4FOYA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-(benzylammonio)ethanesulfonate
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 193
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4foyA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4foyA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4foyA02
2GN7A 1YXWA 3IPVB 4X4AA 4XJZA 1LHVA 1MS0A 1GSLA 2VW0A 4Q1PA 2BZDA 3K39A 1V00A 2OW4A 3FLPA 1V0FA 1Y7BA 4YFZA 5EYYA 3MW4A 2F27A 4M3MA 5H9RA 2VWDA 2ZGNA 4DRVA 2UWCA 4QN5A 1Z4XA 4SLIA 4B7NA 2NMNA 2A70A 3LSDA 1AX2A 1RINA 3B01A 5CA6A 1LTEA 2A3YA 1LOGA 4PF5A 2AH2A 3OYWB 4FPCA 4ZKTB 2QWKA 3INBA 1BJQA 3SALA 1DQ1A 3NV2A 1N1TA 1D2SA 1SBDA 1SCRA 5T5JA 2CWMA 5DUVA 5T5LA 1XQNA 4FJ6A 1S0DA 4YZ2A 4XXAA 3PVNA 4IQPA 2AREA 2SLIA 2E51A 3NSSA 1ZA4A 4WVWA 1V6IA 1WBLA 5DG1A 2F12A 1Q8SA 1NLSA 3NV1A 2ZACA 4LBQB 3AYAA 2R49A 1CIWA 2EXJA 1G9FA 1OQ1A 1O4ZA 2JECA 2P34A 1INHA 3OJBA 3SH3A 4Y22B 1DQ2A 3O5SA 2EXIA 4YZ5A 4CPNA 3AP7A 5JOWA 3OBTA 3SITA 2QWEA 1C1FA 1Q56A 4XJRA 4WVVA 2UU8A 1V3CA 3WDXA 4MYEA 1J1TA 2ZHMA 5CBLA 2AEPA 4B7RA 1GNZA 2GNBA 1W6PB 3WZ1A 1F9KA 4CPLA 1SBEA 5HUKA 4K1ZA 2ZKNA 1RIRA 4KS1A 4X47A 2G4IA 6NN9A 1Q8OA 1ULDA 1DILA 2YROA 3BODA 3ILRA 4YGCA 2W08A 1GZ9A 1S0GA 4F83A 2OUHA 1W8NA 1YYNA 1Q8QA 3LCPA 1Z4WA 1GBGA 2ZHNA 2DUPA 3CKZA 4NN9A 1INXA 3AZXA 3QCWA 4FVVA 4QN4A 4YGEA 1GZWA 1B9SA 3MW2A 2XZJA 4GDIA 3ASIA 2ZGOA 3RRDA 5L73A 3VKOA 2ZMNA 4BMEA 1V6NA 3CYEA 4XIOA 4UW5A 4RL7A 3USUA 4ATFA 3CL0A 1AF9A 2YA7A 1V3DA 2HU4A 3TI8A 1F8EA 3ENRA 1EURA 3WUDA 1WW4A 1LGBA 3WUCA 4YG0A 4HZWA 2VK5A 3UL2A 1ENSA 3D4KA 2D3SA 1L7GA 1GV9A 1IVFA 1WLDA 3SH4A 4FOQA 4DPNA 5NN9A 1R1ZA 1CR7A 1RITA 2A6VA 1INFA 3TI6A 5DZGA 4H53A 2JE7A 5AVAA 3TI3A 1Q8VA 3WOGA 4M3CB 5GLVA 3A4UA 4XBNA 4FPYA 5B2DA 1N3QA 3PJQA 4MWUA 1W6NB 1PZ9A 4XBLA 1MACA 1WLCA 3B9CA 1EUTA 2ERFA 2YA6A 3V65A 2E6VA 2ZGUA 1WCSA 1LOAA 4K1HA 2ZGRA 3T2TA 3TAYA 