4FPHA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-fluorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 191
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fphA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fphA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fphA02
1YIFA 3BIWE 2C9AA 3I8TA 1NLSA 3I4IA 4XZPA 2YA8A 4DRRA 3VKMA 5GZDA 5HCAA 1CPNA 5F5QA 4KS5A 5AVAA 1UMZA 2ENRA 3ATGA 1B09A 1NCCN 3LCPA 3NV4A 5GM0A 1LGBA 3WDUA 5KXBA 2B8HA 1ONAA 3GVKA 1GLHA 3V0AA 2A6WA 4GEZA 4HZVA 4BMEA 2XZIA 4J9TA 1V0EA 1WUVA 3AP9A 2YV8A 4ISRA 4XIOA 4YGCA 1GYKA 3ALWA 1JYCA 1Q56A 4K1YA 1HKDA 3WZ1A 2NM1A 5DG2A 5JOXA 1W21A 1LENA 2SILA 5EWSA 2HTUA 3ILNA 5T52A 1IVDA 1LEMA 5KXDA 2CTVA 3H73A 5CNAA 3IPVA 2HT5A 4XXAA 2HTQA 5JVVA 5T5JA 2E51A 2DVAA 1KRIA 1MWEA 5DG1A 1LESA 1Z4ZA 4K1JA 4AVVA 3AZWA 1IVFA 2QWGA 4HZYA 4M4NA 2QWHA 2R49A 4AYUA 5FRAA 1N3QA 2JE9A 1SLCA 5L73A 1DQ1A 1GANA 4MYEA 2WLQA 3WHTA 1S0FA 1IKPA 3AFKA 1UZZA 2AEPA 4B7QA 4YZ2A 1YYNA 4DQAA 4XJRA 4XDQA 2WT0A 2VU9A 1QNWA 4XBQA 1VCUA 4MZEA 3AYCA 1X50A 2F27A 3AJYA 1UL9A 1LOFC 3N3HA 3BEQA 3NV1A 2CWMA 4SLIA 4Y22B 2QWAA 1BQPA 1V6IA 1WD4A 2P3IA 4YZ4A 4BLJA 1WCSA 1QOSA 1SNTA 3GNEA 1V3CA 2ZAAA 3FLTA 1G9BA 2XCYA 1F8DA 1B9VA 2GNBA 3N7MA 1LECA 1LJ7A 2F0ZA 1UKGA 1UX6A 3NWKA 5IK8A 3A4UA 3R05A 1C1LA 4Y20A 3FUQA 1ENQA 2OUJA 4XHXA 2BERA 1QMJA 1AXZA 3NSSA 2NP0A 2ZGUA 3T1LA 5DUWA 1DYPA 1W6NB 4GKXA 3ALXA 4NCSA 4GWMA 1BJIA 2PHWA 2YA6A 5HX0A 5IT6A 1LTEA 1IVCA 3SITA 4B7JA 1PZ9A 3BTAA 4AGVA 4WA5A 1N3OA 4NN9A 4GZPA 2YA7A 1SLAA 4XJZA 4BM8A 1MZ5A 2NN8A 1XQNA 3AZYA 1F5FA 5CBLA 1GKBA 5DZFA 4YG6A 1LHNA 3RMXA 1IKQA 4Y24A 3SALA 4Q8LA 1DQ4A 4Q6KA 4BBWA 4WVWA 3LSEA 1W6PB 5H9RA 1V6KA 2EXHA 5JDBA 5DUXA 5CB7A 1W0OA 1W6QA 4FPGA 4U2AA 4YZ1A 1S0GA 4LBQA 3W59A 4FPHA 2ZACA 5GLTA 5B2DA 3HR9A 5DZGA 5GLWA 1KDMA 1MS4A 2DU1A 1G9AA 4XJWA 1SACA 1INWA 5KXEA 4MJUA 1HQLA 3AJZA 