The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
55
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sequence length |
213
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structure length |
205
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Chain Sequence |
AMDHVEFGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEIALYQPSSGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDVTDLFATQPGLTSAVIDALPRNMVITCQGSDDIRKLLESQGRKDIKLIDIALSKTDSRKYENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLNTSVLRAVLPRDMVFRTSTPRVVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein/rna
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| molecule keywords |
RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*C)-3')
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| publication title |
Structures of Arenaviral Nucleoproteins with Triphosphate dsRNA Reveal a Unique Mechanism of Immune Suppression.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Lassa virus
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| total genus |
55
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| structure length |
205
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| sequence length |
213
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3Q7C A; 3MWT A; 4G9Z A; 4FVU A; 3R3L A; 4GV6 A; 3Q7B A; 4GV3 A; 3MWP A; 4GVE A; 3MX5 A; 4GV9 A; 3MX2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HW3 A; 4FJ8 A; 4XH1 A; 1ZBH A; 4MDB A; 2KZZ A; 1UWB A; 3SQ4 A; 4CE9 A; 3KD1 E; 1LAW A; 1NGA A; 2Q2R A; 3CF5 L; 3OJU A; 3CJA A; 3EE9 A; 4RW8 A; 3L2Q A; 1D5A A; 4CZG A; 4CJ3 A; 2OA8 A; 3F5T A; 2H3G X; 4H03 B; 4WQ5 A; 5HOO A; 4B3R K; 3CME N; 3TAG A; 4NLC A; 4BRF A; 3D2E A; 3FLC O; 2O8B A; 1EWR A; 4FWM A; 3A5N C; 5TKY A; 5LL6 Z; 3AO1 A; 3ZT1 A; 5AR0 A; 4BR9 A; 3HM9 A; 5AQX A; 1SL0 A; 2PYJ A; 2ITM A; 4H4M A; 5FRN A; 2E20 A; 3R1X A; 3DXK B; 2YNF A; 3I8B A; 3AAR A; 3O3F A; 2UU9 K; 2I5J A; 2I7N A; 4OPH A; 4WFB L; 3J8A A; 1FW6 A; 4DFM A; 2Q0R A; 1NKE A; 1O1W A; 2OPQ A; 3ZET A; 1QVF M; 1BIS A; 1NKB A; 1ATR A; 2HVI A; 3U6F A; 2AA4 A; 4TSX A; 5AQU A; 5D3G A; 1EO1 A; 3ZCM A; 1VRT A; 4GNI A; 2Z1H A; 2O8F A; 5F2R A; 3F9M A; 3KJV A; 2O8C A; 5FPN A; 4KH5 A; 4DV5 K; 3CQY A; 1LV5 A; 3L2W A; 2ZJQ L; 4Z4G A; 1EQY A; 3TU5 A; 3QEP A; 4DU4 A; 2X6N A; 3P1G A; 5E41 A; 4OPK A; 4FZZ A; 1HPM A; 1KQS M; 3BP8 A; 1NGC A; 