4FWQA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gtp
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 135
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwqA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwqA02
1QQMA 3H3OB 5AQYA 4JNEA 4BQZA 2AP1A 3UKRA 3VOVA 4B1ZA 1KAXA 5BPNA 4FSVA 4BRDA 2YJFA 3VGMA 2ZGYA 1ZC6A 4PL8A 4JN4A 4DB3A 3CJBA 4CZFA 5AQFA 5AQTA 3ZX2A 3EZWA 5EVZA 2D4WA 5E26A 3MMVA 2QWLA 3ATVA 3H3NO 5BRHA 2IVNA 4A61A 3ULEB 5BPMA 5AQQA 3VEYA 3HBTA 3RSEA 4ISFA 2CGKA 4BG9A 4BRIA 4FWQA 3FZHA 4RTFD 4WQ4C 4J8FA 2GELA 1H1VA 2A42A 5FPDA 3MN7A 5F1XA 2HOEA 2FSNA 4MO4A 3S41A 3KHYA 1XQSC 2UYTA 4CBWA 3ENOA 3MDQA 2VYPA 4IO8A 3LDQA 3ZX3A 5F0XA 4H5TA 2FLOA 1HKCA 4O5FA 2W41A 2P9KB 4QS8A 4E1JA 1NGIA 1C0GA 3EL2A 1KAYA 3ZETB 3D2EA 5AZJB 4FL9A 5TKYA 4GY2B 5AFUH 1NWKA 5AQMA 4BRNA 4B1UB 1XC3A 1WOQA 4FPAA 1NGFA 5EOYA 3FR0A 3CIPA 4B1YB 1Q18A 4CD1A 2P9SA 4CD3A 3KVGA 1BUPA 1BU6O 4L3QA 4BRAA 3WEEB 3QFPA 5E84A 5AZIA 4BRPA 3BP8A 3WT0A 3LDNA 4XEIA 2A41A 2BTFA 4Y0WA 2P9NB 1CZAN 2P9SB 3FLCO 2CH5A 3HTVA 4BR5A 1MWMA 3CJAA 1IJJA 3JS6A 2Q2RA 5BN9A 4M7YA 5BPLA 4FOIA 2QM1A 3QICA 5BRFA 1K8KA 4CJ7A 1QZ5A 2BUPA 3A5NC 1E4FT 5JLFA 4H5RA 5JLHA 2CGJA 1TYQA 1NGBA 2FF6A 3M1FA 2V52B 4H0VB 1V4TA 1NGAA 3D2FA 3C7NB 1YVNA 3MN6A 4BRQA 4CI6A 3AAPA 3O80A 5AQUA 4K42A 3SK3A 1U6ZA 4H5NA 4YDUA 1YUWA 3U9ZA 3UKUA 4FWNA 4FO0A 1S3XA 1U2VA 1TYQB 4IJAA 4CBUA 2QXLA 2P9UB 2A3ZA 3O08A 5AQWA 3VEXA 3I8BA 3CJ1A 3J8AA 2PAVA 5AQPA 1Z05A 4CZEA 5B8HA 1C0FA 4MLEA 3W3DA 1GLJO 3O5BA 3VF4A 2IIRA 4BRKA 2YI1A 2P9LB 3O6WA 4QS7A 3A5MC 3VF6A 3WQTA 1NGJA 3QFUA 5KQDA 1LOTB 4JHDA 3M6GA 3HI0A 4H5WA 1GLDG 3WXLA 2V7ZA 3CHWA 4AM6A 2E2NA 3H45C 1HKGA 2E2PA 4H03B 1LCUA 5AQVA 2GTDA 5EXWA 2HF4A 3I33A 5AQJA 4FWSA 4K43A 2D1KA 2IVOA 2Q1NA 4ISEA 2YHYA 3D7EO 4IJNA 4YDUC 1RDWX 4H0PA 1BWFO 3UKRB 4CZHA 3GOIA 3QBXA 4CZLA 4EHTA 4BR4A 2QWRA 4A62A 2QW9A 2FSKA 1ZBSA 1MA9B 3O8MA 4MO5A 3QMLA 3CERA 4PKGA 4EIAA 2NZTA 