4FPYA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-bromobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpyA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpyA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpyA02
5JVVA 3MEPA 1HQWA 4XJQA 5HUNA 2DTWA 4UW5A 1KRIA 1Z0HA 2C4AA 1A3KA 1BKZA 3SH4A 3NV3A 4YGCA 3IN9A 4JCKA 2GALA 3SH3A 5HUMA 1LOEA 1UX6A 2VW1A 4BPZA 4MWJA 5GZGA 2YV8A 4L8QA 4P9YA 1ZA4A 3RMXA 1B09A 1DIMA 1CR7A 2B7YA 1MS8A 1LOFC 3DUIA 2ZAAA 5GLVA 4K1ZA 2HT5A 4MC7A 1AXYA 2WT0A 4TYSA 1WW5A 3IKWA 4NO4A 2NMNA 2CWMA 2PHXA 3WHUA 1VCJA 4WA4A 1A4QA 2ARXA 1GV9A 3ZXKA 2PELA 4R9AA 1DQ6A 4YM3A 4DS0A 3POWA 1IS3A 2UWCA 1GKBA 1Q8PA 1ENSA 2Z42A 1FV3A 2A6VA 2F24A 3R05A 2H0BA 5IK4A 3PVEA 1MACA 2UWAA 1FYUA 2TEPA 3AJZA 2GNBA 4Y1VA 2JDZA 4FVKA 5HCAA 4LBMA 2PHTA 1KJRA 2A70A 3B69A 3PJQA 4AWDA 1ENQA 2ERFA 4MZEA 4X4AA 3ZYRA 3AFKA 3ZSLA 1S0JA 3ZPYA 4Q6KA 1G9FA 5DUXA 1QF3A 4Y24A 3IMNA 2ZMLA 2GMPA 2ZGNA 3WDYA 1AZDA 4XJ8A 2F29A 1JBCA 4YW1A 5T50A 3LSEA 4KS4A 1LODA 1NNCA 2VXRA 5GZCA 5HCBA 4D69A 5JOYA 2HTWA 1MR5A 2HU4A 3SLIA 1W0PA 1XQNA 2P3IA 4Y22B 5IK8A 1QNWA 2C4LA 2F13A 1INWA 1B9SA 4MWVA 3V0BA 1MS0A 5F5QA 3FFZA 3HMYA 5JOWA 2A3YA 4H55A 2ZGQA 3M2MA 3AP7A 4FOVA 1V00A 1DIWA 2VW0A 5T5JA 4DRVA 1O4YA 2R0FA 5KXDA 4UF7A 1KJLA 2NN8A 1AX1A 3AX4A 1YI7A 2R1DA 1INYA 4XBLA 3A71A 1F8EA 1Z50A 3BOPA 1LOCA 1VALA 3BTAA 2QWGA 4HL0A 4M00A 1BZWA 1GSLA 4K1YA 1ULEA 4HZZA 1ENRA 4CTEA 1HLCA 4GZSA 4YM2A 4YW3A 4MYEA 4CRQA 1IS4A 4Y1XA 4FZHA 2HTVA 2GNMA 1W6QA 2ZGPA 3UJOA 4NC5A 5GALA 3M3QA 4SLIA 4XYXA 1CN1A 5IK7A 1VIWB 1INVA 2FMDA 1F8BA 2QWDA 2VK7A 4FQ4A 5CBLA 1MZ5A 1PZ8A 4X47A 4GZXA 1S0IA 4XXAA 3O0VA 3ILRA 5T55A 2VY0A 1V0FA 4R9DA 1F5FA 2PHFA 2BF6A 2QWBA 2JE7A 1W6MA 3PVNA 4FOQA 4B7MA 1CVNA 1INHA 3MW4A 1GYKA 3VV1A 1EURA 4K21A 2PHUA 4Y1UA 4B7NA 1G9AA 1YO8A 2A6WA 3LCPA 1WUVA 4GKXA 1PZ7A 1GANA 4WEGA 4GKYA 