4FWKA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with amp
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 133
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwkA02
3QMLA 3FZLA 2GUPA 3RSEB 3DXKA 4ISFA 3ATVA 2EWSA 4B1ZA 3MN7A 1K8KB 1NGAA 1BOTO 5AQSA 3WXLA 2J4RA 5AQFA 4XEIA 2F9WA 4BGBA 3BEXA 3GDQA 3HZ6A 3C0BA 4IJAA 1BA0A 5AQGA 1Z6RA 5JMVA 5AZIA 4EHUA 2NRHA 2Q36A 3H1VX 3O6WA 2ASMA 4H5NA 1DEJA 2IVNA 3A5LC 1NWKA 1BG3A 3UKRA 3WT0A 1NGBA 1KXPA 4DCHA 4LC9B 4QS7A 4CBWA 4BRLA 4BRNA 4CZJA 4H0XB 4CJ7A 3CQYA 3EN9A 2E2NA 3VPZA 3EO3A 4JD2A 1T6DA 3GOIA 3ZETA 4JHDA 4DHYA 4C23A 3VGKA 3BF3A 3QBWA 4JAXA 2P9KA 3D2EB 3WQUA 3MCPA 4M7XA 3H45C 1BU6O 4K25A 3VF4A 2HMPA 4BR2A 3QFPA 1E4GT 2A40A 4BVPA 3U9ZA 4CZGA 1Z05A 4EIAA 3GL1A 3O8MA 2E2QA 4AM7A 4BRKA 1BWFO 4XH5A 4AM6A 2VCPA 1ZC6A 5E84A 4YDUC 4FWLA 1GLCG 2E1ZA 4MO5A 2DPNA 1S22A 3BP8A 4H0YB 3L4IA 2A3ZA 1NGEA 4BG8A 2D0OA 1TYQB 1H1VA 2Q1NA 3CJ1A 3D2FA 3ZEUB 1ATSA 4QS8A 2P9PB 3VESA 2YCHA 4BR7A 4FWRA 4CZLA 4BRAA 3QB0A 4FSVA 3VF2A 3VEWA 3CIPA 1HLUA 2QXLA 2E8AA 3FE1A 3KZBA 2PBDA 2QWPA 2IVOA 2FXUA 3C7NA 1DKGD 5AQQA 2A42A 2E88A 3CJ7A 2AP1A 4FWQA 4H0VB 2NZTA 2ASOA 2H3GX 5AQWA 3MN5A 4WQ4C 4EHTA 3B8AX 2P9SB 3AY9A 5KPZA 2NLXA 3VETA 3O1WA 3FZFA 2IIRA 4CZFA 3UKUB 3EL2A 2YHYA 3U4LA 4MO4A 2P9LB 5EXWA 1GLEG 3GG4A 4ISGA 3SMSA 3CHWA 5KQDA 3VENA 4GY2B 1OKJA 5F0XA 3SLCA 4B1VA 3FGUA 1MA9B 5AQKA 1C0GA 3H3OB 1YUWA 2GTDA 4FWOA 2V51B 3U9DA 5EOYA 3FR0A 4IWVA 2I7NA 1MWMA 1X3MA 4BRPA 4CZKA 3VGLA 1QZ5A 4IJNA 5BRFA 1SAZA 3A5OC 4CZMA 3IFRA 2W41A 5AQRA 5AQPA 4WYBA 2E2OA 2FLOA 2ZGYA 1TUUA 2QM1A 2QWNA 3FLCO 4BRQA 2D1KA 3DXMB 2A6AA 2QWQA 1HUXA 1ZXOA 2Q31A 2CGKA 3G25A 3VERA 4QS9A 5AQXA 5E26A 1BDGA 4DQ8A 3VEZA 4CBXA 5KQ8A 5AQUA 2P9UB 5LJVA 3IMXA 1Q18A 4FPBA 4NB4A 3BUZB 2D0PA 1NGDA 1QZ6A 1V4TA 3VGMA 2ZGZA 1J6ZA 2P9IA 1QHAA 1U2VA 3DAWA 4YDUA 3LM2A 3DXKB 5FPNA 3W3DA 4CZEA 1TUYA 4IZ9A 4CD3A 2E1YA 1NMDA 4O8KA 5KPRA 5LY3A 