1ENRA 2W5OA 4ITCA 2VK5A 5JOZA 2F29A 3B9CA 3SH4A 4KS4A 2SLIA 1AZDA 2P34A 4FOWA 4FVKA 1CVNA 4HZWA 5SV8A 3K3AA 1YXWA 3JU9A 2EALA 1OQ1A 2C4AA 3APBA 3L2YA 1GNZA 2VW0A 3VKLA 3TI4A 2D7FA 1L7HA 1Z4WA 4M3CA 2QWBA 1F8EA 2H0BA 2GNDA 4ISQA 4YM3A 4I30A 1KQRA 4HIZA 4CPYA 2WSVA 4TZDA 1O4ZA 3IMNA 3UL2A 3UK9A 2ZA9A 4BLIA 3CYEA 1IOAA 2GNTA 1MVEA 4LBQB 3TI6A 1Z0HA 5JYYA 1L7GA 1DIMA 1NNAA 2OW4A 4CTEA 3H6JA 2PHFA 4FQ4A 4FPFA 2AYHA 4BOWA 4XOGA 4XIKA 3T1EA 1LGNA 2DWRA 1URXA 2DVGA 1OFSA 2CY6A 3A72A 1VIWB 4YGDA 3PVNA 3V0BB 1E8VA 4FP2A 1W0PA 2W39A 5GLZA 4YG3A 1GZWB 4BPZA 2R1DA 3WUDA 4LBJA 4WV8A 1LOAA 1EUSA 4XMIA 2UURA 1INYA 3SANA 2D43A 4B7NA 2YMZA 1HDKA 4GB1A 2F24A 2ZGSA 5F9TA 3RMYA 4FPYA 1FNZA 1W6MB 1F9KA 3AP7A 4GZSA 1CQ9A 2ERFA 2V5YA 4XXPA 3OPZA 1IVBA 4OZXA 2DV9A 3O9JA 1Z78A 2D44A 1AVBA 2VK7A 2DYCA 1FYUA 3GVJA 4XYXA 1SBDA 4XJUA 2PHUA 4FOYA 1HQWA 2YXSA 3WVJA 1ULCA 4FOVA 3T1MA 1V3BA 3M1HA 2JE7A 4WEGA 3NV2A 5T5OA 1SLBA 1E8TA 2AGSA 2GDFA 1V2IA 2GN7A 1WBFA 1S0JA 2LTNA 1E8UA 4K1IA 4WEFA 2ZMLA 1QNYA 2ZGOA 4CPOA 4MX0A 4GDIA 5H9SA 3JUUA 1V0FA 3A0NA 4LBOA 4LBMA 1QGLA 4PQ9A 1DQ5A 2AREA 3TB0A 1DQ2A 4ATFA 3HN1A 1FATA 2D3RA 2OUHA 4YFWA 2D6OX 3GALA 4RA0A 1DBNA 4GKYA 2E7TA 4Y22A 3OY8B 1BKZA 1INXA 1G8WA 1MS5A 2SIMA 4B7RA 2PELA 1USRA 4GA9A 4NOTA 4MWVA 3VKFC 1D2SA 3AYAA 1JOJA 1LCLA 3TAYA 2D6LX 1DLLA 2P3KA 4P9WA 4BMBA 1DQ0A 2A6YA 3IM0A 1I1EA 3OYWB 4P14A 2ZB5A 1G9CA 1JW6A 2ZHNA 5BYNA 1LOFA 1VLNA 1FX5A 4DFSA 1WLDA 4XJ9A 4L8QA 1IVGA 2BZDA 1APNA 4HANA 2UWAA 5HCBA 2YROA 2ZABA 1B9SA 1N1YA 1SCRA 1W6NA 3H0OA 3FUOA 2VUAA 1OKQA 3B69A 4XTMA 4K21A 1KITA 2EXKA 1DZQA 2A5ZA 1QOOA 4DPNA 1V3DA 4FZHA 3GVLA 1Q8VA 4Q2FA 1LU1A 2CNAA 3WV6A 2YA5A 1V0ZA 1UZYA 4M01A 1QKQA 3R4UA 2ZGPA 1CESA 1UN1A 4R9BA 3D11A 3O0WA 5DZEA 3D6EA 3WLUA 4YFZA 1SFYA 3A0KA 1AX0A 2R1BA 3ASIA 3AX4A 5NN9A 1JUIA 1W6PA 4QN3A 3WCSA 2VSMA 4P9XA 4AWDA 2ZHMA 2HYKA 3INAA 2EXIA 1W1XA 