3PVOA 2W5OA 4AGGA 3RQ0A 3K36A 4YW2A 1V0EA 2VSKA 1DQ6A 4XTPA 4XE9A 4FP3A 2WQZC 4BOWA 4BLIA 4M3CE 5JOYA 4GZWA 3QLQA 1V2IA 4JC1A 3K37A 3VV1A 1BZWA 5IT6A 1JBCA 3V0BB 1DIWA 5GM0A 4CZSA 2A6ZA 1F8CA 5DUUA 1D0HA 2HYKA 4C1WA 1MVQA 1W6QB 3NV3A 1A4GA 1SFYA 1SLBA 2BF6A 2DVDA 1A8DA 2CY6A 2ZZJA 5GLZA 3FUQA 5H9SA 5DXDA 3B7EA 1FV2A 1DFQA 1WCQA 5GALA 1IKPA 5HUNA 3M3QA 4WA4A 3VUOA 1GANA 1YRZA 1V6JA 1Z50A 4X49A 3FBYA 4DRRA 2YDPA 3AX4A 3ZXLA 1VCUA 5HCFA 4M3CF 2R1BA 3ZXJA 4Y1UA 3WV6A 3R4SA 4ISRA 1G86A 4DGRA 1MS4A 2ES3A 2D6LX 1APNA 3T1EA 1KJRA 4JRAA 2JE9A 3RMXA 1AXYA 2AGSA 1BYHA 1G7YA 1WUVA 4LBKA 3V64A 1INVA 1QDCA 4NO4A 2XZIA 3AP5A 5KXBA 4UW6A 3T1MA 4UF7A 1KRIA 1UZYA 1X50A 4Q1RA 4TZDA 1HDKA 4MWYA 2ZGTA 2F28A 3AYCA 1AZDA 1W6MB 2UWAA 2CYFA 2ZGQA 2WT2A 5KXEA 3BEQA 1VCJA 4Y1VA 4XJ8A 1FYUA 5JYYA 4YG6A 3OY8A 4XHBA 2A7AA 4GZXA 4H52A 2DVAA 3O0VA 3IM0A 4XJQA 3WHTA 3B69A 2ZB5A 2XG3A 4YZ3A 2HTRA 2CTVA 2D43A 5GLUA 3WDWA 2HT8A 4XJUA 2HT7A 4LBJA 1BQPA 3M3CA 2ZA9A 4AVVA 4B7MA 4B7QA 1XOGA 4M01A 3ALWA 1A3KA 2ZAAA 4Q6KA 2WT0A 2A3WA 3SH5A 2A75A 4ZXKA 1CESA 3TB0A 1NCAN 3ZSKA 1NNCA 3V0AB 2VK6A 1LHUA 3AFKA 3M3EA 4HL0A 4GXLA 1HQLA 3FLTA 4I00A 5E8AA 4CPOA 5T55A 3VKLA 1W0OA 1W6OB 3POSA 3ZSMA 2NMOA 2R16A 3INAA 4FVKA 1KDKA 1INYA 4MWXA 3H73A 2YXSA 3ZPYA 1V6KA 2WJSA 2X9MA 4OZXA 4HIZA 4MWLA 1FNZA 3H72A 3O0XA 1IS6A 4M4VA 2Z42A 3WG2A 3HMYA 4YM3A 4GZSA 2AYHA 3SLIA 4PCRA 1ULEA 1F5FA 5DZFA 4D69A 1DQ5A 4NOTA 4GEZA 1VALA 2EIGA 2GMPA 3BOPA 3N35A 3RG0A 1MS5A 4MJVA 5FREA 3TIAA 2DU1A 2OUJA 1UAIA 1SLAA 2A71A 3NV4A 1I3HA 4YW4A 3WCSA 3I4IA 4P14A 1VAMA 5IK8A 3POYA 2QWFA 3BTAA 1USXA 1DIMA 4Q8KA 1UX6A 2DURA 4XOGA 1SCSA 3B3QE 4JCKA 2W68A 1LOBA 1NCBN 4GKYA 2D3RA 2YA8A 2ZGLA 4LBMA 1LHWA 1JHNA 1B9TA 1DQ4A 4Y26A 3ZXEA 1ULCA 4TYSA 1DBNA 1PZ7A 1SLCA 3N7JA 5F5QA 3C2UA 1G8WA 3ZXKA 4D8SA 2OVUA 2A6YA 1CPMA 2DTYA 1QOOA 3TI4A 3AXEA 4WV8A 4FOYA 3HR9A 1GLHA 4WEGA 2BQPA 