4B1XB 4O5FA 1EQYA 5BR9A 3QBXA 5FPDA 2YI1A 3HTVA 4I6MA 5AQYA 1LOTB 1NBWA 5F1XA 3D2EA 1D4XA 5AQVA 1GLDG 2D4WA 4CZHA 3WUHA 3ID8A 5AZJB 5FPMA 3I8BA 4K43A 5AFUH 3UKRB 1HKGA 2FSNA 4A2AA 2YHWA 2E2PA 4B1UB 2A5XA 3TPQA 3HM8A 4JNEA 3MN9A 4H5VA 3M3ZA 3SMPA 4WQ4A 1XUPO 3MMVA 2ASPA 5AQNA 4JD2B 5AFUA 4WQ5C 1ATRA 4JHDB 1G99A 3A0IX 1V4SA 1QQOA 1QQNA 3O1BA 1GLJO 3WXIA 4H5TA 5BN8A 1T44A 2CH5A 2P9KB 2P9PA 3FFKB 3VEXA 5LJWA 1XQSC 4BRIA 4FOEA 3DWLA 2PAVA 5I9EB 5BPLA 3KVGA 3ZX2A 4A2BA 2V7ZA 4BRCA 2UYTA 5ADXA 1JCFA 1GLFO 3CJCA 3A5MC 4CD1A 3QFUA 4H0TB 1BUPA 4J8FA 5JLFA 2F9TA 4PKHA 4FWSA 1ESVA 3D2FB 3LL3A 2YJEA 4FO0A 4M7YA 1SQKA 4BROA 2P9SA 2Q0RA 2W40A 3UB5A 4RWTA 3ULEB 5TKYA 3ZX3A 3UKUA 1HJOA 2ZWHA 4K42A 3ATUA 4XH4A 3GE1A 1WOQA 3F9MA 4M63C 4H0PA 3FZKA 1XC3A 3WXKA 3LM9A 4PL7A 5AR0A 3C7NB 1WUAA 4BC3A 2BUPA 4E1JA 2ZF5O 1IG8A 5JLHA 3CERA 1NGGA 5BPMA 3VEVA 2YHXA 4EAHD 3ZX0A 2WUSA 4BRMA 2V7YA 4A61A 2VWBA 5AQLA 1KAZA 4HTLA 3D7EO 3H3NO 3WEEA 2P9NB 1NGFA 3S41A 3SK3A 5AQOA 3CETA 4GNIA 4RTFD 3RSEA 1JCEA 2QWLA 4BC4A 1MWKA 1YAGA 5JICA 2Q97A 2GELA 3L0QA 4F9OA 1K8KA 4PKGA 1NGIA 2FF3B 1ZBSA 5EX5A 1RDWX 5EY4A 5AQTA 3ENHA 3U8XA 2QWOA 3GBTA 3HI0A 3MK6A 3R9PA 3AARA 1JCGA 3IUCA 3JS6A 3O80A 3DJCA 5AQJA 2QWRA 1R59O 2CH6A 1S3XA 3CJ9A 4WQ5A 3M6GA 2HF3A 1T6CA 3LDOA 3R6MA 5AQIA 4BGAA 3CJAA 1LCUA 3LDPA 2FSKA 4BQLA 4ISEA 5B8HA 1KAYA 2HOEA 3O5BA 1HKBA 4FWKA 4L3QA 4IXCA 4BG9A 5CE3A 1X3NA 3LDNA 5AZIB 4DB3A 4FWMA 3VEOA 5AZJA 2CGLA 4FPAA 4BR0A 4FOIA 4H5RA 1NM1A 2AA4A 5AQMA 2P9IB 1U2VB 1GLBG 2GWJA 1Y64A 4Y0WA 3LDLA 3SJHA 1HPMA 3I33A 4H5WA 3BF1A 3VF6A 4BR5A 1IJJA 1GLLO 3EKSA 3MN6A 1ATNA 2I7PA 1X9JA 4B1WB 2FSJA 3CI5A 1C0FA 2GEMA 3LDQA 3HBTA 3ZETB 4BREA 4I6MB 1NGJA 4PL8A 4BVOA 1TYQA 1QQMA 3ZEUA 3L6QA 4FWNA 2Q2RA 2QW9A 1KAXA 1RFQA 2Q0UA 3FZHA 4CBUA 2FF6A 2QWMA 1SZ2A 5ADXH 1CZAN 3FZMA 3QICA 1NGCA 3ENOA 2HF4A 4FWPA 5F2RA 2CGJA 4BC5A 3H46O 3IDHA 5BPNA 3TU5A 1RGIA 5BRDA 1E4FT 2A41A 4BRHA 