The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
Expanded use of sense codons is regulated by modified cytidines in tRNA.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
29
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF8 K; 1N34 K; 5FLX O; 4DR5 K; 4LF5 K; 4GKJ K; 4NXN K; 5A2Q O; 5IWA K; 2UUC K; 1N33 K; 2HHH K; 5AJ3 K; 4YHH K; 4DV6 K; 3OTO K; 2F4V K; 1XMQ K; 3J80 O; 4DR6 K; 4JYA K; 4OX9 K; 4JI2 K; 4LFA K; 4LF4 K; 4B3S K; 4DV1 K; 1N32 K; 2UXC K; 3T1H K; 1FJG K; 4JI4 K; 1HNX K; 4CW7 B; 2UUB K; 4KHP K; 4DR4 K; 4DV4 K; 1IBL K; 4V19 S; 2VQE K; 2VQF K; 4DV7 K; 4B3R K; 4JI1 K; 4B3T K; 4X62 K; 4DUZ K; 4YY3 K; 1HNW K; 1XNR K; 1XMO K; 2UXB K; 5IT9 O; 1HR0 K; 2E5L K; 5LL6 Z; 4B3M K; 4JI5 K; 4JI3 K; 4K0K K; 4DR1 K; 1I94 K; 3T1Y K; 4JI7 K; 4LF9 K; 4X64 K; 4DUY K; 4DV2 K; 4LF7 K; 4DV5 K; 5LMN K; 4JI0 K; 3J7Y P; 3J7A P; 2UU9 K; 4LFB K; 4JV5 K; 1IBM K; 4LF6 K; 4LFC K; 5LMU K; 4DV3 K; 4JI6 K; 4DV0 K; 3JAM O; 4CVN E; 4AQY K; 4X66 K; 2UXD K; 4DR7 K; 4GKK K; 1HNZ K; 1IBK K; 4X65 K; 2ZM6 K; 4NXM K; 4DR3 K; 1XNQ K; 4JI8 K; 1N36 K; 1J5E K; 2UUA K; 4DR2 K; 5BR8 K; 3J81 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1KAY A; 3NE6 A; 5AQT A; 3MCA B; 3RMC A; 5IWA K; 2YHB A; 3P5J A; 4WFB L; 2VYP A; 3CFR A; 3O5B A; 3QFP A; 4FLZ A; 3Q7B A; 1T6D A; 3SMP A; 3KKR A; 1BO5 O; 4A57 A; 3HO1 A; 4KH6 A; 4QS9 A; 3RTV A; 2Z1I A; 3NAE A; 2ASM A; 3FZL A; 3SPZ A; 4DR6 K; 4BWM A; 1R0A A; 3HM9 A; 4LF4 K; 4DTO A; 2KZZ A; 4IO8 A; 3QO9 A; 3SYZ A; 4FPA A; 5CE3 A; 3MN6 A; 1JCF A; 3WT0 A; 4DCH A; 1U04 A; 2BAN A; 5KPR A; 3HRG A; 5HBM A; 4I2P A; 3IDH A; 3G25 A; 1GOB A; 3I56 N; 3U9Z A; 3DXM A; 3CC7 N; 3O4N A; 4FWM A; 3TI0 A; 3S3M A; 3LAL A; 1GOA A; 4YOV A; 2YX6 A; 2JWL A; 3A8Y A; 2I7N A; 1H1V A; 4LSL A; 4ZTJ A; 3CJ9 A; 3QEI A; 4H0Y B; 3BZK A; 2P51 A; 3GL1 A; 3D6R A; 4FW2 A; 2P9K A; 4JI5 K; 1BDG A; 3KD5 E; 4M45 A; 3VEO A; 1E4F T; 4JK8 A; 2E8A A; 3RR8 A; 1K8K