4FWMA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with atp
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 139
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwmA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwmA02
3IDHA 3S41A 1Q18A 4IJNA 1ESVA 3FZFA 4BC4A 3EZWA 3GBTA 2E8AA 2WUSA 2D0OA 3L6QA 5FPDA 1U6ZA 4BR5A 2F9TA 2FSKA 3I33A 4FWMA 3GOIA 1IG8A 3EKSA 1QQMA 2Q0RA 4A62A 5AQWA 2E2PA 3GL1A 4RTFD 4QS9A 3M1FA 5AFUH 4BVPA 4B1YB 2QXLA 3VETA 1NM1A 4FWOA 2A42A 3ZX0A 3C0BA 3VEXA 1ZBSA 3CJCA 3DWLA 3HTVA 5BR9A 4NB4A 3O80A 4DQ8A 3AAQA 3EN9A 3SMPA 3VEOA 1DEJA 2P9IA 5FPEA 4BREA 2P9IB 3L4IA 1SAZA 5AQOA 3LL3A 4H5NA 1XUPO 2A5XA 1YUWA 1ZC6A 1YXQA 4CZJA 1ATRA 1RGIA 1QZ6A 3LM2A 4A2AA 4C23A 3ULEA 3G25A 3KHYA 5AQPA 4Z94A 3ULEB 4CZMA 5E26A 5AQJA 5AQIA 5ADXA 3BP8A 3WQUA 4BR2A 2PBDA 4JHDA 2Q1NA 1NWKA 4WQ4C 1EQYA 1KAYA 4JHDB 4B1WB 4PL8A 3VEZA 4EHTA 5JICA 3TPQA 4AM6A 3QBXA 1HKGA 3A5NC 3VEYA 3ATUA 5EOYA 3IUCA 1YAGA 3UB5A 3AARA 3CJBA 3DXMB 5AQNA 3VERA 1NGGA 2D4WA 4FWKA 4FOEA 4IJAA 1Z05A 3FZLA 3TU5A 4XH5A 2A40A 1H1VA 3FZHA 3QMLA 5AQYA 1QQNA 5AQQA 1E4FT 1NGIA 5KPTA 5AQLA 1G99A 3AY9A 4CZIA 2IVOA 4BVOA 2Q36A 4H5WA 5AQXA 4BRHA 5F2RA 3CJ1A 4IZ9A 3QDKA 4QS7A 5FPNA 1NBWA 4BC5A 4DB3A 2W41A 4K42A 5BN8A 3M6GA 2ZWHA 3OHRA 2FXUA 2NRHA 4A2BA 4XH1A 3HSCA 1BO5O 3EKUA 4J8FA 4CJ7A 3FZKA 3O1WA 1GLEG 4BRQA 4MLEA 4CZFA 4BQLA 5AFUA 4WQ5A 5BRDA 4XEIA 1Z6RA 4BRMA 4F9OA 1X3NA 1ATSA 1HPMA 3FZMA 4H5VA 1GLDG 3ENHA 4MO4A 3W3DA 4EAHD 2D1KA 3MN9A 4CZHA 4PKIA 2BUPA 3IFRA 4BR9A 2P9LA 3WXKA 2E2NA 2HF4A 3SK3A 4ISEA 3VGKA 2ASOA 4IWVA 3BEXA 4NO7A 1LCUA 2IVNA 1RFQA 5JMVA 4CBXA 1NGDA 3DJCA 4BRKA 2NZTA 4FWSA 1TYQA 4YDUC 3WUHA 5BRFA 3O1BA 4H0OA 3WEEA 4CZKA 4EIAA 1TYQB 1XQSC 4I6MA 3ZEUA 4FWPA 1LOTB 3VF6A 1NGJA 4I6MB 4E1JA 3R9PA 2E88A 2YJFA 4FWRA 4BC3A 4BG8A 5BRHA 2GTDA 3H3NO 1JCGA 4H5TA 1KAXA 3ID8A 5AQSA 5CE3A 4BRNA 4CD3A 1NGFA 1K8KA 1GLBG 4GY2B 2FSNA 3D7EO 4BQZA 1K8KB 4JN4A 1NGEA 