3FUOA 2GMMA 4DPNA 2OVUA 2W52A 2CL2A 4XJUA 2D43A 1NMAN 2PHRA 1NMBN 1S0BA 5FREA 2EXKA 3TIBA 1EPWA 3M3CA 1HQLA 1UMZA 1TEIA 1LTEA 5E88A 3ZXEA 5HCFA 2SILA 3O0WA 2ZBJA 3TIAA 3K36A 2VUAA 4LBKA 4FP2A 2XG3A 1JW6A 4KS1A 1MZ6A 2UURA 5IUQA 4WA5A 2G4IA 2ENRA 1S0EA 1FAYA 1NLSA 4K1HA 3PVOA 2W38A 1LEMA 2VWDA 2E7QA 2R0HA 4Z8BA 3ILNA 3RSJA 2EIGA 1MS1A 4YZ4A 3T1EA 5M1ZA 2GN3A 3ENRA 2AEPA 3AK0A 3VKLA 3OGGA 2ZMNA 3L2YA 3AZVA 4Y26A 5DZFA 4R9CA 1EUTA 4YZ1A 1WD4A 4K3YA 4U36A 1JHNA 4YFWA 2ARBA 5F9TA 1AXKA 3AZXA 5CA6A 4J9TA 5CNAA 3APBA 2XB6C 2D3PA 3CKZA 2WSVA 1G8WA 2ZHLA 4BMEA 3N3HA 4M4VA 2DUQA 3ASIA 4GJTA 4NOTA 4FPKA 3UK9A 5H9PA 4XDQA 1QDCA 4BOWA 2UWBA 1LOBA 5DUUA 5GZEA 2YA5A 1LHWA 3OBRA 2ZHNA 1IOAA 1MWEA 1SBFA 4Q27A 1V2IA 3B9CA 2X9MA 3D6EA 1SLTA 3B7EA 2NM1A 3FLTA 4FPHA 2AH2A 1N1VA 1LEDA 5DUVA 4FPOB 3D12A 4B7RA 1X50A 4MWWA 5SV8A 4FPGA 2AREA 1SLIA 1WLWA 1AX2A 2D6OX 2NYYA 3SISA 4LBQA 1N3PA 5E8AA 1JYIA 2CTVA 4M3MA 4JRAA 3M3EA 3UL2A 1W6QB 1NSBA 3LSDA 1WW7A 5DG2A 4C1XA 3K3AA 4ATFA 4WZFA 1DHKB 1VAVA 4AGRA 3POYA 4WVWA 3INAA 4YG3A 2XZIA 1LCLA 1UN1A 3WG4A 4MJUA 1SNTA 2W5NA 2JJ6A 1INXA 4CPYA 2DUPA 4M4UA 4XHBA 5HUGA 4YLZA 1F9KA 3M1HA 4WEFA 1UL9A 2EXIA 1W6NA 3WCRA 4HZWA 4NN9A 5JLVA 3ZSKA 1LOGA 1W6MB 2YA6A 4YGBA 4Y1ZA 3INBA 3ALXA 3RG0A 4P14A 3NSSA 1ULDA 3AXEA 2HU0A 2DU0A 1QDOA 3R4UA 2A75A 3BEQA 1SBDA 1UPSA 2LALA 2DVDA 2DURA 1V0ZA 4QN7A 2NZ9A 3WG3A 2F25A 1I3HA 2I2SA 1CQ9A 5CB7A 2YY1A 2WQZC 3AP9A 1E8UA 4C1WA 2OW4A 1F8DA 4XMIA 4GXLA 2D44A 4D8SA 2AEQA 1UZYA 1JN2P 2JE9A 1DQ4A 4DQAA 4Q8LA 3T2TA 2QWJA 3GNEA 3UJQA 3OY8B 3VUOA 1Q8QA 3OJBA 2F28A 4FPEA 1NCBN 1R1ZA 5T5LA 1ULCA 2CY6A 2VK6A 3TI4A 1FV2A 3WG2A 1CONA 1NCDN 1WW6A 2LTNA 2HT7A 1Y7BA 2Q5TA 4XJZA 2HTQA 4CPOA 3WLUA 3RS6A 1U0AA 1W8OA 4GZOA 4MWRA 4DGRA 1BJIA 1MS3A 3AYEA 3O0XA 4GB1A 3RQ0A 1IKPA 4ITCA 1IVGA 3BODA 2ZA9A 4GDIA 4BLIA 2UU8A 4HZVA 1V6MA 4MWLA 3NV1A 4M3CE 