B; 1BIZ A; 4I6M B; 4IDK A; 2HVI A; 3O9U A; 4Z4E A; 4JI6 K; 3SK3 A; 1D4X A; 4FK2 A; 3FZF A; 3VA3 A; 2P9U B; 3PIO L; 3CCU N; 1FK9 A; 5HRO A; 3MEG A; 2R7Y A; 3KK1 A; 2HBK A; 4Z4G A; 2ZJQ L; 3WNE A; 3WQT A; 3OYI A; 4B9V A; 2ZD1 A; 2HHS A; 4L3Q A; 3HJF A; 2A3Z A; 3EKU A; 3CIP A; 2AJQ A; 3L6Q A; 3MEC A; 4FLU A; 1N36 K; 4CF1 A; 3K59 A; 1KQS M; 2D0P A; 3MK6 A; 4BRE A; 2OTL N; 4H5T A; 5JLH A; 1HYV A; 3HPH A; 3HK2 A; 2UYT A; 5AQL A; 2F8T A; 3ATV A; 3RSE A; 5FLX O; 3CJB A; 3ZSV A; 4EP4 A; 3UKU A; 1JLQ A; 2NRW A; 3C6A A; 4BGA A; 4OPH A; 2PAV A; 2IVO A; 3MED A; 3P31 A; 4N56 A; 5GIO A; 1ASW A; 3OYF A; 4M7Y A; 3OTO K; 4BGB A; 2Q36 A; 1XMQ K; 3ZX3 A; 3MMV A; 3FE1 A; 4DFJ A; 2BTF A; 4CK2 A; 2RKI A; 4CJL A; 3PSI A; 4FLV A; 4B3S K; 3LZI A; 5AQN A; 4B9T A; 5LY3 A; 4HUF A; 3TSU A; 5GIP A; 3CQ8 A; 4IO9 L; 3CD6 N; 1Z26 A; 3OYG A; 5M1Q A; 3CYM A; 1KVA A; 2X74 A; 3AVC A; 3QML A; 3RVC A; 4HTL A; 4BRL A; 4Z4F A; 1OKJ A; 4JAX A; 1VSF A; 2HW3 A; 3ZT4 A; 3OBW A; 1J54 A; 4BRM A; 3OYC A; 3VER A; 4KPY A; 5AQG A; 2O8F B; 3OS0 A; 2GUP A; 4RW6 A; 1NKC A; 3DOL A; 4DS4 A; 5IT9 O; 3VEW A; 3BZC A; 4OLB A; 4JLH A; 3VGM A; 5TKY A; 1HX1 A; 1IKY A; 2ZE2 A; 5CZ2 A; 4FWK A; 4Y1C A; 3S9H A; 4B8A B; 1Q7Y O; 3D2F B; 3H3O B; 3ALY A; 3L4Q A; 3U4L A; 3EO3 A; 5AQH A; 4FJX A; 4AHC A; 4YFU A; 3ATU A; 1V4S A; 4B9Q A; 4JV5 K; 1ZXO A; 1NU0 A; 4DV3 K; 3OYA A; 4DTU A; 3OJS A; 1HJR A; 2GEL A; 4BRQ A; 4CFD A; 3M3Z A; 4BRD A; 2W40 A; 4C1N K; 1NKE A; 4CE9 A; 2G8V A; 4IZ9 A; 2KQ2 A; 1TGO A; 1HNZ K; 3IMX A; 4AHU A; 4IOX A; 1FW6 A; 3R9P A; 3KHY A; 3HXM A; 4FJJ A; 1T03 A; 1NGH A; 1X1P A; 3LM9 A; 2G8H A; 5BR8 K; 1OH8 A; 3H45 C; 1QQM A; 3O6W A; 3LDL A; 5JS2 A; 3NF8 A; 1QHA A; 3WQU A; 5BPM A; 3O3H A; 5CYQ A; 3AO1 A; 3VN5 A; 1HKG A; 1CZB A; 3D7E O; 4HUE A; 1K73 O; 4FM2 A; 1BOT O; 1RDU A; 3ZEU A; 1W2B M; 4J2B A; 1X9J A; 3P1G A; 3J80 O; 3HP9 A; 4CZE A; 1I3A A; 3ZET B; 2GX9 A; 3NF7 A; 4PKI A; 3OYE