3TICA 3WDWA 4F83A 2A6ZA 4Y1ZA 2UWBA 1RIRA 3AYDA 3M2MA 4GWNA 3WDXA 1N1VA 4JRAA 5HUNA 3N7JA 5HCFA 1ZA4A 2VSKA 4K1ZA 2RKCA 1V6JA 3C2UA 1CN1A 2DVBA 1IS3A 5E88A 3POWA 4MZAA 2UWCA 5IK7A 1G9DA 4HL0A 3M3QA 5E89A 5DXDA 3SH5A 3V64A 4FPJA 2A70A 3TI5A 1SBFA 1ULFA 4K1KA 4FP3A 4JF7A 1GZCA 2Z42A 4YW5A 3WG3A 3ZXFA 4FPKA 1ZM1A 3ZVXA 2KM2A 3WG2A 1S0IA 4QNPA 4TYSA 5JMCA 2D6PA 4PBPA 1WW7A 1NNBA 1S1AA 2TEPA 4FOQA 2NMNA 1V6LA 2AH2A 4Y1UA 4PBOA 1H9WA 1LODA 3QLQA 1YO8A 2B7YA 1LGCA 3R4SA 3A71A 2Q5TA 4QN7A 1WW6A 2WT2A 3RSJA 2XZKA 2ZKNA 4QN4A 4CPMA 4UW6A 4CZSA 4NO4A 4M3CF 2ZZJA 3MW4A 1QDOA 1LHOA 2RHPA 3TIAA 1MACA 3FFZA 4UW4A 2WNEA 2ZMNA 2NZ9A 1S0DA 2ZBJA 1FV3A 1C4RA 4X47A 5JOWA 4ZXKA 1Y7BA 2F12A 4Q26A 1GSLA 4PF5A 1MS0A 1EUTA 4X4AA 3INBA 1Q8PA 4GZWA 2W08A 1BZWA 3AP4A 3B00A 4XMAA 2A75A 1INFA 3ZYRA 3V0BA 2GMPA 3FLPA 5GZEA 1GZWA 1CJPA 1C57A 3AXDA 4CPZA 2EAKA 1EUUA 1JXNA 5GJ6A 4YW3A 1DFQA 1N1TA 5CAZA 1I3HA 3K37A 1AX1A 1GBGA 1NXD1 4XJ8A 1R1ZA 3AZVA 1W6MA 4AGRA 2ZGKA 1A14N 4GZTA 2CYFA 2CL2A 1IVEA 4GJTA 1HLCA 2NMOA 5T5PA 4KS3A 3D12A 4Q1RA 4M3MA 4YW2A 2G4IA 1NMCA 3N36A 4FJ6A 5IK5A 2HTYA 1ULDA 4MWQA 3AK0A 3WG4A 4GDJA 2ZGQA 3M3OA 2NYYA 1SO7A 2ZHKA 4YM0A 2P2KA 1LOGA 1N3PA 1LHVA 4LBQD 1H30A 4XTPA 3VKNA 4DGRA 1AJOA 2VW2A 1AJKA 1TEIA 3IN9A 3SH3A 1WLCA 1A78A 4Q8KA 2W52A 1JHNA 3CL2A 3VV1A 1A3KA 1Q8SA 5HUGA 3AZXA 2VK6A 3CKZA 3D4KA 3B01A 2WJSA 1LHUA 1LOEA 2WSUA 4DS0A 4YLZA 2W5NA 2W68A 2P3JA 4MJVA 2ARBA 3AP5A 4M4VA 1INHA 4JC1A 2QWJA 1V3EA 3RG0A 4AVTA 4MWLA 1QOTA 3OY8A 3DUIA 1WBLA 2XG3A 4ZKTB 3LSDA 4GZOA 3DGTA 2BATA 3H71A 4M4UA 1GNHA 4WVVA 3SILA 2WQZC 4JCKA 3WCRA 4QN6A 1QF3A 5B2CA 1V00A 3H72A 2VW1A 3MW3A 1W8NA 2GMMA 3OYWA 1N47A 4YW1A 1WD3A 3V65A 1Q8OA 5M1ZA 4CRQA 2ZGLA 1V6MA 5GZFA 1JBCA 3AZZA 4ASMB 5T50A 2ES3A 3ZXKA 2YA4A 2BQPA 2DURA 4GALA 1VAVA 1NSCA 2AENA 4X6KA 2A71A 1LOCA 1UAIA 3WDTA 3OGGA 3WDYA 4R9AA 3PVOA 1U0AA 2D6KA 