4FZXC

Exonuclease x in complex with 3' overhanging duplex dna
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
MLRIIDTETCGLQGGIVEIASVDVIDGKIVNPMSHLVRPDRPISPQAMAIHRITEAMVADKPWIEDVIPHYYGSEWYVAHNASFDRRVLPEMPGEWICTMKLARRLWPGIKYSNMALYKTRKLNVQTPPGLHHHRALYDCYITAALLIDIMNTSGWTAEQMADITG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*AP*
publication title Recognition and processing of double-stranded DNA by ExoX, a distributive 3'-5' exonuclease
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 38
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.1.11.-:
pdb deposition date 2012-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fzxC00
4W5TA 1HRHA 4N41A 4FYDA 1WSEA 4B9TA 3NDKA 3PY8A 1SKRA 4FJXA 1Z26A 4M42A 4B9NA 1RBSA 1GOBA 1KCFA 4DQSA 1RBVA 3LP1A 3WNFA 1MU2A 1U04A 4KB0A 1GOAA 3RWUA 4DFMA 1TL1A 1X9SA 2X6NA 4OGEA 3LP0A 3NGIA 4Z4EA 3IAYA 3ZSRA 2PYJA 1X1PA 3MAQA 2VG5A 3CM6A 2G8VA 5CY4A 2JLEA 3ALYA 4M3RA 4OPKA 3HT3A 1L5UA 3HJFA 4OLAA 3OYEA 1BGXT 4CGFA 4PA1A 1JLGA 1TKZA 3VQCA 1TAQA 3AVFA 1NOYA 3QNNA 4G1QA 3L3UA 1Q9YA 3PX0A 4OVLA 2E4LA 3KIOA 3CYMA 4F3OA 3KLGA 4GW6A 1NJYA 3AVNA 3C6TA 4O0JA 4CHPA 4FJMA 1JLFA 3WNGA 4J2BA 4CEEA 4JRPA 3TI0A 4C8OA 4PUOA 3KK2A 3L2QA 3V81A 4DSEA 4E1MA 4FLZA 4Y1DA 4HUGA 4DTRA 4DF8A 4IFYA 1C0MA 2RKIA 1Z25A 3LP3A 3DLBA 3V1QA 2HW3A 1XWLA 3OVNA 3DRPA 2F96A 4FLUA 3C94A 2KW4A 3U3YA 4EP4A 2IGIA 4ICLA 3K5NA 3OYFA 1JLBA 1NJWA 3K59A 3AVCA 4RW8A 2GBZA 3SZ2A 3DLGA 4CHNA 4HVJA 4JRQA 1JXEA 4FZZA 2O4GA 3V1RA 4J2DA 2P51A 3OYHA 4DSKA 4BE1A 1HQEA 2P1JA 3AO2A 3LANA 3SUPA 4AHTA 3QEWA 1KLNA 3I0RA 1VSJA 1QSLA 4NCAA 1RNHA 5JS1A 4R5PA 3OY9A 2Z1IA 4TSXA 4Z4HA 1C1CA 1RILA 4DU1A 3SQ2A 2BDPA 2PY5A 2YKNA 4M41A 4CEBA 1KFSA 4QAGA 2HHVA 3MEGA 1WSHA 4DSLA 3SI6A 