4EZ9 A; 1SL1 A; 3OYD A; 1KCF A; 2NRR A; 5I9E B; 3I0R A; 4KFB A; 4DF4 A; 4CZL A; 5CY4 A; 1HYV A; 2GX9 A; 1S6Q A; 4ELU A; 4HUG A; 4JS5 A; 1ZBF A; 3O1B A; 1RGI A; 1N32 K; 1KAZ A; 2HF4 A; 2KFZ A; 3LDP A; 4DSE A; 5C2F A; 4CZH A; 1RDD A; 3FZL A; 4BDZ A; 3CD6 N; 1P8Z A; 4DU3 A; 4CD3 A; 4JKF A; 1S5J A; 4E19 A; 2WOM A; 4DHY A; 3VQ5 A; 5BRH A; 3TAF A; 4J2B A; 3ENO A; 1BG3 A; 4E0D A; 4R5P A; 4IBN A; 1OH6 A; 4B9M A; 1C0G A; 3ZT3 A; 4BC5 A; 4O5B A; 3L0Q A; 3EN9 A; 4YDU C; 2HBM A; 4CEO A; 2DFE A; 2IAJ A; 3V9X A; 3SYZ A; 4BVP A; 2HVH A; 1KTQ A; 4A5B A; 4B1X B; 1D4X A; 1RFQ A; 4HUE A; 4E7I A; 4FM0 A; 3S3N A; 2AP1 A; 4MLH A; 1VQ7 N; 4DQQ A; 3AO4 A; 3L8B A; 4DSF A; 2P9L B; 1TK8 A; 2P5O A; 4BG9 A; 1EP4 A; 1LW2 A; 3VEV A; 4FLT A; 4M3X A; 5HBM A; 1DLO A; 3FFK B; 2YKN A; 5AQL A; 3FE1 A; 4DS5 A; 4JLH A; 1WSF A; 3ZSY A; 3HOT A; 2B6A A; 3FR0 A; 4JKH A; 4KBO A; 5KGW A; 5AQR A; 1J5O A; 2E2N A; 3OYF A; 1XWL A; 3AO2 A; 5KRS A; 3QNO A; 1IBL K; 4CF1 A; 4YOY A; 4B8C A; 2UUA K; 3I8D A; 1VSK A; 1YTA A; 2D0O A; 3EKS A; 4IOA L; 5C0Y A; 2IVN A; 4Z94 A; 4FJI A; 4YDU A; 4O4G A; 3C65 A; 5EU7 A; 1OVY A; 3KWI A; 3V9Z A; 1MU2 A; 1S1T A; 1Q86 O; 4KRE A; 1LWE A; 4LF8 K; 3WNE A; 4CJ4 A; 3M5R A; 3O08 A; 4O44 A; 4JKD A; 5HRP A; 2YHB A; 2YHY A; 3CER A; 4X64 K; 1X1P A; 3VEY A; 3KLH A; 1QS4 A; 3QIP A; 1ITG A; 3MX2 A; 1GOA A; 3D2F B; 3DYA A; 2KQ2 A; 4BRE A; 1J53 A; 5BN8 A; 4CJQ A; 3M8R A; 3OYG A; 4L8R B; 1NGD A; 1S1V A; 4FCY A; 3A8Y A; 5DK5 A; 5J2Q A; 4FVU A; 2RPI A; 1VSJ A; 2F9T A; 5KRT A; 2A1S A; 3O4N A; 4DMN A; 5F1X A; 1HNX K; 4B9L A; 2P9S A; 4UY8 O; 4G9Z A; 5J2N A; 5EX5 A; 4GV9 A; 1BCO A; 5AFU A; 5LJV A; 1NGJ A; 4CJR A; 4PL8 A; 1QE1 A; 3T7Z A; 1BDG A; 2I7P A; 1WBB A; 1GLF O; 3K0S A; 5H1S Q; 4GMJ B; 5AQN A; 1KLM A; 5KPT A; 3VER A; 4FLW A; 3SPZ A; 1R59 O; 3KLG A; 1X9J A; 4B9S A; 1JXB A; 3SPY A; 1NG9 A; 4IOX A; 3WXK A; 1X9W A; 5M1Q A; 1K8A O; 3KK2 A; 5AQO A; 1HNI A; 4DTM A; 2V51 B; 3SZ2 A; 3OYB A; 5AZJ A; 1E4G T; 3UB5 A; 5IWA K; 4O8K A; 4B8A B; 3I33 A; 1KFS A; 3VES A; 1A5V A; 3D0P A; 2HND A; 4NYN A; 3HVT A; 4EAH D; 1RT7 A; 3GG4 A; 1BIZ A; 4N5S A; 4FWP A; 4HVJ A; 3RMB A; 2ITG A; 4QAG A; 4H0T B; 5J2P A; 2NZT A; 3Q7C A; 2HST A; 1L3T A; 2PY5 A; 1SQK A; 2HHS A; 3LAL A; 4CZI A; 3QEI A; 3DXK A; 4OGE A; 3DLR A; 1EX4 A; 1NJW A; 4IFY A; 5EOY A; 1JCF A; 2OPP A; 4BVO A; 5AJ3 K; 3DMJ A; 3WQU A; 3EO3 A; 1IH7 A; 4C8K A; 4CF8 A; 3QO9 A; 3ZSW A; 1JLQ A; 3H45 