A; 3VQ8 A; 4J2D A; 2WON A; 4FM0 A; 4GY2 B; 1HNX K; 2YNG A; 3LP1 A; 2NZT A; 4CK3 A; 4FLX A; 3H08 A; 5GAD P; 5C2F A; 5GAE P; 1NJW A; 5ELZ A; 4I7F A; 4CEQ A; 1C0F A; 4FWO A; 3V4I A; 1YI2 N; 4B9M A; 2WOM A; 4H0X B; 3P4I A; 5EOY A; 4CJQ A; 3A2F A; 1S6P A; 1BQM A; 2W6L A; 1B9D A; 3EKS A; 1RBS A; 4JHD B; 1L3V A; 1W9H A; 4KTZ A; 4KB1 A; 2P9L A; 1SKR A; 1GLL O; 1BUP A; 1IG8 A; 4CIE A; 3ZCM A; 3VEZ A; 3V9S A; 4LF9 K; 1U2V A; 4DTP A; 1SL1 A; 4CJ3 A; 2DY4 A; 5AQU A; 2AA4 A; 2B4J A; 3HYF A; 4JKH A; 1S9G A; 4LFB K; 3NDK A; 2VCP A; 1HYS A; 1RT4 A; 1TV6 A; 3LPT A; 1Y97 A; 2YKM A; 1C1A A; 2Q1N A; 4BE0 A; 1NK0 A; 4J8F A; 4R5P A; 4CBW A; 3BF3 A; 4BR2 A; 3K5L A; 4DMN A; 4BC3 A; 1M1K O; 3HBT A; 1OH5 A; 3FR0 A; 3OYJ A; 1QQN A; 3KLH A; 3UIQ A; 4M63 C; 1KVC A; 3SV3 A; 3DAW A; 4FJH A; 4CJ7 A; 3MX2 A; 1ATR A; 5CY4 A; 4DR5 K; 1WOQ A; 3EYZ A; 5A2Q O; 4NXN K; 1HKC A; 1NWK A; 4H4M A; 3VQD A; 1WB9 A; 1N33 K; 1VSJ A; 1UWB A; 4UQG A; 4CIG A; 3ULE A; 1BG3 A; 3KWI A; 4RG8 A; 3EEQ A; 4DFK A; 3E9O A; 4KB0 A; 4DV6 K; 3NF9 A; 4FVM A; 5BPN A; 3VET A; 4BR9 A; 3V1O A; 1NGE A; 5HOO A; 3VQ5 A; 1X3M A; 1VQL N; 5KQ8 A; 4DWI A; 4DV1 K; 1JJ2 M; 4J2A A; 4WE1 A; 1WLJ A; 3NGY A; 4DTX A; 4C23 A; 1RGI A; 4DU3 A; 3QEV A; 2JGU A; 3TAB A; 1KLN A; 4E7I A; 4B3R K; 4B3T K; 5C12 A; 2PZS A; 2Z1H A; 4FJ7 A; 3THW B; 2ASO A; 4O5B A; 2P9I A; 4PL8 A; 3V9X A; 1HJO A; 4DFM A; 1WNS A; 4F3T A; 3OYH A; 2E2N A; 1XHX A; 1VAZ A; 4YOU A; 4B3M K; 4B9S A; 4OKK A; 3THY B; 4JI7 K; 3P83 D; 3WNH A; 1YHQ N; 2E2O A; 1JCE A; 2D0C A; 5BRH A; 3VQP A; 2QEX N; 4H5W A; 4JI0 K; 4IOC L; 4O55 A; 4KO0 A; 2E2Q A; 5BN8 A; 1S1U A; 4FJN A; 3QBW A; 5F1X A; 2A6A A; 2QI2 A; 1GOC A; 4GMJ B; 3TU5 A; 5AFU H; 1YUW A; 3GDQ A; 3K2P A; 2O8E A; 1YIJ N; 3C7N A; 3UE5 A; 5M1F A; 4F2S A; 4NXM K; 3VQB A; 4GNI A; 3LWL A; 2F9T A; 1RTJ A; 3PX4 A; 4OGE A; 3GG4 A; 4E7J A; 4CD3 A; 4KI6 A; 4H0O A; 3ID8 A; 1ZYQ A; 2QWO A; 2OZS A; 3O3G A; 2IIR