1GLCG 3U8XA 1BG3A 4RCHA 2FF3B 2QWPA 3GBTA 4XH4A 2OANA 3DJCA 4I6MA 4IWVA 3DAWA 4FOEA 3RSEB 1DKGD 4IXCA 3AAQA 2F9TA 5LJWA 1NGHA 3HM8A 4HTLA 5LJVA 5FPMA 2FSJA 2HF3A 5AQKA 5AQOA 4BR7A 3ENHA 1JCGA 1YAGA 4PL7A 4H5VA 3FGUA 3MCPA 2J4RA 1TUYA 4BC3A 1ATSA 3HZ6A 3L4IA 5ADXA 3FFKB 3LM2A 2Q0RA 5KPZA 2DPNA 2CH6A 2WUSA 1MWKA 3D2EB 4JAXA 3R9PA 1V4SA 3SLCA 4EAHD 1J6ZA 3MN5A 4M7XA 3WUHA 3QB0A 3JXUA 3WQUA 3HSCA 3VGKA 2IVPA 3CJCA 1X3MA 1SAZA 4A2BA 4FWPA 3GL1A 2A6AA 2CGLA 5AZIB 2P9PA 4DQ8A 4JD2A 4NO7A 5AQHA 1HUXA 4B9QA 1DGKN 3ZEUA 3IDHA 5AFUA 2QWQA 5FPEA 4O8KA 1Z6RA 2AA4A 4H0OA 1NGCA 4BGAA 3EKUA 4PKIA 4B1VA 4K25A 2D0PA 3VENA 4JD2B 4EFHA 2QWMA 1IG8A 3QBWA 1K8KB 4BR2A 4BRCA 3VF2A 3H6EA 3D2FB 2A5XA 5AQGA 4BG8A 4FWKA 3CQYA 4LC9B 4NB4A 3FZFA 4CZKA 4RWTA 4KBOA 1KXPA 3UKUB 3U4LA 1GLBG 1MDUB 4FWOA 1NGEA 3VPZA 1U2VB 5BN8A 3DXMA 2KHOA 2ZWHA 1NGDA 4CZIA 5JICA 1R59O 1HPMA 1XUPO 3VEOA 3EO3A 3VEVA 2GUPA 2VWBA 3VESA 4BRGA 4CZMA 3A0IX 5AQNA 1HKBA 4BREA 2E8AA 3QDKA 1RFQA 3CJ7A 1P8ZA 2QWNA 3W0LA 3MN9A 5BR9A 2V7YA 5AQSA 4BRMA 4JHDB 3LDPA 1KAZA 4FWLA 2D0OA 5ELZA 1QQOA 2Q0UA 4DHYA 5JMVA 4FWMA 4K41A 1ATNA 4WYBA 5AQXA 3SMPA 3IMXA 2A40A 4CZJA 1BOTO 3FZKA 2YJEA 3BF3A 3BF1A 2HMPA 1ZXOA 3CI5A 1JCFA 4CBXA 3VERA 1JCEA 2Q31A 3A5LC 4BVOA 2E88A 2EWSA 4A2AA 3O1WA 3EN9A 3LDLA 2E20A 2W40A 3VGLA 1RGIA 3GG4A 3H1VX 2H3GX 3ULEA 2ZGZA 1NBWA 4WQ5A 1ESVA 3M3ZA 4B1XB 1T6DA 5F2RA 3LDOA 1GLLO 1NMDA 1X9JA 1YXQA 1BO5O 1TUUA 3GE1A 3FZMA 4H0TB 4Z94A 1OKJA 3AARA 3F9MA 4H0YB 5CE3A 3ZX0A 1NM1A 1NGGA 4I6MB 5ADXH 2VCPA 1QQNA 3C0BA 4BQLA 1BA0A 3P4IA 4BRLA 4EHUA 3R8EA 2FXUA 1E4GT 5EY4A 1HLUA 2P9KA 4AM7A 4BR9A 4BRFA 3KZBA 1T6CA 3ZETA 2E1ZA 3TPQA 5AZJA 3VETA 3BEXA 3LL3A 2ASMA 5AQZA 3DWLA 1BDGA 1X3NA 4B1WB 3VEWA 3WXJA 4MLHA 3BUZB 3OHRA 1WUAA 3A8YA 2NLXA 5AR0A 1HX1A 3B8AX 3CQXA 3WXKA 3IUCA 4WQ5C 3WEEA 3ATUA 2GEMA 4C23A 4PKHA 4FWRA 2QWOA 2P9NA 1QZ6A 4BROA 4XH5A 3VEZA 3LM9A 4IZ9A 1Y64A 2GWKA 5AQIA 2P9IA 4XH1A 2ASOA 