5LY3A 3H46O 3U9ZA 4ISFA 5LJWA 3D2FA 5KPZA 2E1ZA 2P9KA 2YHXA 5AQZA 2V51B 4B1VA 3SJHA 2EWSA 4CZEA 2CH5A 1R59O 3SMSA 4H0PA 4PL7A 4BRCA 2FF6A 2V52B 3CQYA 4BC2A 1HUXA 1MA9B 4DCHA 2FF3B 3GG4A 5I9EB 1TUUA 3EO3A 2E1YA 5F0XA 5KQDA 1ZXOA 2QW9A 1HKCA 3UKRA 5EX5A 3LDNA 4BGAA 1QZ5A 2GUPA 2HOEA 2QWNA 1NGAA 3FE1A 5EVZA 5AQFA 3UKRB 5JLFA 4EHUA 2E2OA 1BA0A 4MO5A 4BG9A 2BTFA 4FPAA 4PKGA 1S22A 3LDLA 3BF3A 5TKYA 3CJAA 5B8HA 1J6ZA 5AR0A 5EY4A 1P8ZA 3VGMA 1ATNA 1BWFO 5AZIA 5BN9A 3MN6A 4H03B 4JNEA 3R6MA 3ZX2A 5AZIB 1HKBA 2CGKA 3IMXA 3MK6A 3LDOA 2VWBA 4BR7A 4BRGA 2Q31A 4FO0A 2NLXA 3L0QA 4EFHA 1C0FA 3HM8A 1MDUB 1HLUA 1NLVA 1NGBA 2YCHA 3ENOA 2A6AA 3A8YA 2P9PA 1S3XA 4YDUA 3UE5A 3VEVA 3H45C 4CBUA 2H3GX 3HBTA 3B8AX 3CERA 4CZGA 3MN7A 2Q2RA 4B1UB 1GLJO 3VGLA 3O4WA 5AQVA 4B1ZA 5E84A 4WYBA 2A41A 3CJ9A 1JCEA 5EXWA 2ASPA 1HJOA 2GWKA 5FPMA 3VF2A 1WOQA 1X3MA 5AQRA 1NMDA 5AQMA 3CI5A 2P9SA 3A5OC 4H0TB 3H3OB 4Y0WA 2ASMA 2AP1A 2P9LB 2P9SB 3UKUA 1NGHA 3ZX3A 3UKUB 4RCHA 2VCPA 2GEMA 2QWLA 3D2EA 3O6WA 3DXKA 1SQKA 4BRFA 4BRIA 4BRDA 3D2EB 3WXIA 3LDQA 5AZJA 1U2VA 3O8MA 4CBWA 1BDGA 3CHWA 4A61A 4AM7A 1U2VB 2PAVA 4M7XA 5AQUA 5BPLA 1V4TA 3MN5A 1BOTO 3C7NA 3WEEB 1YVNA 5LJVA 3ZEUB 3VF4A 2QWQA 1BA1A 3KVGA 3FR0A 5ELZA 2CGLA 4K41A 4K25A 2F9WA 4WQ4A 2P9NA 2CGJA 2P9NB 5BPNA 2Q97A 2VYPA 4HTLA 3W0LA 3DAWA 4M63C 2QWOA 3LM9A 3P4IA 3QFUA 4BR4A 3KZBA 3JS6A 3O5BA 3MCPA 4QS8A 3BF1A 3FGUA 4PKHA 3ZETA 3D2FB 4WQ5C 2Q0UA 3VPZA 4H0XB 3ZETB 3U9DA 1MWKA 2P9KB 3O08A 3M3ZA 1DKGD 2IIRA 3QBWA 3CQXA 2V7ZA 3LDPA 4H5RA 1GLFO 2V7YA 4B1XB 1SZ2A 5AQKA 1RDWX 1E4GT 3VEWA 3FFKB 1GLAG 1X9JA 3HI0A 1WUAA 3EL2A 1HX1A 4CI6A 2E20A 3QICA 5BPMA 5KQ8A 1GLLO 1T6DA 1BUPA 2ZF5O 2ZGZA 4CZLA 1BG3A 2QWRA 1XC3A 5AQGA 3VENA 1T44A 4DHYA 4B9QA 2YJEA 3BUZB 4H0VB 4O8KA 1DGKN 1C0GA 3SLCA 3A5LC 2A3ZA 3GE1A 4K43A 4FL9A 3WT0A 3I8BA 5BREA 1JCFA 4XH4A 4H0YB 1KAZA 4FWNA 3MDQA 2D0PA 4BRLA 3CETA 1T6CA 3DXMA 1CZAN 1Y64A 1BU6O 2HF3A 2DPNA 3VOVA 2GWJA 