A; 2RF2 A; 3OVN A; 4KHN A; 4GKJ K; 4WFN L; 2ZJP L; 5KGX A; 3THV A; 3GE1 A; 4DQP A; 4AM6 A; 3SQ4 A; 4IBN A; 1OVQ A; 3KKS A; 1S1V A; 3HVR A; 4WQ5 A; 3HI0 A; 1SS6 A; 2P9S B; 3TTC A; 4LY7 A; 2F4V K; 1E3M A; 3KIO A; 4EIA A; 4AH9 A; 3CCE N; 1WSF A; 3BF1 A; 4BG8 A; 3VQE A; 2UXC K; 4OO1 J; 4CBX A; 4BRA A; 4JI4 K; 3CM6 A; 3TPQ A; 1CXU A; 5AQQ A; 2HF4 A; 1WSG A; 3LP2 A; 3NVM A; 3TAN A; 3W0L A; 2HHQ A; 1HYZ A; 2ITM A; 2IVP A; 4NCG A; 5K14 A; 4B9N A; 5AZI A; 4BC5 A; 3VEY A; 1OH7 A; 4E89 A; 4FZZ A; 2YV0 X; 3K5M A; 2OPR A; 1EXQ A; 5AQK A; 1N6Q A; 2G8I A; 2EX3 A; 4CF2 A; 2QKB A; 1QQO A; 5E26 A; 4DTN A; 2Z1J A; 4KTW A; 1NMN A; 4CJ4 A; 5FPD A; 4NO7 A; 4B1Z A; 3AVG A; 5ADX H; 1TUY A; 4YOY A; 2KTQ A; 4JRP A; 3FLC O; 1JCG A; 4KHS A; 2QW9 A; 2CH6 A; 4CES A; 2NNW A; 3OHR A; 3E1Y A; 3N4P A; 3L3V A; 3IS9 A; 4PUO A; 4JK9 A; 3A5O C; 2XO7 A; 3QIO A; 3L2V A; 3V9Z A; 4CVN E; 3BP8 A; 1EWR A; 2YHY A; 3O4W A; 4O8K A; 4I9L A; 1W0H A; 1MWK A; 3PLA A; 1VQP N; 1C6V A; 2NRH A; 3VQ6 A; 1VQ7 N; 1TK8 A; 4BRG A; 1Q86 O; 4JKF A; 4JI8 K; 3NH1 A; 4N41 A; 4BQL A; 1Q9X A; 1RTI A; 1J5E K; 4GV6 A; 1NGA A; 2QWQ A; 3L2U A; 4HCB A; 2O8D B; 3E01 A; 1KCF A; 3DLB A; 5DM6 L; 1RTH A; 1WSJ A; 4B8C A; 4CGJ A; 1T7P A; 4I2Q A; 1UA0 A; 2O8B B; 4IXC A; 3CG7 A; 2B5J A; 2DPN A; 2O8C B; 4QOZ B; 2HHT A; 3O9Q A; 4YOX A; 4BRP A; 5ADX A; 5KTQ A; 4H0P A; 4HUG A; 4PWD A; 2FSK A; 3G10 A; 5HL7 L; 3MCP A; 4OLA A; 1WAF A; 3ZSQ A; 4JI2 K; 3NGZ A; 4FJG A; 5F2R A; 4CER A; 2NRT A; 4BRC A; 1Z05 A; 2OPS A; 1TL3 A; 2Y1I A; 3L4I A; 1NK8 A; 3KK7 A; 3QNN A; 4BRK A; 4B1W B; 4CJT A; 1NBW A; 3OYD A; 1J6Z A; 2KZM A; 2E6M A; 1GLF O; 2WFB A; 4KHU A; 1CXQ A; 3P39 A; 4NCA A; 3CQX A; 2IS3 A; 1TKD A; 1QVG M; 4ISE A; 5LJW A; 4FM1 A; 1HMV A; 1XMO K; 5HRP A; 3MWT A; 3NFA A; 2IDO A; 3DOK A; 3K9K A; 3DXK A; 3QLH A; 2ZWH A; 2Q2R A; 4ISG A; 2E5L K; 2YCH A; 1F21 A; 3FGU A; 2YHX A; 4BDP A; 1KVB A; 4XEI A; 4UY8 O; 3NHG A; 2XHB A; 