4FO0A

Human actin-related protein arp8 in its atp-bound state
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
593
structure length
502
Chain Sequence
GPLVPESLQEQIQSNFIIVIHPGSTTLRIGRATDTLPASIPHVIARRHKQQGQPLYKDSWLLREGLNKPESNEQRQNGLKMVDQAIWSKKMSNGTRRIPVSPEQARSYNKQMRPAILDHCSGNKWTNTSHHPEYLVGEEALYVNPLDCYNIHWPIRRGQLNIHPGPGGSLTAVLADIEVIWSHAIQKYLEIPLKDLKYYRCILLIPDIYNKQHVKELVNMILMKMGFSGIVVHQESVCATYGSGLSSTCIVDVGDQKTSVCCVEDGVSHRNTRLCLAYGGSDVSRCFYWLMQRAGFPYRECQLTNKMDCLLLQHLKETFCHLDQDISGLQDHEFQIRHPDSPALLYQFRLGDEKLQAPMALFYPATFGIVGQKMTTLQHSLFEGKALGLDKAILHSIDCCSSDDTKKKMYSSILVVGGGLMFHKAQEFLQHRILNKMPPSFRRIIENVDVITRPKDMDPRLIAWKGGAVLACLDTTQELWIYQREWQRFGVRMLRERAAFVW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Gene regulation
molecule keywords Actin-related protein 8
publication title Structure of Actin-related protein 8 and its contribution to nucleosome binding.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 167
structure length 502
sequence length 593
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.90 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4fo0A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fo0A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fo0A04
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4fo0A03
1BWFO 4H5TA 4B1UB 5FPDA 4B1XB 4BR4A 2E1ZA 2GELA 1XC3A 3WXLA 4DQ8A 3CJAA 3ZX3A 1J6ZA 2QWOA 5JLHA 3I8BA 3DJCA 1E4GT 4MO5A 4ISEA 3BEXA 4IXCA 1HUXA 1T6DA 3O4WA 1GLDG 5AZIB 3BP8A 2H3GX 2IVOA 5BR9A 5AQZA 3LL3A 3S41A 3ZX0A 3M6GA 1S22A 2NZTA 3HTVA 4RWTA 3GOIA 3GE1A 4BQZA 4BVOA 4XEIA 1JCEA 2AP1A 3QFPA 2GWKA 1MWKA 2ASPA 2F9WA 2GEMA 5I9EB 5KPTA 2YHWA 3VGLA 5E26A 2ZWHA 1GLAG 5EX5A 3VF2A 2GUPA 3DXMB 3O1WA 3SK3A 4BRPA 3WXKA 2ASOA 3VEWA 3J8AA 3HBTA 