4FWOA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gmp
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 126
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwoA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwoA02
3FZMA 3C0BA 4JNEA 1QQNA 4WQ5C 4BC5A 2AP1A 3A5OC 1QZ5A 3H1VX 4BRGA 3MN7A 1HUXA 3EL2A 1GLLO 3UKRB 1NGFA 4FWNA 4H5RA 1KAZA 5AQUA 3D7EO 2FLOA 2E2PA 3GBTA 3DXMB 2IVNA 3L4IA 3FZLA 4H0XB 2IVOA 2QWOA 2P9PA 4Y0WA 4YDUC 3ZX0A 1X3MA 2E1YA 1XUPO 2F9TA 1HPMA 3L0QA 1GLBG 1BG3A 4FPAA 3VEYA 1TUYA 4HTLA 5AQQA 4EFHA 4CBXA 3VEZA 3KVGA 4GNIA 3C7NB 2E2OA 3BUZB 3I8BA 4QS8A 1HX1A 2ZGZA 3QBWA 3ZETB 2YHWA 4GY2B 5TKYA 1T6CA 4BRFA 4H0YB 1CZAN 1DGKN 5BN9A 4FL9A 1GLEG 3FLCO 1V4TA 1P8ZA 3VEVA 5ELZA 5E26A 1U2VB 3VEXA 4CD1A 3M6GA 5ADXA 3ATVA 4FWRA 3ID8A 1GLFO 1HKGA 3VF6A 4CZIA 5BRDA 3FZKA 4DHYA 3AY9A 1NGJA 4JHDA 5EXWA 2P9KA 5BPMA 4EHUA 3JS6A 3DXKB 4A61A 4B1YB 3U4LA 1YAGA 1ZC6A 3HSCA 4Z94A 4CBWA 4CZJA 2D0OA 4PKIA 1U6ZA 2H3GX 1NGGA 3CJ9A 3DXMA 1LCUA 2P9LB 3O5BA 4A2BA 3GL1A 4O8KA 2QWLA 4MLHA 5KPRA 5AQSA 3CIPA 5FPMA 4A62A 4BQLA 3QFUA 1Q18A 1BUPA 1Z6RA 3AAQA 3CJ1A 3CQYA 2ZWHA 4H0OA 3WT0A 4BR9A 1MDUB 1YVNA 5AQKA 3U9DA 3CQXA 3S41A 3OHRA 3P4IA 3B8AX 4WQ5A 3VGKA 2V7ZA 3O08A 2V52B 3FZFA 4M63C 3ZETA 5AZJB 2CGJA 5AQJA 5CE3A 1MWMA 2GWJA 4K25A 3D2FA 3EO3A 3L6QA 4CZGA 4PKGA 1MWKA 3AARA 3H1QA 4H5NA 1BU6O 3H45C 5AQOA 1U2VA 4YDUA 3VENA 4BRPA 1WUAA 5BRHA 1HKCA 3J8AA 5AQLA 2EWSA 3CJAA 2OANA 3VGMA 5F0XA 1XC3A 2A40A 3HZ6A 3VGLA 3LDPA 2WUSA 4IZ9A 1NGAA 5EY4A 5KPTA 3DXKA 4BR5A 2ASPA 2E1ZA 3WEEB 1HJOA 5BREA 4BGBA 4CD3A 2P9LA 3M3ZA 5LJVA 4HWIA 1NMDA 3EKUA 3BEXA 3HM8A 4JD2B 4BVOA 5E84A 1RGIA 2IIRA 1X9JA 1GLAG 3LDQA 2UYTA 2YI1A 3WQUA 3U8XA 1QQOA 1QHAA 3CJCA 2HOEA 4RWTA 5ADXH 1HLUA 2CH5A 3R9PA 4DB3A 2GUPA 3H6EA 2A6AA 3UB5A 4MO5A 4O5FA 4FWMA 4M7YA 5BRFA 3W3DA 4IJAA 1SAZA 1ATSA 5JICA 4B1ZA 3HTVA 5BN8A 2CGLA 3MK6A 2PBDA 4BREA 2FF3B 3MMVA 3LDLA 3R6MA 4FOIA 2BUPA 2Q0UA 