1X9W A; 1BA0 A; 4CFB A; 1EO1 A; 1IKX A; 3B8A X; 2E1Y A; 2IVN A; 3AVI A; 3SBT A; 3KTQ A; 3L8B A; 1K8A O; 4LF6 K; 3TAR A; 5DK5 A; 5EY4 A; 4CJ5 A; 1N8R O; 3V1R A; 4MO5 A; 4A5A A; 3CF5 L; 2O4I A; 3MDQ A; 1U4B A; 2UXD K; 4BR7 A; 1NGJ A; 2KKZ A; 5JVG L; 5KGW A; 1DTQ A; 1D8Y A; 1U49 A; 3LL3 A; 3THX A; 3H1V X; 5SZT A; 4WFA L; 2QWR A; 1QE1 A; 3G0Z A; 3J81 O; 4O4G A; 3A0I X; 4JKG B; 1N34 K; 1W7A A; 5JMV A; 2Y1J A; 1T44 A; 1LW0 A; 4QAG A; 4CK1 A; 4CHY A; 4A62 A; 1LAW A; 1NLV A; 3TTF A; 3NH0 A; 1TYQ B; 4MLH A; 1BHL A; 1VRT A; 3KVG A; 1ATN A; 1CLQ A; 5JIC A; 3IRX A; 4DHY A; 1NK4 A; 4CHQ A; 1X9M A; 2OYQ A; 2I5J A; 4FWL A; 2P9N A; 4B1U B; 2GV9 A; 3DM2 A; 5JLF A; 2VWB A; 4PY5 A; 4FJ5 A; 1SL2 A; 2CGK A; 4FWQ A; 3CPE A; 3SJJ A; 3KK2 A; 1YJN N; 3O9T A; 5AQM A; 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1EX4 A; 4IDH A; 5SWM A; 3I0S A; 2CH5 A; 1K6Y A; 3AAR A; 3VMF B; 3L2W A; 4EAH D; 3O1B A; 3F73 A; 3CHW A; 1TUU A; 5AQV A; 4NYF A; 4JN4 A; 2G8K A; 1BWF O; 2RHK A; 3RWU A; 4BC4 A; 4IOA L; 4FJ8 A; 3ZX0 A; 4DLE A; 3DLG A; 3ULD A; 5FPN A; 3VTI A; 3SUP A; 4O5F A; 4PQU A; 3T19 A; 4BRH A; 4DV4 K; 4NYN A; 4V19 S; 4O0J A; 1QHT A; 1B92 A; 4JNE A; 4KBO A; 1RBV A; 4DV7 K; 3TAG A; 3CM5 A; 1L3U A; 3VA0 A; 1X9S A; 2WTU A; 5BPL A; 5KRT A; 1XNR K; 4RTF D; 2FC0 A; 1BI4 B; 4N47 A; 3ZT3 A; 4WF9 L; 3V1Q A; 4WCE L; 1GLE G; 4PKH A; 5KQD A; 4F2R A; 3M6G A; 3M8R A; 3C95 A; 3H6E A; 4GVE A; 3HOT A; 3T1Y K; 4AM7 A; 4CJK A; 2A42 A; 3C6U A; 3EE9 A; 4BRO A; 3H3N O; 3RMD A; 4DTM A; 4JD2 A; 3O4Q A; 4F3O A; 4CBU A; 3LP0 A; 4CZF A; 5E41 A; 3CCR N; 1J5O A; 3OYL A; 4DQQ A; 1KLM A; 4XH1 A; 4CZH A; 2I7P A; 3CCV N; 4C8N A; 3V6D A; 3NVK A; 4FL9 A; 3QEP A; 3CER A; 4I9Q A; 3K57 A; 3AGR A; 4LC9 B; 4M3Z A; 1IBK K; 1QSL A; 1BCM A; 1XQS C; 4KKO A; 3V9U A; 3AO2 A; 3ZSY A; 1U45 A; 3MWP A; 4K43 A; 4OGC A; 3RRG A; 1YVU A; 3DLH A; 4CJP A; 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