4FJXA

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp/dg
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjxA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjxA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjxA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjxA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjxA03
3NH0A 1NJZA 3AO3A 2KW4A 4ICLA 2XHBA 4CF0A 4CJUA 4OJRA 3AVKA 3L2VA 3PX6A 4F2RA 3O4NA 3QIOA 5KRSA 2Y1IA 1KLNA 1YVUA 2XY8A 1IO2A 2Z1GA 3VQEA 1S9GA 1C6VA 1JXEA 4G1QA 4HUEA 3AVMA 5J2MA 3CFOA 2XY6A 3QETA 4KHNA 2O4GA 3QINA 4QCLA 3CM6A 1EKEA 2F96A 2FBTA 4JS4A 3B6PA 1IKVA 5C25A 1EX4A 1N6QA 3K57A 4CGFA 1SKWA 4CIFA 3RR7A 1TK8A 1LW0A 4CEQA 4DU4A 3TAMA 1RT7A 1NKBA 2YHAA 4OKEA 4UQGA 2BANA 1RT1A 2OA8A 1C0UA 1DTTA 1NKCA 1WSGA 3H08A 4F2SA 2BGGA 2HHQA 4M45A 3HVTA 2DFHA 3SI6A 2PY5A 4W5QA 1HYZA 4CEAA 2D0AA 1KFSA 1IKWA 1XWLA 4AHRA 4PQUA 4CEZA 1HQUA 1VSKA 4E7JA 1S6PA 2OZSA 4FJIA 3LAMA 4EP4A 3LAKA 4RW4A 4FJKA 3SUQA 1LWCA 1T05A 3AVFA 1JLAA 3NF6A 4AH9A 3AVBA 3OYNA 3OYAA 3AVNA 3OVNA 4YFUA 1LAVA 4LD0A 3VQQA 4CK2A 1NOYA 2VG6A 3VQ6A 2OPSA 4DTJA 4DLGA 3CM5A 3V9ZA 4FJHA 4E0DA 2RF2A 3QO9A 4DTPA 1S1UA 3T19A 4B8CA 1QHTA 1C0MA 3OS2A 4B9LA 4PWDA 3MAQA 1T03A 3IG1A 1BQNA 3DLGA 1JLEA 1R0AA 2HHTA 3HPGA 4CHOA 3AO5A 4E19A 3OYDA 3EY1A 3RRHA 1X9MA 4HUGA 1WSEA 3VQ7A 4DF4A 3OJSA 3DMJA 1TV6A 4RG8A 4ID1A 4FLWA 1J9AA 3I0SA 1LW2A 1RILA 4CEEA 4CJLA 1RTHA 5KRTA 1D8YA 1DLOA 1W0HA 3M8QA 4FK0A 3ISNC 1MU2A 1A5WA 4F4KA 3ZSXA 1RBSA 4I7FA 3NBPA 4C8MA 3NGYA 1QTMA 1RBTA 4EZ9A 4FLVA 3TARA 4W5NA 3MXIA 1LAWA 4CIGA 4OGEA 2G8VA 4ELTA 3KK2A 1BIUA 4Q0BA 4KO0A 4E7LA 3L2QA 2Z1HA 3SUOA 1ASWA 4CJ3A 3SV4A 1WAJA 3SQ0A 2E6MA 4CHPA 4Y1DA 1ITGA 2YV0X 1QSYA 4IFYA 4FJJA 4CHQA 3HVRA 1RNHA 3V1OA 3G0ZA 4AHCA 1FKOA 3SNNA 3AO2A 3NGIA 1TKDA 4KHYA 1BHLA 1JLFA 1KCFA 1SUQA 2X6SA 4DFJA 2GV9A 2LSNA 3THVA 1ZBUA 4LSLA 3DLHA 1C1AA 2OPRA 3HP9A 1HQEA 3M8SA 1LV5A 2HVHA 4F8RA 1S5JA 1IKYA 4C8OA 1BL3A 1KSPA 2HNZA 3AO1A 1KVCA 4FZXC 1ZBFA 4TSXA 1U45A 4N76A 4CF2A 4Z4HA 4I2QA 3SV3A 5J1EA 2B5JA 1FXXA 3VA3A 2Q3SA 5KGXA 4DMNA 3LWMA 3ZT4A 3HSTB 4IDKA 2XO7A 