3IDHA 4H0PA 1GLLO 3O5BA 4FWQA 3BF1A 3KZBA 3A5NC 4H0OA 5AQSA 4BVPA 2QWQA 2NRHA 1ATNA 5BPLA 4H5RA 3D2FA 1KXPA 3VEOA 3EL2A 4CZLA 3VPZA 3D2EB 2YHXA 3O80A 4NO7A 3VF6A 2ASMA 4H0TB 4EFHA 3U8XA 1HKCA 2ZGYA 3VESA 1P8ZA 5AQJA 2QWRA 3H46O 1JCGA 5TKYA 3D2FB 4I6MB 3FFKB 5AQUA 1D4XA 2ITMA 2V52B 4AM6A 3ULEB 4B1ZA 3A0IX 1NGBA 4M7YA 2P9LA 4FWSA 3UKUA 3CJCA 2QM1A 3O6WA 4JD2B 3CJ9A 2CGJA 3AAPA 1SZ2A 2CGLA 2CGKA 1WUAA 2QW9A 2FF6A 5EOYA 4BC3A 3EN9A 3LDQA 1V4SA 2P9PA 4JHDB 5AQPA 1BO5O 4BRQA 4CD1A 1K8KB 1HKBA 1T6CA 2OANA 3R6MA 3WT0A 3VF4A 4BC2A 3A8YA 3M1FA 3HSCA 4BRLA 3LDNA 4BQLA 5EXWA 1NLVA 3ZX2A 5F2RA 4BR7A 5ADXA 5KQ8A 4CZGA 4BGAA 3QMLA 3R9PA 1Y64A 1X3MA 4BRDA 3W0LA 3WEEB 2NLXA 5F0XA 3O1BA 2I7PA 3C0BA 4A2BA 4EHUA 2P9KB 3MMVA 4RTFD 3ZETB 1TUUA 4BRKA 4BRFA 2P9SA 1TYQB 4CJ7A 3U9DA 3FGUA 3R8EA 3MK6A 1SQKA 1U2VA 2D0PA 1C0FA 5AQNA 2A5XA 5AZJB 1HJOA 2QWLA 4BREA 2P9NA 2GTDA 1X3NA 2IIRA 2PAVA 3L4IA 3IUCA 3VEZA 1MDUB 4CZFA 4RCHA 1CZAN 1GLFO 1IJJA 1NGDA 2P9IA 2P9UB 3M3ZA 1U6ZA 3MDQA 3DXKA 4CD3A 2A42A 4FWOA 3A5LC 3I33A 1HKGA 5FPMA 5FPEA 4KBOA 4IZ9A 3EKSA 4B1WB 1HX1A 4K25A 3A5OC 2ZGZA 3OHRA 3ID8A 3H3OB 4H0XB 1C0GA 4C23A 4K43A 4JAXA 3AY9A 3L6QA 1BA1A 4A2AA 4CBUA 1G99A 4MLEA 1WOQA 3CQYA 5AQTA 3GDQA 4CBWA 4BRNA 2UYTA 1YXQA 3F9MA 5KPRA 1MWMA 3QBWA 1S3XA 3DAWA 1Q18A 1BU6O 3G25A 4ISFA 4H5VA 3O08A 1XUPO 4J8FA 3U4LA 4ISGA 5JMVA 5AQOA 3SMSA 4BC5A 1KAXA 2E2QA 4YDUA 3WQTA 5AFUH 4PKHA 2Q36A 4EAHD 3VEXA 4BRMA 4PL8A 1NWKA 1YAGA 4BR5A 4HWIA 1Z6RA 5AQKA 3ENHA 5B8HA 1X9JA 1ZBSA 3MN7A 1NGFA 1ATSA 2KHOA 1NGAA 2I7NA 2IVPA 3JS6A 3MN9A 2HF3A 4BC4A 3H6EA 2D4WA 2AA4A 4A62A 5AQRA 1ZXOA 3CJ1A 2FSJA 4YDUC 5BN9A 3WXJA 3HI0A 2Q31A 3EO3A 3QB0A 3QFUA 4XH4A 3WXIA 3IMXA 5LJVA 4CZHA 2P9LB 3UKUB 3GL1A 2Q97A 4HTLA 4XH1A 4IO8A 3VERA 3O8MA 