4FOWA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 3-ammoniopropane-1-sulfonate
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fowA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fowA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fowA02
1L7HA 1U0AA 4NC5A 4GDJA 4IQPA 1BKZA 3AP9A 3R4SA 2WT2A 1G7YA 4MWYA 1ULEA 1W6OB 3RG0A 5GZCA 2YY1A 1WLDA 1O4ZA 2PHTA 2YZ4A 1MZ5A 3USUA 3T1LA 2F25A 2F11A 4MZAA 2DYCA 4X4AA 5JVVA 2VW0A 4XXAA 3AK0A 2HTRA 4X47A 4AYUA 1BJQA 2P37A 4NOTA 3IN9A 3TICA 1IVBA 2R0FA 4MWJA 1MS3A 3FFZA 4XJRA 2ERFA 4HZWA 4H52A 1FNZA 3TIAA 4FP2A 2ZZJA 1AX1A 4GJTA 4KS4A 1Z4XA 4MX0A 1A8DA 2BQPA 3AYCA 1B9SA 3POYA 1Z4ZA 4YW2A 3VKLA 1SCSA 4CPZA 4Q8KA 3RMXA 2ZKNA 5JOXA 2EIGA 3RSJA 2ZGRA 4QN4A 2PHUA 3AP7A 3AYEA 3A4UA 1LJ7A 3I8TA 5GLVA 1AZDA 1LGBA 2ZGNA 2GNBA 4FVKA 3A0KA 4XMAA 4M3CE 2CYFA 2YA6A 1SBFA 4B7QA 1WCQA 2YDTA 1BQPA 4Z8BA 3WVJA 2VK5A 2JJ6A 4FVVA 1CESA 2DUPA 3WZ1A 3AJZA 2G4IA 1LHNA 3VKNA 3WCSA 2TEPA 1IVCA 4Y1VA 4AGRA 2R49A 2Q5TA 2WLQA 1V6IA 1GLHA 2DVBA 1UZZA 2PHFA 3IKWA 2WSUA 3RS6A 4FJ6A 3O0XA 2CMLA 4X6KA 4GWNA 1QOTA 5DXDA 1F8EA 4KBBA 4D8SA 3H73A 4SLIA 4ATEA 1KRIA 1NMAN 4CPLA 3CKZA 2V73A 1BJIA 4DFSA 2VH9A 4Y1YA 2D43A 4HZVA 4ISQA 2ZGUA 1WW6A 2A7AA 2AYHA 4M3CB 1FX5A 1IVGA 3DUIA 1WW7A 1AX2A 1GYKA 3FUQA 1N1SA 3WG3A 3GALA 2FHRA 3MPPG 2BF6A 1PZ7A 3WG2A 3ENRA 1JXNA 2SILA 4XZPA 5BYNA 1KJLA 1HQWA 4Y20B 1S0GA 3M3EA 4CPNA 1LESA 4Q6KA 3C2UA 2VSKA 5FREA 1SACA 1NNAA 5GZFA 1DILA 3SH4A 5GLWA 3KQRA 1V6NA 1E8VA 1EUSA 4K21A 3ZXEA 3BEQA 1JHNA 3B7EA 2E51A 2ZA9A 2V5YA 2YXSA 1EPWA 4B7RA 1V0FA 2A70A 4R9DA 4D69A 6NN9A 3TI4A 4FPGA 4XJ8A 2EXJA 1G9BA 2GDFA 2BATA 2XZIA 2DURA 1LHWA 1W6QB 2A6YA 1GKBA 1W6NB 3GNEA 1ULDA 2YA5A 4YFWA 4MJVA 5KXDA 1INFA 3CNAA 4H53A 2AR6A 3ZXFA 2WNEA 3QLQA 1N3PA 4YZ4A 2WQZC 1SNTA 1LOFA 1BXHA 2CL2A 1CR7A 1WBFA 2XZJA 4YW5A 2A5ZA 1YI7A 2A6WA 4AVSA 2UURA 1VCJA 