2E88A 2E8AA 3WQTA 1NGHA 3KZBA 4IO8A 3RSEB 1LOTB 4FPBA 2HMPA 2D4WA 4ISGA 4BRHA 5I9EB 5JLHA 2F9WA 5AZIB 3CJBA 3BP8A 4CZLA 2P9UB 4H5WA 3SJHA 4JN4A 3O4WA 5AFUH 3LL3A 4BR0A 2YJEA 4M7XA 2NLXA 1TUUA 3MN9A 1NWKA 4BVPA 1NM1A 5FPEA 4CZEA 2V51B 3UKRA 1NGDA 3TU5A 3A5LC 3VEOA 1KXPA 1TYQB 4BRMA 2QWNA 3EZWA 2FSJA 2P9SB 2QM1A 4BRDA 3GOIA 3BF3A 4E1JA 5AR0A 4QS9A 4BRKA 4AM6A 1G99A 4IJNA 2YJFA 4BRCA 2A3ZA 2D0PA 3IDHA 1IG8A 3TPQA 4B9QA 1BDGA 3O80A 4FWLA 5EVZA 3VOVA 3ZX2A 4FWQA 3ENOA 3C7NA 3DWLA 1D4XA 1NBWA 3UKUB 4H03B 3RSEA 4BR2A 4QS7A 3ULEB 2Q31A 2ASOA 3VESA 3LDOA 3LDNA 4B1XB 1K8KB 4MLEA 4EAHD 2P9NB 4BC2A 3DAWA 3CERA 2ITMA 4MO4A 3MCPA 1ATRA 5LY3A 1BWFO 4CZFA 2QWQA 3JXUA 4FO0A 4FWOA 4FOEA 4CZMA 4BG9A 2P9IB 3QB0A 5EX5A 3ATUA 3A5NC 4DQ8A 2J4RA 2VCPA 1BO5O 1ESVA 5KQ8A 1TYQA 2ASMA 2GWKA 3FGUA 2CH6A 3SK3A 1GLCG 4XH1A 3VETA 4BRAA 2P9SA 5JMVA 3WXLA 2P9PB 3F9MA 4BRQA 3VF2A 1JCGA 4XH4A 1E4GT 2FXUA 3A8YA 4J8FA 3IFRA 4FWPA 2E20A 3FR0A 1NGCA 2PAVA 4K42A 2BTFA 3UKUA 3ZX3A 5AQWA 4PKHA 3O1WA 3M1FA 1YXQA 2KHOA 3A0IX 3H46O 3WXKA 4I6MB 4B1VA 2A5XA 2QXLA 2Q1NA 5AZJA 1GLJO 3A5MC 5KPZA 4IWVA 4CBUA 3IUCA 2NZTA 1OKJA 5BPNA 4ISFA 1H1VA 1QQMA 2GTDA 1DKGD 5AQVA 3VEWA 1NLVA 5AQGA 4B1WB 4DCHA 1Z05A 3UE5A 1SQKA 3BF1A 2P9IA 2YHXA 3O1BA 4JHDB 3SLCA 2P9KB 4XH5A 1SZ2A 3WXJA 4BRNA 3H3OB 1C0FA 2DPNA 4K43A 5AQTA 3U9ZA 1BA0A 3O6WA 3WEEA 4LC9B 4BC3A 1MA9B 3CETA 4RTFD 2YCHA 1EQYA 1RDWX 1T6DA 2A41A 3D2EB 4JD2A 4PL7A 2ZGYA 3I33A 1ATNA 1C0GA 3WUHA 3R8EA 5AQFA 1XQSC 3KHYA 5KQDA 5F2RA 2A42A 4A2AA 1JCEA 4FWSA 2W40A 1DEJA 3GE1A 3H3NO 2QWMA 1E4FT 3ENHA 3ZEUB 5FPDA 4I6MA 3MN5A 4CJ7A 1QZ6A 4WQ4C 5AQYA 3D2FB 3CI5A 1JCFA 5FPNA 4BQZA 1GLDG 3EN9A 3HBTA 4RCHA 2ZF5O 4H0TB 3QFPA 4H5TA 4JAXA 1NGBA 5AQIA 4K41A 3G25A 3DJCA 2YHYA 1ZXOA 3VF4A 4BRIA 2V7YA 3MN6A 3SMSA 2Q36A 3W0LA 4ISEA 4L3QA 1ZBSA 4IXCA 1T44A 4CZHA 1HKBA 5EOYA 5AQNA 4KBOA 2E2NA 3EKSA 4H0VB 1NGIA 5AZIA 1S22A 2E2QA 3GG4A 3D2EA 3CJ7A 2CGKA 2GELA 2HF3A 