4FWRA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with cmp
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 129
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwrA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwrA02
5KPRA 4CZIA 2BTFA 2FSNA 2CH6A 1Z05A 4H5RA 5AQXA 5AQFA 3UKUB 1NGCA 3VEZA 3WXLA 4BR9A 3FZMA 3G25A 2VCPA 3VENA 1MWKA 4FSVA 1SQKA 3EN9A 2P9KA 1KAZA 1DEJA 2FF6A 1V4SA 1KXPA 2IIRA 4BVPA 1LOTB 3U9ZA 3LM9A 2E8AA 3U8XA 1K8KB 3IMXA 4JD2A 4BROA 3C7NB 5I9EB 1ZBSA 5CE3A 4CZMA 4DCHA 2GUPA 2GWJA 3CERA 3TPQA 3I8BA 3ZX3A 1NBWA 3LDNA 4BRPA 1ESVA 4HWIA 1BA0A 4FWPA 4H03B 5BPMA 2QWMA 4B1VA 1TYQA 3ATUA 1JCGA 2QWRA 1GLDG 4MLEA 1GLCG 1NGGA 2CGJA 5KPZA 3HZ6A 1S3XA 5BRFA 2ASMA 3TU5A 1X3MA 3A5NC 1Y64A 3MMVA 1U2VA 1NLVA 2Q97A 4ISFA 4XEIA 4CJ7A 1BUPA 1RGIA 3SMPA 4B1XB 4CBXA 3CI5A 3LDOA 1Z6RA 5B8HA 2ITMA 1HUXA 2P9LB 5KQDA 3FFKB 2NZTA 2H3GX 3QBWA 4FWLA 4CD1A 5BR9A 2DPNA 3O1WA 1H1VA 3AARA 4M7YA 1U6ZA 3H3OB 4IJAA 5JLHA 2OANA 3MDQA 1YXQA 2YCHA 3WXJA 4BG9A 3H1VX 1GLFO 4BR4A 5BREA 3M1FA 5FPEA 2A3ZA 2YI1A 3A5OC 3QMLA 4CD3A 4CI6A 4F9OA 4L3QA 3UKRA 4FPBA 1NGEA 4FPAA 4H0TB 1SAZA 1J6ZA 4CZKA 4A62A 4FWNA 4WQ4A 4BRNA 4JHDA 4YDUA 5BN8A 3JS6A 2Q0UA 4XH4A 4A2BA 1NMDA 3CETA 3RSEA 1HKCA 3AY9A 1BO5O 4B1ZA 1TYQB 2V51B 5AZIA 1NGDA 2WUSA 3VERA 2YJEA 3KVGA 2QW9A 2FSKA 3DXMA 3VETA 2GELA 5F2RA 1NM1A 4JNEA 2CH5A 3ID8A 3BEXA 3WXIA 3SJHA 3MN7A 1GLEG 3P4IA 3AAQA 4IWVA 4BVOA 1WUAA 2D0OA 2PBDA 3IFRA 3O4WA 3R8EA 1QHAA 3A5LC 3DWLA 4EHTA 2EWSA 5AQJA 4BR5A 1C0GA 4FO0A 2P9IB 2GTDA 3R6MA 3WT0A 3BUZB 3QICA 3I33A 4EIAA 3ZEUA 3SK3A 1HX1A 3O6WA 5LJVA 2A42A 3R9PA 1YUWA 1G99A 3D2FB 3UKRB 2IVPA 3CJCA 4PKHA 2E2PA 1EQYA 3WQUA 5AQVA 5AQLA 1R59O 4NB4A 2E1YA 2P9PB 4JHDB 3O80A 1QQNA 3O08A 2E2OA 2PAVA 4BREA 2A5XA 3VF6A 3RSEB 1T6CA 4Z94A 4DQ8A 5AZIB 4PL7A 5BPLA 4H5NA 2I7PA 4QS9A 5AQPA 2P9NA 3CJBA 4ISEA 3U9DA 4MO5A 1X9JA 3SMSA 4BRDA 3S41A 3UE5A 2Q0RA 1X3NA 4K42A 3VF2A 2FLOA 3O5BA 