4FK4A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp/dg
Total Genus 328
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
328
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 328
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fk4A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fk4A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fk4A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fk4A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fk4A03
2XRIA 3T1AA 1VSLA 1WLJA 2Z1IA 1A5WA 1IG9A 2IAJA 3HL8A 5CYMA 1KFDA 4FLTA 1S6QA 5HRNA 2WONA 4E19A 3NH2A 5JS2A 2RF2A 1RILA 3DLGA 3HVRA 1GOCA 1LWFA 1C0TA 3A2FA 1LAWA 2YNGA 3VQPA 1RDBA 5KRSA 3PO4A 3L2UA 2VG6A 1RDAA 3SI6A 1RDDA 5J2NA 3VQEA 1RT5A 2HNYA 3V1QA 3KLIA 1TK5A 3LPTA 2QXFA 3NH0A 2G8VA 1J53A 4CHOA 4F3TA 4CJ4A 4J2BA 1C1BA 1RTIA 1BQNA 3LP3A 3CM6A 1JKHA 1YT3A 2X78A 1T03A 4CHYA 1S9GA 1HMVA 4FJKA 4CGHA 4W5TA 4K8XA 3IAYA 3ZSVA 3OYFA 3RR7A 4EZ6A 4EP5A 1U48A 4KI4A 3OS1A 1Q9XA 1ITGA 2G8UA 4FYDA 3C95A 1TKDA 2G8HA 4DTMA 2G8FA 3NF8A 2Y1JA 4I9LA 1S6PA 4CEOA 2HHVA 3I0RA 3QESA 5HBMA 1GOAA 3EZ5A 1JLQA 1W0HA 4AILC 3KIOA 4DQIA 5KTQA 4O55A 4DTNA 1NK9A 4OKJA 4CEDA 4RW7A 3SNNA 4FLVA 4XIUA 1YTUA 3WNFA 1SL0A 3S3OA 2OYQA 1LW2A 5D3GA 2Q3SA 1RT2A 4GMJB 3K2PA 2FC0A 1BIZA 3SV3A 4IKFA 1KVCA 2PZSA 4ID5A 3NGIA 1NJWA 2HW3A 4M42A 5FRNA 3QERA 2YNFA 3AO5A 3DYAA 4W5OA 1HJRA 1BHLA 3SQ0A 1TVRA 3TI0A 3HO1A 2X6NA 4M3ZA 2PY5A 1WAFA 4N56A 1ZBFA 4E89A 3F73A 4DFMA 1WSEA 3AVHA 4I7FA 1NJXA 1HQEA 4B8CA 2ZE2A 3PO5A 3V81A 4CGIA 4C8KA 3V1RA 1NOZA 4CFDA 1HNVA 2FBYA 4OKKA 4DFJA 1C0UA 4KV8A 4FJLA 3H08A 2LSNA 1REVA 3PV8A 1S1WA 2GBZA 1Y97A 2IDOA 4I2PA 1ZBLA 1R0AA 1ZYQA 4H4OA 4KTWA 3U6FA 1BI4A 1IKWA 4CIGA 4DF8A 1JLGA 3ZT1A 3P1GA 2ITGA 1NKCA 4B9TA 2YHBA 4JRQA 5KRTA 4Z4IA 4DQSA 1ASVA 5CZ1A 4CJEA 4OKEA 4DG1A 4CJVA 3VQ4A 1KRPA 3MEGA 3AVBA 4FK4A 3G0ZA 4DSJA 3RR8A 2VWJA 3K58A 1CLQA 2GUIA 1JXBA 1K6YA 4KHYA 2YNHA 4CFCA 3HPOA 3LP2A 3ZT3A 3AVGA 3KK2A 3VA0A 3TANA 1NKEA 1JLAA 3K5NA 4FK2A 2X74A 3DLHA 3HM9A 4OLBA 3CM5A 4FW1A 4B9UA 3QINA 1JL1A 2ETJA 3ALYA 3QIOA 3V4IA 1HNIA 4JLHA 3O3GA 1X9SA 4ICLA 1B92A 3RWUA 3K5LA 