4FQ4A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(4-fluoro-3-methylbenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fq4A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fq4A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fq4A02
2DU1A 3AYEA 2A7AA 2HTVA 1W20A 4WVWA 4LBQB 4P14A 1HDKA 4GA9A 2HTUA 4MWLA 2V73A 1N3PA 3PMEA 1W1XA 2RKCA 3WG1A 2B7YA 3NSSA 2ZGKA 2VW1A 4AGRA 4MJVA 3VKMA 3IMNA 1F8BA 3APBA 1O4ZA 1VLNA 3AZZA 3RS6A 1R1ZA 4OZXA 1LESA 3D5OA 1NMCA 1AX0A 4Y1VA 1LEMA 1W6OB 2Z42A 2HT5A 4FVKA 4MWXA 2W08A 2WLQA 3N7MA 3BOPA 5M1ZA 2P3KA 1F8CA 4KS2A 1G9DA 1Z0HA 1KRIA 4FOWA 3OJBA 1KITA 3MPPG 1X50A 3ZXFA 4ZKTB 3ZXLA 1DHKB 1QF3A 1OKQA 1V6JA 3U4XA 5DUUA 1ZA4A 4B7NA 4LBJA 2UWAA 1GYKA 4UW6A 2ZGTA 1KQRA 1IKPA 4J9TA 3ZSLA 4B7JA 2G4IA 3AZVA 3H72A 4P9YA 5FREA 5H9SA 2GN3A 1SFYA 4BLIA 4CPMA 1GNZA 4GZSA 2R1BA 2VY0A 5GM0A 4K1KA 1JXNA 3AP7A 4PQ9A 3VV1A 1OFSA 2GMPA 1U0AA 3UJQA 4Y1YA 1AZDA 3AP4A 1VAVA 4LBNA 3WCRA 2C4LA 2ZHMA 2VVZA 2ZGUA 4C1WA 1BYHA 1WBFA 1DGLA 1BZWA 5T50A 4XBNA 2SBAA 1EUTA 4WV8A 2PHUA 4HZXA 1MS5A 3AX4A 3DUIA 4Y20B 1S1AA 4AVSA 1PZ8A 2ZHLA 3OPZA 2ZHNA 3N7LA 4M4VA 4UW3A 3W59A 3GALA 1Z4YA 2ZMNA 1XOEA 3ZSJA 1EUUA 3GNEA 4Z8BA 2QWAA 4P9XA 5JYYA 1GKBA 4KS3A 1IKQA 1GBGA 4Q8KA 4MC7A 1VALA 1IVGA 2F11A 4B7QA 2HTRA 4XDQA 1AX1A 5CNAA 1QNWA 2Q5TA 2ARXA 3POSA 1MZ6A 1EUSA 1Q8OA 2HT7A 2QWHA 1WLDA 5DUWA 1GANA 2A5ZA 1IVEA 2OW4A 2JDZA 3T2TA 2QWJA 2D6KA 1MS8A 1L7FA 1ULGA 4XILA 5CBLA 3VKLA 1G9BA 3CNAA 2ZACA 5E89A 2R0HA 2FHRA 2F26A 4D69A 4XE9A 3SLIA 4X47A 1NXD1 3HMYA 3I8TA 2DUQA 1AXKA 2QWBA 1IVBA 5AVAA 2EALA 4LBQA 1LU2A 2W5NA 1FV2A 4MWJA 3N36A 5HCFA 1DYPA 2WSVA 1H30A 3H73A 1LOGA 4BLJA 5GZGA 2GNTA 3TICA 2D3SA 4GWNA 1HQWA 4K1YA 1NNBA 1JN2P 1B09A 5GALA 1CIWA 1VCUA 1W6OA 3B9CA 1SLLA 3PVEA 4MWRA 4R9BA 2A6VA 3QCWA 3AYAA 1DQ5A 3N7KA 1L7HA 1C1LA 2D6NA 3TI8A 1SBEA 3LSDA 1JYIA 