3OYHA 1QE1A 2IDOA 4FJXA 5D3GA 3VQ8A 4QAGA 1KRPA 1IKXA 1HJRA 3DLEA 4KKOA 4W5OA 4E1NA 2HNDA 3KK1A 5J2NA 4DQSA 2G8HA 1YTUA 1TK0A 2VWKA 5CZ2A 4AHSA 4CIEA 3QESA 5SWMA 1RDAA 2YNGA 3LP1A 4H8KA 1ZBHA 1JLBA 5C42A 4FXDA 3L3VA 1Q9YA 3CYMA 4R5PA 4CEDA 4BDZA 4FLUA 4CERA 4ELVA 4NCGA 4OVLA 4CHZA 4H4MA 4CGDA 3VN5A 1FK9A 3A2FA 3QEIA 4M3RA 3MEEA 4JLHA 3WNEA 3HO1A 2ETJA 4CJTA 3KIOA 2X6NA 1DTQA 4FCYA 2YNFA 3DLBA 5FDLA 3TAEA 3M8RA 2P1JA 3TR8A 1VRTA 2F8TA 2HHXA 4CEOA 3RMBA 3OYLA 4IG0A 1J5OA 4KREA 3P5JA 3KLFA 4KB1A 1W9HA 4E7KA 4RW6A 4M3YA 2I5JA 1NJXA 4FZZA 3V9SA 1B92A 2XRIA 4HHTA 2KFZA 3PUFA 3RR8A 3K5LA 2GBZA 3QEWA 5KI6A 1RT4A 3PY8A 3KK3A 4H4OA 4FYDA 5JS1A 2OPPA 4AILC 1NK6A 5J2PA 2KZMA 1L3VA 4N5SA 4KHUA 4CF1A 1ZYQA 1VSLA 1JKHA 1QS4A 1TK5A 4FLZA 4LH5A 4B08A 1BCOA 2GUIA 4FW1A 4B9VA 1WNSA 4ID5A 1UOCA 2QK9A 1RDBA 3KLIA 1FKPA 3AA3A 3LPUA 4B9SA 1WAFA 2WONA 5JS2A 4DS4A 1D9DA 3MXJA 2KFNA 4CF8A 1JL2A 4DTOA 1TKTA 3MEDA 1VSDA 1S1VA 3DM2A 3QEXA 5FROA 2FBXA 3VQBA 1ASUA 4CK1A 3K5MA 4RW8A 2ZE2A 4FJGA 1U4BA 4OLBA 3RMDA 1KVAA 3OYFA 2E4LA 3SPZA 3L2UA 2YNIA 3VQ5A 4DQPA 1TGOA 4OKKA 4BWMA 4Z4IA 2EHGA 4MQ3A 1JLQA 4DQIA 3ZT1A 4DTNA 4FLYA 4O44A 4M42A 5HRRA 3ZSOA 3K58A 3MXMA 4C8LA 4DSJA 4AHVA 1I39A 1RT5A 4EP5A 3KLHA 3KKSA 2QKBA 1J54A 3TAGA 1WSJA 3LP3A 4BE1A 3RTVA 2IAJA 4DS5A 2G8UA 1EETA 3OYMA 2BDPA 4CJ5A 4M41A 4K8ZA 3CFRA 3QNOA 3V81A 2WOMA 4CGHA 2RKIA 4DSIA 1WLJA 4ELUA 4KB0A 4CEFA 4W5TA 3LZIA 3NF8A 3U6FA 4KV8A 4FJ9A 3ZCMA 1Y97A 4E3SA 1YT3A 3QEPA 1HYSA 1CXUA 3L2RA 3NAEA 4Z4GA 5HBMA 3OY9A 4DFPA 4M3UA 4KI4A 3AVHA 4J2BA 3OYBA 1S9EA 4DLEA 5FRMA 1RTIA 4AHTA 4CECA 1G15A 4OPJA 3IAYA 4WE1A 4KHSA 4CFBA 2G8IA 4CFDA 1VK0A 3S3MA 4NYNA 4NYFA 4GVMA 3T1AA 3PO5A 1VSEA 3F73A 1NK5A 1D9FA 4KRFA 1N5YA 2OZMA 1Z25A 3ULDA 2X74A 3K5OA 4CJSA 4CJKA 3TABA 4JS5A 2VG5A 4CFAA 3LWLA 3CG7A 3SQ1A 4DSFA 1U04A 1EXQA 3V1RA 3NF9A 3C6TA 3SQ4A 4PY5A 4L8RB 3ZT3A 1SKSA 4N56A 2HHSA 5HLFA 1GOBA 1UA1A 1O1WA 3RRGA 4M3WA 1XI1A 3D0PA 4CF9A 2FBVA 4DSLA 2OPQA 3HT3A 2ZQBA 4Z4CA 1NK9A 4PUOA 1XHXA 3NCIA 4DTRA 3LZJA 1B9DA 3VQ9A 1U48A 1T7PA 5FRNA 5E41A 2DFEA 4FK2A 4OGCA 3TI0A 4B9MA 2D5RA 3P1GA 1QQCA 