4MWUA 1SBDA 3GVLA 1G8WA 2QWJA 1IS3A 3AXDA 1TEIA 4BLJA 3UL2A 1LENA 5T5JA 5T5OA 1UX6A 2AREA 4PF5A 2ZGQA 4FPLA 1S0CA 1NLSA 3KM5A 4XHBA 4ITCA 1RINA 4K3YA 3RQ0A 3WDXA 4M4VA 3B69A 1EUUA 1NCBN 4Y22A 3B01A 2GMMA 1CONA 1DQ2A 4XE9A 2SIMA 4LBQA 2ARBA 1G9DA 2CWSA 1WBLA 3IPVB 2EALA 1MWEA 1PZ8A 4YZ1A 3A0NA 3SH3A 5JLVA 1XOGA 2GNDA 2ZMNA 3T2TA 3ZVXA 4FOQA 2W38A 4PBOA 2GMEA 1F9KA 4NN9A 3OBTA 1IKPA 1ULGA 3OYWB 3M2MA 1S0DA 2CWMA 4P9XA 2ZGPA 1SFYA 1MVEA 2NZ9A 4ISRA 1XQNA 3L2YA 4W65A 1CPMA 2D6KA 5HUMA 2DTWA 1W6PB 4AVVA 1DHKB 2D6PA 5DUWA 1ONAA 4YGDA 4ZKTB 4GZOA 4AGVA 3AZYA 4Q1RA 4FP3A 1KQRA 1GZ9A 2HU0A 4MC7A 4WVVA 5IK5A 4FQ4A 2NP0A 4GZPA 4LBKA 1V3CA 3N36A 2YDPA 2QWBA 3JUUA 1C1FA 5HUKA 2DVFA 1APNA 4Q1PA 3USUB 3JU4A 1H9WA 5CAZA 5GM0A 4XILA 3V0AA 1QDCA 1INYA 1USRA 5E8AA 2R0HA 1SLIA 1E8TA 3DGTA 4NCSA 3N7KA 1N1VA 2NYYA 1SLCA 2R16A 2WT0A 1UZYA 1I1EA 2WJSA 2AENA 1QOOA 2ENRA 5H9SA 1LTEA 5IK7A 3HN1A 2CTVA 3AXEA 4WVWA 1NCCN 2ZGOA 1CJPA 1V3BA 3WDWA 1OKQA 2YMZA 4LBJA 1VAVA 2EAKA 3LSEA 2ZHKA 3SISA 1G9CA 2VXRA 4WEFA 3FLPA 1FV3A 2JE9A 1FYUA 3WNXA 1IVEA 2A3YA 4CTEA 5B2CA 1HLCA 5B2DA 3WG4A 2KM2A 4H55A 4XIKA 3ALXA 2W68A 1SO7A 4XBNA 2ZHMA 3U4XA 4FPEA 4MWRA 1V3DA 1ULFA 3WG1A 1LHOA 4FPKA 1NNCA 2E53A 5JDBA 3PVOA 4Q8LA 4PQ9A 1KDMA 3APBA 3M1HA 1QOSA 2CNAA 1NCDN 1DQ4A 4WV8A 3H6JA 1SCRA 2F12A 1V6JA 4K1KA 4ASMB 4R9CA 3W09A 4YGBA 4FQZA 2DVAA 5DG1A 4C1WA 1Z50A 3SLIA 4UW4A 3OGGA 1SBEA 2HTUA 1DFQA 4PCRA 5CBLA 3M3OA 1V6KA 1VAMA 3MEPA 4HZYA 3BIWE 1FATA 1B9TA 5H9RA 4BQ1A 1WUVA 2DUOA 4YFZA 1WCSA 3PVEA 2A6VA 2JKBA 3OY8A 4UW3A 3HR9A 4FPJA 4XJQA 4DPNA 1DLLA 1LCLA 1MS0A 3WV6A 3ZPYA 3MW2A 3UJOA 3O12A 1O4YA 2A3WA 1F8CA 4GALA 2AGSA 4YM2A 5T5PA 5GZDA 2DU0A 5DUUA 3VKOA 3LCPA 2ZAAA 2ZGTA 3RMYA 4Q2FA 1XOEA 1JBCA 3OPZA 5M1ZA 3CYEA 4AWDA 4DRVA 3OJBA 4C1XA 4GKYA 1ENSA 3AZVA 1INVA 1ZM1A 2AEQA 4WA3A 1NXD1 3AP5A 4CRQA 5T50A 2RHPA 4Y1XA 4HZZA 