2YCHA 3MK6A 2P9PB 3ID8A 3TU5A 3CJ9A 3CETA 2GWJA 2I7NA 3ZEUB 2Q97A 5KQ8A 1SZ2A 1NLVA 5I9EB 4BVPA 1BA1A 3UE5A 2ASPA 3AY9A 1DEJA 3C7NA 3SMSA 3SJHA 4FPBA 2P9IB 3DXKA 3L6QA 1EQYA 1HJOA 2ZF5O 5AQLA 4BGBA 2F9WA 5AQRA 5LY3A 5FPNA 3U9DA 2P9UA 2E2OA 4H0XB 2YHWA 1D4XA 3FZLA 3A5OC 4ISGA 4BC5A 1S22A 3DXKB 3EKSA 1G99A 4M63C 1GLEG 3G25A 1GLAG 2Q36A 4QS9A 4BR0A 5KPTA 1T44A 1ATRA 2E1YA 3H46O 1SQKA 2P9LA 5KPRA 1QHAA 4BC2A 3L0QA 3O1BA 3H1QA 3DXMB 2V51B 3WXIA 4BC4A 3GDQA 2I7PA 2PBDA 3O4WA 2NRHA 3UB5A 4F9OA 4HWIA 4GNIA 4DCHA 4WQ4A 3R6MA 5BRDA 2E2QA 5BREA 3FE1A 3IFRA 4BRHA 2ITMA 2YHXA 1GLFO 5EX5A 4CZGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ASVA 3L2QA 4JNEA 1Q81O 3AGRA 2YNGA 1WSJA 5BPNA 1YVUA 1YF5L 4Z4IA 2YJFA 2HHVA 4I2QA 3RMDA 4A57A 1VHXA 3LP3A 4JN4A 4YOUA 3C6AA 2UXCK 4BDZA 4FJJA 5AQFA 3ZX2A 2A1SA 3EZWA 5E26A 4CFCA 3QNOA 3VTIA 2QWLA 2RE2A 4YORA 3RRGA 2G8VA 2IVNA 1JXEA 1VSEA 3ULEB 3ZSYA 4GW6A 4OPJA 5D3GA 3OYHA 5AQQA 3JYTA 3LDSA 3TABA 4JS5A 3P38A 2HNDA 3OY9A 4RTFD 1JL1A 4J8FA 2GELA 2A42A 3MN7A 4JKEA 2UUCK 1XQSC 1QVGM 3H08A 3MDQA 2HSTA 4ILJA 4OX9K 3S3NA 4B9LA 1EETA 2FLOA 4CK3A 3PUFA 1KVBA 1MU2A 1QHTA 1HMVA 1TAUA 5GIPA 2D0AA 3ZSXA 2QTDA 4FL9A 1S72N 1F21A 3K59A 1NK7A 4G9ZA 4FPAA 4AHRA 4B1YB 4EZ9A 4F3OA 2Z1GA 4BRAA 3SAHA 4TSXA 1X9MA 4XEIA 5DM7L 1VQLN 2P9NB 2XY7A 3RWUA 5FRMA 3SAFA 1CZAN 4CEOA 4HTUA 3SZ2A 3HTVA 4QOZB 2KFZA 3CJAA 1IJJA 5BRFA 2YHBA 1QZ5A 2BUPA 1E4FT 4C1NI 5JLFA 5JLHA 2P5GA 1TYQA 3ZT1A 3CCJN 4DQRA 2YNIA 1NNEA 4CI6A 3G10A 4H5NA 4CHNA 4MDBA 3CCUN 1RTDA 2F4VK 3UKUA 3WNGA 1S3XA 1TYQB 4CBUA 4FK2A 4NCGA 2O4GA 1RDUA 4OGCA 5AQWA 2KTQA 3CJ1A 1Z05A 5SWMA 2HHSA 3K9KA 3KWIA 4DV2K 3VF4A 2GUIA 1IKVA 2P9LB 1C0TA 3A5MC 4IKFA 3VMFB 4FJLA 1NGJA 3MX2A 4KO0A 4FM2A 5J2PA 3WXLA 1UA0A 1N34K 3ZT0A 3L2RA 3H45C 4JI5K 2E2PA 1NOYA 3QETA 5AQJA 4K43A 3E1YA 2YHYA 4M3UA 3VQBA 4DR1K 4FLUA 3RR8A 3AV9A 4IJNA 4RW6A 3OBYA 4CW7B 1RDWX 2D0CA 4DUYK 3T7ZA 5GAEP 3GOIA 2O8FB 