3CL0A 4XJAA 3O0VA 1ULGA 2D6MA 1VCJA 2F28A 2JJ6A 1NSDA 4R9CA 2DVDA 5E8AA 1F8CA 1W20A 1CR7A 2R0FA 2V73A 1MZ6A 2A3YA 3ILFA 3VUOA 2JKBA 4XHBA 4MWRA 3ZXEA 2BF6A 1SLTA 3ZSMA 4K20A 1D0HA 2PHTA 2SBAA 4C1XA 2YY1A 3D5OA 4UF7A 4Y1YA 3QCWA 5GZCA 3RS6A 4MWUA 2YDTA 5H9QA 2HT7A 1AXYA 4YM2A 1FNYA 1AF9A 4NC5A 4P9YA 5LK5A 4YW4A 2YDPA 5CA6A 3ZSKA 4GXLA 2VH9A 3OBRA 3WG1A 2VWDA 3JU4A 2ZMKA 1WW5A 5HUKA 5GZGA 1GZ9A 2F26A 1Z50A 1Z4XA 1B9TA 4YZ5A 1JN2P 2HU0A 2F10A 3K36A 3USUB 1NMAN 4Y1VA 1G7YA 4M00A 3CNAA 2PHXA 2QWIA 2QWFA 2E6VA 2C4LA 3RRDA 2DUPA 3ZYPA 1Z4YA 4QN5A 4C1WA 4H52A 1NCBN 1PZ8A 1W6OA 3MW2A 4KBBA 2I2SA 4LBNA 2CWSA 1WLWA 1A4QA 1CIWA 2DUQA 2DTYA 3N7LA 2QWCA 4WA4A 1WCQA 4HZXA 3V0AB 3ZSLA 1MVQA 2D6NA 4HZZA 3U4XA 2E53A 2GALA 3MPPG 4MWJA 4W65A 2UU8A 1NCAN 3TI8A 1QU0A 3N7KA 1IS6A 5T55A 3PVEA 4Q27A 1JYIA 3W58A 3OJBA 2XZJA 5DUUA 4FVVA 3O12A 1NCDN 2A6VA 5FREA 1W8OA 5IUQA 1F8BA 3IPVB 3ILRA 4YG0A 1H9PA 1VALA 3BOPA 4YM1A 4GZQA 5GLUA 2A6XA 3M3CA 4MWWA 1DQ6A 1LHWA 1RITA 1INGA 3SNMA 4FPOB 2JDZA 1LEDA 1NN2A 3KM5A 2JECA 1S0EA 3ZXLA 1G86A 4D69A 1XOEA 3SLIA 1BYHA 1BXHA 3TI3A 2ARXA 1W6OB 2EXJA 1IS4A 1J1TA 2GN3A 2VY0A 3K39A 4RL7A 1FAYA 4WA3A 4UW3A 4UW5A 4K3YA 3TIBA 1DYKA 3ZXJA 1A8DA 2JD4A 2W38A 1NNCA 1Q8QA 2ZGMA 2GNMA 1SLIA 4FQZA 2E7QA 3PJQA 3FBYA 3FLRA 2HTWA 3WHUA 4R9DA 1ULEA 1S0CA 4XJQA 2XB6C 1SLLA 7NN9A 4H55A 2D3PA 3MEPA 3WOGA 2GMEA 1NMBN 1V6NA 1SBEA 1KDKA 4B7MA 1GV9A 3OBTA 5EXOA 1DGLA 1UPSA 3B7EA 2R16A 4I00A 1WW4A 1MS9A 4Y20B 2ZGNA 4FPCA 1DILA 1DIWA 5IK4A 2C5DA 1FV2A 3AXEA 2VXRA 3ZPYA 3SISA 2YZ4A 4LBLA 3WDVA 4PCRA 2FHRA 2F11A 4GZXA 2ZGTA 2LALA 2X9MA 4WZFA 3O9KA 3NV3A 2R0HA 5DUVA 1QDCA 1L7FA 1VAMA 3NN9A 1LU2A 5KXCA 4YGEA 3IKWA 1O4YA 3POSA 2QWDA 4Z8BA 1LOBA 4H53A 5JLVA 1A4GA 1USXA 3POYA 2VVZA 1MS8A 2HTRA 2WT1A 4LBKA 1CPMA 3RQ0A 4D8SA 5H9PA 2ZGRA 1BJQA 2F25A 3ZSJA 4MC7A 3UJQA 1MR5A 3B3QE 1W6QB 1Z4VA 2ZHLA 1AX2A 6NN9A 