3L2RA 2YHAA 1LWEA 3RRGA 4H4MA 4BE2A 3SQ1A 2DFEA 2VWKA 2O4GA 1KFSA 5K14A 4Q0BA 2YKNA 3AVLA 4IBNA 4FCYA 1VSHA 4KKOA 2HHXA 1GOBA 1JXEA 1TKXA 1TGOA 4J2EA 3HP6A 3P83D 1HQUA 1BGXT 1W9HA 5J1EA 5SZTA 1QSSA 1VRUA 4DQPA 1S1TA 3VA3A 1TKTA 1HYSA 3L8BA 3D0PA 3QLHA 1QE1A 4FK0A 3C6UA 4DFPA 4LH5A 1SKWA 2ZD1A 4FLYA 1UAXA 1EX4A 3EY1A 3AVMA 3M8RA 3VQ8A 2IC3A 2YV0X 5J2PA 4ZTFA 5KGWA 4CESA 1ZBIA 4Z4GA 3P5JA 3LALA 5EU7A 5CY4A 3ASMA 1NJZA 3M8QA 4HTUA 5I3UA 3ZSXA 4O0IA 3DM2A 3NBPA 3QIPA 4CGDA 4FJMA 1RTHA 3CFPA 4NYNA 1ZBHA 4O4GA 3PX6A 4BE1A 3TAPA 4CF2A 2BGGA 4H8KA 4PQUA 3RTVA 4RW4A 5HRRA 3LZIA 3SUPA 4FLUA 1IKXA 4NCAA 3VQ7A 3V9XA 4B9VA 3NF9A 2OZMA 1ASWA 2Z1JA 4DLEA 2W42A 4MFBA 4O44A 5FROA 4KPYA 3LDSA 4KRFA 3DLBA 1WSJA 2RKIA 4Z4HA 4I9QA 2HHSA 3L3VA 3AV9A 3KLFA 1TKZA 1ASUA 3OYHA 4CFBA 3SQ2A 2PYLA 4M41A 3DRSA 1DLOA 1CXQA 4ELVA 1QHTA 2OPSA 3HXMA 3EYZA 2HVIA 4FVMA 4DWIA 2XY8A 3OYAA 1S5JA 4CK3A 3V9WA 4FJ5A 3TARA 4DF4A 1WSFA 2A1SA 3AVJA 4C8LA 1S1UA 4E7KA 3C94A 4E3SA 1J9AA 2E4LA 3B6OA 5HLFA 2OPRA 4FJGA 3ZCMA 3D45A 3NAEA 3DLKA 3OYIA 3V6DA 4Z4FA 3NFAA 4LH4A 4PY5A 4AHVA 3NGYA 3DMJA 3JSMA 3K57A 3MXIA 4DQQA 4FM1A 3O4QA 4DU3A 3HVTA 4IFYA 1QSLA 2Z1GA 4HHTA 2DTUA 3SZ2A 4F3OA 4M3TA 3THVA 3TAMA 4M3UA 1WNSA 1TL3A 4DTOA 2B5JA 4DSEA 1U47A 3NF6A 4DSIA 3VN5A 1IKVA 1RDCA 3NDKA 3MECA 3O4NA 3RMBA 1Z26A 4CEZA 4F2SA 3U3GA 4EZ9A 2D0CA 2QKKA 4RW8A 4CIFA 5FRMA 2HVHA 3CFOA 3V9UA 3AO1A 4CEAA 1RCHA 3KKRA 3OYMA 4YNQA 4DU4A 1U04A 3OS2A 1VSMA 1YTAA 3SUNA 4LSNA 3MAQA 1VSIA 2HHUA 3OY9A 2P1JA 4CGGA 4HVJA 2GV9A 4FW2A 4RW9A 4CHPA 4HUGA 1XI1A 4FZZA 3DOKA 1BI4B 3KK3A 2G8IA 1Q9YA 1SL1A 4B9NA 2KTQA 2KFZA 4CJRA 2Y1IA 4CJ5A 4CJFA 4B9LA 1D9DA 2P5GA 4KHQA 4CEFA 4DSFA 4HCCA 3AVNA 4AHTA 2OPQA 4NYFA 4ZHRA 3MXMA 3SV4A 4FZXC 3HPGA 4E7HA 3PUFA 4C8OA 1KVAA 4B08A 4JRPA 1T05A 4KFBA 3IS9A 3OYEA 3OYDA 1HYZA 4BE0A 1N5YA 1UWBA 1CZ9A 4ELUA 4W5QA 1BISA 4G1QA 1L3TA 4CECA 5JS1A 3NF7A 2RPIA 3CYMA 1RT1A 1NK6A 2FBXA 3AVKA 1A5VA 1FK9A 1KCFA 2DFFA 4Y1DA 3QEVA 4PA1A 3QEWA 1C1AA 1RBUA 5SWMA 4PUOA 2F8TA 4F4KA 3KD5E 3ZT2A 3LWMA 1IKYA 3C6TA 3MXJA 2JGUA 1S1VA 2E6LA 3VQ9A 1U49A 3PY8A 4FXDA 2OPPA 1VK0A 2B4JA 2P5OA 2NUBA 