2HHSA 4FJ9A 1DTTA 5FROA 2FBXA 4CGIA 4E7LA 4DQQA 1REVA 4FJLA 1IO2A 4CGDA 4GVMA 4E19A 2IS3A 3NGZA 1Q8IA 4CJ5A 3OYBA 2WONA 4FM0A 1D8YA 2HHQA 3HPHA 3VQQA 1WSFA 4DLGA 1CZBA 1TV6A 4NCBA 3SQ0A 3HSTB 3M8QA 1FK9A 3QETA 4CHOA 5HROA 1U45A 3AVMA 1BQNA 2QK9A 2BANA 2IAJA 3ZSXA 2Y1JA 3VQ4A 5J2MA 3WNHA 4N76A 2VWKA 2DFHA 3DYAA 4DMNA 4DSIA 1KVAA 2D0CA 1IG9A 4B9UA 3VQ9A 1S1WA 3VQPA 3OYIA 1EX4A 1U49A 1JLQA 4N56A 2XY5A 2HVHA 3KTQA 2QXFA 1W9HA 4E0DA 2HHWA 4FJNA 3JSMA 3V4IA 5C42A 3MXIA 4DLEA 2G8UA 4HUEA 2W42A 2GV9A 1DLOA 4AHRA 3T1AA 4IG0A 4CJFA 2A1RA 1C0UA 3L2RA 3SNNA 1NKBA 4FJHA 4N47A 3TAPA 2ZD1A 1NK7A 1RBRA 1LWFA 4M3YA 5HRPA 2O4IA 1RCHA 4I7FA 4CIEA 4RG8A 4WE1A 1WN7A 1T05A 1VK0A 3AVGA 3PUFA 4HUFA 4I9QA 3PX6A 5KGXA 4W5RA 3HO1A 1G15A 1HYSA 4IKFA 2E6MA 1RT5A 4E7KA 1NOZA 1BI4B 1JKHA 3LAMA 1IKYA 4DTJA 3AO5A 4I9LA 4CJPA 1BCOA 5CZ2A 4CF0A 3RMCA 3O3GA 4H8KA 4B8CA 4DQPA 2KZZA 4YNQA 4KTZA 2VWJA 4HHTA 4KHWA 3ZT1A 3HVRA 4LSNA 1D5AA 3D45A 4LH5A 4CF1A 2XO7A 2OZMA 4RW7A 4F8RA 1J54A 3ZT2A 4ZTFA 1C1AA 3CG7A 3K5MA 1SUQA 3L2VA 2RF2A 1BISA 3A2FA 4DTUA 3CFPA 2OPSA 2X74A 3OYJA 1SL0A 4AHCA 3NH1A 1I3AA 1UWBA 1B9FA 5KGWA 3DOKA 3P5JA 4DSJA 4KTQA 2Z1JA 1L3UA 4CF8A 1VSHA 1S1XA 3T3FA 1TK8A 4DFKA 5DMRA 1KFDA 3SQ1A 1EP4A 2XHBA 4CK1A 3HXMA 2D0AA 3THVA 3JYTA 4KFBA 5KI6A 3OJSA 3AVJA 3VN5A 1RT3A 4O0IA 3BDPA 1X9MA 4B08A 1QSSA 1TK0A 4KI6A 1ZBUA 4M3TA 2VG7A 4AH9A 1VSLA 2ATQA 4DS4A 3QEPA 5CYMA 1HYZA 2Z1GA 3TAMA 1KVBA 1VRTA 3AVKA 4PQUA 2E6LA 2YNGA 4OKKA 4CK3A 3ITHA 3VQ5A 3LZJA 4W5OA 4CEOA 2LSNA 4DFPA 3V9SA 3PO4A 2ITGA 3OYGA 1VSFA 4GMJB 4E7HA 3B6OA 1VSKA 5SZTA 1YVUA 5J2PA 1X9WA 1BCMA 2G8WA 2FBTA 3KLFA 3SCXA 4DTOA 3NF7A 3AVBA 1BL3A 4CCHA 1RBTA 4Q5VA 3L2WA 4FLVA 2HNYA 3SV3A 2ZE2A 3DMJA 4FVMA 5SWMA 2FBVA 3OS0A 1NK5A 1CXQA 