4FVVA 3WDXA 2HYKA 3K37A 1YXWA 4XJQA 1DIWA 2ZZJA 1SO7A 2AREA 4M4UA 4IQPA 3TAYA 1WW6A 1G8WA 1BQPA 5LK5A 4YG6A 2ZHKA 4GALA 2YY1A 4GWMA 1NN2A 1QNYA 1IVDA 1EPWA 5CB7A 2EIGA 3L2YA 3H71A 2VK5A 2HU0A 5B2DA 1N3QA 2XB6C 1DLLA 2JD4A 2DTWA 2D3PA 4YM2A 3WNXA 4K3YA 2DUOA 1LOFC 3R4SA 2CMLA 3SH4A 2HTWA 1LTEA 2QWDA 4DRVA 4CPNA 1E8UA 3D4KA 1WCQA 1LHWA 4ATFA 4NC5A 3WV6A 3USUB 2SILA 2D44A 4FPFA 3UL2A 3WDYA 4MX0A 4GB1A 2E6VA 2A75A 1C4RA 4XIOA 3TIBA 3B69A 4AGGA 4Y20A 1VAMA 1LU1A 2F28A 4F83A 2I2SA 2EXHA 1MS9A 4U36A 3AK0A 5JDBA 3KQRA 4P9WA 2ZGSA 4YG3A 2ZGOA 1WLCA 2DWRA 3AP9A 1BKZA 1W6NA 2F0ZA 4WEFA 5IK8A 3OBTA 4GZWA 3OGGA 2LTNA 2DVDA 4Q1PA 1QOTA 3POYA 1C1FA 4GXLA 4NO4A 2EAKA 4K1JA 2A6WA 3WCSA 3WG3A 4YG0A 4YW1A 1WW7A 1DQ4A 5HX0A 3T1LA 3K3AA 1NMBN 4LBQD 1N47A 3KM5A 4GZOA 3IKWA 5EXOA 2V5YA 4YW2A 2F13A 4FPYA 1G7YA 4H53A 4R9AA 1CN1A 4CZSA 1MVEA 2PHWA 5DG1A 1NCBN 1LOCA 1Q8PA 2HT8A 3N3HA 1N1SA 1FAYA 3K39A 2PHTA 3AP6A 3O0VA 3QLQA 1USRA 4Y26A 4K1HA 1D0HA 1V0FA 1LOEA 4HZVA 7NN9A 3DGTA 2P34A 2ZMLA 3TI6A 4K1IA 4M3CF 3V0AB 3O0XA 1QOOA 2A6YA 4YZ3A 1QKQA 4UW5A 1Y7BA 4SLIA 6NN9A 5EYYA 5DZGA 3FFZA 4QN6A 1UMZA 3JUUA 1Z4VA 2ZKNA 1CQ9A 4PBOA 1SLCA 3O9KA 4GZQA 1S0EA 4Y1UA 1UL9A 5JOZA 5T5PA 3NN9A 1VIWB 2R0FA 2YA8A 1MS3A 2EXJA 5EWSA 1V3DA 4Q8LA 3PVOA 4FPJA 1UZYA 4MWWA 3OYWB 1YI7A 4FPEA 3WDVA 3FLTA 3NV4A 1DQ6A 2YV8A 2NZ9A 4R9CA 2XG3A 1AXYA 2QWFA 5FRAA 2DUPA 1KDKA 4AYUA 4HZWA 1A14N 3JU4A 2P2KA 2DVGA 1WLWA 4X4AA 2KM2A 4XXPA 3V64A 1MACA 1INWA 3AJYA 1G9CA 4XYXA 3GVKA 2AUYA 3C2UA 1LOFA 1NCCN 4YZ4A 1GLHA 2ZGQA 1DQ0A 3ZXJA 3BIWE 4XJZA 3JU9A 4BMBA 3ALWA 1GZCA 4BQ1A 4XXAA 2A6XA 4QN4A 1F8DA 2R16A 3V0BB 1FYUA 1RITA 3SNMA 4GKXA 1AJKA 3USUA 2FMDA 1V2IA 2CNAA 1IVCA 3O5SA 3RMXA 3D6EA 1B9TA 2JE9A 3WUDA 2CL2A 2WQZC 1WW4A 5KXBA 2QWEA 3FUQA 4UF7A 2XZKA 1UPSA 2GNBA 3M3QA 4K1ZA 3H0OA 1FNYA 1B9VA 1JUIA 1N1YA 1V3EA 1SCSA 1V0EA 3UJOA 