3V1QA 3D45A 1L3UA 2KTQA 4FVMA 2FC0A 3WNFA 4E89A 1SL0A 1C1CA 4I2PA 3S3OA 3NFAA 4E7IA 1VRUA 1ASVA 3AA2A 3SPYA 1EP4A 1S1TA 3SCXA 3RWUA 3AVJA 1CXQA 3PV8A 5C24A 2HHVA 3AA4A 3LANA 4ZTFA 2VWJA 5CYMA 3VQAA 3QERA 4RW7A 2BE2A 1HNIA 1IG9A 1WN7A 1TVRA 4BE0A 3SJJA 5K14A 4Z4EA 1I3AA 3ZSZA 1BIZA 3DYAA 4PA1A 5HRPA 1CLQA 4HVJA 4DFMA 3NF7A 3OYGA 3C95A 4M3XA 1RBVA 3G10A 4FLXA 3ZT2A 3CFPA 3AVCA 4XIUA 4KTQA 4BDPA 3V4IA 3VQDA 4Z4FA 4FM0A 1J53A 4E7HA 3DOLA 5J2QA 5I42A 3LPTA 5T7BA 2D0CA 1RTDA 3HP6A 5DK5A 4CGJA 5HRSA 3TANA 1T8EA 4CCHA 2P5OA 1TL1A 3WNHA 1YTAA 3ZSYA 4DTSA 3UIQA 1NK7A 3V9UA 3NH1A 3OYCA 2O4IA 3QIPA 3SUNA 1JLCA 5KTQA 1RT3A 3IS9A 3LP0A 1XHZA 1RTJA 3HYFA 4I9LA 3OS1A 3K2PA 3HM9A 4HCBA 1BGXT 4Q5VA 4BDYA 4F3OA 3I0RA 3KJVA 5KGWA 1GOAA 1A5XA 1LWFA 1UWBA 2ITGA 1VSMA 2QXFA 3QNNA 4CJVA 4DU1A 3OYKA 2VG7A 4JRQA 4CJRA 4BE2A 1QSSA 4CFCA 1C0TA 3OYJA 1LWEA 3RMCA 4HTUA 3I8DA 3TWHA 3KTQA 4B9NA 4FJMA 1VSIA 4W5RA 4NCBA 4K8XA 4DU3A 4O0JA 4CESA 3O3FA 4EZ6A 4CHYA 1F21A 1RDDA 3HPHA 3ZSRA 3PX4A 4I9QA 4CJWA 1L5UA 3C6UA 4F3TA 3DLRA 3PX0A 1HNVA 2RN2A 4CJPA 2DY4A 1NK0A 2DFFA 3C94A 2YHBA 2PYLA 1BI4A 4OPKA 3OYIA 4B3OA 1X9SA 4CJEA 1JL1A 4KPYA 4CJ4A 3MECA 4FK4A 1C1BA 3SYZA 1NJWA 3CQ8A 4DG1A 3OJUA 1Q8IA 3DI6A 4DQQA 1KVBA 2JLEA 2QKKA 2HHUA 1BCMA 4GMJB 2HVIA 2OYQA 1NKEA 4FJNA 4FZYA 4O55A 1WSHA 4C8NA 3AVAA 4IBNA 1Z26A 3B6OA 1JXBA 3ITHA 3M8PA 3AA5X 4IG3A 3KLEA 2HHWA 5HROA 2P51A 1VSFA 3EYZA 2JGUA 4LH4A 2B6AA 1TKXA 3HPOA 4DF8A 3BGRA 1HPZA 1S6QA 4CJQA 3SQ2A 1CZBA 2PZSA 3TAFA 4FJLA 4FJ7A 2EX3A 2XY5A 2B4JA 1IH7A 4M3TA 1JLGA 3F9KA 3K5NA 2IS3A 4KTWA 1U47A 1TAQA 3KD5E 4B8AB 3VQPA 3DRSA 4HUFA 5CZ1A 1L3TA 3AVGA 3ZSVA 3NDKA 3SZ2A 2G8FA 3ZSWA 1KFDA 4KTZA 1L3SA 3L3UA 2KZZA 1TAUA 2P5GA 2Y1JA 4DWIA 3HK2A 2HB5A 1CZ9A 4O4GA 2A1SA 4FJ8A 4DTXA 1U49A 4OLAA 4YNQA 1X9WA 4CGGA 4NCAA 3VQCA 5CYQA 3V9XA 3K59A 3DRPA 2KQ2A 3LALA 3DRRA 2E6LA 3O3HA 4N47A 3DOKA 2IOCA 4CEBA 3KLGA 4FM2A 2HNYA 1A5VA 2ZD1A 1B9FA 5HP1A 2R7YA 3AV9A 3JSMA 1NK8A 2ATQA 1UA0A 1NK4A 1RT2A 3L8BA 1HMVA 4JRPA 4KHWA 2RPIA 3KKRA 4O0IA 3O3GA 3RMAA 2FBYA 3HL8A 4FM1A 3L2WA 1BI4B 1D5AA 1K6YA 1S1WA 2D0BA 3VQ4A 