4RW6A 3RR7A 4ELTA 3B6PA 3TAGA 4FJKA 4KHUA 3BGRA 4O5BA 1TKDA 3OS1A 3KKRA 4Z4CA 4DU4A 4DU3A 4ID5A 4E7JA 1RBUA 1LW0A 4IBNA 3K5OA 1UAXA 4Y1CA 2OYQA 1BQMA 4FLYA 3OYMA 3V9XA 2RPIA 2VG6A 3LPUA 4DTPA 1ASWA 2YNHA 3TANA 1YTAA 1T7PA 1BHLA 1WSJA 4B9VA 3KLIA 4YFUA 1TK5A 4CFAA 4CJEA 4FJIA 4DFJA 1KRPA 1A5VA 2YKMA 3V6DA 1LV5A 2YV0X 2HHTA 2OPPA 4EP5A 3AVIA 1NJXA 1NK4A 4N5SA 4PWDA 3RMDA 4E7IA 4O44A 1DTQA 2KZMA 1RT1A 1ITGA 3DLEA 3LP2A 1EETA 3QESA 2R7YA 1RDBA 1S6PA 1T03A 1C1BA 3SJJA 2Y1IA 1TKTA 3MXJA 3V9UA 4CEDA 3RR8A 4BACA 4FLTA 1FKOA 1B9DA 4OLBA 2GUIA 3RRGA 1J9AA 3CFOA 4OKJA 3IG1A 1RTDA 1JL2A 3NAEA 4FJJA 1S1VA 1JL1A 4CJTA 2X78A 1J5OA 1HNIA 4CHZA 4Q0BA 1HJRA 3OYCA 4CE9A 1SL1A 4BDYA 5HP1A 2QKKA 3ZSYA 4C8LA 1L3SA 1I39A 3QNOA 4M3XA 4AILC 1LWEA 5HLFA 1WAJA 5HRRA 4EZ6A 3HPGA 4FW1A 4ELVA 4KPYA 3TWHA 2G8IA 4QCLA 4MQ3A 2EX3A 4M3WA 1QSYA 3ZSWA 2HVIA 2AJQA 1IKXA 1XC9A 1ZBHA 1CLQA 4DTNA 2PYLA 3HL8A 5K14A 4BWMA 3DLHA 3TABA 3I0SA 4CJ4A 1ZBFA 1RTJA 3NF8A 1TVRA 4C8NA 3SYZA 1NK6A 1A5XA 1NK9A 4F2SA 4CEZA 1KSPA 3TAEA 4ID1A 3I8DA 3M8PA 4FJ5A 3KD1E 4KHQA 2BGGA 3LZIA 1KTQA 4B8AB 3QLHA 4CEAA 2G8KA 3WNEA 5CYQA 3OS2A 5J2NA 4CJQA 3U6FA 2HMIA 3CQ8A 2ETJA 2QKBA 4E3SA 3PX4A 1YTUA 3ULDA 1XI1A 3AA4A 4PY5A 2Q3SA 4CJSA 1N6QA 4ELUA 4HCBA 3C6UA 4CFDA 3DOLA 4CESA 2B5JA 3K58A 3MEDA 1CXUA 1IKWA 3O4QA 2IOCA 3QERA 4KAZA 4K8ZA 4FK4A 2YNFA 1A5WA 3P1GA 3EYZA 4CJRA 3NBPA 5FRNA 3NH0A 4J2AA 1B92A 3QIOA 4O55A 3OYNA 2PZSA 3IS9A 3QO9A 3TAFA 4FZXC 1RT7A 4CGHA 1LAVA 2DFFA 2KFZA 1QS4A 3QIPA 3DM2A 3AVLA 3CM5A 3NHGA 1F21A 4CK2A 4UQGA 2DTUA 3AO1A 4FLWA 3ZSOA 4CHQA 4W5QA 4Z4GA 4B9LA 3HVTA 5KRTA 1D9FA 1HMVA 1JLEA 4CJVA 4FM1A 2D0BA 2OPRA 4AHVA 4FK0A 4NCGA 3DRRA 1D9DA 4E89A 3EZ5A 3AA5X 4KO0A 3LWMA 3NF9A 3TR8A 4HTUA 3OYAA 1NJZA 2X6SA 