4MJUA 1D0HA 1ZA4A 1ENRA 3AP6A 4CPOA 1C4RA 5F9TA 2VVZA 2GNTA 5KXEA 5GLZA 4M00A 1GBGA 4XJAA 1CVNA 2C4AA 3M3CA 1VIWB 4GXLA 3ILNA 2X9MA 1SLAA 4P9WA 3O0WA 2F24A 1NMBN 2YV8A 3ZSKA 3WDVA 4LBOA 3B3QE 2QWIA 4YM1A 5HCBA 3GVKA 1AXYA 1QGLA 5EYXA 2D6MA 5HCAA 2NM1A 3N7JA 3NV1A 1UMZA 5JMCA 2VSMA 4KS1A 3H71A 3TI8A 4FOWA 4RL7A 2W08A 2E7TA 1QF3A 5CB7A 5IK8A 1OQ1A 1NNBA 4HL0A 1Y7BA 1F8DA 1RIRA 3HMYA 2UWBA 4DGRA 2F0ZA 5F5QA 3NSSA 3TIBA 1ENQA 4XMIA 3WUDA 3BOPA 1EUTA 1HQLA 2OUJA 1A4QA 1V6LA 1WLCA 4LBQB 2GMPA 3ZXJA 4M3CA 4TYSA 1V0ZA 5DZGA 1WD3A 2ZMKA 1DIWA 4GZWA 4OZXA 4WEGA 4GB1A 2RKCA 1LULA 4MWWA 1AX0A 4BMEA 1AVBA 2CY6A 3K3AA 3ZXLA 4U2AA 2D7FA 2ZBJA 5E88A 3TB0A 1AJKA 4KS3A 4WA5A 2Z42A 3ZSMA 1MS5A 3WLUA 2P34A 7NN9A 3CL0A 1LOAA 2ES3A 1DZQA 4XOGA 3RRDA 3N35A 2P3JA 1SLLA 3T1MA 1A4GA 3INBA 1QMJA 2ARXA 5GALA 1W0OA 5JYYA 3AZXA 5GLTA 4Y1UA 2D3RA 1QNWA 1SLTA 3ZXKA 2W5OA 5T5LA 3VUOA 1W8OA 4YM0A 3UK9A 2C9AA 1N3OA 1N1TA 4MWXA 1WW4A 2JD4A 3SNMA 1KDKA 3AFKA 4XJZA 4YM3A 3M3QA 2AUYA 1DBNA 3WHUA 4ATFA 3N7MA 2P2KA 3V0BA 3V64A 3R05A 1LOCA 2D3SA 3LSDA 1GSLA 3N3HA 2YA4A 4J9TA 1S0JA 1I3HA 3BTAA 5DG2A 3TAYA 1AXKA 1V0EA 3IMNA 1ULCA 3Q9OA 4K1ZA 4PBPA 4YW3A 5AVAA 1IS4A 2QWDA 1MZ6A 2R1BA 2P3KA 1W1XA 3SANA 1IOAA 1LGNA 1JYCA 1V6OA 2BZDA 4XBQA 2W20A 2QWGA 1Z0HA 3A72A 1D2SA 4DQAA 1F8BA 4M3MA 1UAIA 5HUNA 1LOGA 3MW4A 3ASIA 4BLIA 1SLBA 2HTVA 1Q8PA 4JRAA 1GICA 1BYHA 2AEPA 1PZ9A 2ZACA 1FAYA 2GALA 3PMEA 1JW6A 2D6LX 3NV3A 4NO4A 1W8NA 4XDQA 3WCRA 2QWKA 1L7GA 2FMDA 4YZ2A 1AXZA 4UW6A 3TI5A 4GZXA 1DQ1A 3N7LA 4HZXA 4XBLA 3W58A 3K39A 2HU4A 1NN2A 4K1JA 5HUGA 3W59A 3POWA 4K20A 4Y26A 5GZEA 3NV4A 2VW2A 3MW3A 2P3IA 1A14N 1IVDA 1Z78A 4LBQD 5E89A 2PHXA 3GVJA 4XJ9A 1YYNA 1W20A 1LEDA 1W21A 1DQ6A 2W39A 4GZTA 2OVUA 2ZGMA 2A6ZA 2EXHA 1YRZA 3O9JA 1GZWA 2GN3A 1RITA 5GLUA 2A3XA 3SITA 1C57A 4FZHA 2F29A 2GN7A 1C1LA 1W6MA 1NCAN 1G9AA 1J1TA 2LALA 2HTYA 4FPOB 