4IQPA 1KJRA 2DUOA 2AEQA 3W09A 1YRZA 3AP6A 2HU4A 3WNXA 1N1SA 1LULA 4AVSA 4XE9A 3KQRA 4FPEA 2A3WA 4CPNA 2P37A 3T2TA 2QWKA 3O5SA 5EYXA 4Q1PA 4FPLA 4ATEA 4Y1XA 5EYYA 4Y26A 4XBLA 2OVUA 2AUYA 2EF6A 3AYEA 3O0XA 5HUMA 2CMLA 1AXKA 3M3EA 1GICA 4X49A 4DRVA 1IS5A 2F13A 1YI7A 3Q9OA 2AR6A 4AGGA 1G9FA 3VKOA 1RINA 3BODA 4YGBA 3ENRA 1MS3A 3PMEA 1EURA 4K1HA 2DTWA 4MWYA 1ENSA 2DU0A 3WUCA 2DVFA 1NSBA 1S0BA 4MWXA 1DHKB 4CPLA 2D3SA 4M3CB 2QWEA 4M3CE 2WKKA 2HTVA 4XILA 4KS1A 4YZ3A 2ZB6A 1XOGA 3K38A 3USUA 2HT8A 4BQ1A 1MS1A 2A3XA 1CONA 1EPWA 4U36A 3UJOA 1C1FA 2A7AA 5T5LA 2PHRA 1PZ7A 3HMYA 3N35A 2W20A 1INVA 5GALA 1KJLA 5GLVA 2FMDA 1V6OA 5T54A 5JOYA 2EIGA 1F31A 4XBNA 4KS2A 1SCSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UY0A 1YIFA 2Z5WA 3VBHB 2JDAA 3BIWE 5JIAA 4BIFA 5KWRA 3HNMA 3ZKYA 2C9AA 2BFUL 3I8TA 5BNNB 1NLSA 3I4IA 4XZPA 1CAUB 5BNPB 1Z7S2 1QJY1 2YA8A 1V9U2 4ET7A 4DRRA 1NPEA 1O8PA 3VKMA 5GZDA 1UY2A 5HCAA 1CPNA 3GDBA 5F5QA 1ZI0A 4RN5A 4KS5A 5FKCA 1X8EA 2PHDA 4Z2AA 4EWAA 4QU2A 5AVAA 1UMZA 2ARAA 5K0UB 3RZKA 5A32A 1AUYA 2ENRA 3ATGA 1B09A 1NCCN 4IEZA 3T2PA 1N7DA 3K4DA 3LCPA 4OHWA 3EHKA 3FJSA 1ND3A 3FE5A 3NV4A 4QX2A 4YNIA 5GM0A 3RWNA 1LB2A 3BVCA 1LGBA 3WDUA 1V0AA 1REEA 4FBFA 1CJDA 2VBPA 4RR3B 4YPJA 1VPHA 5KXBA 2VCAA 5FPBA 2B8HA 5E16A 1ONAA 1QJZA 2LROA 1XNDA 3GVKA 2RS12 2WNUB 3ZYIB 1GLHA 3V0AA 1W9TA 1AHSA 1CAXB 2X05A 2A6WA 4GEZA 4HZVA 1RHI3 2XGXA 4KWJA 2VNOA 4WVMA 4BMEA 1GOGA 4N90A 4D7YA 1V0EA 3D0JA 4Y4RA 2PMWB 4JGYC 1WUVA 1UY1A 2AACA 2EIBA 4BK5A 3AP9A 2D97A 5FMDA 4D52B 2YV8A 3WX5A 4ISRA 2QNKA 4LO7A 3HQRA 4KS2A 2VZUA 1IZ3A 4LK6A 2ZX2A 4PWZA 4XIOA 4LOSA 4YGCA 3H8RA 2JB8A 3ES4A 1GYKA 1PIV2 4CCKA 2MEV1 3ALWA 1JYCA 1K3IA 1Q56A 1O3QA 4K1YA 5CKNA 4BA6A 3KSCA 5BNOA 3B5LB 1SHWB 4GJZA 3BIEA 5JPNB 4CDXA 1HKDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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