C; 1X9S A; 2GUI A; 1HMV A; 3ZSZ A; 1XNQ K; 4G1Q A; 3HVR A; 1VSE A; 1U04 A; 1QQO A; 2JLE A; 1NGG A; 1GOB A; 1BQN A; 4DV7 K; 3P38 A; 4DV6 K; 4DQP A; 3TAP A; 4FJ5 A; 4FK4 A; 1C0T A; 5AQM A; 3M8S A; 3MCA B; 3MN5 A; 5AQJ A; 3PIP L; 2RE2 A; 3J80 O; 1J9A A; 1VQO N; 4BY9 C; 4DTU A; 3SJH A; 1KSP A; 1NMD A; 2RF2 A; 2O8F B; 3MN7 A; 1M1K O; 3NCI A; 2X78 A; 3MEE A; 4B1V A; 3THY A; 4E7H A; 3IMX A; 4IO8 A; 1MA9 B; 4IG0 A; 2NRH A; 3LDN A; 3DXM A; 1VSH A; 2Q1N A; 2YNH A; 1LAV A; 1SZ2 A; 3HTV A; 3D45 A; 4H5R A; 4BG8 A; 3V1O A; 4CGD A; 4CJW A; 2VG7 A; 5CZ1 A; 4JI2 K; 1NJY A; 4BDY A; 1T6D A; 2ASM A; 2IDO A; 2GV9 A; 3QFP A; 1XQS C; 1TVR A; 4Z4H A; 3RMC A; 3SBG A; 3O8M A; 1CXU A; 2XY7 A; 3RTV A; 3ASM A; 4FJX A; 3CFR A; 4DTJ A; 3VTH A; 3C6H A; 4QS7 A; 3T19 A; 3CMA N; 3AVG A; 1I3A A; 3KIO A; 2A41 A; 3AVH A; 3MCP A; 3ZT0 A; 4AQY K; 2ETJ A; 3DM2 A; 4NCB A; 3LDQ A; 4KHN A; 3H3O B; 1IG8 A; 1QSY A; 1KC8 O; 1KVA A; 3VEN A; 2HMI A; 4FYD A; 4LF6 K; 4GKJ K; 2E4L A; 2KFN A; 4DUY K; 3MN9 A; 4ELV A; 3O9S A; 3VGM A; 1IV0 A; 3MWP A; 1RBS A; 4NCG A; 4HTL A; 2CGK A; 4FJ7 A; 2OTJ N; 4RW4 A; 4A61 A; 4CJK A; 2KTQ A; 2CGJ A; 2FSJ A; 3K59 A; 4C1N K; 3OYE A; 4CGF A; 2PZS A; 3QES A; 1RTJ A; 4ICL A; 3KVG A; 2QW9 A; 2XY8 A; 5AQF A; 4IJA A; 2IVP A; 3LAK A; 3U4L A; 4A59 A; 5FPD A; 3CCJ N; 1JLC A; 4YNQ A; 1NK8 A; 5SZT A; 3QEV A; 3CCS N; 3U9D A; 1IKY A; 4FO0 A; 3U3G A; 4DTR A; 1WSE A; 4I9L A; 2WBN A; 2P1J A; 5GAH P; 5C10 A; 4ID1 A; 4M7X A; 4IDK A; 2Z1I A; 2GEL A; 2DFF A; 3HP9 A; 4U7B A; 3THW B; 2ZF5 O; 1TGO A; 3QET A; 5AQS A; 3TTC A; 3R9P A; 4YY3 K; 2WUS A; 1HNZ K; 5KTQ A; 1ZXO A; 2Y1J A; 1K8K A; 4DTP A; 4AHT A; 1GLJ O; 4FZX C; 3D2F A; 4BC4 A; 3T69 A; 3U3Y A; 3LP1 A; 5I42 A; 4DSL A; 3AVF A; 1IKV A; 3HZ6 A; 3J7A P; 2GTD A; 4IJN A; 3VQP A; 2BDP A; 1QTM A; 4FJN A; 3OYC A; 1T03 A; 1QSS A; 4M3W A; 2E5L K; 1JLA A; 3ZT4 A; 4KB0 A; 3HYF A; 3ZSX A; 1S6P A; 4O0I A; 3K5L A; 5GAG P; 3K57 A; 3EL2 A; 1HNV A; 3OBY A; 4PQU A; 2QK9 A; 4NXN K; 3MMV A; 3OHR A; 3NF7 A; 4DTO A; 4A5A A; 4KHP K; 2W41 A; 3RWU A; 4CI6 A; 3ZSO A; 4CJE A; 2HBL A; 4I2Q A; 1JLG A; 3U8X A; 3NF9 A; 4DFP A; 1NNE A; 3PLA A; 4BRO A; 3PIO L; 2P5G A; 1D9F A; 2P9I A; 3PV8 A; 4FVM A; 1S1X A; 4IZ9 A; 3THV A; 4DKW A; 3ENH A; 1XC3 A; 4KH4 A; 3H1V X; 1RBV A; 4BC3 A; 3SI6 A; 1ZBI A; 3M8P A; 3EZ5 A; 1HPZ A; 5T7B A; 1IO2 A; 2G8I A; 4ID5 A; 1N6Q A; 4A2A A; 1K6Y A; 1EET A; 4NB4 A; 1XHX A; 3OYJ A; 3HJF A; 