2E20A 4FL9A 3WXJA 4JN4A 4BRFA 4NO7A 5BREA 3O4WA 4K41A 1P8ZA 4Z94A 3H1QA 3OHRA 1BO5O 3ULEA 3EKUA 1BA1A 1DGKN 3J8AA 4XH1A 4MLHA 3R8EA 2P9LA 5EVZA 2KHOA 5KPTA 3JXUA 5BRHA 4BQZA 4IO8A 4B1YB 4BR9A 3H6EA 2V52B 5AQHA 1MDUB 3W0LA 5ELZA 3AAQA 4BC2A 3HSCA 2IVPA 2ITMA 4H0OA 4CI6A 4CZIA 2P9NA 3QDKA 4RCHA 3AAPA 1NLVA 1GLAG 2YJFA 4BR4A 4A62A 3A8YA 3VEYA 3CJBA 3A5NC 3WQTA 4EFHA 2VYPA 4KBOA 4PKIA 2OANA 3MDQA 4HWIA 3DXMA 1YXQA 1U6ZA 4B9QA 1HKCA 2GWKA 3EZWA 4BRDA 5AQZA 5BN9A 2P9UA 2BTFA 3CQXA 3P4IA 3UE5A 1HX1A 4MLEA 3VOVA 1NGHA 3M1FA 3O08A 5FPEA 4BRGA 1YVNA 3KHYA 3WEEB 4H03B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LWMA 2BE2A 1N33K 2GUPA 3RSEB 4RW9A 4M3YA 4JI6K 3LALA 1CXQA 1F21A 4IFYA 3D6RA 3TANA 1O1WA 3HZ6A 4IJAA 4DFJA 3QEVA 3THXB 3RR8A 3C65A 4N41A 5AZIA 2WC9A 4EHUA 1REVA 2Q36A 4F2SA 3AVLA 4ILJA 3LPTA 3O4QA 2QI2A 1NGBA 1KXPA 3CCLN 2QA4N 1RTDA 3KK7A 3THYB 1CZ9A 3HL8A 2YNFA 3GOIA 5H1SQ 2QXFA 4FK0A 1RBVA 4K0KK 5C12A 4DHYA 4C23A 3BF3A 4IG0A 3QBWA 5A2QO 2FBVA 3MCPA 3VQ9A 1BU6O 3QETA 3VF4A 1E4GT 1Z05A 3GL1A 3SJJA 1YF5L 2FC0A 3O8MA 2VQFK 1QSYA 4DU3A 2VCPA 3TTCA 5E84A 1IBLK 3VN5A 4KTWA 1FJGK 4H0YB 1KC8O 1SKRA 1X9SA 3AO5A 3E9LA 1TYQB 1H1VA 3C95A 3CJ1A 4DTOA 3ZLJA 1U48A 5C24A 1OVYA 1ZYQA 1OVQA 2YCHA 3I0SA 3QB0A 4FSVA 3CCJN 4MDAA 4B3OA 3VEWA 5J2MA 1IKWA 4DTXA 2QXLA 4DV7K 3AVMA 3SPZA 4V19S 2FXUA 1WN7A 2YV0X 1UA0A 1VSLA 4AHSA 3CJ7A 2XY8A 2NZTA 5AQWA 2H3GX 1LW2A 4GVEA 1B92A 4OKEA 1L3VA 3B8AX 4OPAA 3AY9A 3G10A 3O1WA 4WFBL 4CZFA 1ZBLA 2QEXN 3EL2A 5EXWA 3CHWA 4DTMA 3PSFA 1A5XA 5IWAK 2P1JA 3CC2N 2F4VK 5J2NA 4H8KA 2HHVA 4CEAA 5EOYA 1MWMA 1TKTA 3AO3A 2Z1HA 4DV5K 4CZMA 3AVKA 1HNXK 2E6MA 1C1CA 1HPZA 4E7HA 1YTAA 2GBZA 4FZXC 1LAWA 5HRNA 1BI4A 2D1KA 4CGJA 1HUXA 4DS5A 1RILA 3KJVA 5E26A 4CBXA 3T3FA 1BISA 5LJVA 5C10A 4FPBA 4NB4A 4CFCA 1RT6A 3U6FA 4CECA 3V1RA 5GAEP 3THVA 1QHAA 1U2VA 1ZBIA 3LM2A 2OZMA 4JKAA 3TR8A 3TI0A 4IZ9A 4CD3A 3C6AA 3G4SN 1XNRK 4O8KA 