4FWRA 3JXUA 2E2NA 4FOIA 1E4FT 3BF3A 4C23A 2E1ZA 3VEXA 3CJ1A 4CZFA 3GE1A 2P9SB 3WEEA 4KBOA 4FWMA 5AQGA 4BQLA 4J8FA 4BRCA 3CJ7A 4MO4A 3QB0A 1GLLO 4JN4A 3H46O 4PKIA 2HMPA 4A2AA 1HJOA 2HF4A 4BGAA 2FSJA 1ATNA 2AP1A 5ELZA 3GL1A 5AR0A 3D2EA 4EHUA 1KAXA 1HKGA 2E88A 5F1XA 3B8AX 1BU6O 4QS8A 3VGMA 5AZJA 1KAYA 5EY4A 1NGFA 3KHYA 4BR2A 1XQSC 2P9KB 3GG4A 3QFUA 5AQKA 2V52B 3VGKA 3BP8A 2VYPA 1T44A 2QWPA 3EKUA 5EOYA 5JLFA 2QXLA 4MLHA 5LY3A 5AQRA 2W41A 1WOQA 3MN9A 4JD2B 4H0XB 5BN9A 4B1YB 4IXCA 1NGAA 3LDLA 4O8KA 4BRFA 1LCUA 5AQTA 1QQMA 2P9NB 4EFHA 4BRKA 3UKUA 4BR7A 5AQQA 1CZAN 4DB3A 1QQOA 2YJFA 5TKYA 1ATSA 4FWOA 4FWKA 1ZXOA 3ZX2A 4QS7A 3DXKA 3LL3A 5EX5A 1SZ2A 3VEOA 3ATVA 3WUHA 1U2VB 2P9UA 4RTFD 1T6DA 4GY2B 2F9WA 4WQ4C 1BA1A 3CJ9A 3WEEB 4H5TA 4PKGA 4B1WB 4YDUC 1DGKN 2IVNA 3FZKA 2Q1NA 1K8KA 5FPMA 4K25A 4IZ9A 4RCHA 1MWMA 2QWOA 3QDKA 2Q31A 1IJJA 4BGBA 5JICA 5AQWA 3D2EB 2I7NA 3BF1A 3O8MA 4CBWA 1QZ5A 4H0PA 5AZJB 2ASPA 2F9TA 2CGKA 2Q36A 5JMVA 5AQHA 5EVZA 4DHYA 3L4IA 1MDUB 3GOIA 4BQZA 1XC3A 4GNIA 4I6MA 4H0VB 4BRAA 2FXUA 5AQZA 1BDGA 1GLJO 1P8ZA 1XUPO 3EL2A 3KZBA 5AQOA 1MA9B 1D4XA 3LDQA 3WQTA 3H45C 3EKSA 4BG8A 3A0IX 4BRIA 3LDPA 2P9LA 2YHWA 4BRQA 3QFPA 2ZGZA 2D4WA 3HI0A 4CZJA 4K43A 3HM8A 5AQNA 1JCFA 1V4TA 4BC3A 3A8YA 4BRGA 5FPDA 3QBXA 3DXKB 2QM1A 2QWNA 4AM7A 1NWKA 3DXMB 4CZGA 4BRMA 4WQ5A 5EXWA 2KHOA 2P9UB 3F9MA 4H5WA 4LC9B 3MCPA 3L6QA 1C0FA 3HSCA 3H3NO 2ZWHA 5BRDA 3VEVA 1OKJA 2J4RA 3VF4A 4O5FA 3OHRA 2UYTA 4CZHA 1BWFO 1E4GT 3MK6A 3W0LA 4BR0A 1NGIA 2W40A 3W3DA 1GLBG 1HLUA 2E20A 4Y0WA 4B9QA 5AQMA 2D0PA 3CQXA 4WQ5C 1TUUA 4BRHA 4NO7A 1YAGA 2VWBA 2HOEA 5AQYA 4I6MB 3ULEA 1RFQA 4H5VA 3AAPA 3ZEUB 4H0YB 2CGLA 2GEMA 4B1UB 3FZHA 3HBTA 3WXKA 4XH5A 4BC4A 4BC2A 3FLCO 3ZETA 5KPTA 3ENOA 3FE1A 2A40A 4M63C 3L0QA 3ENHA 5AFUH 1NGBA 3H1QA 3GBTA 1Q18A 3HTVA 3C0BA 4HTLA 3VEWA 4EAHD 5KQ8A 3J8AA 5ADXH 3IUCA 4XH1A 3H6EA 2HF3A 1YVNA 3D7EO 2IVOA 3VESA 1NGJA 1GLAG 2ZF5O 2P9IA 3LM2A 2AA4A 1ATRA 