4FSVA 3VEYA 5BRDA 3LDLA 4FWLA 5FPNA 5CE3A 5AQXA 4GY2B 5AQHA 4AM7A 4CI6A 5AQQA 3A5MC 4BGBA 2P9PB 3UE5A 4DB3A 3CIPA 4FWMA 1T44A 3QICA 3LM2A 1ZC6A 3FR0A 2Q0RA 5KPZA 5AQWA 4H03B 4NB4A 2YCHA 1NGJA 3CI5A 4FWKA 4M7XA 3CERA 2QWNA 2Q0UA 2Q2RA 1QZ5A 4FL9A 3BF3A 4BRGA 2CH6A 1NMDA 4FWPA 1KAYA 3ATUA 1Z05A 4O8KA 1H1VA 1KAZA 1NGGA 3HZ6A 2E20A 1NGEA 4IWVA 4JN4A 5AQMA 1NGCA 3TPQA 4MLHA 3L0QA 3WUHA 4CZEA 3RSEA 4H0VB 2FXUA 2EWSA 2A3ZA 1NBWA 3FZKA 4H5WA 3UKRA 4BRAA 3LDOA 2P9SB 3ATVA 3ZEUA 4QS7A 4QS8A 3C7NA 1NGHA 2FLOA 2VCPA 4FPBA 3ENOA 1BG3A 1BOTO 1U2VB 2BTFA 5AQGA 2E2OA 4Y0WA 1E4FT 4FWRA 4E1JA 3VETA 4FWNA 4WYBA 3VGKA 4M63C 2P9NB 5EVZA 1LCUA 2HF4A 1RDWX 2V51B 5AQFA 2QWMA 4L3QA 4A61A 2HOEA 1ESVA 2J4RA 2HMPA 2P9IB 3B8AX 3DXKB 5AZIA 3VENA 5BN8A 3EZWA 3KHYA 3FLCO 1JCFA 3VGMA 2BUPA 3FZLA 3DWLA 3GBTA 2VWBA 4CZMA 1R59O 2YHYA 3WQUA 1RFQA 3FZHA 1NM1A 2VYPA 2W40A 1GLJO 2FSNA 1QQMA 2Q1NA 2QXLA 3DXMA 4EHTA 3CETA 4Z94A 5KQDA 4CZKA 2GWJA 1GLBG 4EIAA 1DEJA 1LOTB 2V7YA 5AQYA 1QHAA 2WUSA 5LY3A 3CQXA 3QDKA 4WQ5A 4BG9A 4B1VA 3H3NO 3W3DA 3SMPA 5AQIA 2PBDA 3MCPA 1TUYA 2YI1A 5AR0A 1GLCG 3LDPA 3D2EA 4H0YB 5BPMA 4DHYA 1NGIA 4LC9B 3CJBA 4CZIA 4BR0A 3BUZB 4PKGA 4FOIA 4WQ5C 4I6MA 2F9TA 4QS9A 5ELZA 3ULEA 2YJFA 3AAQA 5AFUA 4GNIA 4JD2A 4B9QA 2E2PA 3VEVA 5JLFA 1XQSC 4CZJA 1MA9B 5EY4A 4JHDA 2A41A 3TU5A 4F9OA 3H1QA 3MN5A 4PL7A 1BDGA 1K8KA 2A6AA 3MN6A 5AQVA 4IJNA 4IJAA 4WQ4A 5ADXH 3LM9A 2E88A 2D0OA 2FSKA 4CBXA 3QBXA 4BROA 2QWPA 1HPMA 5JICA 3IFRA 1YUWA 1BA0A 4FPAA 2DPNA 5BPNA 5BRFA 2ZF5O 5LJWA 1RGIA 1OKJA 1DKGD 2YJEA 3HM8A 4BRCA 2CH5A 4BRIA 4B1YB 4BRHA 4BR9A 4JNEA 2FF3B 4WQ4C 1YVNA 5AQLA 2V7ZA 2E1YA 3FZFA 4K41A 3WEEA 1SAZA 1HLUA 3SLCA 1DGKN 2P9KA 2D1KA 4MO4A 2E8AA 3H1VX 2E2NA 5F1XA 1IG8A 1GLEG 1V4TA 3CJ7A 1BUPA 2A40A 3ZETA 