3WUCA 4BMEA 2F25A 3SH3A 1V6OA 3ILNA 2E51A 3WHTA 2B8HA 2PELA 3MW4A 1ENRA 3RG0A 1F31A 2ZMKA 3K38A 1W6NB 4YZ5A 3B01A 2HU4A 4WA5A 2YZ4A 2R1DA 1FNZA 2W38A 1MVQA 5T5JA 2E7QA 4Q2FA 3HR9A 4RA0A 2CWSA 4QNPA 3FLPA 1IVFA 4MWQA 4XJ8A 5KXEA 2F10A 5GLTA 1ULDA 1J1TA 4FOQA 2NP0A 4X6KA 5HUMA 4ZXKA 1W6QA 2X9MA 1W6PB 4Y22A 1CESA 3M1HA 4LBKA 4PBPA 1O4YA 4XHBA 1C57A 3HN1A 4YGCA 5JOYA 3H6JA 2A3YA 3CYEA 1INFA 2ZAAA 1AX2A 4NN9A 4R9DA 3V0AA 2W39A 1LOAA 5KXDA 1W0OA 3ATGA 2VSKA 1E8TA 3W58A 5HUGA 3ASIA 5DG2A 4Y1ZA 3INBA 5GJ6A 4GDJA 3WZ1A 3FLRA 1Z50A 4M4NA 3TIAA 1S0JA 2DU0A 1LEDA 3LSEA 4LBLA 1F8EA 1AXZA 1A4QA 4UW4A 3ZYRA 2XZIA 5EYXA 4YGEA 3O12A 1CONA 2NMOA 4GJTA 2GNDA 5GZCA 2BZDA 4CPZA 3CL0A 1NNAA 4GEZA 3OYWA 1DBNA 3ENRA 3PJQA 4MWUA 2GMEA 2C5DA 3NV3A 4B7MA 4XJ9A 1INYA 1INVA 4KS5A 2ZBJA 1LHOA 3FBYA 3VKNA 3O0WA 3WDWA 5GZDA 2UWCA 3ZYPA 1L7GA 1QDOA 3B7EA 5E88A 2XZJA 2W68A 4Q26A 2ES3A 5L73A 1YO8A 4GZTA 3O9JA 3T1EA 2H0BA 1SBDA 3POWA 3BTAA 1CR7A 3WG4A 2YDPA 5T54A 3WG2A 4U2AA 3MW2A 3A0KA 2YA6A 2BERA 4YM3A 4AGVA 1NSDA 1GZ9A 2UU8A 3V0BA 4KS1A 2VW2A 1ULEA 4WA4A 1SLIA 5F5QA 4FPCA 4FPGA 2ARBA 1GNHA 1INHA 5CAZA 1SLBA 1NLSA 1Q8VA 2NN8A 1GSLA 5GLVA 2HTYA 1FX5A 5GZFA 2A70A 1GICA 3NV1A 3AJZA 1GV9A 1Q8QA 2RHPA 2UURA 3R05A 3AYCA 3PVNA 1V6IA 2BATA 3ZPYA 2WT2A 4FPOB 2XCYA 2EXKA 2GMMA 1WW5A 1BXHA 1MZ5A 1UX6A 2WNEA 1AVBA 3RMYA 5DZFA 3VKFC 2QWGA 3TI4A 4XMIA 1CJPA 2ZABA 5GLWA 4JF7A 1A8DA 4M3CB 3NWKA 2VH9A 1MR5A 4Q6KA 3TI5A 3ZXKA 2ZA9A 5HUNA 2YA7A 1S0BA 2P3IA 3D11A 4TYSA 5IK5A 4MJUA 1FATA 3RSJA 4HIZA 1H9WA 2CWMA 4FPKA 2VXRA 4YLZA 2W52A 4DPNA 4GKYA 5B2CA 1W21A 1MS1A 1DFQA 2VK7A 1N1TA 3TI3A 4ISQA 1CVNA 4LBMA 4CPLA 1W6PA 1EURA 1XQNA 4I00A 1NMAN 2DYCA 3BEQA 3IPVA 4DGRA 1W6QB 4Y22B 2DVFA 4HZYA 2W20A 4YGDA 1INGA 2A3WA 1SLTA 4MZEA 1V6LA 4FQ4A 1XOGA 1BJQA 3M3OA 5GZEA 3CL2A 2DTYA 2F12A 1Q8SA 4YFZA 4XJAA 4KS4A 1SNTA 2ERFA 