1LGCA 2DWRA 3ZSJA 1FV2A 1LHUA 2D6NA 3AX4A 4XYXA 3OY8B 4CZSA 3AJYA 1LECA 4HIZA 3PJQA 4QNPA 1JYIA 5T55A 1A78A 1JUIA 2ZABA 1N47A 2XCYA 4M01A 2GNMA 4CPMA 4AVTA 2VK7A 4YW4A 5GZGA 1CIWA 1Q8QA 3PVNA 1USXA 4BM8A 1WW5A 1MVQA 2E7QA 5SV8A 4Y1ZA 2QWCA 2YA8A 5H9PA 3K36A 2LTNA 2ZHNA 2SLIA 3IM0A 1MACA 1F31A 1S0BA 1IVFA 2JECA 1G86A 4X49A 4YGEA 2D3PA 3WDUA 2VW1A 1S0IA 1VCUA 3VKFC 5IK4A 1IS5A 2VU9A 4B7JA 4Q26A 2R1DA 4YZ3A 4YG0A 2UU8A 1R1ZA 1HDKA 4DS0A 4BBWA 3ZYPA 1W6OA 2YROA 3T1EA 3I4IA 2HT5A 1Q8OA 4GZSA 1MS1A 4LBMA 2F10A 4GKXA 2DU1A 4FOYA 1NMCA 5GJ6A 3FBYA 2AH2A 2B8HA 2XZKA 4I30A 5LK5A 4XJUA 1CN1A 4MWVA 4I00A 3D11A 5DUXA 1MS8A 3TI6A 4QN5A 1INGA 1V3EA 1JN2P 2ZMLA 4FPHA 5H9QA 2A75A 2NN8A 5T52A 2UWCA 3WDTA 2E6VA 1IKQA 3O0VA 2VK6A 2QWEA 2C5DA 1V6MA 1LOBA 2ZGKA 4JC1A 2HT7A 4MZEA 4XIOA 4YG6A 3ZYRA 2PELA 3VV1A 1DYKA 2HYKA 3D12A 3AZZA 2D6OX 2EF6A 1URXA 1UPSA 2HTQA 3ATGA 1QNYA 3INAA 3WHTA 4BOWA 1OFSA 1INXA 3WDYA 4ZXKA 4FPFA 4WA4A 1DGLA 1KITA 3D6EA 3NWKA 4XTMA 1JOJA 1CQ9A 2QWHA 1G9FA 3SH5A 1GANA 4L8QA 4FPYA 5DUVA 2OUHA 5JOYA 4XXPA 1Q56A 3ILRA 1LEMA 2DVGA 3K37A 1LODA 2ZB6A 4QN7A 2UWAA 3AZWA 1Z4YA 2F13A 4HANA 3UJQA 5EWSA 1F5FA 4LBLA 1YXWA 3ZSLA 4P14A 4Y22B 4QN3A 2A6XA 1N3QA 2PHRA 1LOFC 5CA6A 2VWDA 5EYYA 3POSA 2W5NA 4QN6A 5IT6A 1FNYA 1WLWA 1MR5A 3FUOA 4MWQA 2DUQA 3WOGA 2YA7A 5NN9A 1Q8SA 5HX0A 4YW1A 4TZDA 4Y20A 4K1HA 3V0BB 4MWLA 1AJOA 4GWMA 3R4UA 3VKMA 4P9YA 2ZGSA 3V65A 4GZQA 1N1YA 1HKDA 5JOWA 4CPYA 3ILFA 4KS2A 1NSBA 2HT8A 1KJRA 1A3KA 1LHVA 4GEZA 4GA9A 4AGGA 1QDOA 1VLNA 2I2SA 4BPZA 1INWA 4BMBA 4R9BA 4YZ5A 2JDZA 3A71A 1S0EA 3WUCA 1GV9A 4B7NA 1DQ5A 3BODA 4K1YA 4YLZA 4YG3A 1W6QA 2WKKA 1W6NA 1BZWA 4DRRA 2BERA 4RA0A 2PHWA 5HCFA 4XHXA 1DYPA 2EXIA 1E8UA 2NMNA 2ZHLA 1EURA 1QU0A 1UN1A 1AF9A 3TI3A 4FOVA 5T54A 4KS5A 1S1AA 1QKQA 4Q27A 3V0AB 3B9CA 1YIFA 2XB6C 3H72A 2DVDA 2WSVA 1GNZA 3NV2A 2SBAA 3ALWA 2DV9A 1NSDA 