2P9UA 5JLFA 2IVPA 5F1XA 3VPZA 2HF4A 2QWRA 4H0PA 3CHWA 4FSVA 4BGAA 3FFKB 4BG8A 5BR9A 1WOQA 4EIAA 4H5VA 2NRHA 1X3NA 4WYBA 4NO7A 3IMXA 2QW9A 1S3XA 2AA4A 5AQPA 4BR4A 1BOTO 2FSKA 3QICA 3ZEUA 3GDQA 4FWKA 2Q2RA 3QBXA 2FSNA 1Y64A 4F9OA 4BR7A 4CI6A 3O8MA 5AFUA 1YUWA 1J6ZA 1KAXA 3AAPA 5AQMA 5AQRA 2I7PA 3FE1A 4CZKA 2FF6A 1IJJA 2Q0RA 1NGEA 5B8HA 2Q97A 3VERA 3SMPA 4BC4A 3QMLA 3FZHA 5BPLA 2W41A 4PL8A 4EHTA 4AM7A 2VYPA 1KAYA 4BRLA 1RFQA 4B1UB 3LM9A 5LJWA 5AQXA 3HI0A 4XEIA 3QDKA 3ULEA 5AQHA 1R59O 3WXIA 4BROA 1K8KA 2GEMA 4C23A 2P9NA 2QWPA 3MDQA 4NB4A 3LM2A 2I7NA 4WQ4A 5AQZA 1V4SA 1BA1A 2VWBA 2D1KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C0BA 2HNZA 4WQ5C 5D3GA 2AP1A 1NJXA 5KI6A 3MN7A 1VSHA 3EL2A 4KH6A 4MDBA 4FLYA 4EP4A 3CF5L 3CCQN 3GBTA 1K8AO 1JLGA 3L4IA 3F2KA 4LF4K 3FZLA 3NH1A 3RRHA 2IVOA 1XMQK 2P9PA 3ZX0A 2E1YA 4J2BA 1XUPO 1HPMA 3U6FA 3V6DA 5SWMA 1BG3A 4FPAA 4CHQA 1FXXA 3CCEN 4GNIA 3HP6A 3F5TA 4ZHRA 3BUZB 4CEZA 4PA1A 4DV4K 4DQRA 4E7HA 3ZETB 4GY2B 5TKYA 2F8TA 2PYJA 3FLCO 3MX2A 3PIPL 4OX9K 1RNHA 1TKZA 5ELZA 2VQEK 4CK1A 3VEXA 4CD1A 2QKBA 2Z1GA 5ADXA 1TK8A 2JWKA 1W0HA 3ATVA 4ID1A 5BRDA 1HKGA 2PYLA 4CGFA 3TR8A 1VQLN 1MU2A 3AY9A 4FK2A 5EXWA 4IBNA 1VSDA 3JS6A 2IDOA 4EHUA 3MEDA 2KFNA 2D0OA 3OYEA 5A2QO 1U6ZA 2H3GX 1NGGA 3GL1A 4O8KA 5FPMA 2HHVA 1DTQA 4H0OA 3OS1A 3CQYA 4O5BA 2ZWHA 2VG5A 4DTNA 4DSLA 2HHXA 3CCLN 5AQKA 4ZTFA 3U9DA 4DV6K 1WSIA 1VSFA 1HYZA 3NF7A 3VGKA 1UAXA 4JK7A 3ZCMA 3ZT3A 2V52B 3ZETA 4JK9A 5AQJA 5LMUK 2HHHK 4CJLA 3OYIA 4KTZA 4LF9K 1XHZA 4H5NA 5AQOA 4YDUA 2GUIA 4BRPA 4CERA 1NOYA 3J8AA 4C1NK 3CJAA 1YJNN 1NK9A 4WFAL 5EU7A 3KK3A 2WUSA 5CY4A 4IZ9A 5EY4A 3PX6A 4FLTA 2E1ZA 4Z4EA 5BREA 3ZSRA 4LFAK 4CD3A 3AVIA 4GKJK 3BEXA 3HM8A 4BVOA 1N6QA 4CJKA 1D9FA 2EX3A 1X9JA 4X65K 2GX9A 1RTHA 1BGXT 2HB5A 3KD5E 2YNGA 3D45A 3PUFA 2VQFK 1QQOA 4M3TA 2YKNA 1QHAA 2YHAA 1KRPA 5ADXH 1DLOA 4OGEA 3CC2N 2GUPA 3T19A 3H6EA 1N36K 4ELTA 1BIZA 3AVBA 4O5FA 1TL1A 3QIPA 