1JLAA 3QEXA 3K57A 3G0ZA 1BI4A 4BE0A 3ISNC 2XY7A 3G10A 4CERA 3KD5E 1IKVA 1LWCA 3KJVA 4OJRA 3ZSQA 3VQBA 4M3ZA 1W0HA 1YT3A 3LWLA 4LSLA 3VQEA 3SQ4A 2OPQA 1CZ9A 1HQUA 1QE1A 4B9MA 1LW2A 3DLRA 1TKXA 2HHXA 1S6QA 1KVCA 4KTWA 3ZCMA 3OYDA 4JS4A 3AVAA 5E41A 3O4NA 1WSIA 1ASUA 4RW9A 3KLEA 3TAQA 5I3UA 3V1OA 4E1NA 2OA8A 5D3GA 1FXXA 4ZTJA 1RT4A 3ZSVA 2F8SA 4CJLA 4F3TA 4KI4A 4DSFA 1JLCA 4CECA 1T8EA 4W5NA 4Z4IA 4XIUA 3NH2A 4NYFA 3VQAA 4OPJA 4LH4A 3ASMA 4KV8A 1VSEA 4O4GA 3ZT4A 5HRNA 4AHSA 2HNZA 4HCCA 1C6VA 4H4OA 1N5YA 1TAUA 2I5JA 3AA3A 3ZSZA 1S1TA 4F4KA 3HP9A 3DLKA 3NGYA 4CJUA 2YHBA 3RMBA 1SKSA 4IFVA 4DQIA 3F73A 1Q9XA 4KHYA 1ZBLA 2HHUA 3SV4A 1QQCA 2KFNA 1RT2A 1WLJA 4C8KA 2B6AA 1U48A 4FJGA 5CZ1A 3NF6A 4CGGA 3M8RA 4CEQA 4CFCA 1S9GA 1XHXA 4LY7A 4DS5A 3SPZA 3NFAA 4I2PA 3OYLA 4JS5A 1HYVA 3P83D 5FRMA 2HNDA 3L2UA 2DY4A 4M3UA 3VQ8A 3FFIA 3LDSA 2A1SA 1Y97A 4CGJA 2G8HA 2OZSA 1WAFA 2XY8A 1L3TA 1IH7A 1XHZA 1GOCA 4DTMA 4CFBA 4BDZA 3QEVA 1HPZA 4CIGA 3LAKA 3ZT0A 4KHNA 3E01A 1BIZA 4NYNA 3VQDA 4AHUA 4FM2A 4J2EA 2BE2A 1NKEA 4CJWA 1R0AA 2WOMA 5DK5A 3S3MA 4H4MA 4OKEA 3SUOA 1TGOA 3RTVA 3PO5A 3S3OA 3HP6A 1RTIA 1SKWA 4KHSA 1C0TA 1VSMA 3AV9A 3VA0A 4CF2A 1S9EA 3NCIA 2G8FA 1S1UA 4BDPA 3C95A 1ASVA 2RN2A 1ZYQA 3OYKA 3HYFA 3K2PA 5C25A 1SV5A 3H08A 5FDLA 2P5GA 1RT6A 2FC0A 1HNVA 3DRSA 1SL2A 5HBMA 2IDOA 4CEFA 4FK2A 3ZT3A 1NK8A 4BE2A 3HPOA 1U47A 4L8RB 3KLHA 2F8TA 4FXDA 1VRUA 3AVHA 4QOZB 3RRHA 1L3VA 4B3OA 1ZBIA 1RDDA 4JLHA 3LALA 3VQ7A 4FZYA 2FBYA 3AO4A 5HRSA 4KB1A 2KTQA 2YNIA 2XRIA 3AO3A 1VSIA 1J53A 1EKEA 1K6YA 4B9SA 3S9HA 4Z0UA 5KRSA 3D0PA 2D5RA 3CFRA 3MXMA 1QTMA 4K8XA 1WNSA 3SPYA 4Z4FA 4FLXA 4DQRA 4DTSA 5C24A 5JS2A 1BIUA 3F9KA 3LPTA 3QINA 4ZHRA 4M45A 4MFBA 4CHYA 4DG1A 4EZ9A 3L3VA 3VA3A 4CIFA 1O1WA 1S5JA 4CJKA 