1G9BA 2SLIA 3GVLA 3K38A 1QKQA 1B9TA 1DQ2A 1VCUA 1V6IA 2F27A 1A78A 3AZWA 2VVZA 2EALA 3FBYA 4KS3A 1CPMA 3SNMA 2YDTA 4XBQA 1NN2A 1J1TA 3TAYA 4XTMA 2P3KA 5EXOA 1Z4WA 2HTUA 2QWCA 4XIOA 4ZXKA 3B01A 2OUHA 1N3OA 3ZSMA 1N1SA 4BM8A 1D0HA 1FNYA 1O4ZA 3USUA 3AZYA 5KXEA 4FPJA 3ZYPA 4XJRA 2WT1A 1A14N 2OUJA 1GICA 1QOOA 1E8TA 1W8NA 1VLNA 1NMCA 4YZ5A 1USRA 2XCYA 1DQ5A 2F10A 2GMEA 3KM5A 1Q56A 3MW3A 4XOGA 1Z4VA 4I00A 1GLHA 2BATA 1RITA 1JXNA 4BQ1A 4WV8A 1QU0A 4LBQB 3H71A 2ZGSA 3HR9A 2F11A 1EUUA 2D3RA 3B00A 5EWSA 3N7JA 2RHPA 2WJSA 4R9BA 3W09A 1MVQA 5JOXA 2CMLA 1A8DA 1KDMA 2A7AA 5H9RA 3N7MA 4DFSA 3JU4A 3CL0A 2YMZA 4P9XA 2JECA 1Z4YA 5GLUA 3C2UA 1DLLA 1YYNA 4DRRA 1INFA 5HX0A 1LECA 2GN7A 2DVFA 1C1LA 4OZXA 1S0GA 2W68A 3MW2A 3AP5A 1W6NB 4M01A 4Y20A 4XE9A 3CL2A 1W0OA 5DZGA 1EUSA 2GNDA 1V6KA 3DGTA 4FVVA 5NN9A 5LK5A 1L7FA 2VSMA 1IVDA 2WT2A 1AXZA 4YGDA 1AVBA 2EXHA 1SLBA 3N7LA 3WHTA 1E8VA 1IVBA 1DYPA 1Q8SA 1AX0A 2C9AA 1WLDA 2A6ZA 5CAZA 1DGLA 2QWIA 4MJVA 1DQ1A 3V0AB 3OY8A 2R49A 5T54A 5E89A 4K20A 1JYCA 1DQ0A 1WBLA 1USXA 1OQ1A 2YROA 3AYCA 4CPMA 4FPFA 1NNBA 2DWRA 3WZ1A 3W58A 1SFYA 4BBWA 2V5YA 3AP4A 2SBAA 1V0EA 2YA7A 4Q8KA 2GDFA 2ZGUA 5EYXA 3H72A 1INGA 4Q1RA 1N3QA 2CYFA 1MVEA 4B7QA 4ASMB 4YG0A 1IKQA 1YRZA 2ZKNA 1GZCA 4AYUA 1NSCA 2R16A 4BMBA 1WCQA 4FPCA 2A3WA 4I30A 2E7TA 1LU2A 1GZWB 3D4KA 1WCSA 3TB0A 5KXCA 5GJ6A 3D11A 4K1KA 4FQZA 2JD4A 2ZGMA 2C5DA 3ZSJA 2WKKA 4NCSA 2GNTA 2P34A 1A4GA 1SLAA 4FPYA 1BYHA 1WW4A 2WSUA 3KQRA 4CZSA 4ISRA 1S0FA 4AVTA 4Y1YA 1W6OA 3N35A 1V6JA 1XOEA 3H73A 4FP3A 3OYWA 3OBTA 1WBFA 4PQ9A 4K1IA 1DILA 2YXSA 5GLZA 2WLQA 4UW3A 1W1XA 4F83A 2F0ZA 2CWSA 1DYKA 3USUB 4GZTA 1CJPA 3O5SA 4YM1A 4GDJA 5GZDA 3SILA 3SH5A 4UW4A 3ALWA 2VH9A 4CPLA 2AGSA 3O9JA 4KS2A 1IVCA 2QWFA 1Q8OA 4PCRA 2RKCA 2AR6A 3IPVA 4PBOA 2AUYA 3H6JA 4MX0A 1V3BA 3TI3A 4FPLA 1BQPA 1LHUA 1W20A 1XOGA 1UZZA 4JC1A 3WUCA 1APNA 1HKDA 