1V00A 5FRAA 3K38A 4Y24A 1Q8VA 1Z4VA 4WZFA 3H0OA 4XJWA 1NSCA 3B00A 4R9AA 5DZFA 5EXOA 1LOEA 1V2IA 1H9PA 1VALA 4GDIA 3D5OA 3AYAA 1L7FA 4LBNA 2NMOA 1DQ0A 1GZWB 1GZCA 4M4UA 1CPNA 2D44A 5KXBA 2F27A 5JOZA 2QWFA 1W6MB 1DIMA 3SILA 3NN9A 2JE7A 1LU1A 1IS6A 1S0FA 3IPVA 2EXKA 2ZGLA 4XTPA 1UKGA 2W52A 5IUQA 3AYDA 4K1IA 3OBRA 1Z4WA 1GNHA 1UL9A 4M4NA 1INHA 5L73A 1MS4A 2C4LA 1B9VA 1W0PA 1MS9A 1WD4A 4JF7A 3FLTA 3QCWA 2ZB5A 4YGCA 3D4KA 2WT1A 4B7MA 2QWAA 3CL2A 2OW4A 2B7YA 3OYWA 4UF7A 3AP4A 2DTYA 2HTWA 3O5SA 2F26A 4F83A 3SALA 4U36A 1LU2A 5KXCA 4MYEA 3O9KA 1B09A 4M3CF 1W6PA 2H0BA 4UW5A 2F28A 4FPCA 3FLRA 2A71A 4JCKA 5DZEA 2VUAA 3JU9A 1YO8A 1H30A 2VY0A 2XG3A 1X50A 5CNAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QU2A 1L7HA 2VNRA 1U0AA 1BEV2 4NC5A 3PDQA 4RQPB 4E9KA 1OFNA 4GDJA 4IQPA 1BKZA 5FZCA 2V91A 3AP9A 1WCUA 3ACFA 1NCQA 3R4SA 5CKNA 1I5PA 2XGXA 5KHIA 2KXLA 2WT2A 2WZEA 1G7YA 1VBA1 5L9RA 5CADA 3CL1A 2XJQA 2FDKA 4MWYA 1ULEA 3HBZA 3U1XA 1TMF3 2WN3A 4BB3A 3WEZA 2JKXA 3ZLIA 2IWGB 1W6OB 4QPYA 3RG0A 1RUG1 5GZCA 2DFCA 1H6YA 2YY1A 1IZ3A 1WLDA 1O4ZA 2PHTA 2Y38A 2YZ4A 2RS52 4GMP0 4QB6A 4XFAA 1S55A 1MZ5A 4JKMA 3TRSB 4BQXA 3USUA 3E6CC 3T1LA 2F25A 2F11A 4MZAA 2JG9B 1GNYA 2BNOA 1XE8A 2DYCA 4HKLA 4KWJA 2Y0IA 4XABA 3V56A 3WXPA 3K48A 5F6KA 2XWJB 1C5HA 4X4AA 5JVVA 5I8TA 2WYSA 2VW0A 1VBE2 2CGNA 1V9U2 4OULA 4XXAA 2X05A 2HWB3 2ZX2A 3AK0A 4IE4A 3BU0A 4XFBA 1H2LA 5FP7A 5HXMA 2QFEA 3ZDVA 2HTRA 4X47A 1KFUL 2JEMA 4FT8A 4AYUA 3EQEA 4Q8KA 3LDKA 1W9SA 1Y9GA 4K8RB 3QH6A 1BJQA 3U0ZA 2BBVA 5A32A 1PK6C 2P37A 5FOJB 5AFBA 5IFPA 2QKDA 3Q8AA 4B7EA 5C71A 1ST8A 1FPN1 5ACA3 4HOOA 3VZKA 4NOTA 3IN9A 1IUBA 5HI0A 1NY72 3VD7A 2YGMA 1AR91 3TICA 3S30A 1IVBA 2JDPA 1GOHA 3WW1A 1X9TA 1PIV2 2R0FA 5GX4A 5FZOA 4MWJA 1MS3A 3FFZA 2FMYA 1CAWB 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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