3AA2A 3IRXA 3PV8A 1UA0A 3OJUA 3U3GA 4F2RA 4DWIA 2P5OA 3SUNA 4FJ7A 3SUQA 2XY6A 1FKPA 4I2QA 2KQ2A 3DI6A 2IC3A 4CF9A 3O3HA 5J2QA 1QHTA 3KKSA 3VQ6A 3HK2A 1VSDA 4RW4A 1U4BA 1JXBA 1NK0A 4OGCA 3MECA 1TL3A 5KTQA 3NE6A 4FCYA 3O3FA 2NUBA 4IG3A 4IDKA 3HM9A 5I42A 2JGUA 1UA1A 2Z1HA 2B4JA 4CJ3A 3RMAA 3M8SA 4KRFA 3KK1A 4BWJA 4FW2A 1EXQA 1WSGA 3EY1A 4DTXA 5EU7A 3V9WA 4KREA 5T7BA 1RTHA 2ZQBA 3KK3A 3K5LA 1RDCA 2EHGA 3UIQA 2HB5A 3S3NA 4C8MA 4LD0A 4DF4A 3TARA 4KKOA 3QEIA 1RDAA 1NKCA 3L8BA 4FJ8A 2DFEA 5J1EA 2YHAA 3MEEA 1KLMA 1UOCA 3T19A 3V9ZA 1LAWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KAZA 4N41A 4LFAK 1VQNN 3SBGA 1Z26A 3CJBA 1N34K 3WNFA 1MU2A 1NGBA 2X6NA 3L6QA 1FJGK 3NGIA 2P9KB 5F1XA 2VG5A 3CM6A 4FOEA 4QS8A 2CGLA 3O8MA 3A5NC 3HT3A 3OYEA 1BGXT 3VQCA 4G1QA 3SMPA 1Q9YA 3PX0A 2E4LA 5FLXO 3VMFB 4GW6A 3BF1A 5A2QO 3WNGA 1Q81O 4J2BA 3MN5A 3KK2A 4E1MA 1Q7YO 4DF8A 1XQSC 2RKIA 3DLBA 5KQDA 4FLUA 4H0PA 3U3YA 2IGIA 3K5NA 3OYFA 1TUYA 4B1UB 2O4GA 1MDUB 4H5TA 3V1RA 3VEOA 2P51A 3VEYA 4BRGA 4BE1A 4NLCA 1XMQK 4DV4K 2IVOA 3QEWA 3I0RA 4FWNA 3UKRB 3OY9A 2Z1IA 3OTOK 1RILA 3SQ2A 2KLAA 4PL7A 3WXJA 2BDPA 2PY5A 1KFSA 4DSLA 1U2VA 4AM6A 2HHSA 5FROA 4E7LA 2ZWHA 4FJLA 1REVA 1IO2A 4E19A 2IS3A 4BR4A 4DLGA 1TV6A 4BVPA 3SQ0A 3QETA 2V52B 1BQNA 4U7BA 2BANA 3FE1A 3WNHA 2OANA 4N76A 4DSIA 1KVAA 5JVHL 3K9KA 3MCPA 3VQ9A 1K8KA 2HHWA 4E0DA 2QXFA 1W9HA 4J8FA 4OX9K 4FJNA 5C42A 2UXBK 2G8UA 3UKRA 2W42A 1T6DA 2GV9A 3SNNA 1Z05A 3BEXA 4N47A 3TAPA 4GKKK 1RBRA 1LWFA 2D4WA 4B3SK 4H0YB 4WE1A 1T05A 4BGAA 3VETA 3AVGA 3PUFA 4I9QA 3M5RA 3PX6A 1SQKA 5AZIB 1G15A 1HYSA 3HOSA 4BR7A 2E6MA 1ZC6A 3LAMA 5AQFA 4DTJA 3CC7N 4B1YB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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