3SJJA 1B9FA 3IG1A 1L5UA 1EETA 1JLBA 4OLAA 4CF9A 4Z0UA 1RBRA 3V9SA 4CHNA 5FDLA 1O1WA 4C8MA 2PYJA 4ELTA 3B6PA 2XHBA 4DQRA 4J2DA 3DRRA 3AA5X 3VQQA 4DTRA 3M8SA 1VSEA 2XY5A 3AA3A 1SUQA 3PX0A 3LP0A 3U3YA 4OPKA 5DK5A 3VQAA 2HHTA 1C0MA 3RMAA 4JS4A 4J2AA 1WSHA 4OVLA 4DTSA 1LW0A 5C24A 3AO3A 3LPUA 3KLEA 3V9ZA 3ZT4A 1NK7A 4M3WA 2FBVA 4RG8A 1FKPA 3L2VA 4CJUA 4BWJA 4KREA 1MU2A 4F8RA 1D5AA 4Z4CA 2HHQA 1XHXA 2DFHA 1IH7A 4AHUA 3SCXA 2QK9A 1EP4A 3HSTB 2OA8A 1RT3A 1BCOA 3KK1A 2XY6A 4CF1A 1NK4A 2IS3A 5J2MA 1IO2A 1YVUA 3QO9A 3DI6A 4NCGA 2HNDA 4CGJA 2KW4A 2D0BA 4CF8A 1TK8A 3ZSRA 4UQGA 4E0DA 3ZSYA 1FXXA 3VQCA 4ZTJA 4I2QA 4IFVA 4OGCA 3ITHA 3HYFA 2ATQA 3CQ8A 1LAVA 4BDZA 3MEDA 3BDPA 1RTDA 4BDPA 4N76A 1ZBUA 4FLZA 1RBSA 1RBVA 3CFRA 3DOLA 3OYBA 1I3AA 4KHNA 4BWMA 1S9EA 3DLEA 4KHUA 3HPHA 3O3FA 4FJ8A 1TAQA 1VSFA 3AO2A 4CJPA 1WSIA 1WSGA 2D0AA 4GVMA 3TAFA 1TV6A 4WE1A 5KI6A 3HJFA 4FLWA 4CHZA 4CK2A 4N41A 4KAZA 2DY4A 2KFNA 2WOMA 1TK0A 3QNNA 3ISNC 3ZSZA 1X1PA 3RMDA 4CJQA 1LWCA 4FLXA 4DFKA 3L3UA 4CEQA 1UA1A 3QNOA 1KSPA 4BDYA 1X9WA 2F96A 1D8YA 3LP1A 3T3FA 3OYNA 2HMIA 1BQMA 3S3NA 4AHSA 1WAJA 4M3YA 4FJJA 5KGXA 1SKSA 4FJIA 3OJSA 2YKMA 2O4IA 1WN7A 3WNHA 1X9MA 4E7LA 4IDKA 4Z4EA 3QETA 4Q5VA 3AVAA 3K59A 2AJQA 4B3OA 1U45A 1NK0A 4FJNA 1RT6A 3ZSOA 3LZJA 3RRHA 3OYKA 3OYLA 2BANA 2D5RA 3F9KA 4LD0A 3OYCA 1BL3A 3SYZA 4LY7A 4HUEA 4FM2A 1VSDA 5HRSA 3HT3A 4CJSA 4QOZB 4OJRA 2P51A 3E01A 3LANA 4KHWA 4O5BA 5CYQA 4AHCA 1JLFA 3KLHA 4KB0A 4B9SA 1EKEA 1CXUA 4KTQA 4DS4A 1NJYA 1QS4A 2G8KA 4CE9A 3KTQA 3WNGA 5E41A 4KO0A 3M8PA 4B8AB 4CJLA 2BDPA 1F21A 4KI6A 1KLMA 1RT4A 3SPZA 1JL2A 4E1NA 4OPJA 4E7IA 1SL2A 1QSYA 1VSKA 2FBTA 5HP1A 4BACA 3S3MA 3NHGA 3KKSA 3IRXA 3KJVA 4FZYA 4CK1A 4DSLA 1T8EA 2KZZA 1UOCA 3DRPA 4CJTA 3NE6A 4FJ7A 5I42A 3DLRA 1BCMA 4CCHA 3MEEA 1S1XA 4O0JA 3SUQA 3OYJA 3UIQA 2R7YA 3SUOA 2IOCA 4DTUA 1B9DA 4Y1CA 3AVCA 4TSXA 3OYGA 2XO7A 3FFIA 5C25A 2YNIA 4DTXA 1G15A 2E6MA 2HNZA 3VQ6A 1C6VA 2I5JA 1RNHA 3TABA 1BIUA 4CEEA 3AVFA 2VG7A 4M45A 3SPYA 1I39A 2OZSA 4CF0A 4DS5A 4HCBA 3LAKA 4W5NA 4KB1A 4E7JA 1UA0A 1J5OA 1LV5A 2EX3A 2HB5A 3VQ5A 3TWHA 1A5XA 4FJXA 2A1RA 1J54A 3CG7A 1JLCA 3L2WA 4RW6A 4MQ3A 