4W5RA 3RR7A 2YNHA 3ZT4A 2E6LA 3SUQA 4CGFA 3RRGA 1BCOA 4PQUA 3VQPA 2OPSA 4H8KA 3O3GA 1L3VA 1QSSA 4CJWA 3BGRA 2Q3SA 3OYDA 3TR8A 5D3GA 3OYLA 5FRMA 2KFZA 4HVJA 2GBZA 4H4MA 1XHXA 5DMRA 1XHZA 1NK0A 1WNSA 1UWBA 1T8EA 4CJQA 5FDLA 3LWMA 5FROA 1S9EA 3A2FA 3LPUA 3AVKA 4B9UA 3LP3A 4DU1A 4DFJA 2HB5A 4F3TA 5CY4A 3CFRA 1VSHA 4F3OA 1SKRA 4ELVA 1WLJA 3B6OA 3FFIA 1VRUA 3B6PA 3EYZA 3VQDA 3K59A 1RT3A 1UOCA 4Z4EA 1HNVA 4FJIA 5K14A 3KK3A 2PYLA 4KTQA 3OJSA 3DRPA 1D5AA 2D0CA 4WE1A 1UA1A 4DSIA 3THVA 4I9QA 1XWLA 2IAJA 3WNEA 5C42A 3NH1A 2Y1JA 4KO0A 2E4LA 3HPOA 3DLKA 4N76A 1TKTA 1WSFA 3TAEA 3BDPA 4CEEA 4QCLA 2AJQA 3AA4A 2DFEA 4DQIA 4E0DA 1DTTA 4FJXA 4DFKA 1IKVA 2PY5A 1BIUA 3ALYA 5FRNA 4FVMA 3NF8A 2QKKA 3SQ0A 3OYIA 5HROA 4I2PA 4B9VA 1VSLA 3U3YA 2HNDA 4OPJA 1KFSA 1HMVA 2P51A 5HBMA 5I42A 1FKOA 1HPZA 3LANA 4Y1CA 3C6UA 5KGXA 3AVCA 4FLUA 4C8NA 4NYFA 4C8LA 4DS5A 4CIEA 1GOAA 2HNYA 3ZSRA 4C8KA 2X6SA 3D45A 4FJMA 1S6PA 1EETA 1S1WA 1RT2A 4DTSA 1CXQA 1KLMA 3HP6A 4DQQA 3KLGA 4O0JA 2X78A 1BHLA 2OYQA 4NCBA 2HW3A 1LWEA 3VQQA 5SWMA 4CJ5A 3SUOA 4LSLA 3LZJA 3NF7A 4CK1A 3PX0A 3ZT2A 4AILC 3LP2A 4CIFA 4FCYA 1QS4A 1Z25A 3ZT0A 4KHNA 4CHZA 1S5JA 1Z26A 4M45A 3KKRA 4JLHA 4B8AB 3DM2A 1TGOA 3O4NA 3TAFA 4IBNA 2OPQA 2LSNA 1FK9A 1TL1A 2Z1GA 3VQ8A 5KTQA 1KVCA 1D8YA 3PO5A 1VSIA 4FLZA 2BGGA 1LWCA 3QLHA 1BCMA 4CJ3A 2KZMA 2YNIA 3DLEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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