2W41A 1QQOA 1TYQA 1QQNA 1ATRA 3P4IA 3H45C 5BREA 3EKUA 3FZMA 3RSEB 4XH5A 3VOVA 4BG8A 3KVGA 4O5FA 4BR2A 5BRHA 3AARA 5AZJA 1QZ6A 1EQYA 3UB5A 3U9ZA 3UKRB 3CHWA 3GG4A 4H5NA 4PKIA 4DCHA 3FE1A 4FO0A 3ZEUB 3C7NB 3SJHA 3D7EO 5E84A 4FOEA 2IVNA 4K42A 3JXUA 2P9UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3THVA 4B1UB 3CCJN 4C8OA 3WXLA 1XC3A 3CFRA 4B9LA 2FC0A 3CJAA 3ZX3A 4CGDA 2Y1JA 3HPOA 3VQ4A 1L3UA 3OS0A 4DFKA 1E4GT 4FLUA 4MO5A 3BEXA 4IXCA 2E6MA 2OTJN 1IKYA 3CQ8A 2XRIA 2VGMA 3S41A 3LL3A 4U7BA 4L8RB 1WAJA 1HNZK 4O0JA 3NGZA 1G15A 4CHNA 3L3UA 4E19A 5SZTA 4WFBL 1VQ8N 1JCEA 3M5RA 4YOWA 4M3RA 3AVBA 2ASPA 2GEMA 5JENA 2YHWA 1SV5A 2ZWHA 3AVGA 5GAEP 3VF2A 1NJXA 1N34K 3G4SN 3J7AP 3DXMB 3HP9A 2DFHA 1UWBA 1BI4B 4CJRA 3CXCM 3J8AA 4W5OA 3C95A 4FW2A 3KZBA 4H0OA 4CGJA 1DTTA 2QWQA 1ATNA 2EX3A 4Z4HA 4H5RA 3D2FA 4CZLA 1VAZA 3U3YA 2X78A 3VPZA 3SI6A 2YHXA 3DLLL 2ASMA 4H0TB 1HKCA 2ZGYA 4DF8A 3A2FA 2QWRA 1UA1A 1ILYA 3VA0A 3D2FB 3BZKA 4ID5A 2G8KA 3SUOA 1GOAA 4I6MB 4A5BA 2ITMA 1VQ6N 4LH5A 3A0IX 2IOCA 4FWSA 4YOUA 3CJCA 4GVMA 1JL1A 4B8CA 3CJ9A 1L3SA 1EWRA 3HYFA 2CGLA 1Q86O 1Q81O 1RBVA 3C6TA 1D9FA 2UUCK 1HQUA 4KH5A 3CC4N 1WUAA 2JWLA 1NU0A 2FBVA 1J53A 1UOCA 2R7YA 1V4SA 2P9PA 4JHDB 1X1PA 1HKBA 4CJVA 1RNHA 4BC2A 1VQ5N 1HYSA 3AO2A 4BRLA 1R0AA 3M8QA 1NNEA 4DF4A 5F2RA 3G0ZA 4JLHA 5KQ8A 3KWGA 4NCGA 3K2PA 4JK7A 4IDHA 4HCBA 3AA2A 3NDKA 4DU4A 4JKFA 2I7PA 3K5OA 4A2BA 2IGIA 3AVMA 4CJ4A 3CC7N 2HBMA 3CPWM 4B3MK 1DTQA 3CCVN 1NOYA 1JLFA 1NJZA 3OYMA 3ZETB 1TUUA 2P9SA 2OPQA 4LFCK 2EHGA 3T1YK 3R8EA 4AHSA 3K0SA 1U2VA 3I55N 1HJOA 2YKMA 4FLVA 5DMRA 2IIRA 3IUCA 3P39A 1QSLA 4CF2A 3NGIA 1TK8A 1W7AA 4UQGA 1GLFO 3QINA 4F2SA 3I8DA 2P9UB 4IFYA 2E6LA 4W5TA 3E1YA 3HVTA 4CEOA 3QESA 4EZ6A 1HKGA 3PX4A 4IO9L 3MAQA 3BGRA 4IZ9A 3CMAN 