1REVA 1HRHA 3WNGA 4BACA 3IRXA 3EZ5A 4DFKA 2X78A 1NOZA 3ZSQA 4ZHRA 2DTUA 4FLTA 4BWJA 4CGIA 1TKZA 5I3UA 5DMRA 3VA0A 4DQRA 1RBUA 4CK3A 4J2EA 1KTQA 3AVIA 4QOZB 3S3NA 2G8KA 4Y1CA 3BDPA 2F8SA 1X1PA 4M3ZA 3DLKA 1WSFA 1SL1A 4N41A 4HCCA 1HYVA 3U3YA 4CE9A 1TL3A 4KI6A 1RT6A 3NH2A 4KAZA 3O4QA 4DSEA 3QEVA 3AVLA 1VSJA 4DTMA 2YKNA 1WSIA 4O5BA 3JYTA 1RDCA 3LDSA 2Z1JA 1RCHA 3SUPA 3FFIA 3OYEA 1NJYA 2A1RA 4B9TA 3OS0A 1UAXA 4FJ5A 3AO4A 1Q9XA 1BISA 2XY7A 4OKJA 4RW9A 4LSNA 2HMIA 2Z1IA 4KFBA 4AHUA 3NGZA 4IKFA 1ZBLA 2PYJA 5EU7A 5HRNA 4CHNA 3E01A 3HJFA 3ASMA 4GW6A 5SZTA 4KHQA 2NUBA 3V9WA 3HXMA 4LY7A 4DTUA 1SV5A 2IC3A 2G8WA 4DSKA 3NE6A 4ZTJA 4CJFA 1ZBIA 4J2DA 3T3FA 3ZT0A 3NHGA 3V6DA 1QSLA 3PO4A 4C8KA 1VSHA 4IFVA 4E1MA 3MEGA 1SKRA 2YNHA 3LP2A 1RBRA 1XC9A 2HW3A 4B9UA 2AJQA 1KLMA 1S1XA 3P83D 3KD1E 4J2AA 3S9HA 3QLHA 4MFBA 2IGIA 4FW2A 3ALYA 1BQMA 4Z0UA 3TAQA 5CY4A 1GOCA 2W42A 1SL2A 3TAPA 3U3GA 2YKMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3LWMA 3ZT4A 3WXJA 3HSTB 4BQLA 3M6GA 4IDKA 3N4PA 4DQ8A 2XO7A 4FWRA 5AQPA 1YI2N 1BWFO 1OH5A 3KK1A 2EWSA 2VWKA 5CZ2A 2NRTA 5HOOA 1ZBHA 4FXDA 3L3VA 3VF2A 4R5PA 2WTUA 4FLUA 4NCGA 4CHZA 1N33K 3VN5A 1FK9A 3A2FA 3FZHA 3QEIA 4M3RA 3MEEA 4JLHA 2X6NA 3WXKA 3TAEA 4KREA 2P9IB 3KLFA 2O8FB 1W9HA 3H3NO 1NJXA 3V9SA 5GAEP 2A3ZA 1Z6RA 4LFCK 2KFZA 2QWOA 4GAMC 4FSVA 3KK3A 4AKHA 3CCUN 1ZYQA 4JHDA 3DWLA 3PSFA 1JKHA 1QS4A 1TK5A 3F9MA 4B08A 5FPDA 5JMVA 2F9TA 2QK9A 1NMNA 2OVRB 3LPUA 2KFNA 1JL2A 3DM2A 2FBXA 4LF7K 1QVFM 4JNEA 2D1KA 3CHWA 3SPZA 3L2UA 1TGOA 5BPLA 2ASPA 4M42A 4C8LA 2F7TA 1QZ6A 2QKBA 3TAGA 1WSJA 4DS5A 4JI6K 3OGKB 2VGMA 4YDUC 4AF1A 3QNOA 3V81A 2QM1A 3WSOA 3CF5L 3LZIA 1OVYA 3NF8A 3U6FA 4KV8A 4FJ9A 4C1NK 1YT3A 2GTDA 1QZ5A 2QTDA 5HBMA 3OY9A 3AVHA 4J2BA 4CECA 4I6MB 3ULEB 3IAYA 2OTLN 4CFBA 4GVMA 5IWAK 1VSEA 2VJ4A 3A8YA 2OZMA 2X74A 3TABA 3LWLA 1XVFE 4CFAA 4DSFA 3L0MA 1EXQA 1MWKA 3NF9A 3C6TA 4PY5A 1NGJA 4N56A 5LL6Z 4H0OA 4M3WA 3R1XA 5HL7L 3WEEB 3R6MA 4OGCA 4B9MA 3P1GA 2MW2A 4E89A 1SL0A 1HPMA 1ASVA 1S1TA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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