3VPZA 1S22A 1JCEA 5BRHA 1HPMA 3VEYA 4AM6A 4JAXA 3U4LA 2QWQA 3M6GA 5E26A 5LJWA 4FOEA 2GWKA 3D2FA 5AQSA 3MN5A 3ZX0A 3A5MC 3DJCA 3O1BA 4H0OA 4CZLA 3MN6A 3EO3A 1NGHA 2P9PA 3UB5A 3VGLA 2E2QA 1DKGD 2NRHA 4M7XA 5AFUA 4PL8A 1QZ6A 3M3ZA 3C7NA 2BUPA 2YHYA 3CQYA 4FL9A 3EZWA 2ZGYA 4K41A 5AQIA 1ZC6A 4ISGA 4A61A 1HKBA 3ULEB 4WYBA 5BPNA 5ADXA 4BRLA 5FPNA 3CIPA 4FWSA 2V7YA 3SLCA 3VOVA 3FR0A 3CHWA 2A6AA 1TUYA 4IO8A 1IG8A 3IDHA 3ZETB 3FGUA 3FZLA 2ASOA 2A41A 5F0XA 1BG3A 5AQUA 4E1JA 1BOTO 1RDWX 3GDQA 2D1KA 4CZEA 2V7ZA 4IJNA 3CJAA 4FWQA 2NLXA 4RWTA 2YHXA 2QWLA 2Q2RA 2P9SA 5E84A 4BC5A 4CBUA 3DAWA 2FF3B 3FZFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JI1K 2FSNA 1VQKN 1HR0K 4UY8O 5DK5A 3EN9A 3MWTA 2P9KA 2GBZA 4FJ7A 4JI3K 1DEJA 1XNRK 4CGFA 3LZIA 1V4SA 3MWPA 2IIRA 1Q86O 1K8KB 3DOLA 3THWA 1S1TA 1RTIA 1Q81O 3TPQA 4CJWA 3L2VA 3MX5A 4A59A 4KHUA 3VMFB 1X9SA 1BA0A 4CJLA 4H03B 5BPMA 2ZM6K 2QWMA 1JLBA 3V6DA 3T1YK 1EX4A 4N56A 1TYQA 4DF8A 3BZCA 2E5LK 3HYFA 2QWRA 1GLCG 1S9EA 5KPZA 1L3VA 1S9GA 3TAFA 5LMUK 2KZZA 5LL6Z 1KTQA 2ASMA 1RT7A 3A5NC 1YITN 3B6PA 3R3LA 4CJ7A 2Q97A 3HJFA 4XEIA 2XHBA 4B1XB 4CBXA 1Z6RA 2IGIA 1HUXA 2G8KA 2H3GX 3QBWA 4CVNE 4FWLA 4JKHA 4CD1A 2XY6A 1WBBA 3RMAA 4M7YA 2KFNA 3KK1A 1LWEA 1TAQA 3MDQA 1HRHA 3KLHA 3QETA 3CCQN 4BR4A 3J7ZO 4EP4A 4NCAA 4OKJA 2YI1A 3A5OC 4JKDA 3RTVA 4AHVA 5CYQA 2GUIA 4CECA 1FJGK 4CI6A 3J7YP 3UKRA 3VQQA 4FPBA 3HO1A 1Q9XA 1RT3A 2PFUA 3E9PA 3THWB 3THXB 4CK2A 1UWBA 2XY7A 4DV4K 4A62A 4O8UA 3JS6A 4XH4A 3KLIA 1HKCA 2BGGA 1TYQB 3SAFA 3P1GA 2O8CB 4BE0A 4GV3A 2F96A 2GELA 5F2RA 4JNEA 2CH5A 3ID8A 3BEXA 3RVCA 3C95A 3MN7A 3SJHA 2B4JA 1SL1A 1W2BM 3NGYA 1S6QA 2D0OA 3ASMA 1DTTA 2HHSA 3R8EA 1CXQA 1QHAA 3N4QA 1VQLN 4I2PA 3DWLA 4IG3A 1S1XA 3O9QA 2GTDA 4CJSA 3I33A 4OLBA 4Z4CA 2Z1JA 3ZEUA 2ITGA 3O6WA 4N47A 2A42A 5LJVA 1OH6A 3CC2N 3UKRB 2OA8A 3CJCA 3KWIA 4W5QA 4B8CA 2E2PA 4FJLA 5C15A 4CJUA 3S3MA 2E1YA 2FBVA 3HPHA 3ID6A 4N41A 2IS3A 4Z94A 2YHAA 4PL7A 