3QEIA 4EP4A 3O3HA 3OS0A 3HP9A 3QEPA 3LWLA 3AO4A 2QKBA 3AA4A 3I8DA 4YFUA 3AVIA 3NGZA 4C8NA 3HK2A 4DU1A 4OGEA 4AHRA 2HHWA 3PX4A 1RT7A 4N5SA 3OVNA 1HPZA 1T7PA 4NCBA 1C1CA 1SKRA 4E1MA 1XWLA 3V1OA 4FM0A 3I0SA 3AA2A 4DTPA 5J2QA 4QCLA 2X6SA 3S9HA 4W5RA 1RTJA 4K8ZA 1RBTA 4F2RA 3QEXA 1SV5A 4QAGA 3NH1A 1JLEA 1HYVA 1VSJA 4JS5A 5HRPA 2IGIA 3ULDA 3L2QA 1DTTA 4FJ9A 3OJUA 1NKBA 4DLGA 1Q8IA 1Z25A 1KLNA 4N47A 3RMCA 4IG3A 3SQ4A 3ZSQA 3TR8A 4CERA 4CEBA 5C42A 4M3XA 2G8WA 5HROA 1DTQA 1KVBA 2BE2A 4PWDA 3BGRA 1XHZA 1D9FA 2RN2A 4DMNA 1L3UA 1VRTA 3ZT0A 5T7BA 1NOYA 5DMRA 4KTZA 2JLEA 3G10A 1QTMA 2F8SA 4B9MA 2EHGA 4KHSA 3K5OA 1U4BA 1FKOA 3T19A 4CHQA 4CIEA 1CZBA 4IG0A 2ZQBA 4GW6A 4LSLA 4CJ3A 3KLGA 4CJWA 2Z1HA 1NK5A 1L3VA 1TL1A 1XC9A 2XY7A 4M3RA 1L3SA 4CGFA 4CJKA 3NCIA 4ID1A 1QQCA 3TAGA 3K5MA 1NK8A 1EXQA 1TAUA 4DTJA 3TAQA 2KQ2A 4R5PA 4DSKA 3VQBA 3TAEA 3JYTA 1KTQA 3KD1E 1HRHA 4FJHA 3ZSWA 4CFAA 4L8RB 2KZMA 2B6AA 2VG5A 3VQDA 3WNEA 4AH9A 4HUFA 1N6QA 5CZ2A 3LAMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2XRI A;  1VSL A;  1A5W A;  1IG9 A;  1S6Q A;  2IVP A;  4E19 A;  2W40 A;  1S72 N;  1RIL A;  3CC2 N;  3DLG A;  4FWN A;  3UB5 A;  4LF9 K;  3L0M A;  2JWK A;  3OGM B;  2HNY A;  1TK5 A;  3T7Z A;  2QXF A;  2G8V A;  4F3T A;  4CJ4 A;  4J2B A;  4AKI A;  4BRD A;  4JKD A;  3CM6 A;  4WYB A;  1YT3 A;  3D2F A;  4BC4 A;  4CGH A;  2O8E A;  4K8X A;  2A42 A;  3RR7 A;  4EZ6 A;  1U48 A;  1FZ4 E;  1Q9X A;  2G8U A;  1GLF O;  1GLJ O;  1HKC A;  1VQO N;  2Y1J A;  4I9L A;  2HHV A;  1M1K O;  5HBM A;  3TSP A;  1KAY A;  1NK9 A;  4OKJ A;  1WBD A;  3SNN A;  4MLH A;  3N4Q A;  1SL0 A;  3S3O A;  4RNG A;  2OYQ A;  1P8Z A;  3SV3 A;  2E1Y A;  2O8F A;  2O8B B;  1NJW A;  4JI7 K;  4M42 A;  3QER A;  3AO5 A;  3TI0 A;  1TVR A;  4GY2 B;  2HBM A;  2PFU A;  4X5M A;  4M3Z A;  4E89 A;  1NJX A;  4I7F A;  4LFB K;  3CC7 N;  4B8C A;  2ZE2 A;  4C8K A;  4DUY K;  1RDU A;  4H0P A;  2LSN A;  3PV8 A;  2GBZ A;  4I2P A;  4H4O A;  3ZT1 A;  4JKB A;  2ITG A;  4B9T A;  3NVK A;  2YHB A;  4YOU A;  4Z4I A;  4CJV A;  4L3Q A;  1Q18 A;  4DSJ A;  3RR8 A;  1KAZ A; 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