3QBXA 2RKIA 3PSIA 3THYA 4EZ6A 4BR4A 4ZTJA 4DLEA 1VQPN 2QW9A 3CCLN 1MA9B 3O8MA 1LV5A 3QMLA 3MWPA 3CERA 4JI7K 4F2SA 4Z4FA 3IKMA 3OVNA 3U8XA 1OH6A 5SZTA 4KH4A 1S1VA 3RSEB 3DAWA 4FOEA 1WBDA 1DKGD 4M3XA 2F9TA 3HP9A 3NE6A 2Y1JA 2UU9K 2X6NA 5GAHP 1L3UA 5AQOA 3KD1E 3ENHA 3DOKA 4JLHA 3MCPA 2J4RA 3KIOA 1RBUA 3E9PA 2DY4A 4PA1A 3NVKA 3HZ6A 3EEQA 5KPZA 1N33K 2DPNA 2WUSA 1TL1A 1V4SA 1ZBHA 1Q8IA 4DLGA 1NG9A 4FLTA 4M7XA 3TTDA 1VRUA 1NU0A 3WQUA 4CIFA 3J7AP 1VQ8N 4E7LA 5LMNK 1TKXA 4FWPA 3SBTA 1VQ7N 1VQ6N 1WNSA 3TAFA 4DG1A 3DLHA 4JKGA 1HUXA 4HVJA 1DGKN 2NRZA 1VSMA 2QWQA 4O8KA 3CCMN 4H0OA 2JGUA 4E89A 3AO5A 2D0PA 4E7IA 3K5LA 1ASWA 4KAZA 3MXJA 4W5RA 4O0IA 1J54A 3CD6N 4ID1A 4CJUA 3VF2A 3HYFA 2IAJA 4AQYK 2A5XA 1ZBIA 1HNIA 4FW1A 1HJRA 1W7AA 3J80O 3O9RA 4DU3A 3U4LA 3NHGA 2B5JA 1U2VB 3DYAA 3CC4N 2DFFA 3O9UA 4CGFA 3LZIA 3HPOA 1S6QA 3K57A 2ZWHA 3I0SA 1R59O 4F2RA 1KFSA 1NK8A 5FDLA 3AVKA 3R1XA 1HNXK 3EO3A 3P39A 4CZMA 1RTJA 3QDKA 4JK7A 1RFQA 3CJ7A 3IG1A 3NFAA 2QWNA 3NH1A 3MN9A 1X1PA 3ZLJA 3KD5E 5HLFA 4B3RK 4JRPA 2V7YA 4BRMA 2JWKA 1IH7A 5DK5A 5HP1A 3LDPA 1KAZA 2RF2A 4X64K 1NK0A 4B9UA 1Q82O 4DHYA 1A5XA 2IOCA 4LF7K 4PWDA 5MLCQ 2A40A 1BOTO 3FZKA 3BF3A 1TVRA 3BF1A 1ZXOA 3KLGA 1S5JA 4CBXA 2HHHK 1NKEA 4AHCA 3A5LC 4J2DA 4A2AA 1FKOA 2HBLA 4DQIA 4CJSA 3THWA 2E20A 2GV9A 3LPTA 1RGIA 2KQ2A 3H1VX 3KKSA 4E7HA 3SNNA 1BQNA 3PIOL 1T6DA 4CF0A 1BO5O 5FLXO 1DLOA 3T1AA 3LANA 3ZSVA 4O0JA 4I6MB 1LW0A 3VQ5A 4BQLA 2F8SA 3SBGA 1BL3A 3AO1A 3NGYA 1WLJA 4KRFA 3HO1A 5KGXA 3KZBA 3HSTB 3ZETA 1RDBA 5AZJA 4FLYA 3ITHA 4GMJB 5AQZA 3OYFA 4FJ7A 1ITGA 4BE2A 4DTRA 1C1BA 2NLXA 4LY7A 3C6UA 4MQ3A 3EYZA 2HBKA 4DSIA 1HX1A 3CQXA 3IUCA 3WEEA 1GOBA 2GEMA 2R7YA 4YNQA 3QERA 4JI6K 1KVAA 3PLAA 1QZ6A 1UOCA 3WNFA 2HVHA 4C8OA 4A5BA 2NRXA 2D0BA 3MX5A 4CJ4A 4XH1A 2YCHA 3IS9A 3LAMA 4DR2K 3LWMA 3TU5A 3TANA 1KC8O 4DTNA 2I7NA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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