1KVCA 4DR5K 5C2DA 3CJBA 3U9DA 3Q7CA 1U48A 1NJIO 3SMSA 3IS9A 1QVFM 3S41A 3UE5A 4K42A 3ZSWA 3BY5A 1HYVA 3PV8A 2FBTA 4KHSA 3JXUA 4FOIA 5KI6A 4C23A 3OJSA 1D8YA 2F4VK 5EU7A 4FJKA 3E01A 1L3SA 5AQGA 4CHQA 4JN4A 1QVGM 2HMPA 2NRTA 2HF4A 4BGAA 1RDDA 2FBXA 5ELZA 4CIEA 3HT3A 3K57A 4DV3K 1K6YA 1KAXA 3TAEA 3B8AX 1BU6O 2FC0A 1YJ9N 1JXEA 3KHYA 3P38A 3SI6A 3KK3A 3GG4A 2V52B 3THVA 3HXMA 4CEAA 4IBNA 4FJ9A 3I0SA 4IDHA 2QXLA 5LY3A 1JKHA 3L2UA 4KH6A 4JD2B 1BCMA 4CGDA 4CGIA 1NJYA 3V4IA 1BQMA 2HBJA 1IBKK 3K5MA 5C42A 2KQ2A 5GINA 1N33K 3UKUA 4WCEL 1VQ8N 2O4GA 1CZAN 4DB3A 5TKYA 3IG1A 1VSEA 4RW8A 1A5VA 4H8KA 4LD0A 3VN5A 3VQ4A 5EX5A 3ATVA 3F73A 4F3TA 4B9LA 4GY2B 4E1NA 4CHYA 4Z4IA 4H5TA 4FYDA 4YDUC 3FZKA 3DI6A 3T1HK 4O55A 4ELUA 4PHTX 4BGBA 5AQWA 4IDKA 1RT1A 2NRVA 3G10A 3CXCM 1KC8O 1QZ5A 4H0PA 1NKBA 3UIQA 3L4IA 1J5EK 3K0SA 4GNIA 3VQ8A 3SPYA 1RDCA 4BRAA 2FXUA 3T69A 4DU4A 5AQZA 3LP3A 1SS6A 4PUOA 3EL2A 3D45A 3KZBA 3TI0A 3HRGA 4YORA 4Z4HA 1WAJA 3SCXA 3A0IX 2P9LA 4DFMA 3CFOA 2D4WA 4FZYA 4FJXA 3HP9A 3I56N 1OH8A 1WSIA 1NG9A 3NDKA 1R0AA 3HM8A 1V4TA 3NGZA 1TKZA 2AJQA 4DU1A 4FVUA 1I39A 2HHUA 4FVMA 1C0MA 4RG8A 1VQPN 4AM7A 4IOCL 1NWKA 5HRPA 1RCHA 1WSJA 4BRMA 2P5GA 4OJRA 3F9MA 4YOTA 3DRRA 3L2WA 5T7BA 4NYNA 1C0FA 2YNFA 3HSCA 1OVQA 2WC9A 3AA3A 3VEVA 2RHKA 1OKJA 3I8DA 2OPPA 4W5TA 2UYTA 2WONA 1YT3A 4HUEA 1NGIA 2QKKA 3MEEA 4JS4A 1XI1A 4JKEA 3P83D 2HOEA 5AQYA 2KFZA 1NK8A 4H5VA 4JKGA 3AAPA 1LV5A 1XMOK 4DTNA 2CGLA 2UUCK 3V1RA 1Q7YO 3FZHA 3P5JA 1VQ5N 4BC4A 5KPTA 3ZETA 3JAMO 3FE1A 2A40A 4F3OA 4KTQA 3IRXA 3HTVA 3DLKA 3QIPA 1HYZA 4NLCA 3J8AA 3H6EA 3G71N 2IVOA 4NXNK 3LP2A 2P9IA 2X6SA 1CZ9A 1ATRA 1JCEA 1VSJA 2KW4A 3OYGA 1RBVA 3ZSXA 4DTPA 3I0RA 4JAXA 1UAXA 4LY7A 3S9HA 4H4OA 2B5JA 3SAHA 2DY4A 5LJWA 4FOEA 2GWKA 3D2FA 4U7BA 3MN5A 3ZX0A 3CF5L 2IDOA 2VG5A 3ZSRA 2LSNA 1GOBA 3OJUA 2DFFA 3EO3A 1NGHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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