1NCDN 4KS5A 2HTQA 4MJUA 3D5OA 2DVFA 4XXPA 2GDFA 3DUIA 3PMEA 4DFSA 3GALA 1LGCA 2YMZA 2E7QA 1LEMA 2D6OX 2AR6A 1V3EA 1VIWB 4FPOB 2VSMA 2ARXA 4FP2A 1HKDA 3WG4A 3AZVA 2VW2A 3KM5A 4M4NA 4PBPA 1AXKA 2DVBA 1LHNA 3AYDA 2PHXA 1SLIA 3M2MA 4XJAA 1GZCA 3GVLA 1H9WA 5EXOA 1DHKB 5GZFA 2HTUA 4GWMA 3APBA 4YW1A 4C1XA 2PELA 1NN2A 2D6NA 3TI5A 1LOEA 1F31A 1F8BA 4AGVA 2AEQA 3H6JA 1USRA 3WDYA 1B9VA 2Q5TA 3T1LA 1JYCA 3KQRA 3IMNA 3WG1A 5IK5A 4WA3A 1S0JA 3IKWA 4ASMB 2P3KA 2F10A 3OPZA 1LESA 2D7FA 3ILNA 2HTWA 7NN9A 1KITA 4CPYA 1EPWA 1V6OA 3M3OA 2F11A 2VW1A 3D12A 2D44A 1FAYA 1S0CA 1YIFA 5JVVA 4GJTA 3K38A 1MVEA 2AENA 1N1SA 1S1AA 3AZWA 5IK7A 1VLNA 3ZYPA 3SISA 5DUWA 1NMCA 1DLLA 4HANA 4XIKA 2SILA 4XTMA 2XZKA 3AP9A 2WSVA 4I30A 1Z4ZA 2C5DA 5F9TA 2RHPA 4Y1XA 4YGDA 2YV8A 3IPVA 2CWSA 2QWCA 1HLCA 5JOZA 2GALA 1OFSA 5T5PA 2P3JA 1AX0A 4FPJA 2NZ9A 4MWVA 2A6WA 5KXDA 1AX1A 2EXKA 1BJIA 1QKQA 4ITCA 3O0WA 1LODA 1QMJA 4BM8A 1VAVA 1LENA 3FUOA 4GB1A 1IS3A 2QWHA 4LBLA 1WBFA 3OYWA 3W58A 1G9BA 1WD4A 3WDTA 4MWQA 2D6MA 4Q2FA 4DS0A 2W39A 1GNHA 2F0ZA 3ILFA 3VKNA 5T50A 4AVSA 1QOTA 4UW4A 2UURA 2F29A 2E53A 1QU0A 3AZZA 3ZSLA 4QNPA 1CN1A 4LBQA 4AVTA 4BMBA 2YZ4A 1GYKA 5DG2A 2NP0A 1NSBA 1NMBN 1W20A 4FPFA 3R05A 3W09A 2DVGA 3CNAA 4BQ1A 4GA9A 3A72A 3U4XA 4Y22A 5JLVA 2GMMA 3AZYA 4FQ4A 1IKQA 1INWA 1NCCN 3B00A 1KQRA 4K21A 3MW3A 1JUIA 1B09A 5H9QA 3SANA 4PBOA 2SIMA 4LBOA 5GZCA 4R9CA 2PHUA 4FPGA 1BXHA 4GALA 2WKKA 4YW5A 1ZM1A 1W6PA 1LECA 1LU2A 2EAKA 5CB7A 2QWDA 4Q27A 2ZMLA 3AJZA 2BERA 3NWKA 4H55A 4P9XA 1DGLA 1YI7A 4K1JA 2ZABA 1LU1A 3D11A 4FOWA 2VUAA 4QN3A 4XBQA 1FX5A 1C57A 5LK5A 1ULFA 1N1YA 2YY1A 1YO8A 1GZWB 2PHRA 4QN6A 3USUB 4FPKA 1IVDA 1CQ9A 2EXHA 5GLWA 1LEDA 1PZ8A 3AJYA 2E7TA 3PVEA 2R1DA 4XILA 4M00A 5SV8A 1EUSA 3H0OA 3L2YA 2W20A 1LOFA 4XZPA 1C4RA 2C9AA 1UN1A 2QWJA 5GJ6A 5B2CA 1ENRA 2PHTA 2GNTA 4CTEA 4K1IA 1JYIA 2PHWA 3WDUA 4U36A 1Z78A 4Z8BA 1SLLA 1H9PA 2WLQA 