1KDKA 4LBJA 1SCSA 2DVGA 4X6KA 3VKMA 3SANA 1S0CA 1ZM1A 2QWHA 2DYCA 3NV2A 2EAKA 1FNZA 3FLRA 1GBGA 1WLCA 4HZXA 1L7HA 1VAMA 3N7KA 4XJAA 2HTRA 4QN5A 2DTYA 2DV9A 3TI6A 3U4XA 3AYDA 4Y20B 4AVVA 3QLQA 1JUIA 1C1FA 5B2DA 4K1JA 3I4IA 1WD3A 4XJWA 2DU1A 1LU1A 1Q8VA 4M4NA 3GALA 2A6YA 2P3JA 3IM0A 5H9SA 4M3CB 3D5OA 3WV6A 1G9DA 3PMEA 2NP0A 3AZZA 3V0AA 3WVJA 3O9KA 4MWQA 1SACA 3ZXFA 3JU9A 4CPNA 2D6NA 1HDKA 1CPNA 4P9WA 1G9CA 2ZGTA 3A4UA 4XJ9A 1IVFA 5L73A 1Z78A 2ZHKA 2VW2A 1V6NA 3WUDA 2VU9A 1QOSA 4RA0A 4MZAA 4GA9A 4GALA 1I1EA 3WOGA 4U2AA 1ULFA 1W21A 4XILA 2D6LX 1LOAA 2A71A 3OPZA 4MWXA 1SLLA 1OKQA 1QGLA 3O12A 7NN9A 3H0OA 2BZDA 1N1TA 1QMJA 1QOTA 2AYHA 1V6OA 2HT8A 4YW4A 4FJ6A 3FLPA 1LHOA 1H30A 4YG6A 2BERA 1LOFA 5IK5A 2CNAA 1W6PA 5FRAA 1N47A 1C4RA 1CESA 1DFQA 2A3XA 1GZWA 2SIMA 5HUKA 2YA8A 5KXBA 3GVJA 3V65A 3POSA 4GZWA 1QNYA 4AVSA 1B9VA 2ZGRA 4MWYA 4KBBA 3WG1A 2VK5A 5DUWA 6NN9A 2VSKA 5GLTA 4IQPA 3MPPG 1MS9A 5JMCA 3JUUA 3WDVA 1LHVA 2E6VA 5GM0A 1W6OB 2ZABA 2KM2A 2QWKA 4B7JA 3OYWB 3VKOA 1Z4XA 2YA4A 3WDUA 2A6XA 4Q1PA 2F12A 4XZPA 1AF9A 5DXDA 1SO7A 1JOJA 3A0KA 2D6PA 3ILFA 1LJ7A 1NCCN 1SBEA 3SALA 3CNAA 4GEZA 2EF6A 2XZJA 1FATA 4Q2FA 1GNHA 3ZVXA 2PHWA 4YGEA 2WNEA 1AJKA 4XIKA 1V3CA 5AVAA 1PZ9A 3ZXLA 2V73A 1URXA 1MS4A 3Q9OA 1V3EA 2ZGLA 4FOYA 4KS5A 1G86A 4W65A 4X49A 1BXHA 3AYAA 1OFSA 3TI8A 3AXDA 2YDPA 2ZGKA 2D3SA 3IPVB 3GVKA 3WNXA 4H53A 1RIRA 2ZB5A 5T52A 1LGBA 3I8TA 1UAIA 3WDTA 2AENA 1LGCA 2F26A 4QN6A 4YZ2A 2ZZJA 1G7YA 1GZ9A 5JYYA 1LGNA 4M3CF 2QWEA 4HIZA 2DVAA 5B2CA 1ONAA 5T5PA 1KQRA 5BYNA 3CYEA 5JOZA 1AJOA 5H9QA 3ATGA 4YZ3A 4XMAA 4QNPA 3SITA 2XZKA 4XXPA 4CPZA 4GWNA 4UW6A 1YIFA 4PBPA 3FUQA 2W39A 3NV4A 1V3DA 2ZGOA 3T1MA 4AGVA 2FHRA 4M3CA 1H9WA 4HANA 3W59A 1S0DA 1NXD1 3A72A 3WDWA 2E53A 3NWKA 4WA3A 1V6LA 2P37A 4YFZA 3K39A 2W08A 2QWAA 4Q26A 4YM0A 3B3QE 1FX5A 2JKBA 4WVVA 1IVEA 3ZXJA 1IS5A 3T1LA 4TZDA 1LULA 2ZACA 