4FZXC 3OHRA 3DRPA 4C23A 4K43A 2KKZA 3QIPA 3CCRN 1OH5A 2UXDK 4CBUA 1G99A 1C0TA 1HRHA 4YOTA 2KZMA 1RTDA 2VWJA 4CECA 2O8FA 5AQTA 4DQPA 2XY5A 3LALA 5C0YA 1VSEA 3QETA 1HJRA 2PYJA 1MWMA 3CCQN 1S3XA 3P5JA 2IS3A 4YORA 1K8AO 4QAGA 1KFDA 4H5VA 5J2MA 4EP5A 4Q0BA 1YTAA 1RDAA 4OGCA 4HUFA 1KAXA 4DSKA 3CCUN 4EAHD 4KTZA 4M3TA 4DTMA 4X62K 3TAPA 5AQKA 3THXA 2YX6A 4AHTA 3LP2A 5CZ2A 3AVCA 4JS5A 1X9JA 3TSUA 4CEFA 2I7NA 3MN9A 5C25A 4CE9A 2BH1A 4Q5VA 3EE9A 4A62A 1YF5L 3CJ1A 3R3LA 2JGUA 4FZZA 4DLEA 4YDUC 5BN9A 4GV6A 3QB0A 4YOVA 3QFUA 5LL6Z 1U4BA 3OYDA 4CEQA 3VQ6A 4IO8A 3K58A 4ILHA 4J2EA 4FWLA 2Z1HA 4IFVA 5AQQA 3UE5A 4DB3A 3VQEA 2UUBK 3LM2A 5FROA 2Q0RA 4H03B 4Z4GA 2DFFA 3KKSA 3OYGA 4EZ9A 4Z0UA 3OYHA 1NGJA 3CI5A 4FWKA 4M7XA 1FXXA 1L3VA 1D8YA 5J2PA 4B9UA 1QZ5A 4Y1DA 1YJWN 4DV0K 2CH6A 1QSYA 3DRSA 1A5XA 4FWPA 3ATUA 3TTCA 4O8KA 4QCLA 1YTUA 4CESA 1U49A 2E20A 3THYB 1NGCA 3EYZA 3RSEA 3RVCA 3AVNA 3J81O 3FZKA 4BRAA 3EE8A 4E7IA 4QS7A 1EETA 2OPSA 5KI6A 4FJKA 3C7NA 1NGHA 2FLOA 3KD5E 2BTFA 1VSKA 3EEQA 3ZSXA 4E1JA 3HP6A 1IG9A 1SL0A 4N76A 3TSPA 3LAKA 4ILJA 2XHBA 4DTPA 2HOEA 2J4RA 2NRTA 2HB5A 3B8AX 4MFBA 4WCEL 1RT3A 3VENA 5HRSA 5BN8A 4W5RA 3KK1A 3V9UA 3EZWA 3G10A 3O9RA 1BHLA 4BDPA 4FJNA 1JCFA 3VGMA 3HL8A 1NK9A 2BUPA 3FZLA 3GBTA 1EP4A 4CZMA 2O8DB 3FZHA 2HHUA 3B6PA 2Q1NA 4EHTA 1QQMA 5KQDA 4CZKA 4ZTFA 1GLBG 2FBTA 2KFNA 4EIAA 3LPUA 3PO5A 3DI6A 4CCHA 4CJTA 3E9OA 4WQ5A 1N32K 3OW2M 1RBTA 3PIOL 3VQQA 4CEZA 3W3DA 3SCXA 1VQPN 3MCPA 1TGOA 2Q3SA 4CHZA 2F8TA 4H0YB 2O8CB 4FJHA 4CERA 1S1WA 4BE0A 2O8BA 3HOSA 1NGIA 3KK2A 1NKBA 4CZIA 4PKGA 4YOXA 4FOIA 1VSJA 4IEEA 2F9TA 1Q82O 3C65A 1S9GA 3QNNA 1KVCA 1VSDA 1CZBA 3RMBA 4GNIA 5JLFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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