1LOFC 2XB6C 2B7YA 2DUOA 1GICA 2DYCA 2VU9A 5FRAA 4MWWA 4M3CA 1LGNA 4KBBA 2C4AA 4U2AA 3ZXFA 3RSJA 1WW7A 1NSDA 1G9CA 1W6NA 1QNWA 4Y24A 4DQAA 1DZQA 1SO7A 3N36A 5HCBA 1G9DA 2JJ6A 1TEIA 3TICA 4FPHA 1CVNA 3I8TA 1UKGA 4JF7A 4MWRA 1JW6A 3FLRA 4NC5A 1Z0HA 1QNYA 2BATA 3NN9A 1JXNA 1NNAA 1V3BA 4R9AA 4LBQD 1WLWA 4Q26A 1DYPA 4BLJA 3V0BA 3OBRA 5T52A 2DWRA 2HT5A 2ZGSA 2EALA 2QWIA 1W6QA 4X6KA 2WNEA 1UMZA 5EWSA 2A6XA 2ZGKA 1MS1A 1QOSA 2JKBA 1WW5A 1N3PA 1FATA 3WHUA 2D3PA 2KM2A 1UL9A 3UJOA 2VH9A 3GVKA 4WA5A 4YG3A 4BPZA 4FPEA 3MPPG 4GKXA 3DGTA 4KS4A 2V5YA 1W0PA 2P2KA 4YLZA 3SNMA 3ATGA 4ATEA 1MZ5A 4XDQA 2F24A 2UWBA 4M4UA 4BBWA 1SLTA 4GZQA 3GVJA 1V6MA 1MR5A 5BYNA 4QN7A 4HZZA 2A5ZA 3ZYRA 4RA0A 1MS8A 5GZGA 1IVEA 2QWGA 4Q8LA 2LALA 1SNTA 1LOCA 1JN2P 2ENRA 3K3AA 2D6KA 4CPZA 3OGGA 3O9JA 4MX0A 1EUUA 5HCAA 3A0NA 5GLTA 1CPNA 1KJLA 2LTNA 4YGBA 2PHFA 4PQ9A 4R9DA 4XMAA 1UPSA 1F8DA 2TEPA 3OY8B 5GZDA 1N47A 1W6MA 2QWBA 3AK0A 4XJ9A 2NN8A 5IUQA 4K20A 4NCSA 1E8TA 1MS9A 5GZEA 2FMDA 3O12A 2W52A 2QWAA 1LJ7A 2A3XA 2JDZA 3HN1A 2ZBJA 2P3IA 4YM2A 4AYUA 4Y20A 3R4UA 1ONAA 3WDVA 3VKFC 3GNEA 3RS6A 1NMAN 1FV3A 4K1KA 3WG3A 2AUYA 1S0EA 2YDTA 1L7HA 2GNDA 1N3OA 3ALXA 1AJKA 4AGRA 1LHOA 4GZTA 4J9TA 2DUQA 4GWNA 3AXDA 3V0AA 2RKCA 2W5NA 1O4YA 3ZSJA 3WLUA 4YZ1A 1H30A 2GMEA 1Z4YA 1S0BA 2ZMKA 5JOXA 4HZXA 4FZHA 1W6OA 3AYEA 1E8UA 1QF3A 2ZHLA 2ZHKA 3JU4A 1AVBA 4Y1ZA 5T54A 4MC7A 1SACA 1GKBA 3CL2A 2C4LA 5DZEA 2R0FA 1A14N 2HU0A 4B7JA 4ISQA 1IVCA 5KXCA 4CRQA 3POWA 1Z4VA 2F13A 4K1YA 3M1HA 1G9AA 2I2SA 1I1EA 5H9PA 3WCRA 4CPMA 4YW3A 1V0ZA 5M1ZA 4K3YA 4XMIA 4YZ4A 1Q8PA 1C1LA 4MWJA 1N1VA 1IVGA 4HZYA 1IOAA 5E88A 2HTYA 2DTWA 1LCLA 2CL2A 1HQWA 1IVBA 4YFWA 1URXA 5E89A 4KS2A 2WT1A 2VVZA 1W1XA 3N7KA 5EYXA 4FOVA 4FPLA 4WZFA 3UJQA 2F26A 1S0IA 1A78A 2R0HA 4HZVA 4MZEA 2ARBA 4MZAA 5T5OA 3N7MA 3WVJA 3JU9A 2D6PA 2ZB6A 1V6LA 2B8HA 1U0AA 5JMCA 3O9KA 4UW3A 1AJOA 2F25A 5IK4A 