1V4SA 3F9MA 3J8AA 1NGCA 2P9PB 3CJ7A 4KBOA 4MLHA 3WXLA 4BRAA 1D4XA 3AAPA 3HZ6A 2IVPA 4FPBA 4LC9B 1GLCG 4M7YA 2FSJA 1QHAA 1KXPA 2FLOA 4BR0A 3WXJA 1OKJA 2P9UA 2CH6A 5JLHA 3JXUA 3FLCO 3VESA 2P9UB 4IXCA 2YI1A 3R8EA 4BGBA 2I7PA 3WQTA 5ADXH 2J4RA 4BRPA 3QB0A 4JD2A 4FOIA 4ISGA 1TUYA 4JD2B 4IO8A 2ITMA 4GNIA 1IJJA 2I7NA 5AQHA 3CIPA 4L3QA 3QFPA 4RWTA 2ZGYA 2W40A 4BROA 1QQOA 4HWIA 2E2QA 2GELA 3U4LA 3DXKB 4O5FA 5KPRA 3U8XA 3H1QA 3MMVA 5F1XA 5AZJB 2KHOA 3H6EA 4FWLA 2AA4A 2UYTA 2YHYA 2HMPA 3RSEA 3H1VX 2OANA 3ATVA 5AQTA 3C7NB 3RSEB 1MWMA 2YHWA 3A0IX 2QM1A 3A5MC 4FSVA 4FWQA 3GDQA 2QWMA 2QWPA 4CD1A 4JAXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UA1A 3S41A 1KFSA 1RDUA 4IJNA 3EZWA 4DV4K 2WUSA 2UXBK 4LF4K 1U6ZA 3OYKA 4FWMA 4KTZA 1I94K 1IG8A 3EKSA 3DLBA 4GV9A 4FLYA 3IRXA 2O8CA 1NM1A 3PO4A 3VEXA 4AILC 4K0KK 3CC4N 2F8TA 3TAMA 5J2PA 4FW2A 4F8RA 4EP5A 3VEOA 4IFEA 4WE1A 3PV8A 2UXCK 2P9IB 3L4IA 1UA0A 1HJRA 4OKEA 1SAZA 1IH7A 3NAEA 4H5NA 3LALA 1VSDA 1YUWA 1ZC6A 3VTHA 4C23A 1RGIA 1IG9A 1OH6A 3ULEA 2F4VK 3AGRA 5AQPA 3OJUA 3L2RA 1B9DA 2PFUA 4JRQA 3SBGA 3AO2A 5E26A 5ADXA 4RW4A 3BP8A 4JHDA 3TAEA 4WQ4C 1NWKA 5M1OA 4B8AB 1EQYA 3T1HK 1QTMA 4AH9A 4B1WB 3TPQA 4AM6A 4HTUA 3V9ZA 4OVLA 4JKGB 3QBXA 5CYQA 1NK6A 4DV2K 3HVTA 5EOYA 2NRVA 3AARA 3CCUN 3DXMB 3VERA 1TV6A 1JLGA 1O1WA 1NKCA 1YTUA 3DLEA 1Z05A 3HPGA 3VA0A 3SUQA 2YKMA 4O55A 3HL8A 1LWCA 1E4FT 5AQLA 1VQMN 3AY9A 3KK3A 3AVJA 3TWHA 4BVOA 4J2AA 4BE2A 4JKFA 3QDKA 3KLFA 5FPNA 2JWKA 3OYMA 1M1KO 4A2BA 3HSCA 3CF5L 5GADP 2NUBA 3QEXA 4B3MK 4B9NA 4BY9C 5HOOA 4CGHA 4BRQA 4MLEA 4CCHA 3CCVN 3I0SA 1SV5A 4IDHA 5BRDA 1Z6RA 1BHLA 3AVIA 3ZT4A 4MO4A 3W3DA 1S1VA 1ASWA 4YHHK 2BUPA 4KFBA 3OYHA 4UQGA 3R1XA 4PHTX 2P9LA 3O3GA 4JK7A 3WXKA 1XC9A 2HF4A 3ZT3A 1VQNN 1RCHA 2ASOA 4IWVA 1LCUA 5LL6Z 5JMVA 3VQ5A 4BRKA 1HR0K 3TTDA 3R3LA 3WUHA 3C6HA 4I6MA 5M1QA 3ZEUA 1OVYA 1ITGA 3NMUA 5M1FA 3HT3A 1JXBA 4PY5A 4FWRA 2YJFA 4BC3A 3OS2A 2YHAA 3EY1A 3EYZA 4RG8A 