2QA4 N; 2FLO A; 4AIL C; 4GV3 A; 1WAF A; 1T7P A; 3NAE A; 3VF2 A; 2VCP A; 4JI4 K; 3C6T A; 3CQ8 A; 3AVB A; 2VQF K; 3MXJ A; 4DFK A; 1VK0 A; 3I0S A; 1VQK N; 5AZJ B; 1NM1 A; 1CZB A; 1QZ5 A; 4HUF A; 1NK4 A; 3VQ6 A; 1LCU A; 5LMU K; 4DV1 K; 1QQM A; 4C8L A; 4FWO A; 1BOT O; 1VQ6 N; 4CGG A; 5C42 A; 1S1W A; 3PUF A; 4PKG A; 1OVQ A; 2NNW A; 1ESV A; 1S3X A; 1UAX A; 5JMV A; 4DFJ A; 4KTW A; 4UQG A; 3PX6 A; 3CG7 A; 1W7A A; 4JYA K; 1JL1 A; 4H0Y B; 2HNY A; 3VQA A; 4BR5 A; 5LMN K; 1U2V A; 2D0A A; 1IKX A; 1UA0 A; 1X3M A; 2Q31 A; 4EFH A; 2YV0 X; 2E1Y A; 4J2A A; 1TUY A; 3QIC A; 3TR8 A; 1ATN A; 4CF0 A; 3SAG A; 4BR7 A; 4HCC A; 3DRR A; 1I94 K; 1XI1 A; 4J2D A; 4J8F A; 2D0B A; 2OPS A; 1XMO K; 1MWK A; 2E2Q A; 3TTF A; 3VQ7 A; 3Q7B A; 4Z4F A; 5JLF A; 2W42 A; 3EKU A; 4L3Q A; 2CH5 A; 4IFE A; 5E84 A; 3P31 A; 1VQM N; 4NO7 A; 2QWN A; 4YHH K; 5AQH A; 3QBX A; 1B9F A; 3LPU A; 1N33 K; 4FXD A; 1WUA A; 4WQ4 C; 4H5T A; 1HKB A; 3DLG A; 3IG1 A; 3THY B; 2FBX A; 4JI6 K; 4QS8 A; 1BCM A; 3O4W A; 4B3T K; 3DXM B; 2GBZ A; 1S1U A; 4DQS A; 2BE2 A; 1W0H A; 1YI2 N; 5J2M A; 3TAB A; 4AM7 A; 4DV2 K; 4WYB A; 4OPA A; 2F9W A; 1T05 A; 4FJ9 A; 1N36 K; 3LDS A; 2CH6 A; 4JN4 A; 1SAZ A; 2F4V K; 3SAF A; 4OKJ A; 3VA0 A; 3H08 A; 4B3O A; 4M3T A; 3AVC A; 4J2E A; 2BH1 A; 2YJF A; 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1KRP A; 2KZM A; 1K8K B; 3VQ8 A; 4AHU A; 5M1F A; 4CZE A; 5BPM A; 4FM2 A; 2Y1I A; 1NOZ A; 4F9O A; 4C1N I; 3CQX A; 1F21 A; 4FM1 A; 1TAQ A; 1VSM A; 3O80 A; 1WNS A; 3ZEU A; 1HRH A; 2GUP A; 3VEW A; 4IO9 L; 4DR7 K; 1QQC A; 3WNF A; 5ADX H; 3P4I A; 4KTZ A; 1HJO A; 2B5J A; 3P83 D; 4BGA A; 3ATU A; 1J5E K; 5F0X A; 4BRP A; 4CIE A; 1QHT A; 3QLH A; 5DM6 L; 2RHK A; 1RDW X; 3ZSQ A; 3H6E A; 3AGR A; 3FZM A; 2HNZ A; 3L4Q A; 4CJT A; 1BUP A; 1BQM A; 2NRZ A; 3CPE A; 5AQK A; 1GOC A; 4BC2 A; 2HBJ A; 4Q0B A; 2DFH A; 4FJM A; 5CYM A; 4OLA A; 1RTI A; 2XY5 A; 3J7Y P; 4N41 A; 4LFC K; 4FJK A; 4DR4 K; 3ULD A; 2FBY A; 2F8T A; 3AO5 A; 3B8A X; 3V6D A; 2BGG A; 2O8E A; 4C8N A; 3PX0 A; 3LZI A; 4DSJ A; 4F4K A; 3RRG A; 1S9G A; 4E1M A; 2P9I B; 5HL7 L; 4RWT A; 4ISF A; 3WQT A; 1Q18 A; 3MX5 A; 2G8U A; 1WSG A; 3KK3 A; 1SV5 A; 4JAX A; 1JCE A; 5HLF A; 1EXQ A; 3UE5 A; 1S22 A; 1N34 K; 2WC9 A; 1FJG K; 4V19 S; 3VTI A; 3QFU A; 3KLE A; 1GLB G; 3CCM N; 3HK2 A; 3CJ7 A; 2G8F A; 2QTD A; 3WXJ A; 4KHY A; 4GVE A; 3T3F A; 4OKK A; 3OTO K; 1BL3 A; 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