3AP6A 1KDMA 3SILA 5HX0A 4P9WA 4AWDA 2YA4A 3AP4A 2GN3A 5CNAA 2FHRA 1DQ0A 5HUMA 3BIWE 3WNXA 1XOEA 4XHXA 3H71A 2DU0A 3JUUA 1IS4A 4WEFA 1WD3A 4P9YA 1QDOA 4GZPA 2V73A 3ZVXA 2JD4A 2WSUA 3IN9A 4GZOA 4W65A 3UK9A 2W38A 2CNAA 1JOJA 4YM0A 1S0FA 5JDBA 1QGLA 4GDJA 4Y20B 4R9BA 1CJPA 1SBFA 3LSEA 1MWEA 2GNMA 3Q9OA 1ENQA 1W21A 3TIBA 1NSCA 1E8VA 1ULGA 1LULA 1CONA 1IS5A 2ZGMA 3MEPA 2DV9A 2NYYA 1AXZA 1L7FA 2VY0A 3RMYA 4YM1A 4KS3A 3W59A 2P37A 1MS3A 1NNBA 2XCYA 2H0BA 4Y1YA 2CMLA 5CAZA 4XJWA 2YA5A 3D6EA 1MZ6A 2HTVA 3A0KA 1OKQA 1NXD1 4L8QA 4FQZA 4XYXA 1A4QA 3VKMA 2NM1A 1DYKA 3FFZA 1INGA 2VXRA 2VK7A 3N7LA 1BKZA 3A71A 2EF6A 1W8OA 5HUGA 4LBNA 1WW6A 2SBAA 1FNYA 1UZZA 5DUXA 3N3HA 2ZGPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DDUA 2B45X 1JH5A 2GN7A 4TN7A 1YXWA 3IPVB 4X4AA 4MVTA 4XJZA 4XFFA 3EB7A 1LHVA 4CP2A 5IVYA 3H9AA 1MZFA 3LIHA 3RZKA 5AC91 3CHXA 2BGCA 2NQYA 3LWCA 4XUPA 1OOPC 5A1FA 1MS0A 3HNYM 3PLQA 3Q8CA 1JOBA 1GSLA 2PLV2 2VW0A 2ZX3A 3LGRA 2VZPA 1Z7S1 4Q1PA 2BZDA 3MIEA 4FCAA 3K39A 2WNVB 2Y0OA 4CP0A 2C4XA 1RJ8A 2FPCA 1V00A 2OW4A 1HV1A 2VBDA 3HBKA 3MPBA 4YNIA 3RYRA 3RZZA 3ZFFB 1O8PA 2WNUB 3FLPA 3ZX7A 4DIQA 5C3SA 5LY1A 5LEJA 1V0FA 2XUMA 1IZ3A 1Y7BA 4YFZA 2AZ5A 5EYYA 1UY3A 3MW4A 5FZMA 2F27A 5EP9A 4M3MA 5ANQA 1RUD1 3VL9A 5H9RA 4OUMA 3ZYFA 2VWDA 4QQOA 4UOUA 2VO5A 5JZGA 2VNGA 3LB9A 1E57A 2ZGNA 1F5JA 3PIGA 4DRVA 4ES8A 2GC0A 3IAXA 5LBEA 2UWCA 4QN5A 2XUEA 3RJ2X 1Z4XA 1RHI2 3WQBA 4NHKA 2ZS6B 4P9IA 1NG0A 2JXAA 2YDEA 3CZJA 2HH9A 4SLIA 4I01A 1O3SA 5LEKA 2NMNA 3DPRA 5FUPA 4B7NA 2A70A 3P5BA 1IPKA 1OH4A 3LSDA 4JHTA 1PIV2 1BCXA 2FP8A 2QFEA 1AX2A 3FZ3A 1RINA 3GZEA 4OI0A 1OBNA 3B01A 5CA6A 1LTEA 1RUD3 2A3YA 1VPHA 2RM21 5IT6A 1LOGA 4PF5A 2AH2A 3OYWB 2ET1A 3W5MA 4FPCA 2ARAA 3NNFA 4ZKTB 1RJ7A 5B2DA 5FP4A 4DXSA 1BJQA 2QWKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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