2OYQA 2OA8A 1L3TA 3K5NA 4I9LA 3KIOA 3M8PA 3OS0A 1WBBA 5J2PA 4FOIA 2E5LK 2Q0UA 4O44A 2O8BA 2E8AA 4RW8A 3KLIA 3WQTA 1TAQA 5TKWA 1NK4A 2O8EB 1L3UA 4ISGA 1Z25A 1QVGM 1BQNA 3TAPA 3CJBA 4JI6K 4OLAA 3CG7A 4CZLA 3WNEA 3SUNA 1A5WA 1HNIA 2UU9K 1VSEA 4NXNK 3ZSZA 4BR0A 3K59A 3CFPA 5HLFA 1TUUA 1NWKA 2IGIA 3KWIA 2V51B 4KPYA 1NGDA 3A5LC 2OPSA 4B8AB 1TGOA 4DQSA 4GV9A 3EZWA 3SPZA 4IFVA 1U47A 3GOIA 4HTUA 4OLBA 1QTMA 3K58A 3BGRA 3ULDA 1I3AA 1CLQA 3S3OA 4GW6A 3QERA 2XY5A 4FWLA 3TTCA 4KHSA 1RDCA 3ZX2A 4FWQA 1WAFA 3ENOA 3RR8A 1D4XA 2VGNA 4Z4GA 2O8EA 3IS9A 1KFDA 3EY1A 1JLBA 4QS7A 3ULEB 4KTWA 3HXMA 3I0RA 4CHNA 1F21A 3AVNA 1EKEA 4CHOA 4IKFA 2YHBA 3MCPA 4W5TA 2BH1A 4G1QA 4NXMK 4KI6A 4FO0A 4FWOA 1TL3A 3ZSOA 2P9IB 3QB0A 4FM1A 3VQAA 3ATUA 5HROA 3A5NC 3IKMA 4DTPA 3OYLA 2VCPA 1E3MA 1ESVA 2KZZA 3ISNC 3FGUA 3SK3A 5JMVA 1GLCG 1Q7YO 1D9DA 3WXLA 3F9MA 4CIFA 4X62K 2HHTA 4NCBA 4HCBA 3OS2A 4LSLA 1LWEA 1EWRA 3IFRA 4FWPA 1T03A 4HUFA 2E20A 3FR0A 3MEEA 1LV5A 4FJJA 5FLXO 3AGKA 5K14A 1IBLK 3OYCA 1JLCA 4FJ5A 4IDKA 3TI0A 4GV3A 4OVLA 1B92A 3M1FA 1YXQA 3A0IX 3C6TA 3H46O 4FJLA 1S6PA 2UUCK 3OA9A 2QXLA 2Q1NA 4ILHA 1GLJO 4KH5A 3A5MC 5KPZA 4DLEA 1NK6A 2AJQA 3IUCA 2NZTA 1D5AA 1OKJA 4ISFA 3AA2A 5AQVA 4KO0A 1LAVA 4IOCL 1RBTA 1JL2A 1SQKA 2P9IA 2YHXA 2JGUA 4JHDB 3NFAA 1SZ2A 3WXJA 4CW7B 3H3OB 4K43A 4LC9B 3OYBA 3QETA 4CJTA 4DR5K 3SBGA 1T6DA 2A41A 3D2EB 4R5PA 4JKFA 3E1YA 2ZGYA 1N33K 3ZSVA 2D0CA 3NH2A 3KHYA 2YX6A 5F2RA 4NYFA 4A2AA 2QXFA 4YOWA 1NK8A 3DRSA 3NF8A 3GE1A 3RTVA 3SI6A 3WNHA 2QWMA 3DLGA 4JKCA 5LL6Z 3V1QA 3QEVA 1Q9YA 1IKXA 4FM0A 4IEEA 1ZBHA 4WQ4C 3LP2A 4AQYK 1JCFA 4OPHA 3NCIA 1NKEA 4B9UA 4FLWA 2ZF5O 4C8LA 4Z0UA 3DJCA 3SUPA 2O8FB 1ZXOA 4AHCA 3P31A 1XNRK 1RT5A 3THWB 4L3QA 1ZBSA 2B4JA 3ASMA 1T44A 2VWKA 5EOYA 4C8MA 4KBOA 4FLZA 2E2NA 3MXJA 4C8OA 5FRNA 4DFKA 1IV0A 1ZBFA 1SS6A 4H0VB 1NGIA 4CGJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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