1ZM1A 4DFSA 1UZZA 3WHUA 2R49A 2F24A 5NN9A 2D7FA 2C9AA 2AEQA 5H9RA 2D6LX 3RQ0A 2WKKA 4M01A 1LULA 5H9PA 1MS4A 1WD4A 4LBOA 1JYCA 5E8AA 4JC1A 4XBLA 1G9FA 4FPLA 4BPZA 1A4GA 1QOSA 1GZWA 2ZGPA 1W8NA 3M2MA 2JE7A 1N3OA 1Z4WA 1V3BA 4YM1A 4QN5A 4XJRA 1S0IA 2TEPA 3OY8B 4QN3A 1UN1A 3LCPA 2BQPA 4CRQA 1CPMA 1V6MA 2AGSA 5BYNA 1WBLA 2ZGLA 2NYYA 2OUJA 3N7JA 2DV9A 1NCDN 1URXA 1IS4A 4XBQA 4XHXA 1Z4ZA 3V65A 1BJIA 2CY6A 4HZZA 5JMCA 1OQ1A 4FZHA 4BOWA 2AEPA 4PF5A 1E8VA 4BBWA 4ATEA 3FUOA 1ONAA 3VUOA 4RL7A 1W6MA 5HCBA 4XTPA 4C1XA 2SIMA 1JW6A 2DURA 2VWDA 2OUHA 1PZ7A 1LODA 4FOVA 1AJOA 2E7TA 5F9TA 2SLIA 1DQ2A 4PCRA 3ZVXA 1NSBA 1ENQA 2VU9A 5T5OA 5JOWA 4YW3A 5HCAA 1TEIA 1LHVA 2D6PA 4D8SA 4Q27A 4M3CA 4YGBA 5T5LA 4MZAA 3GVLA 4FP3A 3D12A 4FQZA 1DYKA 2F27A 1JBCA 3Q9OA 3ZSMA 1APNA 1LGNA 1IS3A 2LALA 2QWIA 5JLVA 4L8QA 3IM0A 5H9QA 1N1VA 2GALA 5JVVA 3ZSKA 4DS0A 4K20A 4XTMA 1YIFA 3I4IA 1A78A 1V00A 1WD3A 3RRDA 1YYNA 4HANA 4M00A 1W0PA 2YDTA 2BF6A 1V6KA 2ZGRA 2EF6A 3SITA 3AXDA 2WJSA 2YXSA 2A71A 4MWVA 1LCLA 3WDUA 1D2SA 4I30A 2PHXA 1Z78A 1I3HA 1LGCA 1QU0A 1AF9A 2YMZA 4Q1RA 4K21A 2NM1A 5DXDA 5SV8A 1LHNA 2ZB5A 4ASMB 2WT0A 1JOJA 3IPVB 2JKBA 1DZQA 4DQAA 1UAIA 4FPHA 4YZ1A 3GVJA 2YROA 4QN7A 3A4UA 4DRRA 1DQ1A 4XMAA 1V6NA 2GN7A 1LGBA 4XOGA 1NCAN 5DZEA 2WT1A 3INAA 3B00A 1QMJA 4Y1XA 1SLAA 2QWKA 4B7RA 1SCRA 1VCJA 2AENA 3IN9A 3AP5A 1ULFA 4WVVA 1ULCA 2ZGNA 1HKDA 4YFWA 2P3JA 5DUVA 3OY8A 1DIMA 4XJUA 2PHFA 3SANA 2YA4A 1LECA 4ITCA 2D6OX 3UK9A 2GNMA 2CYFA 1GZWB 1IS6A 1W8OA 4FJ6A 5IT6A 1USXA 2EXIA 2DVAA 5IK7A 2UWBA 4NCSA 2P37A 2JECA 5GLZA 1A3KA 2ZB6A 4CPYA 1V0ZA 1B9SA 2ZGMA 3M3CA 1Q56A 4ISRA 5GLUA 3AFKA 1F9KA 3ZXEA 3ILRA 1G9AA 5T52A 3M3EA 3N35A 2NMNA 3W09A 1V3CA 3K36A 2GDFA 3B3QE 2A3XA 2AYHA 1W6MB 3AZYA 4M3MA 2YA5A 4MYEA 4CPOA 1NNCA 3A72A 1G86A 4H52A 4JRAA 3VKOA 2D43A 2CTVA 1MWEA 3SH5A 3AXEA 2C4AA 1RINA 1RIRA 1QGLA 2VK6A 2ENRA 