3N4PA 3JAMO 5AQSA 1NGFA 1KCFA 1K8KA 2YNGA 4JK8A 3OYNA 4GY2B 4B3RK 3D7EO 2JGUA 1UWBA 3SV3A 1W0HA 3C94A 4OKJA 4YORA 4KB1A 1SL1A 2OPQA 2GUIA 1W97L 2LSNA 3SYZA 2YHXA 2WBNA 4B1VA 3SJHA 4N56A 2EWSA 4JI3K 1FKPA 1ZBHA 3L3VA 2Y1IA 4NCGA 3SMSA 4PL7A 1KD1O 3SAHA 3ZSQA 3DMJA 1HUXA 5I9EB 3V1QA 1TL1A 4LY7A 5F0XA 1YVUA 1TKXA 2IGIA 1JLCA 3AA3A 1X9SA 3S3OA 4M3ZA 4JKBA 1BA0A 3LAMA 4DFMA 4DSLA 3I55N 4BG9A 1HMVA 5SWMA 3M8QA 1WSIA 5TKYA 1TK8A 4NXNK 1RT3A 3CJAA 5AR0A 5EY4A 4AHUA 3KJVA 3SPZA 3VGMA 1ATNA 1BWFO 1XHXA 3MN6A 4JNEA 3LZJA 4FLXA 1O13A 3QEWA 1UOCA 2FC0A 3M5RA 2VWBA 4R79A 4BRGA 2E6MA 1T03A 1YTAA 3L0QA 1VQ9N 3ENOA 4DV3K 3LANA 3G6EN 5C0YA 3OYIA 3V9XA 3U3GA 4YDUA 2BGGA 3VEVA 3H45C 2H3GX 5HRSA 2DFFA 3B8AX 4NYNA 1KTQA 3E01A 3KLIA 3HRGA 5HP1A 4G9ZA 4B1ZA 3CD6N 1T7PA 3O3HA 4I9LA 4DFKA 4YNQA 4M42A 4FJ7A 4CECA 3SAGA 4C1NI 1WOQA 3J81O 3PX6A 5AQMA 3CI5A 3O9UA 1L3TA 4CJ4A 2PZSA 1RTHA 2P9LB 2P9SB 3VQ8A 4KREA 4B3OA 4C8OA 3LZIA 4CEBA 2HHXA 2Y1JA 3SUPA 4BRIA 3D2EB 4ICLA 3A2FA 3LDQA 3KK2A 1YITN 5KTQA 4OX9K 3LPUA 1U2VB 5AQUA 1N36K 1IKWA 1WSFA 4C8KA 4DFJA 3ZEUB 3RWUA 3KVGA 5J2MA 1DT9A 2F9WA 4W5OA 1RBRA 5JVHL 2P9NB 1N6QA 2Q97A 1C6VA 2QWOA 2IAJA 3QFUA 3KZBA 4YOUA 2BH1A 3OYBA 3Q7CA 4PKHA 1WBBA 4B9LA 1FXXA 5HBMA 3VPZA 1W7AA 3O08A 3M3ZA 3K59A 2IC3A 4JYAK 4Z4IA 3QBWA 3CQXA 2V7ZA 4K8XA 4FK2A 3CFOA 1RDWX 1TAUA 3E9OA 4IOXA 3QLHA 1FK9A 2Z1JA 1X9JA 1FW6A 4H8KA 1NK5A 1WUAA 4Q0BA 3EL2A 3OS0A 1DTQA 4JI6K 3HP6A 4CI6A 2E20A 3O9RA 4HUEA 1N5YA 3V81A 1B92A 4BACA 2OYQA 2QKBA 1BG3A 1XC3A 2YKNA 3KWIA 1T44A 3ZSXA 3MWTA 3BUZB 3DM2A 1WAJA 4A5BA 2D0CA 2UUBK 2BANA 3J7AP 2QA4N 1J5EK 3GE1A 3WT0A 3I8BA 2G8IA 3AA2A 4PQUA 3PX4A 3CM6A 1XWLA 1KAZA 4AHCA 2FBTA 3BZKA 5DK5A 4Y1CA 4LF9K 1NOZA 1T6CA 1NK8A 1Y64A 2HF3A 3F73A 4W5RA 2GWJA 1VK0A 5DMRA 1JLEA 3CJ7A 4CGDA 4IO9L 4MLHA 2D0BA 4CEFA 2QK9A 4JLHA 1KXPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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