3HN1A 1C57A 3RMYA 4H52A 2W5OA 3TICA 1DBNA 2DVBA 3VKFC 2HTYA 5GLWA 3VKNA 1LESA 1F8CA 4AGGA 2D6MA 4JF7A 4QN3A 1NSDA 2HYKA 1F31A 4LBNA 1MS5A 2YZ4A 1S1AA 1NCAN 3WDXA 3N36A 1D2SA 3A0NA 1IS6A 1W6PB 2D6KA 3QCWA 2A5ZA 3BIWE 1DZQA 4HZYA 1GNZA 4XTPA 2E51A 4ISQA 3NN9A 1RINA 1SLCA 1UKGA 4Y22A 3AP6A 4YW2A 4RL7A 5GZFA 3RRDA 2ZMKA 4LBQD 5T5OA 4BLJA 4MWUA 2B8HA 4GZPA 5JDBA 1NNAA 2ES3A 2P2KA 2ZB6A 3V0BB 4XBNA 4QN4A 1L7GA 2D7FA 2BQPA 5EYYA 4YW5A 3TI5A 4PF5A 5DG1A 2DUOA 1KITA 4XHXA 5DZEA 4ATEA 1LENA 2NMOA 5IT6A 3V64A 1SCRA 1H9PA 1BJQA 3M3OA 4GWMA 4ZKTB 4LBOA 1YXWA 3K37A 4FOWA 2R1BA 1N1YA 2EXJA 1Z4ZA 3R4SA 2W20A 1CIWA 4GZQA 1LHNA 3AJYA 4LBLA 1ULGA 2ZHMA 3WCSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BEV1 5JVVA 4QX7A 5C8CA 4D52B 3MEPA 3ZYJB 2F4PA 2RG4A 1HQWA 3JZVA 4QKDA 2VTFA 1YLLA 1CD3G 4OQ9A 4K8RB 4XJQA 1W2OA 1ZZ7A 4XFCA 5F72C 2WS93 3WQ0A 5HUNA 1LR5A 3SCHA 2DTWA 4DY5A 1O91A 4AI1A 1XB9A 2ZEYA 4JAAA 2GH8A 3C7HA 4UW5A 5FUNA 1KGYA 1Y9GA 3WP3A 3WN7A 4SBVA 5KHKA 1CAVA 4GJZA 4O7XA 3SEPA 5EQUA 1JTZX 1F15A 1Z0HA 3S5QA 1KRIA 2C4AA 1A3KA 2WNOA 1BKZA 4PT6A 4PIYA 2WO3A 2E31A 1POQA 3SH4A 3LI3A 2VM9A 3TNPB 5FZ0A 3T2PA 4BJ0A 3NV3A 2Q8OA 3ECQA 1GUIA 2XUEA 4DY3A 3KS7A 4YGCA 3IN9A 1XJAA 2WS92 4JCKA 1YJLA 2GALA 4MLOA 3SH3A 4OUEA 2IAQA 4UF0B 1ODNA 3ELNA 1ZREA 5HUMA 1LOEA 1UMIA 1UX6A 2VW1A 3ZXAC 4MX3A 4BPZA 4XF0A 5JIUA 2IASA 2VOWA 1XE7A 4DXTA 4G3NA 4MWJA 2W2IA 2VZVA 4GWIA 4S2FA 5FYZA 1QEXA 5GZGA 4AOCA 1DGWX 1SMVA 1X9PA 2YV8A 4L8QA 1ZA4A 4P9YA 1ND3A 3WD5A 4QXBA 4B29A 3WW3A 5FYUA 3RMXA 4GN7A 4QXCA 1PMJX 1B35B 1B09A 3DPRB 2BNMA 1DIMA 2EIDA 2GSYA 4IEOA 4COZA 2WQ4A 1CR7A 2B7YA 4AZZA 4KG8A 1MS8A 2R30A 4CDQB 3LF7A 4AHYA 1ZRRA 1TQ5A 4L11A 5I0TA 1IPSA 4EWAA 1LOFC 2PA7A 2ADDA 3DUIA 2ZAAA 5CFDC 2GVXA 3KHCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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