5JOXA 1LENA 3NV2A 4YM0A 3MW3A 4MWYA 4FOYA 1KJRA 2F29A 4TZDA 4WEGA 1I1EA 1S0GA 4XIKA 1H9PA 1IOAA 4Y24A 1SBFA 2VSMA 4GZXA 4GDIA 4NOTA 3TB0A 1MS0A 2WSUA 1NSCA 4BM8A 1YRZA 4CTEA 1JHNA 3CKZA 4H55A 3AYDA 2AR6A 2PHRA 4AVTA 2VW0A 3A71A 1Z4XA 2DVBA 1KDMA 1F5FA 1UKGA 3A0NA 3T1MA 3R4UA 4M3CE 5DUXA 3AZWA 1HQLA 1LOBA 1QDCA 2VUAA 1CPNA 2A6ZA 3SILA 4YW5A 2JJ6A 3MEPA 1KJLA 1S0FA 4FP2A 1FV3A 1INXA 1LJ7A 1S0CA 5CA6A 3ILFA 4XJWA 1DILA 1LHUA 1HLCA 2QWCA 2D6MA 1SACA 4HL0A 3SISA 4YW4A 4X49A 3AZXA 2HTQA 4XZPA 2E53A 4YZ2A 4AVVA 3WLUA 3WDTA 5T55A 4KBBA 1S0DA 2OVUA 1ENSA 3WOGA 4GZPA 5IK4A 4WA3A 1WCSA 1WUVA 3WVJA 5HUKA 3ALXA 4AWDA 5KXCA 2W5OA 3SALA 3OBRA 4W65A 2AH2A 1IS5A 4JCKA 1PZ9A 5IUQA 2D3RA 3BODA 4WZFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4L2NA 1NT0A 1VB4A 2DU1A 5IYYA 1GP6A 4ZU7A 1QJEA 2GH2A 4I02A 3AYEA 2BVVA 2EICA 2A7AA 2JG8A 4Q5OA 5HPOA 1W8FA 5CG8A 1N6EA 2HTVA 1W20A 3ME2A 4WVWA 3NNJA 4LBQB 1R082 4P14A 4XF1A 1HDKA 4GA9A 3O1VA 4IV1B 2J1VA 2HTUA 4MWLA 3TOJA 5CFCC 1IPSA 4Q4Y3 3DXUA 1ASJ1 3CKHA 2V73A 1N3PA 3PMEA 4LK6A 2VGDA 3RZMA 1W1XA 3WZ1A 4ZONA 2RKCA 1OSGA 3WG1A 4OUEA 3G7DA 4A7ZA 2VL4A 2JB8A 4XABA 4NE9A 2B7YA 2VCAA 3NSSA 4LKFA 3HD8B 4IV1C 2ZGKA 4YSFA 4Z07A 5IHRA 2VW1A 1UXZA 5F3EA 3N9NA 1S2BA 4NPMA 4AGRA 5D9CA 2Y26A 4XPVA 4MJVA 3T30A 1RL3A 3IMNA 3VBRA 3ETQA 4K7JA 3VKMA 5ISLA 3AKRA 3ECQA 3APBA 1F8BA 5K0UB 1H6YA 3I2KA 5C8CA 1L7QA 2XJQA 1O4ZA 2XBO2 3VN4A 1VLNA 1J83A 1TME1 3OGRA 3AZZA 3RS6A 2RVAA 3RPQA 4JDNA 1OLRA 3UKTA 2HWD1 4UI9L 1R1ZA 4OZXA 1LESA 1VBB2 2IFWA 3D5OA 5BPXA 2YYOA 2Q8CA 3MZHA 5EIYB 2VULA 3ABZA 3JZVA 2WA4A 1AX0A 4FFIA 4NWVA 3J7LA 4LKEA 1C5KA 1NMCA 2GU9A 1VBE3 4Y1VA 1LEMA 1W6OB 2XHKA 2Z42A 1D4M3 5F5CA 5FPLA 3HPNA 4HT1T 5BNOA 2HT5A 4FVKA 4MWXA 2TNFA 2W08A 3WW3A 2DCZA 1KS4A 2ILMA 2WLQA 2A73B 3N7MA 1WA4A 2NPIA 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