4B1XB 4O5FA 5BR9A 5M1QA 1JLCA 2ETJA 1NKCA 4BE0A 3ZCMA 1IKXA 1D4XA 5AQVA 3OTOK 4CW7B 4CHPA 5FPMA 3AVHA 4K43A 5JS1A 1HKGA 4B1UB 3K9JA 3TPQA 4YOXA 4BACA 4LF7K 4H5VA 4R5PA 3M3ZA 3AVFA 4C8MA 4FXDA 1QTMA 3K58A 5AQNA 3CM6A 2RF2A 4LF5K 2XO7A 1G99A 3A0IX 1V4SA 3MECA 3QO9A 4YOVA 3CFRA 3V9SA 3SZ2A 3BZCA 2YHAA 3VQ5A 5HRPA 1YTUA 2CH5A 3FFKB 3VEXA 4B3TK 2XRIA 3PUFA 1XQSC 4CHOA 4BRIA 4FOEA 5CZ1A 1NJWA 3ZX2A 1J5OA 4KTQA 1SS6A 3OW2M 2KQ2A 1GLFO 3CJCA 1HQEA 3A5MC 3EEQA 3PIOL 1BUPA 4JKGA 4J8FA 4FJIA 3J80O 4DTSA 2F9TA 2UXDK 2A1SA 3LL3A 4FO0A 4JI4K 4BROA 2NUBA 1VRUA 2Q0RA 2W40A 5TKYA 2O4GA 1OH8A 4XH4A 4CCHA 1D8YA 3TSUA 2F7TA 1KCFA 4OPHA 4JKBA 4M63C 3TSPA 1S1VA 4RW8A 1OH7A 5AR0A 5DM7L 4BC3A 4AILC 5JLHA 1W7AA 3IG1A 4J2BA 1HYVA 2YHXA 1S6PA 3ZX0A 4E1NA 3OS2A 1U49A 4A5AA 5I42A 2YHBA 4QAGA 4DSFA 1RDDA 3SK3A 3S41A 4RTFD 4X65K 1W2BM 1YAGA 2GELA 3K5NA 1ITGA 1LAVA 4PKGA 3OYBA 1NGIA 4FJHA 3NMUA 1RDWX 1L3TA 3GBTA 2DFEA 4DV6K 2F96A 4Z0UA 3KIOA 3O80A 1NJXA 3PO5A 2CH6A 1S3XA 3J7AP 2HF3A 3LDOA 1ZBFA 4IOCL 1CZBA 1J53A 4BQLA 1VQ8N 4ISEA 3VQBA 4OO1J 3LANA 2VWJA 1BGXT 4A59A 2ATQA 4BDPA 4PWDA 3V4IA 2HW3A 2EX3A 3LPUA 5I3UA 4DQQA 2O8DA 4G9ZA 3SV3A 3VEOA 2CGLA 3T1AA 4BR0A 4H5RA 2GWJA 1Y64A 4OX9K 3K0SA 4DUZK 4IEEA 2VG6A 3LDLA 3SJHA 4LH4A 4WCEL 4ELUA 1ASVA 2Y1IA 4AHTA 4B1WB 2FSJA 3OYNA 2GEMA 3ZSYA 3ZETB 4ZTJA 1NGJA 4CESA 4KHWA 3OJUA 2VQEK 1KAXA 1RFQA 4WF9L 2QWMA 1SZ2A 1CZAN 3FZMA 3QICA 1GOBA 5HROA 1B9DA 1ILYA 3H46O 5BPNA 1VAZA 1RGIA 4K8XA 4JV5K 3ENBA 3QLHA 2F8TA 4JK8A 1T7PA 4NLBA 4CHZA 1VQMN 3MX2A 3T19A 4JEPA 2HMIA 4CJUA 1RDAA 3KWIA 1RCHA 4C8NA 3H1QA 1EX4A 3PO4A 3ULEA 2NRTA 2O8BB 2HHWA 1RT2A 1BA1A 1S9EA 4I2QA 2KFZA 3R8EA 2X74A 3HPHA 3PIPL 4Z4CA 1TVRA 3LZIA 4DG1A 2HB5A 4BQZA 2G8VA 3C6TA 3HSCA 4JI8K 3S3MA 3TSQA 2FBTA 4W5TA 3HK2A 3MWPA 1NLVA 2OZSA 1JL2A 4F3TA 3VEYA 4EFHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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